Codon usage bias and A+T content variation in human papillomavirus genomes

We analyzed the codon usage bias of eight open reading frames (ORFs) across up to 79 human papillomavirus (HPV) genotypes from three distinct phylogenetic groups. All eight ORFs across HPV genotypes show a strong codon usage bias, amongst degenerately encoded amino acids, toward 18 codons mainly with T at the 3rd position. For all 18 degenerately encoded amino acids, codon preferences amongst human and animal PV ORFs are significantly different from those averaged across mammalian genes. Across the HPV types, the L2 ORFs show the highest codon usage bias (73.2 +/- 1.6% and the E4 ORFs the lowest (51.1 +/- 0.5%), reflecting as similar bias in codon 3rd position A + T content (L2: 76.1 +/- 4.2%; E4: 58.6 +/- 4.5%). The E4 ORF, uniquely amongst the HPV ORFs, is G + C rich, while the other ORFs are A + T rich. Codon usage bias correlates positively with A + T content at the codon 3rd position in the E2, E6, L1 and L2 ORFs, but negatively in the E4 ORFs. A general conservation of preferred codon usage across human and non-human PV genotypes whether they originate from a same supergroup or not, together with observed difference between the preferred codon usage for HPV ORFs and for genes of the cells they infect, suggests that specific codon usage bias and A + T content variation may somehow increase the replicational fitness of HPVs in mammalian epithelial cells, and have practical implications for gene therapy of HPV infection. (C) 2003 Elsevier B.V. All rights reserved.

Flavivirus isolations from mosquitoes collected from western Cape York Peninsula, Australia, 1999-2000

After the 1st appearance of Japanese encephalitis virus (JE) on mainland Australia in 1998, a study was undertaken to investigate whether JE had become established in enzootic transmission cycles on western Cape York Peninsula. Adult mosquitoes were collected during the late wet season from Kowanyama and Pormpuraaw in April 1999, and Pormpuraaw and Barr's Yard in April 2000. Despite processing 269,270 mosquitoes for virus isolation, no isolates of JE were obtained. However, other flaviviruses comprising Murray Valley encephalitis virus, Kunjin virus, Alfuy virus, and Kokobera virus (KOK) were isolated. Isolates of the alphaviruses Ross River virus, Barmah Forest virus (BF), and Sindbis virus (SIN) also were obtained. The majority (88%) of isolates were from members of the Culex sitiens subgroup. Single isolates of KOK, BF and SIN were obtained from Ochlerotatus vigilax, Oc. normanensis, and Anopheles bancroftii, respectively. The isolations of flaviviruses during the late wet season indicate that conditions were suitable for flavivirus activity in the area. No evidence was found to suggest that JE has become established in enzootic transmission cycles on western Cape York, although study sites and field trips were limited.

Human melanoblasts in culture: Expression of BRN2 and synergistic regulation by fibroblast growth factor-2, stem cell factor, and endothelin-3

The BRN2 transcription factor (POU3F2, N-Oct-3) has been implicated in development of the melanocytic lineage and in melanoma. Using a low calcium medium supplemented with stem cell factor, fibroblast growth factor-2, endothelin-3 and cholera toxin, we have established and partially characterised human melanocyte precursor cells, which are unpigmented, contain immature melanosomes and lack L-dihydroxyphenylalanine reactivity. Melanoblast cultures expressed high levels of BRN2 compared to melanocytes, which decreased to a level similar to that of melanocytes when cultured in medium that contained phorbol ester but lacked endothelin-3, stem cell factor and fibroblast growth factor-2. This decrease in BRN2 accompanied a positive L-dihydroxyphenylalanine reaction and induction of melanosome maturation consistent with melanoblast differentiation seen during development. Culture of primary melanocytes in low calcium medium supplemented with stem cell factor, fibroblast growth factor-2 and endothelin-3 caused an increase in BRN2 protein levels with a concomitant change to a melanoblast-like morphology. Synergism between any two of these growth factors was required for BRN2 protein induction, whereas all three factors were required to alter melanocyte morphology and for maximal BRN2 protein expression. These finding implicate BRN2 as an early marker of melanoblasts that may contribute to the hierarchy of melanocytic gene control.

Structural characterization of respiratory syncytial virus fusion inhibitor escape mutants: homology model of the F protein and a syncytium formation assay

Respiratory syncytial virus (RSV) is a ubiquitous human pathogen and the leading cause of lower respiratory tract infections in infants. Infection of cells and subsequent formation of syncytia occur through membrane fusion mediated by the RSV fusion protein (RSV-F). A novel in vitro assay of recombinant RSV-F function has been devised and used to characterize a number of escape mutants for three known inhibitors of RSV-F that have been isolated. Homology modeling of the RSV-F structure has been carried out on the basis of a chimera derived from the crystal structures of the RSV-F core and a fragment from the orthologous fusion protein from Newcastle disease virus (NDV). The structure correlates well with the appearance of RSV-F in electron micrographs, and the residues identified as contributing to specific binding sites for several monoclonal antibodies are arranged in appropriate solvent-accessible clusters. The positions of the characterized resistance mutants in the model structure identify two promising regions for the design of fusion inhibitors. (C) 2003 Elsevier Science (USA). All rights reserved.

Identification of cholinoceptive glycinergic neurons in the mammalian retina

The light-evoked release of acetylcholine (ACh) affects the responses of many retinal ganglion cells, in part via nicotinic acetylcholine receptors (nAChRs). nAChRs that contain beta2alpha3 neuronal nicotinic acetylcholine receptors have been identified and localized in the rabbit retina; these nAChRs are recognized by the monoclonal antibody mAb210. We have examined the expression of beta2alpha3 nAChRs by glycinergic amacrine cells in the rabbit retina and have identified different subpopulations of nicotinic cholinoceptive glycinergic cells using double and triple immunohistochemistry with quantitative analysis. Here we demonstrate that about 70% of the cholinoceptive amacrine cells in rabbit retina are glycinergic cells. At least three nonoverlapping subpopulations of mAb210 glycine-immunoreactive cells can be distinguished with antibodies against calretinin, calbindin, and gamma-aminobutyric acid (GABA)(A) receptors. The cholinergic cells in rabbit retina are thought to synapse only on other cholinergic cells and ganglion cells. Thus, the expression of beta2alpha3 nAChRs on diverse populations of glycinergic cells is puzzling. To explore this finding, the subcellular localization of beta2alpha3 was studied at the electron microscopic level. mAb210 immunoreactivity was localized on the dendrites of amacrines and ganglion cells throughout the inner plexiform layer, and much of the labeling was not associated with recognizable synapses. Thus, our findings indicate that ACh in the mammalian retina may modulate glycinergic circuits via extrasynaptic beta2alpha3 nAChRs. (C) 2002 Wiley-Liss, Inc.

A protective effect of early pregnancy factor on experimental autoimmune encephalomyelitis induced in Lewis rats by inoculation with myelin basic protein

Experimental antoimmune encephalomyelitis (EAE) is an organ-specific autoimmune disease characterised by inflammation and demyelination of the central nervous system and is the best available animal model of multiple sclerosis (MS). Since previous studies have shown that EAE is less severe or is delayed in onset during pregnancy and that administration of the pregnancy hormone early pregnancy factor (EPF) down-regulates EAE, experiments in the present study were designed to explore further the role of EPF in EAE. By using the rosette inhibition test, the standard bioassay for EPF and, by semi-quantitative RT-PCR techniques, we have now shown that inflammatory cells from the spinal cord of rats with EAE can produce and secrete EPF, with production being greatest during recovery from disease. Administration of EPF to rats with EAE resulted in a significant increase in the expression of IL-4 and IL-10 mRNA and a significant decrease in IFN-gamma mRNA expression in spinal cord inflammatory cells. Encephalitogenic MBP-specific T cell lines were prepared from popliteal lymph nodes of rats with EAE. Proliferation assays using these cells demonstrated the ability of exogenous EPF to down-regulate the responses of T lymphocytes to MBP. (C) 2003 Elsevier B.V. All rights reserved.

Identification and characterization of pptA: a gene involved in the phase-variable expression of phosphorylcholine on pili of Neisseria meningitidis

Pili of pathogenic Neisseria are major virulence factors associated with adhesion, cytotoxicity, twitching motility, autoaggregation, and DNA transformation. Pili are modified posttranslationally by the addition of phosphorylcholine. However, no genes involved in either the biosynthesis or the transfer of phosphorylcholine in Neisseria meningitidis have been identified. In this study, we identified five candidate open reading frames (ORFs) potentially involved in the biosynthesis or transfer of phosphorylcholine to pilin in N. meningitidis. Insertional mutants were constructed for each ORF in N. meningitidis strain C311#3 to determine their effect on phosphorylcholine expression. The effect of the mutant ORFs on the modification by phosphorylcholine was analyzed by Western analysis with phosphorylcholine-specific monoclonal antibody TEPC-15. Analysis of the mutants showed that ORF NMB0415, now defined as pptA (pilin phosphorylcholine transferase A), is involved in the addition of phosphorylcholine to pilin in N. meningitidis. Additionally, the phase variation (high frequency on-off switching of expression) of phosphorylcholine on pilin is due to changes in a homopolymeric guanosine tract in pptA.

Consumidor de mídias móveis : a influência do perfil do adotante na relação entre valor percebido e intenção de compra

O presente estudo tem por objetivo avaliar se o perfil do adotante de inovações altera a relação entre o Valor Percebido e a Intenção de Compra de mídias móveis (smartphones, tablets, ultrabooks e leitores de e-books). Trata-se de uma pesquisa quantitativa que busca explorar a relação estrutural entre as variáveis por meio de Modelagem de Equações Estruturais (SEM – Strutural Equation Modeling). O modelo de pesquisa proposto foi desenvolvido tendo como base a Teoria da Difusão da Inovação (TDI), a Teoria Unificada de Aceitação e Uso de Tecnologia (UTAUT), o Modelo de Aceitação de Tecnologia (TAM), o Modelo Baseado em Valor (VAM), o Modelo de Aceitação de Tecnologia pelo Consumidor (CAT) e o Modelo de Influência Social (IS). Para coletar os dados foi utilizada a técnica snowball sampling ou amostragem em bola de neve, forma de amostragem não probabilística utilizada em pesquisas sociais. Foi feito um levantamento (survey), distribuindo-se questionário disponibilizado pela rede social Facebook, a partir dos contatos do autorsolicitando-se que os respondentes replicassem em suas páginas pessoais o link da pesquisa, ampliando a amostra. A coleta dos dados foi realizada nos meses de setembro e outubro de 2013, obtendo-se um total de 362 questionários respondidos. O estudo apresentou um efeito significativo da variável Valor Percebido na Intenção de Compra (estatística t = 4,506; nível de significância de 1%), além de sustentar a influência moderadora do Perfil do Adotante sobre essa relação (estatística t = 4,066; nível de significância de 1%), apresentando alto impacto sobre a Intenção de Compra (f 2 = 0,582) e relevância preditiva moderada (q2 = 0,290). Entre as variáveis antecedentes relacionadas à adoção de tecnologia, não apresentaram efeito significativo sobre o Valor Percebido: a Facilidade de Uso Percebida, a Complexidade Percebida e o Risco Percebido. O modelo contribuiu significativamente para explicar a influência dos fatores que impactam o Valor Percebido (R2 = 51,7%) o efeito do Valor Percebido na Intenção de Compra (R2 = 49,1%) de equipamentos eletrônicos portáteis. O suporte da presumidade influência moderadora do Perfil do Adotante sobre a relação Valor Percebido e Intenção de Compra indica que as organizações devem conhecer melhor os consumidores desse tipo de equipamento móveis, segmentando e desenvolvendo ações alinhadas com cada perfil de adotante.

O impacto da exposição a experiências adversas na infância na ocorrência de dor crônica e depressão na vida adulta

A associação entre experiências adversas na infância e o desencadeamento de depressão ou dor crônica na vida adulta tem sido documentada, assim como a relação entre os sintomas de dor crônica e depressão. No entanto, há poucos estudos avaliando o papel da exposição a experiências adversas na infância na ocorrência dessa comorbidade. O objetivo deste trabalho é avaliar a influência da exposição a experiências adversas na infância na ocorrência de dor crônica, de depressão e na comorbidade dor crônica e depressão na vida adulta, em uma amostra da população geral adulta (maiores de 18 anos) residente na Região metropolitana de São Paulo, Brasil. Os dados são resultantes do Estudo Epidemiológicos dos Transtornos Mentais São Paulo Megacity. Os respondentes foram avaliados usando a versão desenvolvida para o Estudo Mundial de Saúde Mental do Composite International Diagnostic Interview da Organização Mundial da Saúde (WMH-CIDI), que é composto por módulos clínicos e nãoclínicos provendo diagnósticos de acordo com os critérios do Manual Diagnóstico e Estatístico dos Transtornos Mentais 4ª edição (DSM-IV). Um total de 5.037 indivíduos foi entrevistado, com uma taxa global de resposta de 81,3%. Foram realizadas análises descritivas para médias e proporções, e associações (Razões de Chances – OR) entre experiências adversas na infância, dor crônica e depressão através de regressão logística. Todas as análises foram realizadas através do programa estatístico Data Analysis and Statistical Software versão 12.0 (STATA 12.0), com testes bi-caudais com nível de significância de 5%. Uma elevada taxa de prevalência de dor crônica (31%, Erro Padrão [ER]=0.8) foi encontrada, Dor Crônica esteve associada aos transtornos de ansiedade (OR=2,3; 95% IC=1,9 – 3,0), transtornos de humor (OR=3,3; IC=2,6 – 4,4) em qualquer transtorno mental (OR=2,7; 95% IC=2,3 – 3,3). As adversidades na infância estiveram fortemente associadas aos respondentes com dor crônica e depressão concomitante, principalmente quanto ao abuso físico (OR=2,7; 95% IC=2,1 – 3,5) e sexual (OR=7,4; 95% IC=3,4 – 16,1).

Análise Imuno-histoquímica de hipóxia renal em modelo de isquemia/reperfusão tratado com Fator Estimulador de Colônia de Granulócitos

O rim demonstra uma capacidade singular em reparar-se após danos locais, no entanto, depois de acometido, as chances de desenvolvimento de lesões renais elevam-se. A patofisiologia da isquemia/reperfusão (IR) é complexa porque há ocorrência simultânea de danos celulares e inflamação. O decréscimo na quantidade de oxigênio requer um sistema capaz de evitar seus efeitos prejudiciais e uma maquinaria molecular HIF (Hypoxia Inducible Factor), um complexo, atua como fator de transcrição de diversos genes desde os da regulação da proliferação celular e apoptose até a sinalização para angiogênese. O Fator Estimulador de Colônia de Granulócitos (G-CSF) é uma glicoproteína conhecida pela sua capacidade de promover a sobrevivência, proliferação e diferenciação de células estimulando a recuperação aos efeitos advindos da IR. Com o intuito de observar as influências dessas proteínas foi realizada uma análise semi-quantitativa de amostras renais submetidas ou não à IR, usando-se descrições microscópicas morfológicas e imunohistoquímicas, com os cálculos e gráficos estatísticos foram feitos no software GraphPad Prism®. Das análises morfológicas, constatou-se que as lesões características de IR foram observadas em espécimes não tratados: bolhas em epitélio tubular; vacuolização citoplasmática, distalização tubular e congestão luminal. De forma análoga, foi encontrada nos tratados, contudo em estágios menos avançados e em animais controle, não foi houve esta diferença tissular. As análises de microscopia eletrônica demonstraram alteração na barreira filtrante com concomitante perda de outras características glomerulares. Aos animais controle foi observada a arquitetura típica, ao passo que para os animais tratados notou-se conservação da barreira. A presença de HIF-1α nos rins contralaterais demonstrouse significante quando comparadas às amostras isquêmicas e tratadas (p<0,05). Já a ocorrência da mesma proteína em rins isquêmicos não apresentou qualquer diferença. Analisando-se a proteína VEGF foi comprovado que em rins contralaterais não há diferença estatística, contudo nos rins esquerdos há significância entre os três grupos (p<0,05). Já a correlação entre estas duas proteínas não se mostrou estatisticamente significante. Em relação às atividades de proliferação e morte celulares, todos os três grupos foram significantes entre si (p<0,05). Ao que concerne o tratamento, foi demonstrada a atividade protetora do medicamento e uma possível interação molecular com a HIF, enquanto que a ativação desta proteína corrobora sua rota metabólica já previamente descrita.

Usabilidade e qualidade da informação : avaliação do Portal do aluno da Universidade Federal do Espírito Santo

O presente trabalho tem por objetivo avaliar o Portal do Aluno da Universidade Federal do Espírito Santo, identificando fatores associados à usabilidade que afetam a percepção de qualidade da informação e diferenciando grupos de usuários em função da usabilidade do Portal. Para tanto, foi realizado um levantamento por meio de um questionário aplicado aos usuários, com abordagem predominantemente quantitativa. Foi descrito o perfil dos alunos, o contexto em que utilizam o Portal e qual avaliação fazem dos relatórios e atividades. A partir do modelo elaborado no estudo, no qual a usabilidade contou com seis dimensões (facilidade de aprendizado, facilidade de memorização, eficiência, satisfação, suporte a erros e utilidade), constatou-se que, com exceção da facilidade de aprendizado, as demais dimensões possuem significância estatística na percepção da qualidade da informação, sendo a mais influente a dimensão satisfação. Por meio da análise de conglomerados, foram identificados três grupos, com base nas avaliações dos fatores associados ao atendimento de suas expectativas e aos resultados do uso do portal (satisfação, eficiência e utilidade): o primeiro grupo composto por alunos que avaliaram melhor estes fatores bem como as atividades, os relatórios e a qualidade da informação do Portal; o segundo que avaliaram medianamente; e o terceiro que avaliaram pior. Através da regressão simples utilizando a média das dimensões de usabilidade, verificou-se também que a qualidade da informação está fortemente correlacionada (r=0,7) com a usabilidade do Portal, tendo um poder de predição de 49%. Também foram obtidas respostas acerca do que era mais confuso e sugestões de melhorias que ajudaram a formular, conjuntamente com as demais análises, as propostas do Plano de Intervenção. Embora ainda apresente deficiências, em uma escala de 0 a 5, o Portal foi avaliado acima da média na dimensão satisfação (3,42), bem como obteve média geral de qualidade da informação de 3,31 e de usabilidade de 3,69 . Desta forma, pode-se dizer que ele tem cumprido sua função.

Avaliação do risco cardiovascular e fatores associados na população de Anchieta-ES

As doenças cardiovasculares são as principais causas de morte no mundo e muitos constituem os fatores de risco para essas doenças. Objetiva-se investigar o risco cardiovascular para evento coronariano agudo de acordo com o escore de Framingham em população adulta do município de Anchieta-ES. Estudo transversal com dados da linha de base do estudo Carmen Anchieta, iniciado em 2010. A amostra foi sistemática e estratificada por micro área de abrangência das Unidades de Saúde da Família, sexo e idade e 539 pessoas foram selecionadas para este estudo por terem os dados completos. Os dados foram coletados mediante entrevista no domicílio, exames laboratoriais de sangue, verificação da pressão arterial e antropometria nas Unidades de Saúde. As variáveis de exposição constituem escolaridade, raça-cor, renda familiar, residência em espaço urbano ou rural, estado civil, consumo de álcool, atividade física, índice de massa corpórea e autoavaliação de saúde. Para a classificação do risco cardiovascular utilizou-se o escore de Framingham. Foi realizada análise bivariada e regressão logística multinomial para testar a hipótese de associação entre as variáveis e o risco cardiovascular mediante o cálculo da razão de chances (RC) e intervalo de confiança de 95%. O nível de significância foi p < 0,05. Os resultados mostraram predominância de pessoas nas faixas etárias entre 25 a 54 anos, casadas, pardas, ensino fundamental incompleto, baixa renda, insuficientemente ativas, com sobrepeso e obesidade em mais da metade da amostra, 38,6% ingeriam bebida alcoólica e 55,7% relaram saúde muito boa ou boa. O risco cardiovascular foi baixo em 74%, intermediário em 11,3% e elevado em 14,7%. Estiveram associados ao risco cardiovascular intermediário ser analfabeto 8,89 (3,193-24,756), ter ensino fundamental incompleto 3,17 (1,450-6,964) e ser viúvo/ separado 2,55 (1,165-5,583) e associados ao risco cardiovascular elevado ser analfabeto 11,34 (4,281-30,049), ensino fundamental incompleto 2,95 (1,362-6,407) e autoavaliação da saúde muito ruim/ruim 2,98 (1,072-8,307) e regular 2,25 (1,294-3,925). Ser solteiro constituiu fator de proteção 0,40 (0,183-0,902).

Doença de Ménière em criança

A Doença de Ménière foi descrita pela primeira vez por Prosper Ménière no século XIX e ainda nos dias atuais não existem explicações definitivas para a sua etiologia e para a sua fisiopatologia. A tétrade formada por esta doença é constituída de zumbido, vertigem, queda da acuidade auditiva e a sensação de plenitude aural. A faixa etária mais acometida pela doneça de Méniére corresponde à terceira e quinta décadas de vida, sendo de ocorrência pouco comum em crianças. Este relato tem como objetivo demonstrar que a doença de Ménière, mesmo sendo de baixa ocorrência em crianças, pode vir a acometer esta população e o otorrinolaringologista deve estar apto para o diagnóstico e tratamento. Neste relato de caso, uma criança de 11 anos apresentou, após um episódio de edema facial de causa indeterminada associado a sintomas cócleo-vestibilares, um quadro de Doença de Ménière após uma investigação mais minuciosa. O tratamento com drogas depressoras do labirinto e vasodilatadoras promoveram uma melhora sensível, dando fim à sintomatologia.

Amiloidose localizada laríngea: relato de caso e revisão de literatura

A amiloidose localizada laríngea é uma doença rara, correspondendo a menos de 1% dos tumores benignos da laringe. No entanto, a amiloidose localizada acomete principalmente a laringe nas vias aéreas, sendo assim de grande importância para o otorrinolaringologista. Ela está relacionada à produção monoclonal de imunoglobulinas de cadeia leve, principalmente l e k. Este estudo tem como objetivo relatar um caso de amiloidose laríngea atendida no Ambulatório de Laringologia e Voz do Hospital das Clínicas da FMRP - USP, assim como discutir a revisão de literatura.

Paralisia unilateral de prega vocal: associação e correlação entre tempos máximos de fonação, posição e ângulo de afastamento

A paralisia de prega vocal (PPV) decorre da lesão do nervo vago ou de seus ramos, podendo levar a alterações das funções que requerem o fechamento glótico. O tempo máximo de fonação (TMF) é um teste aplicado rotineiramente em pacientes disfônicospara avaliar a eficiência glótica e freqüentemente utilizado em casos de PPV, cujos valores encontram-se diminuídos. A classificação clínica clássica da posição da prega vocal paralisada em mediana, para-mediana, intermediária e em abdução ou cadavérica tem sido objeto de controvérsias. OBJETIVO: Verificar a associação e correlação entre os TMF e posição da prega vocal paralisada (PVP), TMF e ângulo de afastamento da PVP, medir o ângulo de afastamento da linha média das diferentes posições da PVP e correlacioná-lo com a sua classificação clínica FORMA DE ESTUDO: Clínico retrospectivo. MATERIAL E MÉTODO: Foram revisados os prontuários e analisados os exames videoendoscópicos de 86 indivíduos com paralisia de prega vocal unilateral e medido o ângulo de afastamento da PVP por meio de um programa computadorizado. RESULTADOS: A associação e correlação entre os TMF em cada posição assumida pela PVP têm significância estatística somente para /z/ na posição mediana. A associação e correlação entre TMF com ângulo de afastamento da PVP guardam relação para /i/, /u/. Ao associar e correlacionar medidas de ângulo com posição observa-se significância estatística em posição de abdução. CONCLUSÕES: Neste estudo não foi possível determinar as posições assumidas pela PVP por meio dos TMF nem correlacioná-las com medidas do ângulo.