Cost and energy efficient reconfigurable embedded platform using Spartan-6 FPGAs

Modern FPGAs with run-time reconfiguration allow the implementation of complex systems offering both the flexibility of software-based solutions combined with the performance of hardware. This combination of characteristics, together with the development of new specific methodologies, make feasible to reach new points of the system design space, and make embedded systems built on these platforms acquire more and more importance. However, the practical exploitation of this technique in fields that traditionally have relied on resource restricted embedded systems, is mainly limited by strict power consumption requirements, the cost and the high dependence of DPR techniques with the specific features of the device technology underneath. In this work, we tackle the previously reported problems, designing a reconfigurable platform based on the low-cost and low-power consuming Spartan-6 FPGA family. The full process to develop the platform will be detailed in the paper from scratch. In addition, the implementation of the reconfiguration mechanism, including two profiles, is reported. The first profile is a low-area and low-speed reconfiguration engine based mainly on software functions running on the embedded processor, while the other one is a hardware version of the same engine, implemented in the FPGA logic. This reconfiguration hardware block has been originally designed to the Virtex-5 family, and its porting process will be also described in this work, facing the interoperability problem among different families.

Sobre los aeropuertos verdes: marco para la evaluación ambiental suficiente de una construcción bajo interpretación transversal

En el estudio buscamos caracterizar el análisis de la SOSTENIBILIDAD (Suficiencia) del CICLO DE VIDA de una INFRAESTRUCTURA AEROPORTUARIA centrándonos en la evaluación de los aspectos SOCIALES (de forma Interdisciplinaria o Transversal) que le afectan y considerando todos los AGENTES involucrados (ingenieros/ operadores/ mantenedores/ usuarios/ stakeholders/ etc.). La complejidad de las interacciones entre los edificios y su entorno hace que sea difícil definir y evaluar con precisión la sostenibilidad de un edificio. Las NORMAS AMBIENTALES para la construcción (unas pocas existentes y algunos en fase de desarrollo) se centran en la sostenibilidad ECONÓMICA, SOCIAL Y AMBIENTAL que caracteriza a un edificio, siendo los aspectos socio-económicos difíciles de evaluar. En consecuencia, los métodos existentes para la evaluación de la construcción sostenible (por ejemplo, LEED, BREEAM, SBTool) tienden a superar los aspectos ambientales pues son más fáciles de evaluar de manera cuantitativa. Así desde el punto de vista holístico (global) y utilizando la teoría de sistemas complejos, la sostenibilidad debe ser evaluada, en parte, utilizando los INDICADORES DE SOSTENIBILIDAD SOCIALES Y ECONÓMICOS para cubrir todos los factores de Sostenibilidad. El estudio propone una metodología para valorar la sostenibilidad en la construcción aeroportuaria a través de la evaluación de los indicadores sostenibles de la construcción (SKPIs) sin y superando las carencias presentadas. Para ello hemos implementado una herramienta de evaluación de la sostenibilidad, donde: Puede evaluar, en primer aproximación e independientemente, la sostenibilidad del CICLO DE VIDA de la INFRAESTRUCTURA AEROPORTUARIA Puede COMPLETAR otras herramientas comerciales disponibles (ej. BREEAM, LEED), bajo un enfoque ECONÓMICO-SOCIAL y complementando el enfoque ambiental La evaluación de los KPIs se realiza por medio de TECNOLOGÍAS Y ESTRATEGIAS SOSTENIBLES, cuya aplicación supondría un aumento de la sostenibilidad del edificio La herramienta propuesta considera la complejidad y transdisciplinariedad del problema, fundada en un SISTEMA DE CRÉDITOS fácil de usar. Así el programa diseñado permite el análisis y la comparación del CICLO DE VIDA de la INFRAESTRUCTURA AEROPORTUARIA: Abarcando las etapas de construcción (diseño, operación, mantenimiento, etc.) Incluyendo a todos los agentes de construcción (ocupantes, stakeholders, constructores, etc.) Finalmente, se aporta un ejemplo teórico de una INFRAESTRUCTURA AEROPORTUARIA (Terminal Aeroportuaria) para fijar, demostrar y discutir el estudio presentado Abstract We seek to characterize the sustainability analysis of the life cycle of a building focus us on the evaluation of social aspect. From a holistic point of view and using complex systems theory, sustainability must be evaluated, in part, using social key performance indicator (KPI) to cover all factors of sustainability. The most remarkable of the proposed framework is to provide a methodology to achieve the sustainability in construction through the assessment of social KPIs. Besides we implement a tool to assess sustainability, where this tool could complete other commercial tools available (e.g. BREEAM, LEED). The proposed tool considers the complexity and trans-disciplinary of the problem. The procedure is based on a credit system easy to use. It also allows analysis and comparison of the boundary conditions of the building, embracing construction stages (design, operation), involving all the building agents (occupants, stakeholders, etc.)

Intereses exógenos y resistencia ciudadana en la transformación físicosocial de un asentamiento auto-producido de Dakar (2005-2011)

La presión sobre el acceso a la tierra en la península de Dakar, Senegal, ha generado un proceso de transformación físico-social del mayor asentamiento auto-producido de la periferia urbana de Dakar (Pikine Irregular Sur) en el periodo 2005-2011. Esta investigación se propone analizar en qué medida las acciones llevadas a cabo: i) satisfacen o no el sistema integral de necesidades de los afectados (Demanda); ii) favorecen la implicación de los afectados o, por el contrario, fortalecen las estructuras de poder dominantes (Oferta), y iii) promueven o no la autonomía económica, la sostenibilidad ambiental, la equidad social y la legitimidad de los actores que participan (Entorno). La investigación se ha llevado a cabo por el método de estudio de casos, mediante un proceso de recogida de información participativo, articulado de abajo hacia arriba, en el que han participado 196 personas; la información recogida se ha procesado mediante la utilización de dos herramientas de análisis de realidades complejas: flujo de programa y sistema funcional. Los resultados del estudio de los casos 1 y 2 muestran que las acciones se han llevado a cabo en beneficio de los intereses de los mercados y de los actores que toman las decisiones y gestionan los recursos, incrementando la dependencia económica, empobreciendo a los directamente afectados y fragmentando su tejido social, promoviendo un desarrollo urbano desequilibrado, disperso y segregado, y deslegitimando a las instituciones involucradas. En el estudio del caso 3, en cambio, se verifica que la acción se ha llevado a cabo en beneficio de los intereses de los directamente afectados, utilizando recursos endógenos, fortaleciendo su tejido social, promoviendo un desarrollo urbano concentrado e inclusivo, e incrementando la legitimidad de las instituciones involucradas. El análisis cruzado de los resultados muestra que la pobreza, la exclusión social y la precariedad habitacional, en el contexto específico de la periferia de Dakar, no son un problema de falta de recursos, sino de falta de ética por parte de quienes gestionan y financian los procesos de transformación físico-social, y de falta de voluntad por parte de las autoridades de implicar a los ciudadanos, y en particular a los directamente afectados, en los procesos de toma de decisiones de las acciones y los programas que les afectan. Finalmente se concluye que no se trata de luchar contra la pobreza, sino de luchar contra los sistemas injustos que generan la pobreza y la exclusión. ABSTRACT The pressure on the access to land in the area of Dakar, Senegal, has generated a physical/social transformation process in the largest self-produced settlement in the urban periphery of Dakar (South Irregular Pikine), in the period 2005-2011. This research aims to analyze to what extent the actions carried out: i) satisfy the integral needs of the affected population (Demand), ii) encourage the involvement of those affected or otherwise strengthen dominant power structures (Supply), and iii) promote or inhibit economic autonomy, environmental sustainability, social equity and legitimacy of the actors involved (Environment). The research was conducted by the case study method. 196 people participated in a bottom-up participatory process of information gathering. The information collected was processed using two custom tools aimed to analyse complex systems: the program flow and the functional system. The results of case studies 1 and 2 show that the actions were carried out in the best interest of the markets and the actors who made decisions and managed resources, increasing economic dependence, impoverishing those directly affected and fragmenting their social network by promoting an unbalanced, dispersed and segregated urban development, and de-legitimizing the institutions involved in the process. On the contrary, in the case study 3 it is verified that the action has been carried out on behalf of the interests of those directly affected, using endogenous resources, strengthening the social network, promoting a focused and inclusive urban development, and increasing legitimacy of the institutions involved. The comparative analysis of the results shows that poverty, social exclusion and precarious housing in South Irregular Pikine are not a problem of lack of resources but of unethical behaviour of those who manage and finance physical and social transformation processes, as well as unwillingness on the part of the authorities to involve citizens in the decision making processes for the actions and programs that affect them. Finally we conclude that the enemy to fight against is not poverty but unfair systems that generate poverty and exclusion. RÉSUMÉ La pression sur le foncier dans la presqu'île de Dakar, au Sénégal, a généré un processus de transformation physico-sociale du plus grand établissement auto-produit de la périphérie urbaine de Dakar (Pikine Irrégulier Sud), durant la période 2005-2011. Cette recherche vise à analyser dans quelle mesure les actions menées: i) répondent ou non à l’ensemble des besoins intégrales des personnes concernés (Demande), ii) encouragent l'implication des concernées ou au contraire renforcent les structures de pouvoir dominant (Offre), et iii) favorisent ou non l'autonomie économique, la durabilité environnementale, l'équité sociale et la légitimité des acteurs concernés (Contexte). La recherche a été menée par la méthode des études de cas, par un processus de collecte d'information participative articulée du bas vers le haut dans lequel ont participé 196 personnes. Les informations recueillies ont été traitées à l'aide de deux outils d'analyse de réalités complexes: le système fonctionnel et le flux de programme. Les résultats de l'étude de cas 1 et 2 montrent que les actions ont été menées au profit des intérêts des marchés et des acteurs qui prennent les décisions et gèrent les ressources, augmentant la dépendance économique, appauvrissant ceux qui sont directement concernés et fragmentant leur tissu social, encourageant un développement urbain déséquilibré, dispersé et ségrégé, et délégitimant les institutions concernées. Dans l'étude de cas 3, cependant, il est vérifié que l'action a été menée au profit des intérêts de ceux qui sont directement concernés, en utilisant des ressources endogènes, en renforçant son tissu social, en encourageant un développement urbain concentré et inclusif, et en augmentant la légitimité des institutions concernées. L'analyse comparée des résultats montre que la pauvreté, l'exclusion sociale et le logement précaire, dans le contexte spécifique de la banlieue de Dakar, ne sont pas un problème de manque de ressources, mais de manque d'éthique de la part de ceux qui gèrent et financent les processus de transformation physico-sociale, et de manque de volonté de la part des autorités d'impliquer les citoyens, en particulier ceux qui sont directement concernés, dans le processus de prise de décision des actions et des programmes qui les impliquent. Finalement, on conclut qu'il ne s'agit pas de lutter contre la pauvreté, mais de lutter contre les systèmes injustes qui produisent la pauvreté et l'exclusion.

Agent-based modelling for cement hydration

The Agent-Based Modelling and simulation (ABM) is a rather new approach for studying complex systems withinteracting autonomous agents that has lately undergone great growth in various fields such as biology, physics, social science, economics and business. Efforts to model and simulate the highly complex cement hydration process have been made over the past 40 years, with the aim of predicting the performance of concrete and designing innovative and enhanced cementitious materials. The ABM presented here - based on previous work - focuses on the early stages of cement hydration by modelling the physical-chemical processes at the particle level. The model considers the cement hydration process as a time and 3D space system, involving multiple diffusing and reacting species of spherical particles. Chemical reactions are simulated by adaptively selecting discrete stochastic simulation for the appropriate reaction, whenever that is necessary. Interactions between particles are also considered. The model has been inspired by reported cellular automata?s approach which provides detailed predictions of cement microstructure at the expense of significant computational difficulty. The ABM approach herein seeks to bring about an optimal balance between accuracy and computational efficiency.

X-Ray Diffraction, Calorimetric and Dielectric Relaxation Study of the Amorphous and Smectic States of a Main Chain Liquid Crystalline Polymer

Los polímeros cristales líquidos (LCP) son sistemas complejos que forman mesofases que presentan orden orientacional y polímeros amorfos. Con frecuencia, el estado amorfo isotrópico no puede ser estudiado debido a la rápida formación de mesofases. En este trabajo se ha sintetizado y estudiado un nuevo LCP: poli(trietilenglicol metil p, p '-bibenzoato), PTEMeB. Este polímero presenta una formación de mesofase bastante lenta haciendo posible estudiar de forma independiente tanto los estados amorfo y de cristal líquidos. La estructura y las transiciones de fase del PTEMeB han sido investigados por calorimetría (DSC), con MAXS / WAXS con temperatura variable que emplean radiación de sincrotrón y con difracción de rayos X. Estos estudios han mostrado la existencia de dos transiciones vítreas, relacionadas con las fases amorfa y cristal líquido. Se ha realizado un estudio de relajación dieléctrica en amplios intervalos de temperatura y presión. Se ha encontrado que la transición vítrea dinámica de la fase amorfa es más lenta que la del cristal líquido. El estudio de la relajación ? nos ha permitido seguir la formación isoterma de la mesofase a presión atmosférica. Además, con el estudio el comportamiento dinámico a alta presión se ha encontrado que se produce la formación rápida de la mesofase inducida por cambios bruscos de presión. Liquid crystalline polymers (LCPs) are complex systems that include features of both orientationally ordered mesophases and amorphous polymers. Frequently, the isotropic amorphous state cannot be studied due to the rapid mesophase formation. Here, a new main chain LCP, poly(triethyleneglycol methyl p,p'-bibenzoate), PTEMeB, has been synthesized. It shows a rather slow mesophase formation making possible to study independently both the amorphous and the liquid crystalline states. The structure and phase transitions of PTEMeB have been investigated by calorimetry, variable-temperature MAXS/WAXS employing synchrotron radiation, and X-ray diffraction in oriented fibers. These experiments have pointed out the presence of two glass transitions, related to the amorphous or to the liquid crystal phases. Additionally, the mesophase seems to be a coexistence of orthogonal and tilted smectic phases. A dielectric relaxation study of PTEMeB over broad ranges of temperature and pressure has been performed. The dynamic glass transition turns out to be slower for the amorphous state than for the liquid crystal. Monitoring of the α relaxation has allowed us to follow the isothermal mesophase formation at atmospheric pressure. Additionally, the dynamical behavior at high pressures has pointed out the fast formation of the mesophase induced by sudden pressure changes.

AFRICA BUILD Portal: developing a social network of African health researchers and educators

One of the main outputs of the project is a collaborative platform which integrates a myriad of research and learning resources. This article presents the first prototype of this platform: the AFRICA BUILD Portal (ABP 1.0). The ABP is a Web 2.0 platform which facilitates the access, in a collaborative manner, to these resources. Through a usable web interface, the ABP has been designed to avoid, as much as possible, the connectivity problems of African institutions. In this paper, we suggest that the access to complex systems does not imply slow response rates, and that their development model guides the project to a natural technological transfer, adaptation and user acceptance. Finally, this platform aims to motivate research attitudes during the learning process and stimulate user?s collaborations.

Representing microstates of static granular matter in a stress phase space

A stress phase space is proposed to compare the static packings of a granular system (microstates) that are compatible to a macrostate described by external stresses. The equivalent stress of each particle of a static packing can be obtained from the mechanical interaction forces, and the associated volume is given by the respective Voronoi cell. Therefore, particles can be located at different stress levels and grouped into categories or configurations, which are defined in base of the geometrical features of the local arrangement (in particular, of the number of forces that keep them force-balanced). They can be represented as points in a stress phase space. The nature of this space is analyzed in detail. The integration limits of the stress variables that avoid or limit tensile states and the capability of each configuration to represent specific stress states establish its main features. Furthermore, if some stress variables are used, instead of the usual components of the Cauchy stress tensor, then some symmetries can be found. Results obtained from molecular dynamics simulations are used to check this nature. Finally, some statistical ensembles are written in terms of the coordinates of this phase space. These require some assumptions that are made in base on continuum mechanics principles.

Polimatía prospectiva. De la incertidumbre a los sistemas complejos desde el pensamiento negativo

In opposition to the current period of upheaval and manifest limitations of the quantitative methods to develop forecasting models for reliable in medium and long term future scenarios, it is increasingly necessary turning to qualitative approaches which minimize the impact of unexpected consequences: foresight. Flexible models from the new progress on complex systems development, but seen from the other side, the negative thinking. This is an instrument that looks like so contemporary but it could be inherent to the whole interdisciplinary knowledge transfer. RESUMEN Ante el convulso panorama actual y las patentes limitaciones de los métodos cuantitativos para el desarrollo de modelos de previsión de escenarios futuros fi ables a medio y largo plazo, resulta cada vez más necesario, recurrir a planteamientos cualitativos que minimicen el impacto de las consecuencias imprevistas: la prospectiva. Modelos fl exibles procedentes de los nuevos avances en el desarrollo de los sistemas complejos, pero desde un enfoque distinto, el pensamiento negativo. Un instrumento que si bien parece ser completamente contemporáneo, sería inherente a toda transferencia interdisciplinar de conocimiento.

A methodology proposal to obtain operational parameter forecasts and operational risk assessment in container terminals

Las terminales de contenedores son sistemas complejos en los que un elevado número de actores económicos interactúan para ofrecer servicios de alta calidad bajo una estricta planificación y objetivos económicos. Las conocidas como "terminales de nueva generación" están diseñadas para prestar servicio a los mega-buques, que requieren tasas de productividad que alcanzan los 300 movimientos/ hora. Estas terminales han de satisfacer altos estándares dado que la competitividad entre terminales es elevada. Asegurar la fiabilidad de las planificaciones del atraque es clave para atraer clientes, así como reducir al mínimo el tiempo que el buque permanece en el puerto. La planificación de las operaciones es más compleja que antaño, y las tolerancias para posibles errores, menores. En este contexto, las interrupciones operativas deben reducirse al mínimo. Las principales causas de dichas perturbaciones operacionales, y por lo tanto de incertidumbre, se identifican y caracterizan en esta investigación. Existen una serie de factores que al interactuar con la infraestructura y/o las operaciones desencadenan modos de fallo o parada operativa. Los primeros pueden derivar no solo en retrasos en el servicio sino que además puede tener efectos colaterales sobre la reputación de la terminal, o incluso gasto de tiempo de gestión, todo lo cual supone un impacto para la terminal. En el futuro inmediato, la monitorización de las variables operativas presenta gran potencial de cara a mejorar cualitativamente la gestión de las operaciones y los modelos de planificación de las terminales, cuyo nivel de automatización va en aumento. La combinación del criterio experto con instrumentos que proporcionen datos a corto y largo plazo es fundamental para el desarrollo de herramientas que ayuden en la toma de decisiones, ya que de este modo estarán adaptadas a las auténticas condiciones climáticas y operativas que existen en cada emplazamiento. Para el corto plazo se propone una metodología con la que obtener predicciones de parámetros operativos en terminales de contenedores. Adicionalmente se ha desarrollado un caso de estudio en el que se aplica el modelo propuesto para obtener predicciones de la productividad del buque. Este trabajo se ha basado íntegramente en datos proporcionados por una terminal semi-automatizada española. Por otro lado, se analiza cómo gestionar, evaluar y mitigar el efecto de las interrupciones operativas a largo plazo a través de la evaluación del riesgo, una forma interesante de evaluar el effecto que eventos inciertos pero probables pueden generar sobre la productividad a largo plazo de la terminal. Además se propone una definición de riesgo operativo junto con una discusión de los términos que representan con mayor fidelidad la naturaleza de las actividades y finalmente, se proporcionan directrices para gestionar los resultados obtenidos. Container terminals are complex systems where a large number of factors and stakeholders interact to provide high-quality services under rigid planning schedules and economic objectives. The socalled next generation terminals are conceived to serve the new mega-vessels, which are demanding productivity rates up to 300 moves/hour. These terminals need to satisfy high standards because competition among terminals is fierce. Ensuring reliability in berth scheduling is key to attract clients, as well as to reduce at a minimum the time that vessels stay the port. Because of the aforementioned, operations planning is becoming more complex, and the tolerances for errors are smaller. In this context, operational disturbances must be reduced at a minimum. The main sources of operational disruptions and thus, of uncertainty, are identified and characterized in this study. External drivers interact with the infrastructure and/or the activities resulting in failure or stoppage modes. The later may derive not only in operational delays but in collateral and reputation damage or loss of time (especially management times), all what implies an impact for the terminal. In the near future, the monitoring of operational variables has great potential to make a qualitative improvement in the operations management and planning models of terminals that use increasing levels of automation. The combination of expert criteria with instruments that provide short- and long-run data is fundamental for the development of tools to guide decision-making, since they will be adapted to the real climatic and operational conditions that exist on site. For the short-term a method to obtain operational parameter forecasts in container terminals. To this end, a case study is presented, in which forecasts of vessel performance are obtained. This research has been entirely been based on data gathered from a semi-automated container terminal from Spain. In the other hand it is analyzed how to manage, evaluate and mitigate disruptions in the long-term by means of the risk assessment, an interesting approach to evaluate the effect of uncertain but likely events on the long-term throughput of the terminal. In addition, a definition for operational risk evaluation in port facilities is proposed along with a discussion of the terms that better represent the nature of the activities involved and finally, guidelines to manage the results obtained are provided.

Modelado de un servicio de M-Salud basado en dinámica de sistemas

En términos generales, m-salud puede definirse como el conjunto de sistemas de información, sensores médicos y tecnologías de comunicaciones móviles para el cuidado de la salud. La creciente disponibilidad, miniaturización, comportamiento, velocidades de transmisión de datos cada vez mayores y la esperada convergencia de tecnologías de red y comunicaciones inalámbricas en torno a los sistemas de salud móviles están acelerando el despliegue de estos sistemas y la provisión de servicios de m-salud, como por ejemplo, la teleasistencia móvil. El concepto emergente de m-salud conlleva retos importantes (estudios técnicos, análisis, modelado de la provisión de servicios, etc.) que hay que afrontar para impulsar la evolución de los sistemas y servicios de e-salud ofrecidos desde tecnologías de telecomunicación que utilizan acceso por cable y redes fijas, hacia configuraciones móviles e inalámbricas de última generación. En este trabajo se analizará primeramente el significado e implicaciones de m-salud y la situación en la que se encuentra; los retos a los que hay que enfrentarse para su implantación y provisión así como su tendencia. De los múltiples y diferentes servicios que se pueden proveer se ha identificado el servicio de Localización de Personas LoPe, lanzado por Cruz Roja en febrero de 2007, para teleasistencia móvil y que permite conocer en todo momento la ubicación de la persona que porta su dispositivo asociado. Orientado a personas con discapacidad, en situación de riesgo o dependencia por deterioro cognitivo, tiene como objetivo ayudarlas a recuperar su autonomía personal. La provisión de este servicio se modelará mediante dinámica de sistemas, ya que esta teoría se considera idónea para modelar sistemas complejos que evolucionan con el tiempo. El resultado final es un modelo que implementado a través de la herramienta Studio 8® de la compañía noruega Powersim Software AS nos ha permitido analizar y evaluar su comportamiento a lo largo del tiempo, además de permitirnos extraer conclusiones sobre el mismo y plantear futuras mejoras sobre el servicio. ABSTRACT. In general terms, m-health can be defined as “mobile computing, medical sensor, and communications technologies for health care.” The increased availability, miniaturization, performance, enhanced data rates, and the expected convergence of future wireless communication and network technologies around mobile health systems are accelerating the deployment of m-health systems and services, for instance, mobile telecare. The emerging concept of m-health involves significant challenges (technical studies, analysis, modeling of service provision, etc.) that must be tackled to drive the development of e-health services and systems offered by telecommunication technologies that use wired and fixed networks towards wireless and mobile new generation networks. Firstly, in this master’s thesis, the meaning and implications of m-health and its current situation are analyzed. This analysis also includes the challenges that must be tackled for the implementation and provision of m-health technologies and services and the m-health trends. Among the many different m-health services already delivered, the Localización de Personas LoPe service has been identified to work with it. This service, launched by Spanish Red Cross in February 2007, enables to locate people who carry the associated device. It’s aimed at people with disabilities, at risk or dependency due to cognitive impairment and helps them to recover their personal autonomy. The provision of this service will be modeled with system dynamics considering that this theory suits very well the modeling of complex systems which evolve over time. The final result is a system dynamics model of the service implemented with Studio 8® tool developed by Powersim Software AS, a Norwegian company. This model has allowed us to analyze and evaluate its behaviour over time, as well as to draw conclusions and to consider some future improvements in the service.

Implementación de un entorno de mantenimiento centralizado para el diagnóstico y aislamiento de fallos en plataformas de sistemas modulares

En la actualidad gran parte de las industrias utilizan o desarrollan plataformas, las cuales integran un número cada vez más elevado de sistemas complejos. El mantenimiento centralizado permite optimizar el mantenimiento de estas plataformas, por medio de la integración de un sistema encargado de gestionar el mantenimiento de todos los sistemas de la plataforma. Este Trabajo Fin de Máster (TFM) desarrolla el concepto de mantenimiento centralizado para sistemas complejos, aplicable a plataformas formadas por sistemas modulares. Está basado en la creciente demanda de las diferentes industrias en las que se utilizan este tipo de plataformas, como por ejemplo la industria aeronáutica, del ferrocarril y del automóvil. Para ello este TFM analiza el Estado del Arte de los sistemas de mantenimiento centralizados en diferentes industrias, además desarrolla los diferentes tipos de arquitecturas de sistemas, las técnicas de mantenimiento aplicables, así como los sistemas y técnicas de mantenimiento basados en funciones de monitorización y auto diagnóstico denominadas Built-In-Test Equipment (BITE). Adicionalmente, este TFM incluye el desarrollo e implementación de un modelo de un Entorno de Mantenimiento Centralizado en LabVIEW. Este entorno está formado por el modelo de un Sistema Patrón, así como el modelo del Sistema de Mantenimiento Centralizado y la interfaces entre ellos. El modelo del Sistema de Mantenimiento Centralizado integra diferentes funciones para el diagnóstico y aislamiento de los fallos. Así mismo, incluye una función para el análisis estadístico de los datos de fallos almacenados por el propio sistema, con el objetivo de proporcionar capacidades de mantenimiento predictivo a los sistemas del entorno. Para la implementación del modelo del Entorno de Mantenimiento Centralizado se han utilizado recursos de comunicaciones vía TCP/IP, modelización y almacenamiento de datos en ficheros XML y generación automática de informes en HTML. ABSTRACT. Currently several industries are developing or are making use of multi system platforms. These platforms are composed by many complex systems. The centralized maintenance allows the maintenance optimization, integrating a maintenance management system. This system is in charge of managing the maintenance dialog with the different and multiple platforms. This Master Final Project (TFM) develops the centralized maintenance concept for platforms integrated by modular and complex systems. This TFM is based on the demand of the industry that uses or develops multi system platforms, as aeronautic, railway, and automotive industries. In this way, this TFM covers and analyzes several aspects of the centralized maintenance systems like the State of the Art, for several industries. Besides this work develops different systems architecture types, maintenance techniques, and techniques and systems based on Built-in-test Equipment functions. Additionally, this TFM includes a LabVIEW Centralized System Environment model. This model is composed by a Standard System, the Centralized Maintenance System and the corresponding interfaces. Several diagnostic and fault isolation functions are integrated on the Centralized Maintenance Systems, as well a statistic analysis function, that provides with predictive maintenance capacity, based on the failure data stored by the system. Among others, the following resources have been used for the Centralized System Environment model development: TCP/IP communications, XML file data modelization and storing, and also automatic HTML reports generation.

Compilador de consultas tipo SQL para sistema de procesamiento masivo de eventos CEP

El paradigma de procesamiento de eventos CEP plantea la solución al reto del análisis de grandes cantidades de datos en tiempo real, como por ejemplo, monitorización de los valores de bolsa o el estado del tráfico de carreteras. En este paradigma los eventos recibidos deben procesarse sin almacenarse debido a que el volumen de datos es demasiado elevado y a las necesidades de baja latencia. Para ello se utilizan sistemas distribuidos con una alta escalabilidad, elevado throughput y baja latencia. Este tipo de sistemas son usualmente complejos y el tiempo de aprendizaje requerido para su uso es elevado. Sin embargo, muchos de estos sistemas carecen de un lenguaje declarativo de consultas en el que expresar la computación que se desea realizar sobre los eventos recibidos. En este trabajo se ha desarrollado un lenguaje declarativo de consultas similar a SQL y un compilador que realiza la traducción de este lenguaje al lenguaje nativo del sistema de procesamiento masivo de eventos. El lenguaje desarrollado en este trabajo es similar a SQL, con el que se encuentran familiarizados un gran número de desarrolladores y por tanto aprender este lenguaje no supondría un gran esfuerzo. Así el uso de este lenguaje logra reducir los errores en ejecución de la consulta desplegada sobre el sistema distribuido al tiempo que se abstrae al programador de los detalles de este sistema.---ABSTRACT---The complex event processing paradigm CEP has become the solution for high volume data analytics which demand scalability, high throughput, and low latency. Examples of applications which use this paradigm are financial processing or traffic monitoring. A distributed system is used to achieve the performance requisites. These same requisites force the distributed system not to store the events but to process them on the fly as they are received. These distributed systems are complex systems which require a considerably long time to learn and use. The majority of such distributed systems lack a declarative language in which to express the computation to perform over incoming events. In this work, a new SQL-like declarative language and a compiler have been developed. This compiler translates this new language to the distributed system native language. Due to its similarity with SQL a vast amount of developers who are already familiar with SQL will need little time to learn this language. Thus, this language reduces the execution failures at the time the programmer no longer needs to know every single detail of the underlying distributed system to submit a query.

Análisis de la actividad neuronal y cerebral mediante técnicas de redes complejas

El cerebro humano es probablemente uno de los sistemas más complejos a los que nos enfrentamos en la actualidad, si bien es también uno de los más fascinantes. Sin embargo, la compresión de cómo el cerebro organiza su actividad para llevar a cabo tareas complejas es un problema plagado de restos y obstáculos. En sus inicios la neuroimagen y la electrofisiología tenían como objetivo la identificación de regiones asociadas a activaciones relacionadas con tareas especificas, o con patrones locales que variaban en el tiempo dada cierta actividad. Sin embargo, actualmente existe un consenso acerca de que la actividad cerebral tiene un carácter temporal multiescala y espacialmente extendido, lo que lleva a considerar el cerebro como una gran red de áreas cerebrales coordinadas, cuyas conexiones funcionales son continuamente creadas y destruidas. Hasta hace poco, el énfasis de los estudios de la actividad cerebral funcional se han centrado en la identidad de los nodos particulares que forman estas redes, y en la caracterización de métricas de conectividad entre ellos: la hipótesis subyacente es que cada nodo, que es una representación mas bien aproximada de una región cerebral dada, ofrece a una única contribución al total de la red. Por tanto, la neuroimagen funcional integra los dos ingredientes básicos de la neuropsicología: la localización de la función cognitiva en módulos cerebrales especializados y el rol de las fibras de conexión en la integración de dichos módulos. Sin embargo, recientemente, la estructura y la función cerebral han empezado a ser investigadas mediante la Ciencia de la Redes, una interpretación mecánico-estadística de una antigua rama de las matemáticas: La teoría de grafos. La Ciencia de las Redes permite dotar a las redes funcionales de una gran cantidad de propiedades cuantitativas (robustez, centralidad, eficiencia, ...), y así enriquecer el conjunto de elementos que describen objetivamente la estructura y la función cerebral a disposición de los neurocientíficos. La conexión entre la Ciencia de las Redes y la Neurociencia ha aportado nuevos puntos de vista en la comprensión de la intrincada anatomía del cerebro, y de cómo las patrones de actividad cerebral se pueden sincronizar para generar las denominadas redes funcionales cerebrales, el principal objeto de estudio de esta Tesis Doctoral. Dentro de este contexto, la complejidad emerge como el puente entre las propiedades topológicas y dinámicas de los sistemas biológicos y, específicamente, en la relación entre la organización y la dinámica de las redes funcionales cerebrales. Esta Tesis Doctoral es, en términos generales, un estudio de cómo la actividad cerebral puede ser entendida como el resultado de una red de un sistema dinámico íntimamente relacionado con los procesos que ocurren en el cerebro. Con este fin, he realizado cinco estudios que tienen en cuenta ambos aspectos de dichas redes funcionales: el topológico y el dinámico. De esta manera, la Tesis está dividida en tres grandes partes: Introducción, Resultados y Discusión. En la primera parte, que comprende los Capítulos 1, 2 y 3, se hace un resumen de los conceptos más importantes de la Ciencia de las Redes relacionados al análisis de imágenes cerebrales. Concretamente, el Capitulo 1 está dedicado a introducir al lector en el mundo de la complejidad, en especial, a la complejidad topológica y dinámica de sistemas acoplados en red. El Capítulo 2 tiene como objetivo desarrollar los fundamentos biológicos, estructurales y funcionales del cerebro, cuando éste es interpretado como una red compleja. En el Capítulo 3, se resumen los objetivos esenciales y tareas que serán desarrolladas a lo largo de la segunda parte de la Tesis. La segunda parte es el núcleo de la Tesis, ya que contiene los resultados obtenidos a lo largo de los últimos cuatro años. Esta parte está dividida en cinco Capítulos, que contienen una versión detallada de las publicaciones llevadas a cabo durante esta Tesis. El Capítulo 4 está relacionado con la topología de las redes funcionales y, específicamente, con la detección y cuantificación de los nodos mas importantes: aquellos denominados “hubs” de la red. En el Capítulo 5 se muestra como las redes funcionales cerebrales pueden ser vistas no como una única red, sino más bien como una red-de-redes donde sus componentes tienen que coexistir en una situación de balance funcional. De esta forma, se investiga cómo los hemisferios cerebrales compiten para adquirir centralidad en la red-de-redes, y cómo esta interacción se mantiene (o no) cuando se introducen fallos deliberadamente en la red funcional. El Capítulo 6 va un paso mas allá al considerar las redes funcionales como sistemas vivos. En este Capítulo se muestra cómo al analizar la evolución de la topología de las redes, en vez de tratarlas como si estas fueran un sistema estático, podemos caracterizar mejor su estructura. Este hecho es especialmente relevante cuando se quiere tratar de encontrar diferencias entre grupos que desempeñan una tarea de memoria, en la que las redes funcionales tienen fuertes fluctuaciones. En el Capítulo 7 defino cómo crear redes parenclíticas a partir de bases de datos de actividad cerebral. Este nuevo tipo de redes, recientemente introducido para estudiar las anormalidades entre grupos de control y grupos anómalos, no ha sido implementado nunca en datos cerebrales y, en este Capítulo explico cómo hacerlo cuando se quiere evaluar la consistencia de la dinámica cerebral. Para concluir esta parte de la Tesis, el Capítulo 8 se centra en la relación entre las propiedades topológicas de los nodos dentro de una red y sus características dinámicas. Como mostraré más adelante, existe una relación entre ellas que revela que la posición de un nodo dentro una red está íntimamente correlacionada con sus propiedades dinámicas. Finalmente, la última parte de esta Tesis Doctoral está compuesta únicamente por el Capítulo 9, el cual contiene las conclusiones y perspectivas futuras que pueden surgir de los trabajos expuestos. En vista de todo lo anterior, espero que esta Tesis aporte una perspectiva complementaria sobre uno de los más extraordinarios sistemas complejos frente a los que nos encontramos: El cerebro humano. ABSTRACT The human brain is probably one of the most complex systems we are facing, thus being a timely and fascinating object of study. Characterizing how the brain organizes its activity to carry out complex tasks is highly non-trivial. While early neuroimaging and electrophysiological studies typically aimed at identifying patches of task-specific activations or local time-varying patterns of activity, there has now been consensus that task-related brain activity has a temporally multiscale, spatially extended character, as networks of coordinated brain areas are continuously formed and destroyed. Up until recently, though, the emphasis of functional brain activity studies has been on the identity of the particular nodes forming these networks, and on the characterization of connectivity metrics between them, the underlying covert hypothesis being that each node, constituting a coarse-grained representation of a given brain region, provides a unique contribution to the whole. Thus, functional neuroimaging initially integrated the two basic ingredients of early neuropsychology: localization of cognitive function into specialized brain modules and the role of connection fibres in the integration of various modules. Lately, brain structure and function have started being investigated using Network Science, a statistical mechanics understanding of an old branch of pure mathematics: graph theory. Network Science allows endowing networks with a great number of quantitative properties, thus vastly enriching the set of objective descriptors of brain structure and function at neuroscientists’ disposal. The link between Network Science and Neuroscience has shed light about how the entangled anatomy of the brain is, and how cortical activations may synchronize to generate the so-called functional brain networks, the principal object under study along this PhD Thesis. Within this context, complexity appears to be the bridge between the topological and dynamical properties of biological systems and, more specifically, the interplay between the organization and dynamics of functional brain networks. This PhD Thesis is, in general terms, a study of how cortical activations can be understood as the output of a network of dynamical systems that are intimately related with the processes occurring in the brain. In order to do that, I performed five studies that encompass both the topological and the dynamical aspects of such functional brain networks. In this way, the Thesis is divided into three major parts: Introduction, Results and Discussion. In the first part, comprising Chapters 1, 2 and 3, I make an overview of the main concepts of Network Science related to the analysis of brain imaging. More specifically, Chapter 1 is devoted to introducing the reader to the world of complexity, specially to the topological and dynamical complexity of networked systems. Chapter 2 aims to develop the biological, topological and functional fundamentals of the brain when it is seen as a complex network. Next, Chapter 3 summarizes the main objectives and tasks that will be developed along the forthcoming Chapters. The second part of the Thesis is, in turn, its core, since it contains the results obtained along these last four years. This part is divided into five Chapters, containing a detailed version of the publications carried out during the Thesis. Chapter 4 is related to the topology of functional networks and, more specifically, to the detection and quantification of the leading nodes of the network: the hubs. In Chapter 5 I will show that functional brain networks can be viewed not as a single network, but as a network-of-networks, where its components have to co-exist in a trade-off situation. In this way, I investigate how the brain hemispheres compete for acquiring the centrality of the network-of-networks and how this interplay is maintained (or not) when failures are introduced in the functional network. Chapter 6 goes one step beyond by considering functional networks as living systems. In this Chapter I show how analyzing the evolution of the network topology instead of treating it as a static system allows to better characterize functional networks. This fact is especially relevant when trying to find differences between groups performing certain memory tasks, where functional networks have strong fluctuations. In Chapter 7 I define how to create parenclitic networks from brain imaging datasets. This new kind of networks, recently introduced to study abnormalities between control and anomalous groups, have not been implemented with brain datasets and I explain in this Chapter how to do it when evaluating the consistency of brain dynamics. To conclude with this part of the Thesis, Chapter 8 is devoted to the interplay between the topological properties of the nodes within a network and their dynamical features. As I will show, there is an interplay between them which reveals that the position of a node in a network is intimately related with its dynamical properties. Finally, the last part of this PhD Thesis is composed only by Chapter 9, which contains the conclusions and future perspectives that may arise from the exposed results. In view of all, I hope that reading this Thesis will give a complementary perspective of one of the most extraordinary complex systems: The human brain.

Desarrollo de soluciones a la gestión de las emergencias como Sistema Complejo: aplicación a la Comunidad de Madrid

En la presente tesis se desarrolla una metodología y una herramienta informática que permite abordar de forma eficaz y eficiente problemas de gestión de los recursos intervinientes en emergencias. Se posibilita, a través de indicadores innovadores como el Índice de Respuesta Operativa (I.RO.), una evaluación correcta del riesgo real en función de los medios disponibles y de su probabilidad de colapso, permitiendo desarrollar una optimización de la utilización estos medios tanto en el presente como en escenarios futuros. Para su realización se describen inicialmente los principales actores que intervienen en las emergencias evaluándolos y mostrando las sinergias existentes. Se define y analiza, a través de sistemas complejos socialmente inteligentes (SCSI) el “ciclo de global de las emergencias”: planificación, prevención, detección, intervención, rehabilitación y el tratamiento informativo de la crisis. Del mismo modo se definen los distintos escenarios donde se interviene y cómo se puede prever su evolución. Para ello se establecen unas tipologías de siniestros y se identifican las similitudes o diferencias entre ellos. También se describe y modela el problema de la toma de decisiones a nivel de planificación operativa, desde la localización de instalaciones, tipologías de parques de bomberos, etc. Para demostrar la viabilidad de la metodología desarrollada se realiza su aplicación al territorio de la Comunidad Autónoma de Madrid obteniendo resultados satisfactorios a partir de los datos existentes. Es un estudio totalmente innovador y de amplia repercusión no solo en la gestión de las emergencias sino también en otros campos tales como el de estrategia militar, comercial, de gestión de organizaciones, etc. ABSTRACT This Phd Thesis presents a method and software tool that allows facing, in an efficient and effective manner, the resources involved in emergencies. It enables a correct assessment of the real risk as a function of the available resources and its collapse likelihood. This is achieved by mean of some novel indexes such as the Operative Response Index. Therefore, it allows a current and future optimization of the use of available resources. First, it describes the main factors affecting emergencies, assessing them and showing existing synergies. Then, it defines and analyse through complex systems socially intelligent (CSSI) the overall emergency cycle: planning, prevention, detection, intervention, rehabilitation and informative crisis coverage. Similarly, it defines the scenarios of intervention and how to forecast their progress. To this end, some typologies of disasters are defined, identifying commonalities. Moreover, it also describes and model decision-making issues at operationalplanning level, such as the location of facilities, typologies of fire stations, etc. In order to prove the feasibility of the developed methodology, it is applied to the Comunidad Autónoma de Madrid, getting successful results from the existing data. This Phd Thesis is an innovative study with far reaching impact, not only in emergency management but also in other fields such as the military, business strategy, organizational management, etc.

Strong Connectivity in Directed Hypergraphs and its Application to the Atomic Decomposition of Ontologies

Los hipergrafos dirigidos se han empleado en problemas relacionados con lógica proposicional, bases de datos relacionales, linguística computacional y aprendizaje automático. Los hipergrafos dirigidos han sido también utilizados como alternativa a los grafos (bipartitos) dirigidos para facilitar el estudio de las interacciones entre componentes de sistemas complejos que no pueden ser fácilmente modelados usando exclusivamente relaciones binarias. En este contexto, este tipo de representación es conocida como hiper-redes. Un hipergrafo dirigido es una generalización de un grafo dirigido especialmente adecuado para la representación de relaciones de muchos a muchos. Mientras que una arista en un grafo dirigido define una relación entre dos de sus nodos, una hiperarista en un hipergrafo dirigido define una relación entre dos conjuntos de sus nodos. La conexión fuerte es una relación de equivalencia que divide el conjunto de nodos de un hipergrafo dirigido en particiones y cada partición define una clase de equivalencia conocida como componente fuertemente conexo. El estudio de los componentes fuertemente conexos de un hipergrafo dirigido puede ayudar a conseguir una mejor comprensión de la estructura de este tipo de hipergrafos cuando su tamaño es considerable. En el caso de grafo dirigidos, existen algoritmos muy eficientes para el cálculo de los componentes fuertemente conexos en grafos de gran tamaño. Gracias a estos algoritmos, se ha podido averiguar que la estructura de la WWW tiene forma de “pajarita”, donde más del 70% del los nodos están distribuidos en tres grandes conjuntos y uno de ellos es un componente fuertemente conexo. Este tipo de estructura ha sido también observada en redes complejas en otras áreas como la biología. Estudios de naturaleza similar no han podido ser realizados en hipergrafos dirigidos porque no existe algoritmos capaces de calcular los componentes fuertemente conexos de este tipo de hipergrafos. En esta tesis doctoral, hemos investigado como calcular los componentes fuertemente conexos de un hipergrafo dirigido. En concreto, hemos desarrollado dos algoritmos para este problema y hemos determinado que son correctos y cuál es su complejidad computacional. Ambos algoritmos han sido evaluados empíricamente para comparar sus tiempos de ejecución. Para la evaluación, hemos producido una selección de hipergrafos dirigidos generados de forma aleatoria inspirados en modelos muy conocidos de grafos aleatorios como Erdos-Renyi, Newman-Watts-Strogatz and Barabasi-Albert. Varias optimizaciones para ambos algoritmos han sido implementadas y analizadas en la tesis. En concreto, colapsar los componentes fuertemente conexos del grafo dirigido que se puede construir eliminando ciertas hiperaristas complejas del hipergrafo dirigido original, mejora notablemente los tiempos de ejecucion de los algoritmos para varios de los hipergrafos utilizados en la evaluación. Aparte de los ejemplos de aplicación mencionados anteriormente, los hipergrafos dirigidos han sido también empleados en el área de representación de conocimiento. En concreto, este tipo de hipergrafos se han usado para el cálculo de módulos de ontologías. Una ontología puede ser definida como un conjunto de axiomas que especifican formalmente un conjunto de símbolos y sus relaciones, mientras que un modulo puede ser entendido como un subconjunto de axiomas de la ontología que recoge todo el conocimiento que almacena la ontología sobre un conjunto especifico de símbolos y sus relaciones. En la tesis nos hemos centrado solamente en módulos que han sido calculados usando la técnica de localidad sintáctica. Debido a que las ontologías pueden ser muy grandes, el cálculo de módulos puede facilitar las tareas de re-utilización y mantenimiento de dichas ontologías. Sin embargo, analizar todos los posibles módulos de una ontología es, en general, muy costoso porque el numero de módulos crece de forma exponencial con respecto al número de símbolos y de axiomas de la ontología. Afortunadamente, los axiomas de una ontología pueden ser divididos en particiones conocidas como átomos. Cada átomo representa un conjunto máximo de axiomas que siempre aparecen juntos en un modulo. La decomposición atómica de una ontología es definida como un grafo dirigido de tal forma que cada nodo del grafo corresponde con un átomo y cada arista define una dependencia entre una pareja de átomos. En esta tesis introducimos el concepto de“axiom dependency hypergraph” que generaliza el concepto de descomposición atómica de una ontología. Un modulo en una ontología correspondería con un componente conexo en este tipo de hipergrafos y un átomo de una ontología con un componente fuertemente conexo. Hemos adaptado la implementación de nuestros algoritmos para que funcionen también con axiom dependency hypergraphs y poder de esa forma calcular los átomos de una ontología. Para demostrar la viabilidad de esta idea, hemos incorporado nuestros algoritmos en una aplicación que hemos desarrollado para la extracción de módulos y la descomposición atómica de ontologías. A la aplicación la hemos llamado HyS y hemos estudiado sus tiempos de ejecución usando una selección de ontologías muy conocidas del área biomédica, la mayoría disponibles en el portal de Internet NCBO. Los resultados de la evaluación muestran que los tiempos de ejecución de HyS son mucho mejores que las aplicaciones más rápidas conocidas. ABSTRACT Directed hypergraphs are an intuitive modelling formalism that have been used in problems related to propositional logic, relational databases, computational linguistic and machine learning. Directed hypergraphs are also presented as an alternative to directed (bipartite) graphs to facilitate the study of the interactions between components of complex systems that cannot naturally be modelled as binary relations. In this context, they are known as hyper-networks. A directed hypergraph is a generalization of a directed graph suitable for representing many-to-many relationships. While an edge in a directed graph defines a relation between two nodes of the graph, a hyperedge in a directed hypergraph defines a relation between two sets of nodes. Strong-connectivity is an equivalence relation that induces a partition of the set of nodes of a directed hypergraph into strongly-connected components. These components can be collapsed into single nodes. As result, the size of the original hypergraph can significantly be reduced if the strongly-connected components have many nodes. This approach might contribute to better understand how the nodes of a hypergraph are connected, in particular when the hypergraphs are large. In the case of directed graphs, there are efficient algorithms that can be used to compute the strongly-connected components of large graphs. For instance, it has been shown that the macroscopic structure of the World Wide Web can be represented as a “bow-tie” diagram where more than 70% of the nodes are distributed into three large sets and one of these sets is a large strongly-connected component. This particular structure has been also observed in complex networks in other fields such as, e.g., biology. Similar studies cannot be conducted in a directed hypergraph because there does not exist any algorithm for computing the strongly-connected components of the hypergraph. In this thesis, we investigate ways to compute the strongly-connected components of directed hypergraphs. We present two new algorithms and we show their correctness and computational complexity. One of these algorithms is inspired by Tarjan’s algorithm for directed graphs. The second algorithm follows a simple approach to compute the stronglyconnected components. This approach is based on the fact that two nodes of a graph that are strongly-connected can also reach the same nodes. In other words, the connected component of each node is the same. Both algorithms are empirically evaluated to compare their performances. To this end, we have produced a selection of random directed hypergraphs inspired by existent and well-known random graphs models like Erd˝os-Renyi and Newman-Watts-Strogatz. Besides the application examples that we mentioned earlier, directed hypergraphs have also been employed in the field of knowledge representation. In particular, they have been used to compute the modules of an ontology. An ontology is defined as a collection of axioms that provides a formal specification of a set of terms and their relationships; and a module is a subset of an ontology that completely captures the meaning of certain terms as defined in the ontology. In particular, we focus on the modules computed using the notion of syntactic locality. As ontologies can be very large, the computation of modules facilitates the reuse and maintenance of these ontologies. Analysing all modules of an ontology, however, is in general not feasible as the number of modules grows exponentially in the number of terms and axioms of the ontology. Nevertheless, the modules can succinctly be represented using the Atomic Decomposition of an ontology. Using this representation, an ontology can be partitioned into atoms, which are maximal sets of axioms that co-occur in every module. The Atomic Decomposition is then defined as a directed graph such that each node correspond to an atom and each edge represents a dependency relation between two atoms. In this thesis, we introduce the notion of an axiom dependency hypergraph which is a generalization of the atomic decomposition of an ontology. A module in the ontology corresponds to a connected component in the hypergraph, and the atoms of the ontology to the strongly-connected components. We apply our algorithms for directed hypergraphs to axiom dependency hypergraphs and in this manner, we compute the atoms of an ontology. To demonstrate the viability of this approach, we have implemented the algorithms in the application HyS which computes the modules of ontologies and calculate their atomic decomposition. In the thesis, we provide an experimental evaluation of HyS with a selection of large and prominent biomedical ontologies, most of which are available in the NCBO Bioportal. HyS outperforms state-of-the-art implementations in the tasks of extracting modules and computing the atomic decomposition of these ontologies.