Aplicação de redes neurais artificiais na classificação de padrões filogeográficos com base na variabilidade genômica do DNA mitocondrial

Historicamente, o processo de formação das populações da Amazônia, assim como de todo território brasileiro, envolveu três grupos étnicos principais: o ameríndio, o europeu e o africano. Como conseqüência, estas populações possuem em geral constituição miscigenada do ponto de vista social e biológico. Desde o final do século passado, estudos do DNA mitocondrial (mtDNA) tem sido desenvolvidos com o propósito de estimar a mistura interétnica presente nestas populações. Para isto, é de fundamental importância a classificação de uma determinada linhagem de mtDNA em um dos mais de 250 haplogrupos/subclados propostos na literatura. Com o objetivo de desenvolver um sistema automatizado, preciso e acurado de classificação de seqüências (linhagens) de mtDNA, o presente trabalhou lançou mão da técnica de Redes Neurais Artificiais (RNA’s) tendo como base os estudos de filogeografia. Para esta classificação, foram desenvolvidas quatro redes neurais artificiais diretas, com múltiplas camadas e algoritmo de aprendizagem de retropropagação. As entradas de cada rede equivalem às posições nucleotídicas polimórficas da região hipervariável do DNA mitocondrial, as quais retornam como saída a classificação específica de cada linhagem. Posterior ao treinamento, todas as redes apresentaram índices de acerto de 100%, demonstrando que a técnica de Rede Neural Artificial pode ser utilizada, com êxito, na classificação de padrões filogeográficos com base no DNA mitocondrial.

Hematologia como ferramenta no monitoramento do "status" da cadeia produtiva de oito espécies de Acaris ornamentais (Loricariidae) do médio Rio Guamá, estado do Pará

O presente trabalho monitorou a saúde de oito espécies de acaris ornamentais capturados e comercializados no Médio Rio Guamá - Pará, através do estabelecimento do quadro hematológico basal, avaliação de estresse de transporte e de infecção por Trypanosoma spp. São elas: ancistrus (Ancistrus sp. - L338), loricaia (Rineloricaia lanceolata - L10), picoto (Hypostomus sp. - L28), bola (Peckoltia oligospila - L06), pleco (Cochilodon sp. - L145), canoa (Lasiancistrus saetiger - L323), assacu (Pseudacanthicus spinosus - L160) e pinima (Leporacanthicus galaxias - L07). As coletas sanguíneas para a determinação do quadro hematológico basal (Capítulos I e II) foram realizadas ainda no local da captura dos peixes, sob o mínimo de estresse possível. Separarou-se as amostras sanguíneas não infectadas para possibilitar comparações com as do após-estresse de transporte (Capítulos III e IV) e também com as infectados por Trypanosoma spp. (Capítulo V). O estresse de transporte estabelecido durou 3h, com densidade de 1,5 peixe/L, simulando o processo de comercialização dos peixes na região e foi avaliado após 0, 6, 24, 48, 72 e 96h. Nos Capítulos I e II, observou-se que o hemograma basal apresentou diferença significativa (p>0,05) entre os as sete espécies de acaris, apesar de estas pertencerem a mesma família e compartilharem nichos ecológicos semelhantes. O estresse de transporte por 3h (Capítulos III e IV) não comprometeu a saúde dos acaris, pois a maioria dos parâmetros hematológicos retornou aos níveis basais em 24h em bola, em 48h em pleco e em 72h em picoto, sendo estes, respectivamente, os períodos mínimos indicados para a aclimatação destes peixes antes de uma nova comercialização. Todas as oito espécies de acaris estudadas estavam infectadas por Tryopanosoma spp. (Capítulo V). Encontrou-se anemia normocítica-hipocrômica em ancistrus e canoa, e anemia macrocítica-hipocrômica em loricaia. Pinimas infectados apresentaram quadro de estresse com linfocitopenia, neutrofilia e monocitose. Assim, os resultados deste ensaio proporcionaram a avaliação da higidez destas espécies de acaris ornamentais através de exames hematológicos, podendo assim subsidiar o desenvolvimento ou a adequação do manejo menos estressante para estes peixes, de forma a auxiliar a sustentabilidade da cadeia extrativista das espécies ornamentais.

Análise da cadeia produtiva da indústria moveleira na Região de Imperatriz

Este trabalho tem por objetivo analisar o atual estágio de desenvolvimento em que se encontra a indústria moveleira na região de Imperatriz que além de Imperatriz, inclui os municípios de Acailândia e João Lisboa no Maranhão, bem como, a sua importância social e econômica, por considerar que o ambiente reúne vários elementos capazes de caracterizá-lo como um arranjo produtivo local de relativa grandeza, especialmente pela tradição, quantidade de empreendimentos existentes e a proximidade entre eles. O que se denomina de arranjo produtivo local, refere-se aos diferentes tipos de aglomerações produtivas tratados na literatura e servirá de base teórica para as outras fundamentações a seguir. Analisa-se o grau de cooperação entre as firmas da região de Imperatriz, e as instituições de apoio e promoção do setor de madeira e móveis, e os possíveis ganhos característicos das economias de aglomeração, por se considerar que a capacitação produtiva em tese, não tem maiores progressos em ambientes isolados. A evolução dos arranjos produtivos locais, historicamente vem acontecendo em espaços que adotam como regra a cooperação e a interação entre os agentes, sempre no sentido de se criar a ambiência institucional capaz de promover mudanças positivas. Por fim, de forma individualizada, analisa-se os municípios de Acailândia e João Lisboa, enfocando as suas respectivas peculiaridades durante a trajetória da industrialização de madeira e móveis.

Análise de domínio para avaliação de tesauros: uma experiência com a cadeia produtiva do calçado no Brasil

Pós-graduação em Ciência da Informação - FFC

Análises moleculares da região controle do DNA mitocondrial de astrocitomas na população paraense

O câncer do sistema nervoso central representa 2% de todas as neoplasias malignas na população mundial e 23% dos casos de câncer infantil. No Brasil, estimam-se 4.820 casos deste câncer em homens e 4.450 em mulheres para o ano de 2012. Os gliomas são tumores do sistema nervoso central formados a partir de células da glia e somam mais de 70% do tumores cerebrais. A propriedade mais importante dos gliomas é sua capacidade de evasão imunológica. Idade, etnia, gênero e ocupação podem ser considerados fatores de risco para o surgimento de gliomas, e são duas vezes mais frequentes em afro-americanos. O astrocitoma é o tumor glial mais frequente, constituindo cerca de 75% dos casos de gliomas. Estes tumores são classificados em quatro graus, de acordo com a Organização Mundial de Saúde. O DNA mitocondrial está relacionado com o desenvolvimento e a progressão de vários tipos de tumores. A mitocôndria é responsável pelo balanço energético celular e está envolvida no disparo da apoptose em resposta ao estresse oxidativo. Mutações na D-LOOP podem alterar a taxa de replicação do DNA e aumentar o risco do desenvolvimento do câncer. Neste estudo foram analisadas 29 amostras de astrocitoma classificados de acordo com a OMS. Nossos dados sugerem que os astrocitomas de baixo grau podem estar relacionados à herança genética, tornando portadores de alguns polimorfismos ou mutações específicas, mais suscetíveis ao risco de desenvolver a doença, e os de alto grau podem estar relacionados à exposição prolongada aos agentes carginógenos. Foram identificados polimorfismos e mutações onde alguns apresentaram relação com o risco do desenvolvimento de astrocitomas e com a progressão da doença. A inserção de dois ou mais nucleotídeos nas regiões de microssatélites pode causar sua instabilidade e contribuir com o surgimento do câncer. A deleção no sítio 16132 pode ser um marcador para astrocitoma de alto grau, assim como a inserção de duas ou mais citosinas no sítio 16190 pode ser um marcador específico para astrocitomas. As mutações heteroplásmicas podem ser determinantes para o surgimento e/ou progressão de astrocitomas de alto grau.

Amazônia: os (des) caminhos da cadeia produtiva do alumínio

Durante os governos militares (1964-1985), a Amazônia foi foco de projetos de intervenção espacial sustentados pelo discurso da modernização. A ação do Estado nacional foi marcada pela seleção de áreas que passaram a concentrar capital e infraestrutura. O município de Barcarena (PA) destacou-se pela instalação dos projetos Albras e Alunorte, destinados ao beneficiamento e à exportação de alumínio. Eles voltaram a figurar como prioridade para o desenvolvimento regional nos planos de governo dos presidentes FHC e Lula. No que diz respeito às relações sociais de trabalho, nos anos 90, a indústria do alumínio passou a atuar com base na “flexibilização” produtiva. No discurso, defendia-se a maior qualidade do serviço; na prática, houve redução dos postos de trabalho e perda de garantias salariais e previdenciárias, como resultado das mudanças na gestão.

Síntese de éster de cadeia longa via catálise básica heterogênea

Um éster de cadeia longa foi sintetizado pela transesterificação do palmitato de metila com álcoois de cadeia longa usando óxido de magnésio como catalisador. Esses foram preparados pela decomposição térmica de diferentes precursores, buscando estabelecer relações entre propriedades estruturais e atividades. Temperatura e quantidade de catalisador foram variados para se avaliar o rendimento do éster em função do precursor utilizado na preparação do óxido.

O uso da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real em doadores de sangue soropositivos para o anti-HCV

O HCV é um vírus esférico, que apresenta um genoma de RNA com polaridade positiva. Atualmente está classificado na família Flaviviridae num gênero separado que é o Hepacivirus, apresenta cerca de 9,4 Kb constituído por uma única e longa fase de leitura aberta (ORF) que compreende quase todo o genoma. Apresenta duas regiões não traduzidas nas extremidades 5' e 3' denominadas 5' UTR e 3' UTR. A poli proteína precursora é clivada em dez proteínas, resultando em proteínas virais estruturais e proteínas nãoestruturais. É um vírus de transmissão preferencialmente parenteral, com distribuição universal, cujo diagnóstico é feito na grande maioria de maneira acidental, sendo atualmente utilizado os testes sorológico e molecular. Este trabalho tem como objetivo comparar o teste sorológico de imunoensaio enzimático (ELISA) e a reação em cadeia da polimerase (PCR) na ocasião da seleção de pré-doadores de sangue. Foram feitos testes de detecção do vírus C por PCR em 290 amostras com resultado positivo ou indeterminado para o teste ELISA. A análise dos resultados revelou que as amostras com testes ELISA positivo/PCR positivo e ELISA positivo/PCR negativo são duas amostras diferentes e independentes (p=0,0006). Esta diferença pode ser supostamente devido a resposta imune diferenciada nas amostras que apresentaram resultado no teste PCR positivas. Esperava-se que houvesse correlação entre os resultados do DO/Cutoff (ELISA) e carga viral (PCR) como o que ocorre em outros vírus como o HIV, no entanto os resultados apresentaram-se totalmente dispersos (R²=0,025), confirmando a não correlação entre os dois testes: ELISA e PCR para o vírus C.

Detecção da Helicobacter pylori através da técnica de reação em cadeia da polimerase em amostras fecais de crianças da cidade de Belém-Pará

A infecção pela Helicobacter pylori é uma das mais comuns em humanos, admite-se que é adquirida na infância e que é uma das principais causas de gastrite e úlcera gástrica na vida adulta. Entre os vários métodos de diagnósticos da infecção pela H. pylori, a reação e cadeia da polimerase (PCR) tem mostrado alta sensibilidade para a detecção desta bactéria em amostras gástricas, orais fecais. Com o objetivo de padronizar a técnica de PCR para detectar a presença da H. pylori nas fezes e comparar com o método de diagnóstico sorológico, utilizou-se uma amostra de 79 crianças provenientes de um estudo soroepidemiológico realizado em Belém-Pará, no ano de 2003. O DNA total foi extraído das fezes através de um protocolo padronizado neste estudo baseado na associação dos métodos de fervura em resina quelante e digestão por proteinase, seguido por fenol-clorofórmio. Para a amplificação do DNA utilizou-se iniciadores para o gene 16S rRNA para o gênero Helicobacter e para detecção específica da H. pylori utilizou-se iniciadores para trecho do gene ureA. O fragmento foi visualizado em gel de agarose 2% corado com brometo de etídio. A presença da H. pylori foi verificada em 69,62% (55/79) dos pacientes. A análise comparativa entre o ensaio sorológico e a PCR ureA, revelou que a técnica molecular apresenta um melhor desempenho no diagnóstico de H. pylori em fezes (p = 0,0246). A aplicação da técnica da PCR em amostras fecais de crianças, por ser um procedimento não invasivo e altamente eficiente pode ser utilizada para detecção da infecção pela H. pylori tanto na rotina laboratorial como em pesquisas de interesse epidemiológico.

Bem-estar animal e suas implicações na qualidade da carne bovina: diagnóstico da situação nos segmentos iniciais da cadeia produtiva no Estado de Mato Grosso

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Reação em cadeia de polimerase quantitativa para determinação da expressão gênica da neurotoxina de clostridium botulinum tipo A em palmito

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Filogenia molecular dos xenarthra (Mammalia): análise do grupo cingulata a partir de sequências nucleotídicas do gene mitocondrial rRNA 16S

Os Xenarthra são o grupo de mamíferos que inclui os tatus, os tamanduás e as preguiças. A América do Sul serviu de cenário para a história natural do grupo que, somente no fim do Cenozóico, dispersou-se para a América Central e, com uma perda de variedade, chegou à América do Norte e à algu-mas ilhas do Caribe. Trinta e uma espécies estão descritas dentro da linha-gem dos Xenarthra. Elas estão classificadas em 13 gêneros, quatro famílias (Bradypodidae, Megalonychidae, Myrmecophagidae e Dasypodidae) e duas ordens (Cingulata e Pilosa). A filogenia deste grupo tem sido alvo de diver-sas pesquisas que analisaram tanto dados morfológicos, quanto moleculares. Delsuc et al. (2003) analisaram seqüências de genes mitocondriais e nucleares e confirmaram a monofilia das três subfamílias (Dasypodinae, Euphacti-nae e Tolypeutinae) inclusas na família Dasypodidae. Delsuc et al. (2003) geraram a seguinte árvore: (((Bradypus, Choloepus)100, ((Myrmecophaga, Tamandua)100, Cyclopes)100), ((D. kappleri, D. novemcinctus)100, (Toly-pentes, (Priodontes, Cabassous)54)100, (Zaedyus, (Euphractus, Chaetophrac-tus)60)100)). Gaudin (2005) apresentou um trabalho que reviu e ampliou as análises morfológicas apresentadas até então, concluindo que os tatus atu-ais estão divididos em dois grupos, um mais basal (Dasypodinae) e outro mais derivado (Euphractinae), de acordo com o seguinte arranjo: (Bradypus, Tamandua), (Dasypus, (Priodontes, (Cabassous, (Tolypeutes, (Euphractus, Chaetophractus, (Zaedyus, Chlamyphorus)42)36)72)72)40)85). Neste traba-lho utilizou-se parte do gene mitocondrial rRNA 16S de 12 táxons atu-ais de Xenarthra para analisar a filogenia do grupo através do critério de máxima verossimilhança. Nossos resultados são apresentados analisando-se o gene 16S e analisando o banco de dados do 16S mais o de Delsuc et al. (2003). Nas duas situações, as filogenias apresentadas apóiam os resulta-dos de Delsuc et al. (2003): (Bradypus, (Choloepus, ((Cyclopes, (Myrme-cophaga, Tamandua)100)100, (Dasypus, (((Cabassous, Priodontes)68, Toly-peutes)100,((Chaetophractus, Euphractus)65, Zaedyus)100)100)100)100)100). Uma melhora nos valores de bootstrap nos ramos dentro das sub-famílias da família Dasypodidae é percebida em relação ao trabalho de Delsuc et al. (2003). Acreditamos que Elementos de Transposição do tipo (LINES) são os marcadores moleculares mais adequados para confirmar o arranjo obtido com as seqüências de genes mitocondriais e nucleares.

Sensibilidade da técnica de reação em cadeia da polimerase para HIV-1 em relação à técnica de ensaio imunoenzimático

O vírus da imunodeficiência humana (HIV) é o agente etiológico da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida, AIDS, uma doença de grande preocupação médica. O genoma deste vírus encontra-se arranjado em nove genes individuais e por duas estruturas idênticas denominadas de repetições terminais nas extremidades 5' e 3'. Tivemos como objetivo analisar a sensibilidade do teste da reação em cadeia da polimerase (PCR) e o teste de ensaio imunoenzimático (ELISA), como teste para triagem de doadores de sangue para HIV. Foram analisadas 200 amostras de doadores e pacientes, da Fundação HEMOPA, com padrão positivo e indeterminado no teste ELISA. Na triagem sorológica pelo ELISA tiveram como resultado 35 amostras positivas, 75 amostras negativas e 90 amostras indeterminadas as quais foram submetidas ao teste pela PCR. Vinte e cinco amostras tiveram resultado positivo e 175 amostras negativas. Com estes resultados concluímos que a reação de PCR apresenta-se positiva somente nas amostras em que o teste ELISA apresenta relação DO/cutoff, acima de 3.

Sistemas de criação e linhagens de frangos de corte: desempenho, rendimento, qualidade de carne e perfil de miosinas de cadeia pesada no músculo esquelético

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Identificação do sexo de embriões humanos através da análise de blastômero pelas técnicas da reação em cadeia da polimerase em tempo real (PCR em tempo real) e hibridização in situ fluorescente (FISH)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)