Spatially explicit estimates of length and biomass of Clupea harengus (Norwegian spring spawning herring) from acoustic and trawl surveys in the North-East Atlantic in May 2007

Acoustic estimates of herring and blue whiting abundance were obtained during the surveys using the Simrad ER60 scientific echosounder. The allocation of NASC-values to herring, blue whiting and other acoustic targets were based on the composition of the trawl catches and the appearance of echo recordings. To estimate the abundance, the allocated NASC -values were averaged for ICES-squares (0.5° latitude by 1° longitude). For each statistical square, the unit area density of fish (rA) in number per square nautical mile (N*nm-2) was calculated using standard equations (Foote et al., 1987; Toresen et al., 1998). To estimate the total abundance of fish, the unit area abundance for each statistical square was multiplied by the number of square nautical miles in each statistical square and then summed for all the statistical squares within defined subareas and over the total area. Biomass estimation was calculated by multiplying abundance in numbers by the average weight of the fish in each statistical square then summing all squares within defined subareas and over the total area. The Norwegian BEAM soft-ware (Totland and Godø 2001) was used to make estimates of total biomass.

Sample Size vs. Bias in Defect Prediction

Most empirical disciplines promote the reuse and sharing of datasets, as it leads to greater possibility of replication. While this is increasingly the case in Empirical Software Engineering, some of the most popular bug-fix datasets are now known to be biased. This raises two significants concerns: first, that sample bias may lead to underperforming prediction models, and second, that the external validity of the studies based on biased datasets may be suspect. This issue has raised considerable consternation in the ESE literature in recent years. However, there is a confounding factor of these datasets that has not been examined carefully: size. Biased datasets are sampling only some of the data that could be sampled, and doing so in a biased fashion; but biased samples could be smaller, or larger. Smaller data sets in general provide less reliable bases for estimating models, and thus could lead to inferior model performance. In this setting, we ask the question, what affects performance more? bias, or size? We conduct a detailed, large-scale meta-analysis, using simulated datasets sampled with bias from a high-quality dataset which is relatively free of bias. Our results suggest that size always matters just as much bias direction, and in fact much more than bias direction when considering information-retrieval measures such as AUC and F-score. This indicates that at least for prediction models, even when dealing with sampling bias, simply finding larger samples can sometimes be sufficient. Our analysis also exposes the complexity of the bias issue, and raises further issues to be explored in the future.

Estructura y pruebas con Labmu

La implantación de la televisión digital en España ha supuesto un conjunto de desafíos técnicos y de orden práctico que se han ido acometiendo en multitud de ámbitos, desde la legislación que normaliza las infraestructuras comunes de telecomunicación hasta los cambios en las instalaciones y receptores donde el usuario final recibe los servicios. Por la complejidad y el carácter interdisciplinar de los conocimientos necesarios el aprendizaje de los titulados dentro del ámbito de la Telecomunicación supone también un reto importante. Este proyecto realiza una primera aproximación a un conjunto de herramientas hardware y software de ayuda a la enseñanza de esta amplia disciplina. El proyecto se ha realizado en torno a Labmu laboratorio multiusuario para prácticas de televisión digital de la empresa Xpertia. Se ha realizado para conocer y documentar sus posibilidades. También se ha documentado la tarjeta moduladora DTA-111 y el software para Windows StreamXpress. Estos sistemas ofrecen muchas posibilidades para la docencia de la televisión digital en todas las áreas desde la codificación fuente hasta la decodificación en el usuario final. En particular para ambos sistemas se han realizado pruebas en radiofrecuencia de emisiones de TDT. También se han establecido algunas ideas para trabajo futuro con estos sistemas. El proyecto se divide en seis capítulos: Capitulo 1: En el primer capítulo titulado Introducción se presenta el proyecto. Capítulo 2: En el segundo capítulo titulado Composición Hardware Labmu se presentan todos los componentes del laboratorio Labmu con la descripción de cada componente y sus características técnicas. Así mismo se presenta el interconexionado y configuración con que se ha trabajado. Capítulo 3: En el tercer capítulo titulado Software Labmu se describe como manual de usuario todos los componentes y posibilidades de software de Labmu. Capítulo 4: En el cuarto capítulo titulado Medidas con Labmu se realiza las medidas de MER, CBER, VBER, C/N y potencia de canal de los canales emitidos en la Comunidad de Madrid, comparando estas medidas con el analizador Promax Prodig-5. Capítulo 5: En el quinto capítulo titulado Tarjeta receptora y software se describe la tarjeta DTA-111 y el software StreamXpress, realizando medidas con el analizador Promax Prodig-5 introduciendo errores a la señal emitida por la tarjeta, y estudiando los niveles límites de visualización correcta. Capítulo 6: En el sexto y último capítulo titulado Conclusiones se presentan las conclusiones del proyecto y un plan de trabajo futuro ABSTRACT. The implantation of Digital Television in Spain (TDT) has implied a number of technical and practical challenges in several scopes. These challenges range from recommendations that standardize common telecommunications infrastructure to the changes in facilities where the end user receives digital services. The complexity and the interdisciplinary nature of skills that graduate Telecommunications students need to learn, is also a major challenge. This project is a first approach of a set of hard ware and software tools to help in the task of teaching this broad range discipline. The project has been carried out on Labmu, a multiuser Digital Television laboratory created by the Xpertia company. Its objectives are to understand and document this range of possibilities. DTA-111 modulator card and software for Windows StreamXpress have also been documented. These systems offer many options for teaching digital television in all areas, from source coding to end user decoding. In particular, both systems were tested on RF emissions in TDT. More over some ideas for future work with these systems have also foreseen. The project is structured in six chapters: Chapter1: This section Introduces the project. Chapter2: Titled “The Composition Hardware Labmu” presents Labmu lab components and provides descriptions for each component and its technical characteristics. It also presents the interconnection and configuration we have been using. Chapter3: Titled “Software Labmu” is a user manual, describing all components and software possibilities Labmu offers. Chapter4: Titled “Measures to Labmu” presents MER, CBER, VBER, C /N and channel power measures provided by Labmu in comparison with Promax Prodig-5 measures for all channels broad casting digital television services in the Community of Madrid. Chapter 5 Titled “Receiver card and software” describes DTA-111 card and software StreamXpress. Also the effects of errors insertion performed by this card are measured with the PromaxProdig-5 meter. Threes hold levels for correct reception are also studied. Chapter6: Entitled Conclusions presents the conclusions of the project and a plan for future work.

Compatibilidad de Orius laevigatus (Fieber) (Hemiptera: Anthocoridae) y Nesidiocoris tenuis (Reuter)(Hemiptera: Miridae), depredadores importantes en cultivos hortícolas protegidos, con nuevas barreras físicas selectivas y modernos plaguicidas

La nueva legislación en materia fitosanitaria se dirige hacia una Gestión Integrada de Plagas (GIP). Estos programas dan preferencia a aquellos métodos más respetuosos y sostenibles con el medio ambiente, siendo piezas claves en ellos el control biológico, el físico y otros de carácter no químico. Sin embargo, el uso de insecticidas selectivos es a veces necesario para el adecuado manejo de plagas en cultivos hortícolas. Por ello, el objetivo general de este estudio es aportar conocimientos para mejorar el control de plagas en cultivos hortícolas, mediante la integración de tres estrategias de lucha: biológica, física y química. Una parte de este trabajo ha consistido en el estudio de los posibles efectos que mallas tratadas con insecticida (bifentrin) pudieran provocar mediante diferentes ensayos de laboratorio, invernadero y campo, en los enemigos naturales Orius laevigatus (Fieber) (Hemiptera: Anthocoridae) (depredador de trips), Nesidiocoris tenuis (Reuter) (Hemiptera: Miridae) (depredador de mosca blanca y Tuta absoluta (Meirick) (Lepidoptera: Gelechiidae)), y otros agentes de biocontrol comúnmente usados en cultivos hortícolas protegidos. Este tipo de mallas se han empleado con éxito en entomología médica para controlar mosquitos vectores de la malaria, y actualmente se está trabajando en su desarrollo para uso agrícola como método de exclusión, y método directo de control de plagas. En los ensayos realizados en laboratorio, O. laevigatus y N. tenuis no fueron capaces de detectar la presencia de bifentrin en el ensayo de preferencia. Además, no se produjo mortalidad a corto plazo (72 horas) en ambos chinches depredadores. Por el contrario, se registró una elevada mortalidad cuando se expusieron por contacto a la malla tratada durante 72 horas en cajas de dimensiones reducidas (10 cm de diámetro X 3 cm de altura). En ensayos llevados a cabo bajo condiciones más reales de exposición, en un invernadero experimental con jaulas de 25 X 25 X 60 cm de altura, no se produjo ningún efecto en la mortalidad a corto plazo (72 horas) o en los parámetros reproductivos de O. laevigatus y N. tenuis. Finalmente, en ensayos de campo realizados en túneles semi-comerciales (8 m de largo X 6,5 m de ancho X 2,6 m de altura), ni las condiciones ambientales [temperatura, humedad relativa, radiación ultravioleta (UV) y fotosintéticamente activa (PAR)], ni los enemigos naturales, se vieron afectados por la presencia de la malla tratada con bifentrin en el cultivo. Sin embargo, los resultados no fueron concluyentes, debido al bajo establecimiento de los agentes de biocontrol liberados. Por lo tanto, más estudios son necesarios en invernaderos comerciales para confirmar los resultados preliminares de compatibilidad. Además, en este trabajo se han evaluado los efectos letales (mortalidad) y subletales (parámetros reproductivos) de seis modernos insecticidas sobre los chinches depredadores O. laevigatus y N. tenuis, mediante ensayos de laboratorio y persistencia. Los ensayos se realizaron por contacto residual, aplicando los insecticidas a la dosis máxima de campo sobre placas de cristal (laboratorio) o plantas (persistencia). Los productos fitosanitarios se seleccionaron por representar a un grupo de modernos plaguicidas con modos de acción en principio más selectivos para los enemigos naturales que antiguos plaguicidas como organoclorados, oroganofosforados o carbamatos, y por su uso frecuente en cultivos hortícolas donde O. laevigatus y N. tenuis están presentes. Todos ellos están incluidos o en proceso de inclusión en la lista comunitaria de sustancias activas para uso agrícola, Anexo I de la Directiva 91/414/CEE: abamectina y emamectina (avermectinas neurotóxicas, activadoras del canal del cloro), deltametrina (piretroide neurotóxico, modulador del canal del sodio, control positivo), flubendiamida (neurotóxico, modulador del receptor de rianodina), spinosad (naturalito neurotóxico, agonistas/antagonistas del receptor de nicotínico acetilcolina) y spiromesifen (inhibidor de la acetil CoA carboxilasa). El estudio mostró que O. laevigatus fue más susceptible a los insecticidas que N. tenuis. Además, los resultados revelaron que flubendiamida y spiromesifen fueron compatibles con los dos enemigos naturales estudiados, y por tanto se podrían usar en programas de GIP. Por el contrario, los insecticidas abamectina, deltametrina, emamectina y spinosad no fueron selectivos para ninguno de los chinches depredadores. Sin embargo, los estudios de persistencia demostraron que a pesar de que estos insecticidas no proporcionaron selectividad fisiológica, pueden proporcionar selectividad ecológica en algunos casos. Abamectina, deltametrina, emamectina y spinosad podrían ser compatibles con N. tenuis si el enemigo natural es introducido en el cultivo 4 días después de su aplicación. En el caso de O. laevigatus, abamectina, deltametrina y spinosad se clasificaron como persistentes, por lo tanto es necesario completar el estudio con experimentos de semi-campo y campo que determinen si es posible su uso conjunto en programas de GIP. Por otro lado, emamectina podría ser compatible con O. laevigatus si el enemigo natural es introducido en el cultivo 7 días después de su aplicación. Por último, se ha comprobado la selectividad de tres insecticidas aceleradores de la muda (MACs) (metoxifenocida, tebufenocida y RH-5849) sobre O. laevigatus y N. tenuis. Además de realizar estudios para evaluar la toxicidad en laboratorio de los insecticidas por contacto residual e ingestión (principal modo de acción de los MAC´s), se extrajo RNA de los insectos y con el cDNA obtenido se secuenció y clonó el dominio de unión al ligando (LBD) del receptor de ecdisona correspondiente a O. laevigatus (OlEcR-LBD) y N. tenuis (NtEcR-LBD). Posteriormente, se obtuvo la configuración en tres dimensiones del LBD y se estudió el acoplamiento de las moléculas de los tres insecticidas en la cavidad que forman las 12 α-hélices que constituyen el EcR-LBD. En el caso de N. tenuis se debe mencionar que no fue posible la obtención de la secuencia completa del LBD. Sin embargo, se obtuvo una secuencia parcial (hélice 6-hélice 11), que mostró una alta conservación de aminoácidos con respecto a la obtenida en O. laevigatus. Los ensayos de toxicidad mostraron que metoxifenocida, tebufenocida y RH-5849 no produjeron ningún efecto nocivo en ambos depredadores. Además, los estudios de modelado por homología y acoplamiento molecular llevados a cabo con O. laevigatus, también indicaron que los MACs no produjeron ningún efecto deletéreo en este enemigo natural. Por lo tanto, estos compuestos pueden ser aplicados de manera segura en programas de GIP en los cuales O. laevigatus y N. tenuis estén presentes. ABSTRACT The new pesticide legislation on pest control is aimed at integrated pest management (IPM). These programs are based on the most environmentally sustainable approaches, where biological, physical control and other non-chemical methods are the cornerstone. However, selective pesticides are often required for pest management on horticultural crops. Therefore, the main goal of this study is to provide knowledge to improve pest control on horticultural crops through the integration of three strategies: biological, physical and chemical. Firstly, the effects of insecticide treated nets (bifenthrin) were evaluated in different laboratory, greenhouse and field experiments on the natural enemies Orius laevigatus (Fieber) (Hemiptera: Anthocoridae) (predator of thrips), Nesidiocoris tenuis (Reuter) (Hemiptera: Miridae) (predator of whiteflies and Tuta absoluta (Meirick) (Lepidoptera: Gelechiidae)), and other biocontrol agents commonly used on protected horticultural crops. These types of nets have been successfully used in medical entomology to control mosquito malaria vectors, and work is currently being done on their use as exclusion barriers and as a direct method of pest control in agriculture. In experiments made under laboratory conditions, O. laevigatus and N. tenuis were not able to detect the presence of bifenthrin in a dual-choice test. Furthermore, no shortterm mortality (72 hours) was recorded on both predatory bugs. In contrast, a high mortality rate was found when they were exposed by contact to the bifenthrin-treated net for 72 hours in small cages (10 cm diameter X 3 cm high). In assays carried out under more realistic conditions of exposure, in an experimental greenhouse with cages of 25 X 25 X 60 cm high, short-term mortality (72 hours) and reproductive parameters were not affected. Lastly, in field experiments carried out in semi-commercial tunnels (8 m long X 6.5 m width X 2.6 m high), neither environmental conditions [temperature, relative humidity, ultraviolet (UV) and photosynthetically active radiation (PAR)] nor natural enemies were affected by the presence of the bifenthrin-treated net on the crop. However, results were not conclusive, mainly due to a low settlement of the released biocontrol agents, and further studies are needed in commercial greenhouses to confirm our preliminary results of compatibility. Secondly, the lethal (mortality) and sublethal effects (reproductive parameters) of six modern pesticides on the predatory bugs O. laevigatus and N. tenuis has been evaluated through laboratory and persistence experiments. Trials were carried out by residual contact, applying the insecticides to the maximum field recommended concentration on glass plates (laboratory) or plants (persistence). Insecticides were chosen as representatives of modern pesticides with a more selective mode of action on natural enemies than organochlorine, organophosphorus and carbamate insecticides. Moreover, they were also chosen because of their frequent use on horticultural crops where O. laevigatus and N. tenuis are present. All of them have been included or have been requested for inclusion in the community list of active substances on the agricultural market, Annex I of the European Directive 91/414/EEC: abamectin and emamectin (neurotoxic avermectins, chloride channel activators), deltamethrin (neutotoxic pyrethroid, sodium channel modulator, positive commercial standard), flubendiamide (neurotoxic, rianodine receptor modulator), spinosad (neurotoxic naturalyte, nicotinic acetylcholine receptor allosteric activator) and spiromesifen (inhibitors of acetyl CoA carboxylase). The study showed that O. laevigatus was more susceptible to all the studied pesticides than N. tenuis. In addition, the research results indicated no impact of flubendiamide and spiromesifen on the two natural enemies studied under laboratory conditions. Consequently, both pesticides are candidates to be included in IPM programmes where these biocontrol agents are present. On the other hand, abamectin, deltamethrin, emamectin and spinosad were not selective for both predatory bugs in laboratory experiments. However, persistence test demonstrated that in spite of the lack of physiological selectivity, these pesticides can provide ecological selectivity in some cases. Abamectin, deltamethrin, emamectin and spinosad could be compatible with N. tenuis if the mirid bug is released 4 days after the insecticide treatment on the crop. With regard to O. laevigatus, abamectin, deltamethrin and spinosad were classified as persistent in our assays, thus the study should be completed with semi-field and field experiments in order to ascertain their possible joint use in IPM programs. In contrast, emamectin could be compatible with O. laevigatus if the pirate bug is released 7 days after the insecticide treatment on the crop. Finally, the selectivity of three moulting accelerating compounds (MACs) (methoxyfenozide, tebufenozide and RH-5849) has also been evaluated on O. laevigatus and N. tenuis. In addition to laboratory experiments to evaluate the toxicity of the insecticides by residual contact and ingestion, molecular approaches were used as well. RNA of both insects was isolated, cDNA was subsequently synthesized and the complete sequence of the ligand binding domain (LBD) of the ecdysone receptor of O. laevigatus (OlEcR-LBD) and N. tenuis (NtEcR-LBD) were determined. Afterwards, the three dimensional structure of LBD was constructed. Finally, the docking of the insecticide molecules in the cavity delineated by the 12 α-helix that composed the EcRLBD was performed. In the case of N. tenuis, it should be noted that in spite of intensive efforts, we did not manage to complete the sequence for the LBD.However, a partial sequence of the LBD was obtained (helix 6-helix 11), and a strong conservation between the amino acids of N. tenuis and O. laevigatus was observed. Results showed no biological activity of methoxyfenozide, tebufenozide and RH-5849, on both predatory bugs. Moreover, modeling of the OlEcR-LBD and docking experiments also suggested that MACs were devoid of any deleterious effect on O. laevigatus. Therefore, our results indicate that these compounds could be safely applied in IPM programs in which O. laevigatus and N. tenuis are present.

A process for managing interaction between experimenters to get useful similar replications

Context: A replication is the repetition of an experiment. Several efforts have been made to adopt replication as a common practice in software engineering. There are different types of replications, depending on their purpose. Similar replications keep the experimental conditions as alike as possible to the original ones. External similar replications, where the replicating experimenters are not the same people as the original experimenters, have been a stumbling block. Several attempts at combining the results of replications have resulted in failure. Software engineering does not appear to be well suited to such replications, because it works with complex experimentally immature contexts. Software engineering settings have a large number of variables, and the role that many of them play is unknown. A successful (or useful) similar replication helps to better understand the phenomenon under study by verifying results and/or identifying contextual variables that could influence (or not) the results, through the combination of experimental results. Objective: To be able to get successful similar replications, there needs to be interaction between original and replicating experimenters. In this paper, we propose an interaction process for achieving successful similar replications. Method: This process consists of: an adaptation meeting, where experimenters tailor the experiment to the new setting; querying, to settle occasional inquiries while the experiment is being run; and a combination meeting, where experimenters meet to discuss the combination of replication outcomes with previous results. To check its effectiveness, the process has been tested on three different replications of the same experiment. Results: The proposed interaction process has helped to identify new contextual variables that could potentially influence (or not) the experimental results in the three replications run. Additionally, the interaction process has helped to uncover certain problems and deviations that occurred during some of the replications that we would have not been aware of otherwise. Conclusions: There are signs that suggest that it is possible to get successful similar replications in soft- ware engineering experimentation, when there is appropriate interaction among experimenters.

Desarrollo de una solución SaaS para una Enterprise Store

En el marco del proyecto europeo FI-WARE, en el CoNWet Lab (laboratorio de la ETSI Informáticos de la UPM) se ha implementado la plataforma Web Wstore que es una implementación de referencia del Store Generic Enabler perteneciente a dicho proyecto. El objetivo de FI-WARE es crear la plataforma núcleo del Internet del Futuro (IoF) con la intención de incrementar la competitividad global europea en el mundo de las TI. El proyecto introduce una infraestructura innovadora para la creación y distribución de servicios digitales en internet. WStore ofrece a los proveedores de servicios la plataforma donde publicar sus ofertas y desde la cual los clientes podrán acceder ellas. Estos proveedores ofrecen servicios Web, aplicaciones, widgets y data sets del mismo modo que Google ofrece aplicaciones en la tienda online Google Play o Apple en el App Store. WStore está implementada actualmente como una plataforma Web, por lo que una organización que desee ofrecer el servicio de la store necesita instalar el software en un servidor propio y disponer de un dominio para ofrecer sus productos. El objetivo de este trabajo es migrar WStore a un entorno de computación en la nube de manera que con una única instancia se ofrezca el servicio a las organizaciones que deseen disponer de su propia plataforma, de la cual tendrán total control como si se encontrase en su propia infraestructura. Para esto se implementa una versión de WStore que será desplegada en una infraestructura cloud y ofrecida como Software as a Service. La implementación incluye una serie de módulos de código que se podrán añadir opcionalmente en el proceso de instalación si se desea que la instancia instalada sea Multitenant. Además, en este trabajo se estudian y prueban las herramientas que ofrece MongoDB para desplegar la plataforma Wstore Multitenant en una infraestructura cloud. Estas herramientas son replica sets y sharding que permiten desplegar una base de datos escalable y de alta disponibilidad. ---ABSTRACT---In the context of the European project FI-WARE, the CoNWeT Lab (IT Lab from ETSIINF UPM university) has been implemented the web platform WStore. WStore is a reference implementation of the Generic Enabler Store from FI-WARE project. The FI-WARE goal is to create the core platform of the Future Internet (IoF) with the intention of enhancing Europe's global competitiveness in IT technologies. FI-WARE introduces an innovative infrastructure for the creation and distribution of digital services over the Internet. WStore offers to service providers a platform to publicate offerings and where customers can access them. The providers offer web services, applications, widgets and data sets in the same way that Google offers online applications on Google Play or Apple on App Store plataforms. WStore is currently implemented as a web platform, so if an organization wants to offer the store service, it need to install the software on it’s own serves and have a domain to offer their products. The objective of this paper is to migrate WStore to a cloud computing environment where a single instance of the WStore is offered as a web service to organizations who want their own store. Customers (tenants) of the WStore web service will have total control over the software and WStore administration. The implementation includes several code modules that can be optionally added in the installation process to build a Multitenant instance. In addition, this paper review the tools that MongoDB provide for scalability and high availability (replica sets and sharding) with the purpose of deploying multi-tenant WStore on a cloud infrastructure.

Prototipo de e-store para un ecosistema y un framework de provisión de servicios

El trabajo realizado se encuentra enmarcado dentro del proyecto de I+D+I del 7o programa marco de la Comisión Europea Fi-WARE: The future Internet core platform que forma parte de la iniciativa Future Internet PPP. En concreto, se ha desarrollado la especificación de un Generic Enabler con funcionalidad de tienda virtual que de soporte a la publicación y adquisición o subscripción de aplicaciones y servicios dentro del denominado Business Framework Ecosystem (BFE), además de una implementación de referencia de este Generic Enabler (GE) que ha sido utilizada para la realización de una prueba de concepto con el objetivo de comprobar la adecuación del comportamiento de la especificación dentro del BFE. La primera tarea realizada ha consistido en un estudio de otras stores (o tiendas digitales) existentes, mirando aspectos tales como la funcionalidad proporcionada, la información mostrada de los distintos productos ofrecidos o la organización de la interfaz de usuario y la metáfora visual. Este estudio ha tenido como objetivo establecer un punto de partida desde el que empezar a analizar las distintas funcionalidades que deberá proveer el sistema.Utilizando como base el estudio anterior y las necesidades concretas de la plataforma Fi-WARE se paso a la educación de los requisitos generales del sistema en los cuales se especifica a grandes rasgos la funcionalidad que debe proveer esta tienda digital así como algunos aspectos concretos de la experiencia de usuario. Una vez definida la funcionalidad de la store se ha abordado el diseño del sistema. Para realizar este diseño se ha trabajado en dos tareas principales: La primera de estas tareas ha consistido en realizar el diseño de la arquitectura del Store GE, en el que se especifican todos los módulos que debe contener el sistema para poder satisfacer los requisitos, así como las distintas conexiones del Store GE con otros componentes del proyecto Fi-Ware y de sus interrelaciones con el resto de componentes de dicho proyecto. Esto ofrece una visión global de la ubicación del Store GE dentro de la arquitectura general del proyecto Fi-Ware. La segunda tarea ha consistido en el desarrollo de la especicación abierta (Open specication) del Store GE. Esta tarea es probablemente la más relevante de cara a cumplir con los objetivos del proyecto Fi-Ware, ya que Fi-Ware se propone como objetivo principal proporcionar las especificaciones de una plataforma tecnológica abierta para la Internet del futuro, formada por un conjunto de componentes (denominados Generic Enablers), entre los que se encuentra el Store GE. En este documento ha quedado descrito con todo detalle en que consiste el Store GE y cuales son sus APIs, sobre las que se construirán las aplicaciones de la futura Internet basadas en Fi-Ware, de manera que sea posible que cualquier empresa pueda realizar una implementación diferente a la que se está desarrollando en este proyecto (si bien ésta será su implementación de referencia). Para esta Open specication se han desarrollado un modelo de gestión de usuarios y roles, un modelo de datos, diagramas de interacción que definen todas las posibles comunicaciones de la store con otros Generic Enablers del proyecto Fi-Ware, la definición del ciclo de vida de una oferta y las APIs REST del Store GE, incluyendo el contenido de las peticiones y los tipos MIME soportados. En este punto se pudo comenzar a trabajar en la implementación de referencia del Store GE. La primera tarea ha consistido en realizar la integración con el Marketplace GE, otro de los Generic Enablers del proyecto Fi-Ware, para ello se definieron unos requisitos específicos y se realizó un diseño de bajo nivel de este móodulo seguido de la propia implementación y un conjunto exhaustivo de pruebas unitarias para comprobar su correcto funcionamiento. A continuación se pasó a realizar la integracióon con el Repository GE siguiendo los mismos pasos que con la integración con el Marketplace GE. La siguiente tarea realizada ha consistido en la realización de los móodulos necesarios para permitir crear nuevas ofertas en la implementación de referencia de Store GE incluyendo nuevamente una fase de educación de requisitos específicos, un diseño de bajo nivel, la propia implementación y una serie de pruebas unitarias. Una vez implementada la creación de nuevas ofertas, se pasó a la realización de la funcionalidad necesaria para la recuperación y visualizacion de estas ofertas así como a la realización del soporte necesario para el registro de recursos y para la vinculación de estos a determinadas ofertas, siguiendo nuevamente la metodología antes mencionada. Finalmente se ha dado el soporte para la publicación y la adquisición de ofertas. En este caso la adquisición de ofertas se ha realizado tan solo en la parte servidora de la aplicación y no se ha llegado a dar soporte a esta funcionalidad en la interfaz Web al no ser necesaria para la realización de la prueba de concepto prevista. No obstante esta funcionalidad será implementada junto con otras funcionalidades como el soporte de características sociales, ya fuera del ámbito de este Trabajo de fin de grado. Como paso previo a la realización de la prueba de concepto se ha trabajado en la plataforma Wirecloud, que es una implementación de referencia del denominado Application Mashup GE, modicando su funcionalidad para integrarla con la API de compras realizada dentro de la implementación de referencia del Store GE. La úultima tarea realizada para este Trabajo de fin de grado ha consistido por fin en la realización de la prueba de concepto del Store GE integrando su implementación de referencia con las del resto de Generic Enablers, lo cual ha permitido comprobar así el fucionamiento de la arquitectura y modelo propuestos.

Desarrollo sistemático de elementos composicionales para Mashup de aplicaciones

Este Trabajo fin de grado ha tomado como punto de partida el escenario y los casos de uso que han sido seleccionados para el demostrador ("live demo") del proyecto europeo de I+D+I FI-WARE para, a través del diseño y de la implementación del conjunto de widgets y operadores que forman parte de dicho demostrador, deducir los principios subyacentes al Desarrollo sistemático de los elementos composicionales que conforman un mashup de aplicaciones Web 2.0. En concreto, con el escenario escogido se quiere demostrar, en un contexto de Smart Cities, como puede monitorizarse el estado y la geolocalización de un conjunto de máquinas de vending y de los técnicos y reponedores que les dan soporte. Este trabajo fin de grado se ocupa, en concreto, de crear todos los componentes de interfaz necesarios para poder ofrecer un mashup de aplicación que ofrezca un cuadro de mando personalizable para llevar a cabo la monitorización y el control de máquinas de vending, técnicos y reponedores. Teniendo en cuenta el documento de casos de uso para ese escenario, se hizo una revisión de los diferentes widgets y operadores que había que diseñar y desarrollar. El conjunto inicial de widgets se mantuvo invariable, ya que las vistas que hay que mostrar deben ser las que se especifican en el documento anteriormente citado. No obstante, los operadores necesarios para el mashup han ido cambiando a lo largo del desarrollo como consecuencia de las necesidades de los tipos de datos tratados y de las características propias de la plataforma utilizada. El diseño del mashup se ha dividido en dos tipos de diseños distintos: Diseño de vistas: Es un disño de alto nivel donde se pueden observar las distintas vistas que vería el usuario en cada uno de los widgets (los operadores no tienen vista). Diseño de interacciones: Es un diseño de alto nivel donde se representa esquemáticamente el ujo de datos entre los elementos composicionales del mashup (tanto widgets como operadores). Al mismo tiempo que se planteaba el diseño del mashup, y como consecuencia de la experiencia ganada, se han podido ir realizando trabajos como la creación de la "Guía de desarrollo de widgets y operadores" y la "Guía de estilo para el desarrollo de widgets y operadores".Estos documentos, por su importancia, dan pie al título del presente trabajo ya que suponen una ayuda metodológica al desarrollo sistemático de elementos composicionales para mashup de aplicaciones. Durante ese periódo, simultaneamente, se pudieron encontrar y consultar diferentes fuentes de información que completan el "Estado del arte" y el documento de "Principios de diseño de aplicaciones composicionales orientadas a mashups" y se realizaron varias herramientas que facilitan la tarea del programador de crear un nuevo widget u operador desde cero. Entre estas últimas, destacan: una herramienta para crear y mantener la estructura de directorios y archivos de un widget y de un operador; y una herramienta que empaqueta todos los ficheros del widget u operador en un solo fichero WGT, dejándolo preparado para ser desplegado en la plataforma. La mayor parte del trabajo ha consistido en la implementación de los widgets y operadores. Los widgets implementados son los siguientes: Map Viewer. Issues List. Technicians List. Technicians Info. Los operadores implementados son los siguientes: Poi2Issue Issue2Poi Poi2vCard Vcard2Poi TechnicianSource IssuesSource También se han realizado tres tipos de tests: unitarios, de integracion y de sistema. Además se ha creado documentación de cada elemento composicional para el usuario. En dicha documentación se explica cuales son las funcionalidades de cada uno de los elementos composicionales y cuales son las capacidades de conexión con otros elementos. El resultado de mi trabajo puede observarse en: http://www.youtube.com/watch?v=r8 Vv ehJSw

Mining mobile apps reviews to support release planning

The mobile apps market is a tremendous success, with millions of apps downloaded and used every day by users spread all around the world. For apps’ developers, having their apps published on one of the major app stores (e.g. Google Play market) is just the beginning of the apps lifecycle. Indeed, in order to successfully compete with the other apps in the market, an app has to be updated frequently by adding new attractive features and by fixing existing bugs. Clearly, any developer interested in increasing the success of her app should try to implement features desired by the app’s users and to fix bugs affecting the user experience of many of them. A precious source of information to decide how to collect users’ opinions and wishes is represented by the reviews left by users on the store from which they downloaded the app. However, to exploit such information the app’s developer should manually read each user review and verify if it contains useful information (e.g. suggestions for new features). This is something not doable if the app receives hundreds of reviews per day, as happens for the very popular apps on the market. In this work, our aim is to provide support to mobile apps developers by proposing a novel approach exploiting data mining, natural language processing, machine learning, and clustering techniques in order to classify the user reviews on the basis of the information they contain (e.g. useless, suggestion for new features, bugs reporting). Such an approach has been empirically evaluated and made available in a web-­‐based tool publicly available to all apps’ developers. The achieved results showed that the developed tool: (i) is able to correctly categorise user reviews on the basis of their content (e.g. isolating those reporting bugs) with 78% of accuracy, (ii) produces clusters of reviews (e.g. groups together reviews indicating exactly the same bug to be fixed) that are meaningful from a developer’s point-­‐of-­‐view, and (iii) is considered useful by a software company working in the mobile apps’ development market.

Producción de recursos educativos abiertos con componentes sociales y semánticos basados con técnicas de ingeniería del conocimiento

Los Recursos Educativos Abiertos (REA) y los Cursos Educativos Abiertos (OCW) son utilizados como apoyo para los procesos de enseñanza aprendizaje; el carácter de abierto de estos recursos contribuye a la difusión de conocimiento y facilita el acceso a la información. Existe una gran cantidad de universidades e instituciones de educación superior que se han unido al movimiento abierto, poniendo a disposición los OCW que sus docentes realizan para los estudiantes formales, sin embargo se ha detectado que no existe un proceso estándar en la producción de OCW ya que cada universidad lo realiza con modelos propios de acuerdo a las normativas institucionales. Por lo cual en este trabajo de tesis doctoral se propone un modelo de producción de REA y OCW, denominado REACS que contempla el uso de un modelo de diseño instruccional que permite realizar un proceso sistemático de actividades que contribuyen al aprendizaje; además de la utilización de herramientas sociales y herramientas semánticas que aportan al trabajo colaborativo e identificación de los recursos por su significado, lo cual aporta a la inteligencia colectiva. REACS fue comparado con procesos de producción similares de las universidades relevantes del movimiento OCW, además de ser implementado en un caso de estudio con tres fases en la creación de OCW para una institución de educación superior. Con esta validación se pudo comprobar que REACS aportaba a incrementar el número de estudiantes que aprueban un curso y disminuye el tiempo de producción y publicación de un OCW. ABSTRACT Open Educational Resources (OER) and Open Course Ware (OCW) are used as support for teaching and learning processes; the open characteristic of these resources contributes to the diffusion of knowledge and facilitates the access to information. There are an important number of universities and institutions of higher education have joined to the open movement, making available the OCW´s for formal students. However, it has been found that there is not a standard process for the production of OCW and each university develop these with their own models according to their institutional regulations. Therefore, this doctoral thesis proposes REACS, a production model of OER and OCW that contemplates the use of an instructional design model that allows a systematic process of activities that contribute to learning. REACS includes the use of social tools and semantic tools that provide collaborative and identification of resources based in their meaning, contributing with the collective intelligence. REACS was compared with similar production processes belonging to relevant universities in the OCW movement. Additionally OCW were produced using REACS in a study case developed in three stages. With these validations, it was found that REACS contributed to increasing the student approved ratio and the OCW production and publication times were reduced.

Neurotrophic factors [activity-dependent neurotrophic factor (ADNF) and basic fibroblast growth factor (bFGF)] interrupt excitotoxic neurodegenerative cascades promoted by a PS1 mutation

Although an excitotoxic mechanism of neuronal injury has been proposed to play a role in chronic neurodegenerative disorders such as Alzheimer’s disease, and neurotrophic factors have been put forward as potential therapeutic agents, direct evidence is lacking. Taking advantage of the fact that mutations in the presenilin-1 (PS1) gene are causally linked to many cases of early-onset inherited Alzheimer’s disease, we generated PS1 mutant knock-in mice and directly tested the excitotoxic and neurotrophic hypotheses of Alzheimer’s disease. Primary hippocampal neurons from PS1 mutant knock-in mice exhibited increased production of amyloid β-peptide 42/43 and increased vulnerability to excitotoxicity, which occurred in a gene dosage-dependent manner. Neurons expressing mutant PS1 exhibited enhanced calcium responses to glutamate and increased oxyradical production and mitochondrial dysfunction. Pretreatment with either basic fibroblast growth factor or activity-dependent neurotrophic factor protected neurons expressing mutant PS1 against excitotoxicity. Both basic fibroblast growth factor and activity-dependent neurotrophic factor stabilized intracellular calcium levels and abrogated the increased oxyradical production and mitochondrial dysfunction otherwise caused by the PS1 mutation. Our data indicate that neurotrophic factors can interrupt excitotoxic neurodegenerative cascades promoted by PS1 mutations.

The epitopes for some antiphospholipid antibodies are adducts of oxidized phospholipid and β2 glycoprotein 1 (and other proteins)

Circulating autoantibodies to phospholipids (aPLs), such as cardiolipin (CL), are found in patients with antiphospholipid antibody syndrome (APS). We recently demonstrated that many aPLs bound to CL only after it had been oxidized (OxCL), but not to a reduced CL analogue that could not undergo oxidation. We now show that the neoepitopes recognized by some aPLs consist of adducts formed between breakdown products of oxidized phospholipid and associated proteins, such as β2 glycoprotein 1 (β2GP1). Addition of human β2GP1, polylysine, native low-density lipoprotein, or apolipoprotein AI to OxCL-coated wells increased the anticardiolipin antibody (aCL) binding from APS sera that first had been diluted so that no aCL binding to OxCL could be detected. No increase in aCL binding was observed when these proteins were added to wells coated with reduced CL. The ability of β2GP1, polylysine, or low-density lipoprotein to be a “cofactor” for aCL binding to OxCL was greatly reduced when the proteins were methylated. Incubation of β2GP1 with oxidized 1-palmitoyl-2-linoleyl-[1-14C]-phosphatidylcholine (PC), but not with dipalmitoyl-[1-14C]-PC, led to formation of covalent adducts with β2GP1 recognized by APS sera. These data suggest that the reactive groups of OxCL, such as aldehydes generated during the decomposition of oxidized polyunsaturated fatty acids, form covalent adducts with β2GP1 (and other proteins) and that these are epitopes for aCLs. Knowledge that the epitopes recognized by many aPLs are adducts of oxidized phospholipid and associated proteins, including β2GP1, may give new insights into the pathogenic events underlying the clinical manifestations of APS.

Toward an understanding of the biochemical and pharmacological complexity of the saliva of a hematophagous sand fly Lutzomyia longipalpis

The saliva of blood-sucking arthropods contains powerful pharmacologically active substances and may be a vaccine target against some vector-borne diseases. Subtractive cloning combined with biochemical approaches was used to discover activities in the salivary glands of the hematophagous fly Lutzomyia longipalpis. Sequences of nine full-length cDNA clones were obtained, five of which are possibly associated with blood-meal acquisition, each having cDNA similarity to: (i) the bed bug Cimex lectularius apyrase, (ii) a 5′-nucleotidase/phosphodiesterase, (iii) a hyaluronidase, (iv) a protein containing a carbohydrate-recognition domain (CRD), and (v) a RGD-containing peptide with no significant matches to known proteins in the blast databases. Following these findings, we observed that the salivary apyrase activity of L. longipalpis is indeed similar to that of Cimex apyrase in its metal requirements. The predicted isoelectric point of the putative apyrase matches the value found for Lutzomyia salivary apyrase. A 5′-nucleotidase, as well as hyaluronidase activity, was found in the salivary glands, and the CRD-containing cDNA matches the N-terminal sequence of the HPLC-purified salivary anticlotting protein. A cDNA similar to α-amylase was discovered and salivary enzymatic activity demonstrated for the first time in a blood-sucking arthropod. Full-length clones were also found coding for three proteins of unknown function matching, respectively, the N-terminal sequence of an abundant salivary protein, having similarity to the CAP superfamily of proteins and the Drosophila yellow protein. Finally, two partial sequences are reported that match possible housekeeping genes. Subtractive cloning will considerably enhance efforts to unravel the salivary pharmacopeia of blood-sucking arthropods.