Geographic and host factors shape the evolution of a newly recognized subgroup within the U genogroup of the fish rhabdovirus IHNV

Thesis (Master's)--University of Washington, 2015

Kroppenstedtia pulmonis sp. nov. and Kroppenstedtia sanguinis sp. nov., isolated from human patients

Three human clinical strains (W9323T , X0209T and X0394) isolated from lung biopsy, blood and cerebral spinal fluid, respectively, were characterized using a polyphasic taxonomic approach. Comparative analysis of the 16S rRNA gene sequences showed the three strains belonged to two novel branches within the genus Kroppenstedtia : 16S rRNA gene sequence analysis of W9323T showed closest sequence similarity to Kroppenstedtia eburnea JFMB- ATET (95.3 %), Kroppenstedtia guangzhouensis GD02T (94.7 %) and strain X0209T (94.6 %); sequence analysis of strain X0209T showed closest sequence similarity to K . eburnea JFMB- ATET (96.4 %) and K. guangzhouensis GD02T (96.0 %). Strains X0209T and X0394 were 99.9 % similar to each other by 16S rRNA gene sequence analysis. The DNA- DNA relatedness was 94.6 %, confirming that X0209T and X0394 belong to the same species. Chemotaxonomic data for strains W9323T and X0209T were consistent with those described for the genus Kroppenstedtia : whole- cell peptidoglycan contained LL- diaminopimelic acid; the major cellular fatty acids were iso- C15 and anteiso- C15 ; and the major menaquinone was MK- 7. Different endospore morphology, carbon utilization profiles, and whole cell wall sugar patterns of strains W9323T and X0209T supported by phylogenetic analysis enabled us to conclude that the strains represent two new species within the genus Kroppenstedtia , for which the names Kroppenstedtia pulmonis sp. nov. (type strain W9323T = DSM 45752T = CCUG 68107T) and Kroppenstedtia sanguinis sp. nov. (type strain X0209T = DSM 45749T = CCUG 38657T) are proposed.

Localization and expression of EDS5H a homologue of the SA transporter EDS5.

BACKGROUND: An important signal transduction pathway in plant defence depends on the accumulation of salicylic acid (SA). SA is produced in chloroplasts and the multidrug and toxin extrusion transporter ENHANCED DISEASE SUSCEPTIBILITY5 (EDS5; At4g39030) is necessary for the accumulation of SA after pathogen and abiotic stress. EDS5 is localized at the chloroplast and functions in transporting SA from the chloroplast to the cytoplasm. EDS5 has a homologue called EDS5H (EDS5 HOMOLOGUE; At2g21340) but its relationship to EDS5 has not been described and its function is not known. RESULTS: EDS5H exhibits about 72% similarity and 59% identity to EDS5. In contrast to EDS5 that is induced after pathogen inoculation, EDS5H was constitutively expressed in all green tissues, independently of pathogen infection. Both transporters are located at the envelope of the chloroplast, the compartment of SA biosynthesis. EDS5H is not involved with the accumulation of SA after inoculation with a pathogen or exposure to UV stress. A phylogenetic analysis supports the hypothesis that EDS5H may be an H(+)/organic acid antiporter like EDS5. CONCLUSIONS: The data based on genetic and molecular studies indicate that EDS5H despite its homology to EDS5 does not contribute to pathogen-induced SA accumulation like EDS5. EDS5H most likely transports related substances such as for example phenolic acids, but unlikely SA.

Behavioural characteristics in phylogenetics : a case study using black fly (Diptera: Simuliidae) cocoon spinning behaviour

1-1 is torically, the predominan t method of reconstructing phylogenies has been through the use of morphological characters. There are new techniques now gaining acceptance, including molecular techniques al1d chromosomal information. Altl10ugh the study of behaviour has been used in a comparative framework, these analyses have, historically, been based on intuition. Hennig (1966) devised a neV\' method of reconstructing phylogenies which provided a 110ncircular method for formulating, testing and refining phylogenies. Subsequent s)Tstematists had virtually abandoned ecological and beha\lioural data as primary indicators of phylogenetic relationships (Brooks and McLennan 1991). Therefore, in a modern cladistic framework (sensu Hennig) the analysis of behavioural traits remains underrepresented as a method of reconstructing phylogenies. This thesis will reconstruct the phylogeny for species of black flies (Diptera: Simuliidae), using two steps. The first step is to thoroughl)' understand and explain the cocoon spinning in black fly larvae. There have bee115 previous descriptions of cocoon spinning, but all were incomplete or erroneous. The advances in technology, including video recorders and VCRs, have allowed this behaviour to be analyzed in great detail in 20 different species. A complete description of the cocoon spinning of Simulium \littatum is given. This description will be used as a template for the other species observed. The description and understanding of cococ)n spinning was the first step in undertaking a phylogenetic analysis using this behaviour. The behaviour was then broken down and analyzed, revealing 23 characters, 3 either qualitative and quantitative in nature. These characters were assessed in a cladistic framework (sensu Hennig) and a phylogenetic tree was reconstructed with a e.I of 0.91 and an R.I. of 0.96. This phylogenetic tree closely resembles a previously established pllylogenetic tree produced from morphological and cytological information. The importance of this result is the indication that, contrary to some authors, behavioural characters, if used properly, can add very informative characters to a data set.

Plant rhizosphere specificity and variability in the insect and plant adhesins, Madl and Mad2, within the genus Metarhizium suggest plant adaptation as an evolutionary force

Metarhizium is a soil-inhabiting fungus currently used as a biological control agent against various insect species, and research efforts are typically focused on its ability to kill insects. In section 1, we tested the hypothesis that species of Metarhizium are not randomly distributed in soils but show plant rhizosphere-specific associations. Results indicated an association of three Metarhizium species (Metarhizium robertsii, M. brunneum and M. guizhouense) with the rhizosphere of certain types of plant species. M. robertsii was the only species that was found associated with grass roots, suggesting a possible exclusion of M. brunneum and M. guizhouense, which was supported by in vitro experiments with grass root exudate. M. guizhouense and M. brunneum only associated with wildflower rhizosphere when co-occurring with M. robertsii. With the exception of these co-occurrences, M. guizhouense was found to associate exclusively with the rhizosphere of tree species, while M. brunneum was found to associate exclusively with the rhizosphere of shrubs and trees. These associations demonstrate that different species of Metarhizium associate with specific plant types. In section 2, we explored the variation in the insect adhesin, Madl, and the plant adhesin, Mad2, in fourteen isolates of Metarhizium representing seven different species. Analysis of the transcriptional elements within the Mad2 promoter region revealed variable STRE, PDS, degenerative TATA box, and TATA box-like regions. Phylogenetic analysis of 5' EF-Ia, which is used for species identification, as well as Madl and Mad2 sequences demonstrated that the Mad2 phylogeny is more congruent with 5' EF-1a than Madl. This suggests Mad2 has diverged among Metarhizium lineages, contributing to clade- and species-specific variation. While other abiotic and biotic factors cannot be excluded in contributing to divergence, it appears that plant associations have been the driving factor causing divergence among Metarhizium species.

Variability in the Insect and Plant Adhesins, Mad1 and Mad2, within the Fungal Genus Metarhizium Suggest Plant Adaptation as an Evolutionary Force

Several species of the insect pathogenic fungus Metarhizium are associated with certain plant types and genome analyses suggested a bifunctional lifestyle; as an insect pathogen and as a plant symbiont. Here we wanted to explore whether there was more variation in genes devoted to plant association (Mad2) or to insect association (Mad1) overall in the genus Metarhizium. Greater divergence within the genus Metarhizium in one of these genes may provide evidence for whether host insect or plant is a driving force in adaptation and evolution in the genus Metarhizium. We compared differences in variation in the insect adhesin gene, Mad1, which enables attachment to insect cuticle, and the plant adhesin gene, Mad2, which enables attachment to plants. Overall variation for the Mad1 promoter region (7.1%), Mad1 open reading frame (6.7%), and Mad2 open reading frame (7.4%) were similar, while it was higher in the Mad2 promoter region (9.9%). Analysis of the transcriptional elements within the Mad2 promoter region revealed variable STRE, PDS, degenerative TATA box, and TATA box-like regions, while this level of variation was not found for Mad1. Sequences were also phylogenetically compared to EF-1a, which is used for species identification, in 14 isolates representing 7 different species in the genus Metarhizium. Phylogenetic analysis demonstrated that the Mad2 phylogeny is more congruent with 59 EF-1a than Mad1. This would suggest that Mad2 has diverged among Metarhizium lineages, contributing to clade- and species-specific variation, while it appears that Mad1 has been largely conserved. While other abiotic and biotic factors cannot be excluded in contributing to divergence, these results suggest that plant relationships, rather than insect host, have been a major driving factor in the divergence of the genus Metarhizium.

Variability in the Insect and Plant Adhesins, Mad1 and Mad2, within the Fungal Genus Metarhizium Suggest Plant Adaptation as an Evolutionary Force

Several species of the insect pathogenic fungus Metarhizium are associated with certain plant types and genome analyses suggested a bifunctional lifestyle; as an insect pathogen and as a plant symbiont. Here we wanted to explore whether there was more variation in genes devoted to plant association (Mad2) or to insect association (Mad1) overall in the genus Metarhizium. Greater divergence within the genus Metarhizium in one of these genes may provide evidence for whether host insect or plant is a driving force in adaptation and evolution in the genus Metarhizium. We compared differences in variation in the insect adhesin gene, Mad1, which enables attachment to insect cuticle, and the plant adhesin gene, Mad2, which enables attachment to plants. Overall variation for the Mad1 promoter region (7.1%), Mad1 open reading frame (6.7%), and Mad2 open reading frame (7.4%) were similar, while it was higher in the Mad2 promoter region (9.9%). Analysis of the transcriptional elements within the Mad2 promoter region revealed variable STRE, PDS, degenerative TATA box, and TATA box-like regions, while this level of variation was not found for Mad1. Sequences were also phylogenetically compared to EF-1a, which is used for species identification, in 14 isolates representing 7 different species in the genus Metarhizium. Phylogenetic analysis demonstrated that the Mad2 phylogeny is more congruent with 59 EF-1a than Mad1. This would suggest that Mad2 has diverged among Metarhizium lineages, contributing to clade- and species-specific variation, while it appears that Mad1 has been largely conserved. While other abiotic and biotic factors cannot be excluded in contributing to divergence, these results suggest that plant relationships, rather than insect host, have been a major driving factor in the divergence of the genus Metarhizium.

Étude du polymorphisme intra- et inter-spécifique du gène β-tubuline chez des espèces de champignons mycorhiziens à arbuscules en vue de développer des marqueurs moléculaires

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA), classés dans le phylum Glomeromycota, ne peuvent pas être facilement identifiés par la morphologie de leurs spores et leurs mycélia à l'intérieur ou à l'extérieur des racines de leurs hôtes. Ce problème fondamental d'identification rend l'étude de leur diversité, en particulier dans leur habitat naturel (sol et racine) extrêmement difficile. Les gènes ribosomaux ont été largement utilisés pour développer des amorces spécifiques et en inférer des arbres phylogénétiques. Cependant, ces gènes sont très polymorphes et existent en plusieurs copies dans le génome des CMA, ce qui complique l’interprétation des résultats. Dans notre étude, nous avons étudié le polymorphisme intra- et inter-spécifique du gène β-tubuline, présent en faible nombre de copies dans le génome des CMA, afin d’obtenir de nouvelles séquences nucléotidiques pour développer des marqueurs moléculaires. Les gènes β-tubuline amplifiés à partir de l'ADN génomique de cinq espèces du genre Glomus ont été clonés et séquencés. L’analyse des séquences indique un polymorphisme intraspécifique chez trois espèces de CMA. Deux séquences paralogues très variables ont été nouvellement identifiées chez les G. aggregatum, G. fasciculatum et G. cerebriforme. Aucun polymorphisme n’a été détecté chez les G. clarum et G. etunicatum. Toutes les séquences montrent la présence de deux introns hautement variables. La majorité des substitutions ont été localisées dans les exons et sont synonymes à 90%. La conservation des acides aminés suggère un niveau élevé de sélection négative sur le gène β-tubuline et nous permet de confirmer que les CMA représentent un ancien groupe fongique (400 million d’années). L’analyse phylogénétique, réalisée avec vingt et une séquences nucléotidiques du gène β-tubuline, a révélé que les séquences des Glomaceae forment un groupe monophylétique bien supporté, avec les Acaulosporaceae et Gigasporaceae comme groupe frère. Les séquences paralogues nouvellement identifiées chez les G. aggregatum et G. fasciculatum n'ont pas été monophylétiques au sein de chaque espèce. Les oligonucléotides ont été choisis sur la base des régions variables et conservées du gène β-tubuline. Le test PCR des amorces β-Tub.cerb.F/ β-Tub.cerb.R a révélé des bandes spécifiques de 401 pb pour les séquences paralogues du G. cerebriforme. Deux paires d’amorces ont été développées afin d’identifier les séquences du groupe nommé Tub.1. Les tests PCR nous ont permis d’identifier certaines séquences du groupe Tub.1. Une paire d’amorce β-Tub.2.F/ β-Tub.2.R nous a permis d’identifier certaines séquences paralogues du groupe nommé Tub.2. L’analyse d’autres gènes combinée à celle du gène β-tubuline permettra le développement de marqueurs moléculaires plus spécifiques pour l’identification de CMA.

Effet de l'initiation du traitement antirétroviral sur la diversité virale du VIH

L’épidémie du VIH-1 dure maintenant depuis plus de 25 ans. La grande diversité génétique de ce virus est un obstacle majeur en vue de l’éradication de cette pandémie. Au cours des années, le VIH-1 a évolué en plus de cinquante sous-types ou formes recombinantes. Cette diversité génétique est influencée par diverses pressions de sélection, incluant les pressions du système immunitaire de l’hôte et les agents antirétroviraux (ARV). En effet, bien que les ARV aient considérablement réduit les taux de morbidité et de mortalité, en plus d’améliorer la qualité et l’espérance de vie des personnes atteintes du VIH-1, ces traitements sont complexes, dispendieux et amènent leur lot de toxicité pouvant mener à des concentrations plasmatiques sous-optimales pour contrôler la réplication virale. Ceci va permettre l’émergence de variantes virales portant des mutations de résistance aux ARV. Ce phénomène est encore plus complexe lorsque l’on prend en considération l’immense diversité génétique des différents sous-types. De plus, le virus du VIH est capable de persister sous forme latente dans diverses populations cellulaires, rendant ainsi son éradication extrêmement difficile. Des stratégies pouvant restreindre la diversité virale ont donc été préconisées dans le but de favoriser les réponses immunes de l’hôte pour le contrôle de l’infection et d’identifier des variantes virales offrant une meilleure cible pour des stratégies vaccinales ou immunothérapeutiques. Dans cet esprit, nous avons donc étudié, chez des sujets infectés récemment par le VIH-1, l’effet du traitement ARV précoce sur la diversité virale de la région C2V5 du gène enveloppe ainsi que sur la taille des réservoirs. En deuxième lieu, nous avons caractérisé la pression de sélection des ARV sur des souches virales de sous types variés non-B, chez des patients du Mali et du Burkina Faso afin d’évaluer les voies d’échappement viral dans un fond génétique différent du sous-type B largement prévalent en Amérique du Nord. Notre étude a démontré la présence d’une population virale très homogène et peu diversifiée dans les premières semaines suivant l’infection, qui évolue pour atteindre une diversification de +0,23% à la fin de la première année. Cette diversification est plus importante chez les sujets n’ayant pas initié de traitement. De plus, ceci s’accompagne d’un plus grand nombre de particules virales infectieuses dans les réservoirs viraux des cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) chez ces sujets. Ces résultats suggèrent que l’initiation précoce du traitement pourrait avoir un effet bénéfique en retardant l’évolution virale ainsi que la taille des réservoirs, ce qui pourrait supporter une réponse immune mieux ciblée et potentiellement des stratégies immunothérapeutiques permettant d’éradiquer le virus. Nous avons également suivi 801 sujets infectés par des sous-types non-B sur le point de débuter un traitement antirétroviral. Bien que la majorité des sujets ait été à un stade avancé de la maladie, plus de 75% des individus ont obtenu une charge virale indétectable après 6 mois d’ARV, témoignant de l’efficacité comparable des ARV sur les sous-types non-B et B. Toutefois, contrairement aux virus de sous-type B, nous avons observé différentes voies moléculaires de résistance chez les sous type non-B, particulièrement chez les sous-types AGK/AK/K pour lesquels les voies de résistances étaient associées de façon prédominante aux TAM2. De plus, bien que la divergence entre les virus retrouvés chez les patients d’une même région soit faible, nos analyses phylogénétiques ont permis de conclure que ces mutations de résistance se sont produites de novo et non à partir d’un ancêtre commun porteur de résistance. Cependant, notre dernière étude au Mali nous a permis d’évaluer la résistance primaire à près de 10% et des études phylogénétiques seront effectuées afin d’évaluer la circulation de ces souches résistantes dans la population. Ces études suggèrent qu’un contrôle de la réplication virale par les ARV peut freiner la diversité du VIH et ainsi ouvrir la voie à un contrôle immunologique ciblé, utilisant de nouvelles stratégies vaccinales ou immunothérapeutiques. Toutefois, une thérapie antirétrovirale sous-optimale (adhérence, toxicité) peut conduire à l’échappement virologique en favorisant l’émergence et la dissémination de souches résistantes.

Caractérisation du risque associé au virus de l'hépatite E chez le porc

Dans cette étude, la bile d’un porc canadien naturellement infecté par une souche du virus de l’hépatite E (VHE) a été utilisée afin d’inoculer deux groupes de porcelets. Dans l’étude précoce (E), 4 porcelets âgés de 4 semaines et exempts de pathogènes spécifiques (SPF), ont été suivis jusqu’à 14 jours post-inoculation (pi). Dans l’étude tardive (L), 9 porcelets ont été suivis à chaque semaine jusqu’à l’abattage, soit 120 jours pi. À la nécropsie, la présence du VHE a été évaluée dans différents organes à 7, 14 et 120 jours pi. Des porcelets témoins (E=2 et L=3) ont été inoculés par de la bile exempte de VHE. Le virus a persisté chez certains animaux jusqu’à 84 à 105 jours pi dans le sérum malgré la présence d’anticorps IgG anti-VHE dans le sang, suggérant une virémie prolongée. L’excrétion virale dans les fèces s’est étalée également sur une période de 105 jours pi chez certains animaux. De plus, la détection de l’ARN viral dans les organes évalués s’est révélée presque nulle à l’âge d’abattage à l’exception de quelques vésicules biliaires, alors qu’on retrouvait l’ARN viral dans plusieurs organes à 7 et 14 jours pi. Pour évaluer la distribution du VHE chez les porcs commerciaux du Québec, un échantillonnage de porcs de trois abattoirs a été réalisé. Environ 100 échantillons de sang, fèces, foies et bile provenant des mêmes animaux en processus d’abattage ont été prélevés dans chacun des abattoirs, sur des porcs destinés à la consommation humaine. La détection de l’ARN viral et des anticorps du VHE a été réalisée à l’aide d’une RT-PCR nichée et d’un test ELISA adapté pour déceler les anticorps porcins anti-VHE. Chez les porcs d’abattoir, 12,9 % des échantillons de bile contenaient de l’ARN viral du VHE, alors que la détection virale était moindre dans les autres organes. Une séroprévalence en IgG de 26,0 % a été obtenue pour les sérums porcins analysés. Une analyse phylogénétique des différentes souches isolées pendant l’étude a démontré qu’elles sont du génotype 3. Ces données indiquent une exposition potentielle des travailleurs de l’industrie porcine au VHE porcin, notamment par les fèces, le sang et les organes et également pour les consommateurs par le biais des foies.

Recherche d’étoiles jeunes de faible masse dans le voisinage solaire

Formées lors de l’effondrement gravitationnel d’un nuage de gaz moléculaire, les étoiles naissantes auront différentes masses variant entre 0.08 et environ 100M . La majorité de la population stellaire de la Galaxie est constituée d’étoiles dont la masse est inférieure à environ 0.6 M . Le dernier évènement de formation stellaire dans le voisinage solaire s’est produit dans la bulle locale il y a au plus 100 millions d’années, vraisemblablement provoqué par le passage d’une onde de choc dans le bras local de la Galaxie. C’est ainsi que se formèrent de jeunes associations d’étoiles dont les membres se caractérisent en particulier par une vitesse spatiale et une position commune dans la Galaxie. Les associations jeunes étant peu densément peuplées et relativement proches du Soleil, leurs membres se font plutôt rares et dispersés sur toute la voûte céleste. Jusqu’à présent, surtout les étoiles les plus massives (brillantes) ont été répertoriées. Les étoiles jeunes de faible masse, constituant la majorité de la population, restent pour la plupart à être identifiées. Les étoiles jeunes de faible masse représentent une population clef pour contraindre les modèles évolutifs des étoiles M et des naines brunes. Elles sont également d’excellentes candidates pour chercher des exoplanètes via les techniques d’imagerie directe. Ce mémoire présente une nouvelle méthode utilisant un modèle cinématique enrichi d’une analyse statistique Bayesienne pour identifier des étoiles jeunes de faible masse dans les associations beta Pictoris, Tucana-Horologium et AB Doradus. À partir d’un échantillon de 1080 étoiles K et M, toutes comportant des indicateurs de jeunesse tels l’émission Halpha et une forte luminosité dans les rayons X, leurs propriétés cinématiques (mouvement propre) et photométriques sont analysées pour en extraire 98 candidates hautement probables membres d’une des trois associations. Une confirmation de leur statut comme membre nécessitera en particulier une mesure de leur vitesse radiale (prédit par notre analyse) et une mesure de la largeur équivalente du lithium à 6708 Å pour mieux contraindre leur âge.

The study of RNA tertiary interactions in tRNA structure and function

Le rôle des deux paires de bases universelles inverse Hoogsteen U : A ( RHUAs ) présentent chez les ARNt standards , une dans la boucle T et l'autre dans le noyau de la forme en L , a été étudiée. Pour chacun des RHUAs , un criblage génétique spécialisé in vivo chez les bactéries , le système suppresseur ambre ( pour l'étude de la RHUA dans la boucle T ) et le système d'ARNt de la sélénocystéine ( tRNASec ) ( pour l'étude de la RHUA dans le noyau ) , ont été utilisé pour générer des variants fonctionnels à partir de multiples librairies combinatoires . Ces variants ont ensuite été séquencé et soumis à une analyse systématique qui comprend la modélisation informatique et un type d'analyse phylogénétique. Les résultats du système suppresseur ambre ont montré un ensemble de variants fonctionnels qui ne nécessitent pas le motif RHUA dans la boucle T et qui ont remplacé la méthode standard de l'interaction entre les boucles D et T avec une double hélice interboucle , ILDH . D'autres études ont abouti à la détermination d'un modèle In silico de l'alternative à la norme standard de la boucle T, sous le nom de type III . Les résultats du système tRNASec ont révélé que pour cette ARNt exceptionnel, l'absence de RHUA ( dans le noyau ) assure une flexibilité accrue qui est spécifiquement nécessaire pour la fonction de tRNASec . Ainsi, les ARNt standards , à la différence de tRNASec , avec la présence universelle de RHUA dans le noyau , a été naturellement sélectionnée pour être rigide . Pris ensemble, la RHUA joue un rôle essentiel dans la stabilisation des interactions tertiaires.

Molecular Characterization and Gene Expression Profiling of Antimicrobial Peptides in Penaeid Shrimps

The constitutive production of AMPs in shrimps ensures that animals are able to protect themselves from low-level assaults by pathogens present in the environment. As these molecules play important roles in the shrimp immune defense system, the expression level of these AMPs are possible indicators of the immune state of shrimps. The present study also indicates the antiviral property of AMPs, especially ALF, stressing the importance of their up-regulation through the application of immunostimulants/probiotics as a prophylactic strategy in aquaculture. The present study shows that shrimp defense system is equipped enough to evade WSSV infection to a certain extent, when the animals were maintained on marine yeast and probiotic diet, whereas the control diet fed group succumbed to WSSV infection. This study reveals that marine yeast and probiotic supplemented diet can delay the process of WSSV infection and confer greater protection to the animals. Particularly, the protection conferred by marine yeast, C. haemulonii S27 and Bacillus MCCB101 were highly promising imparting greater hope to the aquaculture community to overcome the prevailing disease problems in aquaculture. It may be inferred from the present study that up-regulation of AMP genes could be effected by the application of immunostimulants and probiotics. Also, AMP expression profile could be used as an effective tool for screening immunostimulants and probiotics for application in shrimp culture. Ultimately, it is likely that no single compound or strategy will provide a solution to the problem of disease within aquaculture and that, in reality, a suite of techniques will be required including the manipulation of the rearing environment, addition of probionts as a matter of routine during culture, and the use of immunostimulants and other supplements during vulnerable growth phases. Finally, the development of good management practices, the control of environmental variables, genetic improvement in the penaeid species, understanding of host-virus interaction, modulation of the shrimp immune system, supported by functional genomics and proteomics of this crustacean, as a whole suggests that the control of WSSV is not far.

Characterization of polyhydroxyalkanoates accumulating vibrios from marine benthic environments and production studies of polyhydroxyalkanoates by Vibrio sp. BTKB33

The present work deals with the characterization of polyhydroxyalkanoates accumulating vibrios from marine benthic environments and production studies of polyhydroxyalkanoates by vibrio sp.BTKB33. Vibrios are a group of (iram negative, curved or straight motile rods that normally inhabit the aquatic environments.The present study therefore aimed at evaluating the occurrence of PHA accumulating vibrios inhabiting marine benthic environments; characterizing the potential PHA accumulators employing phenotypic and genotypic approaches and molecular characterization of the PHA synthase gene. The study also evaluated the PHA production in V:'hri0 sp. strain BTKB33, through submerged fennentation using statistical optimization and characterized the purified biopolymer. Screening for PHA producing vibrios from marine benthic environments. Characterization of PHA producers employing phenotypic and genotypic approaches.The incidence of PHA accumulation in Vibrio sp. isolated from marine sediments was observed to be high, indicating that the natural habitat of these bacteria are stressful. Considering their ubiquitous nature, the ecological role played by vibrios in maintaining the delicate balance of the benthic ecosystem besides returning potential strains, with the ability to elaborate a plethora of extracellular enzymes for industrial application, is significant. The elaboration of several hydrolytic enzymes by individuals also emphasize the crucial role of vibrios in the mineralization process in the marine environment. This study throws light on the extracellular hydrolytic enzyme profile exhibited by vibrios. It was concluded that apart from the PHA accumulation, presence of exoenzyme production and higher MAR index also aids in their survival in the highly challenging benthic enviromnents. The phylogenetic analysis of the strains and studies on intra species variation within PHA accumulating strains reveal their diversity. The isolate selected for production in this study was Vibrio sp. strain BTKB33, identified as V.azureus by 16S rDNA sequencing and phenotypic characterization. The bioprocess variables for PHA production utilising submerged fermentation was optimized employing one-factor-at-a-time-method, PB design and RSM studies. The statistical optimization of bioprocess variables revealed that NaCl concentration, temperature and incubation period are the major bioprocess variables influencing PHA production and PHA content. The presence of Class I PHA synthase genes in BTKB33 was also unveiled. The characterization of phaC genes by PCR and of the extracted polymer employing FTIR and NMR analysis revealed the presence of polyhydroxybutyrate, smallest known PI-IAs, having wider domestic, industrial and medical application. The strain BTKB33 bearing a significant exoenzyme profile, can thus be manipulatedin future for utilization of diverse substrates as C- source for PHA production. In addition to BTKB33, several fast growing Vibrio sp. having PHA accumulating ability were also isolated, revealing the prospects of this environment as a mine for novel PHA accumulating microbes. The findings of this study will provide a reference for further research in industrial production of PHAs from marine microorganisms .

Molecular characterization of a crustinlike antimicrobial peptide in the giant tiger shrimp, Penaeus monodon, and its expression profile in response to various immunostimulants and challenge with WSSV

A crustinlike antimicrobial peptide from the haemocytes of giant tiger shrimp, Penaeus monodon was partially characterized at the molecular level and phylogenetic analysis was performed. The partial coding sequence of 299 bp and 91 deduced amino acid residues possessed conserved cysteine residues characteristic of the shrimp crustins. Phylogenetic tree and sequence comparison clearly confirmed divergence of this crustinlike AMP from other shrimp crustins. The differential expression of the crustinlike AMP in P. monodon in response to the administration of various immunostimulants viz., two marine yeasts (Candida haemulonii S27 and Candida sake S165) and two bglucan isolates (extracted from C. haemulonii S27 and C. sake S165) were noted during the study. Responses to the application of two grampositive probiotic bacteria (Bacillus MCCB101 and Micrococcus MCCB104) were also observed. The immune profile was recorded preand postchallenge white spot syndrome virus (WSSV) by semiquantitative RTPCR. Expressions of seven WSSV genes were also observed for studying the intensity of viral infection in the experimental animals. The crustinlike AMP was found to be constitutively expressed in the animal and a significant downregulation could be noted postchallenge WSSV. Remarkable downregulation of the gene was observed in the immunostimulant fed animals prechallenge followed by a significant upregulation postchallenge WSSV. Tissuewise expression of crustinlike AMP on administration of C. haemulonii and Bacillus showed maximum transcripts in gill and intestine. The marine yeast, C. haemulonii and the probiotic bacteria, Bacillus were found to enhance the production of crustinlike AMP and confer significant protection to P. monodon against WSSV infection