Diagnostic and identification in situ of fungal pathogens in superficial mycosis

Fungi are divided in 3 groups in the field of medical mycology. The dermatophytes are filamentous fungi able to grow on keratinized tissues from human or animals. They are the main cause of superficial and cutaneous mycoses of the skin and its appendix (hair and nail). The yeasts, or dimorphic fungi, can be responsible of diverse types of infections (superficial to deep mycoses). The moulds include all Non-dermatophyte Filamentous Fungi (NDF). In medical mycology, the most representative moulds are Aspergillus spp., Fusarium spp. and Mucor spp. Diagnosis of mycosis is currently based on direct mycological examination of biological samples, as well as macroscopic and microscopic identification of the infectious fungus in culture assay. However, culture assays were found to remain sterile in roughly 40% of cases otherwise positive by direct mycological examinations. Additionally, results from culture assays are often difficult to interpret as various NDF are sometimes isolated. This thesis work is composed of three projects focusing on the development of new assays for direct in situ identification of fungi from dermatological samples. Part 1. A Polymerase Chain Reaction - Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism assay (PCR-TRFLP) targeting the 28S rDNA was developed to identify dermatophytes and NDF in nails with suspected onychomycosis. This method is faster and more efficient than culture. It further enables the distinction of more than one agent in case of mixed infection. A fast and reliable assay for the identification of dermatophytes and NDF in onychomycosis was found to be highly relevant since onychomycosis with Fusarium spp. or other NDF are weakly responsive or unresponsive to standard onychomycosis treatments with oral terbinafine and itraconazole. Part 2. A nested PCR-sequencing assay targeting the 28S rDNA was developed to identify dermatophyte species in skin and hair samples. This method is especially suitable for tinea capitis where dermatophytes identification is critical for subsequently prescribing the adequate treatment. The challenge presented when performing direct PCR fungi identification in skin and hair differs from that seen in onychomycosis as small amount of material is generally collected, few fungal elements are present in the clinical sample and one dermatophyte among a dozen species must be identified. Part 3. Fusarium spp. is currently isolated from nails with a frequency of 15% of that of dermatophytes in the laboratory of Mycology of the CHUV (2005-2012). The aim of this work was to examine if the intensive use of terbinafine and itraconazole could be a cause of the high incidence of Fusarium nail infections. For that purpose, two different methods, specific PCR and TRFLP, were used to detect both Fusarium spp. and Trichophyton spp. in nails of previously treated or untreated patients. TRFLP assay was found to be less sensitive than classical PCR assays specifically detecting Fusarium spp. or Trichophyton spp. Independently of the detection method used, the prevalence of Fusarium spp. appears not to be higher in patients previously treated by oral standard treatment with terbinafine and azoles which are highly effective to fight Trichophyton spp. in nails. In many cases Fusarium sp. was detected in samples of patients not previously subjected to antifungal therapy. Therefore, these treatments do not appear to favor the establishment of Fusarium spp. after elimination of a dermatophyte in nail infection. - En mycologie médicale, les champignons sont classés en 3 groupes. Les dermatophytes sont des champignons filamenteux capables de se développer dans les tissus kératinisés des hommes et des animaux, ils représentent la principale cause des mycoses superficielles et cutanées de la peau et de ses appendices (ongles et cheveux). Les levures, ou champignons dimorphiques, peuvent être responsables de divers types d'infections (superficielles à profondes). Les moisissures incluent tous les champignons filamenteux non-dermatophytes (NDF), les Aspergillus spp., les Fusarium spp. et les Mucor spp. sont les principales espèces rencontrées. Le diagnostic d'une mycose est basé sur un examen mycologique direct des prélèvements biologiques ainsi que sur l'identification macroscopique et microscopique du champignon infectieux isolé en culture. Cependant, dans environ 40% des cas, l'identification de l'agent pathogène est impossible par cette méthode car la culture reste stérile, bien que l'examen direct soit positif. De plus, la croissance de moisissures et/ou autres contaminants peut rendre l'interprétation de l'examen difficile. Ce travail de thèse est composé de trois projets focalisés sur le développement de nouvelles méthodes d'identification des champignons directement à partir d'échantillons dermatologiques. Projet 1. Une méthode de Réaction en chaîne de polymérase couplée à du polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux (PCR-TRFLP), en ciblant l'ADN ribosomal 28S, a été développée pour l'identification des dermatophytes et moisissures dans les ongles avec suspicion d'onychomycoses. Cette technique s'est avérée plus rapide et plus efficace que la culture, permettant l'identification de plusieurs champignons en même temps. Posséder une méthode d'identification rapide et fiable des dermatophytes et des NDF dans les onychomycoses a été jugée nécessaire du fait que les Fusarium et d'autres NDF sont peu ou pas sensibles aux traitements oraux standards à la terbinafine et à Γ itraconazole. Projet 2. Une PCR nichée couplée au séquençage d'un fragment de l'ADN ribosomal 28S a été développée afin de différencier les dermatophytes dans la peau et les cheveux. Cette méthode est particulièrement adaptée au cas de tinea capitis, où l'identification du dermatophyte est essentielle afin de prescrire le traitement adéquat. Le problème de l'identification du pathogène fongique dans les cheveux et la peau diffère des onychomycoses car de petites quantités sont prélevées chez les patients, peu d'éléments fongiques sont présents et il faut discriminer un dermatophyte parmi une douzaine d'espèces potentielles. Projet 3. Au laboratoire de Mycologie du CHUV, les Fusarium ont été isolé dans les ongles à une fréquence de 15% pour la période 2005-2012. Le but de ce travail était d'examiner si l'utilisation intensive de terbinafine et d'itraconazole pouvait être une des causes de la forte incidence des infections des ongles par Fusarium. A cet effet, deux méthodes ont été utilisées pour détecter à la fois Fusarium spp. et Trichophyton spp., la PCR spécifique et le TRFLP. Indépendamment de la méthode choisie, il en résulte que la prévalence des Fusarium η'apparaît pas liée à un traitement au préalable des patients avec de la terbinafine ou des azoles, thérapies très efficaces contre les Trichophyton spp. dans les ongles. De plus, il existe de nombreux cas où Fusarium était détecté chez des patients non traités.

Genetic variability of Brazilian phytoplasma and spiroplasma isolated from maize plants

The objective of this work was to characterize the genetic variability of phytoplasma and Spiroplasma kunkelii isolated from maize plants showing symptoms of stunt collected from different Brazilian geographic regions. A DNA fragment of 500 base pairs (bp) was amplified from the spiralin gene in S. kunkelii and one fragment of 1,200 bp was generated from 16S rDNA gene in phytoplasma. The partial sequences of the spiralin gene showed similarity of 98% among the isolates of S. kunkelii analyzed. These sequences were compared with the sequence of the spiralin gene from other Spiroplasma species deposited in the GenBank, resulting in a similarity varying from 76.9% to 88.1%. The 16S rDNA sequence from the phytoplasma were completely similar within the Brazilian isolates and showed up to 98% of the similarity with sequences already found from other phytoplasmas. A very narrow genetic variability was detected by these gene fragments within phytoplasma and Spiroplasma analyzed. However, other genomic regions with higher polymorphic levels shall be identified in order to better evaluate the genetic diversity within these microorganisms population.

Synthesis of a non-peptidic PET tracer designed for α5β1 integrin receptor.

Arginine-glycine-aspartic acid (RGD)-containing peptides have been traditionally used as PET probes to noninvasively image angiogenesis, but recently, small selective molecules for α5 β1 integrin receptor have been developed with promising results. Sixty-one antagonists were screened, and tert-butyl (S)-3-(2-((3R,5S)-1-(3-(1-(2-fluoroethyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propanoyl)-5-((pyridin-2-ylamino)methyl)pyrrolidin-3-yloxy)acetamido)-2-(2,4,6-trimethylbenzamido)propanoate (FPMt) was selected for the development of a PET tracer to image the expression of α5 β1 integrin receptors. An alkynyl precursor (PMt) was initially synthesized in six steps, and its radiolabeling was performed according to the azide-alkyne copper(II)-catalyzed Huisgen's cycloaddition by using 1-azido-2-[(18)F]fluoroethane ([(18)F]12). Different reaction conditions between PMt and [(18)F]12 were investigated, but all of them afforded [(18)F]FPMt in 15 min with similar radiochemical yields (80-83%, decay corrected). Overall, the final radiopharmaceutical ([(18)F]FPMt) was obtained after a synthesis time of 60-70 min in 42-44% decay-corrected radiochemical yield.

Alterações microbianas no solo durante o ciclo do milho nos sistemas plantio direto e convencional

A disponibilidade de resíduos de aveia-preta, com relação C:N elevada, resulta em imobilização microbiana de nitrogênio no solo, exigindo cuidados no manejo da adubação nitrogenada da cultura subseqüente. O objetivo deste trabalho foi avaliar as alterações na estrutura da comunidade microbiana ao longo do ciclo do milho, na presença de resíduos de aveia-preta e da aplicação de nitrogênio. Foram coletadas amostras de um Argissolo Vermelho distrófico no dia da semeadura do milho e 46, 62, 88 e 112 dias após a semeadura. O nitrogênio foi aplicado 25 dias e 49 dias após a semeadura. As alterações na comunidade microbiana foram avaliadas mediante relações entre carbono (C) e nitrogênio (N), nitrogênio reativo com ninidrina (N-Nin) e carboidratos (CHO) da biomassa microbiana, além da análise do rDNA fúngico e bacteriano. As diferenças na composição da comunidade microbiana, reveladas pela análise do rDNA, relacionaram-se mais com as relações C:N e C:N-Nin do que com a relação C:CHO. As relações C:N-Nin e C:N e as avaliações do rDNA mostraram um predomínio inicial de população fúngica. Com a aplicação de N, a população bacteriana tornou-se preponderante e, ao final do ciclo do milho, retornou para uma condição semelhante à inicial.

Anàlisi i quantificació de les accions i el temps de joc en l'hoquei sobre patins en equips de l'OK Lliga

Quantificar les variables temporal, les accions tècniques i els desplaçaments dels jugador al llarg de la competició proporciona una informació excel·lent per deduir les càrregues físiques i fisiològiques a les que estan sotmesos. Per aquest estudi es van visualitzar 4 partits de la Copa del Rei 2012. Es va enregistrà sistemàticament les dades en fulls de registre. Les principals dades analitzades van ser: temps total, temps real, temps de pausa, temps d’acció i relació entre el temps d’acció i el temps de pausa (densitat de treball). També es va analitzar: les incidències reglamentaries, les accions tècniques del jugador i els desplaçaments del jugador. El 45% de les accions es van produir entre 0 i 30s, i el promig d’interval de participació va ser 19:29s ±2:09. Més del 50% de les pauses es van produir entre 11s i 30s, i el promig d’interval de pausa va ser de 24:57s. Aquest va determinar que la densitat de treball era 1:1.3. Aproximadament el 70% de les incidències reglamentàries van ser faltes d’equip I tècniques. Van haver-hi 56 conduccions, 10 driblins, 12 remats, (3 xuts, 2 punxades/escopides, 5 remats de primeres i 2 arrossegades) i 80 passades. Finalment, en un partit el 42,23% dels desplaçaments van ser a baixa intensitat, el 27,02% van ser a intensitat mitjana i el 30,75% van ser a alta intensitat. A més a més, el 81,90% dels desplaçaments a alta intensitat van durar de 0s a 5s, el 54,56% a intensitat mitjana van durar de 6 a 10 s. I el 49,32% a intensitat baixa també van durar 6s a 10s. L’hoquei sobre patins és un esport en el que hi predominen els esforços intermitents a gran intensitat i de curta durada amb una important sol·licitació de la via anaeròbica alàctica. Analitzar la dimensió temporal, les accions tècniques i els desplaçaments dels jugador durant la competició permet estimar les exigències físiques i requeriments energètics, i aquest faciliten l’elaboració d’entrenaments més específics.

Eficiência simbiótica de estirpes de Bradyrhizobium isoladas de solo do Cerrado em caupi

O objetivo deste trabalho foi avaliar as relações filogenéticas de estirpes de Bradyrhizobium e a contribuição destas estirpes para a fixação biológica de nitrogênio em caupi, em solos do Cerrado. Na avaliação da relação filogenética, o gene 16S rDNA de cada uma das estirpes foi amplificado e seqüenciado, e para a análise da eficiência simbiótica, determinou-se: N total, matéria seca das plantas, massa de nódulos e redução de acetileno, em casa de vegetação, e ocupação nodular, em experimento de campo. A maioria das estirpes estudadas pertence a B. elkanii e, pelo menos dez das estirpes, independentemente da espécie, apresentaram bom desempenho quanto à fixação biológica de N2. As estirpes BR3262, BR3280 (caracterizadas como B. elkanii) e BR3267, BR3287 e BR3288 (Bradyrhizobium sp.) mostram-se como inoculantes potenciais para o caupi, em razão do bom desempenho tanto na eficiência simbiótica quanto na ocupação nodular.

Evaluation of a polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism assay for dermatophyte and nondermatophyte identification in onychomycosis.

BACKGROUND: Dermatophytes are the main cause of onychomycoses, but various nondermatophyte filamentous fungi are often isolated from abnormal nails. The correct identification of the aetiological agent of nail infections is necessary in order to recommend appropriate treatment. OBJECTIVE: To evaluate a rapid polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) assay based on 28S rDNA for fungal identification in nails on a large number of samples in comparison with cultures. METHODS: Infectious fungi were analysed using PCR-RFLP in 410 nail samples in which fungal elements were observed in situ by direct mycological examination (positive samples). The results were compared with those previously obtained by culture of fungi on Sabouraud agar from the same nail samples. RESULTS: PCR-RFLP identification of fungi in nails allowed validation of the results obtained in culture when Trichophyton spp. grew from infected samples. In addition, nondermatophyte filamentous fungi could be identified with certainty as the infectious agents in onychomycosis, and discriminated from dermatophytes as well as from transient contaminants. The specificity of the culture results relative to PCR-RFLP appeared to be 81%, 71%, 52% and 63% when Fusarium spp., Scopulariopsis brevicaulis, Aspergillus spp. and Candida spp., respectively, grew on Sabouraud agar. It was also possible to identify the infectious agent when direct nail mycological examination showed fungal elements, but negative results were obtained from fungal culture. CONCLUSIONS: Improved sensitivity for the detection of fungi in nails was obtained using the PCR-RFLP assay. Rapid and reliable molecular identification of the infectious fungus can be used routinely and presents several important advantages compared with culture in expediting the choice of appropriate antifungal therapy.

Childhood socioeconomic position and objectively measured physical capability levels in adulthood: a systematic review and meta-analysis.

BACKGROUND: Grip strength, walking speed, chair rising and standing balance time are objective measures of physical capability that characterise current health and predict survival in older populations. Socioeconomic position (SEP) in childhood may influence the peak level of physical capability achieved in early adulthood, thereby affecting levels in later adulthood. We have undertaken a systematic review with meta-analyses to test the hypothesis that adverse childhood SEP is associated with lower levels of objectively measured physical capability in adulthood. METHODS AND FINDINGS: Relevant studies published by May 2010 were identified through literature searches using EMBASE and MEDLINE. Unpublished results were obtained from study investigators. Results were provided by all study investigators in a standard format and pooled using random-effects meta-analyses. 19 studies were included in the review. Total sample sizes in meta-analyses ranged from N = 17,215 for chair rise time to N = 1,061,855 for grip strength. Although heterogeneity was detected, there was consistent evidence in age adjusted models that lower childhood SEP was associated with modest reductions in physical capability levels in adulthood: comparing the lowest with the highest childhood SEP there was a reduction in grip strength of 0.13 standard deviations (95% CI: 0.06, 0.21), a reduction in mean walking speed of 0.07 m/s (0.05, 0.10), an increase in mean chair rise time of 6% (4%, 8%) and an odds ratio of an inability to balance for 5s of 1.26 (1.02, 1.55). Adjustment for the potential mediating factors, adult SEP and body size attenuated associations greatly. However, despite this attenuation, for walking speed and chair rise time, there was still evidence of moderate associations. CONCLUSIONS: Policies targeting socioeconomic inequalities in childhood may have additional benefits in promoting the maintenance of independence in later life.

Landslides cause tsunami waves: insights from Aysén Fjord, Chile

On 21 April 2007, an Mw 6.2 earthquake produced an unforeseen chain of events in the Aysén fjord (Chilean Patagonia, 45.5°S). The earthquake triggered hundreds of subaerial landslides along the fjord flanks. Some of the landslides eventually involved a subaqueous component that, in turn, generated a series of displacement waves tsunami- like waves produced by the fast entry of a ubaerial landmass into a water body within the fjord [Naranjo et al., 2009; Sepúlveda and Serey, 2009; Hermanns et al., 2013]. These waves, with run-ups several meters high along the shoreline, caused 10 fatalities. In addition, they severely damaged salmon farms, which constitute the main economic activity in the region, setting free millions of cultivated salmon with still unknown ecological consequences.

Molecular characterization and pathogenicity of isolates of Beauveria spp. to fall armyworm

The objective of this work was to evaluate the pathogenicity of 24 Beauveria isolates to Spodoptera frugiperda larvae, and characterize them molecularly through rDNA-ITS sequencing and RAPD markers. Sequencing of rDNA-ITS fragments of 570 bp allowed the identification of isolates as B. bassiana or B. brongniarti by sequence comparison to GenBank. Sixty seven polymorphic RAPD fragments were capable to differentiate 20 among 24 Beauveria isolates, grouping them according to the derived host insect and to pathogenicity against maize fall armyworm larvae. Three RAPD markers were highly associated to the pathogenicity against S. frugiperda, explaining up to 67% of the phenotypic variation. Besides identification and molecular characterization of Beauveria isolates, ITS sequence and RAPD markers proved to be very useful in selecting the isolates potentially effective against S. frugiperda larvae and in monitoring field release of these microorganisms in biocontrol programs.

Promoção de crescimento e controle de tombamento de plântulas de pepino por rizobactérias

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de rizobactérias, no crescimento de plântulas de pepino e no controle de tombamento, causado por Pythium aphanidermatum. Foram realizados em laboratório ensaios de: degradação de 1-aminociclopropano-1-carboxilato (ACC); colonização das raízes de plântulas de pepino; e pareamento de culturas. A identificação dos melhores isolados foi feita pela determinação das seqüências do gene 16S rDNA. Trinta e sete isolados, dos 165 testados, aumentaram a massa de matéria seca das plantas de pepino em até 63%. Desses, somente um isolado (N13 - Pseudomonas fluorescens) reduziu o tombamento de plântulas em 25%; 21 isolados inibiram o crescimento micelial de P. aphanidermatum, colonizaram o sistema radicular das plantas de pepino e cresceram em presença de ACC como única fonte de nitrogênio. Dos dez isolados que apresentaram resultados satisfatórios, cinco foram identificados como pertencentes aos gêneros Bacillus, quatro Pseudomonas e um Stenotrophomonas. Dos 165 isolados de rizobactérias testados, sete possuem potencial para promover o crescimento de plantas de pepino e um para controlar o tombamento causado por P. aphanidermatum.

Atividade enzimática e perfil da comunidade bacteriana em solo submetido à solarização e biofumigação

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da solarização e da biofumigação sobre a comunidade microbiana do solo, por meio da atividade da enzima beta-glicosidase e do perfil do 16S rDNA, determinado com PCR-DGGE. A solarização do solo, com cobertura de plástico, foi feita por períodos de dois, quatro e seis meses, e a biofumigação foi realizada pela incorporação de 2 e 5% (v/v) de cama-de-frango ao solo. Logo após a retirada da cobertura de plástico e aos 30 dias após a remoção, a atividade da beta-glicosidase foi menor em relação ao tratamento não solarizado. Aos 60 dias, não foram mais observadas diferenças entre os tratamentos. A adição de cama-de-frango a 5% estimulou a atividade da beta-glicosidase. O perfil da estrutura da comunidade bacteriana foi influenciado pelo tempo de solarização, independentemente da época da retirada da cobertura de plástico. Não foi observado efeito da adição de cama-de-frango ao solo, no perfil da comunidade. A solarização afeta a atividade da beta-glicosidase, mas esses efeitos não são mais detectáveis após 60 dias da retirada da cobertura de plástico, diferentemente do que foi observado em relação à estrutura da comunidade bacteriana por PCR-DGGE. A biofumigação estimula a atividade da beta-glicosidase, mas não afeta o perfil da comunidade microbiana.

Diversidade e potencial biotecnológico da comunidade bacteriana endofítica de sementes de soja

O objetivo deste trabalho foi isolar, caracterizar e identificar a comunidade bacteriana endofítica de sementes de soja e avaliar o seu potencial biotecnológico. Foram utilizadas sementes de 12 cultivares de soja. Os isolados bacterianos endofíticos obtidos foram avaliados in vitro quanto ao antagonismo a fungos fitopatogênicos, síntese de ácido indolacético (AIA) e solubilização de fosfato. A caracterização foi realizada com técnicas de isolamento, análise de restrição do DNA ribossomal amplificado (ARDRA) e sequenciamento parcial do gene 16S rDNA. Os isolados com maior potencial biotecnológico foram inoculados em sementes de soja, para se avaliar a capacidade de promoção de crescimento de plantas. Foi possível identificar 12 ribótipos por meio da ARDRA, que foram classificados como: Acinetobacter, Bacillus, Brevibacterium, Chryseobacterium, Citrobacter, Curtobacterium, Enterobacter, Methylobacterium, Microbacterium, Micromonospora, Pantoea, Paenibacillus, Pseudomonas, Ochrobactrum, Streptomyces e Tsukamurella. Quanto ao potencial biotecnológico da comunidade, 18% dos isolados controlaram o crescimento de fungos fitopatogênicos, 100% produziram AIA, e 39% solubilizaram fosfato. O isolado 67A(57) de Enterobacter sp. aumentou significativamente a massa de matéria seca da raiz. A inoculação de isolados com elevado potencial biotecnológico em avaliações in vitro não promoveu o crescimento de plantas de soja na maioria dos casos.

Diversidade bacteriana da rizosfera de genótipos de milho contrastantes na eficiência de uso de fósforo

O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade funcional e genética de bactérias associadas à rizosfera de genótipos de milho contrastantes quanto à eficiência de uso de fósforo, por meio do teste de fontes de carbono no sistema EcoPlate e da eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE) dos fragmentos amplificados dos genes 16S ribossomais (rDNA) das bactérias. Foram coletadas amostras de solo da rizosfera de linhagens e híbridos contrastantes quanto à eficiência de uso de fósforo, cultivados em Latossolo Vermelho-Escuro fase cerrado, com baixo e alto teor de P. Bactérias da rizosfera de híbridos e linhagens eficientes, sob estresse de P, analisadas pelo sistema EcoPlate, tenderam a se agrupar conforme a análise de componentes principais, o que indica que utilizaram fontes de carbono semelhantes. Não houve diferença na diversidade bacteriana, analisada pela DGGE, entre bactérias associadas a genótipos eficientes e ineficientes no uso de P. Com base no sequenciamento do 16S rDNA, foi verificado que a rizosfera de genótipos de milho sob estresse de P parece selecionar grupos específicos de bactérias. A estrutura populacional genética e metabólica de bactérias da rizosfera foi mais influenciada pelo teor de fósforo no solo do que pela eficiência das plantas em usar o fósforo.

Comunidade bacteriana como indicadora do efeito de feijoeiro geneticamente modificado sobre organismos não alvo

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do feijoeiro geneticamente modificado quanto à resistência ao Bean Golden Mosaic Vírus, BGMV (Olathe M1-4), sobre organismos não alvo. De um experimento implantado no campo, em delineamento inteiramente casualizado, com dois tratamentos (Olathe Pinto e evento elite Olathe M1-4), dois períodos amostrais (estádio V4 e R6) e dez repetições, obtiveram-se células bacterianas cultivadas e não cultivadas da rizosfera e do solo não rizosférico, para as quais se procedeu à extração de DNA total. A região V6-V8 do 16S rDNA foi amplificada para a comunidade bacteriana total, e também realizou-se amplificação com iniciadores específicos para o subgrupo alfa (α) do filo Proteobacteria a partir de células não cultivadas. Foram obtidos dendrogramas comparativos entre a variedade Olathe Pinto (convencional) e o evento elite Olathe M1-4 (geneticamente modificado) utilizando-se o coeficiente de Jaccard e o método UPGMA (Unweighted pair-group method with arithmetic mean). Os agrupamentos obtidos dos perfis de 16S rDNA PCR-DGGE indicam alterações na comunidade bacteriana da rizosfera em função da transformação das plantas são mais notáveis nos perfis obtidos para alfa-proteobacteria. A origem das amostras e o estágio de desenvolvimento das plantas afetam a comunidade bacteriana.