Comparação quantitativa da comunidade de aves de um fragmento de floresta semidecidual do interior do Estado de São Paulo em intervalo de 30 anos

Poucos estudos avaliaram em longo prazo a variação no tamanho populacional das espécies de aves em fragmentos florestais. Para avaliar a riqueza e a abundância específica da comunidade de aves de um remanescente de mata semidecidual do interior do Estado de São Paulo, sudeste do Brasil, foi conduzido o censo da avifauna florestal utilizando-se a metodologia de contagem em transecção. Estes resultados foram comparados com levantamento realizado na mesma localidade 30 anos antes, e as aves foram classificadas de acordo com suas categorias alimentares com a finalidade de associá-las à tendência ao aumento/diminuição de suas abundâncias após este intervalo de tempo. Embora tenha havido predominância de espécies com diminuição populacional, todas as categorias tróficas analisadas apresentaram também espécies com aumento em suas abundâncias. A maioria das espécies com propensão a deslocarem-se entre fragmentos apresentou diminuição em suas abundâncias. Sugerimos que, em relação a suas abundâncias específicas, as categorias tróficas são igualmente afetadas pelos processos da fragmentação, e que a regeneração florestal sofrida pelo remanescente pode ter resultado na perda de espécies de bordas. Espécies cujas abundâncias tenham reduzido neste intervalo de tempo podem sofrer extinção local futuramente.

Anurofauna de um remanescente alterado de floresta estacional semidecidual as margens do Rio Paranapanema

RESUMO Com o declínio evidente de populações de anfíbios causadas pela alteração do hábitat, muitas áreas que estão inseridas em hotspots do Brasil ainda precisam ser estudadas, a fim de aumentar o conhecimento sobre a anurofauna e fornecer melhores perspectivas de conservação. Um dos ecossistemas criticamente ameaçados é a Floresta Estacional Semidecidual (FES), cuja extensão foi reduzida a aproximadamente 7% da cobertura original, dispersos em pequenos fragmentos. O objetivo deste estudo foi descrever a anurofauna de uma localidade inserida em paisagem de FES na região da Bacia Hidrográfica do Rio Paranapanema, considerada uma lacuna geográfica no conhecimento de anfíbios. Além disso, foi avaliada a eficiência de métodos de amostragem de anuros e verificada a similaridade com taxocenoses inseridas em FES e/ou Cerrado de diferentes regiões da mesma bacia hidrográfica. O estudo foi conduzido nas margens do Rio Paranapanema, divisa dos estados de São Paulo e Paraná. Foram realizadas nove fases de campo trimestrais, entre novembro de 2005 a novembro de 2007 que resultou em um esforço de 45 dias de amostragem. Foram registradas 25 espécies de anfíbios anuros distribuídas em seis famílias. Pelo método de amostragem em sítio de reprodução obteve-se o maior registro de espécies (88,5%). O método de armadilhas de interceptação e queda também foi eficiente, proporcionando o registro de cerca de 45% das espécies, além de possibilitar o registro exclusivo de Physalaemus nattereri (Steindachner, 1863) eRhinella ornata (Spix, 1824). Além disso, 90% das espécies terrícolas registradas, que são tipicamente categorizadas como espécies de área aberta, foram registradas no interior dos remanescentes florestais por este método. Através da comparação com as outras taxocenoses, verificou-se uma alta dissimilaridade de espécies mesmo em áreas mais próximas e que a composição de espécies entre as localidades não está sendo determinada pela distância geográfica. Características distintas entre as espécies registradas, como modo reprodutivo e associação a diferentes hábitats, em conjunto com grau de diversidade encontrada entre as taxocenoses, deixa clara a importância da preservação desta região para a conservação de anfíbios.

Alterações nucleares das cellulas do figado nas infecções de Macacus Rhesus e M. Cynomolgus pelo virus da febre amarella

No figado de um Macacus rhesus inoculado por BEAUREPAIRE ARAGÃO com sangue deum caso benigno de febre amarella e no qual elle descreveu symptomas e lesões typicas semelhantes ás obidas por STOKES, BAUER e HUDSON pela inoculação com o virus africano no mesmo animal, encontrámos alterações nucleares da mesma natureza das assignaladas, no herpes zoster, herpes symptomatico, varicella e virus III do coelho e descriptas ora sob o nome de "inclusões acidophilas intranucleares" (LIPSCHÜTZ, GOODPASTURE), ora sob o de "degeneração oxychromatica" (LAUDA e LUGER). Alterações nucleares semelhantes da cellula hepatica encontrámos, posteriormente em 13 M. rhesus e 2 M. cynomolgus inoculados com e virus brasileiro da febre amarella o qual fôra isolado independentemente por BEAUREPAIRE ARAGÂO e depois por A. MARQUES DA CUNHA e J. MUNIZ de dois casos benignos de febre amarella, tendo sido um dos macacos injectado directamente com o sangue do doente; dois macacos foram inoculados com Aedes aegypti infectados em homem e em macaco; os animais foram anímaes empregados em passagens em serie do virus pelo macaco, e talvez esse facto explique até certo ponto, as notaveis differenças por vezes encontradas nas alterações histopathologicas do figado, visto como, em condições naturaes, o virus nunca passa directamente de homem para homem. A intensidade com que se apresenta a degeneração oxychromatica de modo algum está na dependencia das alterações do conteúdo gorduroso, necrose e necrobiose encontradas; em um caso, ella era a unica alteração presente no figado, sendo então particularmente intensa. As inclusões acidophilas intranucleares (degeneração oxychromatica) não foram encontradas em diversos M. rhesus não inoculados e mortos por causas obscuras; no entanto, em taes figados eram presentes infiltração e degeneração gordurosas associadas a alterações de necrose e necrobiose. Alguns estadios (figuras intranucleares "em borboleta" e "em ameba", v. fig. g e h, Est. colorida) sendo abundantes, facilitam, em virtude de sua configuração especial, o reconhecimento da degeneração oxychromatica em córtes feitos segundo uma technica rapida (pequenos fragmentos de figado fixados em formol aquecido a 60°C.-trinta minutos, córtes em congelação, hematoxylina, eosina, alcool absoluto, phenol-xylol-creosoto, xylol, balsamo), não tendo, afóra isso, importancia especial. Ao passo que a degeneração e infiltração gordurosa, bem como a necrose e a necrobiose da cellula hepatica apresentam variações consideraveis em sua intensidade de um para outro animal em uma passagem em serie não interrompida do virus pelo M. rhesus, chegando mesmo a faltar interamente em dois animaes cujo figado, no entanto, mostrou-se capaz de reproduzir symptomas e lesões typicas na passagem seguinte, as inclusões acidophilas intranucleares (degeneração oxychromatica), de regra, se encontram com muito maior regularidade...

Alterações dos folículos pilo-sebáceos em um caso de sindromo bolhoso do grupo pênfigo: presença de inclusões intranucleares das doenças por virus filtraveis

Tendo a oportunidade de estudar fragmentos de pele retirados de diversas regiões, algumas providas de abundante revestimento capilar, em um caso de autopsia de doente com sindromo bolhoso do grupo pênfigo, chamaram a nossa atenção as alterações histologicas dos folículos pilo-sebaceso, sôbre as quais não encontramos referencia especial na literatura que nos foi dado consultar.

Alguns aspectos citológicos da Leptospira Icterohaemorrhagiae em microscópio eletrônico

Os autores estudando culturas de 11 e 12 meses de Leptospira icterohaemorrhagiae, mantidas em meio de Schüffner modificado por Verwoort, observaram em microscópio eletrônico, corpos de leptospira com zonas de condensação do citoplasma assumindo aspecto granular Figs. 1, 3, 4, 9, 7, 12. Nas Figs. 6 e 7 vemos com nitidez um dêsses grânulos desmembrando-se do corpo da leptospira e cuja imagem é semelhante a outros grânulos esparsos. O número dessas formações é variável, parecendo depender de muitas causas. A deformação do corpo da leptospira parece depender da perda de consistência da membrana em virtude de alteração da sua permeabilidade, fenomenos que deve preceder á formação dos grânulos. Notamos também nas mesmas condições de experiência, como na Fig. 3, que os referidos grânulos tem dois aspectos diferentes: um é o que já referimos de forma irregular e opaco como se fôsse uma imagem de cromatina condensada e outro aspecto é também de forma irregular, porém, transparente como se houvesse esvaziado seu conteúdo primitivo, Figs. 5, 7 e 13. Na fig. 12, observamos o esvaziamento de uma forma destas o retraimento do seu conteúdo em outra, observação facilitada com auxílio de lente. A fig. 2 revela um aspecto frqüente encontrado em trabalhos desta natureza como no de CZEKALWSKI, J. W. e EAVES, G., isto é: formação de um grânulo com posterior segmentação do mesmo. Finalmente a Fig. 11 nos mostra grânulos com a mesma densidade que os fragmentos dos corpos da leptospira. Como dissemos acima, a cultura contendo material com êste aspecto foi inoculada em cobaias cuja hemocultura nos forneceu de novo o germe reisolado, o que faz admitir constituirem êsses grânulos uma fase no ciclo vital da leptospira ou então elemento capazer de manter condições e fatôres necessários à continuidade da espécie.

Catálogo sistemático dos pólens das plantas arbóreas do Brasil meridional XIV - Nyctaginaceae e Phytolaccaceae

Foram examinados na presente parte do nosso Catálogo os grãos de pólen das NYCTAGINACEAE e PHYTOLACCACEAE de Santa Catarina. Ambas são famílias euripalinas, apresentando grãos de diversos tipos polínicos , tanto nas aberturas, quanto à estrutura de suas exinas. Característicos para as duas famílias, são os grãos providos de espículos supratectais e fragmentos de sexina sôbre as suas aberturar, sejam elas colpos ou poros. Existem, entretanto, grãos desprovidos de espinhos. Além das chaves para o reconhecimento dos grãos de polén estudados das duas famílias, é feita uma apreciação filogenética destas espécies em bases palinológicas.

Demonstração por imunofluorescência direta de antígenos do vírus da febre amarela em tecido hepático pré-tratado com tripsina

Neste trabalho descreve-se uma prova de imunofluorescência direta (IFD), com o mesmo material de fragmentos de tecido hepático, fixados em formol, obtidos de casos suspeitos de infecção por febre amarela e utilizados para a histopatologia; um conjugado fluorescente foi preparado com soro de macacos sem anticorpos para hepatite A e B, previamente inoculados com a amostra vacinal 17D de febre amarela. São considerados positivos para febre amarela por esta técnica os casos que apresentaram fluoresc~encia citoplasmática de seus hepatócitos, após um tratamento prévio do tecido com tripsina a 0,1% por 2 horas a 37°C. Em 76 casos estudados, 33 considerados positivos e 34 considerados negativos na histopatologia apresentaram resultados concordantes com a reação de imunofluorescência, de 9 casos com diagnóstico duvidoso, 8 foram negativos e 1 apresentou-se positivo na prova da IFD. Materiais obtidos de casos de hepatite e de tecidos hepáticos normais foram sempre negativos na IFD para febre amarela; utilizou-se como controle positivo, células em cultura de linhagem Vero, infectadas com a mesma amostra 17D, as quais mostraram intensa fluorescência específica. A técnica descrita mostrou-se de utilidade, como uma reação específica, em complemento aos estudos patológicos, em especial no diagnóstico de casos duvidosos, com a vantagem de utilizar o mesmo material previamente fixado em formol, recebido rotineiramente pelos laboratórios responsáveis pelo diagnóstico de febre amarela no país.

Simulación rápida de procesadores

Aquest projecte tracta de realitzar un estudi per comprovar si es pot simular una aplicació de prova (benchmark) reduint el temps de simulació. Per tal de reduir el temps de simulació es seleccionaran uns determinats fragments significatius de l'execució de l'aplicació. L'objectiu és obtenir un resultat de simulació el més similar possible al de la simulació completa però en menys temps. El mètode que farem servir s'anomena incremental i consisteix a dividir la simulació en intervals d'un milió d'instruccions. Un cop dividit hem simulat per passos. En cada pas s'afegeixen intervals i s'atura la simulació quan la diferència entre el resultat del pas actual i l'anterior és inferior a un determinat valor escollit inicialment. Després es proposa una millora que es realitza i es mostren els resultats obtinguts. La millora consisteix a simular un petit interval previ a l'interval significatiu per millorar el resultat.

Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática: caso de estudio mpiBLAST

En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST, vam analitzar el seu comportament per a identificar els paràmetres que intervenen en el rendiment d'ella, com ara: l'ús de la memòria, l'ús de la xarxa, patrons d'E/S, el sistema de fitxers emprat, l'arquitectura del processador, la grandària de la base de dades biològica, la grandària de la seqüència de consulta, la distribució de les seqüències dintre d'elles, el nombre de fragments de la base de dades i/o la granularitat dels treballs assignats a cada procés. El nostre objectiu és determinar quins d'aquests paràmetres tenen major impacte en el rendiment de les aplicacions i com ajustar-los dinàmicament per a millorar el rendiment de l'aplicació. Analitzant el rendiment de l'aplicació mpiBLAST hem trobat un conjunt de dades que identifiquen cert nivell de serial·lització dintre l'execució. Reconeixent l'impacte de la caracterització de les seqüències dintre de les diferents bases de dades i una relació entre la capacitat dels workers i la granularitat de la càrrega de treball actual, aquestes podrien ser sintonitzades dinàmicament. Altres millores també inclouen optimitzacions relacionades amb el sistema de fitxers paral·lel i la possibilitat d'execució en múltiples multinucli. La grandària de gra de treball està influenciat per factors com el tipus de base de dades, la grandària de la base de dades, i la relació entre grandària de la càrrega de treball i la capacitat dels treballadors.

Identificación de variedades de vitis vinifera procedentes de diferentes regiones del mundo mediante tècnica de biologia molecular de los microsatéllites

El objetivo de este estudio se centró en analizar una colección privada de germoplasma de Vitis vinifera L., de 338 cultivares procedentes de 24 países, para caracterizarlas creando una base de datos, utilizando 11 marcadores microsatélites o SSR (Simple Sequence Repeat). Como resultado se encontraron que algunas de las muestras analizadas presentaron un perfil idéntico de SSR, indicando que se trata de una sinonimia (la misma variedad pero con diferente nombre). Se detectaron 293 perfiles únicos. Adicionalmente, 15 pares de variedades presentaron diferencias en un solo locus y otros 7 grupos difieren en 2 loci, lo cual indicaría la alta proximidad genética entre esas variedades, sin llegar a ser la misma. El germoplasma analizado cuenta con una compleja biodiversidad varietal que se debe preservar. El estudio se realizó programando para el primer año la revisión bibliográfica detallada, recolección de las hojas y el inicio de la puesta a punto de la metodología, en el segundo año se completa la puesta a punto de la metodología, se trituran las hojas y se realiza la extraccinón del ADN. El tercer año se emplea para amplificar los fragmentos de ADN por medio de la PCR (reacción en cadena de la polimerasa), obtener la longitud de los fragmentos con un secuenciador ABI PRISM 310, valorar resultados y realizar repeticiones. El último año se analizan los resultados obtenidos, se realizan repeticiones pertinentes y se comienza la redacción de artículos científicos.

Aspectos metabólicos y multivitamínicos del maíz

La deficiencia de vitamina A causa 2.2 millones de muertes al año. Por tanto, investigadores intentan elevar el contenido de β-caroteno y otros carotenoides en cereales mediante la ingeniería genética. Mi trabajo consistió en analizar carotenoides en maíz y callos de arroz transgénico con el fin de indentificar y cuantificar estos pigmentos y además analizar la ruta metabólica de los mismos. Por tal motivo, desarrollaré una técnica analítica por HPLC y UHPLC que me permitió separar la mezcla de carotenoides. Estas moléculas se detectaton utilizando un detector de arreglo de diodos y masas. Con éste último se probaron distintas técnicas de ionización (ESI, APCI y APPI) para encontrar la mejor técnica que ionizara carotenos y xantófilas. Además se hallaron transiciones para identificar a cada uno de los carotenoides. Para mostrar la confiabilidad del método analítico, realicé la validación del mismo y determiné factores importantes que influyen en el análisis de carotenoides, como por ejemplo, su estabilidad química. Para analizar la ruta metabólica de los carotenoides, se realizaron distintos experimentos, entre ellos, introducir distintas combinaciones de genes en el maíz y arroz que permitieran entender cuáles eran las enzimas importantes que permitían la acumulación de carotenoides. También se analizó la biosíntesis de carotenoides a distintas etapas del desarrollo de la semilla de maíz, desde los 15 días después de la polinización (DAP) hasta los 60 DAP y su estabilidad química a lo largo de todo este período. Finalmente, se profundizó en la identificación de nuevos carotenoides encontrados en las muestras, como los oxo-carotenoides (utilizados en la industria como colorantes). Para llevar acabo su identificación, se realizaron pruebas químicas, se determinaron sus espectros visibles y sus fragmentos por masas.   

Efecto de las Estatinas sobre el Peptidoma Plasmático y Urinario de Pacientes Trasplantados Renales

Estudiem l’efecte de l’atorvastatina sobre perfil lipídic, funció renal, marcadors d’inflamació, peptidoma plasmàtic i urinari de 54 pacients trasplantats renals. L’estudi proteòmic es basa en tecnologia d’esferes magnètiques combinada amb espectrometria de masses MALDI-TOF. L’atorvastatina va millorar el perfil lipídic dels pacients i va provocar canvis significatius al peptidoma plasmàtic. Es va observar la disminució en plasma de pèptids derivats de fragments del quininogen i de C4. Atès que bradiquinina i C4a, que s’alliberen de quininogen i C4, son potents mediadors de la inflamació, els nostres resultats poden aclarir els efectes antiinflamatoris atribuïts a les estatines.

Clinicopathologic correlations of renal microthrombosis and inflammatory markers in proliferative lupus nephritis.

INTRODUCTION Microthrombosis is often observed in lupus nephritis (LN) lesions, but its clinical significance is unknown. We evaluated the clinicopathologic correlations of renal microthrombosis and inflammatory markers in LN. METHODS Kidney biopsies from 58 patients with systemic lupus erythematosus (SLE) proliferative nephritis were analyzed with immunohistochemistry (IHC) for intravascular platelet aggregates (CD61), macrophagic infiltration (CD68), and activated complement deposition (C4d). Clinical data at the time of kidney biopsy and follow-up were analyzed with regard to pathologic IHC data. RESULTS Microthrombosis was present in 52% of the tissues. It was significantly more prevalent in patients with antiphospholipid antibodies (aPLs) (62% versus 42%). The presence of microthrombosis significantly correlated with higher macrophagic infiltration. Macrophagic infiltration but not microthrombosis was significantly correlated with C4d deposition. Only macrophagic infiltration showed a correlation with SLE and renal activity (proteinuria and active sediment), whereas neither the presence of CD61+ microthrombi nor the extent of C4d deposition correlated with LN severity or outcome. CONCLUSIONS Microthrombosis is associated with higher macrophagic infiltration in LN but does not seem to increase independently the severity of renal damage. Macrophagic infiltration was the best marker of SLE and renal activity in this LN series.

Off-label uses of anti-TNF therapy in three frequent disorders: Behçet's disease, sarcoidosis, and noninfectious uveitis.

Tumoral necrosis factor α plays a central role in both the inflammatory response and that of the immune system. Thus, its blockade with the so-called anti-TNF agents (infliximab, etanercept, adalimumab, certolizumab pegol, and golimumab) has turned into the most important tool in the management of a variety of disorders, such as rheumatoid arthritis, spondyloarthropatties, inflammatory bowel disease, and psoriasis. Nonetheless, theoretically, some other autoimmune disorders may benefit from these agents. Our aim is to review these off-label uses of anti-TNF blockers in three common conditions: Behçet's disease, sarcoidosis, and noninfectious uveitis. Due to the insufficient number of adequate clinical trials and consequently to their lower prevalence compared to other immune disorders, this review is mainly based on case reports and case series.

Extracción de contextos definitorios hacia la elaboración en corpus especializados: de una herramienta de ayuda terminográfica

Uno de los objetivos principales del trabajo terminográfico es la identificación de conocimientosobre los términos que aparecenen textos especializados. Para confeccionar diccionarios, glosarios u ontologías, los terminógrafos suelen buscar definiciones sobre los términos que pretenden definir. La búsqueda de definiciones se puede hacer apartir de corpus especializados, donde normalmente aparecen en contextos definitorios, es decir, en fragmentos de texto donde un autor explícitamente define el término en cuestión. Hoy en día hay un interés creciente por automatizar este proceso, basado enla búsqueda de patrones definitorios sobre corpus especializados anotados morfosintácticamente. En este artículo presentamos una investigación centrada en la extracción automática de contextos definitorios. Presentamos una metodología que incluye tres procesos automáticos diferentes: la extracción de ocurrencias de patrones definitorios, el filtradode contextos no relevantes, y la identificación de elementos constitutivos, es decir, términos, definiciones y patrones pragmáticos.