Nutrição mineral do Panicum maximum cv. Makueni I: cresimento, concentração e extração dos macronutrientes

O trabalho foi conduzido em área de pasto já formado e rebaixado, situado na Fazenda Canchim (UEPAE de São Carlos -EMBRAPA), São Carlos, SP, em Latossolo Vermelho Amarelo, fase arenosa. Com a finalidade de avaliar o crescimento, através da produção de matéria seca, a concentração e acúmulo de macronutriena partir dos 30 dias após o rebaixamento até aos 180 dias. A área foi adubada com nitrogênio correspondendo à 250 kg de sulfato de amônio por hectare. Em intervalos de 30 dias após o rebaixamento até aos 180 dias, foram coletadas quatro metros quadrados das plantas ao acaso, sem subdividir em folhas e caules. O material seca à 80°C, e analisado para N, P, K, Ca, Mg, S. A concentração de nitrogênio é máxima aos 30 dias com 1,62% e mínima aos 120 dias com 0,72%. A concentração de fósforo é máxima aos 180 dias com 0,87% e mínima aos 60 dias com 0,003%. A concentração de potássio é linear com as idades variando de 2,8% a 0,76% aos 180 dias. A concentração de cálcio é máxima aos 90 dias com 0,53%. Não há variação na concentração de magnésio em função da idade da planta. A concentração de enxofre varia de 0,14% aos 30 dias para um mínimo aos 120 dias com 0,07%. O acúmulo de fósforo, potássio, cálcio é máximo aos 90 dias. 0 acúmulo de magnésio é máximo aos 120 dias O acúmulo de enxofre é máximo aos 60 dias. A exportação de macronutrientes contida na produção máxima de 1425 kg de matéria seca por hectare obedece á seguinte ordem: potássio-30,4; nitrogênio -13,9 kg; cálcio-7,0 kg; magnésio-6,3kg; enxofre-1,3 kg; fósforo-1,2 kg.

Nutrição mineral do Panicum maximum cv. Makueni II: concentração e extração de micronutrientes

O trabalho foi conduzido em área de pasto já formado e rebaixado, situado na Fazenda Canchim (UEPAE de São Carlos EMBRAPA), São Carlos - SP, em Latossolo Vermelho Amarelo, fase arenosa. Com a finalidade de avaliar a concentração e acúmulo de micronutrientes a partir dos 30 dias após o rebaixamento até aos 180 dias. A área foi adubada com nitrogênio correspondendo à 250 kg de sulfato de amônio por hectare. Em intervalos de 30 dias após o rebaixamento até aos 180 dias, foram coletadas quatro metros quadrados das plantas ao acaso, sem sub dividir em folhas e caules O material seco à 80°C, foi analisado para Cu, Zn, B, Mn e Fe. Os autores concluíram que: . A concentração de cobre é mais elevada aos 30 dias com 7,63ppm. . A concentração de zinco é maxima aos 180 dias com 22,66 ppm e mínima aos 120 dias com 12, 42ppm . A concentração de boro e maxima aos 150 dias com 11,76 ppm e mínima aos 60 dias com 1,69 ppm. . A concentração de manganês é máxima aos 180 dias com 133,85 ppm e mínima aos 30 dias com 49,64 ppm. . A concentração de ferro é máxima aos 180 dias com 236,25 ppm e mínima aos 90 dias com 136,22ppm . O acúmulo de cobre é máximo aos 90 dias. . O acúmulo de boro de mangês é máximo aos 180 dias. . O acúmulo de zinco e ferro não diferiu nas diferentes idades. A exportação de micronutrientes contida na produção máxima de 1.425 kg de matéria seca por hectare obedece a seguinte ordem: ferro - 286 g; manganês - 157 g; zinco - 23g; boro - 13,2g e cobre 7,6 g.

O emprego dos testes microbiológicos na extração do zinco em solos de Piracicaba

Foram feitas avaliações do zinco no solo através do teste microbiológico do Aspergillus nigêr (WALLACE, 1961) em amostras de solo colhidas dos horizontes de 8 perfis de solos de 8 séries de solos do município de Piracicaba, Estado de São Paulo, Brasil. De cada sub horizonte foram tomados 0,25 g de solo onde se adicionou 50 ml de solução nutritiva sem zinco deixando-se em incubação em estufa adequada, à temperatura de 28° C, por um período de 7 dias. Passado este período colheu-se o micélio produzido e pesou-se após ser sêco a 70 - 80° C. Estes testes foram comparados com provas em branco e soluções (adições) contendo doses diferentes de zinco. No ensaio microbiológico fez-se, também, em amostras correspondentes ao Ap dos solos, a aplicação de doses crescentes de zinco (0 a 16 microgramas de zinco), nas mesmas condições usadas do teste, para se verificar as reações de cada solo à adição do zinco. Nas mesmas amostras colhidas dos perfis determinou-se em extratos, zinco solúvel, respectivamente de HCl 0,1 N de EDTA-(NH4)2CO3 e de Ditizona-acetato de amônio. Foram estudadas as correlações entre os resultados do Zinco das soluções extratoras e do teste microbiológico. O trabalho permitiu as seguintes conclusões: - O teste microbiológico do Aspergillus niger revelou-se eficiente na avaliação do zinco do solo. - Das 3 solúveis extratoras apenas a ditizona mostrou correlação com o teste microbiológico. - O teste microbiológico permitiu separar os solos em 3 grupos; segundo a sua reação a aplicação de zinco: Bem suprida em Zinco "Luiz de Queiroz"; medianamente supridas: Quebra-Dente, Bairrinho e Lageadinho; mal supridas: Iracema, Monte Olimpo, Guamium e Paredão Vermelho.

O emprego das soluções de HCl 0,1 N de EDTA (NH4)2 CO3 e da ditizona - acetato de amônio na extração de zinco em solos de Piracicaba

Foram feitas determinações de zinco total, solúvel em HCl 0,1 N, solúvel em EDTA-(NH4) 2CO3 e solúvel em ditizona em 8 perfis de solos de 8 séries de solos do município de Piracicaba, Estado de São Paulo-Brasil. Para determinação do zinco total, solúvel em HCl 0,1 N, solúvel em EDTA(NH4/2CO3 e solúvel em ditizona, usouse o método de TRIERWEILER e LINDSAY (1968) e para a ditizona (NH4/2SO4 o método de SHAW e DEAN (1952). Foram estudadas as correlações entre as soluções extratoras de zinco e o zinco total, e o confronto entre os extratores químicos. A solução extratora de HCl 0,1 N extraiu maior quantidade de zinco do que as soluções do EDTA-carbonato de amônio e de ditizona acetato de amônio. Esta, por sua vez, na maior parte dos casos, não diferiu da solução do EDTA-carbonato de amônio. Estudo de correlações entre as soluções extratoras e o zinco total mostrou que apenas o HCl 0,1 N apresentou tal correlação. As principais conclusões foram as seguintes: 1- Os teores de zinco total para os perfis de solos situam-se entre 23 e 128 ppm de Zn. 2- As séries Bairrinho, Luiz de Queiroz e Guamium foram as mais altas em Zn total (46 a 128 ppm). 3- As séries Paredão Vermelho, Quebra Dente, Monte Olimpo e Lageadinho foram as mais baixas em zinco total (23 a 55 ppm de Zn). 4- O HCl 0,1 N extraiu mais zinco do que as soluções de EDTA- (NH4) 2CO3 e da ditizona e acetato de amônio. Entre estas duas soluções não houve diferença nos teores. 5- Os solos Luiz de Queiroz, Lageadinho e Bairrinho, foram os altos em zinco solúvel, pelas soluções extratoras.

Extração de várias formas de fósforo em alguns solos do estado de São Paulo, utilizando vários métodos químicos

Vários métodos de extração para o P solúvel, o P orgânico e o P total foram comparados em 5 (cinco) solos do Estado de São Paulo, que são: a) areia quartzosa (Entissol); b) podzolisado vermelho amarelo, variação Lara (Ultissol); c) latossol vermelho (Oxissol); d) podzolisado vermelho amarelo, variação Piracicaba (Ultissol); e) terra Roxa Estruturada (Alfissol). De acordo com os dados, as seguintes conclusões foram tiradas: 1. Os melhores extratores para o P solúvel foram H2SO4 0,05 N (método -IAC) e H2SO4 0,025 N + HC1 0,05 N (método Mehlich). 2. Para remover e medir o P orgânico, os extratores foram equivalentes. 3. 0 método químico de Sommers e Nelson e aquele de Jackson foram os melhores para o P total no solo.

Acúmulo de massa seca e extração de macro e micronutrientes por uma cultura de gengibre

De uma plantação bem conduzida no Município de Caraguatatuba, litoral do Estado de São Paulo, foram coletadas plantas (Zingeber officinalis, Rosae, var. Brasil) em número nunca inferior a quatro por amostragem a partir de dois meses da brotação até a época da colheita com intervalos de trinta dias. As plantas após a coleta foram divididas em folhas, "caule", flores e rizomas, tratadas e analisadas para macro e micronutrientes de acordo com os métodos tradicionais de laboratório. Os autores concluíram que o gengibre tem um crescimento contínuo e a extração de macronutrientes obedece a seguinte ordem decrescente: N, K, Ca, Mg, S e P. Para os micronutrientes a ordem decrescente é: Fe, Mn, Zn, B e Cu. Os rizomas exportam 15,3% do total de nutrientes contidos na plantação. A cultura do gengibre pode ser considerada como exigente em nutrientes.

Extração de macro e micronutrientes por frutos de quatro variedades de manga (Mangifera indica L.)

Determinou-se o crescimento e a extração de nutrientes pelos frutos das variedades, Haden, Sensation, Tommy-Atkins e Edward, colhidos em sete épocas distintas, de um pomar de nove anos situado sobre uma "terra roxa estruturada" em Piracicaba, SP. Os frutos foram lavados, pesados e analisados para macro e micronutrientes. O crescimento dos frutos nas variedades obedece a seguinte ordem decrescente: Edward, Haden, Tommy-Atkins e Sensation. O conteúdo total de nutrientes nas variedades foi em ordem decrescente: Haden , Tommy-Atkins, Edward e Sensation.

Nutrição mineral das hortaliças: LXXXVIII. Extração de nutrientes em alho-porró (Allium porrum)

Com a finalidade de estudar a extração de macro e micronutrientes durante o desenvolvimento do alho-porró, em condições de campo, foi feita a coleta de materiais a cada 20 dias, num ciclo total de 170 dias, quando cada planta atingiu o peso de 12,87 g de matéria-seca. Para uma população de 166.667 plantas por ha, a quantidade de nutrientes extraídos foi: N-115,36 kg, P-7,88 kg, K-55,16 kg, Ca-13,14 kg, Mg-7,69 kg, S-7,10 kg, B-38,89g, Cu-17,77 g, Fe-1165,49 g, Mn-52,09 g e Zn-47,15 g.

Restriction site-associated DNA sequencing, genotyping error estimation and de novo assembly optimization for population genetic inference.

Restriction site-associated DNA sequencing (RADseq) provides researchers with the ability to record genetic polymorphism across thousands of loci for nonmodel organisms, potentially revolutionizing the field of molecular ecology. However, as with other genotyping methods, RADseq is prone to a number of sources of error that may have consequential effects for population genetic inferences, and these have received only limited attention in terms of the estimation and reporting of genotyping error rates. Here we use individual sample replicates, under the expectation of identical genotypes, to quantify genotyping error in the absence of a reference genome. We then use sample replicates to (i) optimize de novo assembly parameters within the program Stacks, by minimizing error and maximizing the retrieval of informative loci; and (ii) quantify error rates for loci, alleles and single-nucleotide polymorphisms. As an empirical example, we use a double-digest RAD data set of a nonmodel plant species, Berberis alpina, collected from high-altitude mountains in Mexico.

Array de DNA per identificar espècies de Fusarium: ampliació d'un array existent per incloure espècies del Sud d'Europa

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada al Department for Feed and Food Hygiene del National Veterinary Institute, Noruega, entre novembre i desembre del 2006. Els grans de cereal poden estar contaminats amb diferents espècies de Fusarium capaces de produir metabolits secundaris altament tòxics com trichotecenes, fumonisines o moniliformines. La correcta identificació d’aquestes espècies és de gran importància per l’assegurament del risc en l’àmbit de la salut humana i animal. La identificació de Fusarium en base a la seva morfologia requereix coneixements taxonòmics i temps; la majoria dels mètodes moleculars permeten la identificació d’una única espècie diana. Per contra, la tecnologia de microarray ofereix l’anàlisi paral•lel d’un alt nombre de DNA dianes. En aquest treball, s’ha desenvolupat un array per a la identificació de les principals espècies de Fusarium toxigèniques del Nord i Sud d’Europa. S’ha ampliat un array ja existent, per a la detecció de les espècies de Fusarium productores de trichothecene i moniliformina (predominants al Nord d’Europa), amb l’addició de 18 sondes de DNA que permeten identificar les espècies toxigèniques més abundants al Sud d’Europa, les qual produeixen majoritàriament fumonisines. Les sondes de captura han estat dissenyades en base al factor d’elongació translació- 1 alpha (TEF-1alpha). L’anàlisi de les mostres es realitza mitjançant una única PCR que permet amplificar part del TEF-1alpha seguida de la hibridació al xip de Fusarium. Els resultats es visualitzen mitjançant un mètode de detecció colorimètric. El xip de Fusarium desenvolupat pot esdevenir una eina útil i de gran interès per a l’anàlisi de cereals presents en la cadena alimentària.

A glycine-arginine domain in control of the human MRE11 DNA repair protein.

Human MRE11 is a key enzyme in DNA double-strand break repair and genome stability. Human MRE11 bears a glycine-arginine-rich (GAR) motif that is conserved among multicellular eukaryotic species. We investigated how this motif influences MRE11 function. Human MRE11 alone or a complex of MRE11, RAD50, and NBS1 (MRN) was methylated in insect cells, suggesting that this modification is conserved during evolution. We demonstrate that PRMT1 interacts with MRE11 but not with the MRN complex, suggesting that MRE11 arginine methylation occurs prior to the binding of NBS1 and RAD50. Moreover, the first six methylated arginines are essential for the regulation of MRE11 DNA binding and nuclease activity. The inhibition of arginine methylation leads to a reduction in MRE11 and RAD51 focus formation on a unique double-strand break in vivo. Furthermore, the MRE11-methylated GAR domain is sufficient for its targeting to DNA damage foci and colocalization with gamma-H2AX. These studies highlight an important role for the GAR domain in regulating MRE11 function at the biochemical and cellular levels during DNA double-strand break repair.

Results of a collaborative study of the EDNAP group regarding mitochondrial DNA heteroplasmy and segregation in hair shafts.

A collaborative exercise was carried out by the European DNA Profiling Group (EDNAP) in order to evaluate the distribution of mitochondrial DNA (mtDNA) heteroplasmy amongst the hairs of an individual who displays point heteroplasmy in blood and buccal cells. A second aim of the exercise was to study reproducibility of mtDNA sequencing of hairs between laboratories using differing chemistries, further to the first mtDNA reproducibility study carried out by the EDNAP group. Laboratories were asked to type 2 sections from each of 10 hairs, such that each hair was typed by at least two laboratories. Ten laboratories participated in the study, and a total of 55 hairs were typed. The results showed that the C/T point heteroplasmy observed in blood and buccal cells at position 16234 segregated differentially between hairs, such that some hairs showed only C, others only T and the remainder, C/T heteroplasmy at varying ratios. Additionally, differential segregation of heteroplasmic variants was confirmed in independent extracts at positions 16093 and the poly(C) tract at 302-309, whilst a complete A-G transition was confirmed at position 16129 in one hair. Heteroplasmy was observed at position 16195 on both strands of a single extract from one hair segment, but was not observed in the extracts from any other segment of the same hair. Similarly, heteroplasmy at position 16304 was observed on both strands of a single extract from one hair. Additional variants at positions 73, 249 and the HVII poly(C) region were reported by one laboratory; as these were not confirmed in independent extracts, the possibility of contamination cannot be excluded. Additionally, the electrophoresis and detection equipment used by this laboratory was different to those of the other laboratories, and the discrepancies at position 249 and the HVII poly(C) region appear to be due to reading errors that may be associated with this technology. The results, and their implications for forensic mtDNA typing, are discussed in the light of the biology of hair formation.

Use of DNA profiles for investigation using a simulated national DNA database: Part I. Partial SGM Plus profiles.

In traditional criminal investigation, uncertainties are often dealt with using a combination of common sense, practical considerations and experience, but rarely with tailored statistical models. For example, in some countries, in order to search for a given profile in the national DNA database, it must have allelic information for six or more of the ten SGM Plus loci for a simple trace. If the profile does not have this amount of information then it cannot be searched in the national DNA database (NDNAD). This requirement (of a result at six or more loci) is not based on a statistical approach, but rather on the feeling that six or more would be sufficient. A statistical approach, however, could be more rigorous and objective and would take into consideration factors such as the probability of adventitious matches relative to the actual database size and/or investigator's requirements in a sensible way. Therefore, this research was undertaken to establish scientific foundations pertaining to the use of partial SGM Plus loci profiles (or similar) for investigation.

A New Large-DNA-Fragment Delivery System Based on Integrase Activity from an Integrative and Conjugative Element.

During the past few decades, numerous plasmid vectors have been developed for cloning, gene expression analysis, and genetic engineering. Cloning procedures typically rely on PCR amplification, DNA fragment restriction digestion, recovery, and ligation, but increasingly, procedures are being developed to assemble large synthetic DNAs. In this study, we developed a new gene delivery system using the integrase activity of an integrative and conjugative element (ICE). The advantage of the integrase-based delivery is that it can stably introduce a large DNA fragment (at least 75 kb) into one or more specific sites (the gene for glycine-accepting tRNA) on a target chromosome. Integrase recombination activity in Escherichia coli is kept low by using a synthetic hybrid promoter, which, however, is unleashed in the final target host, forcing the integration of the construct. Upon integration, the system is again silenced. Two variants with different genetic features were produced, one in the form of a cloning vector in E. coli and the other as a mini-transposable element by which large DNA constructs assembled in E. coli can be tagged with the integrase gene. We confirmed that the system could successfully introduce cosmid and bacterial artificial chromosome (BAC) DNAs from E. coli into the chromosome of Pseudomonas putida in a site-specific manner. The integrase delivery system works in concert with existing vector systems and could thus be a powerful tool for synthetic constructions of new metabolic pathways in a variety of host bacteria.