Sediment genotoxicity and its relationship to the frequency of chironomid labial plate deformities

Sediment samples were taken from seven locations in the WeIland River in December 1986 and April 1987. The DMSO extracts of these sediment samples showed a significant (p

Frequency-dependent selection at the amylase locus in Drosophila melanogaster

A. strain of Drosophila melanog-aster deficient in null amylase activity (Amylase ) was isolated from a wild null population of flies. The survivorship of Amylase homozygous flies is very low when the principal dietary carbohydrate source is starch. However, the survivorship of the null Amylase genotype is comparable to the wild type when the dietary starch is replaced by glucose. In addition, the null viability of the amylase-producing and Amylase strains is comparable v and very lm<] f on a medium with no carbohydrates . Furthermore, amylase-producing genotypes were shovm to excrete enzymatically active amylase protein into the food medium. The excreted amylase causes the external breakdown of dietary starch to sugar. These results led to the following null prediction: the viability of the A.mvlase genotype (fed on a starch rich diet) might increase in the presence of individuals which were amylase-producing. It was shown experimentally that such an increase in viability did in fact occur and that this increase v\Tas proportional to the number of mnylase..::producing fli.es present. These results provide a unique example of a non-"competi ti ve inter-genotype interaction, and one where the underlying physio~ logical and biochemical mechanism has been fully understood.

Volume-Synchronized Probability of Informed Trading (VPIN), Market Volatility, and High-Frequency Liquidity

We assess the predictive ability of three VPIN metrics on the basis of two highly volatile market events of China, and examine the association between VPIN and toxic-induced volatility through conditional probability analysis and multiple regression. We examine the dynamic relationship on VPIN and high-frequency liquidity using Vector Auto-Regression models, Granger Causality tests, and impulse response analysis. Our results suggest that Bulk Volume VPIN has the best risk-warning effect among major VPIN metrics. VPIN has a positive association with market volatility induced by toxic information flow. Most importantly, we document a positive feedback effect between VPIN and high-frequency liquidity, where a negative liquidity shock boosts up VPIN, which, in turn, leads to further liquidity drain. Our study provides empirical evidence that reflects an intrinsic game between informed traders and market makers when facing toxic information in the high-frequency trading world.

Correcting the Errors : A Note on Volatility Forecast Evaluation Based on High-Frequency Data and Realized Volatilities

This note develops general model-free adjustment procedures for the calculation of unbiased volatility loss functions based on practically feasible realized volatility benchmarks. The procedures, which exploit the recent asymptotic distributional results in Barndorff-Nielsen and Shephard (2002a), are both easy to implement and highly accurate in empirically realistic situations. On properly accounting for the measurement errors in the volatility forecast evaluations reported in Andersen, Bollerslev, Diebold and Labys (2003), the adjustments result in markedly higher estimates for the true degree of return-volatility predictability.

An Autoregressive Spectral Density Estimator at Frequency Zero for Nonstationarity Tests.

Many unit root and cointegration tests require an estimate of the spectral density function at frequency zero at some process. Kernel estimators based on weighted sums of autocovariances constructed using estimated residuals from an AR(1) regression are commonly used. However, it is known that with substantially correlated errors, the OLS estimate of the AR(1) parameter is severely biased. in this paper, we first show that this least squares bias induces a significant increase in the bias and mean-squared error of kernel-based estimators.

Frequency of Chromosome Healing and Interstitial Telomeres in 40 Cases of Constitutional Abnormalities.

Human telomeres play a major role in stabilizing chromosome ends and preventing fusions. Chromosomes bearing a broken end are rescued by the acquisition of a new telomeric cap without any subtelomeric sequences being present at the breakpoint, a process referred to as chromosome healing. Conversely, a loss of telomeric function or integrity can lead to the presence of interstitial telomeres at the junction site in translocations or ring chromosomes. In order to determine the frequency at which interstitial telomeres or chromosome healing events are observed in target chromosome abnormalities, we conducted a retrospective FISH study using pan-telomeric and chromosome-specific subtelomeric probes on archival material from 40 cases of terminal deletions, translocations or ring chromosomes. Of the 19 terminal deletions investigated, 17 were negative for the subtelomeric probe specific to the deleted arm despite being positive for the pan-telomeric probe. These 17 cases were thus considered as been rescued through chromosome healing, suggesting that this process is frequent in terminal deletions. In addition, as two of these cases were inherited from a parent bearing the same deletion, chromosomes healed by this process are thus stable through mitosis and meiosis. Regarding the 13 cases of translocations and eight ring chromosomes, four and two cases respectively demonstrated pan-telomeric sequences at the interstitial junction point. Furthermore, two cases of translocations and one ring chromosome had both interstitial pan-telomeres and subtelomeres, whereas two other cases of ring chromosomes and one case of translocation only showed interstitial subtelomeres. Therefore, interstitial (sub)telomeric sequences in translocations and ring chromosomes are more common than previously thought, as we found a frequency of 43% in this study. Moreover, our results illustrate the necessity of performing FISH with both subtelomeric and pan-telomeric probes when investigating these rearrangements, as the breakpoints can be either in the distal part of the pan-telomeres, or in between the two types of sequences.

Les éditeurs indépendants au Chili (2000-2005) : un développement contemporain des industries culturelles

Cette thèse porte sur l’émergence sur la scène chilienne d’un nouvel acteur dans la production du livre, acteur qui s’organise à la fin des années 1990 en se définissant lui-même en tant qu’éditeur indépendant et qui, au cours des premières années du XXIe siècle, élargit cette définition pour inclure le phénomène de l’édition autonome et le domaine de l’édition universitaire. Le point de ralliement de ces acteurs, organisés autour de l’association Editores de Chile, est la reprise et l’affirmation d’un rôle moderne des éditeurs de livres, au sens des Lumières. On peut constater l’articulation entre les revendications spécifiques du secteur et ses positions politiques sur la valeur symbolique de la production culturelle, sur son rôle en tant que facteur de construction identitaire et démocratique car l’accès aux livres ne peut pas être restreint par l’action sans contrepoids du marché. L’angle théorique que nous proposons est celui des théories des industries culturelles tout en intégrant aussi les contributions des études culturelles. En nous situant dans une perspective de l’économie politique des industries culturelles, nous chercherons à redéfinir le concept d’indépendance par le biais d’une analyse des stratégies d’unités économiques (les maisons d’édition) et des rapports entre ces unités et leurs contextes géographiques, politiques et culturels spécifiques. Nous tenons aussi en considération des éléments macrostructurels, mais en considérant que leur capacité d’influence est toujours relative et, en conséquence, doit faire l’objet d’une réévaluation en fonction des rapports de forces et des conjonctures politiques, économiques et sociales spécifiques. Nous pensons que l’indépendance n’est pas un phénomène qui n’est pas exclusif au monde de l’édition. Nous avons fait le constat qu’il existe aussi au sein des industries de l’enregistrement sonore, de l’audiovisuel et des médias comme la presse, la radio et, en moindre proportion, la télévision. En termes méthodologiques, nous proposons une approche qui combine des méthodes et des instruments quantitatifs et qualitatifs, c’est-à-dire, l’analyse des statistiques de l’édition au Chili (fréquences des titres, genres et auteurs), des entrevues semi-structurées et une analyse documentaire. Avant d’aborder la description et l’analyse de la production de livres au Chili et du sens que les éditeurs donnent à l’indépendance et à leurs prises de position dans le champ culturel, nous proposons une description historique et industrielle de l’édition du livre chilien. Cette description permet de comprendre la naissance et le développement du secteur en regard des processus politiques, économiques et sociaux du Chili et de l’Amérique latine, ainsi que sa situation actuelle en regard des nouvelles conditions politiques et économiques qui résultent du processus de globalisation et des transformations néolibérales locales et internationales. La recherche examine ensuite le caractère de la production de livres publiés au Chili entre les années 2000 et 2005 en considérant les titres produits, les auteurs et les genres. Cette analyse permet aussi d’établir des différences entre ces maisons d’édition et celles qui relèvent des grands conglomérats transnationaux de l’édition de livres. Cette analyse comparative nous permet d’établir de manière concluante des différences quant au nombre et á la diversité et l’intérêt culturel des livres publiés entre les éditeurs transnationaux et les éditeurs indépendants regroupés sous le nom de Editores de Chile. Cette analyse permet aussi d’établir des liens précis entre la production des éditeurs indépendants et leurs objectifs culturels et politiques explicites. Nous faisons ensuite état, par le biais de l’exposition et de l’analyse des entrevues réalisées avec les éditeurs, des trajectoires de ces organisations en tenant compte des périodes historiques spécifiques qui ont servi de contexte à leur création et à leur développement. Nous mettons ici en rapport ces trajectoires des éditeurs, les définitions de leurs missions et les stratégies mobilisées. Nous tenons aussi compte des dimensions internationales de ces définitions qui s’expriment dans leur participation au sein d’organisations internationales telle que l’Alliance internationale d’éditeurs indépendants (Gijón 2000 et Dakar 2003) et, spécifiquement, leur expression dans la coopération avec des maisons d’édition latino-américaines. Les entrevues et l’analyse documentaire nous permettent d‘entrevoir les tensions entre la politique culturelle de l’État chilien, en contraste avec des définitions, des objectifs et des actions politiques de Editores de Chile. Nous relions donc dans l’analyse, l’émergence de l’édition indépendante et les résistances qu’engendrent la globalisation des marchés culturels et les mouvements de concentration de la propriété, ainsi que les effets et réponses aux transformations néolibérales au plan des politiques culturelles publiques. Nous concluons alors à la nécessité d’une économie politique critique des industries culturelles qui puisse se pencher sur ces phénomènes et rendre compte non seulement de rapports entre conglomérats et indépendants et du développement des filières de la production culturelle, mais aussi du déploiement des logiques culturelles et politiques sous-jacentes, voire des projets historiques, qui se confrontent dans le champ des industries culturelles.

Efficient estimation using the characteristic function : theory and applications with high frequency data

The attached file is created with Scientific Workplace Latex

Efficacité de deux méthodes d'enseignement d'hygiène orale chez les patients atteints de maladies rénales

La maladie rénale peut se manifester avec différents types de pathologies buccales pouvant augmenter les risques de bactériémie. Bien que l’endocardite infectieuse soit une condition rare chez les patients atteints de maladie rénale, elle peut toutefois être retrouvée suite à des infections nosocomiales. Dans le passé, une antibiothérapie prophylactique était prescrite aux patients hémodialysés pour les protéger de l’endocardite infectieuse et de l’infection de l’accès d’hémodialyse. Aujourd’hui, cette recommandation est révolue. Afin de contrer les risques de bactériémie transitoire, une attention particulière doit être apportée aux soins d’hygiène orale à la maison. Le but de l’étude est d’évaluer l’efficacité de deux méthodes d’enseignement d’hygiène orale chez les patients atteints de maladie rénale. Objectifs de recherche Les trois objectifs de recherche sont a) d’évaluer les connaissances des parents de patients atteints de maladies rénales sur l’endocardite infectieuse et le lien avec la santé buccodentaire; b) d’évaluer la perception des parents par rapport à la santé buccodentaire de leur enfant et leurs habitudes d’hygiène orale; et c) de comparer l’influence de deux méthodes d’hygiène orale sur l’indice de plaque chez les enfants atteints de maladies rénales. Hypothèses Les deux hypothèses de recherche sont que a) les parents d’enfants atteints de maladies rénales connaissent et adhèrent aux recommandations émises par l’American Heart Association; et que b) l’amélioration de l’indice de plaque chez les patients atteints de maladies rénales est plus grande pour le groupe recevant des instructions par le matériel audiovisuel par rapport à ceux qui les reçoivent par le néphrologue. Méthodologie Suite à l’obtention d’un certificat d’éthique à la recherche du Centre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine, 37 des 38 sujets recrutés âgés entre 6 et 16 ans (19 filles et 18 garçons) ont participé à cette étude transversale. Suite à la signature d’un consentement éclairé, les sujets sont assignés par randomisation à l’un des deux groupes d’instructions d’hygiène orale, soit celui sans instructions spécifiques (groupe 1) ou par matériel audiovisuel (groupe 2). Un questionnaire portant sur les connaissances des parents en rapport avec la santé buccodentaire est remis aux parents. Un indice de plaque initial est noté avant l’application des instructions d’hygiène orale reçues. Un indice de plaque final mis en évidence à l’aide de pastilles révélatrices est documenté avec des photographies intra-orales et mesuré par deux observateurs, testés pour la fiabilité intra et inter-observateurs. Résultats Les analyses statistiques ne démontrent aucune différence significative entre les deux groupes d’instructions d’hygiène orale. Les variables à l’étude (âge, sexe, suivi dentaire, fréquence des soins à la maison, connaissances et motivation) ne montrent aucune influence significative sur la qualité de l’hygiène orale des sujets. Seul l’indice de plaque initial est inversement relié à la perception des parents face à la santé buccodentaire de leur enfant : plus le relevé de plaque est bas, plus la santé buccodentaire est perçue comme bonne. Conclusion Selon les résultats de notre étude, il n’existe pas de différence statistiquement significative entre les deux méthodes d’instructions d’hygiène orale. Néanmoins, les deux techniques permettent de diminuer significativement l’indice de plaque chez les enfants atteints de maladies rénales et de conscientiser cette population à l’importance du maintien d’une bonne santé buccodentaire.

"Empirical Analysis of Jumps Contribution to Volatility Forecasting Using High Frequency Data".

Rapport de recherche présenté à la Faculté des arts et des sciences en vue de l'obtention du grade de Maîtrise en sciences économiques.

Bootstrapping high frequency data

Nous développons dans cette thèse, des méthodes de bootstrap pour les données financières de hautes fréquences. Les deux premiers essais focalisent sur les méthodes de bootstrap appliquées à l’approche de "pré-moyennement" et robustes à la présence d’erreurs de microstructure. Le "pré-moyennement" permet de réduire l’influence de l’effet de microstructure avant d’appliquer la volatilité réalisée. En se basant sur cette ap- proche d’estimation de la volatilité intégrée en présence d’erreurs de microstructure, nous développons plusieurs méthodes de bootstrap qui préservent la structure de dépendance et l’hétérogénéité dans la moyenne des données originelles. Le troisième essai développe une méthode de bootstrap sous l’hypothèse de Gaussianité locale des données financières de hautes fréquences. Le premier chapitre est intitulé: "Bootstrap inference for pre-averaged realized volatility based on non-overlapping returns". Nous proposons dans ce chapitre, des méthodes de bootstrap robustes à la présence d’erreurs de microstructure. Particulièrement nous nous sommes focalisés sur la volatilité réalisée utilisant des rendements "pré-moyennés" proposés par Podolskij et Vetter (2009), où les rendements "pré-moyennés" sont construits sur des blocs de rendements à hautes fréquences consécutifs qui ne se chevauchent pas. Le "pré-moyennement" permet de réduire l’influence de l’effet de microstructure avant d’appliquer la volatilité réalisée. Le non-chevauchement des blocs fait que les rendements "pré-moyennés" sont asymptotiquement indépendants, mais possiblement hétéroscédastiques. Ce qui motive l’application du wild bootstrap dans ce contexte. Nous montrons la validité théorique du bootstrap pour construire des intervalles de type percentile et percentile-t. Les simulations Monte Carlo montrent que le bootstrap peut améliorer les propriétés en échantillon fini de l’estimateur de la volatilité intégrée par rapport aux résultats asymptotiques, pourvu que le choix de la variable externe soit fait de façon appropriée. Nous illustrons ces méthodes en utilisant des données financières réelles. Le deuxième chapitre est intitulé : "Bootstrapping pre-averaged realized volatility under market microstructure noise". Nous développons dans ce chapitre une méthode de bootstrap par bloc basée sur l’approche "pré-moyennement" de Jacod et al. (2009), où les rendements "pré-moyennés" sont construits sur des blocs de rendements à haute fréquences consécutifs qui se chevauchent. Le chevauchement des blocs induit une forte dépendance dans la structure des rendements "pré-moyennés". En effet les rendements "pré-moyennés" sont m-dépendant avec m qui croît à une vitesse plus faible que la taille d’échantillon n. Ceci motive l’application d’un bootstrap par bloc spécifique. Nous montrons que le bloc bootstrap suggéré par Bühlmann et Künsch (1995) n’est valide que lorsque la volatilité est constante. Ceci est dû à l’hétérogénéité dans la moyenne des rendements "pré-moyennés" au carré lorsque la volatilité est stochastique. Nous proposons donc une nouvelle procédure de bootstrap qui combine le wild bootstrap et le bootstrap par bloc, de telle sorte que la dépendance sérielle des rendements "pré-moyennés" est préservée à l’intérieur des blocs et la condition d’homogénéité nécessaire pour la validité du bootstrap est respectée. Sous des conditions de taille de bloc, nous montrons que cette méthode est convergente. Les simulations Monte Carlo montrent que le bootstrap améliore les propriétés en échantillon fini de l’estimateur de la volatilité intégrée par rapport aux résultats asymptotiques. Nous illustrons cette méthode en utilisant des données financières réelles. Le troisième chapitre est intitulé: "Bootstrapping realized covolatility measures under local Gaussianity assumption". Dans ce chapitre nous montrons, comment et dans quelle mesure on peut approximer les distributions des estimateurs de mesures de co-volatilité sous l’hypothèse de Gaussianité locale des rendements. En particulier nous proposons une nouvelle méthode de bootstrap sous ces hypothèses. Nous nous sommes focalisés sur la volatilité réalisée et sur le beta réalisé. Nous montrons que la nouvelle méthode de bootstrap appliquée au beta réalisé était capable de répliquer les cummulants au deuxième ordre, tandis qu’il procurait une amélioration au troisième degré lorsqu’elle est appliquée à la volatilité réalisée. Ces résultats améliorent donc les résultats existants dans cette littérature, notamment ceux de Gonçalves et Meddahi (2009) et de Dovonon, Gonçalves et Meddahi (2013). Les simulations Monte Carlo montrent que le bootstrap améliore les propriétés en échantillon fini de l’estimateur de la volatilité intégrée par rapport aux résultats asymptotiques et les résultats de bootstrap existants. Nous illustrons cette méthode en utilisant des données financières réelles.

Modeling High-Dimensional Audio Sequences with Recurrent Neural Networks

Cette thèse étudie des modèles de séquences de haute dimension basés sur des réseaux de neurones récurrents (RNN) et leur application à la musique et à la parole. Bien qu'en principe les RNN puissent représenter les dépendances à long terme et la dynamique temporelle complexe propres aux séquences d'intérêt comme la vidéo, l'audio et la langue naturelle, ceux-ci n'ont pas été utilisés à leur plein potentiel depuis leur introduction par Rumelhart et al. (1986a) en raison de la difficulté de les entraîner efficacement par descente de gradient. Récemment, l'application fructueuse de l'optimisation Hessian-free et d'autres techniques d'entraînement avancées ont entraîné la recrudescence de leur utilisation dans plusieurs systèmes de l'état de l'art. Le travail de cette thèse prend part à ce développement. L'idée centrale consiste à exploiter la flexibilité des RNN pour apprendre une description probabiliste de séquences de symboles, c'est-à-dire une information de haut niveau associée aux signaux observés, qui en retour pourra servir d'à priori pour améliorer la précision de la recherche d'information. Par exemple, en modélisant l'évolution de groupes de notes dans la musique polyphonique, d'accords dans une progression harmonique, de phonèmes dans un énoncé oral ou encore de sources individuelles dans un mélange audio, nous pouvons améliorer significativement les méthodes de transcription polyphonique, de reconnaissance d'accords, de reconnaissance de la parole et de séparation de sources audio respectivement. L'application pratique de nos modèles à ces tâches est détaillée dans les quatre derniers articles présentés dans cette thèse. Dans le premier article, nous remplaçons la couche de sortie d'un RNN par des machines de Boltzmann restreintes conditionnelles pour décrire des distributions de sortie multimodales beaucoup plus riches. Dans le deuxième article, nous évaluons et proposons des méthodes avancées pour entraîner les RNN. Dans les quatre derniers articles, nous examinons différentes façons de combiner nos modèles symboliques à des réseaux profonds et à la factorisation matricielle non-négative, notamment par des produits d'experts, des architectures entrée/sortie et des cadres génératifs généralisant les modèles de Markov cachés. Nous proposons et analysons également des méthodes d'inférence efficaces pour ces modèles, telles la recherche vorace chronologique, la recherche en faisceau à haute dimension, la recherche en faisceau élagué et la descente de gradient. Finalement, nous abordons les questions de l'étiquette biaisée, du maître imposant, du lissage temporel, de la régularisation et du pré-entraînement.

Inference for nonparametric high-frequency estimators with an application to time variation in betas

We consider the problem of conducting inference on nonparametric high-frequency estimators without knowing their asymptotic variances. We prove that a multivariate subsampling method achieves this goal under general conditions that were not previously available in the literature. We suggest a procedure for a data-driven choice of the bandwidth parameters. Our simulation study indicates that the subsampling method is much more robust than the plug-in method based on the asymptotic expression for the variance. Importantly, the subsampling method reliably estimates the variability of the Two Scale estimator even when its parameters are chosen to minimize the finite sample Mean Squared Error; in contrast, the plugin estimator substantially underestimates the sampling uncertainty. By construction, the subsampling method delivers estimates of the variance-covariance matrices that are always positive semi-definite. We use the subsampling method to study the dynamics of financial betas of six stocks on the NYSE. We document significant variation in betas within year 2006, and find that tick data captures more variation in betas than the data sampled at moderate frequencies such as every five or twenty minutes. To capture this variation we estimate a simple dynamic model for betas. The variance estimation is also important for the correction of the errors-in-variables bias in such models. We find that the bias corrections are substantial, and that betas are more persistent than the naive estimators would lead one to believe.

Growth and Characterisation of Radio Frequency Magnetron Sputttered Indium Tin Oxide Thin Films

The increasing interest in the interaction of light with electricity and electronically active materials made the materials and techniques for producing semitransparent electrically conducting films particularly attractive. Transparent conductors have found major applications in a number of electronic and optoelectronic devices including resistors, transparent heating elements, antistatic and electromagnetic shield coatings, transparent electrode for solar cells, antireflection coatings, heat reflecting mirrors in glass windows and many other. Tin doped indium oxide (indium tin oxide or ITO) is one of the most commonly used transparent conducting oxides. At present and likely well into the future this material offers best available performance in terms of conductivity and transmittivity combined with excellent environmental stability, reproducibility and good surface morphology. Although partial transparency, with a reduction in conductivity, can be obtained for very thin metallic films, high transparency and simultaneously high conductivity cannot be attained in intrinsic stoichiometric materials. The only way this can be achieved is by creating electron degeneracy in a wide bandgap (Eg > 3eV or more for visible radiation) material by controllably introducing non-stoichiometry and/or appropriate dopants. These conditions can be conveniently met for ITO as well as a number of other materials like Zinc oxide, Cadmium oxide etc. ITO shows interesting and technologically important combination of properties viz high luminous transmittance, high IR reflectance, good electrical conductivity, excellent substrate adherence and chemical inertness. ITO is a key part of solar cells, window coatings, energy efficient buildings, and flat panel displays. In solar cells, ITO can be the transparent, conducting top layer that lets light into the cell to shine the junction and lets electricity flow out. Improving the ITO layer can help improve the solar cell efficiency. A transparent ii conducting oxide is a material with high transparency in a derived part of the spectrum and high electrical conductivity. Beyond these key properties of transparent conducting oxides (TCOs), ITO has a number of other key characteristics. The structure of ITO can be amorphous, crystalline, or mixed, depending on the deposition temperature and atmosphere. The electro-optical properties are a function of the crystallinity of the material. In general, ITO deposited at room temperature is amorphous, and ITO deposited at higher temperatures is crystalline. Depositing at high temperatures is more expensive than at room temperature, and this method may not be compatible with the underlying devices. The main objective of this thesis work is to optimise the growth conditions of Indium tin oxide thin films at low processing temperatures. The films are prepared by radio frequency magnetron sputtering under various deposition conditions. The films are also deposited on to flexible substrates by employing bias sputtering technique. The films thus grown were characterised using different tools. A powder x-ray diffractometer was used to analyse the crystalline nature of the films. The energy dispersive x-ray analysis (EDX) and scanning electron microscopy (SEM) were used for evaluating the composition and morphology of the films. Optical properties were investigated using the UVVIS- NIR spectrophotometer by recording the transmission/absorption spectra. The electrical properties were studied using vander Pauw four probe technique. The plasma generated during the sputtering of the ITO target was analysed using Langmuir probe and optical emission spectral studies.