Desenvolvimento e actualização do controlo de um equipamento de prototipagem rápida

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Mecânica

Retroanálise de parâmetros geomecânicos baseada em algoritmos de otimização

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Civil

Algorithms and computational tools for metabolic flux analysis

PhD thesis in Biomedical Engineering

A survey of distributed data aggregation algorithms

Distributed data aggregation is an important task, allowing the de- centralized determination of meaningful global properties, that can then be used to direct the execution of other applications. The resulting val- ues result from the distributed computation of functions like count, sum and average. Some application examples can found to determine the network size, total storage capacity, average load, majorities and many others. In the last decade, many di erent approaches have been pro- posed, with di erent trade-o s in terms of accuracy, reliability, message and time complexity. Due to the considerable amount and variety of ag- gregation algorithms, it can be di cult and time consuming to determine which techniques will be more appropriate to use in speci c settings, jus- tifying the existence of a survey to aid in this task. This work reviews the state of the art on distributed data aggregation algorithms, providing three main contributions. First, it formally de nes the concept of aggrega- tion, characterizing the di erent types of aggregation functions. Second, it succinctly describes the main aggregation techniques, organizing them in a taxonomy. Finally, it provides some guidelines toward the selection and use of the most relevant techniques, summarizing their principal characteristics.

Development of an intelligent earthwork optimization system

Tese de Doutoramento em Engenharia Civil.

BIOMedical search engine framework: lightweight and customized implementation of domain-specific biomedical search engines

The Smart Drug Search is publicly accessible at http://sing.ei.uvigo.es/sds/. The BIOMedical Search Engine Framework is freely available for non-commercial use at https://github.com/agjacome/biomsef

Potencial asociación entre tumores salivales, mamarios y prostáticos:búsqueda de biomarcadores e indicadores de riesgo. Potential association between salivary, mammary and prostate tumors: search for biomarkers and risk indicators.

Existiría asociación en el desarrollo de tumores salivales, mamarios y prostáticos que debería alertar en el seguimiento de esos pacientes. Por ello, resulta indispensable la búsqueda de biomarcadores específicos a fin de diagnosticar precozmente un segundo tumor primario o una lesión metastásica.La relación dieta-cáncer es aún controvertida y poco estudiada en humanos. La influencia de ciertos compuestos dietarios sobre la tumorigénesis de diversos órganos lleva a plantear que el estado nutricional de un individuo puede ser un indicador de riesgo de desarrollar dicha enfermedad.Se trabajará con sujetos de ambos sexos que presenten diagnóstico reciente de tumores salivales, mamarios y prostáticos, sin tratamiento previo y proveniente de los hospitales Privado y Córdoba. El grupo control estará constituído por sujetos con características similares a las de los casos, aunque sin diagnóstico de tumores. El número previsto es de 20 casos por cada tipo de tumor -entre benignos y malignos- y 80 controles (relación 1:2, respectivamente) por año de trabajo.Para recolectar los datos se empleará una encuesta de frecuenvia alimentaria cuali-cuantitativa, además de una historia clínica. En muestras de saliva y sangre se analizarán biomarcadores tumorales como CEA, CA 15-3 y PSA y se identificarán y cuantificarán lípidos totales y ácidos grasos. En tejido tumoral se cuantificarán lípidos y marcadores tumorales.

Desarrollo de Algoritmos Numéricos para el Estudio de la Propagación no Lineal de Ondas en Aplicaciones Aeroespaciales y Astrofísicas. Develop to Numerical Algorithms to Study non-Linear Waves Propagation in Aerospace and Astrophysics Applications.

En este proyecto se desarrollarán algoritmos numéricos para sistemas no lineales hiperbólicos-parabólicos de ecuaciones diferenciales en derivadas parciales. Dichos sistemas tienen aplicación en propagación de ondas en ámbitos aeroespaciales y astrofísicos.Objetivos generales: 1)Desarrollo y mejora de algoritmos numéricos con la finalidad de incrementar la calidad en la simulación de propagación e interacción de ondas gasdinámicas y magnetogasdinámicas no lineales. 2)Desarrollo de códigos computacionales con la finalidad de simular flujos gasdinámicos de elevada entalpía incluyendo cambios químicos, efectos dispersivos y difusivos.3)Desarrollo de códigos computacionales con la finalidad de simular flujos magnetogasdinámicos ideales y reales.4)Aplicación de los nuevos algoritmos y códigos computacionales a la solución del flujo aerotermodinámico alrededor de cuerpos que ingresan en la atmósfera terrestre. 5)Aplicación de los nuevos algoritmos y códigos computacionales a la simulación del comportamiento dinámico no lineal de arcos magnéticos en la corona solar. 6)Desarrollo de nuevos modelos para describir el comportamiento no lineal de arcos magnéticos en la corona solar.Este proyecto presenta como objetivo principal la introducción de mejoras en algoritmos numéricos para simular la propagación e interacción de ondas no lineales en dos medios gaseosos: aquellos que no poseen carga eléctrica libre (flujos gasdinámicos) y aquellos que tienen carga eléctrica libre (flujos magnetogasdinámicos). Al mismo tiempo se desarrollarán códigos computacionales que implementen las mejoras de las técnicas numéricas.Los algoritmos numéricos se aplicarán con la finalidad de incrementar el conocimiento en tópicos de interés en la ingeniería aeroespacial como es el cálculo del flujo de calor y fuerzas aerotermodinámicas que soportan objetos que ingresan a la atmósfera terrestre y en temas de astrofísica como la propagación e interacción de ondas, tanto para la transferencia de energía como para la generación de inestabilidades en arcos magnéticos de la corona solar. Estos dos temas poseen en común las técnicas y algoritmos numéricos con los que serán tratados. Las ecuaciones gasdinámicas y magnetogasdinámicas ideales conforman sistemas hiperbólicos de ecuaciones diferenciales y pueden ser solucionados utilizando "Riemann solvers" junto con el método de volúmenes finitos (Toro 1999; Udrea 1999; LeVeque 1992 y 2005). La inclusión de efectos difusivos genera que los sistemas de ecuaciones resulten hiperbólicos-parabólicos. La contribución parabólica puede ser considerada como términos fuentes y tratada adicionalmente tanto en forma explícita como implícita (Udrea 1999; LeVeque 2005).Para analizar el flujo alrededor de cuerpos que ingresan en la atmósfera se utilizarán las ecuaciones de Navier-Stokes químicamente activas, mientras la temperatura no supere los 6000K. Para mayores temperaturas es necesario considerar efectos de ionización (Anderson, 1989). Tanto los efectos difusivos como los cambios químicos serán considerados como términos fuentes en las ecuaciones de Euler. Para tratar la propagación de ondas, transferencia de energía e inestabilidades en arcos magnéticos de la corona solar se utilizarán las ecuaciones de la magnetogasdinámica ideal y real. En este caso será también conveniente implementar términos fuente para el tratamiento de fenómenos de transporte como el flujo de calor y el de radiación. Los códigos utilizarán la técnica de volúmenes finitos, junto con esquemas "Total Variation Disminishing - TVD" sobre mallas estructuradas y no estructuradas.

Búsqueda de potenciales agentes antivirales a partir de plantas nativas argentinas. Search for potential antiviral compounds from native argentinians plants.

A pesar de de la gran oferta de fármacos, existen aún patologías que no cuentan con un tratamiento farmacológico efectivo o que su terapéutica provoca efectos indeseables. Según la OMS, la mayoría de las enfermedades nuevas, son patologías emergentes y re-emergentes causadas por virus. Además, existen enfermedades virales endémicas que siguen afectando a nuestro país, como el virus Junín (VJ) y el virus Encefalitis San Luis (ESL). Los problemas que plantean las infecciones virales endemo-epidémicas emergentes y re-emergentes con la aparición de brotes de enfermedades sistémicas y/o neurológicas de diferente magnitud, forman parte de nuestra realidad cotidiana y constituyen una constante amenaza, no sólo para nuestro país sino para el resto del mundo. Para la mayoría de estas enfermedades regionales, no existe un tratamiento adecuado, ya que las actuales drogas sintéticas antivirales muchas veces no resultan exitosas y hasta algunos virus se vuelven resistentes a las mismas. Por lo que se hace necesaria la búsqueda de nuevos agentes terapéuticos.La OMS promueve fuertemente la investigación de plantas nativas, utilizadas en la medicina folclórica, para la obtención de nuevos agentes medicinales. Asimismo, existen estudios etnobotánicos que demuestran que varias plantas de nuestro país, pueden ser seleccionadas de acuerdo a su uso en la medicina tradicional para el tratamiento de distintas infecciones virales. Otra fuente de estudio son las especies reconocidas como tóxicas, ya que contienen sustancias activas que pueden constituirse en posibles agentes terapéuticos, dado que está ampliamente demostrado que regulando la dosis, un principio activo (PA) puede producir un efecto tóxico o beneficioso.Por lo que se plantea como hipótesis que las plantas nativas tóxicas y las utilizadas en la medicina tradicional del centro-norte de Argentina poseen compuestos con potencial efecto antiviral.Este proyecto constituye un trabajo interdisciplinario que tiene como objeto de estudio la evaluación química de diferentes especies autóctonas con el fin de obtener compuestos naturales con potencial actividad antiviral.Los objetivos específicos son: a) Evaluar la actividad citotóxica, virucida y antiviral in vitro de diferentes extractos de plantas autóctonas.b) Aislar, purificar e identificar los metabolitos secundarios mayoritarios de los extractos activos.c) Estudiar la citotoxicidad y actividad virucida y antiviral in vitro de los compuestos purificados químicamente.d) Establecer sus posibles mecanismos de acción.El estudio abarca especies vegetales que habitan la región centro y norte del país. Y se han elegido distintos modelos virales (ADN y ARN), que están asociados a infecciones emergentes, re-emergentes y endémicas que afectan a nuestro país. Los extractos que resulten activos frente a algunos de los virus ensayados, serán seleccionados para el aislamiento, purificación e identificación de sus PA. Para ello se recurrirá a técnicas cromatográficas, aplicando para su identificación técnicas analíticas espectroscópicas (UV-V, IR, EIMS, RMN-1H y 13C). La actividad virucida y antiviral "in vitro" de los compuestos puros se evaluará mediante el ensayo de reducción de placas y mediante el método de captación rojo neutro (RN) y la prueba de reducción del MTT. Para ello, se ensayarán los compuestos a las concentraciones no citotóxicas, determinadas sobre células Vero, mediante la evaluación de la viabilidad celular. Se realizarán transformaciones químicas a los fines de mejorar la actividad biológica en relación a la citotoxicidad exhibida, realizando estudios de estructura - actividad. Se espera obtener compuestos de origen natural con actividad antiviral y con baja o nula toxicidad, estableciendo sus posibles mecanismos de acción. De manera de plantear soluciones terapéuticas y/o preventivas a los problemas derivados de las infecciones virales emergentes, re-emergentes y endémicas que afectan a países en desarrollo.

Atividade sexual pós-infarto do miocárdio: tabu ou desinformação?

FUNDAMENTO: O retorno à atividade sexual após síndrome coronária aguda (SCA), apesar da importância clínica e social, é assunto pouco abordado pela equipe de saúde, e que tem recebido pouca ênfase durante a internação. A disfunção erétil tem sido uma queixa freqüente entre pacientes cardiopatas, aliada a dúvidas sobre a segurança no retorno à atividade sexual após evento cardiovascular. OBJETIVO: Descrever o conhecimento dos pacientes quanto ao infarto agudo do miocárdio (IAM) e às orientações recebidas para o retorno à atividade sexual. MÉTODOS: Estudo transversal realizado entre junho e julho de 2005. Foram incluídos pacientes que se encontravam no sexto dia pós-IAM. Foi aplicado um instrumento relacionado ao conhecimento sobre o IAM, à freqüência e às expectativas de retorno à atividade sexual no período pós-alta hospitalar. RESULTADOS: Foram incluídos 96 pacientes, dos quais 70% eram do sexo masculino, com média de idade de 59 ± 12 anos, e 80% eram vítimas de primeiro infarto agudo do miocárdio. Desses pacientes, 96% desconheciam as manifestações clínicas e as possíveis limitações provocadas pelo IAM, 63% relataram ter vida sexual ativa antes do evento, 60% tinham dúvidas quanto ao retorno à atividade sexual após a alta, e apenas 4% dos pacientes receberam orientações pelos profissionais de saúde durante o período de internação. CONCLUSÃO: Nossos achados indicam que as orientações dispensadas pela equipe aos pacientes durante a internação são subótimas, no que tange tanto ao IAM quanto ao retorno à atividade sexual. A atualização da equipe de saúde, principalmente dos enfermeiros que despendem mais tempo com os pacientes, são estratégias que podem melhorar esses resultados.

Búsqueda de nuevos extractos y compuestos obtenidos a partir de plantas del centro de Argentina con acción inhibidora de enzimas asociadas a patologías y a la supervivencia de organismos perjudiciales. Search for new extracts and compounds obtained from plants of central Argentina with inhibitoryactivity on enzymes associated with diseases and survival of harmful organisms.

La inhibición en la actividad de ciertas enzimas esenciales puede generar disturbios en la fisiología de algunos organismos como insectos, plantas y microorganismos y en muchos casos puede conducir a su muerte. Por otro lado, la inhibición de estas proteínas logra modificar factores implicados en la manifestación de determinadas enfermedades. Entre las enzimas que muestran estas características podemos mencionar a tirosinasa, p-hidroxifenilpiruvato dioxigenasa (HPPD) y acetilcolinesterasa (AChE). Debido a la necesidad de nuevas drogas con acción inhibidora de las mencionadas enzimas,los investigadores están explorando el mundo vegetal con el fin de obtenerlas,ya que se ha comprobado que las plantas son capaces de sintetizar esta clase de moléculas. Plantas nativas de nuestra región presentan esta propiedad. Continuando con la búsqueda de compuestos bioactivos obtenidos de plantas, se propone en este proyecto obtener nuevos agentes naturales altamente efectivos en inhibir las nombradas enzimas a partir de 100 plantas nativas de la región central de Argentina. Los compuestos aislados pueden ser utilizados directamente o servir como modelo para la síntesis de análogos. En primer lugar se determinará la efectividad de los extractos obtenidos a partir de las plantas seleccionadas como inhibidores de HPPD (utilizando el método del enol-borato) con el fin de seleccionar el más potente. A partir de este extracto y de aquellos seleccionados como más potentes en inhibir tirosinasa y AChE se aislarán, mediante aislamiento bioguiado, e identificarán el/los compuesto/s responsables. Este proceso será llevado a cabo por técnicas cromatográficas y espectroscópicas y el seguimiento de actividad se realizará mediante el método de enol-borato, dopacromo y Ellman para HPPD, tirosinasa y AChE,respectivamente. Posterior a determinar el nivel de actividad (IC50) de cada compuesto aislado se estudiará el posible efecto sinergista que pudieran ejercer al combinarlos entre ellos (si más de un compuesto es aislado de una planta) y con compuestos comerciales. Si los resultados muestran que los extractos ensayados y los metabolitos activos presentes en ellos exhiben alta efectividad en inhibir las enzimas, ellos pueden surgir como agentes terapéuticos eficaces para el tratamiento de ciertas enfermedades que las involucran y de esta manera mejorar la calidad de vida de los pacientes afectados. Estos productos pueden dar lugar a las compañías farmaceúticas a producir drogas no convencionales como nuevas alternativas medicinales. Por otro lado estas sustancias pueden derivar en novedosos herbicidas, antimicrobianos o insecticidas.Dado que todas las plantas propuestas crecen fácilmente en Argentina, la producción de estos medicamentos significaría nuevas fuentes laborales para nuestro país. El hecho de poder obtener y posteriormente utilizar estos productos aumenta en forma sustancial el aprovechamiento que podemos darle a nuestra rica flora nativa.

Optimización en el cómputos de algoritmos de cuadratura para funciones especiales. Optimization of quadrature algorithms for special functions.

En nuestro proyecto anterior aproximamos el cálculo de una integral definida con integrandos de grandes variaciones funcionales. Nuestra aproximación paraleliza el algoritmo de cómputo de un método adaptivo de cuadratura, basado en reglas de Newton-Cote. Los primeros resultados obtenidos fueron comunicados en distintos congresos nacionales e internacionales; ellos nos permintieron comenzar con una tipificación de las reglas de cuadratura existentes y una clasificación de algunas funciones utilizadas como funciones de prueba. Estas tareas de clasificación y tipificación no las hemos finalizado, por lo que pretendemos darle continuidad a fin de poder informar sobre la conveniencia o no de utilizar nuestra técnica. Para llevar adelante esta tarea se buscará una base de funciones de prueba y se ampliará el espectro de reglas de cuadraturas a utilizar. Además, nos proponemos re-estructurar el cálculo de algunas rutinas que intervienen en el cómputo de la mínima energía de una molécula. Este programa ya existe en su versión secuencial y está modelizado utilizando la aproximación LCAO. El mismo obtiene resultados exitosos en cuanto a precisión, comparado con otras publicaciones internacionales similares, pero requiere de un tiempo de cálculo significativamente alto. Nuestra propuesta es paralelizar el algoritmo mencionado abordándolo al menos en dos niveles: 1- decidir si conviene distribuir el cálculo de una integral entre varios procesadores o si será mejor distribuir distintas integrales entre diferentes procesadores. Debemos recordar que en los entornos de arquitecturas paralelas basadas en redes (típicamente redes de área local, LAN) el tiempo que ocupa el envío de mensajes entre los procesadores es muy significativo medido en cantidad de operaciones de cálculo que un procesador puede completar. 2- de ser necesario, paralelizar el cálculo de integrales dobles y/o triples. Para el desarrollo de nuestra propuesta se desarrollarán heurísticas para verificar y construir modelos en los casos mencionados tendientes a mejorar las rutinas de cálculo ya conocidas. A la vez que se testearán los algoritmos con casos de prueba. La metodología a utilizar es la habitual en Cálculo Numérico. Con cada propuesta se requiere: a) Implementar un algoritmo de cálculo tratando de lograr versiones superadoras de las ya existentes. b) Realizar los ejercicios de comparación con las rutinas existentes para confirmar o desechar una mejor perfomance numérica. c) Realizar estudios teóricos de error vinculados al método y a la implementación. Se conformó un equipo interdisciplinario integrado por investigadores tanto de Ciencias de la Computación como de Matemática. Metas a alcanzar Se espera obtener una caracterización de las reglas de cuadratura según su efectividad, con funciones de comportamiento oscilatorio y con decaimiento exponencial, y desarrollar implementaciones computacionales adecuadas, optimizadas y basadas en arquitecturas paralelas.

In search of a language textile and text in contemporary women's art

This research uses the textile/text axis concept as a conceptual tool to investigate the role of textile and text in contemporary women’s art practice and theorizing, investigating textile as a largely hitherto unacknowledged element in women’s art practice of the late 20th and early 21st centuries. Textile and text share a common etymological root, from the Latin textere to weave, textus a fabric. The thesis illuminates the pathways whereby textile and text played an important role in women reclaiming a speaking voice as creators of culture and signification during a revolutionary period of renewal in women’s cultural contribution and positioning. The methodological approach used in the research consisted of a comprehensive literature review, the compilation of an inventory of relevant women artists, developing a classificatory system differentiating types of approaches, concerns and concepts underpinning women’s art practice vis a vis the textile/text axis and a series of three in-depth case studies of artists Tracey Emin, Louise Bourgeois and Faith Ringgold. The thesis points to the fact that contemporary women artists and theorists have rounded their art practice and aesthetic discourse in textile as prime visual metaphor and signifier, turning towards the ancient language of textile not merely to reclaim a speaking voice but to occupy a ground breaking locus of signification and representation in contemporary culture. The textile/text axis facilitated women artists in powerfully countering a culturally inscribed status of Lacanian ‘no-woman’ (a position of abjection, absence and lack in the phallocentric symbolic). Turning towards a language of aeons, textile as fertile wellspring, the thesis identifies the methodologies and strategies whereby women artists have inserted their webs of subjectivities and deepest concerns into the records and discourses of contemporary culture. Presenting an anatomy of the textile/text axis, the thesis identifies nine component elements manifesting in contemporary women’s aesthetic practice and discourse. In this cultural renaissance, the textile/text axis, the thesis suggests, served as a complex lexicon, a system of labyrinthine references and signification, a site of layered meanings and ambiguities, a body proxy and a corporeal cartography, facilitating a revolution in women’s aesthetic praxis.

Automating the testing process of image processing algorithms

As digital imaging processing techniques become increasingly used in a broad range of consumer applications, the critical need to evaluate algorithm performance has become recognised by developers as an area of vital importance. With digital image processing algorithms now playing a greater role in security and protection applications, it is of crucial importance that we are able to empirically study their performance. Apart from the field of biometrics little emphasis has been put on algorithm performance evaluation until now and where evaluation has taken place, it has been carried out in a somewhat cumbersome and unsystematic fashion, without any standardised approach. This paper presents a comprehensive testing methodology and framework aimed towards automating the evaluation of image processing algorithms. Ultimately, the test framework aims to shorten the algorithm development life cycle by helping to identify algorithm performance problems quickly and more efficiently.

Search for very high energy Gamma radiation from the Starburst Galaxy IC 342

This thesis describes a search for very high energy (VHE) gamma-ray emission from the starburst galaxy IC 342. The analysis was based on data from the 2003 — 2004 observing season recorded using the Whipple 10-metre imaging atmospheric Cherenkov telescope located on Mount Hopkins in southern Arizona. IC 342 may be classed as a non-blazar type galaxy and to date only a few such galaxies (M 87, Cen A, M 82 and NGC 253) have been detected as VHE gamma-ray sources. Analysis of approximately 24 hours of good quality IC 342 data, consisting entirely of ON/OFF observations, was carried out using a number of methods (standard Supercuts, optimised Supercuts, scaled optimised Supercuts and the multivariate kernel analysis technique). No evidence for TeV gamma-ray emission from IC 342 was found. The significance was 0.6 a with a nominal rate of 0.04 ± 0.06 gamma rays per minute. The flux upper limit above 600 GeV (at 99.9 % confidence) was determined to be 5.5 x 10-8 m-2 s-1, corresponding to 8 % of the Crab Nebula flux in the same energy range.