GENCODE: producing a reference annotation for ENCODE.

BACKGROUND: The GENCODE consortium was formed to identify and map all protein-coding genes within the ENCODE regions. This was achieved by a combination of initial manual annotation by the HAVANA team, experimental validation by the GENCODE consortium and a refinement of the annotation based on these experimental results. RESULTS: The GENCODE gene features are divided into eight different categories of which only the first two (known and novel coding sequence) are confidently predicted to be protein-coding genes. 5' rapid amplification of cDNA ends (RACE) and RT-PCR were used to experimentally verify the initial annotation. Of the 420 coding loci tested, 229 RACE products have been sequenced. They supported 5' extensions of 30 loci and new splice variants in 50 loci. In addition, 46 loci without evidence for a coding sequence were validated, consisting of 31 novel and 15 putative transcripts. We assessed the comprehensiveness of the GENCODE annotation by attempting to validate all the predicted exon boundaries outside the GENCODE annotation. Out of 1,215 tested in a subset of the ENCODE regions, 14 novel exon pairs were validated, only two of them in intergenic regions. CONCLUSION: In total, 487 loci, of which 434 are coding, have been annotated as part of the GENCODE reference set available from the UCSC browser. Comparison of GENCODE annotation with RefSeq and ENSEMBL show only 40% of GENCODE exons are contained within the two sets, which is a reflection of the high number of alternative splice forms with unique exons annotated. Over 50% of coding loci have been experimentally verified by 5' RACE for EGASP and the GENCODE collaboration is continuing to refine its annotation of 1% human genome with the aid of experimental validation.

Metsäteollisuuden prosessien suunnittelu simulointiympäristössä

Prosessisimulointiohjelmistojen käyttö on yleistynyt paperiteollisuuden prosessien kartoituksessa ja kyseiset ohjelmistot ovat jo pitkään olleet myös Pöyry Engineering Oy:n työkaluja prosessisuunnittelussa. Tämän työn tavoitteeksi määritettiin prosessisimulointiohjelmistojen käytön selvittäminen suomalaisissa paperitehtaissa sekä prosessisimuloinnin tulevaisuuden näkymien arviointi metsäteollisuuden suunnittelupalveluissa liiketoiminnan kehittämiseksi. Työn teoriaosassa selvitetään mm. seuraavia asioita: mitä prosessisimulointi on, miksi simuloidaan ja mitkä ovat simuloinnin hyödyt ja haasteet. Teoriaosassa esitellään yleisimmät käytössä olevat prosessisimulointiohjelmistot, simulointiprosessin eteneminen sekä prosessisimuloinnin tuotteistamisen vaatimuksia. Työn kokeellisessa osassa selvitettiin kyselyn avulla prosessisimulointiohjelmistojen käyttöä Suomen paperitehtaissa. Kysely lähetettiin kaikille Suomen tärkeimmille paperitehtaille. Kyselyn avulla selvitettiin mm, mitä ohjelmia käytetään, mitä on simuloitu, mitä pitää vielä simuloida ja kuinka tarpeellisena prosessisimulointia pidetään. Työntulokset osoittavat, että kaikilla kyselyyn vastanneilla suomalaisilla paperitehtailla on käytetty prosessisimulointia. Suurin osa simuloinneista on tehty konelinjoihin sekä massa- ja vesijärjestelmiin. Tulevaisuuden tärkeimpänä kohteena pidetään energiavirtojen simulointia. Simulointimallien pitkäjänteisessä hyödyntämisessä ja ylläpidossa on kehitettävää, jossa simulointipalvelujen hankkiminen palveluna on tehtaille todennäköisin vaihtoehto. Johtopäätöksenä on se, että tehtailla on tarvetta prosessisimuloinnille. Ilmapiiri on kyselytuloksien mukaan suotuisa ja simulointi nähdään tarpeellisena työkaluna. Prosessisimuloinnin markkinointia, erillispalvelutuotteen lisäksi, kannattaisi kehittää siten, että simulointimallin ylläpito jatkuisi projektin jälkeen lähipalveluna. Markkinointi pitäisi tehdä jo projektin alkuvaiheessa tai projektin aikana. Simulointiohjelmien kirjosta suunnittelutoimiston kannattaa valita simulointiohjelmistoja, jotka sopivat sille parhaiten. Erityistapauksissa muiden ohjelmien hankintaa kannattaa harkita asiakkaan toivomusten mukaisesti.

Mielipidekyselyjärjestelmän suunnittelu ja toteutus

Tämän työn tavoitteena on suunnitella yksinkertainen Internet-pohjainen mielipidekyselyjärjestelmä sekä esitellä yksityiskohtaisesti järjestelmän toteutus ja siihen liittyvät menetelmät. Menetelmistäesitellään ainoastaan ennalta valitut menetelmät järjestelmän toteutukseen, tietojen esittämiseen, esitystavan muotoiluun sekä tietojen varastointiin. Järjestelmä toteutetaan HTML- ja PHP-kielillä sekä käyttämällä CSS-menetelmän tyylimuotoiluja ja XML-kielen muotoiluun perustuvia tiedostoja tietovarastoina. Järjestelmän suunnitteluun liittyen työssä pyritään kuvaamaan järjestelmään toteutettavat kaksi erillistä käyttöliittymää, pääkäyttäjän käyttöliittymä ja normaalin käyttäjän käyttöliittymä, sekä näihin toteutettavat toiminnot. Pääkäyttäjän tärkeimmät toiminnot ovat mielipidekyselyiden luominen, käyttäjien lisääminen kyselyihin sekä kyselyiden tulosten seuranta. Normaalin käyttäjän toiminnot taas rajoittuvat kirjautumiseen ja kyselyyn vastaamiseen. Järjestelmän toteutuksen kuvauksessa kuvataan tarkasti edellä mainittujen kahden käyttöliittymän toiminnot sekä näiden toimintojen toteutustavat. Lisäksi toteutuksen kuvauksen yhteydessä määritellään tarkasti järjestelmän tietovarastoina toimivien tiedostojen sisällön muoto. Työn lopputuloksena syntyi valituilla toteutustavoilla toteutettu toimiva mielipidekyselyjärjestelmä sekä tämä järjestelmän suunnitteluun ja toteutuksen selvittämiseen keskittynyt dokumentti. Toteutetusta järjestelmästä ei tullut täydellinen vaan jatkokehityksessä voidaan harkita esimerkiksi tietokannan käyttämistä järjestelmän tietovarastoina sekä joidenkin lisäominaisuuksien toteuttamista. Tavoitteeseen päästiin kuitenkin, sillä toteutettu järjestelmä on toimiva ja käyttötarkoitukseensa sopiva.

Value added logistics in supply and demand chains. Smile. Part 1. eBusiness between global company and itslocal sme supplier network

VALOSADE (Value Added Logistics in Supply and Demand Chains) is the research project of Anita Lukka's VALORE (Value Added Logistics Research) research team inLappeenranta University of Technology. VALOSADE is included in ELO (Ebusiness logistics) technology program of Tekes (Finnish Technology Agency). SMILE (SME-sector, Internet applications and Logistical Efficiency) is one of four subprojects of VALOSADE. SMILE research focuses on case network that is composed of small and medium sized mechanical maintenance service providers and global wood processing customers. Basic principle of SMILE study is communication and ebusiness insupply and demand network. This first phase of research concentrates on creating backgrounds for SMILE study and for ebusiness solutions of maintenance case network. The focus is on general trends of ebusiness in supply chains and networksof different industries; total ebusiness system architecture of company networks; ebusiness strategy of company network; information value chain; different factors, which influence on ebusiness solution of company network; and the correlation between ebusiness and competitive advantage. Literature, interviews and benchmarking were used as research methods in this qualitative case study. Networks and end-to-end supply chains are the organizational structures, which can add value for end customer. Information is one of the key factors in these decentralized structures. Because of decentralization of business, information is produced and used in different companies and in different information systems. Information refinement services are needed to manage information flows in company networksbetween different systems. Furthermore, some new solutions like network information systems are utilised in optimising network performance and in standardizingnetwork common processes. Some cases have however indicated, that utilization of ebusiness in decentralized business model is not always a necessity, but value-add of ICT must be defined case-specifically. In the theory part of report, different ebusiness and architecture models are introduced. These models are compared to empirical case data in research results. The biggest difference between theory and empirical data is that models are mainly developed for large-scale companies - not for SMEs. This is due to that implemented network ebusiness solutions are mainly large company centered. Genuine SME network centred ebusiness models are quite rare, and the study in that area has been few in number. Business relationships between customer and their SME suppliers are nowadays concentrated more on collaborative tactical and strategic initiatives besides transaction based operational initiatives. However, ebusiness systems are further mainly based on exchange of operational transactional data. Collaborative ebusiness solutions are in planning or pilot phase in most case companies. Furthermore, many ebusiness solutions are nowadays between two participants, but network and end-to-end supply chain transparency and information systems are quite rare. Transaction volumes, data formats, the types of exchanged information, information criticality,type and duration of business relationship, internal information systems of partners, processes and operation models (e.g. different ordering models) differ among network companies, and furthermore companies are at different stages on networking and ebusiness readiness. Because of former factors, different customer-supplier combinations in network must utilise totally different ebusiness architectures, technologies, systems and standards.

CleanEx: a database of heterogeneous gene expression data based on a consistent gene nomenclature and linked to an improved annotation system

Résumé: L'automatisation du séquençage et de l'annotation des génomes, ainsi que l'application à large échelle de méthodes de mesure de l'expression génique, génèrent une quantité phénoménale de données pour des organismes modèles tels que l'homme ou la souris. Dans ce déluge de données, il devient très difficile d'obtenir des informations spécifiques à un organisme ou à un gène, et une telle recherche aboutit fréquemment à des réponses fragmentées, voir incomplètes. La création d'une base de données capable de gérer et d'intégrer aussi bien les données génomiques que les données transcriptomiques peut grandement améliorer la vitesse de recherche ainsi que la qualité des résultats obtenus, en permettant une comparaison directe de mesures d'expression des gènes provenant d'expériences réalisées grâce à des techniques différentes. L'objectif principal de ce projet, appelé CleanEx, est de fournir un accès direct aux données d'expression publiques par le biais de noms de gènes officiels, et de représenter des données d'expression produites selon des protocoles différents de manière à faciliter une analyse générale et une comparaison entre plusieurs jeux de données. Une mise à jour cohérente et régulière de la nomenclature des gènes est assurée en associant chaque expérience d'expression de gène à un identificateur permanent de la séquence-cible, donnant une description physique de la population d'ARN visée par l'expérience. Ces identificateurs sont ensuite associés à intervalles réguliers aux catalogues, en constante évolution, des gènes d'organismes modèles. Cette procédure automatique de traçage se fonde en partie sur des ressources externes d'information génomique, telles que UniGene et RefSeq. La partie centrale de CleanEx consiste en un index de gènes établi de manière hebdomadaire et qui contient les liens à toutes les données publiques d'expression déjà incorporées au système. En outre, la base de données des séquences-cible fournit un lien sur le gène correspondant ainsi qu'un contrôle de qualité de ce lien pour différents types de ressources expérimentales, telles que des clones ou des sondes Affymetrix. Le système de recherche en ligne de CleanEx offre un accès aux entrées individuelles ainsi qu'à des outils d'analyse croisée de jeux de donnnées. Ces outils se sont avérés très efficaces dans le cadre de la comparaison de l'expression de gènes, ainsi que, dans une certaine mesure, dans la détection d'une variation de cette expression liée au phénomène d'épissage alternatif. Les fichiers et les outils de CleanEx sont accessibles en ligne (http://www.cleanex.isb-sib.ch/). Abstract: The automatic genome sequencing and annotation, as well as the large-scale gene expression measurements methods, generate a massive amount of data for model organisms. Searching for genespecific or organism-specific information througout all the different databases has become a very difficult task, and often results in fragmented and unrelated answers. The generation of a database which will federate and integrate genomic and transcriptomic data together will greatly improve the search speed as well as the quality of the results by allowing a direct comparison of expression results obtained by different techniques. The main goal of this project, called the CleanEx database, is thus to provide access to public gene expression data via unique gene names and to represent heterogeneous expression data produced by different technologies in a way that facilitates joint analysis and crossdataset comparisons. A consistent and uptodate gene nomenclature is achieved by associating each single gene expression experiment with a permanent target identifier consisting of a physical description of the targeted RNA population or the hybridization reagent used. These targets are then mapped at regular intervals to the growing and evolving catalogues of genes from model organisms, such as human and mouse. The completely automatic mapping procedure relies partly on external genome information resources such as UniGene and RefSeq. The central part of CleanEx is a weekly built gene index containing crossreferences to all public expression data already incorporated into the system. In addition, the expression target database of CleanEx provides gene mapping and quality control information for various types of experimental resources, such as cDNA clones or Affymetrix probe sets. The Affymetrix mapping files are accessible as text files, for further use in external applications, and as individual entries, via the webbased interfaces . The CleanEx webbased query interfaces offer access to individual entries via text string searches or quantitative expression criteria, as well as crossdataset analysis tools, and crosschip gene comparison. These tools have proven to be very efficient in expression data comparison and even, to a certain extent, in detection of differentially expressed splice variants. The CleanEx flat files and tools are available online at: http://www.cleanex.isbsib. ch/.

Studies on integrating kinematic design method with mechanical systems simulation techniques

Theultimate goal of any research in the mechanism/kinematic/design area may be called predictive design, ie the optimisation of mechanism proportions in the design stage without requiring extensive life and wear testing. This is an ambitious goal and can be realised through development and refinement of numerical (computational) technology in order to facilitate the design analysis and optimisation of complex mechanisms, mechanical components and systems. As a part of the systematic design methodology this thesis concentrates on kinematic synthesis (kinematic design and analysis) methods in the mechanism synthesis process. The main task of kinematic design is to find all possible solutions in the form of structural parameters to accomplish the desired requirements of motion. Main formulations of kinematic design can be broadly divided to exact synthesis and approximate synthesis formulations. The exact synthesis formulation is based in solving n linear or nonlinear equations in n variables and the solutions for the problem areget by adopting closed form classical or modern algebraic solution methods or using numerical solution methods based on the polynomial continuation or homotopy. The approximate synthesis formulations is based on minimising the approximation error by direct optimisation The main drawbacks of exact synthesis formulationare: (ia) limitations of number of design specifications and (iia) failure in handling design constraints- especially inequality constraints. The main drawbacks of approximate synthesis formulations are: (ib) it is difficult to choose a proper initial linkage and (iib) it is hard to find more than one solution. Recentformulations in solving the approximate synthesis problem adopts polynomial continuation providing several solutions, but it can not handle inequality const-raints. Based on the practical design needs the mixed exact-approximate position synthesis with two exact and an unlimited number of approximate positions has also been developed. The solutions space is presented as a ground pivot map but thepole between the exact positions cannot be selected as a ground pivot. In this thesis the exact synthesis problem of planar mechanism is solved by generating all possible solutions for the optimisation process ¿ including solutions in positive dimensional solution sets - within inequality constraints of structural parameters. Through the literature research it is first shown that the algebraic and numerical solution methods ¿ used in the research area of computational kinematics ¿ are capable of solving non-parametric algebraic systems of n equations inn variables and cannot handle the singularities associated with positive-dimensional solution sets. In this thesis the problem of positive-dimensional solutionsets is solved adopting the main principles from mathematical research area of algebraic geometry in solving parametric ( in the mathematical sense that all parameter values are considered ¿ including the degenerate cases ¿ for which the system is solvable ) algebraic systems of n equations and at least n+1 variables.Adopting the developed solution method in solving the dyadic equations in direct polynomial form in two- to three-precision-points it has been algebraically proved and numerically demonstrated that the map of the ground pivots is ambiguousand that the singularities associated with positive-dimensional solution sets can be solved. The positive-dimensional solution sets associated with the poles might contain physically meaningful solutions in the form of optimal defectfree mechanisms. Traditionally the mechanism optimisation of hydraulically driven boommechanisms is done at early state of the design process. This will result in optimal component design rather than optimal system level design. Modern mechanismoptimisation at system level demands integration of kinematic design methods with mechanical system simulation techniques. In this thesis a new kinematic design method for hydraulically driven boom mechanism is developed and integrated in mechanical system simulation techniques. The developed kinematic design method is based on the combinations of two-precision-point formulation and on optimisation ( with mathematical programming techniques or adopting optimisation methods based on probability and statistics ) of substructures using calculated criteria from the system level response of multidegree-of-freedom mechanisms. Eg. by adopting the mixed exact-approximate position synthesis in direct optimisation (using mathematical programming techniques) with two exact positions and an unlimitednumber of approximate positions the drawbacks of (ia)-(iib) has been cancelled.The design principles of the developed method are based on the design-tree -approach of the mechanical systems and the design method ¿ in principle ¿ is capable of capturing the interrelationship between kinematic and dynamic synthesis simultaneously when the developed kinematic design method is integrated with the mechanical system simulation techniques.

Ranking Regional Innovation Policies: DEA-based Benchmarking in an European Setting

Seudullinen innovaatio on monimutkainen ilmiö, joka usein sijaitsee paikallisten toimijoiden keskinäisen vuorovaikutuksen kentässä. Täten sitä on perinteisesti pidetty vaikeasti mitattavana ilmiönä. Työssä sovellettiin Data Envelopment Analysis menetelmää, joka on osoittautunut aiemmin menestyksekkääksi tapauksissa, joissa mitattavien syötteiden ja tuotteiden väliset suhteet eivät ole olleet ilmeisiä. Työssä luotiin konseptuaalinen malli seudullisen innovaation syötteistä ja tuotteista, jonka perusteella valittiin 12 tilastollisen muuttujan mittaristo. Käyttäen Eurostat:ia datalähteenä, lähdedata kahdeksaan muuttujsta saatiin seudullisella tasolla, sekä mittaristoa täydennettiin yhdellä kansallisella muuttujalla. Arviointi suoritettiin lopulta 45 eurooppalaiselle seudulle. Tutkimuksen painopiste oli arvioida DEA-menetelmän soveltuvuutta innovaatiojärjestelmän mittaamiseen, sillä menetelmää ei ole aiemmin sovellettu vastaavassa tapauksessa. Ensimmäiset tulokset osoittivat ylipäätään liiallisen korkeita tehokkuuslukuja. Korjaustoimenpiteitä erottelutarkkuuden parantamiseksi esiteltiin ja sovellettiin, jonka jälkeen saatiin realistisempia tuloksia ja ranking-lista arvioitavista seuduista. DEA-menetelmän todettiin olevan tehokas ja kiinnostava työkalu arviointikäytäntöjen ja innovaatiopolitiikan kehittämiseen, sikäli kun datan saatavuusongelmat saadaan ratkaistua sekä itse mallia tarkennettua.

Genes outside The Hla Region affecting Susceptibility to Type 1 Diabetes - The Role of Iddm2 and Iddm9 in the Finnish Population

Tyypin 1 diabeteksen perinnöllinen alttius Suomessa - HLA-alueen ulkopuolisten alttiuslokusten IDDM2 ja IDDM9 rooli taudin periytymisessä HLA-alue, joka sijaitsee kromosomissa 6p21.3, vastaa noin puolesta perinnöllisestä alttiudesta sairastua tyypin 1 diabetekseen. Myös HLA-alueen ulkopuolisten lokusten on todettu liittyvän sairausalttiuteen. Näistä kolmen lokuksen on varmistettu olevan todellisia alttiuslokuksia ja lisäksi useiden muiden, vielä varmistamattomien lokusten, on todettu liittyvän sairausalttiuteen. Tässä tutkimuksessa 12:n HLA-alueen ulkopuolisen alttiuslokuksen kytkentä tyypin 1 diabetekseen tutkittiin käyttäen 107:aa suomalaista multiplex-perhettä. Jatkotutkimuksessa analysoitiin IDDM9-alueen kytkentä ja assosiaatio sairauteen laajennetuissa perhemateriaaleissa sekä IDDM2-alueen mahdollinen interaktio HLA-alueen kanssa sairauden muodostumisessa. Lisäksi suoritettiin IDDM2-alueen suojaavien haplotyyppien alatyypitys tarkoituksena tutkia eri haplotyyppien käyttökelpoisuutta sairastumisriskin tarkempaa ennustamista varten. Ensimmäisessä kytkentätutkimuksessa ei löytynyt koko genomin tasolla merkitsevää tai viitteellistä kytkentää tutkituista HLA-alueen ulkopuolisista lokuksista. Voimakkain havaittu nimellisen merkitsevyyden tavoittava kytkentä nähtiin IDDM9-alueen markkerilla D3S3576 (MLS=1.05). Tutkimuksessa ei kyetty varmistamaan tai sulkemaan pois aiempia kytkentähavaintoja tutkituilla lokuksilla, mutta IDDM9-alueen jatkotutkimuksessa havaittu voimakas kytkentä (MLS=3.4) ja merkitsevä assosiaatio (TDT p=0.0002) viittaa vahvasti siihen, että 3q21-alueella sijaitsee todellinen tyypin 1 diabeteksen alttiusgeeni, jolloin alueen kattava assosiaatiotutkimus olisi perusteltu jatkotoimenpide. Sairauteen altistava IDDM2-alueen MspI-2221 genotyyppi CC oli nimellisesti yleisempi matalan tai kohtalaisen HLA-sairastumisriskin diabeetikoilla, verrattuna korkean HLA-riskin potilaisiin (p=0.05). Myös genotyyppijakauman vertailu osoitti merkitsevää eroa ryhmien välillä (p=0.01). VNTR-haplotyyppitutkimus osoitti, että IIIA/IIIA-homotsygootin sairaudelta suojaava vaikutus on merkitsevästi voimakkaampi kuin muiden luokka III:n genotyypeillä. Nämä tulokset viittaavat IDDM2-HLA -vuorovaikutukseen sekä siihen että IDDM2-alueen haplotyyppien välillä esiintyy etiologista heterogeniaa. Tämän johdosta IDDM2-alueen haplotyyppien tarkempi määrittäminen voisi tehostaa tyypin 1 diabeteksen riskiarviointia.

The transtheoretical model in weight management: Validation of the Processes of Change Questionnaire

Objective: The processes of change implied in weight management remain unclear. The present study aimed to identify these processes by validating a questionnaire designed to assess processes of change (the P-Weight) in line with the transtheoretical model. The relationship of processes of change with stages of change and other external variables is also examined. Methods: Participants were 723 people from community and clinical settings in Barcelona. Their mean age was 32.07 (SD = 14.55) years; most of them were women (75.0%), and their mean BMI was 26.47 (SD = 8.52) kg/m2. They all completed the P-Weight and the stages of change questionnaire (SWeight), both applied to weight management, as well as two subscales from the Eating Disorders Inventory-2 and Eating Attitudes Test-40 questionnaires about the concern with dieting. Results: A 34-item version of the PWeight was obtained by means of a refinement process. The principal components analysis applied to half of the sample identified four processes of change. A confirmatory factor analysis was then carried out with the other half of the sample, revealing that the model of four freely correlated first-order factors showed the best fit (GFI = 0.988, AGFI = 0.986, NFI = 0.986, and SRMR = 0.0559). Corrected item-total correlations (0.322-0.865) and Cronbach"s alpha coefficients (0.781-0.960) were adequate. The relationship between the P-Weight and the S-Weight and the concern with dieting measures from other questionnaires supported the validity of the scale. Conclusion: The study identified processes of change involved in weight management and reports the adequate psychometric properties of the P-Weight. It also reveals the relationship between processes and stages of change and other external variables.

Oliorelaatiotietokannan käyttö energianhallintajärjestelmässä

Empower Oy on energia-alan palveluja tarjoava yritys. Energianhallintajärjestelmää käytetään energiatietojen hallintaan ja ylläpitoon sekä tietojen esittämiseen loppukäyttäjille. Palvelun näytöt ja raportit on toteutettu web-pohjaisen käyttöliittymän kautta. Yhtiössä käynnistyi suurprojekti vanhan energianhallintajärjestelmän korvaamiseksi. Vanha järjestelmä otettiin käyttöön vuonna 1995 ja EMS-projekti käynnistettiin vuonna 2001. Diplomityö tehtiin osana EMS-projektia ja työn tavoitteina oli selvittää perusjärjestelmän käyttämän tietokantaratkaisun toimivuutta ja soveltuvuutta tehtävään sekä tutkailla eri tietokantamalleja teoreettisesti. Lisäksi työhön kuului erillisten haku- ja muutoskomponenttien ja rajapintojen toteuttaminen. Näiden avulla voidaan hakea ja muuttaa tietoa perusjärjestelmän pohjalla toimivasta oliorelaatiotietokannasta. Perusjärjestelmän DOR-tietokannaksi (Domain Object Repository) kutsuttu kokonaisuus on olioläheinen tietovarasto, josta tietoa haetaan ilmoittamalla haettavan olion tyyppi ja siihen liitoksissa olevat tyypit. Hakutulokseen mukaan haluttavat ominaisuudet ilmoitetaan kultakin tyypiltä erikseen. Haettaessa ja muutettaessa oliopohjaista DOR-tietoa, tulee noudattaa järjestelmän käyttämiä tietomalleja. Haku- ja muutoskomponentit toteutettiin Microsoftin kehittämällä .NET-teknologialla. Tietokantamallien teoreettinen tarkastelu auttoi ymmärtämään järjestelmän pohjalla toimivaa tietokantaratkaisua. Työssä selvisi, että perusjärjestelmän hyödyntämä oliorelaatiotietokanta soveltuu varsin hyvin tarkoitukseensa. Haku- ja muutoskomponenttien toteutus onnistui ja ne toimivat helppokäyttöisenä rajapintana energianhallintajärjestelmän tietokantaan.

Suorityskyvyn mittaaminen johtamisen apuvälineenä prosessiorganisaatiossa.

Prosessiorganisaatiossa johtamisen ja prosessien tavoitteena on tyydyttää asiakkaan (sisäinen tai ulkoinen) tarpeet. Mittaamisen sitominen prosessin suorityskyvyn mittaamiseen antaa johdolle kuvan yrityksen toiminnasta. Suorityskykymittariston ja yksittäisten mittareiden avulla yritysjohto pystyy arvioimaan toiminnan tasoa, asettamaan tavoitteita sekä seuraamaan asettamiensa tavoitteiden toteutumista. Työn ensimmäisenä tavoitteena oli kartoittaa edellytyksiä sekä tukea Balanced Scorecardin mukaisen suorityskykymittariston tulevaisuuden implementointia. Mittaristo on tarkoitettu toimitusketjun prosessien tehokkuuden mittaamiseen. Työn toisena tavoitteena oli prosessipohjaisen ajattelutavan tukeminen suorituskykymittariston avulla. Implementoinnin edellytyksiä testattiin valitsemalla kaksi ensimmäisen tason avainmittaria pilottimittareiksi. Varaston suorityskykyä mittaavien pilottimittareiden avulla selvitettiin SC tuoteryhmän osalta toimitusketjun suorituskyky avainasiakkaiden ja tärkeiden markkina-alueiden osalta. Erona käytössä oleviin mittareihin on se, että uudet avainmittarit kattavat koko yrityksen toimitusketjun, kun tällä hetkellä käytössä olevat mittarit mittaavat toimitusketjun yksittäisiä osia. Uusien avaimittareiden lähtöarvot selvitettiin tietokantakyselyjen avulla. Tietokyselyt suoritettiin useissa yksittäisissä tietojärjejestelmissä, jonka jälkeen niiden tulokset koottiin yhteen tiedostoon ja analysoitiin PC sovellusten avulla. Mittauskohteet oli valittu yhdessä linjaorganisaation kanssa. Näin taattiin yhtiön johdon sitoutuminen mittariston kehittämiseen ja käyttöönottoon. Organisaatiossa yksittäisten prosessien (esim. mittaamisprosessi) vastuualueiden selventämiseen käytettiin koeluonteisesti vastuumatriisitekniikkaa. Prosessiorganisaatiossa johtamisen ja prosessien tavoitteena on tyydyttää asiakkaan (sisäinen tai ulkoinen) tarpeet. Mittaamisen sitominen prosessin suorityskyvyn mittaamiseen antaa johdolle kuvan yrityksen toiminnasta. Suorityskykymittariston ja yksittäisten mittareiden avulla yritysjohto pystyy arvioimaan toiminnan tasoa, asettamaan tavoitteita sekä seuraamaan asettamiensa tavoitteiden toteutumista. Työn ensimmäisenä tavoitteena oli kartoittaa edellytyksiä sekä tukea Balanced Scorecardin mukaisen suorityskykymittariston tulevaisuuden implementointia. Mittaristo on tarkoitettu toimitusketjun prosessien tehokkuuden mittaamiseen. Työn toisena tavoitteena oli prosessipohjaisen ajattelutavan tukeminen suorituskykymittariston avulla.Implementoinnin edellytyksiä testattiin valitsemalla kaksi ensimmäisen tason avainmittaria pilottimittareiksi. Varaston suorityskykyä mittaavien pilottimittareiden avulla selvitettiin SC tuoteryhmän osalta toimitusketjun suorituskyky avainasiakkaiden ja tärkeiden markkina-alueiden osalta. Erona käytössä oleviin mittareihin on se, että uudet avainmittarit kattavat koko yrityksen toimitusketjun, kun tällä hetkellä käytössä olevat mittarit mittaavat toimitusketjun yksittäisiä osia. Uusien avaimittareiden lähtöarvot selvitettiin tietokantakyselyjen avulla. Tietokyselyt suoritettiin useissa yksittäisissä tietojärjejestelmissä, jonka jälkeen niiden tulokset koottiin yhteen tiedostoon ja analysoitiin PC sovellusten avulla. Mittauskohteet oli valittu yhdessä linjaorganisaation kanssa. Näin taattiin yhtiön johdon sitoutuminen mittariston kehittämiseen ja käyttöönottoon. Organisaatiossa yksittäisten prosessien (esim. mittaamisprosessi) vastuualueiden selventämiseen käytettiin koeluonteisesti vastuumatriisitekniikkaa.

Sherali-Adams Relaxations and Indistinguishability in Counting Logics

Two graphs with adjacency matrices $\mathbf{A}$ and $\mathbf{B}$ are isomorphic if there exists a permutation matrix $\mathbf{P}$ for which the identity $\mathbf{P}^{\mathrm{T}} \mathbf{A} \mathbf{P} = \mathbf{B}$ holds. Multiplying through by $\mathbf{P}$ and relaxing the permutation matrix to a doubly stochastic matrix leads to the linear programming relaxation known as fractional isomorphism. We show that the levels of the Sherali--Adams (SA) hierarchy of linear programming relaxations applied to fractional isomorphism interleave in power with the levels of a well-known color-refinement heuristic for graph isomorphism called the Weisfeiler--Lehman algorithm, or, equivalently, with the levels of indistinguishability in a logic with counting quantifiers and a bounded number of variables. This tight connection has quite striking consequences. For example, it follows immediately from a deep result of Grohe in the context of logics with counting quantifiers that a fixed number of levels of SA suffice to determine isomorphism of planar and minor-free graphs. We also offer applications in both finite model theory and polyhedral combinatorics. First, we show that certain properties of graphs, such as that of having a flow circulation of a prescribed value, are definable in the infinitary logic with counting with a bounded number of variables. Second, we exploit a lower bound construction due to Cai, Fürer, and Immerman in the context of counting logics to give simple explicit instances that show that the SA relaxations of the vertex-cover and cut polytopes do not reach their integer hulls for up to $\Omega(n)$ levels, where $n$ is the number of vertices in the graph.

MULTIMEDIATIETOPANKKI VERKOSSA

Työ käsittelee multimediatietopankin tietosisällön hallintaa ja kehittämistä. Multimediatietopankki verkossa –projektissa multimediatietopankilla tarkoitetaan vuorovaikutteista ja sisältörikasta liikkuvan ja staattisen kuvan (video, animaatio, valokuvat, 3D, grafiikka), äänten (musiikki ja muut äänet) ja tietokantojen yhdistelmää. Sisällön eri osa-alueet ja vuorovaikutteisuus tukevat kokonaisuutta, jolla on oma viestinnällinen tarkoituksensa. Tätä kokonaistoteutusta levitetään www:n, digitaalitelevision ja mobiililaitteiden välityksellä loppukäyttäjälle. Multimedia- ja matkaviestinteknologioiden nopea kehitys antaa mahdollisuuden kehittää uusia palveluja. Erilaisiin päätelaitteisiin ja vaihteleviin ympäristöihin tarkoitettujen helppokäyttöisten multimedia- ja mobiilipalvelujen kysyntä on jatkuvassa kasvussa. Multimediatietopankkiprojektissa esitetään kuinka multimediapalveluita voidaan toteuttaa integroidussa ympäristössä. Integroidulla ympäristöllä tässä työssä tarkoitetaan Internetin, mobiilien palvelujen, WAP:in, kämmentietokoneen, digitaalisen television sekä uusien multimediakännyköiden käyttöä multimediatietopankin tarjoamien palvelujen välittämisessä. Projekti on jaettu yksittäisiin lukuihin, joissa tarkoituksena on syventää multimediatietopankin yksityiskohtia sisällön tuottamisessa teknologian näkökannalta. Multimediatietokannan toteutuksessa mallinnetaan palvelun sisältö tietokantaan XHTML-muodossa mediaolioiden sisään sekä tallennetaan tietopankin metatietoa multimediarelaatiotietokantaan, josta on mahdollista hakea tietoa minkä tahansa päätelaitteen kyselyjen avulla.Tässä työssä keskitytään multimediatietokannan hallintajärjestelmän tehtäviin ja rakenteeseen, siihen miten multimediadata tallennetaan tietokantaan sekä siihen miten tietokannassa olevaa metatietoa haetaan käyttäen tietokannassa kehitettyjä hakumenetelmiä.

CCL8 and the Immune Control of Cytomegalovirus in Organ Transplant Recipients.

Monitoring of cytomegalovirus cell-mediated immunity is a promising tool for the refinement of preventative and therapeutic strategies posttransplantation. Typically, the interferon-γ response to T cell stimulation is measured. We evaluated a broad range of cytokine and chemokines to better characterize the ex vivo host-response to CMV peptide stimulation. In a cohort of CMV viremic organ transplant recipients, chemokine expression-specifically CCL8 (AUC 0.849 95% CI 0.721-0.978; p = 0.003) and CXCL10 (AUC 0.841, 95% CI 0.707-0.974; p = 0.004)-was associated with control of viral replication. In a second cohort of transplant recipients at high-risk for CMV, the presence of a polymorphism in the CCL8 promoter conferred an increased risk of viral replication after discontinuation of antiviral prophylaxis (logrank hazard ratio 3.6; 95% CI 2.077-51.88). Using cell-sorting experiments, we determined that the primary cell type producing CCL8 in response to CMV peptide stimulation was the monocyte fraction. Finally, in vitro experiments using standard immunosuppressive agents demonstrated a dose-dependent reduction in CCL8 production. Chemokines appear to be important elements of the cell-mediated response to CMV infection posttransplant, as here suggested for CCL8, and translation of this knowledge may allow for the tailoring and improvement of preventative strategies.

Glassy magnetic phase driven by short range charge and magnetic ordering in nanocrystalline La1/3Sr2/3FeO3-δ: Magnetization, Mössbauer, and polarized neutron studies

The charge ordered La1/3Sr2/3FeO3−δ (LSFO) in bulk and nanocrystalline forms are investigated using ac and dc magnetization, M¨ossbauer, and polarized neutron studies. A complex scenario of short-range charge and magnetic ordering is realized from the polarized neutron studies in nanocrystalline specimen. This short-range ordering does not involve any change in spin state and modification in the charge disproportion between Fe3+ and Fe5+ compared to bulk counterpart as evident in the M¨ossbauer results. The refinement of magnetic diffraction peaks provides magnetic moments of Fe3+ and Fe5+ are about 3.15 μB and 1.57 μB for bulk, and 2.7 μB and 0.53 μB for nanocrystalline specimen, respectively. The destabilization of charge ordering leads to magnetic phase separation, giving rise to the robust exchange bias (EB) effect. Strikingly, EB field at 5 K attains a value as high as 4.4 kOe for average size ∼70 nm, which is zero for the bulk counterpart. A strong frequency dependence of ac susceptibility reveals cluster-glass-like transition around ∼65 K, below which EB appears. Overall results propose that finite-size effect directs the complex glassy magnetic behavior driven by unconventional short-range charge and magnetic ordering, and magnetic phase separation appears in nanocrystalline LSFO.