Contribution to the ethnobotanical study of antidiabetic medicinal plants of the Central Middle Atlas region (Morocco)

An ethnobotanical survey of medicinal plants was carried out in the Central Middle Atlas in the years 2013 and 2014 to establish the catalog of medicinal plants used in traditional medicine in the treatment of diabetes. Thus, 1560 people were interviewed, using questionnaires. The latter enabled us to gather information on traditional healing practices of the local population including scientific name, French name, vernacular name, plant parts used , therapeutic indications , revenues and mode of administration. The results show that 76 medicinal species were inventoried in the study area. These plant species are included into 67 genus and 40 families. The most represented families are: Lamiaceae (12 species), Asteraceae and Brassicaceae species with 14 each. Of 76 medicinal species found in the region, four species are reported for the first time in the traditional treatment of diabetes in Morocco. They are Pistacia atlantica, Ptychotis verticillata, Anacyclus pyrethrum, Alyssum spinosum, Cistus albidus, Juniperus thurifera, Ephedra nebrodensis, Thymus algeriensis, Th. munbyanus, Th. zygis, Abelmoschus esculentus, Fraxinus augustifolia, Sorghum vulgare and, Eriobotrya japonica. The leaves are the most used organs (38%). The decoction is the dominant mode of preparation (50%) and administration is mostly for oral use (97%).

El impacto de la presencia online en las cuentas de Twitter de las universidades vascas y navarras

Las Universidades han tenido que adaptarse a los nuevos modelos de comunicación surgidos en la época de Internet. Dentro de estos nuevos paradigmas las redes sociales han irrumpido y Twitter se ha establecido como una de las más importantes. El objetivo de esta investigación es demostrar que existe una relación entre la presencia online de una Universidad, definida por la cantidad de información disponible en Internet, y su cuenta en Twitter. Para ello se analizó la relación entre la presencia online y los perfiles oficiales de las cinco universidades del País Vasco y Navarra. Los resultados demostraron la existencia de una correlación significativa entre la presencia online de las instituciones y el número de seguidores de sus respectivas cuentas. En segundo lugar, esta investigación se planteó si Twitter puede servir para potenciar la presencia online de una Universidad. Es por eso que se formuló una segunda hipótesis que buscaba analizar si tener varias cuentas en Twitter aumentaría la presencia online de las Universidades. Los hallazgos para esta segunda hipótesis demostraron una correlación muy significativa entre tener varios perfiles en Twitter y la presencia online de las Universidades. Así queda demostrada la importancia de la presencia online para las cuentas de Twitter y la relevancia de Twitter a la hora de potenciar la presencia online de los centros.

Terapia de aceptación y compromiso en un caso de tras¬torno mixto de ansiedad y depresión en una paciente con cáncer

This paper introduces the case of a woman with breast cancer who had developed a mixed depressive-anxiety disorder with avoidance behaviors. The patient presented depressive symptoms like listlessness, insomnia, weeping, food disorders and hopelessness though. Also, she exhibited physiological arousal and restlessness feelings. Additionally, the patient had an avoidance patron behavior in relation with all stimulus she believed could hurt her. Based on the Acceptance and Commitment Therapy (ACT) the intervention planted the following objectives: the patient will learn to accept her illness and the emotional distress that she was experiencing, also, the patient will recover the other areas of her life that she had abandoned. The treatment was developed in 14 sessions. The therapist used these techniques: creative hopelessness, disabling verbal functions, values clarification and loss of control over private events. In the results, it was observed a positive change in the behavior of the patient as well as a decrease in emotional distress that was his reason for initial consultation

Efectos de la enseñanza interdisciplinaria en la educación ambiental sobre los conocimientos, valores y actitudes ambientales de estudiantes de segundo ciclo básico (Los Ángeles, Región del Biobío, Chile)

Debido a la necesidad de implementar metodologías efectivas para la formación de ciudadanos con conciencia ambiental, se planteó esta investigación con el objetivo de evaluar el efecto de la enseñanza interdisciplinaria en la Educación Ambiental, sobre los conocimientos, valores y actitudes ambientales, de estudiantes de sexto curso básico de un establecimiento municipal de la ciudad de Los Ángeles, en Chile. Se relaciona la Educación Ambiental con las asignaturas Lenguaje-Comunicación y Matemática. Los instrumentos de medición, validados por un comité de expertos y sometidos a un análisis de fiabilidad. Se aplicaron antes y después de la intervención, permitiendo así medir el grado de cambio en conocimientos, valores y actitudes ambientales en los distintos tratamientos, los cuales fueron analizados estadísticamente por medio de tests no paramétricos. Los resultados indican que un grado mayor de interdisciplinariedad genera mejores conocimientos, valores y actitudes ambientales, por lo que se recomienda implementar estrategias interdisciplinarias en el aula al momento de realizar Educación Ambiental.

Réception de l’Histoire des colonies grecques dans la littérature coloniale des XVIIe-XVIIIe siècles

L’objectif de ce travail était d’apporter une réflexion sur les influences du colonialisme européen aux XVII-XVIIIe siècles. Ayant déjà rédigé mon mémoire de fin de maîtrise sur la Corinthe archaïque et ses colonies, j’ai souhaité approfondir la question, en choisissant de situer la problématique dans un contexte historiographique plus large, dans le temps comme dans l’espace. Plusieurs auteurs se sont intéressés aux réceptions de l’Antiquité à des périodes spécifiques (Grell et Alexandre le Grand en France, Richard et les influences antiques de la Révolution américaine,…). Cependant, aucune analyse sur le long terme n’avait encore été fournie, pas davantage qu’une réflexion de fonds sur la place de l’Antiquité dans la manière de penser les colonies en Europe moderne. Cet état de fait, de même que la relative rareté des sources modernes traitant des colonies grecques, m’ont obligé à élargir au maximum le champ de recherche, en y incluant des auteurs qui, s’ils ne se préoccupèrent pas de colonisation, recoururent néanmoins au précédent grec pour illustrer des problématiques de leur temps. Toutefois, il est possible de constater à quel point les répertoires historiographiques concernant la Grèce antique et ses colonisations se sont développés dans le courant de ces deux siècles qui virent l’apogée et la chute des premiers empires coloniaux européens en Amérique du nord. Si la comparaison à l’Histoire grecque ne relevait souvent que du Topos et de la propagande (comme dans le cas de la comparaison du Grand Condé ou de Louis XIV à Alexandre le Grand), son utilisation dans le cadre de controverses à plus large échelle outrepassait aussi le seul lieu commun pour s’inscrire dans un discours rhétorique plus approfondi. Le choix de la colonisation grecque comme modèle de comparaison s’imposait d’autant plus logiquement que les divers auteurs, depuis les premiers colons jusqu’aux pères fondateurs américains, insistaient sur les mérites économiques des colonies européennes. D’autres régimes, comme l’empire espagnol au XVIe siècle ou l’empire britannique au XIXe siècle, ont davantage recouru à une terminologie d’inspiration romaine. En effet, leur politique se fondait plus sur l’idée d’une extension impérialiste de l’État que sur une vision commerciale du colonialisme. L’article de Krishan Kumar demeure l’un des plus importants sur la question. La réception de l’Histoire des colonies grecques aux Temps modernes fut avant tout le fruit d’une tentative de définition du colonialisme comme phénomène global, et d’une volonté de situer les nations européennes dans un contexte remontant aux origines de l’Occident. À l’heure où l’Europe amorçait sa domination sur la totalité de la planète, et où la course à la colonisation s’accélérait, la majorité des auteurs s’abritaient derrière l’image de thalassocraties antiques qui, si elles ne dénotaient pas un pouvoir politique centralisé, n’en contribuèrent pas moins à imposer la culture fondatrice de la pensée occidentale à tout le bassin méditerranéen. Quant aux guerres qui poussèrent les puissances antiques les unes contre les autres, elles ne faisaient qu’augurer des conflits à large échelle que furent les guerres franco-britanniques du XVIIIe siècle.

La loi applicable aux transferts de biens virtuels

Thèse réalisée en cotutelle avec l'université Paris1-Sorbonne

Mémoire de licence La réception du message donné dans Le Petit Prince : Une étude sur la réception et l’interprétation du message donné dans Le Petit Prince par Antoine de Saint-Exupéry chez l’adulte et l’enfant.

Le présent travail est une étude sur Le Petit Prince, d’Antoine de Saint-Exupéry. Le but principal du mémoire est d’analyser la réception du message chez le lecteur adulte et chez le lecteur enfant. Nous avons analysé comment l’enfant et l’adulte interprètent le message donné par l’oeuvre, parsemée d’images et d’allégories, des citations qui son devenues symboliques avec le temps. Ensuite, nous avons analysé les personnages dans le but d’interpréter leur sens symbolique. Pour réaliser cette recherche, nous avons regardé plusieurs interprétations allégoriques. Les résultats de notre étude nous ont permis d’affirmer que la réception du message n’est pas la même chez le lecteur adulte et le lecteur enfant. Les résultats de cette étude montrent enfin qu’il est trop difficile pour le lecteur enfant de comprendre le sens moral d’une image allégorique, tandis que le lecteur adulte est plus apte à interpréter l’image allégorique en s’appuyant sur son expérience de la lecture et de son expérience de la vie quotidienne. L’auteur utilise l’image symbolique dans la littérature pour montrer avec plus de clarté la condition humaine. En conclusion nous apprenons que Le Petit Prince nous fait réfléchir sur la vie de la façon plus profonde et philosophique.

Études in vivo et in vitro sur le potentiel néphroprotecteur de plantes médicinales anti-diabétiques de la pharmacopée traditionnelle des Cris de la Baie-James

Notre équipe a identifié le thé Labrador [Rhododendron groenlandicum L. (Ericaceae)] comme une plante potentiellement antidiabétique de la pharmacopée traditionnelle des Cris de la Baie James orientale. Dans la présente étude, nous avons évalué les effets néphroprotecteurs potentiels de la plante. De la microalbuminurie et de la fibrose rénale ont été développées chez des souris alimentées avec une diète grasse (DG). Le R. groenlandicum améliore d’une façon non-significative la microalbuminurie, avec des valeurs de l’aire sous la courbe (ACR) diminuant de 0.69 à 0.53. La valeur de la fibrose rénale qui était, à l’origine, de 4.85 unités arbitraires (UA) dans des souris alimentées à la DG, a chuté à 3.27 UA après avoir reçu un traitement de R. groenlandicum. Le R. groenlandicum a réduit la stéatose rénale de presque la moitié alors que l’expression du facteur de modification Bcl-2 (Bmf) a chuté de 13.96 UA à 9.43 UA. Dans leur ensemble les résultats suggèrent que le traitement avec R. groenlandicum peut améliorer la fonction rénale altérée par DG. Dans l’étude subséquente, notre équipe a identifié 17 espèces de la forêt boréale, de la pharmacopée traditionnelle des Cris de la Baie James orientale, qui ont présenté des activités biologiques prometteuses in vitro et in vivo dans le contexte du DT2. Nous avons maintenant examiné ces 17 extraits afin d’identifier lesquels possèdent un potentiel cytoprotecteur rénale en utilisant des cellules Madin Darby Canine Kidney (MDCK) mises à l’épreuve dans un médium hypertonique. Nous concluons que plusieurs plantes antidiabétiques Cris exercent une activité de protection rénale qui pourrait être pertinente dans le contexte de la néphropathie diabétique (ND) qui affecte une proportion importante des Cris. La G. hispidula et la A. balsamea sont parmi les plantes les plus puissantes dans ce contexte et elles semblent protectrices principalement en inhibant la caspase 9 dans la voie de signalisation apoptotique mitochondriale. Finalement, nous avons utilisé une approche de fractionnement guidée par un test biologique pour identifier les fractions actives et les composés de A. balsamea avec un potentiel de protection rénale in vitro dans des cellules MDCK mises au défi avec un médium hypertonique. La fraction d’hexane (Hex) possède le potentiel le plus élevé parmi toutes les fractions de solvant contre les dommages cellulaires induits par le stress hypertonique. Dans des études précédentes, trois composés purs ont été identifiés à partir de la fraction Hex, à savoir, l’acide abiétique, l’acide déhydroabiétique et le squalène. L’acide abiétique se distinguait par son effet puissant dans le maintien de la viabilité des cellules MDCK (AnnV-/PI-) à un niveau relativement élevé (augmentation de 25.48% relative au stress hypertonique, P<0.0001), ainsi qu’une réduction significative (diminution de 20.20% par rapport au stress hypertonique, P<0.0001) de l’apoptose de stade précoce (AnnV+/PI-). L’acide abiétique peut donc servir à normaliser les préparations traditionnelles d’A. balsamea et à trouver des applications potentielles dans le traitement de la néphropathie diabétique. Les trois études ont été intrinsèquement liées les unes aux autres, par conséquent, nous avons réussi à identifier R. groenlandicum ainsi que A. balsamea comme nouvelles plantes prometteuses contre la néphropathie diabétique. Nous croyons que ces résultats profiteront à la communauté crie pour la gestion des complications diabétiques, en particulier la néphropathie diabétique. En parallèle, nos données pourraient faire avancer l'essai clinique de certaines plantes médicinales de la pharmacopée traditionnelle des Cris de la Baie James orientale du Canada.

La consommation halal à l'épreuve de l'immigration : cas de la deuxième génération maghrébine en France

«Halal/ » : une prescription de la religion musulmane qui circonscrit ce qui est permis, mais surtout un marché en croissance exponentielle. Le marché du halal pèse près de 700 milliards de dollars de chiffre d’affaires annuel et intéresse 1,6 milliard de musulmans dans le monde (Bel Hadj, 2015). Entre 2014 et 2015, les dépenses alimentaires du monde musulman ont affiché une progression de 4,3% en atteignant 1158 milliards de dollars soit 16,7% des dépenses alimentaires de la planète . Ces dépenses dépasseront la barre symbolique des 2000 milliards de dollars d’ici 2025. En France, le marché est en constante croissance à deux chiffres (entre 17 à 20 % les cinq dernières années), il est estimé à 5,5 et 7 milliards d’euros par an .Face à l’évidence de l’ampleur et du potentiel du marché du halal dans le monde et en particulier en France, plusieurs tentatives d’élucidation du phénomène sont avancées. En observant de près les pratiques marketing, nous constatons un «déni» total des origines religieuses et une préférence pour la carte du purement ethnique. La recherche, quant à elle, reste fragmentée. Si dans certaines disciplines on préfère encore parler d’un phénomène purement religieux, d’autres tiennent encore à l’étiquette communautaire. Ce flou persiste avec la vision monochrome et surtout cloisonnée entre plusieurs domaines d’études. La recherche dans la discipline du comportement du consommateur, qu’elle s’intéresse à l’essence de la proscription religieuse ou qu’elle se focalise sur la dimension ethnique, n’investigue pas automatiquement toutes les raisons pour lesquelles un individu respecte les règles du halal. La sociologie semble être la discipline qui a su arpenter les chemins les plus sinueux pour tenter d’apporter plus de compréhension à ce phénomène qui ne cesse de prendre de l’envergure et d’attirer les controverses les plus acerbes. C’est aussi la discipline qui a su capturer l’évolution des générations d’immigrants et a su exprimer la complexité de l’expression alimentaire de la deuxième génération mais aussi le défi que relève la communauté maghrébine à cohabiter avec la stigmatisation. Cette deuxième génération d’«immigrants» maghrébins qui n’ont jamais immigré, décide de «manger pour croire » en «se nourrissant de nostalgie » pour une culture qu’ils vivent par procuration à défaut de pouvoir s’intégrer entièrement dans la société française. Il devenait pour nous fondamental de considérer cette pratique alimentaire dans une perspective plus large qui favorise l’élan de l’engagement et de la revendication identitaire affichée. Dans cette voie, et dans la ligne directrice des travaux en sociologie qui ont été notre principale inspiration tout au long de ce travail, notre projet s’inscrit dans une volonté de saisir cette consommation à travers un héritage à la fois culturel, migratoire, familial et une trajectoire propre à chaque individu. Pour arriver à cette fin, nous avons privilégié l’enquête par questionnaire (432 observations) auprès des immigrants de deuxième génération habitant la région parisienne. Pour l’analyse, nous avons opté pour les méthodes des équations structurelles, avec l’ambition de démêler la toile d’araignée à la fois culturelle, sociale et personnelle sans s’enliser dans les a priori, les polémiques et les partis pris. Pour ce faire, nous avons, tout au long de ce travail abordé le halal sous l’angle d’un fait religieux comportant de multiples facettes, à la fois collectives et individuelles, conservatrices et modernistes, désintéressées ou engagées. Nos résultats confirment cette relation de conviction étroite avec la consommation halal. Outre la religion, construit de prédilection des principales recherches en comportement du consommateur, le présent travail doctoral confirme les apports de certaines valeurs (sécurité, stimulation/hédonisme) de l’acculturation mais aussi de la socialisation alimentaire. Cette dernière a cristallisé l’impact de la composante comportementale de l’apprentissage sur la consommation, mais a surtout révélé l’impact de la composante affective sur cet apprentissage. Du côté de l’acculturation, seul l’attachement à la culture hôte a prouvé son influence négative sur la consommation alimentaire halal. Les polémiques récurrentes qui collent au halal nous ont également suggéré la voie de la confiance en la certification, qui a elle aussi confirmé qu’il s’agit désormais d’un phénomène de conscience, de revendication mais aussi d’un engagement responsable du consommateur pour harmoniser ce qu’il incorpore avec ce qu’il est.

Sistema avanzado de alarmas para el reactor RA6.

Los sistemas de alarmas constituyen un elemento clave en las plantas modernas de procesos industriales. A lo largo de los años, los mismos han ido evolucionando de la mano del importante desarrollo en la industria del software, para pasar de ser simples paneles de anunciación y lámparas cableadas hasta complejos sistemas inteligentes que asisten al operador en sus funciones de operación. En el desarrollo de este trabajo se planteó diseñar un Sistema Avanzado de Alarmas para el Reactor Nuclear de Investigación RA6 contemplando las nuevas tecnologías existentes para incorporar mejoras a la actual sala de control. Para ello se trabajó siguiendo la metodología propuesta por la guía de diseño de sistemas de alarmas ANSI / ISA- SP-18. Para asistir al diseño y la verificación del sistema se utilizó un modelo termohidráulico de la planta desarrollado en Matlab/Simulink. Entre las nuevas herramientas incorporadas en el prototipo final obtenido se pueden mencionar: creación de archivos históricos, asignación de prioridades, supresiones de alarmas según estado operativo, filtrado y agrupamiento de alarmas.

La dimension apocalyptique de l'écologisme- Al Gore et la crise de l'environnement

Dans un article publié en 1982, Danièle Hervieu-Léger établissait un rapprochement signi-ficatif entre l’idéologie apocalyptique née dans l’Antiquité avec l’apparition de la pensée juive et l’idéologie écologiste née dans les années 1970 en réaction à la crise environne-mentale. Selon cette auteure, il existerait une affinité élective entre l’idéologie apocalyp-tique religieuse, judéo-chrétienne, et l’idéologie apocalyptique sécularisée incorporée à l’idéologie écologiste. Bien plus qu’à un simple « catastrophisme » ambiant, l’idéologie écologiste obéirait donc à des schémas eschatologiques issus de l’imaginaire religieux occidental. Nous avons voulu vérifier si cette piste d’analyse était encore féconde. Pour ce faire, nous avons d’abord construit un idéal-type de l’idéologie apocalyptique nous permettant d’identifier les similitudes, mais aussi les différences fondamentales distinguant l’idéologie apocalyptique religieuse de l’idéologie apocalyptique sécularisée. En nous ba-sant sur la littérature spécialisée, nous avons découvert que les quatre caractéristiques centrales de cet idéal-type peuvent être : (1) l’idée de la fin du monde imminente, (2) la croyance en la détermination suprahumaine de l’histoire, (3) la conviction de l’urgence d’agir et (4) la division du monde en deux camps opposés (les bons et les mauvais). Ensuite, pour vérifier la présence cette hypothétique « apocalypse verte » dans l’imaginaire collectif, nous avons choisi un échantillon de la pensée écologiste nous per-mettant de noter l’influence de l’idéologie apocalyptique. Nous avons enfin procédé à une analyse de contenu de la dernière version du bestseller écologiste Earth in the Balance d’Al Gore, initialement paru en 1993 et réédité en français en 2007 sous le titre d’Urgence Planète Terre. Mots-clés : écologisme, apocalypse, idéologie, religion séculière, environnement.

Développement d’un système d’actionnement utilisant la combustion d’une source d’énergie chimique pour la robotique mobile

Les systèmes d’actionnement couramment utilisés sur les systèmes de robotiques mobiles tels que les exosquelettes ou les robots marcheurs sont majoritairement électriques. Les batteries couplées à des moteurs électriques souffrent toutefois d’une faible densité de stockage énergétique et une faible densité de puissance, ce qui limite l’autonomie de ces dispositifs pour une masse de système donnée. Une étude comparative des systèmes d’actionnement potentiels a permis de déterminer que l’utilisation d’une source d’énergie chimique permettait d’obtenir une densité de stockage énergétique supérieure aux batteries. De plus, il a été déterminé que l’utilisation de la combustion directement dans un actionneur pneumatique souple permettrait d’obtenir une densité de puissance beaucoup plus élevée que celle des moteurs électriques. La conception, la fabrication et la caractérisation de plusieurs types d’actionneurs pneumatiques pressurisés directement par la combustion d’une source d’énergie chimique ont permis d’évaluer la faisabilité de l’approche, dans un contexte de robotique mobile, plus précisément pour des tâches de locomotion. Les paramètres permettant d’obtenir une efficacité énergétique élevée ont été étudiés. Il a été démontré que le ratio de compression et le ratio d’expansion doivent être optimisés. De plus, comme les pertes thermiques sont le mécanisme de perte dominant, le ratio d’équivalence devrait être réduit au minimum. Parmi les carburants usuels, l’hydrogène permet d’atteindre les valeurs de ratio d’équivalence les plus faibles, ce qui en fait un choix de carburant idéal. Les résultats expérimentaux ont été utilisés pour corréler un modèle analytique d’un actionneur pneumatique à combustion. Ce modèle analytique est par la suite utilisé pour vérifier la faisabilité théorique de l’utilisation de l’approche d’actionnement pour fournir la puissance à un dispositif d’assistance à la locomotion.

Étude de l'intégrité du génome chloroplastique de l'orge (Hordeum vulgare) en culture de microspores isolées

Un enjeu actuel en biotechnologie est d’obtenir des plantes haploïdes doublées par la technique de la culture de microspores isolées (CMI). Pourtant, la CMI génère parfois une proportion importante de plantes albinos, laquelle peut atteindre 100 % chez certains cultivars. Des travaux antérieurs ont indiqué que des remaniements du génome chloroplastique seraient à l’origine de cet albinisme. Afin de mieux comprendre ce processus menant à l’albinisme, nous avons entrepris d’étudier l’intégrité du génome chloroplastique au sein de microspores d’orge et de plantes albinos via une approche de séquençage à grande échelle. L’ADN total extrait de microspores à un stade précoce de la CMI, d’une feuille de la plante-mère (témoin), et de feuilles albinos, a été séquencé et les séquences chloroplastiques ont été analysées. Ceci nous a permis de documenter pour la première fois une diminution de l’ADN chloroplastique chez les microspores. De plus une étude de variations structurales a démontré un abaissement généralisé de la quantité de génomes chloroplastiques chez les microspores. Enfin, d’importants remaniements du génome chloroplastique ont été observés chez les plantes albinos, révélant une forte abondance de génomes chloroplastiques altérés de forme linéaire.

Étude et décontamination du transcriptome de novo du nématode doré Globodera rostochiensis

Le nématode doré, Globodera rostochiensis, est un nématode phytoparasite qui peut infecter des plantes agricoles telles la pomme de terre, la tomate et l’aubergine. En raison des pertes de rendement considérables associées à cet organisme, il est justifiable de quarantaine dans plusieurs pays, dont le Canada. Les kystes du nématode doré protègent les œufs qu’ils contiennent, leur permettant de survivre (en état de dormance) jusqu’à 20 ans dans le sol. L’éclosion des œufs n’aura lieu qu’en présence d’exsudats racinaires d’une plante hôte compatible à proximité. Malheureusement, très peu de connaissances sont disponibles sur les mécanismes moléculaires liés à cette étape-clé du cycle vital du nématode doré. Dans cet ouvrage, nous avons utilisé la technique RNA-seq pour séquencer tous les ARNm d’un échantillon de kystes du nématode doré afin d’assembler un transcriptome de novo (sans référence) et d’identifier des gènes jouant un rôle dans les mécanismes de survie et d’éclosion. Cette méthode nous a permis de constater que les processus d’éclosion et de parasitisme sont étroitement reliés. Plusieurs effecteurs impliqués dans le mouvement vers la plante hôte et la pénétration de la racine sont induits dès que le kyste est hydraté (avant même le déclenchement de l’éclosion). Avec l’aide du génome de référence du nématode doré, nous avons pu constater que la majorité des transcrits du transcriptome ne provenaient pas du nématode doré. En effet, les kystes échantillonnés au champ peuvent contenir des contaminants (bactéries, champignons, etc.) sur leur paroi et même à l’intérieur du kyste. Ces contaminants seront donc séquencés et assemblés avec le transcriptome de novo. Ces transcrits augmentent la taille du transcriptome et induisent des erreurs lors des analyses post-assemblages. Les méthodes de décontamination actuelles utilisent des alignements sur des bases de données d’organismes connus pour identifier ces séquences provenant de contaminants. Ces méthodes sont efficaces lorsque le ou les contaminants sont connus (possède un génome de référence) comme la contamination humaine. Par contre, lorsque le ou les contaminants sont inconnus, ces méthodes deviennent insuffisantes pour produire un transcriptome décontaminé de qualité. Nous avons donc conçu une méthode qui utilise un algorithme de regroupement hiérarchique des séquences. Cette méthode produit, de façon récursive, des sous-groupes de séquences homogènes en fonction des patrons fréquents présents dans les séquences. Une fois les groupes créés, ils sont étiquetés comme contaminants ou non en fonction des résultats d’alignements du sous-groupe. Les séquences ambiguës ayant aucun ou plusieurs alignements différents sont donc facilement classées en fonction de l’étiquette de leur groupe. Notre méthode a été efficace pour décontaminer le transcriptome du nématode doré ainsi que d’autres cas de contamination. Cette méthode fonctionne pour décontaminer un transcriptome, mais nous avons aussi démontré qu’elle a le potentiel de décontaminer de courtes séquences brutes. Décontaminer directement les séquences brutes serait la méthode de décontamination optimale, car elle minimiserait les erreurs d’assemblage.

Aspectos biológicos y epidemiológicos de enfermedades del tabaco causadas por Rhizoctonia solani, en el noroeste argentino

Las enfermedades en tabaco (Nicotiana tabacum L.), causadas por Rhizoctonia solani Künh, y en importancia de prevalencia la podredumbre radicular, son las enfermedades que causan mayores pérdidas en la producción. Cuanto mayor es el conocimiento de todas las características de una epidemia, más completa es la visión de la estructura del comportamiento del patosistema para poder desarrollar estrategias de manejo de la enfermedad. Por ello este trabajo de tesis se planteó diferentes objetivos, determinar la modelización espacial de la enfermedad en las provincias de Salta y Jujuy, obteniendo por geoestadística una distribución agregada en el inicio de la epidemia y aleatoria en con el avance temporal, ajustándose al modelo exponencial, asociado a factores de manejo y ambientales. Asimismo se realizó un análisis de las secuencias de ADNr-ITS, morfología y pruebas de patogenicidad que permitieron la identificación de R. solani AG 4 HG-I, AG 2-1 y AG 4 HG-III como causantes de enfermedad en tabaco en el NOA. En los aislamientos determinados como R.solani, los marcadores ISSR permitieron detectar gran variabilidad genética, la cual estaría influenciada por la existencia de diferentes factores como ser el flujo génico por dispersión de propagulos y las prácticas de manejo. Finalmente el análisis de la dinámica temporal de epidemias permitió interpretar y entender el comportamiento de la enfermedad en diferentes materiales genéticos de tabaco, generando una importante base de información para la toma de decisiones en la generación de una estrategia de manejo de la patología. La información generada contribuye al conocimiento del sistema epidemiológico y recalca la necesidad de encarar estudios que integren a la unidad de producción a un contexto regional, teniendo en cuenta que el patosistema debe ser abordado como parte reconocida de una complejidad biológica intrínseca a la sanidad.