Genometrics as an essential tool for the assembly of whole genome sequences: the example of the chromosome of Bifidobacterium longum NCC2705.

BACKGROUND: Analysis of the first reported complete genome sequence of Bifidobacterium longum NCC2705, an actinobacterium colonizing the gastrointestinal tract, uncovered its proteomic relatedness to Streptomyces coelicolor and Mycobacterium tuberculosis. However, a rapid scrutiny by genometric methods revealed a genome organization totally different from all so far sequenced high-GC Gram-positive chromosomes. RESULTS: Generally, the cumulative GC- and ORF orientation skew curves of prokaryotic genomes consist of two linear segments of opposite slope: the minimum and the maximum of the curves correspond to the origin and the terminus of chromosome replication, respectively. However, analyses of the B. longum NCC2705 chromosome yielded six, instead of two, linear segments, while its dnaA locus, usually associated with the origin of replication, was not located at the minimum of the curves. Furthermore, the coorientation of gene transcription with replication was very low. Comparison with closely related actinobacteria strongly suggested that the chromosome of B. longum was misassembled, and the identification of two pairs of relatively long homologous DNA sequences offers the possibility for an alternative genome assembly proposed here below. By genometric criteria, this configuration displays all of the characters common to bacteria, in particular to related high-GC Gram-positives. In addition, it is compatible with the partially sequenced genome of DJO10A B. longum strain. Recently, a corrected sequence of B. longum NCC2705, with a configuration similar to the one proposed here below, has been deposited in GenBank, confirming our predictions. CONCLUSION: Genometric analyses, in conjunction with standard bioinformatic tools and knowledge of bacterial chromosome architecture, represent fast and straightforward methods for the evaluation of chromosome assembly.

Mélanges de Peiresc.

Litanies de S. Victor de Marseille (1). - Vie de s. Trophyme (5). - Philippus Cabassole, de B. M. Magdalena (7). - Lettres sur l'ancienne division de la Gaule (9 v°). - Notice de Besly sur la chronique de Julius Florus (15). - Antiquité des séparations dans les églises (17). - Commencement d'un traité historique sur les évêchés d'Angleterre (22). - Notes autographes de Peiresc sur des antiquités chrétiennes de Vienne (28). - Mémoires sur Embrun (32, 55 v°, 94 v°), le Dauphiné, le Comtat, la Provence, le Languedoc, les évêques de Digne (60 v°), de Sisteron (63) et de Vence (68 v°), Avignon (76), les évêques de Marseille (92), et ceux de Fréjus (95). - Vita b. Lamberti, ep. Venciensis (68 v°). - Origines de l'église de Reims (96). - Antiquités d'Orange (110). - Droits du roi en Bourgogne (140). - Pont du S. Esprit (153). - Seigneurie de Sault (154 v°). - Notes et documents généalogiques. - Copies de lettres et de documents du XVII s. - Idea sive designatio aliquot operum quae Jo. Ba. Donius partim absolvit partim incaepit (236). - Copie des anciens priviléges de l'église d'Arles (254).

Practica Antonii Guainerii papiensis doctoris preclarissimi et opera omnia ([Reprod.])

Collection : Italian books before 1601 ; 505.2

VOLUMES RELIES du Cabinet des titres : recherches de noblesse, armoriaux, preuves, histoires généalogiques. « Histoire généalogique de la noble et ancienne famille surnommée Van Aelst, originaire de la ville de Eynd-Hoven, et descendue de celle de Roovere,... 1664 ».

Carte de la seigneurie et nombreux blasons peints. — Il y a une table alphabétique des noms en tête du volume.

VOLUMES RELIES du Cabinet des titres : recherches de noblesse, armoriaux, preuves, histoires généalogiques. « La dessente et filiation des seigneurs du Puy du Fou, au bas Poitou, prouvée par titres..., recueilli par les soins de Mre Gabriel, dernier marquis du nom, et des armes DU PUY DU FOU. » (1668).

A la suite : « Généalogie de l'ancienne et illustre maison de La Rochefoucaud,... par André DUCHESNE, géographe du Roy. »

VOLUMES RELIES du Cabinet des titres : recherches de noblesse, armoriaux, preuves, histoires généalogiques. « Catalogue des noms, surnoms et armes des pages qui ont été receus dans la Grande-Escurie du Roy, depuis l'an 1667, sur les preuves faites par M. d'Hozier ; ledit catalogue commencé en 1685, » jusqu'en 1689.

Il y a une table alphabétique des noms en tête du volume.