Analisi multiscala e multitemporale con immagini telerilevate per la regione della Siria interna settentrionale

La Siria interna settentrionale rappresenta un’area di grande interesse dal punto di vista degli studi storico – archeologici. Da decenni, infatti, in questa zona si susseguono molteplici campagne di scavi archeologici e numerosi progetti di ricerca finalizzati alla ricostruzione ed alla caratterizzazione del paesaggio antico della Siria interna settentrionale. E’ proprio all’interno di tale contesto che si inquadra il presente lavoro di tesi, che vuol essere uno strumento di supporto interdisciplinare per le attività e le ricerche sotto differenti e molteplici punti di vista: ingegneristico, archeologico, geologico ed agrario. L’obiettivo principale di questo elaborato riguarda l’analisi e l’inquadramento del territorio della Siria interna settentrionale, attraverso l’impiego delle immagini satellitari e con il supporto dei dati presenti in letteratura, al fine di produrre una classificazione dell’area di interesse. Per permettere una migliore caratterizzazione del territorio, i risultati ottenuti sono inoltre valutati e comparati utilizzando differenti scale temporali e spaziali. Tali analisi hanno per loro natura un carattere multitemporale, con l’obiettivo di valutare le principali trasformazioni del territorio, analizzando in particolar modo il processo di urbanizzazione ed il differente utilizzo del suolo verificatisi negli ultimi 20 anni. Le analisi sono inoltre condotte su scale territoriali differenti, permettendo così di creare un database georeferenziato multiscala, che sia di supporto allo studio di questo territorio. Il lavoro ha comportato la messa a punto di procedure specifiche e l’applicazione di numerosi e diversi metodi propri del Telerilevamento ottico. A completamento delle elaborazioni di inquadramento del territorio della Siria interna settentrionale, è stato anche realizzato un layer relativo alla sismicità dell’area, che come noto presenta storicamente una forte attività sismica, con la organizzazione in ambiente GIS dei dati relativi ai principali sistemi di faglia presenti nell’area.

Utilizzo delle bande dell’Infrarosso Termico in tecniche di remote sensing per applicazioni in ambito urbano

Il presente studio si concentra sulle diverse applicazioni del telerilevamento termico in ambito urbano. Vengono inizialmente descritti la radiazione infrarossa e le sue interazioni con l’atmosfera terrestre, le leggi principali che regolano lo scambio di calore per irraggiamento, le caratteristiche dei sensori e le diverse applicazioni di termografia. Successivamente sono trattati nel dettaglio gli aspetti caratteristici della termografia da piattaforma satellitare, finalizzata principalmente alla valutazione del fenomeno dell'Urban Heat Island; vengono descritti i sensori disponibili, le metodologie di correzione per gli effetti atmosferici, per la stima dell'emissività delle superfici e per il calcolo della temperatura superficiale dei pixels. Viene quindi illustrata la sperimentazione effettuata sull'area di Bologna mediante immagini multispettrali ASTER: i risultati mostrano come sull'area urbana sia riscontrabile la presenza dell'Isola di Calore Urbano, anche se la sua quantificazione risulta complessa. Si procede quindi alla descrizione di potenzialità e limiti della termografia aerea, dei suoi diversi utilizzi, delle modalità operative di rilievo e degli algoritmi utilizzati per il calcolo della temperatura superficiale delle coperture edilizie. Tramite l’analisi di alcune esperienze precedenti vengono trattati l’influenza dell’atmosfera, la modellazione dei suoi effetti sulla radianza rilevata, i diversi metodi per la stima dell’emissività. Viene quindi introdotto il progetto europeo Energycity, finalizzato alla creazione di un sistema GeoWeb di supporto spaziale alle decisioni per la riduzione di consumi energetici e produzione di gas serra su sette città dell'Europa Centrale. Vengono illustrate le modalità di rilievo e le attività di processing dei datasets digitali per la creazione di mappe di temperatura superficiale da implementare nel sistema SDSS. Viene infine descritta la sperimentazione effettuata sulle immagini termiche acquisite nel febbraio 2010 sulla città di Treviso, trasformate in un mosaico georiferito di temperatura radiometrica tramite correzioni geometriche e radiometriche; a seguito della correzione per l’emissività quest’ultimo verrà trasformato in un mosaico di temperatura superficiale.

La città di Trento tra Tardo Antico e Alto Medio Evo: la genesi della città medievale e lo spazio del sacro.

Lo scavo della chiesa di Santa MAria Maggiore ha permesso di acquisire nuove importanti informazioni sulla storia della città di Trento, sulla città tardo antica e sul processo di cristianizzazione. Il primo impianto ecclesiastico, datato a dopo la metà del V d. C. secolo, sorge su un precedente impianto termale realizzato intorno al II secolo d. C. ed appare caratterizzato da un forte carattere monumentale. La chiesa, a tre navate, presentava un presbiterio rialzato decorato in una prima fase da un opus sectile poi sostituito nel VI secolo da un mosaico policromo. Sono state rinvenute inoltre, parti consistenti della decorazione architettonica di fine VIII secolo pertinente questo stesso impianto che non subirà importanti modifiche fino alla realizzazione del successivo edificio di culto medievale, meno esteso e dai caratteri decisamente meno monumentali, caratterizzato dalla presenza di un esteso campo cimiteriale rinvenuto a nord della chiesa. A questo impianto ne succede un terzo, probabilmente a due navate, e dalla ricca decorazione pittorica demolito in età tardo rinascimentale per la realizzazione della chiesa attuale.

Solutions to common issues in widefield microscopy: vignetting, mosaicing and depth of focus

In this thesis we have developed solutions to common issues regarding widefield microscopes, facing the problem of the intensity inhomogeneity of an image and dealing with two strong limitations: the impossibility of acquiring either high detailed images representative of whole samples or deep 3D objects. First, we cope with the problem of the non-uniform distribution of the light signal inside a single image, named vignetting. In particular we proposed, for both light and fluorescent microscopy, non-parametric multi-image based methods, where the vignetting function is estimated directly from the sample without requiring any prior information. After getting flat-field corrected images, we studied how to fix the problem related to the limitation of the field of view of the camera, so to be able to acquire large areas at high magnification. To this purpose, we developed mosaicing techniques capable to work on-line. Starting from a set of overlapping images manually acquired, we validated a fast registration approach to accurately stitch together the images. Finally, we worked to virtually extend the field of view of the camera in the third dimension, with the purpose of reconstructing a single image completely in focus, stemming from objects having a relevant depth or being displaced in different focus planes. After studying the existing approaches for extending the depth of focus of the microscope, we proposed a general method that does not require any prior information. In order to compare the outcome of existing methods, different standard metrics are commonly used in literature. However, no metric is available to compare different methods in real cases. First, we validated a metric able to rank the methods as the Universal Quality Index does, but without needing any reference ground truth. Second, we proved that the approach we developed performs better in both synthetic and real cases.

Dispositivi per la diagnostica basati su biomembrana lipidica artificiale

Il presente elaborato ha lo scopo di descrivere le principali caratteristiche e applicazioni delle biomembrane lipidiche artificiali utilizzate nel campo biochimico e biomedico. Nel Capitolo 1. viene presentata una panoramica generale della membrana cellulare, descrivendo la sua struttura a “mosaico fluido” e i principali componenti che la costituiscono, cioè i lipidi e le proteine transmembrana. Viene quindi descritto uno dei ruoli fondamentali della membrana cellulare, ovvero il trasporto di soluti all’interno e all’esterno della cellula. Vengono schematizzate le tipologie di trasporto, attivo e passivo, e la funzione dei canali ionici, un particolare tipo di proteina transmembrana che permette il passaggio selettivo di ioni dall'esterno all'interno della cellula o viceversa. Il Capitolo 2. si focalizza sui principali modelli di biomembrane lipidiche artificiali. Infatti, a seconda del tipo di metodo e di materiale utilizzato, è possibile ottenere dei prototipi che differiscono per caratteristiche e funzionalità. Verranno illustrate le membrane lipidiche nere (BLM), i doppi strati lipidici (bilayer) con supporto solido (SLB), i bilayer lipidici ibridi e i doppi strati con ammortizzatore polimerico. Per ognuna di queste biomembrane artificiali verranno analizzati i metodi di formazione e gli utilizzi in campo biomedico. Verranno poi descritti i metodi di incorporazione delle proteine nel doppio strato lipidico e le tecniche per stabilizzare il bilayer e realizzare una piattaforma sensoriale. Nel Capitolo 3 verranno presentate le principali applicazioni che utilizzano membrane artificiali, sia per lo studio dei principali processi cellulari di membrana e screening dei farmaci sia per la realizzazione di piattaforme sensorizzate. Infine nel Capitolo 4. si considereranno le innovazioni attese nel campo delle biomembrane artificiali anticipando le loro potenziali applicazioni future. Infatti, le prospettive in questo campo sono molto promettenti soprattutto per quel che riguarda lo screening di nuovi farmaci.

Letteratura Pulp. Proposta di traduzione di alcuni capitoli di "Einsamkeit und Sex und Mitleid" di Helmut Krausser

Questo lavoro è volto a far conoscere l'opera dello scrittore H. Krausser "Einsamkeit und Sex und Mitleid" e il genere Pulp. Ho voluto approfondire alcune caratteristiche di questo genere perché è ancora poco conosciuto, dato che questa corrente letteraria è nata soltanto negli anni Novanta. Nella prima parte dell'elaborato ho inserito una breve presentazione del genere per spiegare l'origine del termine pulp e descrivere le caratteristiche principali che lo definiscono. In modo particolare mi sono concentrato sulla sua diffusione in Italia attraverso la corrente dei cannibali, indicandone i principali esponenti. Successivamente ho presentato l'autore Helmut Krausser che, attraverso un accurato lavoro letterario, è stato in grado di mettere insieme un mosaico di personaggi sparsi per la metropoli di Berlino. Julia König è una donna ambiziosa ed esigente, Vincent è un gigolò rinomato, Ekki un ex professore ridotto alla miseria, Swentja una giovane ragazza contesa tra due giovani e incapace di badare a sua sorella. Questi sono solo alcuni dei personaggi presenti nell'opera. Questo libro risultava interessante sul piano traduttivo poiché gli spunti da analizzare erano molteplici e, a mio avviso, intriganti. Visto l'ampio numero di personaggi, l'opera di H. Krausser è incentrata sul dialogo. Si tratta di una tipologia testuale che all'apparenza potrebbe sembrare semplice e lineare, ma in realtà può rivelarsi insidiosa per la traduzione. Infatti, non è semplice restituire la stessa spontaneità del testo di partenza e trasmettere in maniera fedele il registro tipico dell'oralità. Ho ritenuto opportuno analizzare questo genere letterario per le peculiarità che lo contraddistinguono dagli altri. Con i suoi toni crudi, violenti e talvolta anche cinici il pulp offre immagini di realtà drammatiche che producono un forte impatto emotivo sul lettore grazie a uno stile diretto, privo dei filtri della moralità e del pudore.

Prácticas políticas y tensiones internas en la experiencia peronista mendocina (1972-1974)

En el presente artículo se describen los factores que provocaron Ias rivalidades y tensiones internas en el Peronismo Mendocino, lo que causó la caída del gobierno de Alberto Martínez Baca - Carlos Mendoza. En este proceso se interrelacionan diferentes actores: la ofensiva extrapartidaria, el movimiento obrero, los jóvenes revolucionarios, los políticos verticalistas, etc. Para ello se comienza presentando el mosaico partidario mendocino en el proceso que desemboca en la transición democrática de 1973. Básicamente, se pone de manifiesto, la interacción entre el Partido Demócrata y el régimen militar, el sesgo moderado de la UCR local, y la conflictiva heterogeneidad del peronismo. Con grandes dificultades para solucionar sus diferencias a través de canales institucionales, pero al mismo tiempo con una dinámica de intensa politización. Por eso, se plantean algunas observaciones sobre las características de la radicalización juvenil, y, se ofrece una breve reconstrucción historiográfica del movimiento obrero mendocino desde una perspectiva de análisis que tiene en cuenta centralmente, dos aspectos: su relación con el liderazgo carismático de Perón, y su relación -ambivalente- con los gobiernos de la "Revolución Argentina". La búsqueda de la desperonización del país, la puja por tratar de captar los votos otrora peronistas, las ansias individuales al abrirse eI mercado eIectoral, la división de posiciones u opiniones frente a Ios gobiernos autoritarios, y la radicalización social, trajo aparejado una profundización de la crisis interna. Crisis que se vio reflejada en el proceso que condujo a la elección de Alberto Martínez Baca y Carlos Mendoza como candidatos a la gobernación, poniendo de manifiesto la influencia de los sectores identificados con el "peronismo revolucionario" y la ofensiva de la "derecha peronista". Su corolario: la intervención a los tres poderes de la provincia.

Proceso de expansión urbana, actores y desigualdades

Este artículo busca analizar el proceso de expansión urbana de la ciudad de San Carlos de Bariloche, desde un enfoque de la especialidad y la temporalidad, con miras a comprender, desde sus lógicas de crecimiento, el actual contexto de profunda desigualdad urbana. Los distintos actores hegemónicos, los cuales fueron cambiando a lo largo del tiempo, han marcado el pulso de la urbanización, la expansión del ejido municipal y la aprobación de los loteos que contribuyeron a un crecimiento acelerado, descontrolado y especulativo. Entre ellos se destaca el Estado que desde distintas esferas instituciones, jurisdiccionales y funcionales, ostenta con determinado protagonismo su rol doble como agente y árbitro. Este estudio se ha realizado a partir de un profundo rastreo y análisis de fuentes documentales, muchas inéditas, vinculadas al desarrollo urbano barilochense, desde su fundación en 1902 hasta 2010. Así, con rupturas y continuidades, el crecimiento de esta ciudad media da cuenta de la notable importancia del estudio de los factores que definen modelos de desarrollo urbanos para comprender la complejidad del mosaico urbano actual y su posible mejoramiento.

Modular las voces para llegar a la Historia : Una lectura de 'Bilbao Song', de José Agustín Goytisolo

El artículo se propone a discutir el entrelace entre historia, poesía y ciudad en la obra Taller de arquitectura, de José Agustín Goytisolo, especialmente en su poema 'Bilbao song'. Integrante de la denominada generación de los 50, Goytisolo demostró, frecuentemente, gran preocupación sobre la condición del hombre en la sociedad moderna y su vida en las grandes ciudades. Taller de arquitectura es una obra representativa en el contexto de sus reflexiones sobre el hombre y su entorno. En nuestro texto discutiremos como el poeta articula distintas visiones de la ciudad de Bilbao con los discursos que surgen a lo largo del poema. Para emprender dicha discusión, proponemos un recorrido por la historia política, social y estética del final de los años 60 y principios de los 70 en España, a fin de examinar los procedimientos poéticos utilizados por el autor en la configuración de las relaciones entre historia, poesía y sociedad presentes en 'Bilbao song'. Expondremos como el autor aprehende y modula las voces de 'Bilbao song' utilizándose de la yuxtaposición de imágenes, de historias y de ritmos, para componer un mosaico que revela las diversas caras de la ciudad y de sus gentes bajo el cielo de la dictadura franquista

Modular las voces para llegar a la Historia : Una lectura de 'Bilbao Song', de José Agustín Goytisolo

El artículo se propone a discutir el entrelace entre historia, poesía y ciudad en la obra Taller de arquitectura, de José Agustín Goytisolo, especialmente en su poema 'Bilbao song'. Integrante de la denominada generación de los 50, Goytisolo demostró, frecuentemente, gran preocupación sobre la condición del hombre en la sociedad moderna y su vida en las grandes ciudades. Taller de arquitectura es una obra representativa en el contexto de sus reflexiones sobre el hombre y su entorno. En nuestro texto discutiremos como el poeta articula distintas visiones de la ciudad de Bilbao con los discursos que surgen a lo largo del poema. Para emprender dicha discusión, proponemos un recorrido por la historia política, social y estética del final de los años 60 y principios de los 70 en España, a fin de examinar los procedimientos poéticos utilizados por el autor en la configuración de las relaciones entre historia, poesía y sociedad presentes en 'Bilbao song'. Expondremos como el autor aprehende y modula las voces de 'Bilbao song' utilizándose de la yuxtaposición de imágenes, de historias y de ritmos, para componer un mosaico que revela las diversas caras de la ciudad y de sus gentes bajo el cielo de la dictadura franquista

Modular las voces para llegar a la Historia : Una lectura de 'Bilbao Song', de José Agustín Goytisolo

El artículo se propone a discutir el entrelace entre historia, poesía y ciudad en la obra Taller de arquitectura, de José Agustín Goytisolo, especialmente en su poema 'Bilbao song'. Integrante de la denominada generación de los 50, Goytisolo demostró, frecuentemente, gran preocupación sobre la condición del hombre en la sociedad moderna y su vida en las grandes ciudades. Taller de arquitectura es una obra representativa en el contexto de sus reflexiones sobre el hombre y su entorno. En nuestro texto discutiremos como el poeta articula distintas visiones de la ciudad de Bilbao con los discursos que surgen a lo largo del poema. Para emprender dicha discusión, proponemos un recorrido por la historia política, social y estética del final de los años 60 y principios de los 70 en España, a fin de examinar los procedimientos poéticos utilizados por el autor en la configuración de las relaciones entre historia, poesía y sociedad presentes en 'Bilbao song'. Expondremos como el autor aprehende y modula las voces de 'Bilbao song' utilizándose de la yuxtaposición de imágenes, de historias y de ritmos, para componer un mosaico que revela las diversas caras de la ciudad y de sus gentes bajo el cielo de la dictadura franquista

Bosques y matorrales mediterráneos continentales

Los bosques y matorrales mediterráneos continentales españoles son ecosistemas muy originales. Lo son porque, siendo relativamente abundantes en España, están muy escasamente representados en Europa y el resto del mundo. También por sus altos niveles de endemicidad (taxones exclusivos) y biodiversidad (especies y variantes genéticas infraespecíficas, ecotonos y paisajes en mosaico). Porque son ecosistemas modelados por la acción humana desde hace milenios (paisajes culturales) y, como consecuencia, atesoran un valiosísimo patrimonio cultural. Porque, también por ello, su persistencia, y la de los servicios que proporcionan a la sociedad, dependen de esos modelos tradicionales de gestión. Incluso porque, al contrario de lo que sucede en otros ecosistemas, no están amenazados por el incremento de la población humana y la sobre-explotación sino por todo lo contrario: el abandono de la gestión y la desertización, o despoblación humana. La conservación de los bosques y matorrales mediterráneos continentales pasa por la búsqueda de nuevas alternativas de gestión extensiva, diversificada y eficiente (modelos tradicionales o similares) que permitan mantener una población humana suficientemente densa, activa e integrada (Desarrollo Rural Sostenido) que pueda garantizar la persistencia de los elementos y procesos ecológicos básicos de su entorno natural.

Conflictos de la ciudad contemporánea: un sondeo internacional

Este sondeo reúne los resultados de un cuestionario realizado a una serie de académicos y profesionales de referencia en disciplinas relacionadas con la ciudad y el gobierno de sus procesos — planificación urbana, geografía, sociología y antropología. El cuestionario incluía cuatro preguntas sencillas y directas. ¿Cuáles son los principales conflictos de la ciudad contemporánea? ¿Cuáles son los campos de acción clave para resolverlos? ¿De qué modo puede contribuir su disciplina a dicho empeño? ¿Podría mencionar algún ejemplo relevante de ese tipo de iniciativas? El resultado es un mosaico plural y multidisciplinar de miradas a nuestras formaciones urbanas del que emergen una serie de líneas generales de trabajo y un abanico de campos para futuras intervenciones. This survey shows the results of a questionnaire including a series of key scholars and professionals in fields related to urban processes and planning — town planning, geography, sociology and anthropology. The questionnaire raised four simple, straightforward questions. What are the most pressing conflicts of contemporary cities? What are the main fields of action for solving them? How can your discipline contribute with respect to this task? Could you mention an intervention that could serve as an example of that line of work? The result is a plural and multidisciplinary perspective on our urban formations, from which a series of research and work lines emerges.

Coevolución virus-planta: impacto de las infecciones virales en poblaciones silvestres de Chiltepín (capsicum annuum var. Aviculare (dierbach) d’arcy & eshbaugh) en México.

El impacto negativo que tienen los virus en las plantas hace que estos puedan ejercer un papel ecológico como moduladores de la dinámica espacio-temporal de las poblaciones de sus huéspedes. Entender cuáles son los mecanismos genéticos y los factores ambientales que determinan tanto la epidemiología como la estructura genética de las poblaciones de virus puede resultar de gran ayuda para la comprensión del papel ecológico de las infecciones virales. Sin embargo, existen pocos trabajos experimentales que hayan abordado esta cuestión. En esta tesis, se analiza el efecto de la heterogeneidad del paisaje sobre la incidencia de los virus y la estructura genética de sus poblaciones. Asimismo, se explora como dichos factores ambientales influyen en la importancia relativa que los principales mecanismos de generación de variabilidad genética (mutación, recombinación y migración) tienen en la evolución de los virus. Para ello se ha usado como sistema los begomovirus que infectan poblaciones de chiltepín (Capsicum annuum var. aviculare (Dierbach) D´Arcy & Eshbaugh) en México. Se analizó la incidencia de diferentes virus en poblaciones de chiltepín distribuidas a lo largo de seis provincias biogeográficas, representando el área de distribución de la especie en México, y localizadas en hábitats con diferente grado de intervención humana: poblaciones sin intervención humana (silvestres); poblaciones toleradas (lindes y pastizales), y poblaciones manejadas por el hombre (monocultivos y huertos familiares). Entre los virus analizados, los begomovirus mostraron la mayor incidencia, detectándose en todas las poblaciones y años de muestreo. Las únicas dos especies de begomovirus que se encontraron infectando al chiltepín fueron: el virus del mosaico dorado del chile (Pepper golden mosaic virus, PepGMV) y el virus huasteco del amarilleo de venas del chile (Pepper huasteco yellow vein virus, PHYVV). Por ello, todos los análisis realizados en esta tesis se centran en estas dos especies de virus. La incidencia de PepGMV y PHYVV, tanto en infecciones simples como mixtas, aumento cuanto mayor fue el nivel de intervención humana en las poblaciones de chiltepín, lo que a su vez se asoció con una menor biodiversidad y una mayor densidad de plantas. Además, la incidencia de infecciones mixtas, altamente relacionada con la presencia de síntomas, fue también mayor en las poblaciones cultivadas. La incidencia de estos dos virus también varió en función de la población de chiltepín y de la provincia biogeográfica. Por tanto, estos resultados apoyan una de las hipótesis XVI clásicas de la Patología Vegetal según la cual la simplificación de los ecosistemas naturales debida a la intervención humana conduce a un mayor riesgo de enfermedad de las plantas, e ilustran sobre la importancia de la heterogeneidad del paisaje a diferentes escalas en la determinación de patrones epidemiológicos. La heterogeneidad del paisaje no solo afectó a la epidemiología de PepGMV y PHYVV, sino también a la estructura genética de sus poblaciones. En ambos virus, el nivel de diferenciación genética mayor fue la población, probablemente asociado a la capacidad de migración de su vector Bemisia tabaci; y en segundo lugar la provincia biogeográfica, lo que podría estar relacionado con el papel del ser humano como agente dispersor de PepGMV y PHYVV. La estima de las tasas de sustitución nucleotídica de las poblaciones de PepGMV y PHYVV mostró una rápida dinámica evolutiva. Los árboles filogenéticos de ambos virus presentaron una topología en estrella, lo que sugiere una expansión reciente en las poblaciones de chiltepín. La reconstrucción de los patrones de migración de ambos virus indicó que ésta expansión parece haberse producido desde la zona central de México siguiendo un patrón radial, y en los últimos 30 años. Es importante tener en cuenta que el patrón espacial de la diversidad genética de las poblaciones de PepGMV y PHYVV es similar al descrito previamente para el chiltepín lo que podría dar lugar a la congruencia de las genealogías del huésped y la de los virus. Dicha congruencia se encontró cuando se tuvieron en cuenta únicamente las poblaciones de hábitats silvestres y tolerados, lo que probablemente se debe a una codivergencia en el espacio pero no en el tiempo, dado que la evolución de virus y huésped han ocurrido a escalas temporales muy diferentes. Finalmente, el análisis de la frecuencia de recombinación en PepGMV y PHYVV indicó que esta juega un papel importante en la evolución de ambos virus, dependiendo su importancia del nivel de intervención humana de la población de chiltepín. Este factor afectó también a la intensidad de la selección a la que se ven sometidos los genomas de PepGMV y PHYVV. Los resultados de esta tesis ponen de manifiesto la importancia que la reducción de la biodiversidad asociada al nivel de intervención humana de las poblaciones de plantas y la heterogeneidad del paisaje tiene en la emergencia de nuevas enfermedades virales. Por tanto, es necesario considerar estos factores ambientales a la hora de comprender la epidemiologia y la evolución de los virus de plantas.XVII SUMMARY Plant viruses play a key role as modulators of the spatio-temporal dynamics of their host populations, due to their negative impact in plant fitness. Knowledge on the genetic and environmental factors that determine the epidemiology and the genetic structure of virus populations may help to understand the ecological role of viral infections. However, few experimental works have addressed this issue. This thesis analyses the effect of landscape heterogeneity in the prevalence of viruses and the genetic structure of their populations. Also, how these environmental factors influence the relative importance of the main mechanisms for generating genetic variability (mutation, recombination and migration) during virus evolution is explored. To do so, the begomoviruses infecting chiltepin (Capsicum annuum var. aviculare (Dierbach) D'Arcy & Eshbaugh) populations in Mexico were used. Incidence of different viruses in chiltepin populations of six biogeographical provinces representing the species distribution in Mexico was determined. Populations belonged to different habitats according to the level of human management: populations with no human intervention (Wild); populations naturally dispersed and tolerated in managed habitats (let-standing), and human managed populations (cultivated). Among the analyzed viruses, the begomoviruses showed the highest prevalence, being detected in all populations and sampling years. Only two begomovirus species infected chiltepin: Pepper golden mosaic virus, PepGMV and Pepper huasteco yellow vein virus, PHYVV. Therefore, all the analyses presented in this thesis are focused in these two viruses. The prevalence of PepGMV and PHYVV, in single and mixed infections, increased with higher levels of human management of the host population, which was associated with decreased biodiversity and increased plant density. Furthermore, cultivated populations showed higher prevalence of mixed infections and symptomatic plants. The prevalence of the two viruses also varied depending on the chiltepin population and on the biogeographical province. Therefore, these results support a classical hypothesis of Plant Pathology stating that simplification of natural ecosystems due to human management leads to an increased disease risk, and illustrate on the importance of landscape heterogeneity in determining epidemiological patterns. Landscape heterogeneity not only affected the epidemiology of PepGMV and PHYVV, but also the genetic structure of their populations. Both viruses had the highest level of genetic differentiation at the population scale, probably associated with the XVIII migration patterns of its vector Bemisia tabaci, and a second level at the biogeographical province scale, which could be related to the role of humans as dispersal agents of PepGMV and PHYVV. The estimates of nucleotide substitution rates of the virus populations indicated rapid evolutionary dynamics. Accordingly, phylogenetic trees of both viruses showed a star topology, suggesting a recent diversification in the chiltepin populations. Reconstruction of PepGMV and PHYVV migration patterns indicated that they expanded from central Mexico following a radial pattern during the last 30 years. Importantly, the spatial genetic structures of the virus populations were similar to that described previously for the chiltepin, which may result in the congruence of the host and virus genealogies. Such congruence was found only in wild and let-standing populations. This is probably due to a co-divergence in space but not in time, given the different evolutionary time scales of the host and virus populations. Finally, the frequency of recombination detected in the PepGMV and PHYVV populations indicated that this mechanism plays an important role in the evolution of both viruses at the intra-specific scale. The level of human management had a minor effect on the frequency of recombination, but influenced the strength of negative selective pressures in the viral genomes. The results of this thesis highlight the importance of decreased biodiversity in plant populations associated with the level of human management and of landscape heterogeneity on the emergence of new viral diseases. Therefore it is necessary to consider these environmental factors in order to fully understand the epidemiology and evolution of plant viruses.

Caracterización de la necrosis sistémica inducida por la interacción sinérgica entre el Virus X de la patata y potyvirus en Nicotiana benthamiana

Los virus de plantas pueden causar enfermedades severas que conllevan serias pérdidas económicas a nivel mundial. Además, en la naturaleza son comunes las infecciones simultáneas con distintos virus que conducen a la exacerbación de los síntomas de enfermedad, fenómeno al que se conoce como sinergismo viral. Una de las sintomatologías más severas causadas por los virus en plantas susceptibles es la necrosis sistémica (NS), que incluso puede conducir a la muerte del huésped. Este fenotipo ha sido comparado en ocasiones con la respuesta de resistencia de tipo HR, permitiendo establecer una serie de paralelismos entre ambos tipos de respuesta que sugieren que la NS producida en interacciones compatibles sería el resultado de una respuesta hipersensible sistémica (SHR). Sin embargo, los mecanismos moleculares implicados en el desarrollo de la NS, su relación con procesos de defensa antiviral o su relevancia biológica aún no son bien entendidos, al igual que tampoco han sido estudiados los cambios producidos en la planta a escala genómica en infecciones múltiples que muestran sinergismo en patología. En esta tesis doctoral se han empleado distintas aproximaciones de análisis de expresión génica, junto con otras técnicas genéticas y bioquímicas, en el sistema modelo de Nicotiana benthamiana para estudiar la NS producida por la infección sinérgica entre el Virus X de la patata (PVX) y diversos potyvirus. Se han comparado los cambios producidos en el huésped a nivel genómico y fisiológico entre la infección doble con PVX y el Virus Y de la patata (PVY), y las infecciones simples con PVX o PVY. Además, los cambios transcriptómicos y hormonales asociados a la infección con la quimera viral PVX/HC‐Pro, que reproduce los síntomas del sinergismo entre PVX‐potyvirus, se han comparado con aquellos producidos por otros dos tipos de muerte celular, la PCD ligada a una interacción incompatible y la PCD producida por la disfunción del proteasoma. Por último, técnicas de genética reversa han permitido conocer la implicación de factores del huésped, como las oxilipinas, en el desarrollo de la NS asociada al sinergismo entre PVXpotyvirus. Los resultados revelan que, respecto a las infecciones con solo uno de los virus, la infección doble con PVX‐PVY produce en el huésped diferencias cualitativas además de cuantitativas en el perfil transcriptómico relacionado con el metabolismo primario. Otros cambios en la expresión génica, que reflejan la activación de mecanismos de defensa, correlacionan con un fuerte estrés oxidativo en las plantas doblemente infectadas que no se detecta en las infecciones simples. Además, medidas en la acumulación de determinados miRNAs implicados en diversos procesos celulares muestran como la infección doble altera de manera diferencial tanto la acumulación de estos miRNAs como su funcionalidad, lo cual podría estar relacionado con los cambios en el transcriptoma, así como con la sintomatología de la infección. La comparación a nivel transcriptómico y hormonal entre la NS producida por PVX/HC‐Pro y la interacción incompatible del Virus del mosaico del tabaco en plantas que expresan el gen N de resistencia (SHR), muestra que la respuesta en la interacción compatible es similar a la que se produce durante la SHR, si bien se presenta de manera retardada en el tiempo. Sin embargo, los perfiles de expresión de genes de defensa y de respuesta a hormonas, así como la acumulación relativa de ácido salicílico (SA), ácido jasmonico (JA) y ácido abscísico, en la interacción compatible son más semejantes a la respuesta PCD producida por la disfunción del proteasoma que a la interacción incompatible. Estos datos sugieren una contribución de la interferencia sobre la funcionalidad del proteasoma en el incremento de la patogenicidad, observado en el sinergismo PVX‐potyvirus. Por último, los resultados obtenidos al disminuir la expresión de 9‐LOX, α‐DOX1 y COI1, relacionados con la síntesis o con la señalización de oxilipinas, y mediante la aplicación exógena de JA y SA, muestran la implicación del metabolismo de las oxilipinas en el desarrollo de la NS producida por la infección sinérgica entre PVXpotyvirus en N. benthamiana. Además, estos resultados indican que la PCD asociada a esta infección, al igual que ocurre en interacciones incompatibles, no contiene necesariamente la acumulación viral, lo cual indica que necrosis e inhibición de la multiplicación viral son procesos independientes. ABSTRACT Plant viruses cause severe diseases that lead to serious economic losses worldwide. Moreover, simultaneous infections with several viruses are common in nature leading to exacerbation of the disease symptoms. This phenomenon is known as viral synergism. Systemic necrosis (SN) is one of the most severe symptoms caused by plant viruses in susceptible plants, even leading to death of the host. This phenotype has been compared with the hypersensitive response (HR) displayed by resistant plants, and some parallelisms have been found between both responses, which suggest that SN induced by compatible interactions could be the result of a systemic hypersensitive response (SHR). However, the molecular mechanisms involved in the development of SN, its relationship with antiviral defence processes and its biological relevance are still unknown. Furthermore, the changes produced in plants by mixed infections that cause synergistic pathological effects have not been studied in a genome‐wide scale. In this doctoral thesis different approaches have been used to analyse gene expression, together with other genetic and biochemical techniques, in the model plant Nicotiana benthamiana, in order to study the SN produced by the synergistic infection of Potato virus X (PVX) with several potyviruses. Genomic and physiological changes produced in the host by double infection with PVX and Potato virus Y (PVY), and by single infection with PVX or PVY have been compared. In addition, transcriptional and hormonal changes associated with infection by the chimeric virus PVX/HC‐Pro, which produces synergistic symptoms similar to those caused by PVX‐potyvirus, have been compared with those produced by other types of cell death. These types of cell death are: PCD associated with an incompatible interaction, and PCD produced by proteasome disruption. Finally, reverse genetic techniques have revealed the involvement of host factors, such as oxylipins, in the development of SN associated with PVX‐potyvirus synergism. The results revealed that compared with single infections, double infection with PVX‐PVY produced qualitative and quantitative differences in the transcriptome profile, mainly related to primary metabolism. Other changes in gene expression, which reflected the activation of defence mechanisms, correlated with a severe oxidative stress in doubly infected plants that was undetected in single infections. Additionally, accumulation levels of several miRNAs involved in different cellular processes were measured, and the results showed that double infection not only produced the greatest variations in miRNA accumulation levels but also in miRNA functionality. These variations could be related with transcriptomic changes and the symptomatology of the infection. Transcriptome and hormone level comparisons between SN induced by PVX/HCPro and the incompatible interaction produced by Tobacco mosaic virus in plants expressing the N resistance gene (SHR), showed some similarities between both responses, even though the compatible interaction appeared retarded in time. Nevertheless, the expression profiles of both defence‐related genes and hormoneresponsive genes, as well as the relative accumulation of salicylic acid (SA), jasmonic acid (JA) and abscisic acid in the compatible interaction are more similar to the PCD response produced by proteasome disruption. These data suggest that interference with proteasome functionality contributes to the increase in pathogenicity associated with PVX‐potyvirus synergism. Finally, the results obtained by reducing the expression of 9‐LOX, α‐DOX1 and COI1, related with synthesis or signalling of oxylipins, and by applying exogenously JA and SA, revealed that oxylipin metabolism is involved in the development of SN induced by PVX‐potyvirus synergistic infections in N. benthamiana. Moreover, these results also indicated that PVX‐potyvirus associated PCD does not necessarily restrict viral accumulation, as is also the case in incompatible interactions. This indicates that both necrosis and inhibition of viral multiplication are independent processes.