Isolation and characterization of genomic DNA sequences that enhance the stability of plasmid DNA in mammalian cells /

The ease of production and manipulation has made plasmid DNA a prime target for its use in gene transfer technologies such as gene therapy and DNA vaccines. The major drawback of plasmid however is its stability within mammalian cells. Plasmid DNA is usually lost by cellular mechanisms or as a result of mitosis by simple dilution. This study set out to search for mammalian genomic DNA sequences that would enhance the stability of plasmid DNA in mammalian cells.Creating a plasmid based genomic DNA library, we were able to screen the human genome by transfecting the library into Human Embryonic Kidney (HEK 293) Cells. Cells that contained plasmid DNA were selected, using G418 for 14 days. The resulting population was then screened for the presence of biologically active plasmid DNA using the process of transformation as a detector.A commercially available plasmid DNA isolation kit was modified to extract plasmid DNA from mammalian cells. The standardized protocol had a detection limit of -0.6 plasmids per cell in one million cells. This allowed for the detection of 45 plasmids that were maintained for 32 days in the HEK 293 cells. Sequencing of selected inserts revealed a significantly higher thymine content in comparison to the human genome. Sequences with high A/T content have been associated with Scaffold/Matrix Attachment Region (S/MAR) sequences in mammalian cells. Therefore, association with the nuclear matrix might be required for the stability of plasmids in mammalian cells.

Pen and sunlight sketches of scenery reached by the Grand Trunk Railway system and connections with summer routes and fares to principal points : including Niagara Falls, Thousand Islands, Rapids of the St. Lawrence, Montreal, Quebec, Parry Sound, Georgian Bay, Muskoka Lakes, Adirondacks, Lake St. John, Mackinac Island, Midland District Lakes, the White Mountains, the Suquenay River, Rangeley Lakes and the sea-shore.--

At head of title: "Great tourist route of America".

American and Luna Falls, and River, from Goat Island, Niagara, U.S.A.

The image is described as "(9) Marble whiteness of the seething Waters-American and Luna Falls, and River from Goat Island, Niagara, U.S.A."

Rapids Above the Falls Looking at Goat Island, Niagara, U.S.A.

The description reads "(14) The rolling, tumbling "Rapids" above the Falls - along Riverside Drive, looking toward Goat Island, - Niagara, U.S.A.".

American Falls, Niagara From Goat Island

The description below simply states "116 American Falls, Niagara From Goat Island".

American Falls from Luna Island

The description of the image reads "851 American Fall from Luna Island".

Newspaper clipping stating the Long Point Company purchased the island of Long Point in Lake Erie

Newspaper clipping stating the Long Point Company purchased the island of Long Point in Lake Erie. The directors are named in the clipping and it is noted that this is a place for real sportsmen only, n.d.

Booklet containing Jekyl Island Club charter, constitution, by-laws and members’ names

Booklet containing Jekyl Island Club charter, constitution, by-laws and members’ names (2 copies). The first copy is missing the membership list and the pages are loose. The spine is taped. The 2nd copy is in good condition, 1887.

Letter to Mr. Welland D. Woodruff from the secretary of the Jekyl Island Club

Letter to Mr. Welland D. Woodruff from the secretary of the Jekyl Island Club informing Mr. Woodruff that he has been selected as a member of the club, Feb. 15, 1904.

Golf card for the Jekyl Island Club

Golf card for the Jekyl Island Club. There have been entries on the card, but they have been erased, n.d.

Cave of the Winds, Goat Island, U.S.A.

Cave of the Winds, Goat Island, U.S.A. This is touted as the only place on the globe where rainbows form an entire circle. Geo. W. Wright is listed as the lessee. 30 cm. x 14 cm. newsprint. There is a slight wearing away of the edges. This does not affect text, n.d.

The fearsome island, being a modern rendering of the narrative ofone Seld Fordred, master marines of Hythe, whose shipwreck and subsequent adventures are herein set forth...

UANL

Warren, Rhode Island : l'évolution d'une petite communauté canadienne-française établie en Nouvelle-Angleterre, 1895-1910

Aux lendemains de la Guerre de Sécession, le petit centre manufacturier de Warren, dans l’État du Rhode Island, attira plusieurs immigrants canadiens-français en quête de travail. Ces derniers s’organiseront rapidement en établissant un réseau paroissial, en fondant plusieurs sociétés mutuelles et en multipliant les commerces prêts à desservir une clientèle francophone de plus en plus nombreuse. Les premiers stades de développement de la communauté (1888-1895) avaient déjà été observés par Jean Lamarre dans le cadre de son mémoire de maîtrise (1985). D’une part, le chercheur avait remarqué un phénomène graduel d’enracinement des paroissiens et, d’autre part, l’analyse de leur profil socio-économique indiquait qu’ils travaillaient majoritairement à la filature. Par cette étude, nous avons voulu revisiter cette communauté au moment où sa présence dans le paysage industriel et urbain de Warren apparaît consolidée. Grâce aux listes nominatives du recensement fédéral de 1910 et aux publications gouvernementales parues à la même époque, nous évaluons l’ampleur des changements socio-économiques transformant la communauté en l’espace d’une quinzaine d’années. L’observation du processus d’intégration des Canadiens français à l’environnement industriel est complétée par une analyse de l’apport des femmes et des enfants au ménage ouvrier. Les conclusions principales de cette étude démontrent que malgré l’attrait indéniable que représente encore et toujours le secteur manufacturier auprès de nombreux travailleurs, les Canadiens français jouissent en 1910 d’une qualité de vie généralement supérieure à celle qui caractérisait leurs débuts au sein de la localité. Leur situation socio-économique s’apparentera d’ailleurs davantage à celle des anglophones de Warren, Yankees et Irlandais, que de celle des représentants de la « nouvelle vague d’immigration » (Polonais, Italiens et Portugais).

The evolution of inter-genomic variation in arbuscular mycorrhizal fungi

Contexte: Les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) établissent des relations symbiotiques avec la plupart des plantes grâce à leurs réseaux d’hyphes qui s’associent avec les racines de leurs hôtes. De précédentes études ont révélé des niveaux de variation génétique extrêmes pour des loci spécifiques permettant de supposer que les AMF peuvent contenir des milliers de noyaux génétiquement divergents dans un même cytoplasme. Si aucun processus de reproduction sexuée n’a jusqu’ici été observé chez ces mycorhizes, on constate cependant que des niveaux élevés de variation génétique peuvent être maintenus à la fois par l’échange de noyaux entre hyphes et par des processus fréquents de recombinaison entre noyaux. Les AMF se propagent par l’intermédiaire de spores qui contiennent chacune un échantillon d’une population initiale de noyaux hétérogènes, directement hérités du mycélium parent. À notre connaissance les AMF sont les seuls organismes qui ne passent jamais par un stade mononucléaire, ce qui permet aux noyaux de diverger génétiquement dans un même cytoplasme. Ces aspects singuliers de la biologie des AMF rendent l’estimation de leur diversité génétique problématique. Ceci constitue un défi majeur pour les écologistes sur le terrain mais également pour les biologistes moléculaires dans leur laboratoire. Au-delà même des problématiques de diversité spécifique, l’amplitude du polymorphisme entre noyaux mycorhiziens est mal connue. Le travail proposé dans ce manuscrit de thèse explore donc les différents aspects de l’architecture génomique singulière des AMF. Résultats L’ampleur du polymorphisme intra-isolat a été déjà observée pour la grande sous-unité d’ARN ribosomal de l’isolat Glomus irregulare DAOM-197198 (précédemment identifié comme G. intraradices) et pour le gène de la polymerase1-like (PLS) de Glomus etunicatum isolat NPI. Dans un premier temps, nous avons pu confirmer ces résultats et nous avons également pu constater que ces variations étaient transcrites. Nous avons ensuite pu mettre en évidence la présence d’un goulot d’étranglement génétique au moment de la sporulation pour le locus PLS chez l’espèce G. etunicatum illustrant les importants effets d’échantillonnage qui se produisaient entre chaque génération de spore. Enfin, nous avons estimé la différentiation génétique des AMF en utilisant à la fois les réseaux de gènes appliqués aux données de séquençage haut-débit ainsi que cinq nouveaux marqueurs génomiques en copie unique. Ces analyses révèlent que la différenciation génomique est présente de manière systématique dans deux espèces (G. irregulare et G. diaphanum). Conclusions Les résultats de cette thèse fournissent des preuves supplémentaires en faveur du scénario d’une différenciation génomique entre noyaux au sein du même isolat mycorhizien. Ainsi, au moins trois membres du genre Glomus, G. irregulare, G. diaphanum and G. etunicatum, apparaissent comme des organismes dont l’organisation des génomes ne peut pas être décrit d’après un modèle Mendélien strict, ce qui corrobore l’hypothèse que les noyaux mycorhiziens génétiquement différenciés forment un pangenome.

Genomic variation in recombination patterns : implications for disease and cancer

Durant la méiose, il se produit des échanges réciproques entre fragments de chromosomes homologues par recombinaison génétique. Les chromosomes parentaux ainsi modifiés donnent naissance à des gamètes uniques. En redistribuant les mutations génétiques pour générer de nouvelles combinaisons, ce processus est à l’origine de la diversité haplotypique dans la population. Dans cette thèse, je présente des résultats décrivant l’implication de la recombinaison méiotique dans les maladies chez l’humain. Premièrement, l'analyse statistique de données de génotypage de familles québécoises démontre une importante hétérogénéité individuelle et sexe-spécifique des taux de recombinaisons. Pour la première fois chez l’humain, nous avons observé que le taux de recombinaison maternel diminue avec l'âge de la mère, un phénomène potentiellement impliqué dans la régulation du taux d’aneuploïdie associé à l’âge maternel. Ensuite, grâce à l’analyse de données de séquençage d’exomes de patients atteints de leucémie et de ceux de leurs parents, nous avons découvert une localisation anormale des évènements de recombinaison chez les enfants leucémiques. Le gène PRDM9, principal déterminant de la localisation des recombinaisons chez l’humain, présente des formes alléliques rares dans ces familles. Finalement, en utilisant un large spectre de variants génétiques identifiés dans les transcriptomes d’individus Canadiens Français, nous avons étudié et comparé le fardeau génétique présent dans les régions génomiques à haut et à faible taux de recombinaison. Le fardeau génétique est substantiellement plus élevé dans les régions à faible taux de recombinaison et nous démontrons qu’au niveau individuel, ce fardeau varie selon la population humaine. Grâce à l’utilisation de données génomiques de pointe pour étudier la recombinaison dans des cohortes populationnelles et médicales, ce travail démontre de quelle façon la recombinaison peut affecter la santé des individus.