Assessment of the fishing effort level in the shrimp fisheries of the central and southern Gulf of California

In view of the concern caused by the declining trend in the annual shrimp yield in the Central Gulf of California, an attempt was made to analyze the fishing effort level exerted upon the shrimp stocks of the blue (Farfantepenaeus stylirostris) and the brown shrimp (F. californiensis) from 1980 to 1991. For this purpose, both Schaefer and Fox production models were applied. The results from these analyses revealed an economic overexploitation condition, and suggested an imperative need to implement as a regulatory measure, the reduction of the catch per unit of effort level (CPUE) to keep the fishery within acceptable bioeconomic margins of a maximum sustainable yield (Ys). This can only be achieved through the adjustment of the fleet size from 481 vessels down to 250 or 275.

Avaliação dafitotoxidez de 18 espécies ocorrentes na restinga de Massambaba, Rio de Janeiro

A Área de Proteção Ambiental de Massambaba concentra diversas formações vegetais com uma grande riqueza florística e endemismos. Infelizmente esta área está sujeita à ação antrópica tanto que alguns fragmentos se encontram degradados. Para recuperar ecologicamente esta vegetação é importante compreender os mecanismos de sucessão ecológica. Como se sabe pouco sobre interações entre plantas de restinga, e menos ainda sob o prisma da alelopatia (efeito negativo que uma planta exerce em outras, ao liberar metabólitos secundários para o seu entorno),objetivou-se a realização de ensaios biológicos com espécies nativas. Inicialmente determinamos as melhores condições de extração de metabólitos, e por fim realizamos bioensaios com 18 espécies (Allagoptera aenaria, Andira legalis, Byrsonima sericea, Clusia fluminensis, Couepia ovalifolia, Erythroxylum ovalifolium, Eugenia copacabanensis, Eugenia selloi, Garcinia brasiliensis, Guapira opposita, Maytenus obtusifolia, Myrsine parvifolia, Neomitranthes obscura, Ocotea notata, Pouteria caimito, Renvoizea trinii, Tocoyena bullata e Vitex megapotamica). A aplicação dos extratos foi sobrea germinação e ocrescimento inicial de sementes de alface. Para isso, folhas destas espécies foram coletadas sazonalmente na formação arbustiva aberta não inundável (fácies alta) na restinga de Massambaba para o preparo de extratos aquosos. Os extratos foram obtidos a através da secagem das folhas à60C para posterior maceração, aquecimento, diluição e filtração, obtendo-se as concentrações de 5 e 10% de concentração (peso/volume). Os parâmetros para avaliar a fitotoxidez foram:a porcentagem ea velocidade de germinação e o comprimento da raiz após sete dias de crescimento em placas de Petri umedecidas com os extratos. Além desses três parâmetros, foi utilizado o índice de efeito global, que transforma as três variáveis em um índice único e uma analise de agrupamento (distância euclidiana, método de Ward) para classificá-las em espécies de fraca, média ou alta fitotoxidez de acordo com o valor do índice. A inibição do crescimento foi observada em todas as espécies, e verificou-se diferenças sazonais significativas, com destaque no inverno. Isso sugere que as diferenças os entre níveis de fitotoxidez estejam correlacionada são ambiente e à genética. Se a ação inibitória das espécies com maior efeito alelopático for comprovada, novas estratégias podem ser elaboradas para a reintrodução em projetos de conservação ambiental

Revisão do Ramo Gondwânico da família Mawsoniidae (Sarcopterygii: Actinistia: Coelacanthiformes)

Representados aualmente por apenas duas espécies: Latimeria chalumnae e L. menadoensis, os celacantos (Infraordem Actinistia) já foi muito mais numeroso, prolífico desde os tempos de seu surgimento no Devoniano Inferior. Dentro de Actinistia a família Mawsoniidae se destaca por abranger as maiores espécies do grupo, algumas atingindo até três metros de comprimento. A entrada de Mawsoniidae no continente Gondwana se deu durante o Jurássico superior, período o qual é atribuído a espécie Parnaibaia maranhoensis da bacia do Parnaíba (Maranhão). No cretáceo a família se ramificou em dois outros gêneros Mawsonia (com conhecidas ocorrências brasileiras e africanas) e Axelrodichthys (gênero brasileiro com alguns indícios de presença na África). Este trabalho teve por objetivo realizar uma redescrição e comparação de seis espécies do ramo gondwânico da família Mawsoniidae: Parnaibaia maranhoensis, Axelrodichthys araripensis, Mawsonia gigas, M. minor, M. lavocati e M. brasiliensis. Os espécimes estão depositados em oito instituições: três nacionais e cinco internacionais. Após uma criteriosa descrição anatômica dos exemplares caracteres foram selecionados para a realização de uma análise filogenética restrita ao grupo. Os resultados das observações anatômicas revelaram diversas estruturas ainda não descritas na literatura, incluindo o primeiro elemento medial do esqueleto apendicular de Mawsoniidae a ser observado, além de diversas diferenças e afinidades entre as seis espécies. P. maranhoensis apresentou um conjunto de caracteres plesiomórfico que foram interpretados como sendo o resultado de um evento de neotenia, algo inédito na literatura de celacantos. Todas as espécies do gênero Mawsonia apresentaram características diagnósticas que validam sua separação em espécies distintas. A análise filogenética resultou em duas árvores igualmente parcimoniosas. Ambas concordam com a posição de Parnaibaia na base do grupo. Mas diferem com relação à posição de A. araripensis e as espécies do gênero Mawsonia. Conclui-se que Parnaibaia é o gênero mais plesiomórfico do grupo, estando na base do ramo gondwânico da família. Axelrodichthys representa a ligação deste com as demais espécies do gênero.

A riqueza e diversidade de anfíbios anuros da Serra do Mendanha, Estado do Rio de Janeiro, RJ: grau de conservação da floresta, variação altitudinal e uso de recursos hídricos

Os anfíbios anuros que habitam o bioma Mata Atlântica, especialmente em sua floresta ombrófila densa, são pouco conhecidos sob diversos aspectos de sua ecologia, existindo poucas informações disponíveis na literatura científica. Estes dados estão limitados a poucas localidades, geralmente estudos realizados em fragmentos remanescentes do sudeste brasileiro. A mata bem conservada que recobre os 3300 ha da Serra do Mendanha, apesar de localizada na região metropolitana do Estado do Rio de Janeiro, ainda não tinha sua anurofauna conhecida. No presente estudo, recolhemos informações ecológicas sobre as espécies que habitam a região, especialmente da assembléia encontrada no folhiço que recobre o solo, com o uso de diferentes metodologias: armadilhas de queda; parcelas cercadas; procura visual e auditiva em transecções e encontros ocasionais; assim como dados abióticos do ambiente regional (profundidade do folhiço; níveis de pH; taxa de oxigênio dissolvido; temperaturas do ar e da água; umidade do ar). Exemplares-testemunho foram fixados e depositados na coleção de anfíbios do Museu Nacional, Rio de Janeiro. A anurofauna da Serra do Mendanha é composta por pelo menos 44 espécies que estão distribuídas em 12 famílias, sendo a família Hylidae com o maior número de espécies (50%, n = 22), enquanto que Physalaemus signifer foi a espécie mais abundante (18%, n = 272), sendo habitante do folhiço. A espécie Rhinella ornata contribuiu com a maior biomassa (m = 548 g). Identificamos uma nova espécie de anuro (Brachycephalidae), que também habita o folhiço das cotas altimétricas acima de 700 m. Biogeograficamente a comunidade de anuros da área estudada indicou ser mais similar (68%) com a comunidade da região da Serra da Tiririca e arredores. Comparando-se os três tipo de fisionomias, ou mesohábitats, existentes na Serra do Mendanha, em termos de riqueza e diversidade, a floresta secundária indicou ter os mais elevados índices, seguido pela floresta pouco perturbada e pela monocultura de bananeiras. A assembléia de anuros que habita o folhiço da Serra do Mendanha é composta por nove espécies, que pouco diferiu ao longo de um gradiente altitudinal (0 a 900 m), com o registro das espécies Euparkerella brasiliensis, H. binotatus, Leptodactylus marmoratus e Zachaenus parvulus na maioria das cotas altimétricas. A altitude, a declividade e profundidade do folhiço foram as variáveis abióticas que mais influenciaram na distribuição de abundância e de riqueza de espécies do folhiço. Na estação úmida (setembro a março) a densidade de anuros no folhiço foi de 10,4 ind./100m2, enquanto que na estação seca (abril a agosto) houve uma redução de 34,6% (6,8 ind./100m2). As assembléias de anuros utilizam os recursos hídricos disponíveis na Serra do Mendanha (água da chuva, córregos, fitotelmas, rios e umidade do ar), de diferentes formas, associadas diretamente ao modo reprodutivo de cada espécie. A altitude, a temperatura da água e o pH afetaram a distribuição de espécies de girinos nos diferentes sítios reprodutivos. O modo reprodutivo 1 foi o mais freqüente (n = 18) entre os 14 modos identificados. O estudo de 12 poças (lênticas e lóticas) indicou que estas diferiram consistentemente entre si, seja nas suas dimensões, na composição de suas assembléias de girinos e nos seus componentes abióticos. Diversos predadores de girinos foram encontrados em algumas poças. A assembléia de girinos de cada poça indicou ser moldada pela interação de diferentes fatores ambientais, ecológicos e filogenéticos de cada espécie

Florida's Halfbeak, Hemiramphus spp., Bait Fishery

Two species of halfbeaks, ballyhoo, Hemiramphus brasiliensis, and balao, H. balao, form the basis of a relatively small but valuable bait fishery in southeastern Florida. Halfbeak landings increased rapidly in the late 1960's but are now relatively stable (about 450,000 kg or 1 million lb annually), and their ex-vessel price is about $600,000. Fishing methods, which had changed in the late 1960's when landings increased, have changed little since the 1970's. Data from a fishery-dependent survey (1988-91) show that catch rates were highest from October to February, when catches were dominated by large ballyhoo (>200 mm or 8 inches fork length (FL)); rates were lowest from May to September, when catches contained both species in more equal numbers and the size range was greater (about 150-250 mm FL) than it was for winter landings. There was little bycatch, and only flyingfishes (Exocoetidae) and needlefishes (Belonidae) occurred consistently. Comparisons of the 1988-91 data with similar data reported from 1974 indicated that halfbeak populations have remained relatively stable.

Feeding Ecology of the Franciscana (Pontoporia blainvillei) In Marine And Estuarine Waters Of Argentina

Stomach contents of 110 franciscanas (Pontoporia blainvillei), from northern Argentina were analysed in order to improve our knowledge about the feeding habits of this species and to better characterise the lactation period. The samples included calves, juveniles and adults of both sexes. Evidence of predation by franciscanas is seen at a very young age (2.5-3 months), with a transition diet composed by both milk and solid food, mainly represented by crustaceans. Weaning seems to begin by April, when franciscanas are about 6-7 months old. Franciscanas inhabiting two different habitats were analysed in this study: a brackish water estuary and an adjacent marine coastal system. The diet of Pontoporia blainvillei in northern Argentina was composed by a total of 26 prey species: 20 teleosts, 4 crustaceans and 2 cephalopods. Based on the Index of Relative Importance (IRI) the main prey species were Cynoscion guatucupa, Micropogonias furnieri, Loligo sanpaulensis and Urophycis brasiliensis. Estuarine franciscanas preyed mainly on Micropogonias furnieri (dominant species), Cynoscion guatucupa, Odonthestes argentinensis and Macrodon ancylodon, while dolphins from marine areas preyed mainly on Cynoscion guatucupa (dominant species), Loligo sanpaulensis and Urophycis brasiliensis. Our results confirm that franciscanas prey mainly on juvenile fish (< 8cm) and small loliginid squids, in close agreement with previous results obtained in southern Brazil and Uruguay. Qualitative and quantitative differences observed in the diet of dolphins from each habitat emphasise the need to discriminate between samples from different habitats and environmental parameters. SPANISH: Se analizaron 110 contenidos estomacales de franciscanas (Pontoporia blainvillei) provenientes de la costa norte de Argentina, para extender en conocimiento sobre su dieta y caracterizar la lactancia. Las muestras incluyeron cachorros, juveniles y adultos de ambos sexos. Las primeras etapas de predación se inician a muy temprana edad (2,5-3 meses), presentando una dieta de transición compuesta tanto por leche como por presas sólidas, principalmente crustáceos; el destete se iniciaría a partir de abril, a una edad estimada entre 6 y 7 meses. Las franciscanas estudiadas provienen de dos habitats diferentes: un área estuarial de baja salinidad y la region marina adyacente. La dieta de Pontoporia blainvillei de Argentina estuvo compuesta por un total de 26 especies: 20 teleósteos, 4 crustáceos y 2 cefalópodos. Basados en el Indice de Importancia Relativa (IIR), las presas más importantes fueron Cynoscion guatucupa, Micropogonias furnieri, Loligo sanpaulensis y Urophycis brasiliensis. Las franciscanas provenientes del área estuarial predaron principalmente sobre Micropogonias furnieri (especie dominante), Cynoscion guatucupa, Odonthestes argentinensis y Macrodon ancylodon, mientras que los delfines marinos predaron sobre Cynoscion guatucupa (especie dominante), Loligo sanpaulensis y Urophycis brasiliensis. Nuestros resultados confirman que la franciscana preda sobre peces juveniles (< 8cm) y pequeños calamares Loliginidae, coincidiendo con resultados previos obtenidos en el sur del Brasil y Uruguay. Las diferencias cualitativas y cuantitativas observadas en la dieta de cada uno de las áreas analizadas, nos sugieren que los futuros estudios sobre ecología trófica de la franciscana deberían discriminarse de acuerdo al origen de los ejemplares y a la tipificación del ambiente.

Influência das proteínas motoras e CK2 no processo de interação Leishmania braziliensis-macrófago.

O gênero Leishmania é responsável por um grupo de parasitoses que podem variar desde lesões auto-limitadas até severa injúria de tecido. Estes protozoários são parasitos obrigatoriamente intracelulares, tendo o macrófago como célula hospedeira. Durante o processo de fagocitose os macrófagos utilizam a maquinaria presente em seu citoesqueleto, a qual compreende a participação de miosinas e actinas, para a formação do fagossoma. Estas proteínas estão envolvidas em processos como citocinese, tráfego intracelular de organelas e vesículas, podendo interferir com a penetração do parasito. Alguns trabalhos vêm sendo realizados visando analisar a expressão, localização e o papel de miosina e de actina em Leishamania. Estudos associados à participação destas proteínas motoras em processo vitais para a biologia do parasito podem auxiliar na compreensão de seu ciclo e permitir a geração de conhecimentos que apontem novos alvos para intervenções terapêuticas. Uma vez que a miosina é necessária no transporte intracelular, alguns estudos tentam analisar a expressão e a localização intracelular de miosinas na Leishmania. Estudos mostram a presença de atividades cinásicas do tipo CK2 em diversos tripanossomatídeos, ligadas ao crescimento celular, morfologia e infectividade de promastigotas para macrófagos. Desta maneira, como objetivo desta tese temos o estudo da participação das miosinas, actina e CK2 na infectividade da Leishmania braziliensis. Além disso, investigamos a influência destas proteínas na produção de citocinas pelos macrófagos e em sua atividade microbicida. Lipoxina, latrunculina, nocodazol e TBB promoveram uma inibição de, pelo menos, 50% no crescimento de L. braziliensis. A CK2 secretada pelo parasito foi purificada de seu sobrenadante através de coluna de HPLC e a fração 44 mostrou ser a fração correspondente a esta enzima. A lipoxina e o TBB promoveram a inibição da atividade desta enzima ao contrário da latrunculina que forneceu aumento dessa atividade. O pré-tratamento dos parasitos ou dos macrófagos com lipoxina, latrunculina, nocodazol e TBB promoveram uma inibição de cerca de 50% no índice de associação entre Leishmania e macrófagos não-ativados ou ativados por LPS e IFN-γ. Latrunculina e TBB aumentaram a produção de NO em macrófagos não ativados e não infectados enquanto que em macrófagos ativados à exceção do TBB, todas as drogas diminuíram a produção de NO. A liberação de IL-10 foi diminuída após tratamento com todas as drogas em macrófagos não ativados em ausência de promastigotas e ativados em presença do parasito. Para a produção de TNF-α há uma redução significativa em macrófagos ativados não infectados tratados com latrunculina, nocodazol e TBB. Quando ativados e infectados, os macrófagos tratados com lipoxina tiveram a produção dessa citocina aumentada, ao contrário do TBB em que houve redução. Quando avaliamos a integridade da actina verificamos que todos os compostos foram capazes de influenciar a distribuição dessa proteína, levando a uma redução no índice de associação. Ao transfectarmos a cauda da miosina Va fusionada a GFP nos macrófagos observamos que houve uma diminuição de 94% no índice de associação. Nossos dados confirmam a importância da CK2, actina e miosina Va no processo de interação parasito- macrófago.

Modelagem do uso de hábitat de cetáceos na região de Cabo Frio, estado do Rio de Janeiro, Brasil

Em estudos ecológicos é importante entender os processos que determinam a distribuição dos organismos. O estudo da distribuição de animais com alta capacidade de locomoção é um desafio para pesquisadores em todo o mundo. Modelos de uso de habitat são ferramentas poderosas para entender as relações entre animais e o ambiente. Com o desenvolvimento dos Sistemas de Informação Geográfica (SIG ou GIS, em inglês), modelos de uso de habitat são utilizados nas análises de dados ecológicos. Entretanto, modelos de uso de habitat frequentemente sofrem com especificações inapropriadas. Especificamente, o pressuposto de independência, que é importante para modelos estatísticos, pode ser violado quando as observações são coletadas no espaço. A Autocorrelação Espacial (SAC) é um problema em estudos ecológicos e deve ser considerada e corrigida. Nesta tese, modelos generalizados lineares com autovetores espaciais foram usados para investigar o uso de habitat dos cetáceos em relação a variáveis fisiográficas, oceanográficas e antrópicas em Cabo Frio, RJ, Brasil, especificamente: baleia-de-Bryde, Balaenoptera edeni (Capítulo 1); golfinho nariz-de-garrafa, Tursiops truncatus (Capítulo 2); Misticetos e odontocetos em geral (Capítulo 3). A baleia-de-Bryde foi influenciada pela Temperatura Superficial do Mar Minima e Máxima, no qual a faixa de temperatura mais usada pela baleia condiz com a faixa de ocorrência de sardinha-verdadeira, Sardinella brasiliensis, durante a desova (22 a 28C). Para o golfinho nariz-de-garrafa o melhor modelo indicou que estes eram encontrados em Temperatura Superficial do Mar baixas, com alta variabilidade e altas concentrações de clorofila. Tanto misticetos quanto os odontocetos usam em proporções similares as áreas contidas em Unidades de Conservação (UCs) quanto as áreas não são parte de UCs. Os misticetos ocorreram com maior frequência mais afastados da costa, em baixas temperaturas superficiais do mar e com altos valores de variabilidade para a temperatura. Os odontocetos usaram duas áreas preferencialmente: as áreas com as menores profundidades dentro da área de estudo e nas maiores profundidade. Eles usaram também habitats com águas frias e com alta concentração de clorofila. Tanto os misticetos quanto os odontocetos foram encontrados com mais frequência em distâncias de até 5km das embarcações de turismo e mergulho. Identificar habitats críticos para os cetáceos é um primeiro passo crucial em direção a sua conservação

Caracterização molecular de bastonetes Gram positivos irregulares e actinomicetos aeróbios obtidos de espécimes clínicos, de ensaios de esterilidade e de áreas limpas

Os bastonetes Gram positivos irregulares (BGPIs) compõem um grupo de espécies bacterianas com ampla diversidade fenotípica e que podem estar presente no meio ambiente, na microbiota humana e de animais. A identificação acurada de BGPIs em nível de gênero e espécie empregando métodos bioquímicos convencionais é bastante limitada, sendo recomendado, portanto, o uso de técnicas moleculares. No presente estudo, foram identificadas amostras de BGPIs oriundas de espécimes clínicos de humanos, de produtos farmacêuticos e de áreas limpas através da análise de sequencias do gene 16S rRNA e de outros genes conservados (housekeeping genes). Os resultados obtidos pelo sequenciamento dos genes 16S rRNA e rpoB demonstraram C. striatum multi-resistente (MDR) como responsável por surto epidêmico em ambiente hospitalar da cidade do Rio de Janeiro. Quinze cepas de C. striatum foram isoladas em cultura pura a partir de secreção traqueal de pacientes adultos submetidos a procedimentos de entubação endotraqueal. A análise por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) indicou a presença de quatro perfis moleculares, incluindo dois clones relacionados com cepas MDR (PFGE I e II). Os dados demonstram a predominância de PFGE I entre cepas MDR isoladas de unidades de terapia intensiva e enfermarias cirúrgicas. Uma potencial ligação causal entre a morte e a infecção por C. striatum MDR (PFGE tipos I e II) foi observada em cinco casos. Adicionalmente, acreditamos que este seja o primeiro estudo de identificação de espécies de Nocardia relacionadas com infecções humanas pela análise da sequencia multilocus (MLSA) no Brasil. Diferente dos dados observados na literatura (1970 a 2013) e obtidos pelos testes fenotípicos convencionais, a caracterização molecular de quatro lócus (gyrB-16S-secA1-hsp65) permitiu a identificação das espécies N. nova, N. cyriacigeorgica, N. asiatica e N. exalbida/gamkensis relacionadas com quadros de nocardiose em humanos. Cepas de N. nova isoladas de diferentes materiais clínicos de um único paciente apresentaram padrões de susceptibilidade antimicrobianos idênticos e dois perfis PFGE, indicando a possibilidade de quadros de co-infecção por N. nova em humanos. Em outra etapa da investigação, amostras de BGPIs obtidos de ambientes de salas limpas que não puderam ser identificadas por critérios convencionais foram submetidas a análise da sequência do gene 16S rRNA e caracterizadas 95,83% em nível de gênero e 35,42% em espécies. Para gêneros mais encontrados no estudo, foram analisados os genes rpoB e recA de dezessete cepas de Microbacterium e utilizado o MLSA para a identificação de sete cepas identificadas como Streptomyces. Os ensaios permitiram a identificação de três cepas de Microbacterium e de uma única amostra de Streptomyces ao nível de espécie. A análise da sequencia do gene rpoB também se mostrou eficaz na identificação de espécies de cepas de Corynebacterium. Finalmente, para as cepas ambientais pertencentes à classe Actinobacteria os dados morfológicos, bioquímicos e genotípicos permitiram documentar a cepa 3117BRRJ como representante de uma nova espécie do gênero Nocardioides, para o qual o nome Nocardioides brasiliensis sp. nov. e as cepas 3712BRRJ e 3371BRRJ como representante de um novo gênero e espécie para o qual o nome Guaraldella brasiliensis nov. foi proposto.

Filogeografia e evolução molecular de lagostas sapateiras (Scyllarides spp.) da América do Sul

Nos últimos anos, duas espécies de lagostas sapateiras, Scyllarides brasiliensis e S. deceptor, vêm se destacando nos desembarques pesqueiros de lagostas do Atlântico Sul Ocidental. Para espécies comercialmente importantes, o desenvolvimento de estudos que permitam conhecer a variabilidade e entender a dinâmica populacional é fundamental. Assim, o objetivo do primeiro capítulo desta tese foi avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional dessas duas lagostas ao longo de aprox. 2.800 km da costa da América do Sul. Para as análises, foram empregados marcadores mitocondriais (citocromo oxidase I: COI; e a região controle: RC) e marcadores nucleares (13 loci de microssatélites desenvolvidos nesta tese). As duas espécies apresentaram altos níveis de variabilidade (S. deceptor: N = 200, mtDNA: h > 0,841, π > 0,005; microssatélites: He = 0,685; S. brasiliensis: N = 211, He = 0,554), distribuídos homogeneamente entre as localidades (S. deceptor: ΦST < -0,004, ΦCT < 0,016, FST global = 0,001, Dest global = 0,003, FCT < 0,002, P > 0,05, K = 1; S. brasiliensis: FST global = 0,004, Dest global = 0,001, FCT < 0,004, P > 0,05, K = 1). A ausência de estruturação nas duas espécies pode estar relacionada a características biológicas que promovem a conectividade entre localidades geograficamente distantes, como alta fecundidade e alto potencial de dispersão das larvas planctônicas. Além disso, os dados mitocondriais sugerem que a história demográfica de S. deceptor foi marcada por eventos de expansão populacionais e geográficos possivelmente relacionados às condições ambientais favoráveis dos episódios interglaciais do Pleistoceno Médio-Tardio. Diversos estudos têm mostrado que os fenômenos de inserção de regiões mitocondriais no DNA nuclear (NuMts) e heteroplasmia limitam a correta amplificação e identificação dos marcadores mitocondriais. Em estudos filogenéticos e de genética de populações, a presença inadvertida de sequências de diversas origens viola o principio de ortologia, o que pode resultar em inferências evolutivas erradas. Assim, o objetivo do segundo capítulo desta tese foi identificar e caracterizar os possíveis NuMts e sequências heteroplásmicas de três regiões mitocondriais (COI, RC e o gene da subunidade maior do RNA ribossomal: 16S) em quatro espécies do gênero Scyllarides (S. aequinoctialis, S. brasiliensis, S. deceptor e S. delfosi). A clonagem e sequenciamento de extratos de DNA genômico e DNA enriquecido com mtDNA revelaram que os genomas destas espécies podem exibir NuMts (que divergem entre 0,6 e 17,6% do mtDNA) e heteroplasmia (que divergem < 0,2% do mtDNA prevalente). Os NuMts surgiram possivelmente de vários eventos independentes de integração ao núcleo ao longo da história evolutiva do gênero Scyllarides. Dependendo do seu grau de similaridade com o mtDNA, a presença de NuMts nas análises filogenéticas no nível de gênero pode causar superestimativa do número de espécies e alterações nos comprimentos dos ramos e nas relações filogenéticas entre espécies.

Characterization of the U.S. Gulf of Mexico and South Atlantic penaeid and rock shrimp fisheries based on observer data

In July 2007, a mandatory Federal observer program was implemented to characterize the U.S. Gulf of Mexico penaeid shrimp (Farfantepenaeus aztecus, F. duorarum, and Litopenaeus setiferus) fishery. In June 2008, the program expanded to include the South Atlantic penaeid and rock shrimp, Sicyonia spp., fisheries. Data collected from 10,206 tows during 5,197 sea days of observations were analyzed by geographical area and target species. The majority of tows (~70%) sampled were off the coasts of Texas and Louisiana. Based on total hours towed, the highest concentrated effort occurred off South Texas and southwestern Florida. Gear information, such as net characteristics, bycatch reduction devices, and turtle excluder devices were fairly consistent among areas and target species. By species categories, finfish comprised the majority (≥57%) of the catch composition in the Gulf of Mexico and South Atlantic penaeid shrimp fisheries, while in the South Atlantic rock shrimp fishery the largest component (41%) was rock shrimp. Bycatch to shrimp ratios were lower than reported in previous studies for the Gulf of Mexico penaeid shrimp fishery. These decreased ratios may be attributed to several factors, notably decreased shrimp effort and higher shrimp catch per unit of effort (CPUE) in recent years. CPUE density surface plots for several species of interest illustrated spatial differences in distribution. Hot Spot Analyses for shrimp (penaeid and rock) and bycatch species identified areas with significant clustering of high or low CPUE values. Spatial and temporal distribution of protected species interactions were documented.

中国西南地区晚二叠世莲座蕨目植物研究

本论文应用揭膜方法（Peeling Method）对产于我国西南地区滇东黔西一带晚二叠世地层中的保存有解剖构造的莲座蕨目化石进行了较为深入的研究，包括3 种茎和一种生殖器官。3 种茎中有二种为本文首次研究，均归入辉木属Psaronius Cotta，建立了二个新种：盘县辉木P. panxianensis 和老屋基辉木P. laowujiensis；另外一个种－田氏辉木P. tianii Li（MS）为前人所建立，但未正式发表，本文做了重新研究，新发现了一些特征，并对一些已有特征做了修订。讨论了这3 个种一些重要特征的分类和系统演化意义，这些特征包括：叶迹最后分出时的维管构型、维管束鞘和边缘茎维管束内侧的厚壁组织束。通过对不同地区和不同时代辉木属已有种的特征分析，对辉木属属下分类做了尝试，根据维管束是否结成环状、叶迹维管构型、是否具维管束鞘、边缘茎维管束内侧的厚壁组织束的发育与否、边缘茎维管束是否分叉等特征将辉木属已有种（包括本文所研究的3 个种）分为5 个组：1. Blicklei 组，代表种为Psaronius blicklei Morgan，包括欧美植物区目前已知各种，可能还包括华夏植物区的一些种。它们的主要特征是：不具维管束鞘；边缘茎维管束内侧的厚壁组织束不发育。2．Panxianensis 组，代表种为盘县辉木Psaronius panxianensis He，Wang，Hilton,Tian et Zhou，包括王氏辉木、老屋基辉木、江苏辉木，可能还有八角辉木和六角辉木。最主要特征是：具维管束鞘，简单，仅由薄壁细胞构成；边缘茎维管束内侧具树枝状和伞状或锚状厚壁组织束；叶迹由3 根维管束构成。该组目前仅发现于华南地区二叠系。3. Tianii 组，以田氏辉木Psaronius tianii Li（MS）为代表，目前只有这一个种。该组的主要特征：具维管束鞘，复杂，可分为两层；边缘茎维管束内侧具菊花状厚壁组织束，且每两环维管束之间具两条厚壁组织束，其中一条连续，另一条不连续；叶迹呈歪斜的弓形或M 形；叶迹维管束与茎维管束等粗；边缘茎维管束可分叉。该组目前仅发现于华南地区二叠系。4. Brasiliensis 组，以巴西辉木Psaronius brasiliensis Brongniart 为代表，除巴西辉木外，可能还包括P. sp. Herbst。该组的最主要特征就是其维管束的一端内卷并与主体部分连接形成一个封闭的环状构造；茎中央的维管束小，形态多变，而且排列十分不规则。该组目前仅发现于南美地区二叠系。5. Sinuosus 组，以P. sinuosus Herbst 为代表，目前也只有此一个种。其最主要的特征就是叶迹具多个维管束，且排列无规则；茎维管束非常长，呈盘绕状。该组目前仅发现于南美地区二叠系。生殖器官归入虫囊蕨属Scolecopteris（Zenker）Millay，建立一新种：贵州虫囊蕨。该种仅保存有聚合囊和分散的孢子囊，生殖小羽片不明。孢子囊面向外的壁较厚，但分化，自内向外可分为三部分；孢子具三缝，较大，直径55-60μm。由于该种同时拥有Millay 认为的原始特征（大的孢子）和进化特征（即分化的孢子囊面向外的壁）。很可能Millay 的观点仅仅反映了欧美植物区虫囊蕨属的演化规律。

Phylogenetic relationships among the genera of the Penaeidae (Crustacea : Decapoda) revealed by mitochondrial 16S rRNA gene sequences

The phylogenetic relationships within the family Penaeidae are examined based on mitochondrial 16S rRNA gene sequence analysis of 30 species from 20 genera. The analysis generally supports the three- tribe scheme proposed by Burkenroad ( 1983) but it is not consistent with the five- group classification of Kubo ( 1949). Three clades are resolved: ( Penaeus sensu stricto + Fenneropenaeus + Litopenaeus + Farfantepenaeus + Marsupenaeus + Melicertus + Funchalia + Heteropenaeus), ( Metapenaeus + Parapenaeopsis + Xiphopenaeus + Rimapenaeus + Megokris + Trachysalambria) and ( Metapenaeopsis + Penaeopsis + Parapenaeus), corresponding to the Penaeini, Trachypenaeini and Parapenaeini respectively, while the affinities of Atypopenaeus and Trachypenaeopsis are obscure. The molecular data support that Miyadiella represents the juvenile stage of Atypopenaeus. Within the Trachypenaeini, Trachypenaeus sensu lato is clearly paraphyletic, while the monophyly of Penaeus sensu lato in the Penaeini is questionable.

Monitoramento da fenologia de espécies arbóreas das florestas brasileiras: carvalho-brasileiro.

2009

Controle biologico do percevejo-de-renda (Leptopharsa heveae Drake & Poor) em seringais de cultivo.

A mosca-de-renda ou percevejo-de-renda (Leptopharsa heveae - Hemiptera: Tingidae) e o mais importante inseto-praga da seringueira no Brasil. Essa praga de origem amazonica invadiu os seringais do Estado de Mato Grosso por volta de 1985 e, de 1992 a 1998, chegou aos seringais do Estado Sao Paulo e de Goias. Acredita-se que breve chegara aos Estados da Bahia, Espirito Santo e Minas Gerais. O principal agente disseminador desse inseto-praga entre estados e seringais tem sido os veiculos transportadores de coagulos e latex semiprocessado (GEB). O controle quimico dessa praga, alem de muito caro, coloca em risco os aplicadores e o meio ambiente. Em 1986, no Amazonas, o fungo Sporothrix insectorum foi constatado parasitando individuos do percevejo-de-renda. Com base nessa constatacao foram feitos alguns estudos em campo e laboratorio onde se determinaram a eficiencia biologica (capacidade do inimigo natural para infectar e destruir a praga) e a eficiencia tecnica (capacidade do inimigo natural para reduzir os danos causados na planta pela acao da praga). Os resultados desses testes evidenciaram o elevado potencial do S. insectorum para o controle do percevejode-renda. Imediatamente apos os testes, esse fungo foi enviado para os Estados de Mato Grosso, Acre, Rondonia, e mais recentemente para Sao Paulo e Goias onde vem sendo utilizado com o fungo Hirsutella verticillioides por diversos produtores e empresas. O fungo H. verticillioides, outro inimigo natural do percevejo-de-renda, isolado em 1990, na Guiana Francesa, vem sendo bem mais agressivo nos seringais da regiao Centro-Oeste e de Sao Paulo que o S. insectorum. Os resultados obtidos de avaliacoes efetuadas em alguns seringais de Goias, Mato Grosso e Sao Paulo indicam eficiencia biologica (porcentagem de insetos colonizados e fixados na folha por ambos os fungos em fevereiro), variando de 53% a 100%. Por outro lado, a eficiencia tecnica, medida pelo nivel de descoloracao da folha ou % de danos causados pela praga em fevereiro, tendo como referencia folhas nao atacadas, variou de 16% a 63%.