The impact of spatial data redundancy on SOLAP query performance

Geographic Data Warehouses (GDW) are one of the main technologies used in decision-making processes and spatial analysis, and the literature proposes several conceptual and logical data models for GDW. However, little effort has been focused on studying how spatial data redundancy affects SOLAP (Spatial On-Line Analytical Processing) query performance over GDW. In this paper, we investigate this issue. Firstly, we compare redundant and non-redundant GDW schemas and conclude that redundancy is related to high performance losses. We also analyze the issue of indexing, aiming at improving SOLAP query performance on a redundant GDW. Comparisons of the SB-index approach, the star-join aided by R-tree and the star-join aided by GiST indicate that the SB-index significantly improves the elapsed time in query processing from 25% up to 99% with regard to SOLAP queries defined over the spatial predicates of intersection, enclosure and containment and applied to roll-up and drill-down operations. We also investigate the impact of the increase in data volume on the performance. The increase did not impair the performance of the SB-index, which highly improved the elapsed time in query processing. Performance tests also show that the SB-index is far more compact than the star-join, requiring only a small fraction of at most 0.20% of the volume. Moreover, we propose a specific enhancement of the SB-index to deal with spatial data redundancy. This enhancement improved performance from 80 to 91% for redundant GDW schemas.

Pre-processing for noise detection in gene expression classification data

Due to the imprecise nature of biological experiments, biological data is often characterized by the presence of redundant and noisy data. This may be due to errors that occurred during data collection, such as contaminations in laboratorial samples. It is the case of gene expression data, where the equipments and tools currently used frequently produce noisy biological data. Machine Learning algorithms have been successfully used in gene expression data analysis. Although many Machine Learning algorithms can deal with noise, detecting and removing noisy instances from the training data set can help the induction of the target hypothesis. This paper evaluates the use of distance-based pre-processing techniques for noise detection in gene expression data classification problems. This evaluation analyzes the effectiveness of the techniques investigated in removing noisy data, measured by the accuracy obtained by different Machine Learning classifiers over the pre-processed data.

Spatial analysis of urban violence based on emergency room data

OBJECTIVE: To estimate the spatial intensity of urban violence events using wavelet-based methods and emergency room data. METHODS: Information on victims attended at the emergency room of a public hospital in the city of São Paulo, Southeastern Brazil, from January 1, 2002 to January 11, 2003 were obtained from hospital records. The spatial distribution of 3,540 events was recorded and a uniform random procedure was used to allocate records with incomplete addresses. Point processes and wavelet analysis technique were used to estimate the spatial intensity, defined as the expected number of events by unit area. RESULTS: Of all georeferenced points, 59% were accidents and 40% were assaults. There is a non-homogeneous spatial distribution of the events with high concentration in two districts and three large avenues in the southern area of the city of São Paulo. CONCLUSIONS: Hospital records combined with methodological tools to estimate intensity of events are useful to study urban violence. The wavelet analysis is useful in the computation of the expected number of events and their respective confidence bands for any sub-region and, consequently, in the specification of risk estimates that could be used in decision-making processes for public policies.

New data on the natural history and description of the immatures of Fulgeochlizus bruchi, a bioluminescent beetle from Central Brazil (Elateridae, Pyrophorini)

The mature larva and pupa of Fulgeochlizus bruchi (Candèze, 1896) are described and illustrated. Bioluminescent patterns are also given. Comments, new data on the first instar larva and natural history data are presented. The first instar larvae differ from the mature larvae mainly in their chaetotaxy, which is sparse and more symmetrically distributed.

A situação epidemiológica da tuberculose na República da Guiné-Bissau, 2000 - 2005

INTRODUÇÃO: A tuberculose na República da Guiné-Bissau não apresenta bons indicadores de saúde, assim como na maioria dos países em vias de desenvolvimento. OBJETIVO: Estudar na República da Guiné-Bissau e nas suas Províncias, a situação epidemiológica da doença no período de 2000 a 2005. MÉTODO: Realizou-se levantamento de dados secundários junto ao Programa Nacional de Luta Contra Lepra e Tuberculose, no período de 2000 a 2005, e análise de relatórios anuais da Capital e das Províncias da Guiné-Bissau, para o cálculo de coeficientes e taxas dos indicadores. RESULTADOS: O número de casos de tuberculose manteve-se estável no período de 2000 (1.959 casos) a 2005 (1.888 casos). O percentual de casos pulmonares variou de 96,0 a 98,8%, dos quais 55% eram bacilíferos. Em 2005 o coeficiente de prevalência foi de 142,4/100.000, o de incidência 131,3/100.000 e o de mortalidade, 16,8/100.000 habitantes. A maior concentração de casos ocorreu na região da Capital. A taxa de cura variou entre 46,5% em 2000 e 69,6% em 2005, e a de abandono de tratamento de 29,8% em 2000 para 12,1% em 2005. CONCLUSÃO: Os indicadores do Plano Estratégico Nacional devem ser melhorados, sobretudo no que diz respeito à busca ativa de casos, à descentralização do atendimento aos doentes, à implantação da estratégia DOTS e à necessidade de um sistema de informação e notificação eficientes.

Estimating HIV-1 incidence using the serologic testing algorithm for recent HIV infections at HIV counseling and testing centers in the city of São Paulo, Brazil

The network of HIV counseling and testing centers in São Paulo, Brazil is a major source of data used to build epidemiological profiles of the client population. We examined HIV-1 incidence from November 2000 to April 2001, comparing epidemiological and socio-behavioral data of recently-infected individuals with those with long-standing infection. A less sensitive ELISA was employed to identify recent infection. The overall incidence of HIV-1 infection was 0.53/100/year (95% CI: 0.31-0.85/100/year): 0.77/100/year for males (95% CI: 0.42-1.27/100/year) and 0.22/100/ year (95% CI: 0.05-0.59/100/year) for females. Overall HIV-1 prevalence was 3.2% (95% CI: 2.8-3.7%), being 4.0% among males (95% CI: 3.3-4.7%) and 2.1% among females (95% CI: 1.6-2.8%). Recent infections accounted for 15% of the total (95% CI: 10.2-20.8%). Recent infection correlated with being younger and male (p = 0.019). Therefore, recent infection was more common among younger males and older females.

Violência contra idosos: uma questão nova?

O envelhecimento da população mundial é um fato concreto e de conhecimento público. O Brasil inicia seu processo de transição demográfica seguindo o padrão mundial: o aumento do número de idosos com possibilidade de atingir elevadas faixas etárias, o que traz a necessidade de pesquisas nesse campo, devido à demanda apresentada por essa nova parcela da população. A questão da violência doméstica contra idosos tem se ampliado e sugere necessidade de maior campo de investigação nessa área, dado o risco suposto ao qual essa população mais idosa está submetida. O objetivo deste artigo é verificar os estudos relacionados ao tema já realizados no Brasil e em diferentes países, com enfoque epidemiológico. O trabalho apresenta diversos pontos de abordagem da violência contra idosos, considerando questões relacionadas à cultura do envelhecimento, ações de políticas públicas, atuação de equipes de saúde, definição do termo abordado, aspectos legais e éticos da violência contra o idoso. Tal estudo permite ao pesquisador analisar os diferentes aspectos que envolvem a temática, demonstrando a necessidade de pesquisas específicas direcionadas ao tema.

Presença de mosquitos (Diptera: Culicidae) em piscinões na zona leste de São Paulo

INTRODUÇÃO: Alterações no ambiente vêm contribuindo com mudanças climáticas, como o aumento do volume de chuvas, que acarreta as inundações. Medidas estão sendo tomadas no enfrentamento das inundações, como a implantação dos reservatórios de contenção de cheias (piscinões). Neste trabalho, foi avaliada a fauna de culicídeos, de importância epidemiológica, nos piscinões Caguaçu e Inhumas. MÉTODOS: Foram realizadas coletas mensais nos piscinões Caguaçu e Inhumas, situados na região leste de São Paulo, de março de 2006 a fevereiro de 2007, empregando-se os métodos de concha entomológica e aspirador. Para análise dos dados, foram realizadas análises estatísticas descritivas e a regressão linear simples. RESULTADOS: Foram coletados 8.917 culicídeos, destacando-se Culex (Culex) quinquefasciatus, que representou 98,9% dos espécimes no Inhumas e 95,2% no Caguaçu. No Caguaçu, a maior frequência de imaturos foi observada no vertedouro (61%) e no Inhumas na canaleta (42,6%). A precipitação prediz 87% da abundância numérica de larvas de terceiro e de quarto estágio no Caguaçu e 60% do número de pupas coletadas. No Inhumas, a precipitação explicou 36% da abundância numérica de larvas e 18% do número de pupas. CONCLUSÕES: Culex quinquefasciatus, vetor de agentes da filariose, arboviroses e fator de incômodo à população, foi a espécie mais frequente nos dois ambientes. Medidas de controle da espécie nos piscinões estudados se fazem necessárias tendo em vista seu potencial epidemiológico.

Programa de Controle da Doença de Chagas no Estado de São Paulo: aspectos sorológicos e entomológicos de inquéritos entre escolares de ensino fundamental

Como parte de avaliação de medidas de controle de vetores, levadas a efeito no Estado de São Paulo, na década de 60, inquéritos sorológicos entre crianças escolares nascidas após sua aplicação foram realizados nos períodos abrangidos entre os anos 1968 e 1970, em todos os municípios do estado, à exceção dos da Grande São Paulo e, anualmente, de 1973 a 1983, em amostra selecionada a partir daqueles com as maiores soroprevalências para a infecção chagásica. No primeiro caso, a metodologia sorológica previu os exames à base da reação de fixação de complemento, em soros e, no segundo, a reação de imunofluorescência indireta, em eluatos de sangue total absorvido em papel-filtro. Presença de triatomíneos e sua condição de infecção por Trypanosoma cruzi, coligidas nos diversos municípios de acordo com o ano dos nascimentos dos escolares e da realização dos inquéritos, permitiram vislumbrar o quadro da infecção chagásica no Estado de São Paulo, naquelas épocas. A região de Sorocaba destacou-se das demais em termos sorológicos, sustentada pela presença do Triatoma infestans até o início da década de 70. Similarmente, a autoctonia dos casos foi aí observada de maneira preponderante, enquanto que em outras regiões do estado manteve-se um equilíbrio entre casos autóctones e importados. A análise dos dados revela que, ainda em 1974, a transmissão vetorial poderia registrar-se no estado. É importante destacar que, mesmo com falhas de cobertura, até o ano de 1997, não se observou mais sororreatividade para infecção chagásica nas idades inferiores a 15 anos, no Programa de Controle do Estado de São Paulo.

Novos registros e potencial epidemiológico de algumas espécies de mosquitos (Diptera, Culicidae), no Estado do Rio Grande do Sul

INTRODUÇÃO: A vigilância entomológica tem se mostrado uma importante estratégia de monitoramento da fauna de culicídeos com vistas a predizer o risco de exposição a espécies vetoras de patógenos. Esse trabalho apresenta uma lista de mosquitos identificados pela primeira vez no Rio Grande do Sul e discute o potencial epidemiológico de algumas espécies ocorrentes no Município de Maquiné com registros em outras regiões do Estado. MÉTODOS: Os mosquitos foram coletados com aspirador de Nasci e armadilhas CDC, entre dezembro de 2006 e dezembro de 2008, em área silvestre, rural e urbana do Município de Maquiné. RESULTADOS: Foram verificadas 55 espécies, das quais 22 são registradas pela primeira vez no estado e 10 são potencialmente vetoras do vírus Saint Louis, Oropouche, Aura, Trocara, Ilhéus, Rocio, Una, West Nile e encefalite equina do leste. CONCLUSÕES: Esses dados demonstram a importância da Vigilância Entomológica como ferramenta de informação e ação para a Vigilância em Saúde.

Malária autóctone notificada no Estado de São Paulo: aspectos clínicos e epidemiológicos de 1980 a 2007

INTRODUÇÃO: A malária autóctone no Estado de São Paulo caracteriza-se por surtos esporádicos na região oeste e transmissão persistente na região leste onde ocorrem casos oligossintomáticos com baixa parasitemia pelo Plasmodium vivax. Os objetivos deste estudo foram: analisar a completitude das fichas de notificação de malária autóctone; estimar a tendência da incidência de casos autóctones no ESP de 1980 a 2007; analisar o comportamento clínico e epidemiológico dos casos em duas regiões de autoctonia neste período. MÉTODOS: Foi realizado um estudo descritivo com 18 variáveis das FIN de malária do ESP, analisadas em duas regiões e em dois períodos (1980-1993 e 1994-2007). Fontes de dados: SUCEN/SES/SP, SINAN/CVE/SES/SP e DATASUS. RESULTADOS: A completitude foi superior a 85% em 11 variáveis. A tendência da incidência foi decrescente. Foram notificados 821 casos autóctones, 91,6% na região leste, predominando Plasmodium vivax. A infecção assintomática teve maior porcentagem no segundo período (p<0,001). CONCLUSÕES: A completitude das informações foi considerada satisfatória. As diferenças clínicas encontradas merecem atenção da vigilância epidemiológica que deve lidar com o desafio da infecção assintomática por Plasmodium.

Primeira descrição epidemiológica da leishmaniose visceral em Campo Grande, Estado de Mato Grosso do Sul

Foi realizado estudo epidemiológico sobre casos de leishmaniose visceral notificados em Campo Grande de 2001 a 2006, utilizando-se dados do Sistema de Informação de Agravos de Notificação. Foram registradas 577 notificações com incidência de 1,47 casos/100.000hab em 2001, chegando a 20,98 casos /100.000hab em 2006, com notificações todos os meses a partir de 2002. Crianças até nove anos contribuíram com 40% dos casos. O sexo masculino contribuiu com 64% das notificações e o sexo feminino com 36%. A letalidade variou de 5% a 11%, com média de 8%. Dos 44 óbitos, 33 (75%) ocorreram no sexo masculino e 11 (25%) no sexo feminino. Embora os idosos tenham contribuído com 9% dos casos, a mortalidade entre eles alcançou 39%. Foram 27 casos de co-infecção Leishmania/HIV (5%) com letalidade de 15%, a maioria em homens dos 20 aos 49 anos. Constatou-se processo de endemização da doença com elevada incidência.

Epidemiological study on leishmaniasis in an area of environmental tourism and ecotourism, State of Mato Grosso do Sul, 2006-2007

The aims of this study were to carry out a serological survey of canine leishmaniasis and identify the phlebotomine fauna in the urban area of Bonito, Mato Grosso do Sul. The serological survey was conducted on a sample of 303 dogs, by means of the indirect immunofluorescence test. Phlebotomines were captured using automated light traps. The serological survey found that 30% of the dogs were seropositive, both from the center and from all districts of the town. A total of 2,772 specimens of phlebotomines were caught and the species most found was Lutzomyia longipalpis (90.4%), which corroborated its role as the vector of for canine visceral leishmaniasis in the region. Phlebotomines of the species Bichromomyia flaviscutellata (the main vector for Leishmania (Leishmania) amazonensis) and Nyssomyia whitmani (the vector for Leishmania (Viannia) brasiliensis) were also caught. The findings indicate the need for continuous epidemiological surveillance, with attention towards diminishing the vector breeding sites and the transmission of these diseases in that region.

Características clínico-epidemiológicas da doença Lyme-símile em crianças

OBJETIVO: Determinar a prevalência, distribuição etária, sazonalidade, características clínicas da doença Lyme-símile em menores de 15 anos. MÉTODOS: De julho/1998 a dezembro/2000 foi conduzido um estudo transversal em 333 pacientes, com exantema e febre. Foram coletadas amostras pareadas de sangue para a identificação de patógenos. Somente em 193 amostras, negativas aos outros patógenos (Parvovirus B19, Herpesvírus 6 humano, Sarampo, Rubéola, Dengue, Escarlatina e Enterovírus), foram realizadas a pesquisa da borreliose pelos métodos de Enzyme-Linked Immunosorbent Assay e Western-blotting. Outras variáveis clínicas, socioeconômicas, demográficas e climáticas foram estudadas. RESULTADOS: A prevalência da doença foi de 6,2%(12/193). Das variáveis estudadas, houve predomínio em <6anos(83,2%); sexo feminino (66,7%); procedência da cidade de Franco da Rocha (58,3%); com sazonalidade no outono-verão. O intervalo de atendimento foi de quatro dias. Sinais e sintomas com significância estatística: prurido, ausência da fissura labial e bom estado clínico. Outros dados presentes foram: irritabilidade (80%); febre (?38ºC) (58,3%) com duração de um a três dias. O exantema foi do tipo máculo-papular (33,3%), urticariforme (25%) e escarlatiniforme (16,7%); predominando em tronco (60%). Não houve apresentação clínica característica para diagnóstico da doença de Lyme-símile nestes pacientes. A sensibilidade e especificidade para o diagnóstico clínico contraposta com o diagnóstico laboratorial foi zero. O acompanhamento de 10 casos durante dois anos não evidenciou complicações cardiológicas ou neurológicas. Este é o primeiro estudo desta doença em crianças brasileiras. CONCLUSÃO: A prevalência da doença Lyme-símile foi baixa, não tendo sido lembrada no diagnóstico inicial dos exantemas, mas seu conhecimento é necessário, necessitando maior atenção médica.

Epidemiological and ecological aspects related to malaria in the area of influence of the lake at Porto Primavera dam, in western São Paulo State, Brazil

A study was carried out in the area of influence of the Porto Primavera Hydroelectric Power Station, in western São Paulo State, to investigate ecological and epidemiological aspects of malaria in the area and monitor the profile of the anopheline populations following the environmental changes brought about by the construction of the lake. Mosquitoes captured were analyzed by standardized indicator species analysis (ISA) before and during different flooding phases (253 m and 257 m elevations). The local human population was studied by means of parasitological (thin/thick blood smears), molecular (PCR) and serological tests. Serological tests consisted of Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) with synthetic peptides of the circumsporozoite protein (CSP) from classic Plasmodium vivax, P. vivax variants (VK247 and "vivax-like"), P. malariae and P. falciparum and Indirect Immunofluorescence Assay (IFA) with asexual forms of P. vivax, P. malariae and P. falciparum. The results of the entomological survey indicated that, although the Anopheles darlingi population increased after the flooding, the population density remained very low. No malaria, parasite infection or DNA was detected in the inhabitants of the study area. However, there was a low frequency of antibodies against asexual forms and a significant prevalence of antibodies against P. vivax, P. vivax variants, P. falciparum and P. malariae; the presence of these antibodies may result from recent or less recent contact with human or simian Plasmodium (a parallel study in the same area revealed the existence of a sylvatic cycle). Nevertheless, these results suggest that, as in other places where malaria is present and potential vectors circulate, the local epidemiological conditions observed could potentially support the transmission of malaria in Porto Primavera Lake if infected individuals are introduced in sufficient numbers. Further studies are required to elucidate the phenomena described in this paper.