Shedding light on the role of the prokaryotic assemblage in the biogeochemical cycles of the dark ocean

Se han eliminado las páginas en blanco

Difusividad turbulenta vertical y suministro de nutrientes en la Cuenca de Canarias

Programa de doctorado en Oceanografía

Viruses in the marine environment: community dynamics, phage-host interactions and genomic structure

[EN] There are an estimated 1030 viruses in the world oceans, the majority of which are phages (viruses that infect bacteria). Extensive research has demonstrated the significant influence of marine phages on microbial abundance, community structure, genetic exchange and global biogeochemical cycles. In this thesis, we contribute to increase the knowledge about the ecological role of viruses in marine systems, but also we aimed to provide a better understanding about the interactions between phages and their hosts and the genetic pool and biogeography of some the isolated phages genomes.

Impact of IL28B genotype on first-week response to telaprevir-based therapy in HIV-HCV coinfection

BACKGROUND IL28B genotype predicts response to treatment against hepatitis C virus (HCV) with pegylated interferon/ribavirin (PR) and impacts on the outcome of therapy including telaprevir (TVR). This study aimed to determine the influence of the favorable IL28B genotype on early viral kinetics during therapy with TVR/PR in HIV/HCV-coinfected patients. METHODS All HIV/HCV genotype 1-coinfected subjects who received TVR/PR for at least 4 weeks were included from populations prospectively followed in 22 centers throughout Germany, Switzerland and Spain. RESULTS Of the 129 subjects included, 38 (29.5%) presented with IL28B genotype CC and 94 (72.9%) were treatment-experienced. Ninety-six (73.8%) patients showed undetectable plasma HCV-RNA at treatment week (W) 4: 30 (78.9%) of the IL28B-CC carriers and 65 (71.4%) of the non-CC carriers (p=0.377). Among treatment-naïve patients, proportions of undetectable HCV-RNA among IL28B-CC versus non-CC carriers were 8/9 (88.9%) versus 3/9 (33.3%, p=0.016) and 14/17 (82.4%) versus 11/18 (61.1%, p=0.164) at W2 and W4. The decrease of HCV-RNA at W2 and W4 was similar among the IL28B carriers. CONCLUSIONS IL28B genotype does not predict W4 response to TVR/PR in HIV/HCV-coinfected patients, regardless of their treatment history. However, there is evidence of an impact on response during the first weeks in treatment-naïve patients.

Impacto de la crisis europea (2008-2012)

Las crisis ocurren cuando se realizan cambios estratégicos importantes y cuando los sistemas que han estado en equilibrio son sacados de dicho estado por alguna perturbación. Las crisis no ocurren de forma repentina, se van desarrollando hasta que se evidencian. Pueden tomar poco tiempo, o en algunos casos, un tiempo mayor. Las crisis económicas son un problema que, día a día, afectan a las sociedades, que poco a poco deterioran la calidad de vida de todo ser humano. Sin embargo, muchas veces son inevitables y se debe aprender a convivir y adaptarse tratando de oponerse frente a las adversidades que se presentan. La crisis financiera iniciada en el 2008 ha sido señalada por muchos especialistas internacionales como la "crisis de los países desarrollados", las mayores consecuencias se observan fundamentalmente en los países más ricos del mundo, debido a que sus economías se encuentran más expuestas a los avatares del crédito internacional. Entre los principales factores causantes de la crisis intervinieron los altos precios de las materias primas, la sobrevalorización del producto, una crisis alimentaria mundial y energética, una elevada inflación planetaria y la amenaza de una recesión en todo el mundo, así como una crisis crediticia, hipotecaria y de confianza en los mercados. Los efectos de la crisis financiera global impactaron fuertemente en la economía de las principales naciones europeas. Se evidenciaron fuertes implicancias en los sectores vinculados a la construcción tanto pública como privada, al turismo y a las finanzas, afectando considerablemente la tasa de desempleo en cada uno de ellos. Sin embargo, aparentemente el sector agroalimentario de Europa, pudo capear de mejor modo la crisis y su impacto fue relativamente menor que el manifestado en los demás. La hipótesis de este comportamiento es la Política Agraria Común (PAC) implementada en la Unión Europea, conjuntamente con la baja elasticidad precio de la demanda de productos agrícolas, actuaron como sostén de la actividad agroindustrial. En ese sentido, este trabajo apuntará a analizar y probar de la manera más clara posible si realmente el sector agrario sobrellevó de mejor manera esta crisis a diferencia de otros sectores de la economía, y si efectivamente fueron los motivos anteriormente comentados los que explican ese comportamiento. Además se pretende analizar las implicancias que determinaron una reacción y comportamiento distinto mediante el análisis de variables macroeconómicas consideradas claves.

Heat stress effects on crop performance and tools for tolerance breeding

Abiotic stress is one of the most common causes of crop deficit and loss and hence an important area of study. Moreover, concerns regarding global climate change over past decades mean the study of different abiotic stresses appears to be essential if its effects are to be mitigated. The current review covers the effects of heat stress on crop performance, the response crops make when subjected to this stress and the development of tools designed to breed for stress tolerant crops. Distinct levels of the problem are considered, from the morphological/anatomical, through the physiological and to the biochemical/molecular. The study of heat shock proteins (HSPs), quantitative trait loci (QTLs) identification and the relationship between metabolomics (OMICS) and heat stress are given special consideration.

El aborto inseguro en América Latina y el Caribe

En América Latina, la tasa es de 32 abortos por cada 1000 mujeres y el 95% de estos presentan riesgos para la vida y la Salud de la mujer. La tasa de aborto en Europa Occidental, donde la Interrupción Voluntaria del Embarazo es legal, es de tan solo 12 casos por cada 1000 mujeres. Su prohibición solo alienta al aborto clandestino y en condiciones de riesgo. Idea y realización: Pieter Van Eecke Concepto y producción: Objeto Directo Diseño gráfico: Florencia Lastreto Fotografía: Natalie Mikhaloff y Médicos del Mundo Voz en off español: Jorge Varela Cámara: Pieter Van Eecke Animaciones: Florencia Lastreto Musica (Creative Commons Licence - Attribution - Non Commercial - Share alike) Bonifrate - Estudio Rural Em R Major Fabrizio Paternili - Profondo Blu Robin Grey - Ninety Days Instrumental Robin Grey – Every Walking Hour Instrumental Médicos del Mundo Francia Coordinadora General Uruguay: Carine Thibaut Comunicación: Mauricio de los Santos Agradecimientos: MYSU, Lilián Abracinskas, Morgane Aveline, Camila Giugliani, Jean Guerini, Sandrine Simon, Alain Forgeot, Aurore Voet.

El cooperativismo y la financiación agrícola en Baja California, México (1930-1950) : Una aproximación inicial

Para la teoría neoclásica convencional el funcionamiento de los mercados de crédito soporta dos dificultades básicas: la información imperfecta o asimétrica y la selección adversa del prestatario aunada al riesgo del no pago. En el otro extremo, más heterodoxo, el colectivismo, el capital social y la formación de redes informales y sociedades de crédito suelen reducir los costes de transacción ligados al problema de la financiación. Este tipo de organización facilita el desenvolvimiento del cooperativismo en la economía. En México, después de la Revolución y la conformación de un régimen político autoritario y vertical, el cooperativismo se constituyó en uno de los referentes de la organización campesina para conseguir crédito de la banca pública y privada. En el noroeste del país y la península de Baja California, la existencia de cooperativas pesqueras, ganaderas, agrícolas y de transporte significó un despunte de la actividad económica y uno de los canales del desarrollo de la región. El propósito del artículo es perfilar qué tipo de cooperativismo se articuló en el Distrito Norte de la península de Baja California y qué tipo de relación guardó con el movimiento cooperativista nacional entre 1930 y 1950

El cooperativismo y la financiación agrícola en Baja California, México (1930-1950) : Una aproximación inicial

Para la teoría neoclásica convencional el funcionamiento de los mercados de crédito soporta dos dificultades básicas: la información imperfecta o asimétrica y la selección adversa del prestatario aunada al riesgo del no pago. En el otro extremo, más heterodoxo, el colectivismo, el capital social y la formación de redes informales y sociedades de crédito suelen reducir los costes de transacción ligados al problema de la financiación. Este tipo de organización facilita el desenvolvimiento del cooperativismo en la economía. En México, después de la Revolución y la conformación de un régimen político autoritario y vertical, el cooperativismo se constituyó en uno de los referentes de la organización campesina para conseguir crédito de la banca pública y privada. En el noroeste del país y la península de Baja California, la existencia de cooperativas pesqueras, ganaderas, agrícolas y de transporte significó un despunte de la actividad económica y uno de los canales del desarrollo de la región. El propósito del artículo es perfilar qué tipo de cooperativismo se articuló en el Distrito Norte de la península de Baja California y qué tipo de relación guardó con el movimiento cooperativista nacional entre 1930 y 1950

El cooperativismo y la financiación agrícola en Baja California, México (1930-1950) : Una aproximación inicial

Para la teoría neoclásica convencional el funcionamiento de los mercados de crédito soporta dos dificultades básicas: la información imperfecta o asimétrica y la selección adversa del prestatario aunada al riesgo del no pago. En el otro extremo, más heterodoxo, el colectivismo, el capital social y la formación de redes informales y sociedades de crédito suelen reducir los costes de transacción ligados al problema de la financiación. Este tipo de organización facilita el desenvolvimiento del cooperativismo en la economía. En México, después de la Revolución y la conformación de un régimen político autoritario y vertical, el cooperativismo se constituyó en uno de los referentes de la organización campesina para conseguir crédito de la banca pública y privada. En el noroeste del país y la península de Baja California, la existencia de cooperativas pesqueras, ganaderas, agrícolas y de transporte significó un despunte de la actividad económica y uno de los canales del desarrollo de la región. El propósito del artículo es perfilar qué tipo de cooperativismo se articuló en el Distrito Norte de la península de Baja California y qué tipo de relación guardó con el movimiento cooperativista nacional entre 1930 y 1950

Grid Global Behavior Prediction

Complexity has always been one of the most important issues in distributed computing. From the first clusters to grid and now cloud computing, dealing correctly and efficiently with system complexity is the key to taking technology a step further. In this sense, global behavior modeling is an innovative methodology aimed at understanding the grid behavior. The main objective of this methodology is to synthesize the grid's vast, heterogeneous nature into a simple but powerful behavior model, represented in the form of a single, abstract entity, with a global state. Global behavior modeling has proved to be very useful in effectively managing grid complexity but, in many cases, deeper knowledge is needed. It generates a descriptive model that could be greatly improved if extended not only to explain behavior, but also to predict it. In this paper we present a prediction methodology whose objective is to define the techniques needed to create global behavior prediction models for grid systems. This global behavior prediction can benefit grid management, specially in areas such as fault tolerance or job scheduling. The paper presents experimental results obtained in real scenarios in order to validate this approach.

Parallel and Distributed Data Management. Introduction

The manipulation and handling of an ever increasing volume of data by current data-intensive applications require novel techniques for e?cient data management. Despite recent advances in every aspect of data management (storage, access, querying, analysis, mining), future applications are expected to scale to even higher degrees, not only in terms of volumes of data handled but also in terms of users and resources, often making use of multiple, pre-existing autonomous, distributed or heterogeneous resources.

Geometría y Arquitectura en las iglesias cortesanas de Madrid en el siglo XVIII

Con la llegada al trono español de Felipe V, una pléyade de arquitectos y artistas italianos y franceses fueron llamados a Madrid por la nueva dinastía borbónica para cambiar el gusto artístico de un país de cultura y costumbres ajenas. De las obras que estos arquitectos dejaron en España, nos hemos centrado en la arquitectura religiosa por ser más evidente esta influencia. Hemos analizado dos iglesias madrileñas: la de San Ignacio y la Basílica Pontificia de San Miguel (antes iglesia de los santos Justo y Pastor).

A Description Framework and Event-Driven Architecture for the Semantic Web and Semantic Grid

In this introductory chapter we put in context and give a brief outline of the work that we thoroughly present in the rest of the dissertation. We consider this work divided in two main parts. The first part is the Firenze Framework, a knowledge level description framework rich enough to express the semantics required for describing both semantic Web services and semantic Grid services. We start by defining what the Semantic Grid is and its relation with the Semantic Web; and the possibility of their convergence since both initiatives have become mainly service-oriented. We also introduce the main motivators of the creation of this framework, one is to provide a valid description framework that works at knowledge level; the other to provide a description framework that takes into account the characteristics of Grid services in order to be able to describe them properly. The other part of the dissertation is devoted to Vega, an event-driven architecture that, by means of proposed knowledge level description framework, is able to achieve high scale provisioning of knowledge-intensive services. In this introductory chapter we portrait the anatomy of a generic event-driven architecture, and we briefly enumerate their main characteristics, which are the reason that make them our choice.

Genomic analyses of flowering transition and inflorescence development in grapevine = Análisis genómicos de la transición floral y del desarrollo de la inflorescencia en la vid

The general objective of this work is to analyze the regulatory processes underlying flowering transition and inflorescence and flower development in grapevine. Most of these crucial developmental events take place within buds growing during two seasons in two consecutive years. During the first season, the shoot apical meristem within the bud differentiates all the basic elements of the shoot including flowering transition in lateral primordia and development of inflorescence primordia. These events practically end with bud dormancy. The second season, buds resume shoot growth associated to flower formation and development. In grapevine, the lateral meristems can give rise either to tendril or inflorescence primordia that are homologous organs. With this purpose, we performed global transcriptome analyses along the bud annual cycle and during inflorescence and tendril development. In addition, we approach the genomic analysis of the MIKC type MADS-box gene family in grapevine to identify all its members and assign them putative biological functions. Regarding buds developmental cycle, the results indicate that the main factors explaining the global gene expression differences were the processes of bud dormancy and active growth as well as stress responses. Non dormant buds exhibited up-regulation in functional categories typical of actively proliferating and growing cells (photosynthesis, cell cycle regulation, chromatin assembly) whereas in dormant ones the main functional categories up-regulated were associated to stress response pathways together with transcripts related to starch catabolism. Major transcriptional changes during the dormancy period were associated to the para/endodormancy, endo/ecodormancy and ecodormancy/bud break transitions. Global transcriptional analyses along tendril and inflorescence development suggested that these two homologous organs share a common transcriptional program related to cell proliferation functions. Both structures showed a progressive decrease in the expression of categories such as cell-cycle, auxin metabolism/signaling, DNA metabolism, chromatin assembly and a cluster of five transcripts belonging to the GROWTH-REGULATING FACTOR (GRF) transcription factor family, that are known to control cell proliferation in other species and determine the size of lateral organs. However, they also showed organ specific transcriptional programs that can be related to their differential organ structure and function. Tendrils showed higher transcription of genes related to photosynthesis, hormone signaling and secondary metabolism than inflorescences, while inflorescences have higher transcriptional activity for genes encoding transcription factors (especially those belonging to the MADS-box gene family). Further analysis along inflorescence development evidenced the relevance of additional functions likely related to processes of flower development such as fatty acid and lipid metabolism, jasmonate signaling and oxylipin biosynthesis. The transcriptional analyses performed highlighted the relevance of several groups of transcriptional regulators in the developmental processes studied. The expression profiles along bud development revealed significant differences for some MADS-box subfamilies in relation to other plant species, like the members of the FLC and SVP subfamilies suggesting new roles for these groups in grapevine. In this way, it was found that VvFLC2 and VvAGL15.1 could participate, together with some members of the SPL-L family, in dormancy regulation, as was shown for some of them in other woody plants. Similarly, the expression patterns of the VvFLC1, VvFUL, VvSOC1.1 (together with VvFT, VvMFT1 and VFL) genes could indicate that they play a role in flowering transition in grapevine, in parallel to their roles in other plant systems. The expression levels of VFL, the grapevine LEAFY homolog, could be crucial to specify the development of inflorescence and flower meristems instead of tendril meristems. MADS-box genes VvAP3.1 and 2, VvPI, VvAG1 and 3, VvSEP1-4, as well as VvBS1 and 2 are likely associated with the events of flower meristems and flower organs differentiation, while VvAP1 and VvFUL-L (together with VvSOC1.1, VvAGL6.2) could be involved on tendril development given their expression patterns. In addition, the biological function ofVvAP1 and VvTFL1A was analyzed using a gene silencing approach in transgenic grapevine plants. Our preliminary results suggested a possible role for both genes in the initiation and differentiation of tendrils. Finally, the genomic analysis of the MADS-box gene family in grapevine revealed differential features regarding number and expression pattern of genes putatively involved in the flowering transition process as compared to those involved in the specification of flower and fruit organ identity. Altogether, the results obtained allow identifying putative candidate genes and pathways regulating grapevine reproductive developmental processes paving the way to future experiments demonstrating specific gene biological functions. RESUMEN El objetivo general de este trabajo es analizar los procesos regulatorios subyacentes a la inducción floral así como al desarrollo de la inflorescencia y la flor en la vid. La mayor parte de estos eventos cruciales tienen lugar en las yemas a lo largo de dos estaciones de crecimiento consecutivas. Durante la primera estación, el meristemo apical contenido en la yema diferencia los elementos básicos del pámpano, lo cual incluye la inducción de la floración en los meristemos laterales y el subsiguiente desarrollo de primordios de inflorescencia. Estos procesos prácticamente cesan con la entrada en dormición de la yema. En la segunda estación, se reanuda el crecimiento del pámpano acompañado por la formación y desarrollo de las flores. En la vid, los meristemos laterales pueden dar lugar a primordios de inflorescencia o de zarcillo que son considerados órganos homólogos. Con este objetivo llevamos a cabo un estudio a nivel del transcriptoma de la yema a lo largo de su ciclo anual, así como a lo largo del desarrollo de la inflorescencia y del zarcillo. Además realizamos un análisis genómico de la familia MADS de factores transcripcionales (concretamente aquellos del tipo MIKC) para identificar todos sus miembros y tratar de asignarles posibles funciones biológicas. En cuanto al ciclo de desarrollo de la yema, los resultados indican que los principales factores que explican las diferencias globales en la expresión génica fueron los procesos de dormición de la yema y el crecimiento activo junto con las respuestas a diversos tipos de estrés. Las yemas no durmientes mostraron un incremento en la expresión de genes contenidos en categorías funcionales típicas de células en proliferación y crecimiento activo (como fotosíntesis, regulación del ciclo celular, ensamblaje de cromatina), mientras que en las yemas durmientes, las principales categorías funcionales activadas estaban asociadas a respuestas a estrés, así como con el catabolismo de almidón. Los mayores cambios observados a nivel de transcriptoma en la yema coincidieron con las transiciones de para/endodormición, endo/ecodormición y ecodormición/brotación. Los análisis transcripcionales globales a lo largo del desarrollo del zarcillo y de la inflorescencia sugirieron que estos dos órganos homólogos comparten un programa transcripcional común, relacionado con funciones de proliferación celular. Ambas estructuras mostraron un descenso progresivo en la expresión de genes pertenecientes a categorías funcionales como regulación del ciclo celular, metabolismo/señalización por auxinas, metabolismo de ADN, ensamblaje de cromatina y un grupo de cinco tránscritos pertenecientes a la familia de factores transcripcionales GROWTH-REGULATING FACTOR (GRF), que han sido asociados con el control de la proliferación celular y en determinar el tamaño de los órganos laterales en otras especies. Sin embargo, también pusieron de manifiesto programas transcripcionales que podrían estar relacionados con la diferente estructura y función de dichos órganos. Los zarcillos mostraron mayor actividad transcripcional de genes relacionados con fotosíntesis, señalización hormonal y metabolismo secundario que las inflorescencias, mientras que éstas presentaron mayor actividad transcripcional de genes codificantes de factores de transcripción (especialmente los pertenecientes a la familia MADS-box). Análisis adicionales a lo largo del desarrollo de la inflorescencia evidenciaron la relevancia de otras funciones posiblemente relacionadas con el desarrollo floral, como el metabolismo de lípidos y ácidos grasos, la señalización mediada por jasmonato y la biosíntesis de oxilipinas. Los análisis transcripcionales llevados a cabo pusieron de manifiesto la relevancia de varios grupos de factores transcripcionales en los procesos estudiados. Los perfiles de expresión estudiados a lo largo del desarrollo de la yema mostraron diferencias significativas en algunas de las subfamilias de genes MADS con respecto a otras especies vegetales, como las observadas en los miembros de las subfamilias FLC y SVP, lo cual sugiere que podrían desempeñar nuevas funciones en la vid. En este sentido, se encontró que los genes VvFLC2 y VvAGL15.1 podrían participar, junto con algunos miembros de la familia SPL-L, en la regulación de la dormición. De un modo similar, los patrones de expresión de los genes VvFLC1, VvFUL, VvSOC1.1 (junto con VvFT, VvMFT1 y VFL) podría indicar que desempeñan un papel en la regulación de la inducción de la floración en la vid, como se ha observado en otros sistemas vegetales. Los niveles de expresión de VFL, el homólogo en vid del gen LEAFY de A. thaliana podrían ser cruciales para la especificación del desarrollo de meristemos de inflorescencia y flor en lugar de meristemos de zarcillo. Los genes VvAP3.1 y 2, VvPI, VvAG1 y 3, VvSEP1-4, así como VvBS1 y 2 parecen estar asociados con los eventos de diferenciación de meristemos y órganos florales, mientras que VvAP1 y VvFUL-L (junto con VvSOC1.1 y VvAGL6.2) podrían estar implicados en el desarrollo del zarcillo dados sus patrones de expresión. Adicionalmente, se analizó la función biológica de los genes VvAP1 y VvTFL1A por medio de una estrategia de silenciamiento génico. Los datos preliminares sugieren un posible papel para ambos genes en la iniciación y diferenciación de los zarcillos. Finalmente, el análisis genómico de la familia MADS en vid evidenció diferencias con respecto a otras especies vegetales en cuanto a número de miembros y patrón de expresión en genes supuestamente implicados en la inducción de la floración, en comparación con aquellos relacionados con la especificación de identidad de órganos florales y desarrollo del fruto. En conjunto, los resultados obtenidos han permitido identificar posibles rutas y genes candidatos a participar en la regulación de los procesos de desarrollo reproductivo de la vid, sentando las bases de futuros experimentos encaminados a conocer la funciones biológicas de genes específicos.