Predicting the physicochemical profile of diastereoisomeric histidine-containing dipeptides by property space analysis.

OBJECTIVES: This study aimed at measuring the lipophilicity and ionization constants of diastereoisomeric dipeptides, interpreting them in terms of conformational behavior, and developing statistical models to predict them. METHODS: A series of 20 dipeptides of general structure NH(2) -L-X-(L or D)-His-OMe was designed and synthetized. Their experimental ionization constants (pK(1) , pK(2) and pK(3) ) and lipophilicity parameters (log P(N) and log D(7.4) ) were measured by potentiometry. Molecular modeling in three media (vacuum, water, and chloroform) was used to explore and sample their conformational space, and for each stored conformer to calculate their radius of gyration, virtual log P (preferably written as log P(MLP) , meaning obtained by the molecular lipophilicity potential (MLP) method) and polar surface area (PSA). Means and ranges were calculated for these properties, as was their sensitivity (i.e., the ratio between property range and number of rotatable bonds). RESULTS: Marked differences between diastereoisomers were seen in their experimental ionization constants and lipophilicity parameters. These differences are explained by molecular flexibility, configuration-dependent differences in intramolecular interactions, and accessibility of functional groups. Multiple linear equations correlated experimental lipophilicity parameters and ionization constants with PSA range and other calculated parameters. CONCLUSION: This study documents the differences in lipophilicity and ionization constants between diastereoisomeric dipeptides. Such configuration-dependent differences are shown to depend markedly on differences in conformational behavior and to be amenable to multiple linear regression. Chirality 24:566-576, 2012. © 2012 Wiley Periodicals, Inc.

07032-012 Lake MacBride Watershed Final Report

Lake Macbride is considered to be one of the top four lakes for fishing in the state of Iowa. It is widely used by the public and contributes significant economic benefits to the county. Lake Macbride is situated in the North Corridor which is one of the fastest growing areas in the state. The lake has a surface area of 940 acres and drains 16,205 acres. Lake Macbride is on the Iowa 303(d) list for excessive sediments and nutrients. In 2001, Lake Macbride State Park received over 2.5 million dollars from the Marine Fuel Tax and Fish and Wildlife Trust to install 2 silt basins and stabilize over 12 miles of shoreline in the lake. Also in 2001, the Johnson County SWCD received a WSPF allocation from DSC to address agriculture and urban runoff issues in the watershed. Section 319 funding was received in 2002 to continue watershed efforts to the present. A watershed assessment was completed in 2003 to guide watershed activities. In 2005, a TMDL was completed for the lake. Since 2001, over $645,000 dollars has been spent by landowners and funding partners to install conservation practices in the watershed. Watershed efforts have resulted in the reduction of over 4200 tons of soils from being delivered into Lake Macbride. Nutrient reductions have also occurred from the development of nutrient management plans on 2000 acres. The District is in the process of wrapping up watershed efforts on private land. A series of 13 structures is planned to be installed in the State Park over the next several years. One of the last remaining items that still needs addressed is 1,400 feet of eroding shoreline adjacent to Lake Macbride along Cottage Reserve Road. The road is under the jurisdiction of the Johnson County Board of Supervisors. Both the Board of Supervisors and the IDNR are willing to contribute substantial dollars to address the 250 tons of soil that are being directly delivered to Lake Macbride each year.

Doublecortin cells and neurodegenerative disease

Introduction : Doublecortin (DCX) is a microtubule associated protein expressed by migrating neural precursors. DCX is also expressed in approximately 4% of all cortical cells in adult normal primate brain. DCX expression is also enhanced locally in response to an acute insult made to the brain. This is thought to play a role in plasticity or neural repair. That being said, it would be interesting to know how the expression of DCX is modified in a more chronic insult, like in neurodegeneration such as in Parkinson's Disease (PD) and Alzheimer's Disease (AD). The aim of my study is to study the expression of DCX cells in the cortex of patients having a neurodegenerative disease, compared to control patients. Method: DCX cells quantification on 9 DCX‐stained 5 μm thick formalin fixed paraffin embedded brain sections: 3 Alzheimer's disease patients, 3 Parkinson's disease patients and 3 control patients. Each patient had several sections that we could stain with different stainings (GALLYA, TAU, DCX). By using a computerized image analysis system (Explora Nova, La Rochelle, France), cortical columns were selected on areas on the cortex with a lot of degeneration subjectively observed on GALLYA stained sections and on TAU stained sections. Then total number of cells was counted on TAU sections, where all nuclei were colored in blue. Then the DCX cells were counted on the corresponding DCX sections. These values were standardized to a reference surface area. The ratio of DCX cells over total cells was then calculated. Results : There is a difference of DCX cell expression between Alzheimer's Disease patients and control patients. The percentage of dcx cells in the cortex of an Alzheimer's patient is around 12.54% ± 2.17%, where as in the cortex of control patients, it is around 5.47% ± 0.83%. On the other hand, there is no significant difference in the ratio of DCX cells over total cells between parkinson's patients and control patients, both having around 5% of DCX cells. Discussion: There is a dramatic increase of DCX expression in AD (12.5%) compared to PD and controls (5.5%). The increase in DCX ratio in AD may have two potential causes: 1.The increased ratio is due to DCX cells being more resistant to degeneration compared to surrounding cells which are degenerating due to AD, leading to the cortical atrophy observed in AD patients. So the decrease of total cells without any change in the number of DCX cells makes the ratio bigger in AD compared to the controls. 2.The increased ratio is due to an actual increase in DCX cells. This means that there is some neural repair to compensate the degenerative process, just like the repair process observed in acute lesions to the brain. This second idea can be integrated in the broader point of view of neuroinflammation. The progression of the disease would trigger neuroinflammation and the process following the primary inflammatory response which is neural repair. So our study can show that the increase in DCX cells is an attempt to repair the degenerated neurons, in the context of neuroinflammation triggered by the physiopathological progression of the disease.

Water Quality Monitoring Report - 2005-2009 Monitoring of Prairie Pothole Wetlands

Prior to European settlement, wetland basins covered 4 to 6 million acres, or approximately 11% of Iowa's surface area. Wetlands were part of every watershed in the state, but nearly 95% of them have been drained for agriculture. As Iowa was settled wetlands were drained and developed, resulting in the loss of wildlife habitat, damage to water quality, rapid topsoil erosion, and increased incidents and severity of flooding. The condition of Iowa’s remaining wetlands is poorly known. The goal of this project was to assess the ecological condition of prairie pothole wetlands in a defined region of north-central Iowa. This project has worked to develop and establish our wetland sampling methods, while providing baseline data regarding the basic chemical, physical, and biological status of Iowa’s permanent and semi-permanent wetland resources. The baseline data obtained from our monitoring methods is mainly in the form of numerical values derived from the lab analyses of our samples. This data will be used to begin building a database to interpret ecological condition changes in Iowa’s wetlands as the sampling regime and assessment methodology are repeated over time.

Impact of engineered nanomaterials on health : considerations for benefit-risk assessment

Nanotechnology encompasses the design, characterisation, production and application of materials and systems by controlling shape and size at the nanoscale (nanometres). Nanomaterials may differ from other materials because of their relatively large specific surface area, such that surface properties become particularly important. There has been rapid growth in investment in nanotechnology by both the public and private sectors worldwide. In the EU, nanotechnology is expected to become an important strategic contributor to achieving economic gain and societal and individual benefits. At the same time there is continuing scientific uncertainty and controversy about the safety of nanomaterials. It is important to ensure that timely policy development takes this into consideration. Uncertainty about safety may lead to polarised public debate and to business unwillingness to invest further. A clear regulatory framework to address potential health and environmental impacts, within the wider context of evaluating and communicating the benefit-risk balance, must be a core part of Europe's integrated efforts for nanotechnology innovation. While a number of studies have been carried out on the effect of environmental nanoparticles, e.g. from combustion processes, on human health, there is yet no generally acceptable paradigm for safety assessment of nanomaterials in consumer and other products. Therefore, a working group was established to consider issues for the possible impact of nanomaterials on human health focussing specifically on engineered nanomaterials. This represents the first joint initiative between EASAC and the Joint Research Centre of the European Commission. The working group was given the remit to describe the state of the art of benefits and potential risks, current methods for safety assessment, and to evaluate their relevance, identify knowledge gaps in studying the safety of current nanomaterials, and recommend on priorities for nanomaterial research and the regulatory framework. This report focuses on key principles and issues, cross-referencing other sources for detailed information, rather than attempting a comprehensive account of the science. The focus is on human health although environmental effects are also discussed when directly relevant to health

Textural controls on induced polarization and permeability in granular media

The spatial resolution visualized with hydrological models and the conceptualized images of subsurface hydrological processes often exceed resolution of the data collected with classical instrumentation at the field scale. In recent years it was possible to increasingly diminish the inherent gap to information from point like field data through the application of hydrogeophysical methods at field-scale. With regards to all common geophysical exploration techniques, electric and electromagnetic methods have arguably to greatest sensitivity to hydrologically relevant parameters. Of particular interest in this context are induced polarisation (IP) measurements, which essentially constrain the capacity of a probed subsurface region to store an electrical charge. In the absence of metallic conductors the IP- response is largely driven by current conduction along the grain surfaces. This offers the perspective to link such measurements to the characteristics of the solid-fluid-interface and thus, at least in unconsolidated sediments, should allow for first-order estimates of the permeability structure.¦While the IP-effect is well explored through laboratory experiments and in part verified through field data for clay-rich environments, the applicability of IP-based characterizations to clay-poor aquifers is not clear. For example, polarization mechanisms like membrane polarization are not applicable in the rather wide pore-systems of clay free sands, and the direct transposition of Schwarz' theory relating polarization of spheres to the relaxation mechanism of polarized cells to complex natural sediments yields ambiguous results.¦In order to improve our understanding of the structural origins of IP-signals in such environments as well as their correlation with pertinent hydrological parameters, various laboratory measurements have been conducted. We consider saturated quartz samples with a grain size spectrum varying from fine sand to fine gravel, that is grain diameters between 0,09 and 5,6 mm, as well as corresponding pertinent mixtures which can be regarded as proxies for widespread alluvial deposits. The pore space characteristics are altered by changing (i) the grain size spectra, (ii) the degree of compaction, and (iii) the level of sorting. We then examined how these changes affect the SIP response, the hydraulic conductivity, and the specific surface area of the considered samples, while keeping any electrochemical variability during the measurements as small as possible. The results do not follow simple assumptions on relationships to single parameters such as grain size. It was found that the complexity of natural occurring media is not yet sufficiently represented when modelling IP. At the same time simple correlation to permeability was found to be strong and consistent. Hence, adaptations with the aim of better representing the geo-structure of natural porous media were applied to the simplified model space used in Schwarz' IP-effect-theory. The resulting semi- empiric relationship was found to more accurately predict the IP-effect and its relation to the parameters grain size and permeability. If combined with recent findings about the effect of pore fluid electrochemistry together with advanced complex resistivity tomography, these results will allow us to picture diverse aspects of the subsurface with relative certainty. Within the framework of single measurement campaigns, hydrologiste can than collect data with information about the geo-structure and geo-chemistry of the subsurface. However, additional research efforts will be necessary to further improve the understanding of the physical origins of IP-effect and minimize the potential for false interpretations.¦-¦Dans l'étude des processus et caractéristiques hydrologiques des subsurfaces, la résolution spatiale donnée par les modèles hydrologiques dépasse souvent la résolution des données du terrain récoltées avec des méthodes classiques d'hydrologie. Récemment il est possible de réduire de plus en plus cet divergence spatiale entre modèles numériques et données du terrain par l'utilisation de méthodes géophysiques, notamment celles géoélectriques. Parmi les méthodes électriques, la polarisation provoquée (PP) permet de représenter la capacité des roches poreuses et des sols à stocker une charge électrique. En l'absence des métaux dans le sous-sol, cet effet est largement influencé par des caractéristiques de surface des matériaux. En conséquence les mesures PP offrent une information des interfaces entre solides et fluides dans les matériaux poreux que nous pouvons lier à la perméabilité également dirigée par ces mêmes paramètres. L'effet de la polarisation provoquée à été étudié dans différentes études de laboratoire, ainsi que sur le terrain. A cause d'une faible capacité de polarisation des matériaux sableux, comparé aux argiles, leur caractérisation par l'effet-PP reste difficile a interpréter d'une manière cohérente pour les environnements hétérogènes.¦Pour améliorer les connaissances sur l'importance de la structure du sous-sol sableux envers l'effet PP et des paramètres hydrologiques, nous avons fait des mesures de laboratoire variées. En détail, nous avons considéré des échantillons sableux de quartz avec des distributions de taille de grain entre sables fins et graviers fins, en diamètre cela fait entre 0,09 et 5,6 mm. Les caractéristiques de l'espace poreux sont changées en modifiant (i) la distribution de taille des grains, (ii) le degré de compaction, et (iii) le niveau d'hétérogénéité dans la distribution de taille de grains. En suite nous étudions comment ces changements influencent l'effet-PP, la perméabilité et la surface spécifique des échantillons. Les paramètres électrochimiques sont gardés à un minimum pendant les mesures. Les résultats ne montrent pas de relation simple entre les paramètres pétro-physiques comme par exemples la taille des grains. La complexité des media naturels n'est pas encore suffisamment représenté par les modèles des processus PP. Néanmoins, la simple corrélation entre effet PP et perméabilité est fort et consistant. En conséquence la théorie de Schwarz sur l'effet-PP a été adapté de manière semi-empirique pour mieux pouvoir estimer la relation entre les résultats de l'effet-PP et les paramètres taille de graines et perméabilité. Nos résultats concernant l'influence de la texture des matériaux et celles de l'effet de l'électrochimie des fluides dans les pores, permettront de visualiser des divers aspects du sous-sol. Avec des telles mesures géo-électriques, les hydrologues peuvent collectionner des données contenant des informations sur la structure et la chimie des fluides des sous-sols. Néanmoins, plus de recherches sur les origines physiques de l'effet-PP sont nécessaires afin de minimiser le risque potentiel d'une mauvaise interprétation des données.

Venom alkaloid and cuticular hydrocarbon profiles are associated with social organization, queen fertility status, and queen genotype in the fire ant Solenopsis invicta.

Queens in social insect colonies advertise their presence in the colony to: a) attract workers' attention and care; b) gain acceptance by workers as replacement or supplemental reproductives; c) prevent reproductive development in nestmates. We analyzed the chemical content of whole body surface extracts of adult queens of different developmental and reproductive stages, and of adult workers from monogyne (single colony queen) and polygyne (multiple colony queens) forms of the fire ant Solenopsis invicta. We found that the composition of the most abundant components, venom alkaloids, differed between queens and workers, as well as between reproductive and non-reproductive queens. Additionally, workers of the two forms could be distinguished by alkaloid composition. Finally, sexually mature, non-reproductive queens from polygyne colonies differed in their proportions of cis-piperidine alkaloids, depending on their Gp-9 genotype, although the difference disappeared once they became functional reproductives. Among the unsaturated cuticular hydrocarbons characteristic of queens, there were differences in amounts of alkenes/alkadienes between non-reproductive polygyne queens of different Gp-9 genotypes, between non-reproductive and reproductive queens, and between polygyne and monogyne reproductive queens, with the amounts increasing at a relatively higher rate through reproductive ontogeny in queens bearing the Gp-9 b allele. Given that the genotype-specific piperidine differences reflect differences in rates of reproductive maturation between queens, we speculate that these abundant and unique compounds have been co-opted to serve in fertility signaling, while the cuticular hydrocarbons now play a complementary role in regulation of social organization by signaling queen Gp-9 genotype.

Root system distribution and yield of 'Conilon' coffee propagated by seeds or cuttings

The objective of this work was to evaluate the root system distribution and the yield of 'Conilon' coffee (Coffea canephora) propagated by seeds or cuttings. The experiment was carried out with 2x1 m spacing, in an Oxisol with sandy clay loam texture. A randomized complete block design was used, following a 2x9x6 factorial arrangement, with two propagation methods (seeds and cuttings), nine sampling spacings (0.15, 0.30, 0.45, 0.60, 0.75, and 0.90 m between rows, and 0.15, 0.30, and 0.45 between plants within rows), six soil depths (0.10-0.20, 0.20-0.30, 0.30-0.40, 0.40-0.50, and 0.50-0.60 m), and six replicates. Soil cores (27 cm3) with roots were taken from 12 experimental units, 146 months after planting. The surface area of the root system and root diameter, length, and volume were assessed for 13 years and, then, correlated with grain yield. The highest fine root concentration occurred at the superficial soil layers. The variables used to characterize the root system did not differ between propagation methods. Moreover, no differences were observed for net photosynthetic CO2 assimilation rate, stomatal conductance, internal CO2 concentrations, and instantaneous water-use efficiency in the leaves. Cutting-propagated plants were more productive than seed-propagated ones.

Electrochemical synthesis of mesoporous CoPt nanowires for methanol oxidation

A new electrochemical method to synthesize mesoporous nanowires of alloys has been developed. Electrochemical deposition in ionic liquid-in-water (IL/W) microemulsion has been successful to grow mesoporous CoPt nanowires in the interior of polycarbonate membranes. The viscosity of the medium was high, but it did not avoid the entrance of the microemulsion in the interior of the membrane"s channels. The structure of the IL/W microemulsions, with droplets of ionic liquid (4 nm average diameter) dispersed in CoPt aqueous solution, defined the structure of the nanowires, with pores of a few nanometers, because CoPt alloy deposited only from the aqueous component of the microemulsion. The electrodeposition in IL/W microemulsion allows obtaining mesoporous structures in which the small pores must correspond to the size of the droplets of the electrolytic aqueous component of the microemulsion. The IL main phase is like a template for the confined electrodeposition. The comparison of the electrocatalytic behaviours towards methanol oxidation of mesoporous and compact CoPt nanowires of the same composition, demonstrated the porosity of the material. For the same material mass, the CoPt mesoporous nanowires present a surface area 16 times greater than compact ones, and comparable to that observed for commercial carbon-supported platinum nanoparticles.

Water vapor tightness of packages: methods and optimizing

Työn tarkoituksena oli testata jo tutkimuskeskuksella käytössä ollutta ja tutkimuskeskukselle tässä työssä kehitettyä pakkauksen vesihöyrytiiveyteen liittyvää mittausmenetelmää. Saatuja tuloksia verrattiin keskenään sekä materiaalista mitattuihin arvoihin. Elintarvikepakkauksia tutkittiin myös kosteussensoreiden, säilyvyyskokeen sekä kuljetussimuloinnin avulla. Optimoinnilla tutkittiin pakkauksen muodon vaikutusta vesihöyrytiiveyteen. Pakkauksen vesihöyrynläpäisyn mittaamiseen kehitetty menetelmä toimi hyvin ja sen toistettavuus oli hyvä. Verrattaessa sitä jo olemassa olleeseen menetelmään tulokseksi saatiin, että uusi menetelmä oli nopeampi ja vaati vähemmän työaikaa, mutta molemmat menetelmät antoivat hyviä arvoja rinnakkaisille näytteille. Kosteussensoreilla voitiin tutkia tyhjän pakkauksen sisällä olevan kosteuden muutoksia säilytyksen aikana. Säilyvyystesti tehtiin muroilla ja parhaan vesihöyrysuojan antoivat pakkaukset joissa oli alumiinilaminaatti- tai metalloitu OPP kerros. Kuljetustestauksen ensimmäisessä testissä pakkauksiin pakattiin muroja ja toisessa testissä nuudeleita. Kuljetussimuloinnilla ei ollutvaikutusta pakkausten sisäpintojen eheyteen eikä siten pakkausten vesihöyrytiiveyteen. Optimoinnilla vertailtiin eri muotoisten pakkausten tilavuus/pinta-ala suhdetta ja vesihöyrytiiveyden riippuvuutta pinta-alasta. Optimaalisimmaksi pakkaukseksi saatiin pallo, jonka pinta-ala oli pienin ja materiaalin sallima vesihöyrynläpäisy suurin ja vesihöyrybarrierin määrä pienin.

Natriumsilikaatin liuotuslaitoksen kapasiteetin nosto

Tässä työssä tutkittiin natriumsilikaatin (vesilasi) liuotukseen ja suodatukseen vaikuttavia tekijöitä. Työssä pyrittiin optimoimaan natriumsilikaatin liuotus- ja suodatuskapasiteetti J. M. Huber Finland Oy:n Haminan tehtaan liuotuslaitoksella. Kirjallisuusosassa perehdyttiin kiinteän natriumsilikaatin ja natriumsilikaatin vesiliuoksen ominaisuuksiin, sekä käsiteltiin soveltuvin osin liuotuksen ja suodatuksen teoriaa. Kokeellisessa osassa vertailtiin kahden eri valmistajan natriumsilikaatteja toisiinsa, sekä pyrittiin löytämään molemmille laseille optimaalisimmat prosessiparametrit liuotus- ja suodatuskokeiden avulla. Erilaisia prosessiparametreja ja ajotapoja testattiin tehdasmittakaavan koeajoilla todellisilla prosessilaitteilla. Eri natriumsilikaattien vertailu tehtiin tehdasmittakaavan koeajojen sekä laboratorioanalyysien avulla. Koeajojen tulosten perusteella Taavetista toimitettu vesilasi liukenee nopeammin kuin Puolasta toimitettu ostolasi, mutta puolalaisesta lasista liuotettu silikaatti suodattuu helpommin kuin Taavetin lasista liuotettu silikaatti. Liukenemisnopeuden eroon selitettävissä Taavetin lasin suuremmalla ominaispinta-alalla sekä hauraammalla rakenteella. Suodatuseroon ei löytynyt yksiselitteistä syytä, joten sen löytämiseksi vaadittaisiin jatkotutkimuksia. Kokeiden perusteellaparas keino puolalaisen lasin liuotuksen nopeuttamiseen olisi pitää liuotussäiliön lasiylimäärä mahdollisimman korkeana jokaisessa panoksessa ja nopeuttaa liuotussäiliön panostusta lasin ja veden yhtäaikaisella annostelulla. Tulosten perusteella paras keino Taavetin lasista liuotetun silikaatin suodatuksen helpottamiseen olisi laskea liuoksen tavoitetiheyttä nykyisestä arvostaan, jolloin viskositeetti pienenee merkittävästi ja suodatus onnistuu liuotuslaitoksen kapasiteetin kannalta paremmin. Edellä mainituilla ajotavoilla tehtyjen koeajojen perusteella, molemmilla laseilla on mahdollista päästä 150 MT/d tavoitekapasiteettiin, mutta varmin tapa kyseisen kapasiteetin saavuttamiseksi olisi lisätä suodatuskapasiteettia investoimalla toiseen silikaattisuodattimeen.

Korkeakappa-massan suotatuvuus

Työn tarkoituksena oli tutkia korkeakappa-massan suotautuvuutta sekä etsiä uusia analyysimenetelmiä korkeakappa-massan karakterisoimiseksi. Työssä pyrittiin määrittämään tekijöitä, jotka vaikuttavat korkeakappa-massan suotautumiseen. Työn kirjallisessa osassa tarkasteltiin aluksi yleisesti keiton teoriaa, minkä jälkeen käsiteltiin jauhatusta ja tarkemmin korkeakappa-massan hienovaraisempaa jauhatusta eli kuidutusta. Seuraavaksi käsiteltiin suodatusta ja sen teoriaa sekä suodatukseen vaikuttavia tekijöitä. Massan pesusta esitettiin perusteet ja teoriaa. Lopuksi tarkasteltiin massan karakterisointia eri lähestymistavoilla sekä kuitujen perusominaisuuksia. Kokeellisessa osassa verrattiin LTY:n koesuodatuslaitteistolla tehdyillä suodatuskokeilla korkeakappa-massaisen sellukakun suotautuvuutta eri paine-eroilla, suodoksen eri hienoainepitoisuuksilla sekä ennen ja jälkeen sellutehtaallatapahtuneen kuidutuksen. Savonlinnassa sijaitsevalla laitteistolla tehtiin syrjäytystestejä ennen ja jälkeen kuidutusta otetuilla sellumassoilla. Lisäksi ennenja jälkeen kuidutusta otettuja sellumassanäytteitä karakterisoitiin mm. kuituanalysaattorilla, huokoskoko- ja ominaispinta-ala-analyyseillä sekä SEM-kuvilla. Suodatuskokeissa hienoainepitoisuudella ei ollut merkitystä permeabiliteettiin mitattujen suodosvirtausten perusteella. Kuten Darcyn lain perusteella voitiin olettaa, kakun paine-eron kasvaessa permeabiliteetti kasvoi. Vaikutus ei ollut kuitenkaan lineaarinen paine-eroon verrattuna vaan kakun permeabiliteetti kasvoi enemmän tietyllä paine-erovälillä. Tämä paine-eroväli vaihteli hieman riippuen oliko sellumassa otettu ennen vai jälkeen kuidutusta. Lappeenrannassa tehdyissä suodatuskokeissa ei ennen ja jälkeen kuidutusta otetuilla näytteillä ollut selvää eroa permeabiliteeteissa, mutta Savonlinnan syrjäytystesteissä ero syrjäytymisnopeudessa oli selvä. Ennen ja jälkeen kuidutusta otettujen sellumassojen kuituanalysaattorituloksissa ja SEM-kuvissa ei havaittu eroa näytteiden välillä, mutta massojen huokoskoko muuttui kuidutuksen vaikutuksesta.

Role of seipin in lipid droplet morphology and hepatitis C virus life cycle.

Infectious hepatitis C virus (HCV) particle assembly starts at the surface of lipid droplets, cytoplasmic organelles responsible for neutral fat storage. We analysed the relationship between HCV and seipin, a protein involved in lipid droplet maturation. Although seipin overexpression did not affect the total mean volume occupied by lipid droplets nor the total triglyceride and cholesterol ester levels per cell, it caused an increase in the mean diameter of lipid droplets by 60 %, while decreasing their total number per cell. The latter two effects combined resulted in a 34 % reduction of the total outer surface area of lipid droplets per cell, with a proportional decrease in infectious viral particle production, probably due to a defect in particle assembly. These results suggest that the available outer surface of lipid droplets is a critical factor for HCV release, independent of the neutral lipid content of the cell.

Syttyminen ja palamisen eteneminen partikkelikerroksessa

Syttymistä ja palamisen etenemistä partikkelikerroksessa tutkitaan paloturvallisuuden parantamista sekä kiinteitä polttoaineita käyttävien polttolaitteiden toiminnan tuntemista ja kehittämistä varten. Tässä tutkimuksessa on tavoitteena kerätä yhteen syttymiseen ja liekkirintaman etenemiseen liittyviä kokeellisia ja teoreettisia tutkimustuloksia, jotka auttavat kiinteäkerrospoltto- ja -kaasutus-laitteiden kehittämisessä ja suunnittelussa. Työ on esitutkimus sitä seuraavalle kokeelliselle ja teoreettiselle osalle. Käsittelyssä keskitytään erityisesti puuperäisiin polttoaineisiin. Hiilidioksidipäästöjen vähentämistavoitteet sekä kiinteiden jätteiden energiakäytön lisääminen ja kaatopaikalle viennin vähentäminen aiheuttavat lähitulevaisuudessa kerrospolton lisääntymistä. Kuljetusmatkojen optimoinnin takia joudutaan rakentamaan melko pieniä polttolaitoksia, joissa kerrospolttotekniikka on edullisin vaihtoehto. Syttymispisteellä tarkoitetaan Semenovin määritelmän mukaan tilaa ja ajankohtaa, jolloin polttoaineen ja hapen reaktioissa muodostuva nettoenergia aikayksikössä on yhtäsuuri kuin ympäristöön siirtyvä nettoenergiavirta. Itsesyttyminen tarkoittaa syttymistä ympäristön lämpötilan tai paineen suurenemisen seurauksena. Pakotettu syttyminen tapahtuu, kun syttymispisteen läheisyydessä on esimerkiksi liekki tai hehkuva kiinteä kappale, joka aiheuttaa paikallisen syttymisen ja syttymisrintaman leviämisen muualle polttoaineeseen. Kokeellinen tutkimus on osoittanut tärkeimmiksi syttymiseen ja syttymisrintaman etenemiseen vaikuttaviksi tekijöiksi polttoaineen kosteuden, haihtuvien aineiden pitoisuuden ja lämpöarvon, partikkelikerroksen huokoisuuden, partikkelien koon ja muodon, polttoaineen pinnalle tulevan säteilylämpövirran tiheyden, kaasun virtausnopeuden kerroksessa, hapen osuuden ympäristössä sekä palamisilman esilämmityksen. Kosteuden lisääntyminen suurentaa syttymisenergiaa ja -lämpötilaa sekä pidentää syttymisaikaa. Mitä enemmän polttoaine sisältää haihtuvia aineita sitä pienemmässä lämpötilassa se syttyy. Syttyminen ja syttymisrintaman eteneminen ovat sitä nopeampia mitä suurempi on polttoaineen lämpöarvo. Kerroksen huokoisuuden kasvun on havaittu suurentavan palamisen etenemisnopeutta. Pienet partikkelit syttyvät yleensä nopeammin ja pienemmässä lämpötilassa kuin suuret. Syttymisrintaman eteneminen nopeutuu partikkelien pinta-ala - tilavuussuhteen kasvaessa. Säteilylämpövirran tiheys on useissa polttosovellutuksissa merkittävin lämmönsiirtotekijä, jonka kasvu luonnollisesti nopeuttaa syttymistä. Ilman ja palamiskaasujen virtausnopeus kerroksessa vaikuttaa konvektiiviseen lämmönsiirtoon ja hapen pitoisuuteen syttymisvyöhykkeellä. Ilmavirtaus voi jäähdyttää ja kuumankaasun virtaus lämmittää kerrosta. Hapen osuuden kasvaminen nopeuttaa syttymistä ja liekkirintaman etenemistä kunnes saavutetaan tila, jota suuremmilla virtauksilla ilma jäähdyttää ja laimentaa reaktiovyöhykettä. Palamisilman esilämmitys nopeuttaa syttymisrintaman etenemistä. Syttymistä ja liekkirintaman etenemistä kuvataan yleensä empiirisillä tai säilyvyysyhtälöihin perustuvilla malleilla. Empiiriset mallit perustuvat mittaustuloksista tehtyihin korrelaatioihin sekä joihinkin tunnettuihin fysikaalisiin lainalaisuuksiin. Säilyvyysyhtälöihin perustuvissa malleissa systeemille määritetään massan, energian, liikemäärän ja alkuaineiden säilymisyhtälöt, joiden nopeutta kuvaavien siirtoyhtälöiden muodostamiseen käytetään teoreettisella ja kokeellisella tutkimuksella saatuja yhtälöitä. Nämä mallinnusluokat ovat osittain päällekkäisiä. Pintojen syttymistä kuvataan usein säilyvyysyhtälöihin perustuvilla malleilla. Partikkelikerrosten mallinnuksessa tukeudutaan enimmäkseen empiirisiin yhtälöihin. Partikkelikerroksia kuvaavista malleista Xien ja Liangin hiilipartikkelikerroksen syttymiseen liittyvä tutkimus ja Gortin puun ja jätteen polttoon liittyvä reaktiorintaman etenemistutkimus ovat lähimpänä säilyvyysyhtälöihin perustuvaa mallintamista. Kaikissa malleissa joudutaan kuitenkin yksinkertaistamaan todellista tapausta esimerkiksi vähentämällä dimensioita, reaktioita ja yhdisteitä sekä eliminoimalla vähemmän merkittävät siirtomekanismit. Suoraan kerrospolttoa ja -kaasutusta palvelevia syttymisen ja palamisen etenemisen tutkimuksia on vähän. Muita tarkoituksia varten tehtyjen tutkimusten polttoaineet, kerrokset ja ympäristöolosuhteet poikkeavat yleensä selvästi polttolaitteiden vastaavista olosuhteista. Erikokoisten polttoainepartikkelien ja ominaisuuksiltaan erilaisten polttoaineiden seospolttoa ei ole tutkittu juuri ollenkaan. Polttoainepartikkelien muodon vaikutuksesta on vain vähän tutkimusta.Ilman kanavoitumisen vaikutuksista ei löytynyt tutkimuksia.

Morphological and functional variability in the root system of Quercus ilex L. subject to confinement: consequences for afforestation

We examined root morphological and functional differences caused by restrictions imposed to vertical growth in the root system of holm oak (Quercus ilex L.) seedlings to assess the consequences of using nursery containers in the development of a confined root system for this species. Thus, root morphological, topological and functional parameters, including hydraulic conductance per leaf unit surface area (K $_{\rm RL})$, were investigated in one-year seedlings cultivated in three PVC tubes differing in length (20, 60 and 100 cm). Longer tubes showed greater projected root area, root volume, total and fine root lengths, specific root length (SRL) and K$_{\rm RL}$ values than did shorter tubes. On the other hand, the length of coarse roots (diameter > 4.5 mm) and the average root diameter were greater in shorter tubes. The strong positive correlation found between K$_{\rm RL}$ and SRL (r=+0.69; P<0.001) indicated that root thickness was inversely related to water flow through the root system. We concluded that root systems developed in longer tubes are more efficient for plant water uptake and, therefore, changes in root pattern produced in standard forest containers (i.e. about 20 cm length) may in fact prevent a proper establishment of the holm oak in the field, particularly in xeric environments.