Fixing, storage time and DNA extraction applied to dT-RFLP for ecological and molecular studies of marine nematodes assemblages

The application of molecular methods offers an alternative faster than traditional methods based on morphology It is nearly impossible to process all the samples in short period using traditional methods, and the deterioration of marine sediments rapidly occurs The dT-RFLP (directed Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism) allows a rapid assessment of biodiversity changes of nematodes assemblages The use of a not suitable fixing, storage time and DNA extraction could be a limitation in molecular analysis like dT-RFLP and real time PCR.Objetives: the best fixative •the level of DNA degradation over the time •the best DNA extraction method for marine nematodes and suitable for dT-RFLP analysis

Otimização de marcadores desenvolvidos para PCR convencional para uso em qPCR visando a diagnose de Xanthomonas campestris pv viticola em videira.

No Brasil, Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv), causadora do cancro bacteriano em videira, é uma praga quarentenária A2, com ocorrência no Semiárido Nordestino. A bactéria pode ser disseminada de plantas assintomáticas pela distribuição de material propagativo e ocorrências restritas da doença em outras regiões foram identificadas. Para diagnose confiável por PCR convencional, o DNA deve ser extraído de culturas de bactérias isoladas de tecido com sintomas suspeitos. Com a técnica, é possível detectar até 0,25 pg de DNA bacteriano total. Atualmente, métodos que empregam tecidos assintomáticos não estão disponíveis. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um protocolo sensível à detecção de Xcv por qPCR, empregando iniciadores disponíveis da técnica convencional.

Rh, Kell, Duffy, Kidd And Diego Blood Group System Polymorphism In Brazilian Japanese Descendants.

Polymorphisms of Rh, Kell, Duffy, Kidd and Diego blood group systems were studied in 209 unrelated Brazilian Japanese descendants from South of Brazil. The methods used were multiplex-PCR, AS-PCR and RFLP-PCR. The differences in frequencies among the populations were evaluated using chi-square test. The frequencies for Rh, Kell, Kidd and Diego system were similar to those of the Japanese. RHCE(*)CC, RHCE(*)EE genotypes and FY(*)01 allele were lower and FY(*)01N.01 was higher than Japanese. These differences in the frequencies between Brazilian Japanese descendants and Japanese could indicate a gene flow in Brazilian population and reinforce the importance of this knowledge to achieve safe red blood cells.

Post Hoc Analysis Of The Patricia Randomized Trial Of The Efficacy Of Human Papillomavirus Type 16 (hpv-16)/hpv-18 As04-adjuvanted Vaccine Against Incident And Persistent Infection With Nonvaccine Oncogenic Hpv Types Using An Alternative Multiplex Type-specific Pcr Assay For Hpv Dna.

The efficacy of the human papillomavirus type 16 (HPV-16)/HPV-18 AS04-adjuvanted vaccine against cervical infections with HPV in the Papilloma Trial against Cancer in Young Adults (PATRICIA) was evaluated using a combination of the broad-spectrum L1-based SPF10 PCR-DNA enzyme immunoassay (DEIA)/line probe assay (LiPA25) system with type-specific PCRs for HPV-16 and -18. Broad-spectrum PCR assays may underestimate the presence of HPV genotypes present at relatively low concentrations in multiple infections, due to competition between genotypes. Therefore, samples were retrospectively reanalyzed using a testing algorithm incorporating the SPF10 PCR-DEIA/LiPA25 plus a novel E6-based multiplex type-specific PCR and reverse hybridization assay (MPTS12 RHA), which permits detection of a panel of nine oncogenic HPV genotypes (types 16, 18, 31, 33, 35, 45, 52, 58, and 59). For the vaccine against HPV types 16 and 18, there was no major impact on estimates of vaccine efficacy (VE) for incident or 6-month or 12-month persistent infections when the MPTS12 RHA was included in the testing algorithm versus estimates with the protocol-specified algorithm. However, the alternative testing algorithm showed greater sensitivity than the protocol-specified algorithm for detection of some nonvaccine oncogenic HPV types. More cases were gained in the control group than in the vaccine group, leading to higher point estimates of VE for 6-month and 12-month persistent infections for the nonvaccine oncogenic types included in the MPTS12 RHA assay (types 31, 33, 35, 45, 52, 58, and 59). This post hoc analysis indicates that the per-protocol testing algorithm used in PATRICIA underestimated the VE against some nonvaccine oncogenic HPV types and that the choice of the HPV DNA testing methodology is important for the evaluation of VE in clinical trials. (This study has been registered at ClinicalTrials.gov under registration no. NCT00122681.).

Human Herpesvirus Infections Of The Central Nervous System: Laboratory Diagnosis Based On Dna Detection By Nested Pcr In Plasma And Cerebrospinal Fluid Samples.

Infections of the central nervous systems (CNS) present a diagnostic problem for which an accurate laboratory diagnosis is essential. Invasive practices, such as cerebral biopsy, have been replaced by obtaining a polymerase chain reaction (PCR) diagnosis using cerebral spinal fluid (CSF) as a reference method. Tests on DNA extracted from plasma are noninvasive, thus avoiding all of the collateral effects and patient risks associated with CSF collection. This study aimed to determine whether plasma can replace CSF in nested PCR analysis for the detection of CNS human herpesvirus (HHV) diseases by analysing the proportion of patients whose CSF nested PCR results were positive for CNS HHV who also had the same organism identified by plasma nested PCR. In this study, CSF DNA was used as the gold standard, and nested PCR was performed on both types of samples. Fifty-two patients with symptoms of nervous system infection were submitted to CSF and blood collection. For the eight HHV, one positive DNA result-in plasma and/or CSF nested PCR-was considered an active HHV infection, whereas the occurrence of two or more HHVs in the same sample was considered a coinfection. HHV infections were positively detected in 27/52 (51.9%) of the CSF and in 32/52 (61.5%) of the plasma, difference not significant, thus nested PCR can be performed on plasma instead of CSF. In conclusion, this findings suggest that plasma as a useful material for the diagnosis of cases where there is any difficulty to perform a CSF puncture.

Índice de previsão de produção de leite para vacas Jersey

In Brazil the adoption of several models of cattle confinement leads to special conditions for management methods in dairy production, which can be improved by the use of technology that assures better herd management. Indexes relating environmental variables to production are applied for the prediction of milk production. The values of temperature and relative humidity, rain index, solar radiation and pasture soil temperature are generally considered potential stress agents for cows. The objective of this research was to develop an index for predicting milk production for high productivity Jersey milking cows lodged in semi confinement in tropical conditions. The experiment considered two treatments: A - the cows waited for 30 minutes prior to milking in a room with a shower associated to a fan; B - the cows did not have access to this room (control). Other than the waiting period, the cows had access to pasture. Differences in the effect of average production were not statistically significant. The analysis for studying the effect of the variables and designing the model led to a statistical model relating the variables milk production and rain index, as well as the maximum soil temperature of pasture, and milk production.

Morfometria e distribuição de leite alveolar e cisternal na glândula mamária de vacas Holandesa e Girolanda

Estudaram-se a distribuição do leite nas porções alveolar e cisternal e a morfometria da glândula mamária de 14 vacas, sete da raça Holandesa, grupo H, e sete da Girolanda, grupo G, com ordem e dias de lactação semelhantes, ordenhadas duas vezes ao dia. A produção de leite foi mensurada diariamente, enquanto as frações de leite cisternal e alveolar foram medidas uma vez por semana. Durante o experimento, também foram realizadas medidas de ultrassonografia e morfometria da glândula mamária. As vacas Girolandas apresentaram úberes e tetos maiores que as vacas Holandesas. Diâmetro, espessura da parede e comprimento do canal do teto, medidos por imagens de ultrassom, também foram maiores nas Girolandas, mas a área de cisterna da glândula mamária foi maior nas Holandesas. Não houve diferença na produção de leite e nas frações de leite cisternal e alveolar entre as raças.

Efeitos da administração de monensina por meio de cápsulas de liberação controlada no desempenho de vacas Holandesas no início da lactação

Com o objetivo de estudar o efeito da monensina sobre a produção e composição de leite, a contagem de células somáticas, a condição corporal e os parâmetros sangüíneos e reprodutivos de vacas da raça Holandesa de alta produção no início de lactação, foram utilizadas 44 vacas com produção diária de 33,44 ± 4,93 litros de leite, em delineamento inteiramente casualizado, com dois tratamentos: um controle (C) e outro com cápsulas de liberação controlada de monensina com eficácia de 100 dias (300 mg/vaca/dia). A administração individual de monensina foi realizada 30 dias antes da data provável do parto. A monensina não alterou a produção, a composição do leite e a contagem de células somáticas do leite nem a condição corporal e a concentração de glicose e BHBA (beta-hidroxibutirato) no soro das vacas, no entanto, diminuiu a concentração de AGNE (ácidos graxos não-esterificados) no soro das vacas com 60 dias de lactação. O período de serviço e o número de serviços por concepção não diferiram entre os tratamentos, porém, a administração de monensina diminuiu o número de animais que apresentaram retenção de placenta e laminite. A administração de monensina para vacas Holandesas de alta produção no início de lactação não modifica a produção e a composição do leite, contudo, diminui a concentração de AGNE 60 dias após o parto e a incidência de laminite e retenção de placenta nas vacas no pós-parto.

Resposta em parâmetros sanguíneos e urinários de vacas leiteiras ao aumento no balanço cátion-aniônico da dieta

Estudou-se efeito de quatro níveis de dietas catiônicas sobre os parâmetros ácido-base do sangue e o pH urinário de vacas em lactação. Para a manipulação dos níveis do balanço cátion-amônico da dieta (BCAD), foram adicionadas diferentes concentrações de bicarbonato de sódio às dietas, obtendo-se os seguintes tratamentos: +150, +250, +400 e +500mEq/kg de matéria seca. O experimento foi realizado durante o verão, por um período total de 72 dias, utilizando-se oito vacas da raça Holandesa após o pico de lactação, distribuídas em quadrado latino (4x4), replicado, em que cada período teve duração de 18 dias. O pH urinário e o bicarbonato, o pH, o CO2 total e a pCO2 do sangue aumentaram linearmente (P<0,01) com o aumento do BCAD. As concentrações de sódio e potássio do sangue não foram modificadas (P>0,05) pelo BCAD. A concentração de cloro no sangue diminuiu linearmente (P<0,01) com o aumento do BCAD. O aumento do BCAD afetou o equilíbrio ácido-base das vacas, promovendo efeito alcalinogênico, o que poderia levar a diferenças significativas no desempenho do animal.

Perfil de sensibilidade microbiana in vitro de linhagens de Staphylococcus spp. isoladas de vacas com mastite subclínica

Objetivou-se com este estudo avaliar a sensibilidade antimicrobiana in vitro de 291 isolados de Staphylococcus spp. recuperados de amostras de leite de vacas com mastite subclínica, em 15 propriedades rurais localizadas na Região Metropolitana do Recife (A), Agreste (B) e Zona da Mata (C) do estado de Pernambuco. Dos 291 isolados, 170(58,4%) foram classificados como Staphylococcus coagulase negativa (SCN), 84(28,9%) como Staphylococcus aureus e 37(12,7%) como Staphylococcus coagulase positiva (SCP). Para o estudo do perfil de sensibilidade a antimicrobianos empregou-se a técnica de difusão em discos, foram avaliadas 16 drogas antimicrobianas utilizadas no tratamento das mastites. O antibiótico que apresentou melhor eficácia in vitro foi a associação entre neomicina + bacitracina + tetraciclina com percentuais de 98,4%, 99,3%, 89,7% para as regiões A, B e C, respectivamente. O antibiótico menos eficaz foi a ampicilina que apresentou 56,5% de resistência para as amostras da região A, 72,8% para a região B e 71,8% na região C. Os resultados obtidos mostram a necessidade da realização periódica de testes de sensibilidade in vitro, pois existem variações no perfil de sensibilidade e resistência que podem comprometer o tratamento do animal bem como os programas de controle da mastite bovina causada pelo Staphylococcus spp.

Sensitivity evaluation of a single-step PCR assay using Ehrlichia canis p28 gene as a target and its application in diagnosis of canine ehrlichiosis

The aim of this study was to optimize a PCR assay that amplifies an 843 pb fragment from the p28 gene of Ehrlichia canis and compare it with two other PCR methods used to amplify portions of the 16S rRNA and dsb genes of Ehrlichia. Blood samples were collected from dogs suspected of having a positive diagnosis for canine ehrlichiosis. Amplification of the p28 gene by PCR produced an 843-bp fragment and this assay could detect DNA from one gene copy among 1 billion cells. All positive samples detected by the p28-based PCR were also positive by the 16S rRNA nested-PCR and also by the dsb-based PCR. Among the p28-based PCR negative samples, 55.3% were co-negatives, but 27.6% were positive in 16S rRNA and dsb based PCR assays. The p28-based PCR seems to be a useful test for the molecular detection of E. canis, however improvements in this PCR sensitivity are desired, so that it can become an important alternative in the diagnosis of canine ehrlichiosis.

Anticorpos anti Brucella abortus, anti Brucella canis e anti Leptospira spp. em raposas (Pseudalopex vetulus) do semiárido paraibano, Nordeste do Brasil

O objetivo do presente trabalho foi determinar a ocorrência de anticorpos anti Brucella abortus, anti Brucella canis e anti Leptospira spp. em raposas (Pseudalopex vetulus). Para tanto, foram utilizadas 60 raposas atropeladas em rodovias no semiárido da Paraíba, Nordeste do Brasil. Para a detecção de anticorpos anti Brucella abortus, o teste do antígeno acidificado tamponado (AAT) foi empregado como teste de triagem, e a prova do 2-mercaptoetanol foi empregada como método confirmatório. Para o diagnóstico sorológico das infecções por Brucella canis e Leptospira spp., foram utilizados os testes de imunodifusão em gel de agar (IDGA) e soroaglutinação microscópica, respectivamente. Todas as amostras foram negativas na pesquisa de anticorpos anti Brucella canis e anti Leptospira spp. Das 60 raposas testadas, 16 (26,6%) foram positivas para anticorpos anti Brucella abortus no teste de AAT, e quatro (6,7%) amostras foram confirmadas no teste de 2-mercaptoetanol, sendo duas amostras com título 100 e duas com título 50.

Etiologic diagnosis of bovine infectious abortion by PCR

Infectious abortion is a significant cause of reproductive failure and economic losses in cattle. The goal of this study was to detect nucleic acids of several infectious agents known to cause abortion including Arcanobacterium pyogenes, Bovine Herpesvirus 1, Brucella abortus, Campylobacter fetus subsp. venerealis, Chlamydophila abortus, Leptospira sp., Listeria monocytogenes, Salmonella sp., Mycoplasma bovis, Mycoplasma bovigenitalium, Neospora caninum, and Tritrichomonas foetus. Tissue homogenates from 42 fetuses and paraffin-embedded tissues from 28 fetuses and 14 placentas/endometrium were included in this study. Brucella abortus was detected in 14.2% (12/84) of the samples. Salmonella sp. DNA was amplified from 2 fetuses, and there was one positive for Neospora caninum, and another for Listeria monocytogenes. This PCR-based approach resulted in identification of the etiology in 19% of samples, or 20% if considered fetal tissues only.

Avaliação da imunidade passiva em bezerros nascidos de vacas imunizadas com vacina contra rotavírus

Com o objetivo de monitorar a imunidade passiva em bezerros alimentados com colostro de vacas imunizadas e não imunizadas com vacina contra rotavírus, foram determinados títulos de anticorpos em amostras de sangue e colostro de 26 vacas da raça Holandesa no dia do parto e de seus bezerros, à zero, às 24, 48 horas e aos sete, 14, 21, 28 dias de idade, pelo ensaio imunoenzimático. Tanto no soro sangüíneo como no colostro, os títulos dos isótipos IgG, IgG1 e IgG2 foram mais elevados no grupo dos animais vacinados, porém somente no colostro o aumento foi significativo. Os bezerros alimentados com o colostro das vacas vacinadas apresentaram títulos mais altos dos isótipos IgG, IgG1, IgG2, IgA e IgM, após a ingestão do colostro, sendo constatado aumento significativo apenas para os títulos do isótipo IgG2. Amostras positivas para rotavírus foram detectadas nos dois grupos experimentais a partir dos sete dias de idade. A vacinação materna não protegeu efetivamente os bezerros das infecções naturais por rotavírus, pois, apesar de aumentar os títulos séricos de anticorpos anti-rotavírus nos animais vacinados, não foi capaz de impedir a ocorrência da rotavirose nos bezerros alimentados com o colostro das vacas imunizadas.

Parâmetros sanguíneos de vacas leiteiras suplementadas com diferentes fontes de gordura

O objetivo deste trabalho foi avaliar a utilização de diferentes fontes de gordura nas rações de vacas em lactação e seus efeitos sobre o consumo de matéria seca e as concentrações dos parâmetros sangüíneos. Foram utilizadas 12 vacas da raça Holandês, agrupadas em três quadrados latinos balanceados 4x4 e alimentadas com as seguintes rações: 1) controle; 2) óleo de soja refinado; 3) grão de soja in natura; e 4) sais de cálcio de ácidos graxos (Megalac-E). As concentrações de colesterol total, colesterol, lipoproteína de baixa densidade (LDL) e colesterol de alta densidade (HDL) foram maiores (P<0,05) para as vacas alimentadas com as rações contendo fontes de gordura em relação à ração controle. As concentrações de uréia e nitrogênio ureico no soro foram semelhantes entre as rações utilizadas, com exceção da ração contendo sais de cálcio de ácidos graxos, que apresentou concentrações menores (P<0,05). O consumo de matéria seca foi menor (P<0,05) nas vacas que receberam sais de cálcio nas rações. Os animais que receberam a ração contendo grão de soja como fonte de gordura apresentaram menor (P<0,05) produção de leite quando comparada às demais rações utilizadas. A utilização de fontes de gordura em rações de vacas em lactação alterou os parâmetros sanguíneos, dependendo da fonte de gordura utilizada.