IV Relatório Sobre a Biodiversidade em Cabo Verde

Com a ratificação da Convenção sobre a Diversidade Biológica, em Março de 1995, Cabo Verde comprometeu-se perante o mundo em apresentar periodicamente ao Secretariado da Convenção, o balanço da implementação da mesma no país, com particular destaque sobre o estado de conservação da biodiversidade, a nível nacional. O primeiro relatório foi elaborado em 1999, o segundo em 2002 e o terceiro em 2006. Este quarto relatório foi elaborado tendo como base informações existentes e disponíveis nas instituições ligadas directa ou indirectamente à gestão da biodiversidade e à preservação do ambiente, nomeadamente o Instituto Nacional de Investigação e Desenvolvimento Agrário (INIDA), o Instituto Nacional do Desenvolvimento das Pescas (INDP), a Direcção Geral da Agricultura, Silvicultura e Pecuária (DGASP), a Direcção Geral das Pescas (DGP), a Direcção Geral do Ambiente (DGA), para além da consulta de documentos como o PANA II, o Livro Branco sobre o Estado do Ambiente em CABO Verde, a Estratégia e Plano Nacional da Biodiversidade, etc. Em termos de uma percepção geral sobre o estado de evolução dos diferentes elementos que constituem a biodiversidade de Cabo verde, apresenta-se a seguinte situação: (i) a flora terrestre e marinha; (ii) a fauna terrestre e marinha; (iii) ameaças sobre a biodiversidade; bem como a integração da conservação da biodiversidade em vários sectores como: sustentabilidade agrícola; pecuária; florestal; da pesca; conservação in situ e ex situ; vulgarização; informação e formação; investigação e formação; e quadro jurídico e institucional. A percepção do estado de degradação dos recursos biológicos fez com que o Governo tomasse algumas medidas, nomeadamente a publicação do Decreto nº 1/2005, de 21 de Março, que aprova a Convenção Internacional sobre Comércio Internacional das Espécies de Fauna e Flora selvagens ameaçadas de Extinção (CITES) e a Emenda ao artigo XXI adoptada em Gabão-1983; o Decreto-Lei nº /2003, de 24 de Fevereiro, sobre o regime jurídico da Rede nacional de áreas protegidas; a ratificação da Convenção sobre as Zonas Húmidas de importância internacional (RAMSAR); o Decreto-Lei n.º 7/2002, de 30 de Dezembro, que estabelece as medidas de conservação e protecção das espécies vegetais e animais ameaçadas de extinção; para alem de decisões internas que são tomadas para o bom avanço dos trabalhos para a preservação do ambiente. Não obstante as medidas acima mencionadas, a degradação da biodiversidade cabo-verdiana continua de forma preocupante. Esse grau de degradação está, evidenciado em diversos documentos produzidos, nomeadamente a “Primeira Lista Vermelha de Cabo Verde". De acordo com esse documento, encontram-se ameaçadas mais de 26% das angiospérmicas, mais de 40% das briófitas, mais de 65% das pteridófitas e mais de 29% dos líquenes, mais de 47% das aves, 25% dos répteis terrestres, 64% dos coleópteros, mais de 57% dos aracnídeos e mais de 59% dos moluscos terrestres. Esta situação considerada alarmante em 1996, vem-se agravando para as espécies Alauda razae (Calhandra-do-Ilhéu-Raso), cujo efectivo populacional sofreu uma redução de 250 exemplares em 1992 para 92 exemplares em 1998, Himantopus himantopus (Perna-longa), cuja população, avaliada em 75 exemplares em 1990, sofreu no período de 5 anos uma redução de cerca de 70% (Hazevoet, 1999). De uma forma geral, a redução dos efectivos populacionais das componentes da biodiversidade deve-se principalmente à pressões antropogénicas. O Governo de Cabo Verde não vem poupando esforços no sentido de honrar os compromissos assumidos com a ratificação da Convenção sobre a Biodiversidade. Daí que, estrategicamente, atribui o nível de prioridade em média alta, à aplicação aos vários artigos da Convenção. Este quarto relatório está estruturado em 4 capítulos de acordo com as directrizes do Secretariado da Convenção e apêndices: Capitulo I – Perspectiva da situação, tendências e ameaças à Diversidade Biológica, que traz informações sobre a situação actual da Biodiversidade Nacional, as ameaças a que está sujeitas e as medidas de conservação e protecção adoptadas pelas autoridades nacionais; Capítulo II – Situação Actual das Estratégias e Planos de Acções Nacionais sobre a Diversidade Biológica, que tem por objectivo fazer um ponto de situação da implementação da Estratégia e Plano de Acção Nacional sobre a Biodiversidade onde são destacados os resultados alcançados e os constrangimentos que Cabo Verde tem se deparado para implementar esses documentos Capitulo III - Incorporação de considerações sobre a Diversidade Biológica nos Planos sectoriais e intersectoriais, demonstra o processo de incorporação das questões Ambientais, sobretudo da Biodiversidade, nos diferentes Planos Sectoriais e Intersectoriais, nomeadamente o Segundo Plano de Acção Nacional para o Ambiente (PANA II) e o Documento de Estratégia de Crescimento e Redução da Pobreza (DECRP II) Capitulo IV – Conclusões: Progressos da Meta de 2010 e Aplicações do Plano Estratégico, que traz uma avaliação e considerações sobre os progressos alcançados por Cabo Verde no que diz a Meta de 2010 da Convenção da Diversidade Biológica, bem como das aplicações do Plano de Acção sobre a Biodiversidade. Apêndice I – Informações concernetes a parte que informam e prepararam o relatorio nacional sobre o estado da Biodiversidade Apêndice II – Fontes de informação onde se baseia o relatório Apêndice III – Progresso do programa de trabalho das areas protegidas.

cAMP-dependent chloride secretion mediates tubule enlargement and cyst formation by cultured mammalian collecting duct cells.

Polycystic kidney diseases result from disruption of the genetically defined program that controls the size and geometry of renal tubules. Cysts which frequently arise from the collecting duct (CD) result from cell proliferation and fluid secretion. From mCCD(cl1) cells, a differentiated mouse CD cell line, we isolated a clonal subpopulation (mCCD-N21) that retains morphogenetic capacity. When grown in three-dimensional gels, mCCD-N21 cells formed highly organized tubular structures consisting of a palisade of polarized epithelial cells surrounding a cylindrical lumen. Subsequent addition of cAMP-elevating agents (forskolin or cholera toxin) or of membrane-permeable cAMP analogs (CPT-cAMP) resulted in rapid and progressive dilatation of existing tubules, leading to the formation of cystlike structures. When grown on filters, mCCD-N21 cells exhibited a high transepithelial resistance as well as aldosterone- and/or vasopressin-induced amiloride-sensitive and -insensitive current. The latter was in part inhibited by Na(+)-K(+)-2Cl(-) cotransporter (bumetanide) and chloride channel (NPPB) inhibitors. Real-time PCR analysis confirmed the expression of NKCC1, the ubiquitous Na(+)-K(+)-2Cl(-) cotransporter and cystic fibrosis transmembrane regulator (CFTR) in mCCD-N21 cells. Tubule enlargement and cyst formation were prevented by inhibitors of Na(+)-K(+)-2Cl(-) cotransporters (bumetanide or ethacrynic acid) or CFTR (NPPB or CFTR inhibitor-172). These results further support the notion that cAMP signaling plays a key role in renal cyst formation, at least in part by promoting chloride-driven fluid secretion. This new in vitro model of tubule-to-cyst conversion affords a unique opportunity for investigating the molecular mechanisms that govern the architecture of epithelial tubes, as well as for dissecting the pathophysiological processes underlying cystic kidney diseases.

La Geografia i l'estudi dels boscos

This article makes a revision of the most eminent contributions in Geography in relation to the forest study, starting with principal Spanish geographical journals, congress transactions and other bibliography about forest questions. A selection of the most eminent bibliography has been made paying special attention to three main subjects: forest and forest science history, forest and landscape description, and forest management

OCORRÊNCIA E DIVERSIDADE DE GENES pspA ENTRE AMOSTRAS DE Streptococcus pneumoniae PERTENCENTES A COMPLEXOS CLONAIS CIRCULANTES NO BRASIL

De PINA, Sandrine Ester da Cruz Monteiro. Ocorrência e diversidade de genes pspA entre amostras de Streptococcus pneumoniae pertencentes a complexos clonais circulantes no Brasil. Rio de Janeiro, 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas - Microbiologia), Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2015. Streptococcus pneumoniae é um importante patógeno associado a infecções invasivas, sendo também geralmente encontrado na nasofaringe de portadores assintomáticos. A cápsula polissacarídica é o principal fator de virulência e constitui a base das vacinas atualmente licenciadas. Devido às limitações inerentes às vacinas existentes, proteínas desse microrganismo, como a proteína de superfície pneumocócica A (PspA), são consideradas alvos de grande interesse para a formulação de novas estratégias de prevenção. No entanto, devido à natureza polimórfica dos genes pspA, torna-se essencial o levantamento de dados sobre a distribuição desses genes entre as amostras de pneumococos circulantes em diferentes regiões geográficas. Desta forma, o presente estudo teve como objetivo analisar a ocorrência e a diversidade de genes pspA entre 413 amostras de S. pneumoniae isoladas no Brasil entre 1988 e 2014, além de avaliar a ocorrência desses genes em amostras clínicas de espécies relacionadas (Streptococcus mitis e Streptococcus pseudopneumoniae), investigar a ocorrência de eventos de recombinação nesses genes e avaliar a distribuição de biomarcadores por MALDI-TOF MS em cada tipo de gene pspA. Todas as amostras de S. pneumoniae e apenas uma amostra de S. mitis albergavam genes pspA. Genes da família 2 (com destaque para a clade 3) foram os mais comuns (59,6%) com índices de ocorrência crescentes ao longo do tempo, seguidos dos genes da família 1 (39%; com destaque para a clade 1) e da família 3 (1,4%; todas clade 6). Dentro de uma mesma clade, as amostras compartilharam >80% de similaridade em fragmentos do gene pspA, sendo as clades pertencentes a uma mesma família mais próximas entre si evolutivamente. Os tipos de genes pspA foram conservados dentro de cada complexo clonal, independente de qualquer outra característica da amostra (como sorotipo, origem clínica e perfil de susceptibilidade à penicilina). Sinais de eventos de recombinação foram detectados, entre amostras de S. pneumoniae e S. mitis, em fragmentos do gene pspA que representam os alvos mais prováveis para inclusão em uma nova vacina baseada em PspA. MALDI-TOF MS apresentou potencial para ser utilizada como alternativa na caracterização dos diferentes tipos de genes pspA, distribuindo as amostras de S. pneumoniae em subgrupos que se correlacionaram com a família de genes pspA, e permitindo a determinação de perfis de biomarcadores de interesse representativos de cada clade. Este estudo adiciona dados ao conhecimento da distribuição das famílias e clades de genes pspA entre as amostras de pneumococos circulantes em nosso meio, sendo este aspecto de extrema importância para a elucidação da epidemiologia desta espécie bacteriana, assim como representa um passo essencial no desenvolvimento de novas estratégias vacinais.

Expression and presentation of endogenous mouse mammary tumor virus superantigens by thymic and splenic dendritic cells and B cells.

Tolerance against superantigens (SAgs) encoded by endogenous mouse mammary tumor virus (Mtv) loci involves the intrathymic deletion of SAg-reactive T cells expressing a particular TCR V beta-chain, presumably upon presentation of the SAg by specialized APC. However, although the role of dendritic cells (DC) in the induction of tolerance against conventional Ags has been demonstrated, little is known about the role played by DC in tolerance induction against Mtv SAgs. Moreover, there is conflicting evidence concerning the capacity of DC to express and present Mtv SAgs. In this report we have analyzed the expression of Mtv SAgs in highly purified thymic and splenic DC and B cells by reverse transcriptase-PCR, using primers amplifying Mtv SAg-specific spliced mRNAs. DC express Mtv SAgs at levels comparable to B cells, but display a differential expression pattern of the various Mtv loci compared with B cells. Furthermore, our results show that DC are able to induce the deletion of SAg-reactive thymocytes in an in vitro assay, indicating that Mtv SAgs are functionally expressed on the DC surface. Collectively, our data are consistent with the hypothesis that DC play a role in the induction of intrathymic tolerance to Mtv SAgs.

Independent evolution of hypervariable regions of HIV-1 gp120: V4 as a swarm of N-Linked glycosylation variants

In this study we have characterized intra-patient length polymorphism in V4 by cloning and sequencing a C2-C4 fragment from HIV plasma RNA in patients at different stages of HIV disease. Clonal analysis of clade B, G, and CRF02 isolates during early infection shows extensive intra-patient V4 variability, due to the presence of indel-associated polymorphism. Indels, coupled to amino acid substitution events, affect the number and distribution of potential N-glycosylation sites, resulting in the coexistence, within the same patient, of V4 subsets, each characterized by different sizes, amino acid sequences, and potential N-glycosylation patterns. In contrast, V3 appears to be relatively homogeneous, with similar V3 associated to significantly different V4 within the same clinical specimen. Based on these data, we propose that during early chronic infection V4 is present as a highly divergent quasispecies, enabling the virus to adopt different conformational structures according to immune constrains and other selective pressures

Microenvironmental reprogramming of thymic epithelial cells to skin multipotent stem cells.

The thymus develops from the third pharyngeal pouch of the anterior gut and provides the necessary environment for thymopoiesis (the process by which thymocytes differentiate into mature T lymphocytes) and the establishment and maintenance of self-tolerance. It contains thymic epithelial cells (TECs) that form a complex three-dimensional network organized in cortical and medullary compartments, the organization of which is notably different from simple or stratified epithelia. TECs have an essential role in the generation of self-tolerant thymocytes through expression of the autoimmune regulator Aire, but the mechanisms involved in the specification and maintenance of TECs remain unclear. Despite the different embryological origins of thymus and skin (endodermal and ectodermal, respectively), some cells of the thymic medulla express stratified-epithelium markers, interpreted as promiscuous gene expression. Here we show that the thymus of the rat contains a population of clonogenic TECs that can be extensively cultured while conserving the capacity to integrate in a thymic epithelial network and to express major histocompatibility complex class II (MHC II) molecules and Aire. These cells can irreversibly adopt the fate of hair follicle multipotent stem cells when exposed to an inductive skin microenvironment; this change in fate is correlated with robust changes in gene expression. Hence, microenvironmental cues are sufficient here to re-direct epithelial cell fate, allowing crossing of primitive germ layer boundaries and an increase in potency.

Caracterização de padrões de chuvas ocorrentes em Santa Maria (RS)

As características da chuva de uma região podem determinar a maior parte dos efeitos danosos da erosão. A variação da intensidade durante a chuva é uma dessas importantes características. Entretanto, pouco se sabe sobre os padrões de chuva ocorrentes no Brasil. Este trabalho teve como objetivos determinar os padrões das chuvas erosivas naturais verificadas em Santa Maria (RS), e estimar o período de retorno das chuvas em três padrões propostos. Pluviogramas diários foram cedidos pela Estação Central Experimental de Silvicultura e Conservação do Solo de Santa Maria, pertencente à Fepagro, compreendendo o período de 1963 a 1989 e 1991 a 1992. As chuvas foram classificadas em padrão avançado, intermediário e atrasado, de acordo com a posição do pico de máxima intensidade e, posteriormente, foi estimado o período de retorno das chuvas para cada padrão. Algumas características de interesse foram calculadas, como a intensidade média dos picos, duração das chuvas e dos picos com intensidade superior a 100 mm h-1. Das 1.193 chuvas erosivas individuais analisadas, os padrões, avançado, interme-diário e atrasado, corresponderam a 551, 295 e 347 chuvas, perfazendo 46,2; 24,7 e 29,1% do total de chuvas, respectivamente. Isso caracteriza o padrão avançado como o padrão de chuvas mais freqüente em Santa Maria. Das 79 chuvas com picos de intensidade superiores a 100 mm h-1, os padrões analisados (avançado, intermediário e atrasado) corresponderam a 45, 18 e 16 chuvas, perfazendo 8,2; 6,1 e 4,6% do total de chuvas, respectivamente. A duração média das chuvas com picos de intensidade superiores a 100 mm h-1 foi de 8 h, e a duração dos picos foi de seis min. e 50 seg. Foram calculados os períodos de retorno de 2, 5, 10, 20, 50 e 100 anos para as durações estudadas e construídas curvas de intensidade, duração e freqüência para os padrões de chuva supracitados.

Establishment of models to study mouse and human retinogenesis "in vitro" : isolation and characterization of retinal stem cells

SUMMARY IN FRENCH Les cellules souches sont des cellules indifférenciées capables a) de proliférer, b) de s'auto¬renouveller, c) de produire des cellules différenciées, postmitotiques et fonctionnelles (multipotencialité), et d) de régénérer le tissu après des lésions. Par exemple, les cellules de souches hematopoiétiques, situées dans la moelle osseuse, peuvent s'amplifier, se diviser et produire diverses cellules différenciées au cours de la vie, les cellules souches restant dans la moelle osseuse et consentant leur propriété. Les cellules souches intestinales, situées dans la crypte des microvillosités peuvent également régénérer tout l'intestin au cours de la vie. La rétine se compose de six classes de neurones et d'un type de cellule gliale. Tous ces types de cellules sont produits par un progéniteur rétinien. Le pic de production des photorécepteurs se situe autour des premiers jours postnatals chez la souris. A cette période la rétine contient les cellules hautement prolifératives. Dans cette étude, nous avons voulu analyser le phénotype de ces cellules et leur potentiel en tant que cellules souches ou progénitrices. Nous nous sommes également concentrés sur l'effet de certains facteurs épigéniques sur leur destin cellulaire. Nous avons observé que toutes les cellules prolifératives isolées à partir de neurorétines postnatales de souris expriment le marqueur de glie radiaire RC2, ainsi que des facteurs de transcription habituellement trouvés dans la glie radiaire (Mash1, Pax6), et répondent aux critères des cellules souches : une capacité élevée d'expansion, un état indifférencié, la multipotencialité (démontrée par analyse clonale). Nous avons étudié la différentiation des cellules dans différents milieux de culture. En l'absence de sérum, l'EGF induit l'expression de la β-tubulin-III, un marqueur neuronal, et l'acquisition d'une morphologie neuronale, ceci dans 15% des cellules présentes. Nous avons également analysé la prolifération de cellules. Seulement 20% des cellules incorporent le bromodéoxyuridine (BrdU) qui est un marqueur de division cellulaire. Ceci démontre que l'EGF induit la formation des neurones sans une progression massive du cycle cellulaire. Par ailleurs, une stimulation de 2h d'EGF est suffisante pour induire la différentiation neuronale. Certains des neurones formés sont des cellules ganglionnaires rétiniennes (GR), comme l'indique l'expression de marqueurs de cellules ganglionnaires (Ath5, Brn3b et mélanopsine), et dans de rare cas d'autres neurones rétiniens ont été observés (photorécepteurs (PR) et cellules bipolaires). Nous avons confirmé que les cellules souches rétiniennes tardives n'étaient pas restreintes au cours du temps et qu'elles conservent leur multipotencialité en étant capables de générer des neurones dits précoces (GR) ou tardifs (PR). Nos résultats prouvent que l'EGF est non seulement un facteur contrôlant le développement glial, comme précédemment démontré, mais également un facteur efficace de différentiation pour les neurones rétiniens, du moins in vitro. D'autre part, nous avons voulu établir si l'oeil adulte humain contient des cellules souches rétiniennes (CSRs). L'oeil de certains poissons ou amphibiens continue de croître pendant l'âge adulte du fait de l'activité persistante des cellules souches rétiniennes. Chez les poissons, le CSRs se situe dans la marge ciliaire (CM) à la périphérie de la rétine. Bien que l'oeil des mammifères ne se développe plus pendant la vie d'adulte, plusieurs groupes ont prouvé que l'oeil de mammifères adultes contient des cellules souches rétiniennes également dans la marge ciliaire plus précisément dans l'épithélium pigmenté et non dans la neurorétine. Ces CSRs répondent à certains critères des cellules souches. Nous avons identifié et caractérisé les cellules souches rétiniennes résidant dans l'oeil adulte humain. Nous avons prouvé qu'elles partagent les mêmes propriétés que leurs homologues chez les rongeurs c.-à-d. auto-renouvellement, amplification, et différenciation en neurones rétiniens in vitro et in vivo (démontré par immunocoloration et microarray). D'autre part, ces cellules peuvent être considérablement amplifiées, tout en conservant leur potentiel de cellules souches, comme indiqué par l'analyse de leur profil d'expression génique (microarray). Elles expriment également des gènes communs à diverses cellules souches: nucleostemin, nestin, Brni1, Notch2, ABCG2, c-kit et son ligand, aussi bien que cyclin D3 qui agit en aval de c-kit. Nous avons pu montré que Bmi1et Oct4 sont nécessaires pour la prolifération des CSRs confortant leur propriété de cellules souches. Nos données indiquent que la neurorétine postnatale chez la souris et l'épithélium pigmenté de la marge ciliaire chez l'humain adulte contiennent les cellules souches rétiniennes. En outre, nous avons développé un système qui permet d'amplifier et de cultiver facilement les CSRs. Ce modèle permet de disséquer les mécanismes impliqués lors de la retinogenèse. Par exemple, ce système peut être employé pour l'étude des substances ou des facteurs impliqués, par exemple, dans la survie ou dans la génération des cellules rétiniennes. Il peut également aider à disséquer la fonction de gènes ou les facteurs impliqués dans la restriction ou la spécification du destin cellulaire. En outre, dans les pays occidentaux, la rétinite pigmentaire (RP) touche 1 individu sur 3500 et la dégénérescence maculaire liée à l'âge (DMLA) affecte 1 % à 3% de la population âgée de plus de 60 ans. La génération in vitro de cellules rétiniennes est aussi un outil prometteur pour fournir une source illimitée de cellules pour l'étude de transplantation cellulaire pour la rétine. SUMMARY IN ENGLISH Stem cells are defined as undifferentiated cells capable of a) proliferation, b) self maintenance (self-renewability), c) production of many differentiated functional postmitotic cells (multipotency), and d) regenerating tissue after injury. For instance, hematopoietic stem cells, located in bone marrow, can expand, divide and generate differentiated cells into the diverse lineages throughout life, the stem cells conserving their status. In the villi crypt, the intestinal stem cells are also able to regenerate the intestine during their life time. The retina is composed of six classes of neurons and one glial cell. All these cell types are produced by the retinal progenitor cell. The peak of photoreceptor production is reached around the first postnatal days in rodents. Thus, at this stage the retina contains highly proliferative cells. In our research, we analyzed the phenotype of these cells and their potential as possible progenitor or stem cells. We also focused on the effect of epigenic factor(s) and cell fate determination. All the proliferating cells isolated from mice postnatal neuroretina harbored the radial glia marker RC2, expressed transcription factors usually found in radial glia (Mash 1, Pax6), and met the criteria of stem cells: high capacity of expansion, maintenance of an undifferentiated state, and multipotency demonstrated by clonal analysis. We analyzed the differentiation seven days after the transfer of the cells in different culture media. In the absence of serum, EGF led to the expression of the neuronal marker β-tubulin-III, and the acquisition of neuronal morphology in 15% of the cells. Analysis of cell proliferation by bromodeoxyuridine incorporation revealed that EGF mainly induced the formation of neurons without stimulating massively cell cycle progression. Moreover, a pulse of 2h EGF stimulation was sufficient to induce neuronal differentiation. Some neurons were committed to the retinal ganglion cell (RGC) phenotype, as revealed by the expression of retinal ganglion markers (Ath5, Brn3b and melanopsin), and in few cases to other retinal phenotypes (photoreceptors (PRs) and bipolar cells). We confirmed that the late RSCs were not restricted over-time and conserved multipotentcy characteristics by generating retinal phenotypes that usually appear at early (RGC) or late (PRs) developmental stages. Our results show that EGF is not only a factor controlling glial development, as previously shown, but also a potent differentiation factor for retinal neurons, at least in vitro. On the other hand, we wanted to find out if the adult human eye contains retina stem cells. The eye of some fishes and amphibians continues to grow during adulthood due to the persistent activity of retinal stem cells (RSCs). In fish, the RSCs are located in the ciliary margin zone (CMZ) at the periphery of the retina. Although, the adult mammalian eye does not grow during adult life, several groups have shown that the adult mouse eye contains retinal stem cells in the homologous zone (i.e. the ciliary margin), in the pigmented epithelium and not in the neuroretina. These RSCs meet some criteria of stem cells. We identified and characterized the human retinal stem cells. We showed that they posses the same features as their rodent counterpart i.e. they self-renew, expand and differentiate into retinal neurons in vitro and in vivo (indicated by immunostaining and microarray analysis). Moreover, they can be greatly expanded while conserving their sternness potential as revealed by the gene expression profile analysis (microarray approach). They also expressed genes common to various stem cells: nucleostemin, nestin, Bmil , Notch2, ABCG2, c-kit and its ligand, as well as cyclin D3 which acts downstream of c-kit. Furthermore, Bmil and Oct-4 were required for RSC proliferation reinforcing their stem cell identity. Our data indicate that the mice postnatal neuroretina and the adult pigmented epithelium of adult human ciliary margin contain retinal stem cells. We developed a system to easily expand and culture RSCs that can be used to investigate the retinogenesis. For example, it can help to screen drugs or factors involved, for instance, in the survival or generation of retinal cells. This could help to dissect genes or factors involved in the restriction or specification of retinal cell fate. In Western countries, retinitis pigmentosa (RP) affects 1 out of 3'500 individuals and age-related macula degeneration (AMD) strikes 1 % to 3% of the population over 60. In vitro generation of retinal cells is thus a promising tool to provide an unlimited cell source for cellular transplantation studies in the retina.

Theileria parva-transformed T cells show enhanced resistance to Fas/Fas ligand-induced apoptosis.

Lymphocyte homeostasis is regulated by mechanisms that control lymphocyte proliferation and apoptosis. Activation-induced cell death is mediated by the expression of death ligands and receptors, which, when triggered, activate an apoptotic cascade. Bovine T cells transformed by the intracellular parasite Theileria parva proliferate in an uncontrolled manner and undergo clonal expansion. They constitutively express the death receptor Fas and its ligand, FasL but do not undergo apoptosis. Upon elimination of the parasite from the host cell by treatment with a theilericidal drug, cells become increasingly sensitive to Fas/FasL-induced apoptosis. In normal T cells, the sensitivity to death receptor killing is regulated by specific inhibitor proteins. We found that anti-apoptotic proteins such as cellular (c)-FLIP, which functions as a catalytically inactive form of caspase-8, and X-chromosome-linked inhibitor of apoptosis protein (IAP) as well as c-IAP, which can block downstream executioner caspases, are constitutively expressed in T. parva-transformed T cells. Expression of these proteins is rapidly down-regulated upon parasite elimination. Antiapoptotic proteins of the Bcl-2 family such as Bcl-2 and Bcl-x(L) are also expressed but, in contrast to c-FLIP, c-IAP, and X-chromosome-linked IAP, do not appear to be tightly regulated by the presence of the parasite. Finally, we show that, in contrast to the situation in tumor cells, the phosphoinositide 3-kinase/Akt pathway is not essential for c-FLIP expression. Our findings indicate that by inducing the expression of antiapoptotic proteins, T. parva allows the host cell to escape destruction by homeostatic mechanisms that would normally be activated to limit the continuous expansion of a T cell population.

Identification and removal of low-complexity sites in allele-specific analysis of ChIP-seq data.

MOTIVATION: High-throughput sequencing technologies enable the genome-wide analysis of the impact of genetic variation on molecular phenotypes at unprecedented resolution. However, although powerful, these technologies can also introduce unexpected artifacts. Results: We investigated the impact of library amplification bias on the identification of allele-specific (AS) molecular events from high-throughput sequencing data derived from chromatin immunoprecipitation assays (ChIP-seq). Putative AS DNA binding activity for RNA polymerase II was determined using ChIP-seq data derived from lymphoblastoid cell lines of two parent-daughter trios. We found that, at high-sequencing depth, many significant AS binding sites suffered from an amplification bias, as evidenced by a larger number of clonal reads representing one of the two alleles. To alleviate this bias, we devised an amplification bias detection strategy, which filters out sites with low read complexity and sites featuring a significant excess of clonal reads. This method will be useful for AS analyses involving ChIP-seq and other functional sequencing assays.

Obtenció d'estruvita a partir de la fracció líquida digerida de purins de vaca

Actualment a Catalunya existeixen zones amb importants limitacions per l’aplicació de purins al sòl, pel que és imprescindible trobar alternatives de gestió i tractament que permetin l’aprofitament adequat dels recursos continguts a les dejeccions ramaderes sense afectar el medi. La digestió anaeròbia és una de les tècniques utilitzades en el tractament de les dejeccions ramaderes. L’efluent líquid que s’obté d’aquest tractament no modifica el contingut de nitrogen i fòsfor i per tant ha de ser gestionat correctament. L’objectiu general d’aquest projecte és avaluar la precipitació d’estruvita (sal de magnesi, amoni i fosfat) com una alternativa de gestió de l’efluent líquid d’una planta de digestió anaeròbia i compostatge que tracta dejeccions ramaderes conjuntament amb altres residus orgànics. S’han avaluat els efectes dels diferents paràmetres operacionals en la formació d’estruvita (pH, temperatura, velocitat d’agitació, alcalinitat), mitjançant assaigs en discontinu amb solució sintètica. A continuació s’ha procedit a obtenir estruvita a partir de la fracció líquida digerida de purí (FLD), en assaigs en discontinu per estudiar l’efecte del contingut de matèria orgànica i sòlids Totals (ST), així com el contingut en fosfats i el pH de reacció. Finalment, s’han optimitzat els paràmetres de procés en continu, mitjançant la posada en marxa d’un reactor a escala de laboratori i estudi de l’efecte de la velocitat d’agitació i de la introducció del stripping de CO2, tant amb solució sintètica com amb la fracció líquida digerida del purí. Dels resultats obtinguts es pot concloure que els factors que tenen una major influència en el procés d’obtenció d’estruvita són el pH (el pH òptim es situa al voltant de 9), i la presència de matèria orgànica i sòlids ens suspensió, que interfereix de forma quantitativa i qualitativa en la formació de l’estruvita. En el procés en continu s’ha aconseguit reduccions d’un 84% i 98% d’amoni i fòsfor respectivament, obtenintse estruvita que pot ser utilitzada com a fertilitzant d’alliberació lenta. Es pot concloure que la precipitació d’estruvita és una bona alternativa per millorar la gestió de les dejeccions ramaderes alhora que permet recuperar nutrients i tancar cicles. La combinació amb un tractament previ que elimini la matèria orgànica, com podria ser la digestió anaeròbia, i una separació de fases, per eliminar els sòlids en suspensió, es presenta com una configuració amb molts avantatges.

Estudi edàfic dels boscos joves de pi negre del Parc Nacional d'Aigüestortes i Sant Maurici

Estudiem les característiques edàfiques del sòl dels boscos joves de pi negre (Pinus uncinata) de l’estatge subalpí del Parc Nacional d’Aigüestortes i Estany de Sant Maurici corresponents a àrees de reforestació entre els anys 1956 i 2008. Aquest estudi s’ha fet de 29 parcel•les d’aquesta zona situades sobre diferents tipus de substrat, orientació i pendent. S’ha caracteritzat el sòl a partir de l’anàlisi de textura, matèria orgànica, nitrogen total, fòsfor, sodi, potassi, magnesi, calci, capacitat d’intercanvi catiònic, acidesa del sòl, relació C/N. Els resultats confirmen que es tracta de sòls àcids amb un elevat contingut de matèria orgànica a l’horitzó superficial (0-5 cm) i majoritàriament tenen humus de tipus moder. Això fa que aquest tingui valors de nitrogen total elevats. Gràcies al pH àcid i els continguts de potassi, calci i magnesi tindrem una bona fertilitat ja que la solubilitat i assimilació dels nutrients del sòl serà bona. Tots els valors obtinguts disminueixen en profunditat i mostren una gran variabilitat entre les parcel•les estudiades.

Estudi tècnic-econòmic per a la instal·lació d'una granja d'ànecs per a producció de foie-gras situada en el terme municipal de Fontanals de Cerdanya

Inversors però, principalment professionals de l'àmbit agrari, per tal de buscar una diversificació de l'activitat agrícola i ramadera que desenvolupen a les seves finques, sobretot joves emprenedors, poden estar interessats en produccions alternatives com la producció d'ànecs per a foie-gras, per tal de complementar la seva renda agrària. Actualment cal augmentar la competitivitat de les finques agrícoles per tal que aquestes siguin econòmicament viables. L’objectiu de l'estudi és determinar la viabilitat econòmica d’una explotació ramadera d’ànecs per a la producció de foie-gras, en el terme municipal de Fontanals de Cerdanya, analitzant les diverses alternatives en quant a dimensionament i disseny de les instal·lacions, segons el cicle productiu de l’animal. L'alternativa escollida per realitzar l'estudi es la de semi-integració (cria, engreix i embocat), de règim semi-intensiu (durant l'etapa de l'engreix), amb animals mascles de la raça híbrida Mulard. Les instal·lacions tindran una capacitat de 6.500 animals, amb lots de 250 caps. Aquest dimensionament permet, durant la fase d'embocat, en la qual es requereix més dedicació, que la demanda de mà d'obra pugui ser satisfeta per un únic treballador. La principal conclusió que es pot extreure de l'estudi és que la inversió projectada és massa elevada i que aquesta econòmicament no és viable o rendible, ja que la despesa és massa elevada. Es mouen uns fluxos de caixa molt elevats i el marge comercial és molt reduït. Únicament si l'objectiu del promotor és obtenir una remuneració per la seva feina, sempre i quan és produeixi un augment del preu actual de la carn i una disminució del preu del pinso, es podria recomanar que es portés a terme la implantació de l'explotació, intentant, però, reduir la despesa d'execució de construccions i instal·lacions.

Staphylococcus aureus clfB and spa alleles of the repeat regions are segregated into major phylogenetic lineages.

To reliably differentiate among Staphylococcus aureus isolates we recently developed the Double Locus Sequence Typing (DLST) based on the analysis of partial sequences of clfB and spa genes. This method is highly discriminatory and gives unambiguous definition of types. The highly clonal population structure of S. aureus suggests that isolates with identical clfB or spa alleles belong to the same clonal complex (CC) defined by Multi-Locus Sequence Typing (MLST). To test this hypothesis as well as to investigate putative intra-CC genetic structure, we analyzed a total of 289 isolates (186 MSSA and 103 MRSA) with DLST-, spa- and MLST-typing. Among the 289 strains, 242 were clustered into 7 major MLST CCs, 40 into minor CCs and 7 were not grouped into CCs. A total of 205 DLST- and 129 spa-types were observed. With one exception, all DLST-clfB, DLST-spa and spa-type alleles were segregated into CCs. DLST-types sharing an identical allele (clfB or spa) were clustered using eBURST. Except for one strain, all isolates from each DLST cluster belonged to the same CC. However, using both DLST- and spa-typing we were not able to disclose a clear intra-CC structure. Nevertheless, the high diversity of these loci confirmed that they are good markers for local epidemiological investigations.