Immunoturbidometrisen fibriinimonomeerimäärityksen menetelmätestaus

Fibriinimonomeerejä syntyy fibrinogeenistä veren hyytyessä. Fibriinimonomeerit muodostavat liukoisia komplekseja, joiden olemassaolo voidaan osoittaa plasmasta silloin, kun niitä esiintyy veressä suuria määriä, kuten disseminoituneen intravaskulaarisen koagulaation (DIK) yhteydessä. HUSLABin Meilahden sairaalan laboratoriossa fibriinimonomeerien olemassaolo todetaan tällä hetkellä hemagglutinaatioon perustuvalla kvalitatiivisella testillä, jossa tulos tulkitaan silmämääräisesti. Diagnostica Stago on tuonut markkinoille uuden kvantitatiivisen STA® - Liatest® FM immunoturbidometrisen testin, joka perustuu monoklonaaliseen fibriinimonomeerivasta-aineeseen. Uusi testi on automatisoitavissa, mikä helpottaa testin suoritusta. Työssäni testasin immunoturbidometrisen menetelmän analyyttisiä suorituskykyominaisuuksia määrittämällä Blood Coagulation System (BCS) -analysaattorilla sarjan sisäisen ja sarjojen välisen toistuvuuden sekä lineaarisuuden. Tulosten perusteella menetelmä toimii toistettavasti, mutta lineaarisuus ei ole optimaalinen. Vertasin myös nykyisen ja uuden menetelmän tuloksia 40:stä potilasnäytteestä. Kaikki näytteet olivat agglutinaatiotestissä negatiivisia. Osa näistä antoi kuitenkin positiivisia tuloksia immunoturbidometrisellä testillä. Tulosten perusteella immunoturbidometrinen menetelmä ei mittaa ainoastaan fibriinimonomeerejä. Lisäksi tarkastelin fibriinimonomeeritulosten korrelaatiota saman näytteen fibrinogeeni- ja D-dimeerituloksiin. Fibriinimonomeeritulokset eivät korreloineet fibrinogeenitulosten kanssa, mutta D-dimeeritulosten kanssa korrelaatio oli voimakasta ja tilastollisesi merkitsevää. D-dimeeri mahdollisesti ristireagoi menetelmässä. Jos menetelmä halutaan ottaa käyttöön, se edellyttää lisätutkimuksia.

Käyttäjäystävällisen mobiilipalvelun suunnittelu : WAP-sivuston rakentaminen visuaalisen ja käyttöliittymäsuunnittelun keinoin

Opinnäytteeni käsittelee mobiilipalveluiden sekä visuaalista että käyttöliittymäsuunnittelua. Lähden liikkeelle siitä olettamuksesta, että näiden osa-alueiden suunnitteluun kannattaa panostaa. Totean myös, että näin ei kuitenkaan vielä nykyään tehdä. Käsittelen mobiilipalveluja yleisemmällä tasolla, mutta keskityn erityisesti WAP-pohjaisiin palveluihin. Samat periaatteet ja vinkit soveltuvat kuitenkin myös muilla alustoilla toimivien palveluiden suunnitteluun, ja koska minulla on kokemusta myös näistä, olen tuonut tätäkin puolta esiin. Työssäni puhutaan visuaalisesta suunnittelusta ja käytettävyydestä yleisellä tasolla, mutta se toimii samalla eräänlaisena ohjekirjana suunnittelijalle. Uskon, että vielä toistaiseksi yritykset siirtyvät WAPiin pitkälti samalla sisällöllä ja rakenteella kuin web-palvelussaan, ja esittelen työssäni syitä sille, miksi tämä menetelmä on huono. Työhöni kokoamani pikamanuaali kokoaa tärkeimmät käytännön vinkit, joiden avulla voidaan tarvittaessa nopeallakin aikataululla suunnitella käyttäjäystävällinen WAP-palvelu. Kiinnostus aiheeseen nousi omista kokemuksistani työelämässä, ja kirjatiedon lisäksi tärkeänä lähteenä on toiminut oma kokemusmaailmani ja yrityksen ja erehdyksen kautta opitut taidot. Uskon että myös nämä tuovat hyvän lisän oppaaseen. Käsittelen ensin matkaviestinalan yleistä kehitystä ja esittelen syitä sille, miksi mobiilipalveluiden suunnitteluun kannattaa panostaa. Käyn sitten läpi sellaisia mobiililaitteiden erityisominaisuuksia, jotka asettavat työlle omat rajoituksensa. Lopuksi listaan tärkeimmät huomioitavat seikat ja annan käytännön vinkkejä suunnitteluprosessiin.

On Certain Greedoid Polyhedra, Partially Indexable Scheduling Problems, and Extended Restless Bandit Allocation Indices

We present a polyhedral framework for establishing general structural properties on optimal solutions of stochastic scheduling problems, where multiple job classes vie for service resources: the existence of an optimal priority policy in a given family, characterized by a greedoid (whose feasible class subsets may receive higher priority), where optimal priorities are determined by class-ranking indices, under restricted linear performance objectives (partial indexability). This framework extends that of Bertsimas and Niño-Mora (1996), which explained the optimality of priority-index policies under all linear objectives (general indexability). We show that, if performance measures satisfy partial conservation laws (with respect to the greedoid), which extend previous generalized conservation laws, then the problem admits a strong LP relaxation over a so-called extended greedoid polytope, which has strong structural and algorithmic properties. We present an adaptive-greedy algorithm (which extends Klimov's) taking as input the linear objective coefficients, which (1) determines whether the optimal LP solution is achievable by a policy in the given family; and (2) if so, computes a set of class-ranking indices that characterize optimal priority policies in the family. In the special case of project scheduling, we show that, under additional conditions, the optimal indices can be computed separately for each project (index decomposition). We further apply the framework to the important restless bandit model (two-action Markov decision chains), obtaining new index policies, that extend Whittle's (1988), and simple sufficient conditions for their validity. These results highlight the power of polyhedral methods (the so-called achievable region approach) in dynamic and stochastic optimization.

Automaattisen nukleiinihappoeristyslaitteen ja reaaliaikaisen PCR-menetelmän soveltuvuus herpes simplex -virusten keskushermostoinfektiodiagnostiikkaan

Keskushermosto- ja neonataali-infektiot ovat herpes simplex -virusten aiheuttamista taudeista vakavimpia. Niihin on olemassa lääkitys, joka on tehokkain, kun se aloitetaan aivan sairauden alkuvaiheessa. Näiden infektioiden diagnostiikassa PCR-menetelmä on herkin. Tämä menetelmä on kuitenkin työläs ja aikaa vievä, joten uudet nopeammat menetelmät ovat tervetulleita. Opinnäytetyö tehtiin HUSLABin virologian osastolle. Työssä testattiin QIAGENIN artus®HSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkausta, joka on tehty käytettäväksi Roche diagnosticsin reaaliaikaisella PCR-laitteella LightCyclerillä. Lisäksi työssä testattiin automaattista bioMérieuxin NucliSens easyMAG- nukleiinihappoeristyslaitetta. Referenssinä käytettiin HUSLABin virologian osastolla testaushetkellä käytössä olevia menetelmiä. Reaaliaikaisen PCR-menetelmän herkkyyttä testattiin positiivisilla HSV-1 ja HSV-2 kontrollilaimennussarjoilla. Menetelmän oikeellisuutta testattiin määrittämällä laaduntarkkailu- ja potilasnäytteitä, jotka olivat likvoria. Tuloksia verrattiin QCMD:n antamiin ja perinteisellä ”in house”- PCR-menetelmällä saatuihin referenssituloksiin. Spesifisyyttä testattiin muiden ihmisten herpesvirusten positiivisilla kontrolleilla. Automaattisen nukleiinihappoeristysmenetelmän toimivuutta testattiin HSV-positiivisilla ja -negatiivisilla likvornäytteillä, jotka oli aikaisemmin eristetty fenoli-kloroformiuutolla. Tulokset QIAGENIN artus®HSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkauksesta olivat hyviä. Kont-rollilaimennussarjan määrityksessä reaaliaikainen PCR-menetelmä osoittautui perinteistä ”in house”- PCR-menetelmää herkemmäksi. Potilasnäytteiden määrityksessä tulokset olivat yhtenevät. EasyMAG- nukleiinihappoeristysmenetelmällä eristettyjen potilasnäytteiden määrityksistä saadut tulokset olivat myös hyviä. Kun tuloksia verrattiin fenoli-kloroformiuutolla saatuihin tuloksiin, olivat tulokset yhtä näytettä lukuun ottamatta yhtenevät. Molemmat testattavat menetelmät ovat nopeita ja virhelähteiden mahdollisuus on vähäisempi kuin perinteisessä ”in house”-PCR menetelmässä ja fenoli-kloroformiuutolla nukleiinihappoa eristettäessä. Tutkimusten tulokset osoittivat molempien menetelmien soveltuvan hyvin HSV:n eristykseen ja määritykseen likvornäytteistä.

Mikroaaltouunin soveltuvuus fiksaatioon ja kudosprosessointiin sekä J.F.C-reagenssin sopivuus fiksaatioaineeksi mikroaaltouunimenetelmässä

Vastauksen saaminen patologian laboratoriosta kestää jopa viikkoja, joten histologisten näytteiden käsittelyprosessia on tarpeen kehittää nopeammaksi. Työskentely patologian laboratoriossa automatisoituu koko ajan ja laitteiden valmistajilla on kaupallisia reagensseja, joita voisi mahdollisesti käyttää myös fiksaatioaineina. Tässä työssä tutkimme, voisiko sekä fiksaation että kudoskäsittelyn suorittaa mikroaaltouunilla, jolloin näytteen käsittely nopeutuisi huomattavasti. Kokeilimme myös kaupallisen J.F.C-reagenssin toimivuutta fiksaatioaineena. Tarkastelun kohteena olivat morfologian säilyminen hematoksyliini-eosiini -värjäyksen perusteella arvioituna sekä immunohistokemiallisten värjäysten toimivuus. Arvioimme myös vaikuttaako erilainen käsittelytapa kudoksen leikkautuvuuteen mikrotomilla. Tutkimus suoritettiin Patologian keskuslaboratoriossa. Näytemateriaalina oli 50 tuoretta kudospalaa, joista 14 oli tuumorikudosta. Jokaisesta näytteestä leikkasimme kolme palaa. Pala A fiksoitiin J.F.C:llä, palat B ja C formaliinilla. Palojen A ja B fiksointi ja kudosprosessointi tehtiin mikroaaltouunissa ja pala C fiksoitiin huoneenlämmössä ja prosessoitiin yön yli -menetelmällä. HE-värjäyksen perusteella J.F.C ei sovi fiksaatioaineeksi. Mutta mikroaaltouunin käyttö formaliinifiksaatiossa ja kudosprosessoinnissa osoittautui lähes yhtä hyväksi kuin perinteinen menetelmä. Leikkautuvuuteen ja immunohistokemiallisiin värjäyksiin ei näytteen käsittelytavalla näyttäisi olevan vaikutusta.

Doe-menetelmän käyttö kilpa-auton testityön vähentämiseksi

Tämä insinöörityö käsittelee eri kilpa-autoluokkien testityötä ja Doe-menetelmän soveltuvuutta tämän testityön helpottamiseksi. Työssä syvennytään ralliautoilun N-ryhmään perinpohjaisesti auton rakentamisesta varsinaiseen testaamiseen asti. Tutkittavana kilpa-autona on Mitsubishi Lancer Evolution 9. Tarkoituksena on tutkia AVL Cameo -ohjelman ja Doe-menetelmän soveltuvuus ralliautoilun testaamiseen. Työ aloitettiin perehtymällä teorian tasolla Doe-menetelmän soveltuvuutta ralliautoiluun, rata-autoiluun ja kiihdytysautoiluun. Jokaisesta kilpa-autoilumuodosta kerrotaan tarkemmin yleistä tietoa ja millaisiin asioihin Doe-menetelmää voitaisiin soveltaa. Cameo on alun perin suunniteltu moottorien säätö- ja testityön vähentämiseen, joten työssä selostetaan myös ohjelman ominaisuuksia. Lisäksi suoritetaan testit N-ryhmän kilpa-autolla Cameon suunnittelemalla tavalla ja tuloksista optimoidaan ajallisesti paras vaihtoehto. Työn tuloksena saatiin selvitettyä, kuinka Cameo ja sen käyttämä Doe-menetelmä soveltuvat kilpa-autojen testaamiseen ja kuinka testityön määrää saatiin vähennettyä.

Iowa Budget Report, January 2005

The FY 2006 budget we present to you today was built from the ground up and is the result of a budget process that focuses on priorities and results. Faced with difficult choices, we are heartened by the progress we have achieved with your cooperation and collaboration. Fulfilling our responsibility to Iowa children, together we have focused resources on cing class sizes and reversed an eight-year decline in test scores. As a result, Iowa students have reachieved four straight years of improved test scores, ranking among America’s best.

Qualitative and Hierarchical Analysis of Protective Factors against Illicit Use of Doping Substances in Athletes Calling a National Anti-Doping Phone-Help Service

Evidence of a sport-specific hierarchy of protective factors against doping would thus be a powerful aid in adapting information and prevention campaigns to target the characteristics of specific athlete groups, and especially those athletes most vulnerable for doping control. The contents of phone calls to a free and anonymous national anti-doping service called 'ecoute dopage' were analysed (192 bodybuilders, 124 cyclists and 44 footballers). The results showed that the protective factors that emerged from analysis could be categorised into two groups. The first comprised 'Health concerns', 'Respect for the law' and 'Doping controls from the environment' and the second comprised 'Doubts about the effectiveness of illicit products, 'Thinking skills' and 'Doubts about doctors'. The ranking of the factors for the cyclists differed from that of the other athletes. The ordering of factors was 1) respect for the law, 2) doping controls from the environment, 3) health concerns 4) doubts about doctors, and 5) doubts about the effectiveness illicit products. The results are analysed in terms of the ranking in each athlete group and the consequences on the athletes' experience and relationship to doping. Specific prevention campaigns are proposed to limit doping behaviour in general and for each sport.

Medidas de Perda na Avalia ção do Desempenho de Fundos de Investimentos

Uma das medidas de performance mais utilizada e a medida de Sharpe. A sua utiliza c~ao e inadequada quando as rendibilidades n~ao seguem uma distribui c~ao normal, assim originou o aparecimento de uma variedade de medidas alternativas. Em fun c~ao disso, surge ent~ao a quest~ao de saber se essas medidas alternativas produzem rankings signi cativamente diferentes da que se obt em com a medida de Sharpe. Apesar da exist^encia de muitos estudos emp ricos sobre esta problem atica a resposta n~ao e consensual. Neste trabalho fez-se a compara c~ao entre o ranking produzido pela medida de Sharpe e as algumas medidas alternativas, as que se baseiam no Low Partial Moments (Omega, Sortino, Kappa3 e Upside Potential Ratio) e, as que se baseiam no VaR - Value-at-Risk (ERV - Excess Return on VaR, ERMV - Excess Return on Modi ed VaR, ERCV - Excess Return on Conditional VaR e ERV? - Excess Return com VaR hist orico). Utilizando 26 fundos de investimentos norte-americanos, com registo di ario das rendibilidades para o per odo de Janeiro 2000 a Setembro 2009, encontrou-se um elevado coe ciente de correla c~ao de Spearman e de Kendall entre a medida de Sharpe e as alternativas, bem como as alternativas entre si, excepto para Upside Potential Ratio que os coe cientes s~ao relativamente baixos. Os resultados permitem concluir que existe uma medida que proporciona ordena c~oes diferentes.

Reverse transcription quantitative real-time polymerase chain reaction reference genes in the spared nerve injury model of neuropathic pain: validation and literature search.

BACKGROUND: The reverse transcription quantitative real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR) is a widely used, highly sensitive laboratory technique to rapidly and easily detect, identify and quantify gene expression. Reliable RT-qPCR data necessitates accurate normalization with validated control genes (reference genes) whose expression is constant in all studied conditions. This stability has to be demonstrated.We performed a literature search for studies using quantitative or semi-quantitative PCR in the rat spared nerve injury (SNI) model of neuropathic pain to verify whether any reference genes had previously been validated. We then analyzed the stability over time of 7 commonly used reference genes in the nervous system - specifically in the spinal cord dorsal horn and the dorsal root ganglion (DRG). These were: Actin beta (Actb), Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), ribosomal proteins 18S (18S), L13a (RPL13a) and L29 (RPL29), hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1 (HPRT1) and hydroxymethylbilane synthase (HMBS). We compared the candidate genes and established a stability ranking using the geNorm algorithm. Finally, we assessed the number of reference genes necessary for accurate normalization in this neuropathic pain model. RESULTS: We found GAPDH, HMBS, Actb, HPRT1 and 18S cited as reference genes in literature on studies using the SNI model. Only HPRT1 and 18S had been once previously demonstrated as stable in RT-qPCR arrays. All the genes tested in this study, using the geNorm algorithm, presented gene stability values (M-value) acceptable enough for them to qualify as potential reference genes in both DRG and spinal cord. Using the coefficient of variation, 18S failed the 50% cut-off with a value of 61% in the DRG. The two most stable genes in the dorsal horn were RPL29 and RPL13a; in the DRG they were HPRT1 and Actb. Using a 0.15 cut-off for pairwise variations we found that any pair of stable reference gene was sufficient for the normalization process. CONCLUSIONS: In the rat SNI model, we validated and ranked Actb, RPL29, RPL13a, HMBS, GAPDH, HPRT1 and 18S as good reference genes in the spinal cord. In the DRG, 18S did not fulfill stability criteria. The combination of any two stable reference genes was sufficient to provide an accurate normalization.

Medidas de Perda na Avaliacão do Desempenho de Fundos de Investimentos

Uma das medidas de performance mais utilizada e a medida de Sharpe. A sua utilizacão e inadequada quando as rendibilidades não seguem uma distribuicão normal, assim originou o aparecimento de uma variedade de medidas alternativas. Em fun c~ao disso, surge então a questão de saber se essas medidas alternativas produzem rankings signi cativamente diferentes da que se obt em com a medida de Sharpe. Apesar da existencia de muitos estudos emp ricos sobre esta problem atica a resposta não e consensual. Neste trabalho fez-se a comparacão entre o ranking produzido pela medida de Sharpe e as algumas medidas alternativas, as que se baseiam no Low Partial Moments (Omega, Sortino, Kappa3 e Upside Potential Ratio) e, as que se baseiam no VaR - Value-at-Risk (ERV - Excess Return on VaR, ERMV - Excess Return on Modi ed VaR, ERCV - Excess Return on Conditional VaR e ERV? - Excess Return com VaR hist orico). Utilizando 26 fundos de investimentos norte-americanos, com registo di ario das rendibilidades para o per odo de Janeiro 2000 a Setembro 2009, encontrou-se um elevado coe ciente de correla c~ao de Spearman e de Kendall entre a medida de Sharpe e as alternativas, bem como as alternativas entre si, excepto para Upside Potential Ratio que os coe cientes s~ao relativamente baixos. Os resultados permitem concluir que existe uma medida que proporciona ordena c~oes diferentes.

Iowa Budget Report for Fiscal year 2008, January 2007

The FY 2008 budget we present to you today was built from the ground up and is the result of a budget process that focuses on priorities and results. Faced with difficult choices, we are heartened by the progress we have achieved with your cooperation and collaboration. Fulfilling our responsibility to Iowa children, together we have focused resources on cing class sizes and reversed an eight-year decline in test scores. As a result, Iowa students have reachieved four straight years of improved test scores, ranking among America’s best.

Intellectual Property Rights and Crop-Improving R&D under Adaptive Destruction, June 2007

This paper studies how the strength of intellectual property rights (IPRs) affects investments in biological innovations when the value of an innovation is stochastically reduced to zero because of the evolution of pest resistance. We frame the problem as a research and development (R&D) investment game in a duopoly model of sequential innovation. We characterize the incentives to invest in R&D under two competing IPR regimes, which differ in their treatment of the follow-on innovations that become necessary because of pest adaptation. Depending on the magnitude of the R&D cost, ex ante firms might prefer an intellectual property regime with or without a “research exemption” provision. The study of the welfare function that also accounts for benefit spillovers to consumers—which is possible analytically under some parametric conditions, and numerically otherwise—shows that the ranking of the two IPR regimes depends critically on the extent of the R&D cost.

Fate of TLR-1/TLR-2 agonist functionalised pDNA nanoparticles upon deposition at the human bronchial epithelium in vitro.

BACKGROUND: Plasmid DNA vaccination is a promising approach, but studies in non-human primates and humans failed to achieve protective immunity. To optimise this technology further with focus on pulmonary administration, we developed and evaluated an adjuvant-equipped DNA carrier system based on the biopolymer chitosan. In more detail, the uptake and accompanying immune response of adjuvant Pam3Cys (Toll-like receptor-1/2 agonist) decorated chitosan DNA nanoparticles (NP) were explored by using a three-dimensional (3D) cell culture model of the human epithelial barrier. Pam3Cys functionalised and non-functionalised chitosan DNA NP were sprayed by a microsprayer onto the surface of 3D cell cultures and uptake of NP by epithelial and immune cells (blood monocyte-derived dendritic cells (MDDC) and macrophages (MDM)) was visualised by confocal laser scanning microscopy. In addition, immune activation by TLR pathway was monitored by analysis of interleukin-8 and tumor necrosis factor-α secretions (ELISA). RESULTS: At first, a high uptake rate into antigen-presenting cells (MDDC: 16-17%; MDM: 68-75%) was obtained. Although no significant difference in uptake patterns was observed for Pam3Cys adjuvant functionalised and non-functionalised DNA NP, ELISA of interleukin-8 and tumor necrosis factor-α demonstrated clearly that Pam3Cys functionalisation elicited an overall higher immune response with the ranking of Pam3Cys chitosan DNA NPâeuro0/00>âeuro0/00chitosan DNA NPâeuro0/00=âeuro0/00DNA unloaded chitosan NPâeuro0/00>âeuro0/00control (culture medium). CONCLUSIONS: Chitosan-based DNA delivery enables uptake into abluminal MDDC, which are the most immune competent cells in the human lung for the induction of antigen-specific immunity. In addition, Pam3Cys adjuvant functionalisation of chitosan DNA NP enhances significantly an environment favoring recruitment of immune cells together with a Th1 associated (cellular) immune response due to elevated IL-8 and TNF-α levels. The latter renders this DNA delivery approach attractive for potential DNA vaccination against intracellular pathogens in the lung (e.g., Mycobacterium tuberculosis or influenza virus).

On certain greedoid polyhedra, partially indexable scheduling problems and extended restless bandit allocation indices

We present a polyhedral framework for establishing general structural properties on optimal solutions of stochastic scheduling problems, where multiple job classes vie for service resources: the existence of an optimal priority policy in a given family, characterized by a greedoid(whose feasible class subsets may receive higher priority), where optimal priorities are determined by class-ranking indices, under restricted linear performance objectives (partial indexability). This framework extends that of Bertsimas and Niño-Mora (1996), which explained the optimality of priority-index policies under all linear objectives (general indexability). We show that, if performance measures satisfy partial conservation laws (with respect to the greedoid), which extend previous generalized conservation laws, then theproblem admits a strong LP relaxation over a so-called extended greedoid polytope, which has strong structural and algorithmic properties. We present an adaptive-greedy algorithm (which extends Klimov's) taking as input the linear objective coefficients, which (1) determines whether the optimal LP solution is achievable by a policy in the given family; and (2) if so, computes a set of class-ranking indices that characterize optimal priority policies in the family. In the special case of project scheduling, we show that, under additional conditions, the optimal indices can be computed separately for each project (index decomposition). We further apply the framework to the important restless bandit model (two-action Markov decision chains), obtaining new index policies, that extend Whittle's (1988), and simple sufficient conditions for their validity. These results highlight the power of polyhedral methods (the so-called achievable region approach) in dynamic and stochastic optimization.