Using siting algorithms in the design of marine reserve networks

Using benthic habitat data from the Florida Keys (USA), we demonstrate how siting algorithms can help identify potential networks of marine reserves that comprehensively represent target habitat types. We applied a flexible optimization tool-simulated annealing-to represent a fixed proportion of different marine habitat types within a geographic area. We investigated the relative influence of spatial information, planning-unit size, detail of habitat classification, and magnitude of the overall conservation goal on the resulting network scenarios. With this method, we were able to identify many adequate reserve systems that met the conservation goals, e.g., representing at least 20% of each conservation target (i.e., habitat type) while fulfilling the overall aim of minimizing the system area and perimeter. One of the most useful types of information provided by this siting algorithm comes from an irreplaceability analysis, which is a count of the number of, times unique planning units were included in reserve system scenarios. This analysis indicated that many different combinations of sites produced networks that met the conservation goals. While individual 1-km(2) areas were fairly interchangeable, the irreplaceability analysis highlighted larger areas within the planning region that were chosen consistently to meet the goals incorporated into the algorithm. Additionally, we found that reserve systems designed with a high degree of spatial clustering tended to have considerably less perimeter and larger overall areas in reserve-a configuration that may be preferable particularly for sociopolitical reasons. This exercise illustrates the value of using the simulated annealing algorithm to help site marine reserves: the approach makes efficient use of;available resources, can be used interactively by conservation decision makers, and offers biologically suitable alternative networks from which an effective system of marine reserves can be crafted.

Direct visualization of Ras proteins in spatially distinct cell surface microdomains

Localization of signaling complexes to specific micro-domains coordinates signal transduction at the plasma membrane. Using immunogold electron microscopy of plasma membrane sheets coupled with spatial point pattern analysis, we have visualized morphologically featureless microdomains including lipid rafts, in situ and at high resolution. We find that an inner-plasma membrane lipid raft marker displays cholesterol-dependent clustering in microdomains with a mean diameter of 44 nm that occupy 35% of the cell surface. Cross-linking an outer-leaflet raft protein results in the redistribution of inner leaflet rafts, but they retain their modular structure. Analysis of Ras microlocalization shows that inactive H-ras is distributed between lipid rafts and a cholesterol-independent micro-domain. Conversely, activated H-ras and K-ras reside predominantly in nonoverlapping, cholesterol-independent microdomains. Galectin-1 stabilizes the association of activated H-ras with these nonraft microdomains, whereas K-ras clustering is supported by farnesylation, but not geranylgeranylation. These results illustrate that the inner plasma membrane comprises a complex mosaic of discrete microdomains. Differential spatial localization within this framework can likely account for the distinct signal outputs from the highly homologous Ras proteins.

Document retrieval for e-mail search and discovery using Formal Concept Analysis

This paper discusses a document discovery tool based on Conceptual Clustering by Formal Concept Analysis. The program allows users to navigate e-mail using a visual lattice metaphor rather than a tree. It implements a virtual. le structure over e-mail where files and entire directories can appear in multiple positions. The content and shape of the lattice formed by the conceptual ontology can assist in e-mail discovery. The system described provides more flexibility in retrieving stored e-mails than what is normally available in e-mail clients. The paper discusses how conceptual ontologies can leverage traditional document retrieval systems and aid knowledge discovery in document collections.

Ecologia de comunidade de Bethylidae (Hymenoptera, Chrysidoidea) da Reserva Ecológica do Roncador, Brasília, Distrito Federal, Brasil

Bethylidae specimens from the Reserve were studied in its ecological and faunistic aspects. The material was collected by Malaise and Window traps simultaneously in ten different areas of the Reserve during four years. The total number of genera and specimens were analyzed. Indices of diversity and evenness were used for characterizing the community ecology. Clustering analysis of localities and genera were provided. Nine genera of Bethylidae were found in the Reserve, being Pseudisobrachium Kieffer, 1904 and Apenesia Westwood, 1874 the most common ones. Window trap was more efficient than Malaise trap in terms of genus diversity.

Vulnerabilidade social no Espírito Santo : conceito e mensuração

O desenvolvimento socioeconômico pode ser mais ou menos desigual de acordo com as características de cada população e governos e pesquisadores do Espírito Santo têm dado atenção especial para estes estudos. Na temática de vulnerabilidade social, a falta de definição de qual grupamento populacional é considerado socialmente vulnerável faz com que as políticas públicas do estado percam focalização. Assim, nesta pesquisa foi elaborado o Índice de Vulnerabilidade Social do Espírito Santo (IVES), um índice sintético composto por quatro dimensões (educação; empregabilidade, alocação do tempo e renda; infraestrutura domiciliar; composição familiar e mortalidade), para cada município do estado. Partindo de um método de clustering foram criadas escalas para análise do índice (baixa, média, alta e muito alta) e os resultados apontaram para uma vulnerabilidade social média no estado, sendo a dimensão de empregabilidade, alocação do tempo e renda a que merece mais atenção das políticas, onde mais de 90% dos municípios possuem vulnerabilidade social muito alta.

Variabilidade genética em famílias de meios-irmãos de cafeeiro robusta

O cultivo do café é uma das atividades do agronegócio de maior importância socioeconômica dentre as diferentes atividades ligadas ao comércio agrícola mundial. Uma das maiores contribuições da genética quantitativa para o melhoramento genético é a possibilidade de prever ganhos genéticos. Quando diferentes critérios de seleção são considerados, a predição de ganhos referentes a cada critério tem grande importância, pois indica os melhoristas sobre como utilizar o material genético disponível, visando obter o máximo de ganhos possível para as características de interesse. O presente trabalho foi instalado em julho de 2004, na Fazenda Experimental de Bananal do Norte, conduzida pelo Incaper, no distrito de Pacotuba, município de Cachoeiro de Itapemirim, região Sul do Estado, com o objetivo de selecionar as melhores plantas entre e dentro de progênies de meios- irmãos de Coffea canephora, por meio de diferentes critérios de seleção. Foram realizadas análises de variância individuais e conjuntas para 26 progênies de meios- irmãos Coffea canephora. O delineamento experimental utilizado foi em blocos ao acaso com quatro testemunhas adicionais com quatro repetições e parcela composta por cinco plantas, com o espaçamento de 3,0 m x 1,2 m. Neste trabalho, considerou-se os dados das últimas cinco colheitas. As características mensuradas foram: florescimento, maturação, tamanho do grão, peso, porte, vigor, ferrugem, mancha cercóspora, seca de ponteiros, escala geral, porcentagem de frutos boia e bicho mineiro. Todas as análises estatísticas foram realizadas com o aplicativo computacional em genética e estatística (GENES). Foram estimados os ganhos de seleção em função da porcentagem de seleção de 20% entre e dentro, sendo as mesmas mantidas para todas as características. Todas as características foram submetidas a seleção no sentido positivo, exceto para florescimento, porte, ferrugem, mancha cercóspora, seca de ponteiros, porcentagem de frutos boia e bicho mineiro, para obter decréscimo em suas médias originais. Os critérios de seleção estudados foram: seleção convencional entre e dentro das famílias, índice de seleção combinada, seleção massal e seleção massal estratificada. Esta dissertação é composta por dois capítulos, em que foram realizadas análises biométricas, como a obtenção de estimativas de parâmetros genéticos. Na maioria das características estudadas, verificaram-se diferenças significativas (P<0,05) para genótipos que, associados aos coeficientes de variação genotípicos e também ao coeficiente de determinação genotípico e à relação CVg/CVe, indicam a existência de variabilidade genética nos materiais genéticos para a maioria das características e condições favoráveis para obtenção de ganhos genéticos pela seleção. Essas características também foram correlacionadas. Os dados foram submetidos às análises de variância e multivariada, aplicando-se a técnica de agrupamento e UPGMA, teste de médias e estudo de correlações. Na técnica de agrupamento, foi utilizada a distância generalizada de Mahalanobis como medida de dissimilaridade, e na delimitação dos grupos, o método de Tocher. Foi encontrada diversidade genética para as características associadas à qualidade fisiológica, mobilização de reserva das sementes, dimensões e biomassa das plântulas. Quatro grupos de genótipos puderam ser formados. Peso de massa seca de sementes, redução de reserva de sementes e peso de massa seca de plântulas estão positivamente correlacionados entre si, enquanto a redução de reserva das sementes e a eficiência na conversão dessas reservas em plântulas estão negativamente correlacionadas. De acordo com os resultados obtidos, verificou-se que todas as características apresentaram níveis diferenciados de variabilidade genética e os critérios de seleção utilizados mostraram-se eficientes para o melhoramento, no qual o índice de seleção combinada é o critério de seleção que apresentou os melhores resultados em termos de ganhos, sendo indicado como critério mais apropriado para o melhoramento genético da população estudada. Nos estudos de correlações, em 70% dos casos, a correlação fenotípica foi superior à genotípica, mostrando maior influência dos fatores ambientais em relação aos genotípicos e condições propícias ao melhoramento dos diferentes caracteres. No estudo de divergência genética, observou-se que pelo agrupamento de genótipos, pela técnica de Tocher, indicou que os genótipos foram distribuídos em três grupos.

Residents’ perceptions of tourism impacts in Guimarães (Portugal): a cluster analysis

In this investigation, a cluster analysis was used to separate Guimara˜es (Portugal) residents into clusters according to their perceptions of the impacts of tourism development. This approach is uncommonly applied to Portugal data and is even rarer for world heritage sites. The world heritage designation is believed to make an area more attractive to tourists. The clustering procedure analysed 400 data observations from a Guimara˜es resident survey and revealed the existence of three clusters: the Sceptics, the Moderately Optimistic and the Enthusiasts. The results were consistent with the empirical literature’s results, with the emergent nature of the destination found to be relevant. The fact that tourism is relatively recent in this destination has its major reflex in the devaluation by most of the residents of the negative impacts of tourism development.

Automated traffic route identification through the shared nearest neighbour algorithm

Many organisations need to extract useful information from huge amounts of movement data. One example is found in maritime transportation, where the automated identification of a diverse range of traffic routes is a key management issue for improving the maintenance of ports and ocean routes, and accelerating ship traffic. This paper addresses, in a first stage, the research challenge of developing an approach for the automated identification of traffic routes based on clustering motion vectors rather than reconstructed trajectories. The immediate benefit of the proposed approach is to avoid the reconstruction of trajectories in terms of their geometric shape of the path, their position in space, their life span, and changes of speed, direction and other attributes over time. For clustering the moving objects, an adapted version of the Shared Nearest Neighbour algorithm is used. The motion vectors, with a position and a direction, are analysed in order to identify clusters of vectors that are moving towards the same direction. These clusters represent traffic routes and the preliminary results have shown to be promising for the automated identification of traffic routes with different shapes and densities, as well as for handling noise data.

Automated image analysis of lung branching morphogenesis from microscopic images of fetal rat explants

Background: Regulating mechanisms of branching morphogenesis of fetal lung rat explants have been an essential tool for molecular research. This work presents a new methodology to accurately quantify the epithelial, outer contour and peripheral airway buds of lung explants during cellular development from microscopic images. Methods: The outer contour was defined using an adaptive and multi-scale threshold algorithm whose level was automatically calculated based on an entropy maximization criterion. The inner lung epithelial was defined by a clustering procedure that groups small image regions according to the minimum description length principle and local statistical properties. Finally, the number of peripheral buds were counted as the skeleton branched ends from a skeletonized image of the lung inner epithelial. Results: The time for lung branching morphometric analysis was reduced in 98% in contrast to the manual method. Best results were obtained in the first two days of cellular development, with lesser standard deviations. Non-significant differences were found between the automatic and manual results in all culture days. Conclusions: The proposed method introduces a series of advantages related to its intuitive use and accuracy, making the technique suitable to images with different lightning characteristics and allowing a reliable comparison between different researchers.

Automated image analysis of lung branching morphogenesis

Regulating mechanisms of branchingmorphogenesis of fetal lung rat explants have been an essential tool formolecular research.This work presents a new methodology to accurately quantify the epithelial, outer contour, and peripheral airway buds of lung explants during cellular development frommicroscopic images. Methods.Theouter contour was defined using an adaptive and multiscale threshold algorithm whose level was automatically calculated based on an entropy maximization criterion. The inner lung epithelium was defined by a clustering procedure that groups small image regions according to the minimum description length principle and local statistical properties. Finally, the number of peripheral buds was counted as the skeleton branched ends from a skeletonized image of the lung inner epithelia. Results. The time for lung branching morphometric analysis was reduced in 98% in contrast to themanualmethod. Best results were obtained in the first two days of cellular development, with lesser standard deviations. Nonsignificant differences were found between the automatic and manual results in all culture days. Conclusions. The proposed method introduces a series of advantages related to its intuitive use and accuracy, making the technique suitable to images with different lighting characteristics and allowing a reliable comparison between different researchers.

Modelos de resposta à interação entre fármacos anestésicos : análise de regressão e análise de Clusters

Os avanços tecnológicos e científicos, na área da saúde, têm vindo a aliar áreas como a Medicina e a Matemática, cabendo à ciência adequar de forma mais eficaz os meios de investigação, diagnóstico, monitorização e terapêutica. Os métodos desenvolvidos e os estudos apresentados nesta dissertação resultam da necessidade de encontrar respostas e soluções para os diferentes desafios identificados na área da anestesia. A índole destes problemas conduz, necessariamente, à aplicação, adaptação e conjugação de diferentes métodos e modelos das diversas áreas da matemática. A capacidade para induzir a anestesia em pacientes, de forma segura e confiável, conduz a uma enorme variedade de situações que devem ser levadas em conta, exigindo, por isso, intensivos estudos. Assim, métodos e modelos de previsão, que permitam uma melhor personalização da dosagem a administrar ao paciente e por monitorizar, o efeito induzido pela administração de cada fármaco, com sinais mais fiáveis, são fundamentais para a investigação e progresso neste campo. Neste contexto, com o objetivo de clarificar a utilização em estudos na área da anestesia de um ajustado tratamento estatístico, proponho-me abordar diferentes análises estatísticas para desenvolver um modelo de previsão sobre a resposta cerebral a dois fármacos durante sedação. Dados obtidos de voluntários serão utilizados para estudar a interação farmacodinâmica entre dois fármacos anestésicos. Numa primeira fase são explorados modelos de regressão lineares que permitam modelar o efeito dos fármacos no sinal cerebral BIS (índice bispectral do EEG – indicador da profundidade de anestesia); ou seja estimar o efeito que as concentrações de fármacos têm na depressão do eletroencefalograma (avaliada pelo BIS). Na segunda fase deste trabalho, pretende-se a identificação de diferentes interações com Análise de Clusters bem como a validação do respetivo modelo com Análise Discriminante, identificando grupos homogéneos na amostra obtida através das técnicas de agrupamento. O número de grupos existentes na amostra foi, numa fase exploratória, obtido pelas técnicas de agrupamento hierárquicas, e a caracterização dos grupos identificados foi obtida pelas técnicas de agrupamento k-means. A reprodutibilidade dos modelos de agrupamento obtidos foi testada através da análise discriminante. As principais conclusões apontam que o teste de significância da equação de Regressão Linear indicou que o modelo é altamente significativo. As variáveis propofol e remifentanil influenciam significativamente o BIS e o modelo melhora com a inclusão do remifentanil. Este trabalho demonstra ainda ser possível construir um modelo que permite agrupar as concentrações dos fármacos, com base no efeito no sinal cerebral BIS, com o apoio de técnicas de agrupamento e discriminantes. Os resultados desmontram claramente a interacção farmacodinâmica dos dois fármacos, quando analisamos o Cluster 1 e o Cluster 3. Para concentrações semelhantes de propofol o efeito no BIS é claramente diferente dependendo da grandeza da concentração de remifentanil. Em suma, o estudo demostra claramente, que quando o remifentanil é administrado com o propofol (um hipnótico) o efeito deste último é potenciado, levando o sinal BIS a valores bastante baixos.

Improving a Cluster Based Directional Channel Model in Realistic Macro-Cell Environment

In this paper a realistic directional channel model that is an extension of the COST 273 channel model is presented. The model uses a cluster of scatterers and visibility region generation based strategy with increased realism, due to the introduction of terrain and clutter information. New approaches for path-loss prediction and line of sight modeling are considered, affecting the cluster path gain model implementation. The new model was implemented using terrain, clutter, street and user mobility information for the city of Lisbon, Portugal. Some of the model's outputs are presented, mainly path loss and small/large-scale fading statistics.

On the concept of endogenous volatility

Most financial and economic time-series display a strong volatility around their trends. The difficulty in explaining this volatility has led economists to interpret it as exogenous, i.e., as the result of forces that lie outside the scope of the assumed economic relations. Consequently, it becomes hard or impossible to formulate short-run forecasts on asset prices or on values of macroeconomic variables. However, many random looking economic and financial series may, in fact, be subject to deterministic irregular behavior, which can be measured and modelled. We address the notion of endogenous volatility and exemplify the concept with a simple business-cycles model.

Magnetic properties of Co-doped TiO(2) anatase nanopowders

This letter reports on the magnetic properties of Ti(1-x)Co(x)O(2) anatase phase nanopowders with different Co contents. It is shown that oxygen vacancies play an important role in promoting long-range ferromagnetic order in the material studied in addition to the transition-metal doping. Furthermore, the results allow ruling out the premise of a strict connection between Co clustering and the ferromagnetism observed in the Co:TiO(2) anatase system.

Structural and optical studies of Au doped titanium oxide films

Thin films of TiO2 were doped with Au by ion implantation and in situ during the deposition. The films were grown by reactive magnetron sputtering and deposited in silicon and glass substrates at a temperature around 150 degrees C. The undoped films were implanted with Au fiuences in the range of 5 x 10(15) Au/cm(2)-1 x 10(17) Au/cm(2) with a energy of 150 keV. At a fluence of 5 x 10(16) Au/cm(2) the formation of Au nanoclusters in the films is observed during the implantation at room temperature. The clustering process starts to occur during the implantation where XRD estimates the presence of 3-5 nm precipitates. After annealing in a reducing atmosphere, the small precipitates coalesce into larger ones following an Ostwald ripening mechanism. In situ XRD studies reveal that Au atoms start to coalesce at 350 degrees C, reaching the precipitates dimensions larger than 40 nm at 600 degrees C. Annealing above 700 degrees C promotes drastic changes in the Au profile of in situ doped films with the formation of two Au rich regions at the interface and surface respectively. The optical properties reveal the presence of a broad band centered at 550 nm related to the plasmon resonance of gold particles visible in AFM maps. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.