Biochemical and functional characterization of the tumor suppressors BRCA1 and BAP1

L’ubiquitination est une modification post-traductionnelle qui joue un rôle majeur dans la régulation d’une multitude de processus cellulaires. Dans cette thèse, je discuterai de la caractérisation de deux protéines, BRCA1 et BAP1, soit deux suppresseurs de tumeurs fonctionnellement reliés. BRCA1, une ubiquitine ligase qui catalyse la liaison de l’ubiquitine à une protéine cible, est mutée dans les cancers du sein et de l'ovaire. Il est bien établi que cette protéine aide à maintenir la stabilité génomique suite à un bris double brin de l’ADN (BDB), et ce, à l’aide d’un mécanisme de réparation bien caractérisé appelé recombinaison homologue. Cependant, les mécanismes de régulation de BRCA1 suite à des stresses génotoxiques n’impliquant pas directement un BDB ne sont pas pleinement élucidés. Nous avons démontré que BRCA1 est régulée par dégradation protéasomale suite à une exposition des cellules à deux agents génotoxiques reconnus pour ne pas directement générer des BDBs, soit les rayons UV, qui provoquent la distorsion de l’hélice d’ADN, et le méthyle méthanesulfonate (MMS), qui entraîne l’alkylation de l’ADN. La dégradation de BRCA1 est réversible et indépendante des kinases associées à la voie des PI3 kinase, soit ATM, ATR et DNA-PK, protéines qui sont rapidement activées par les dommages à l’ADN. Nous proposons que la dégradation de BRCA1 prévienne son recrutement intempestif, ainsi que celui des facteurs qui lui sont associés, à des sites de dommages d’ADN qui ne sont pas des BDBs, et que cette régulation coordonne la réparation de l’ADN. L’enzyme de déubiquitination BAP1 a initialement été identifiée comme une protéine capable d’interagir avec BRCA1 et de réguler sa fonction. Elle est également connue pour sa capacité à se lier avec les protéines du groupe Polycomb, ASXL1 et ASXL2. Cependant, l’importance de ces interactions n’a toujours pas été établie. Nous avons démontré que BAP1 forme deux complexes protéiques mutuellement exclusifs avec ASXL1 et ASXL2. Ces interactions sont critiques pour la liaison de BAP1 à l’ubiquitine ainsi que pour la stimulation de son activité enzymatique envers l’histone H2A. Nous avons également identifié des mutations de BAP1 dérivées de cancers qui empêchent à la fois son interaction avec ASXL1 et AXSL2, et son activité de déubiquitinase, ce qui fournit un lien mécanistique direct entre la déubiquitination de H2A et la tumorigenèse. Élucider les mécanismes de régulation de BRCA1 et BAP1 menera à une meilleure compréhension de leurs rôles de suppresseurs de tumeurs, permettant ainsi d’établir de nouvelles stratégies de diagnostic et traitement du cancer.

Étude protéomique des partenaires d`interaction de XPA en présence et en absence de dommage à l`ADN

La réparation par excision de nucléotides (NER) permet l'élimination des lésions provoquant une distorsion de la double hélice de l’ADN. Ces lésions sont induites par plusieurs agents environnementaux comme les rayons UV, ainsi que par certaines drogues chimio- thérapeutiques tel que le cisplatine. Des défauts dans la NER conduisent à de rares maladies autosomiques héréditaires : La xérodermie pigmentaire (XP), le syndrome de Cockayne (CS), le syndrome de sensibilité aux UVSS et la trichothiodystrophie (TTD). Ces maladies sont associées soit à une prédisposition élevée au cancer de la peau et / ou à de graves anomalies du développement neurologique. Le groupe de patients XP-A représente le deuxième groupe (XP) le plus fréquent, et possède la forme la plus sévère combinant cancer de la peau avec un haut risque de dégénérescence neurologique. À date, aucune explication n`a été proposée pour les symptômes neurologiques observés chez ces patients. Nous avions suggéré ainsi que la protéine XPA possède d`autres fonctions dans d`autres processus cellulaires, ceci en interagissant avec des partenaires protéiques différents de ceux déjà connus. Afin de confirmer cette hypothèse nous avions réalisé une étude protéomique à grande échelle en combinant la spectrométrie de masse à une immunoprécipitation en Tandem d`affinité (TAP), afin d`identifier de nouvelles protéines interagissant directement avec XPA. Nous avions montré que XPA peut interagir avec MRE11, la protéine clé de la réparation par recombinaison homologue. Des études additionnelles sont requises pour confirmer cette interaction et comprendre sa fonction

Cost-effectiveness of Transcatheter Mitral Valve Leaflet Repair for the Treatment of Mitral Regurgitation in Heart Failure

Contexte: La régurgitation mitrale (RM) est une maladie valvulaire nécessitant une intervention dans les cas les plus grave. Une réparation percutanée de la valve mitrale avec le dispositif MitraClip est un traitement sécuritaire et efficace pour les patients à haut risque chirurgical. Nous voulons évaluer les résultats cliniques et l'impact économique de cette thérapie par rapport à la gestion médicale des patients en insuffisance cardiaque avec insuffisance mitrale symptomatique. Méthodes: L'étude a été composée de deux phases; une étude d'observation de patients souffrant d'insuffisance cardiaque et de régurgitation mitrale traitée avec une thérapie médicale ou le MitraClip, et un modèle économique. Les résultats de l'étude observationnelle ont été utilisés pour estimer les paramètres du modèle de décision, qui a estimé les coûts et les avantages d'une cohorte hypothétique de patients atteints d'insuffisance cardiaque et insuffisance mitrale sévère traitée avec soit un traitement médical standard ou MitraClip. Résultats: La cohorte de patients traités avec le système MitraClip était appariée par score de propension à une population de patients atteints d'insuffisance cardiaque, et leurs résultats ont été comparés. Avec un suivi moyen de 22 mois, la mortalité était de 21% dans la cohorte MitraClip et de 42% dans la cohorte de gestion médicale (p = 0,007). Le modèle de décision a démontré que MitraClip augmente l'espérance de vie de 1,87 à 3,60 années et des années de vie pondérées par la qualité (QALY) de 1,13 à 2,76 ans. Le coût marginal était 52.500 $ dollars canadiens, correspondant à un rapport coût-efficacité différentiel (RCED) de 32,300.00 $ par QALY gagné. Les résultats étaient sensibles à l'avantage de survie. Conclusion: Dans cette cohorte de patients atteints d'insuffisance cardiaque symptomatique et d insuffisance mitrale significative, la thérapie avec le MitraClip est associée à une survie supérieure et est rentable par rapport au traitement médical.

OPTIMAL UTILIZATION OF SERVICE FACILITY FOR A k-OUT-OF-n SYSTEM WITH REPAIR BY EXTENDING SERVICE TO EXTERNAL CUSTOMERS IN A RETRIAL QUEUE

In this paper, we study a k-out-of-n system with single server who provides service to external customers also. The system consists of two parts:(i) a main queue consisting of customers (failed components of the k-out-of-n system) and (ii) a pool (of finite capacity M) of external customers together with an orbit for external customers who find the pool full. An external customer who finds the pool full on arrival, joins the orbit with probability and with probability 1− leaves the system forever. An orbital customer, who finds the pool full, at an epoch of repeated attempt, returns to orbit with probability (< 1) and with probability 1 − leaves the system forever. We compute the steady state system size probability. Several performance measures are computed, numerical illustrations are provided.

COMP3016 Web Technology - Strand 3 "History" Lecture 1

Lecture 1: The Pioneers and History of Hypertext (pre-WWW) Contains Powerpoint Lecture slides and Hypertext Research Papers: Bush: As We may Think; Engelbart: NLS and A Framework for Augmenting Human Intelligence; Nelson: Xanalogical Structure; Conklin: A Survey of Hypertext; Halasz 1987: Reflections on NoteCards: Seven Issues for the Next Generation of Hypermedia Systems; Berners-Lee 1994 The World-Wide Web.

COMP3016 Web Technology - Strand 3 "History" Lecture 2

Lecture 1: Contributions of Pre WWW Research: Open Hypermedia Systems Contains Powerpoint Lecture slides and Hypertext Research Papers: Industrial Strength Hypermedia: Requirements for a Large Engineering Enterprise (Malcolm et al. 1991); Towards An Integrated Information Environment With Open Hypermedia Systems (Davis et al. 1992); Unifying Strategies for Web Augmentation (Bouvin 1999); Hyper-G (Adapted from Lowe and Hall); OHP:A Draft Proposal for a Standard Open Hypermedia Protocol (Davis et al. 1996); XML Linking (DeRose 99)

COMP3016 Web Technology - Strand 3 "History" Lecture 3

Lecture 3: Contributions of Pre WWW Research: Spatial Hypertext and Temporal Hypertext Contains Powerpoint Lecture slides and Hypertext Research Papers: Spatial [SPATIAL] VIKI: spatial hypertext supporting emergent structure (Marshall, 94); Towards Geo-Spatial Hypermedia: Concepts and Prototype Implementation, (Gronbaek et al. 2002); Cyber Geography and Better Search Engines; [TEMPORAL] Anticipating SMIL 2.0: The Developing Cooperative Infrastructure for Multimedia on the Web (Rutledge 1999); Its About Time: Link Streams as Continuous Metadata (Page et al., 2001); Everything You Wanted to Know About MPEG-7:Part 1 (Nack & Lindsay 1999)

COMP3016 Web Technology - Strand 3 "History" Lecture 4

Lecture 4: Ontological Hypertext and the Semantic Web Contains Powerpoint Lecture slides and Hypertext Research Papers: Conceptual linking: Ontology-based Open Hypermedia (Carr et al. 2001); CS AKTiveSpace: Building a Semantic Web Application (Glaser et al., 2004); The Semantic Web Revisited (Shadbolt, Hall and Berners-Lee, 2006); Mind the Semantic Gap (Millard et al., 2005).

COMP3016 Web Technology - Strand 3 "History" Lecture 5

Lecture 5: Web 2.0 and Social Hypertext Contains Powerpoint Lecture slides and Hypertext Research Papers: What Is Web 2.0 Design Patterns and Business Models for the Next Generation of Software . Tim O'Reilly (2005); Web 2.0: Hypertext by Any Other Name? (Millard & Ross, 2006)

COMP3016 Web Technology - Strand 3 "History" Lecture 6

Lecture 6: Where are all the links taking us: Web Science Contains Powerpoint Lecture slides and Hypertext Research Papers: The Literati (The Cyberspace and critical theory website) (Eastgate website); Pervasive Hypertext at Southampton and at Aarhus; Adaptive Hypertext - The Next Big Thing: (De Bra & Chepegin, 2004); Web Science: Creating a Science of the Web (Berners-Lee, Hall, Hendler, Shadbolt & Weitzner, 2006).

COMP3016 Web Technology - Strand "XML" Lecture 1

Lecture 1: Basic XML & HTML5 Lecture slides and exercises for reading and writing basic XML (without DTDs).

COMP3016 Web Technology - Strand "XML" Lecture 2

Lecture 1: DTDs and XML Structure Verification Lecture slides and exercises for validating XML with DTDs.

COMP3016 Web Technology - Strand "XML" Lecture 3

Lecture 3: DOM and XPath Lecture slides and exercises for using DOM and XPath to access material within an XML database or document.