Trabajo final de carrera web semántica

Software de lectura y población de ontología con información de DBpedia y Wikipedia.

Lenguajes de modelado de procesos para Servicios Web Semánticos : Caso de estudio BPEL4WS y WSMO

Estudi de les tecnologies Web Service Modeling Ontology (WSMO) i Business Process Execution Language For Web Services (BPEL4WS) i anàlisi de WSMO i de BPEL4WS documentant els punts clau de cada tecnologia, a continuació se'n realitzarà una comparativa entre les esmentades tecnologies, posant una especial atenció a WSMO

Personalized touristic routes implementing semantic web on GIS

Nowadays, when a user is planning a touristic route is very difficult to find out which are the best places to visit. The user has to choose considering his/her preferences due to the great quantity of information it is possible to find in the web and taking into account it is necessary to do a selection, within small time because there is a limited time to do a trip. In Itiner@ project, we aim to implement Semantic Web technology combined with Geographic Information Systems in order to offer personalized touristic routes around a region based on user preferences and time situation. Using ontologies it is possible to link, structure, share data and obtain the result more suitable for user's preferences and actual situation with less time and more precisely than without ontologies. To achieve these objectives we propose a web page combining a GIS server and a touristic ontology. As a step further, we also study how to extend this technology on mobile devices due to the raising interest and technological progress of these devices and location-based services, which allows the user to have all the route information on the hand when he/she does a touristic trip. We design a little application in order to apply the combination of GIS and Semantic Web in a mobile device.

Rhea-a manually curated resource of biochemical reactions.

Rhea (http://www.ebi.ac.uk/rhea) is a comprehensive resource of expert-curated biochemical reactions. Rhea provides a non-redundant set of chemical transformations for use in a broad spectrum of applications, including metabolic network reconstruction and pathway inference. Rhea includes enzyme-catalyzed reactions (covering the IUBMB Enzyme Nomenclature list), transport reactions and spontaneously occurring reactions. Rhea reactions are described using chemical species from the Chemical Entities of Biological Interest ontology (ChEBI) and are stoichiometrically balanced for mass and charge. They are extensively manually curated with links to source literature and other public resources on metabolism including enzyme and pathway databases. This cross-referencing facilitates the mapping and reconciliation of common reactions and compounds between distinct resources, which is a common first step in the reconstruction of genome scale metabolic networks and models.

Gene expression profiling reveals consistent differences between clinical samples of human leukaemias and their model cell lines.

Microarray gene expression profiles of fresh clinical samples of chronic myeloid leukaemia in chronic phase, acute promyelocytic leukaemia and acute monocytic leukaemia were compared with profiles from cell lines representing the corresponding types of leukaemia (K562, NB4, HL60). In a hierarchical clustering analysis, all clinical samples clustered separately from the cell lines, regardless of leukaemic subtype. Gene ontology analysis showed that cell lines chiefly overexpressed genes related to macromolecular metabolism, whereas in clinical samples genes related to the immune response were abundantly expressed. These findings must be taken into consideration when conclusions from cell line-based studies are extrapolated to patients.

Ontología de ALUS

En este trabajo se describe una base de conocimiento de las ALU humanas. La ontología incorpora términos SO y GO y está orientada a describir el contexto genómico del conjunto de ALU. Para cada elemento ALU se almacenan el gen y transcrito más cercanos, así como su anotación funcional de acuerdo a GO, el estado de la cromatina circundante y los factores de transcripción presentes en la ALU. Se han incorporado reglas semánticas para facilitar el almacenamiento, consulta e integración de la información. La ontología de ALU es plenamente analizable mediante razonadores como Pellet y está parcialmente transferida a una wiki semántica.

Educar des del testimoni: quan l'altre esdevé un referent

El encuentro personal ineludible que precisa todo hecho educativo puede tener múltiples presencias y ausencias que harán que la experiencia de cada persona se viva con una cromática distinta, dejando huellas mas o menos delimitadas y de mayor o menor calado sobre 10 que uno es y vive. Cualquier persona que se quiera educadora deberia tomarse el tiempo suficiente para contemplar el mundo y sus testigos, y para contemplarse a la vez a si mismo como testigo de su propia existencia tanto en relación con sus formas de presencia como en sus silencios en el decir, el hacer y el experenciar (que no experimentar). Éste quiere ser el motivo de reflexión que pretendo abrir desde estas lineas. Atreverse a afirmar que nuestro mundo esta falto de referentes podria inducirnos a pensar en un futuro educativo sin vinculos de tradición ni de cultura, en un presente que seria el vacio entre pasado y futuro, un presente sin anclajes ni raices. El maestro, testigo de referencia para sus alumnos, deberia de ser la mirada de transmisión cultural desde una relación de connotacion provocativamente educativa. Pero jcomo puede un maestro convertirse en testigo de referencia cuando 61 mismo, a menudo, no dispone de la significacion de sus propios referentes? ¿Que puede testimoniarse desde la ausencia de la búsqueda de identidad? El testigo -que en el caso del educador tiene la responsabilidad para con las nuevas generaciones- deberia haber vivido, experienciado y aprendido a significar cuanto quiere o puede o no quiere o no puede testimoniar. Y no se trata de justificar. Lo que uno ama de verdad es siempre injustificable, Únicamente puede vivirse y a 10 sumo transmitirse luego desde 10 que uno es. Identidad, mimesis y testimonio son las gravitaciones que orientan la relación educativa que sugiero. No se trata de buscar el acuerdo ni del discipulo ni del estudiante ni del alumno ni de 10s niños y jovenes de quienes cuidamos. Uno debe estar en posesion de cuanto quiere transmitir; el dialogo empieza con esta pasión.

Unification of multi-species vertebrate anatomy ontologies for comparative biology in Uberon.

BACKGROUND: Elucidating disease and developmental dysfunction requires understanding variation in phenotype. Single-species model organism anatomy ontologies (ssAOs) have been established to represent this variation. Multi-species anatomy ontologies (msAOs; vertebrate skeletal, vertebrate homologous, teleost, amphibian AOs) have been developed to represent 'natural' phenotypic variation across species. Our aim has been to integrate ssAOs and msAOs for various purposes, including establishing links between phenotypic variation and candidate genes. RESULTS: Previously, msAOs contained a mixture of unique and overlapping content. This hampered integration and coordination due to the need to maintain cross-references or inter-ontology equivalence axioms to the ssAOs, or to perform large-scale obsolescence and modular import. Here we present the unification of anatomy ontologies into Uberon, a single ontology resource that enables interoperability among disparate data and research groups. As a consequence, independent development of TAO, VSAO, AAO, and vHOG has been discontinued. CONCLUSIONS: The newly broadened Uberon ontology is a unified cross-taxon resource for metazoans (animals) that has been substantially expanded to include a broad diversity of vertebrate anatomical structures, permitting reasoning across anatomical variation in extinct and extant taxa. Uberon is a core resource that supports single- and cross-species queries for candidate genes using annotations for phenotypes from the systematics, biodiversity, medical, and model organism communities, while also providing entities for logical definitions in the Cell and Gene Ontologies. THE ONTOLOGY RELEASE FILES ASSOCIATED WITH THE ONTOLOGY MERGE DESCRIBED IN THIS MANUSCRIPT ARE AVAILABLE AT: http://purl.obolibrary.org/obo/uberon/releases/2013-02-21/ CURRENT ONTOLOGY RELEASE FILES ARE AVAILABLE ALWAYS AVAILABLE AT: http://purl.obolibrary.org/obo/uberon/releases/

Suorituskyvyn menestyksellinen ohjaaminen organisaatiossa

Henkilöstö on yrityksen yksi tärkeimmistä menestystekijöistä ja siksi on tärkeää, että työntekijät ovat sitoutuneita, motivoituneita ja toimivat tehokkaasti. Työn tavoitteena on kehittää organisaatioiden käyttöön suorituskyvyn menestyksellisen ohjaamisen työkalu, jolla voidaan mitata työmotivaation ja toiminnan tehokkuuden taustalla olevia tekijöitä. Kirjallisuudesta, aiemmista tutkimuksista ja haastatteluista selvisi viisi osa-aluetta, jotka vaikuttavat positiivisesti henkilöstön toiminnan tehokkuuteen, työmotivaation ja sitoutumiseen. Osa-alueet ovat tavoitteiden asettaminen, viestintä, henkilöstön vaikutusmahdollisuudet, palkitseminen ja motivointi sekä koulutukseen ja työympäristöön liittyvät tekijät. Jokaisen osa-alueen alle on kerätty kysymyksiä, jotka ovat jaettu kahteen osaan: avainkysymykset ja omavalinnaiset kysymykset. Avainkysymykset ovat sellaisia, joita suositellaan otettavaksi mukaan mittaukseen ja omavalinnaisten kysymysten valinta jää organisaation itsensä päätettäväksi. Näin saadaan organisaatioille mahdollisuus räätälöidä työkalu tarpeisiinsa ja strategiaan sopiviksi. Tutkimukseen empiirinen aineisto kerättiin haastattelemalla. Osallistuneista organisaatioista kaksi oli julkiselta sektorilta ja kuusi yksityiseltä sektorilta. Yksityisen sektorin yritykset koostuvat pienistä, keskisuurista ja suurista yrityksistä. Haastatteluilla kerättiin tietoa työkalun toteutusta ja sisältöä varten. SUMO-kartoituksesta saatuja mittaustuloksia organisaatio voi hyödyntää monella eri tavalla. Esimerkiksi organisaatio voi nähdä osa-alueiden ja toiminnan tehokkuuden kehitystarpeita sekä kuinka henkilöstön toimintaa voidaan tehostaa. Suorituskyvyn mittausjärjestelmän käytöllä on myös positiivisia vaikutuksia mittausosa-alueisiin.

Kunnallisten sähköisten palveluiden mallintaminen

Tämän diplomityön tarkoituksena on kuvata tiettyjen kunnallisten palvelujen rakenne ja prosessikuvaukset. Rakenne kuvataan OWL-mallinnuskielellä ja palvelun käyttäjien suorittamat toiminnot BPML-mallinnuskielen avulla. Työssä on tarkoituksena esittää, kuinka sekä rakenne että toiminnot pystytään kuvaamaan XML-pohjaisen esitystavan avulla, joita nämä OWL- ja BPML-mallinnuskielet ovat. Ensin esitellään työssä käytetyt mallinnuskielet ja ne ominaisuudet, jotka liittyvät tähän tutkimukseen. Tämän jälkeen esitellään työtä varten tehdyt työnkulkukaaviot ja rakennekaaviot,sekä näiden jalostus lopulliseen OWL-muotoon ja BPMN-muotoon . Työ jakautuu kahteen eri osavaiheeseen, joissa ensimmäisessä kerrotaan kuinka kunnallisen palvelun käsitemalli esitetään UML -luokkakaavioiden avulla ja kuinka tämä jalostetaan lopulliseen OWL-muotoon. Toinen osa työstä keskittyy palvelun prosessien mallintamiseen UML-työnkulkukaavioilla ja näiden kaavioiden muokkaamiseen BPMN-muotoon eli liiketoimintaprosessidiagrammeiksi. Kunnallisista palveluista valittiin tähän diplomityöhän tilanvaraus, jonka toimintaa on tarkasteltu haastattelemalla kuntien toimijoita, jotka ovat työssään tekemisissä tilanvaraustoimintojen kanssa. Tilanvarauksen osalta haastattelutiedot olivat valmiiksi saatavilla projektin avulla Päijät-Hämeen osalta, tosin tietojatäydennettiin haastattelemalla Kouvolan tilanvarauksesta huolehtivia henkilöitä.

Ontología de Twitter

TFC sobre la creación de una ontología para Twitter y el desarrollo de un plugin para la aplicación Protégé que permite cargar datos desde Twitter.

Suorituskyvyn menestyksellinen ohjaaminen organisaatiossa

Henkilöstö on yrityksen yksi tärkeimmistä menestystekijöistä ja siksi on tärkeää, että työntekijät ovat sitoutuneita, motivoituneita ja toimivat tehokkaasti. Työn tavoitteena on kehittää organisaatioiden käyttöön suorituskyvyn menestyksellisen ohjaamisen työkalu, jolla voidaan mitata työmotivaation ja toiminnan tehokkuuden taustalla olevia tekijöitä. Kirjallisuudesta, aiemmista tutkimuksista ja haastatteluista selvisi viisi osa-aluetta, jotka vaikuttavat positiivisesti henkilöstön toiminnan tehokkuuteen, työmotivaation ja sitoutumiseen. Osa-alueet ovat tavoitteiden asettaminen, viestintä, henkilöstön vaikutusmahdollisuudet, palkitseminen ja motivointi sekä koulutukseen ja työympäristöön liittyvät tekijät. Jokaisen osa-alueen alle on kerätty kysymyksiä, jotka ovat jaettu kahteen osaan: avainkysymykset ja omavalinnaiset kysymykset. Avainkysymykset ovat sellaisia, joita suositellaan otettavaksi mukaan mittaukseen ja omavalinnaisten kysymysten valinta jää organisaation itsensä päätettäväksi. Näin saadaan organisaatioille mahdollisuus räätälöidä työkalu tarpeisiinsa ja strategiaan sopiviksi. Tutkimukseen empiirinen aineisto kerättiin haastattelemalla. Osallistuneista organisaatioista kaksi oli julkiselta sektorilta ja kuusi yksityiseltä sektorilta. Yksityisen sektorin yritykset koostuvat pienistä, keskisuurista ja suurista yrityksistä. Haastatteluilla kerättiin tietoa työkalun toteutusta ja sisältöä varten. SUMO-kartoituksesta saatuja mittaustuloksia organisaatio voi hyödyntää monella eri tavalla. Esimerkiksi organisaatio voi nähdä osa-alueiden ja toiminnan tehokkuuden kehitystarpeita sekä kuinka henkilöstön toimintaa voidaan tehostaa. Suorituskyvyn mittausjärjestelmän käytöllä on myös positiivisia vaikutuksia mittausosa-alueisiin.

Semantic data integration in a newspaper content management system

A newspaper content management system has to deal with a very heterogeneous information space as the experience in the Diari Segre newspaper has shown us. The greatest problem is to harmonise the different ways the involved users (journalist, archivists...) structure the newspaper information space, i.e. news, topics, headlines, etc. Our approach is based on ontology and differentiated universes of discourse (UoD). Users interact with the system and, from this interaction, integration rules are derived. These rules are based on Description Logic ontological relations for subsumption and equivalence. They relate the different UoD and produce a shared conceptualisation of the newspaper information domain.

A Semantic wiki for quality management in software development projects

Quality management has become a strategic issue for organisations and is very valuable to produce quality software. However, quality management systems (QMS) are not easy to implement and maintain. The authors' experience shows the benefits of developing a QMS by first formalising it using semantic web ontologies and then putting them into practice through a semantic wiki. The QMS ontology that has been developed captures the core concepts of a traditional QMS and combines them with concepts coming from the MPIu'a development process model, which is geared towards obtaining usable and accessible software products. Then, the ontology semantics is directly put into play by a semantics-aware tool, the Semantic MediaWiki. The developed QMS tool is being used for 2 years by the GRIHO research group, where it has manages almost 50 software development projects taking into account the quality management issues. It has also been externally audited by a quality certification organisation. Its users are very satisfied with their daily work with the tool, which manages all the documents created during project development and also allows them to collaborate, thanks to the wiki features.

Interoperability of learning objects copyright in the LUISA semantic learning management system

Semantic Web technology is able to provide the required computational semantics for interoperability of learning resources across different Learning Management Systems (LMS) and Learning Object Repositories (LOR). The EU research project LUISA (Learning Content Management System Using Innovative Semantic Web Services Architecture) addresses the development of a reference semantic architecture for the major challenges in the search, interchange and delivery of learning objects in a service-oriented context. One of the key issues, highlighted in this paper, is Digital Rights Management (DRM) interoperability. A Semantic Web approach to copyright management has been followed, which places a Copyright Ontology as the key component for interoperability among existing DRM systems and other licensing schemes like Creative Commons. Moreover, Semantic Web tools like reasoners, rule engines and semantic queries facilitate the implementation of an interoperable copyright management component in the LUISA architecture.