Global data compilation of benthic data sets II

In this study we present a global distribution pattern and budget of the minimum flux of particulate organic carbon to the sea floor (J POC alpha). The estimations are based on regionally specific correlations between the diffusive oxygen flux across the sediment-water interface, the total organic carbon content in surface sediments, and the oxygen concentration in bottom waters. For this, we modified the principal equation of Cai and Reimers [1995] as a basic monod reaction rate, applied within 11 regions where in situ measurements of diffusive oxygen uptake exist. By application of the resulting transfer functions to other regions with similar sedimentary conditions and areal interpolation, we calculated a minimum global budget of particulate organic carbon that actually reaches the sea floor of ~0.5 GtC yr**-1 (>1000 m water depth (wd)), whereas approximately 0.002-0.12 GtC yr**-1 is buried in the sediments (0.01-0.4% of surface primary production). Despite the fact that our global budget is in good agreement with previous studies, we found conspicuous differences among the distribution patterns of primary production, calculations based on particle trap collections of the POC flux, and J POC alpha of this study. These deviations, especially located at the southeastern and southwestern Atlantic Ocean, the Greenland and Norwegian Sea and the entire equatorial Pacific Ocean, strongly indicate a considerable influence of lateral particle transport on the vertical link between surface waters and underlying sediments. This observation is supported by sediment trap data. Furthermore, local differences in the availability and quality of the organic matter as well as different transport mechanisms through the water column are discussed.

Spatial organisation and behaviour of the parental chromosome sets in the nuclei of Saccharomyces cerevisiae × S. paradoxus hybrids

Peer reviewed

Sets and Supersets

Peer reviewed

Spatial organisation and behaviour of the parental chromosome sets in the nuclei of Saccharomyces cerevisiae × S. paradoxus hybrids

Peer reviewed

Sets and Supersets

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Natural Language Generation and Fuzzy Sets : An Exploratory Study on Geographical Referring Expression Generation

This work was supported by the Spanish Ministry for Economy and Competitiveness (grant TIN2014-56633-C3-1-R) and by the European Regional Development Fund (ERDF/FEDER) and the Galician Ministry of Education (grants GRC2014/030 and CN2012/151). Alejandro Ramos-Soto is supported by the Spanish Ministry for Economy and Competitiveness (FPI Fellowship Program) under grant BES-2012-051878.

Teen apprentices build sets in Tanglewood, MA

Inscriptions: Verso: [stamped] Photograph by Freda Leinwand. [463 West Street, Studio 229G, New York, NY 10014].

Core Sets da Classificação Internacional de Funcionalidade, Incapacidade e Saúde (CIF) para a Artrite Reumatoide segundo a perspetiva dos indivíduos

Introdução: A complexidade da utilização da CIF devido ao elevado número de categorias levou à necessidade de desenvolver Core Sets de forma a identificar e agrupar os principais problemas dos indivíduos para as diferentes condições de saúde. Contudo, mostra-se necessário comparar estes Core Sets iniciais com a perspetiva dos indivíduos em diferentes países, para uma melhor utilização deste instrumento na prática clínica. Objetivo: Identificar os principais problemas percecionados pelos indivíduos com AR em Portugal e verificar se estes se encontram contemplados nos comprehensive e brief Core Sets da CIF para a mesma condição. Metodologia: Esta investigação consiste num estudo qualitativo com uma amostra de conveniência com indivíduos com AR. Para a recolha de dados foram utilizadas entrevistas individuais gravadas sobre a forma de áudio, sendo o procedimento do estudo baseado no protocolo de Coenen M., (2008). Resultados: O estudo inclui 20 indivíduos com uma média de idade de 61,35 (±10,5) anos, sendo que 95% pertenciam ao género feminino e 5% ao género masculino. Das 99 categorias identificadas, 41 (42,71%) encontram-se presentes nas 96 categorias do comprehensive Core Sets da CIF e 31 (79,49%) nas 39 categorias dos brief Core Sets da CIF. Conclusões: O presente estudo conclui que embora os Core Sets da CIF para a AR sejam específicos para os indivíduos com esta condição, quando comparados com a população portuguesa, estes não apresentam vários problemas identificados por estes indivíduos. Para além disso, estes Core Sets da CIF contêm problemas que não foram relatados por esta população.

Pelo olhar de quem não sente a diferença : comparação dos Cores Sets da Classificação Internacional de Funcionalidade, Incapacidade e Saúde (CIF) para a Paralisia Cerebral com a perspetiva de crianças/ jovens e cuidadores, de Portugal

Introdução: A CIF foi considerada, por alguns clínicos, como não sendo totalmente viável para a aplicação na rotina clínica, já que este sistema de classificação contém mais de 1400 categorias. Posto isto, o processo de desenvolvimento de Core Sets da CIF tem sido priorizado pela OMS, tornando a CIF acessível para a avaliação das cs específicas. Estes pretendem orientar uma avaliação multidisciplinar abrangente, incluindo as categorias da CIF para descrever, de uma forma suficiente, a funcionalidade e incapacidade dos indivíduos. Contudo, podem existir divergências entre a perspetiva de crianças e jovens portugueses com PC e cuidadores sobre a sua cs e os core sets da CIF estabelecidos para a mesma. Objetivo: Identificar os problemas percecionados pelas crianças e jovens com paralisia cerebral e pelos cuidadores em Portugal e analisar em que medida estes aspetos são representados pela versão atual do Comprehensive Core Set da CIF para esta cs. Metodologia: Este estudo é qualitativo, tendo-se utilizado uma amostra conveniente de crianças/jovens com PC e cuidadores. Todos os dados foram recolhidos por meio de entrevistas e posteriormente analisados segundo o protocolo de Coenen. Foi efetuado o linking dos conceitos obtidos das entrevistas para as categorias da CIF, tendo sido comparadas com os Core Sets da CIF para esta condição. Resultados: Este estudo tem uma amostra de 48 indivíduos, sendo que 28 eram crianças e jovens com PC e os restantes 20 eram cuidadores. A média de idades das crianças/jovens incluídos foi 13,04 (±3,26), sendo que a idade mínima incluída foi 8 anos e a idade máxima, 18 anos. A média de idades dos cuidadores incluídos foi de 35,20 (±8,01) anos, sendo que a idade mínima incluída foi 22 anos e a idade máxima 55 anos. Das 256 categorias identificadas, 101 estão contempladas nas categorias dos Comprehensive Core Set da CIF. Estas encontram-se presentes em 58 categorias de 2º nível dos Comprehensive Core Set de um total de 135, correspondendo a 43% dos mesmos. Conclusões: Tendo em conta os resultados obtidos, podemos concluir que os Comprehensive Core Set da CIF para a PC contemplam a grande maioria dos problemas percecionados pela população-alvo, ainda que integre várias categorias que não foram relevantes para esta população em estudo.

O EU na Osteoartrose : comparação dos Core Sets da CIF para a Osteoartrose, com a perspetiva dos utentes com OA da região centro de Portugal

Introdução: Na prática diária, os clínicos necessitam apenas de uma fração das categorias encontradas na CIF. No conflito entre a generalização e a necessidade de captar detalhes, a CIF deve ser adaptada às perspetivas e necessidades de diferentes utilizadores. Esta necessidade surge como a principal motivação por detrás do projeto dos Core Sets, que tem como objetivo extrair uma seleção de categorias de toda a classificação que são relevantes para condições específicas de saúde. Após o desenvolvimento da primeira versão dos Core Sets da CIF para a OA, os autores realçaram a importância desta ser testada sob a perspetiva de diferentes profissionais, em diferentes países e ainda segundo a perspetiva dos indivíduos. Objetivos: Identificar os problemas percecionados pelos indivíduos com OA, da região centro de Portugal e verificar em que medida estes aspetos se encontram compreendidos no Comprehensive e Brief Core Set da CIF, para esta condição de saúde. Metodologia: Foi realizado um estudo qualitativo, recorrendo a uma amostra de conveniência, indivíduos com OA no joelho e/ou anca. A recolha de dados consistiu em entrevistas individuais, e o seu processamento foi efetuado segundo o protocolo de Coenen (2008). Resultados: Foram incluídos 20 indivíduos, perfazendo uma média de idades de 69,65 (±9,8) anos, dos quais 9 são mulheres e 11 homens. Foram identificadas 34 das 55 categorias contempladas no Comprehensive Core Set da CIF e 9 das 12 categorias do Brief Core Set da CIF, 61,82% e 75%, respetivamente. Conclusões: Tendo em conta os resultados, conclui-se que os Comprehensive e Brief Core Sets da CIF para a OA abrangem a perspetiva da população portuguesa, contudo não contemplam alguns dos problemas percecionados pelos indivíduos. Além disso, ainda se verifica que integra algumas categorias não relevantes para esta população.

Statistical methods for polyhedral shape classification with incomplete data - application to cryo-electron tomographic images

A certain type of bacterial inclusion, known as a bacterial microcompartment, was recently identified and imaged through cryo-electron tomography. A reconstructed 3D object from single-axis limited angle tilt-series cryo-electron tomography contains missing regions and this problem is known as the missing wedge problem. Due to missing regions on the reconstructed images, analyzing their 3D structures is a challenging problem. The existing methods overcome this problem by aligning and averaging several similar shaped objects. These schemes work well if the objects are symmetric and several objects with almost similar shapes and sizes are available. Since the bacterial inclusions studied here are not symmetric, are deformed, and show a wide range of shapes and sizes, the existing approaches are not appropriate. This research develops new statistical methods for analyzing geometric properties, such as volume, symmetry, aspect ratio, polyhedral structures etc., of these bacterial inclusions in presence of missing data. These methods work with deformed and non-symmetric varied shaped objects and do not necessitate multiple objects for handling the missing wedge problem. The developed methods and contributions include: (a) an improved method for manual image segmentation, (b) a new approach to 'complete' the segmented and reconstructed incomplete 3D images, (c) a polyhedral structural distance model to predict the polyhedral shapes of these microstructures, (d) a new shape descriptor for polyhedral shapes, named as polyhedron profile statistic, and (e) the Bayes classifier, linear discriminant analysis and support vector machine based classifiers for supervised incomplete polyhedral shape classification. Finally, the predicted 3D shapes for these bacterial microstructures belong to the Johnson solids family, and these shapes along with their other geometric properties are important for better understanding of their chemical and biological characteristics.

Mike Heithaus' field crew sets out a longline that has about 40 small hooks baited with mullett. They let the line soak for an hour before they check for sharks, Shark River

This material is based upon work supported by the National Science Foundation through the Florida Coastal Everglades Long-Term Ecological Research program under Cooperative Agreements #DBI-0620409 and #DEB-9910514. This image is made available for non-commercial or educational use only.

Inventory of SINOPS project data sets

During the SINOPS project, an optimal state of the art simulation of the marine silicon cycle is attempted employing a biogeochemical ocean general circulation model (BOGCM) through three particular time steps relevant for global (paleo-) climate. In order to tune the model optimally, results of the simulations are compared to a comprehensive data set of 'real' observations. SINOPS' scientific data management ensures that data structure becomes homogeneous throughout the project. Practical work routine comprises systematic progress from data acquisition, through preparation, processing, quality check and archiving, up to the presentation of data to the scientific community. Meta-information and analytical data are mapped by an n-dimensional catalogue in order to itemize the analytical value and to serve as an unambiguous identifier. In practice, data management is carried out by means of the online-accessible information system PANGAEA, which offers a tool set comprising a data warehouse, Graphical Information System (GIS), 2-D plot, cross-section plot, etc. and whose multidimensional data model promotes scientific data mining. Besides scientific and technical aspects, this alliance between scientific project team and data management crew serves to integrate the participants and allows them to gain mutual respect and appreciation.

Prior knowledge transfer across transcriptional data sets and technologies using compositional statistics yields new mislabelled ovarian cell line

Here, we describe gene expression compositional assignment (GECA), a powerful, yet simple method based on compositional statistics that can validate the transfer of prior knowledge, such as gene lists, into independent data sets, platforms and technologies. Transcriptional profiling has been used to derive gene lists that stratify patients into prognostic molecular subgroups and assess biomarker performance in the pre-clinical setting. Archived public data sets are an invaluable resource for subsequent in silico validation, though their use can lead to data integration issues. We show that GECA can be used without the need for normalising expression levels between data sets and can outperform rank-based correlation methods. To validate GECA, we demonstrate its success in the cross-platform transfer of gene lists in different domains including: bladder cancer staging, tumour site of origin and mislabelled cell lines. We also show its effectiveness in transferring an epithelial ovarian cancer prognostic gene signature across technologies, from a microarray to a next-generation sequencing setting. In a final case study, we predict the tumour site of origin and histopathology of epithelial ovarian cancer cell lines. In particular, we identify and validate the commonly-used cell line OVCAR-5 as non-ovarian, being gastrointestinal in origin. GECA is available as an open-source R package.