Mejoras de funcionalidades en la gestión de usuariosde la plataforma K-PAX

Esta memoria trata de las mejoras propuestas en la plataforma educativa kPax de la UOC referentes a la gestión de usuarios.

Distributed all-atom simulations of intrinsically unstructured proteins

The Computational Biophysics Group at the Universitat Pompeu Fabra (GRIB-UPF) hosts two unique computational resources dedicated to the execution of large scale molecular dynamics (MD) simulations: (a) the ACMD molecular-dynamics software, used on standard personal computers with graphical processing units (GPUs); and (b) the GPUGRID. net computing network, supported by users distributed worldwide that volunteer GPUs for biomedical research. We leveraged these resources and developed studies, protocols and open-source software to elucidate energetics and pathways of a number of biomolecular systems, with a special focus on flexible proteins with many degrees of freedom. First, we characterized ion permeation through the bactericidal model protein Gramicidin A conducting one of the largest studies to date with the steered MD biasing methodology. Next, we addressed an open problem in structural biology, the determination of drug-protein association kinetics; we reconstructed the binding free energy, association, and dissaciociation rates of a drug like model system through a spatial decomposition and a Makov-chain analysis. The work was published in the Proceedings of the National Academy of Sciences and become one of the few landmark papers elucidating a ligand-binding pathway. Furthermore, we investigated the unstructured Kinase Inducible Domain (KID), a 28-peptide central to signalling and transcriptional response; the kinetics of this challenging system was modelled with a Markovian approach in collaboration with Frank Noe’s group at the Freie University of Berlin. The impact of the funding includes three peer-reviewed publication on high-impact journals; three more papers under review; four MD analysis components, released as open-source software; MD protocols; didactic material, and code for the hosting group.

Millora en la creació i configuració automatitzada de dispositius a la xarxa lliure Guifi.net

Guifi.net es una red libre de telecomunicaciones construida a iniciativa de los propios participantes que, mediante un acuerdo entre iguales, se interconectan para compartir servicios y recursos. Del vínculo filosófico con el software libre deriva que toda la información sea pública, mientras que del agnosticismo tecnológico, la utilización de cualquier dispositivo del mercado. Por esto existe el 'unsolclic', una secuencia de órdenes de confi guración genérica de dispositivos y verdadero factor de éxito. El objetivo del proyecto es mejorar el proceso de incorporación de nuevos dispositivos a la aplicación actual. Mediante una nueva gestión web y un sistema de plantillas estándar, los usuarios avanzados podran crear los confi guradores 'unsolclic' para los nuevos dispositivos del mercado y mantener los existentes con más facilidad y eficiencia.

Plan de implantación y migración al software libre del Ayuntamiento de Palencia

Proyecto de migración e implantación de software libre en el Ayuntamiento de Palencia.

BIMS: Biomedical Information Management System

This final year project presents the design principles and prototype implementation of BIMS (Biomedical Information Management System), a flexible software system which provides an infrastructure to manage all information required by biomedical research projects.The BIMS project was initiated with the motivation to solve several limitations in medical data acquisition of some research projects, in which Universitat Pompeu Fabra takes part. These limitations,based on the lack of control mechanisms to constraint information submitted by clinicians, impact on the data quality, decreasing it.BIMS can easily be adapted to manage information of a wide variety of clinical studies, not being limited to a given clinical specialty. The software can manage both, textual information, like clinical data (measurements, demographics, diagnostics, etc ...), as well as several kinds of medical images (magnetic resonance imaging, computed tomography, etc ...). Moreover, BIMS provides a web - based graphical user interface and is designed to be deployed in a distributed andmultiuser environment. It is built on top of open source software products and frameworks.Specifically, BIMS has been used to represent all clinical data being currently used within the CardioLab platform (an ongoing project managed by Universitat Pompeu Fabra), demonstratingthat it is a solid software system, which could fulfill requirements of a real production environment.

Integración de plantillas para la creación de soluciones de aprendizaje siguiendo los estándares IMS LD e IMS CP en LdShake

Des de fa alguns anys les tecnologies educatives han anat evolucionant y revolucionant el món pedagògic. En aquest sentit, son molts els grups de treball que participen en la investigació i producció de nous estàndards educatius. Alguns d’aquests estàndards son IMS Learning Designi IMS Content Packaging. L’adopció d’aquests estàndards per part de la comunitat educativa depèn en gran mesura de l’accessibilitat a les eines de producció per part dels membres d’aquesta comunitat. En aquest projecte es fa patent la necessitat d’una aplicació que permeti la generació d’unitats d’aprenentatge de forma assistida mitjançant plantilles.D’altre banda, ELGG és un sistema gestor de continguts open-source que permet crear xarxes socials de forma senzilla i amb la possibilitat d’afegir nous mòduls per augmentar així la seva funcionalitat. Per aquest motiu, aquest projecte es basa en la plataforma col·laborativa de recolzament als professors LdShake, utilitzada per la Universitat Pompeu Fabra (UPF), quetreballa sobre el Framework de ELGG.Sobre aquests dos conceptes descansa la idea general del projecte – a saber, el disseny iposterior desenvolupament d’un sistema de generació d’unitats d’aprenentatge basat enplantilles seguint els estàndards IMS LD i IMS CP sobre LdShake.Per tant, en aquest projecte ens hem centrat en el desenvolupament i avaluació preliminar d’un mòdul integrat en LdShake, centrat en el subconjunt necessari de característiques bàsiques dels estàndards de la IMS Global Consortium, que ens permet la generació d’unitats d’aprenentatge, així com la seva distribució i reproducció en sistemes de gestió d’aprenentatge o LMS, gràcies al’ús de plantilles que son en si mateixes una solució coneguda, provada i exitosa.

Integració del motor APIS de qüestionaris on-line en una plataforma d'eLearning basada en serveis

El projecte Integració del motor APIS de qüestionaris on-line en una plataformad'eLearning basada en serveis descriu el procés d'anàlisi i implementació del codi necessari per integrar dins de la plataforma d'eLearning SLeD tot el motor d'APIS de manera que SLeD pugui reproduir preguntes o items i exàmens complets o tests dins d'una UOL o unitat d'aprenentatge. Això permetrà dotar a APIS d'un control de sessió d'usuari i permetrà una utilitat que fins ara no tenia, la possibilitat de entrar al món online mitjançant SLeD. Tot aixòs’implementa gràcies a la connexió WebServices amb el mòdul CCSI de CopperCore i SLeD que s'encarrega de donar facilitats al programador de cara a ampliar el ventall d'eines que ofereix aquesta plataforma i fomentar encara més la idea del codi lliure (open source) i la utilitat globalitzadora d'e-Learning.

Técnicas de Data e Text Mining Para Anotação de Um Arquivo Digital

O presente trabalho cujo Título é técnicas de Data e Text Mining para a anotação dum Arquivo Digital, tem como objectivo testar a viabilidade da utilização de técnicas de processamento automático de texto para a anotação das sessões dos debates parlamentares da Assembleia da República de Portugal. Ao longo do trabalho abordaram-se conceitos como tecnologias de descoberta do conhecimento (KDD), o processo da descoberta do conhecimento em texto, a caracterização das várias etapas do processamento de texto e a descrição de algumas ferramentas open souce para a mineração de texto. A metodologia utilizada baseou-se na experimentação de várias técnicas de processamento textual utilizando a open source R/tm. Apresentam-se, como resultados, a influência do pré-processamento, tamanho dos documentos e tamanhos dos corpora no resultado do processamento utilizando o algoritmo knnflex.

Pre-procés i segmentació en imatges d’ultrasons 2D i 3D de la pròstata

Aquest projecte s'ha dut a terme amb el Grup de visió per computador del departamentd'Arquitectura i Tecnologia de Computadors (ATC) de la Universitat de Girona. Està enfocat a l'anàlisi d'imatges mèdiques, en concret s'analitzaran imatges de pròstata en relació a desenvolupaments que s'estan realitzant en el grup de visió esmentat. Els objectius fixats per aquest projecte són desenvolupar dos mòduls de processamentm d'imatges els quals afrontaran dos blocs important en el tractament d'imatges, aquests dos mòduls seran un pre-processat d'imatges, que constarà de tres filtres i un bloc de segmentació per tal de cercar la pròstata dintre de les imatges a tractar. En el projecte es treballarà amb el llenguatge de programació C++, concretament amb unes llibreries que es denominen ITK (Insight Toolkit ) i són open source enfocades al tractament d'imatges mèdiques. A part d'aquesta eina s'utilitzaran d'altres com les Qt que és una biblioteca d'eines per crear entorns gràfics

Sistema de Gestão Universitária

O presente trabalho cujo o título é Sistema de Gestão Universitária – Guia de Utilizador, tem como objectivo conceber uma Guia de Utilizador dum Sistema open Source para a gestão Académica (SAGU), parametrizado e custumizado para solucionar os problemas dos Serviços Académicos da Universidade de Cabo Verde. Como técnicas, fez-se pesquisas bibliográficas, utilizou várias ferramentas open source. Como resultado do trabalho, obteve-se um novo sistema parametrizado às realidades da Universidade de Cabo Verde denominado Sistema de Gestão Universitária (SGU) e uma Guia de Utilizador.

BIOMOD - a platform for ensemble forecasting of species distributions

BIOMOD is a computer platform for ensemble forecasting of species distributions, enabling the treatment of a range of methodological uncertainties in models and the examination of species-environment relationships. BIOMOD includes the ability to model species distributions with several techniques, test models with a wide range of approaches, project species distributions into different environmental conditions (e.g. climate or land use change scenarios) and dispersal functions. It allows assessing species temporal turnover, plot species response curves, and test the strength of species interactions with predictor variables. BIOMOD is implemented in R and is a freeware, open source, package

PyRate: a new program to estimate speciation and extinction rates from incomplete fossil data

Despite the advancement of phylogenetic methods to estimate speciation and extinction rates, their power can be limited under variable rates, in particular for clades with high extinction rates and small number of extant species. Fossil data can provide a powerful alternative source of information to investigate diversification processes. Here, we present PyRate, a computer program to estimate speciation and extinction rates and their temporal dynamics from fossil occurrence data. The rates are inferred in a Bayesian framework and are comparable to those estimated from phylogenetic trees. We describe how PyRate can be used to explore different models of diversification. In addition to the diversification rates, it provides estimates of the parameters of the preservation process (fossilization and sampling) and the times of speciation and extinction of each species in the data set. Moreover, we develop a new birth-death model to correlate the variation of speciation/extinction rates with changes of a continuous trait. Finally, we demonstrate the use of Bayes factors for model selection and show how the posterior estimates of a PyRate analysis can be used to generate calibration densities for Bayesian molecular clock analysis. PyRate is an open-source command-line Python program available at http://sourceforge.net/projects/pyrate/.

Tecnologias Livres de Desenvolvimento Web Desenvolvimento Web em Cabo Verde

Esta memória monográfica é um trabalho de fim do curso Engenharia de Sistemas e Informática, grau de Licenciatura, e tem como tema “Tecnologias Livres de Desenvolvimento Web” e como sub tema “Desenvolvimento Web em Cabo Verde”. O trabalho encontra-se estruturado em 7 capítulos e fala basicamente do desenvolvimento Web em cabo Verde, dando ênfase às tecnologias livres de desenvolvimento de aplicações Web. Aborda-se a Internet, o seu conceito, a sua história e surgimento, e aproveita para se abordar a Internet em Cabo Verde, seu aparecimento, evolução e estado actual. Fala-se também de softwares livres, o movimento Open Source, seu conceito e surgimento, referenciando como o movimento contribuiu para o surgimento, sobrevivência e evolução da Web. Neste contexto fala-se das principais tecnologias Web Open Source que existem, mostrando quais as melhores e mais usadas em todo o mundo. Igualmente fala-se de alguns dos principais desenvolvedores de aplicações baseado em Web em Cabo Verde, apresentando seus projectos e tecnologias que utilizam no desenvolvimento dessas aplicações. Por fim é apresentado um estudo de caso realizado pelo autor, onde 140 Web Sites de domínio .cv foram estudados sobre o ponto de vista de tecnologias que utilizam, e suas localização geográficas, passando por uma análise por área geográfica desses Web Sites.

Sistemas de Detecção de Intrusões Análise de intrusões na rede multimédia da Unipiaget

Os sistemas computacionais ligados através da rede precisam, cada vez mais, de medidas e mecanismos de protecção que os permitem realizar as suas tarefas de acordo com os objectivos traçados pelos indivíduos ou organizações que os utilizam. Neste sentido, os Intrusion Detection System (IDS) ou Sistemas de Detecção de Intrusão desempenham um papel preponderante na monitorização contínua de actividades de um sistema pretendendo, essencialmente, garantir a autenticidade, confidencialidade, integridade e, sobretudo, a disponibilidade dos seus recursos. O presente trabalho apresenta um estudo sobre os Sistemas de Detecção de Intrusões, apresentando ainda um caso de estudo sobre a Rede Multimédia da Universidade Jean Piaget de Cabo Verde, estudo esse que incide sobre uma ferramenta Open Source, o Snort

Integração dos Sistemas Operativos Windows e Linux Análise e Descrição dos Mecanismos de Integração

A centralização, partilha, optimização e sincronização dos recursos de uma rede de computadores, apresentam-se como factores indispensáveis para que uma organização seja melhor sucedida na planificação organização das sua actividades e prossecução dos seus objectivos. Por outro lado, assiste-se actualmente a uma crescente coexistência de diferentes sistemas operativos na mesma rede, com necessidades de um mecanismo único de autenticação e de partilha de recursos. Assim, há cada vez mais a necessidade de integrar diferentes sistemas operativos de uma rede. O presente trabalho, tem como objectivo analisar e descrever de forma transparente os mecanismos de integração dos sistemas operativos Windows e Linux, permitindo assim integração destas duas plataformas.