Evaluation of Quantitative RT-PCR Using Nonamplified and Amplified RNA

Quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR) is a standard assay in molecular medicine for gene expression analysis. Samples from incisional/needle biopsies, laser-microdissected tumor cells and other biologic sources, normally available in clinical cancer studies, generate very small amounts of RNA that are restrictive for expression analysis. As a consequence, an RNA amplification procedure is required to assess the gene expression levels of such sample types. The reproducibility and accuracy of relative gene expression data produced by sensitive methodology as qRT-PCR when cDNA converted from amplified (A) RNA is used as template has not yet been properly addressed. In this study, to properly evaluate this issue, we performed 1 round of linear RNA amplification in 2 breast cell lines (C5.2 and HB4a) and assessed the relative expression of 34 genes using cDNA converted from both nonamplified (NA) and A RNA. Relative gene expression was obtained from beta actin or glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase normalized data using different dilutions of cDNA, wherein the variability and fold-change differences in the expression of the 2 methods were compared. Our data showed that 1 round of linear RNA amplification, even with suboptimal-quality RNA, is appropriate to generate reproducible and high-fidelity qRT-PCR relative expression data that have similar confidence levels as those from NA samples. The use of cDNA that is converted from both A and NA RNA in a single qRT-PCR experiment clearly creates bias in relative gene expression data.

Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Laminarinase from Rhodothermus marinus: A Case of Pseudomerohedral Twinning

Thermophilic endo-1,3(4)-beta-glucanase (laminarinase) from Rhodothermus marinus was crystallized by the hanging-drop vapor diffusion method. The needle-like crystals belong to space group P2(1) and contain two protein molecules in the asymmetric unit with a solvent content of 51.75%. Diffraction data were collected to a resolution of 1.95 angstrom and resulted in a dataset with an overall R-merge of 10.4% and a completeness of 97.8%. Analysis of the structure factors revealed pseudomerohedral twinning of the crystals with a twin fraction of approximately 42%.

Preparation and characterization of colloidal Ni(OH)(2)/bentonite composites

A conductive and electrochemically active composite material has been prepared by the combination of bentonite and nickel hydroxide precursor sol. This material exhibits the characteristic intercalation properties of the clay component and the electrochemical and optical properties of nickel hydroxide. The clay particles seem to induce the aggregation of nickel hydroxide, leading to the formation of a layer of alpha-Ni(OH)(2) exhibiting needle like morphology. The composite forms stable films and has been conveniently used for the preparation of modified electrodes exhibiting intercalation and electrochemical properties, thus providing an interesting material for the development of amperometric sensors. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.

The facial affective scale as a predictor for pain unpleasantness when children undergo immunizations.

Needle fear is a common problem in children undergoing immunization. To ensure that the individual child's needs are met during a painful procedure it would be beneficial to be able to predict whether there is a need for extra support. The self-reporting instrument facial affective scale (FAS) could have potential for this purpose. The aim of this study was to evaluate whether the FAS can predict pain unpleasantness in girls undergoing immunization. Girls, aged 11-12 years, reported their expected pain unpleasantness on the FAS at least two weeks before and then experienced pain unpleasantness immediately before each vaccination. The experienced pain unpleasantness during the vaccination was also reported immediately after each immunization. The level of anxiety was similarly assessed during each vaccination and supplemented with stress measures in relation to the procedure in order to assess and evaluate concurrent validity. The results show that the FAS is valid to predict pain unpleasantness in 11-12-year-old girls who undergo immunizations and that it has the potential to be a feasible instrument to identify children who are in need of extra support to cope with immunization. In conclusion, the FAS measurement can facilitate caring interventions.

The Facial Affective Scale (FAS) as a predictor for pain unpleasantness when children undergo immunizations

Needle fear is a common problem in children undergoing immunization. To ensure that the individual child’s needs are met during a painful procedure it would be beneficial to be able to predict whether there is a need for extra support. The self-reporting instrument facial affective scale (FAS) could have potential for this purpose. The aim of this study was to evaluate whether the FAS can predict pain unpleasantness in girls undergoing immunization. Girls, aged 11-12 years, reported their expected pain unpleasantness on the FAS at least two weeks before and then experienced pain unpleasantness immediately before each vaccination. The experienced pain unpleasantness during the vaccination was also reported immediately after each immunization. The level of anxiety was similarly assessed during each vaccination and supplemented with stress measures in relation to the procedure in order to assess and evaluate concurrent validity. The results show that the FAS is valid to predict pain unpleasantness in 11-12-year-old girls who undergo immunizations and that it has the potential to be a feasible instrument to identify children who are in need of extra support to cope with immunization. In conclusion, the FAS measurement can facilitate caring interventions.

Estudo experimental e teórico das propriedades magnéticas e supercondutoras dos compostos borocarbetos da série Y(Ni 1-x Mn x) 2 B2 C com x = 0,0, 0,01, 0,025, 0,05, 0,10 e 0,15

Apresentamos neste trabalho os resultados de um estudo experimental e teórico dos compostos borocarbetos supercondutores da série Y(Ni1-xMnx)2B2C com x = 0; 0,01; 0,025; 0,05; 0,10; 0,15. A principal motivação para este trabalho foi investigar a estrutura eletrônica e a possível formação do momento magnético sobre os átomos de impureza de Mn nos compostos Y(Ni1- xMnx)2B2C. O aparecimento do momento magnético localizado no sítio da impureza possibilitou estudar a influência do Mn sobre o mecanismo de quebra de pares supercondutores e sobre as propriedades magnéticas do composto. Os borocarbetos são compostos de estrutura cristalina tetragonal de corpo centrado e altamente anisotrópicos (c/a~3). São intermetálicos de alta temperatura crítica supercondutora Tc, com forte acoplamento elétron-fonon. Em alguns casos podem apresentar ordem magnética, supercondutividade e também coexistência ou competição energética entre ambos. As medidas de transporte eletrônico, em função da temperatura, foram feitas utilizando-se um detector síncroton baseado na técnica de quatro pontos operando na faixa de 4,2K até 300K. Essas medidas possibilitaram o estudo das propriedades relacionadas ao transporte eletrônico na fase supercondutora. Na fase normal, extraiu-se a dependência em energia da função espectral de fonons α² F (ω) para alguns compostos da série estudada. As medidas magnéticas em função da temperatura e do campo magnético foram feitas utilizando-se um SQUID (Superconducting Quantun Interference Device – Quantun Design Model MPMS XL). Tais medidas permitiram a caracterização das propriedades magnéticas de nossas amostras. Em particular determinou-se o valor, em regime de saturação, do momento magnético associado ao sítio cristalino do Mn. Foram determinadas também as correntes críticas supercondutoras usando o Modelo de estado crítico de Bean e a variação da temperatura crítica supercondutora (Tc) com a mudança do campo externo aplicado. As medidas magnéticas permitiram a obtenção do diagrama que relaciona o campo crítico inferior (HC1) e a temperatura, variando-se a concentração do átomo dopante de manganês. Foi feito um esforço teórico no sentido de interpretar os resultados experimentais. Para isso foram usados três modelos: O modelo de estado crítico de Bean já citado acima e um modelo baseado na fórmula de Ziman usando uma aproximação para a função espectral de fonons para descrever a resistividade no regime de alta temperatura. Além disto, usou-se o modelo de duas sub-redes para a descrição do momento magnético das impurezas de Mn, em função da concentração, na série Y(Ni ) ( 2 ω α F 1-xMnx)2B2C.

Implante endoscópico no esôfago distal de polimetilmetacrilato para controle do refluxo gastrofágico : estudo experimental em modelo animal

XIXA doença do refluxo gastroesofágico (DRGE) comumente afeta o esôfago e provavelmente é a condição mais prevalente no segmento alto do trato gastrointestinal, acometendo entre 5 e 45% da população ocidental. A terapêutica atual para essa doença além de medidas gerais e dietéticas, inclui tratamento farmacológico e/ou cirurgia. Ambos podem ser eficazes, mas apresentam elevado custo financeiro. O tratamento com fármacos pode apresentar baixa aderência medicamentosa e a cirurgia tem baixa, mas não desprezível, morbidade e mortalidade. Idealmente o tratamento da DRGE deveria ser eficaz, com baixo risco e com baixo custo. Objetivos: 1. Desenvolver um modelo experimental em suínos para o estudo do Refluxo Gastroesofágico através da Pressão e do Volume de Vazão Gástricos; 2. Avaliar a eficácia do implante endoscópico de PMMA ao nível do Esfíncter Esofágico Inferior (EEI) para aumentar a Pressão de Vazão Gástrica, o Volume de Vazão Gástrico e a Pressão Basal do EEI; 3. Descrever as reações histológicas associadas ao implante de PMMA. Material e Métodos: Suínos da raça Large White, do sexo feminino com 8 semanas de vida foram estudados no experimento. Foi realizada manometria do esfíncter esofágico inferior com registro da pressão basal com cateter de perfusão com água e técnica de retirada lenta. Calculou-se, também, a extensão do EEI. Após, gastrostomia era realizada com colocação intragástrica da extremidade distal de uma sonda de Foley com três vias e um cateter de pHmetria esofágica introduzido via oral com o sensor distal posicionado 5 cm acima do bordo superior de esfíncter esofágico inferior. Iniciava-se, XXentão, a infusão contínua no estômago de uma solução de HCl a 0,02N com medida e registro simultâneos da Pressão e do Volume de Vazão Gástricos e do pH esofágico. Definiu-se a Pressão de Vazão Gástrica (PVG) e o Volume de Vazão Gástrico quando houve brusca e sustentada acidificação do esôfago distal (pH<3). Após, introduzia-se um tubo metálico (Tubo Introdutor ou TI) via oral e, em seguida, o endoscópio, seguindo ambos até o esôfago distal. Cateter de nylon com agulha calibre 16 era introduzido pelo tubo introdutor e o PMMA implantado na área correspondente ao EEI com uma pistola dosadora volumétrica que permitia a injeção de volumes prédeterminados em 3 ou 4 pontos da submucosa (total por ponto = 0,73 ml de PMMA). As medidas de PVG, VVG e pressão basal do EEI foram repetidas após 28 dias, sacrificando-se os animais e removendo-se esôfago médio e distal, junção esofagogástrica, fundo e corpo gástricos para estudo histológico. Previamente ao experimento, três projetos pilotos foram desenvolvidos. O primeiro designado como “Projeto Piloto: Refluxo Gastroesofágico por pHmetria de 24H” (RGE 24H) buscou a via de acesso transnasal para registro de pHmetria por 24 horas. No segundo, designado “Projeto Piloto: Esofagostomia”, para confirmação de refluxo gastroesofágico espontâneo em suínos da raça Large White, utilizou-se anestesia com associação de tiletamina 125 mg e zolazepam 125 mg em combinação com um sedativo, a xilazina a 2% . A pHmetria foi mantida por 24 horas. Os dados descritos por Kadirkamanathan et al. não foram reproduzidos no nosso laboratório. Optou-se então pela realização de um terceiro projeto, “Projeto Piloto: Gastrostomia” para induzir refluxo gastroesofágico através de um modelo experimental e testar a reprodutibilidade da Pressão de Vazão Gástrica. Obteve-se sucesso. Resultados: Trinta e sete animais foram estudados em 60 intervenções no Laboratório de motilidade experimental. O projeto piloto “RGE:24h” foi abandonado após perda de 5 animais pela anestesia com halotano e, solucionada esta questão, a sistemática infecção do tecido celular subcutâneo nasal, dificultando a manutenção do cateter de phmetria em outros 5 animais. No “Projeto Piloto: Esofagostomia”, em cinco animais estudados (cada animal em duas ocasiões diferentes) não se reproduziram os achados de refluxo espontâneo. No terceiro projeto “Projeto Piloto: Gastrostomia” quatro animais foram estudados em dois momentos diferentes obtendo-se sucesso e reprodutibilidade XXIdos dados. Criado o modelo experimental, quatorze suínos foram submetidos ao experimento com implante endoscópico de PMMA com os seguintes resultados: A média dos pesos com 8 semanas de idade foi 14,98 ± 2,43 e 28 dias após o implante, 20,26 ± 3,68. O ganho ponderal foi considerado normal para a espécie. A Pressão de Vazão Gástrica média no dia 1 foi 8,08 mmHg e no dia 28, 10,69mmHg (Teste t de Student: t = 2,72 gl = 13 p = 0,017). Os Volumes de Vazão Gástricos médios foram: 392,86 ml para o dia 1 e 996,71 ml no dia 28 (teste t de Student: t = 11,66 gl = 13 p< 0,001). A Pressão Basal do EEI e o comprimento do esfíncter, não apresentaram diferenças estatisticamente significativas. PMMA foi identificado como depósitos de grandes vacúolos no tecido intersticial ao exame histológico da junção esofagogástrica associado a histiócitos, plasmócitos e presença de células gigantes tipo Langhans indicando reação tecidual de corpo estranho em todos os animais. Fibrose e macrófagos com vacúolos intracelulares estiveram presentes em menor freqüência. Conclusões: 1. O modelo experimental, em suínos, desenvolvido viabilizou o estudo do Refluxo Gastroesofágico através da Pressão de Vazão Gástrica e Volume de Vazão Gástrico; 2. O implante de PMMA, no presente estudo, aumentou a Pressão de Vazão e o Volume de Vazão Gástricos, mas não a Pressão Basal do EEI, nem tampouco aumentou o seu comprimento; 3. Depósito de PMMA implantado e evidência de processo inflamatório crônico e reação tecidual de corpo estranho foi encontrada no local do implante de PMMA. Macrófagos com vacúolos intracelulares e fibrose foram encontrados com menos freqüência.

Caracterização da captura incidental de tartarugas marinhas pela pesca de espinhel pelágico no Nordeste do Brasil

The marine turtles biological characteristics and the impact they have been suffering in consequence of human activities have caused in the last decades the decrease of populations to unsustainable levels. All four of the species described in this paper are registered as endangered in a list by IUCN: Caretta caretta, Lepidochelys olivacea, Chelonia mydas, Dermochelys coriacea. The main causes of such impact include several fishing activities, mostly the surface longline. This paper discusses the monitoring of two foreigner longline fleet along the North East Brazilian coast between October of 2004 and September of 2005. Both operated in the West South Atlantic, one using the Chinese technique and the other the American. The American method s target species is the swordfish (Xiphias gladius), and it is characterized by using squid as bait, J 9/0 offset 5º hook, light sticks and night soaking. It also operates in shallower waters than the Chinese method. The source of information about the efforts and the catches came from onboard observers and were used to calculate the catching rate of turtles over 1000 hooks (CPUE). The American equipment caught more turtles (CPUE = 0,059; N= 103), mainly D. coriacea, while the Chinese longline caught mainly the L. olivacea and presented a CPUE= 0,018 (N= 89). The hooks were most frequently found attached to the mouth of C. caretta, C. mydas, and L. olivacea. The D. coriacea were most frequently caught by hooks externally attached to different parts of their body. There was no significant difference between the hook type catching and most turtles were still alive when released. The results suggest a greater potential of turtle catching by the American method. Besides the statistic tests have showed less interaction between the Chinese equipment and marine turtles, the catches of this fishing technique could have been underestimated due to miscommunication between the onboard observer and the vessel s crew plus the retrieve of the longline during night time

Are deep-sea cephalopods really common preys for oceanic seabirds?

Uma análise de dados publicados sobre dietas de aves marinhas oceânicas mostra a predominância de cefalópodes musculares e de distribuição mais superficial nas camadas oceânicas, mas também são importantes as espécies gelatinosas e amoniacais restritas a camadas abaixo dos 300 m da superfície. A princípio, não deveria se esperar que cefalópodes de profundidade fossem considerados presas comuns de aves marinhas oceânicas como reportados por muitos autores. É proposto neste estudo que uma fonte indireta, importante e de fácil obtenção, surgiu com o início das atividades dos barcos atuneiros que operam com espinhel. O hábito de ingerir restos de vísceras de peixes capturados em barcos espinheleiros pode explicar as prováveis conclusões equivocadas de que cefalópodes de profundidade são presas naturais de aves marinhas oceânicas.

Abordagem inicial de lesões mamárias por biopsia helicóide: estudo experimental

OBJECTIVE: Evaluating the kit-Bh performance in carrying out of breast biopsies. METHODS: They were randomly selected a sample of 30 patients with breast cancer undergoing mastectomy, based on the results of a pilot study from February 2008 to April 2010. They were excluded women with had not palpable, stone-hard consistency tumors, previous surgical manipulation or that contains liquid. Using the helicoid biopsy Kit (kit Bh) and an equipment Core biopsy with cannula and needle and 14 gauge respectively, it was collected a fragment of sound equipment in the area and in tumors in each specimen, totaling 120 fragments for histological study. For data analysis, it was defined a 95% confidence level and used the SPSS-13 version, the Kappa index and the parametric Student t test. RESULTS: Mean age of patients was 51.6 years (± 11.1 years). The infiltrating ductal carcinoma showed a higher incidence, 26 cases (86.7%). The Core biopsy had a sensitivity of 93.3%, specificity of 100% and accuracy 96.7%, while the helicoid biopsy had a sensitivity of 96.7%, specificity of 100% and accuracy 98.3%. By comparing the histology of tumors and the fragments of biopsies, there was high degree of agreement in diagnoses (kappa of 0.93 with p <0.05) CONCLUSION: Both devices provided the histological diagnosis of lesions with high accuracy. Results of this study showed that the helicoid biopsy is a reliable alternative in 22 the preoperative diagnosis of breast lesions. Further studies in vivo better will define the role of Kit Bh in the diagnosis of these lesions

Ovário-histerectomia vídeo-assistida com único portal em cadelas: estudo retrospectivo de 20 casos

O objetivo do presente estudo foi avaliar retrospectivamente as 20 primeiras ovário-histerectomias vídeo-assistidas com único portal (SPVA-OSH), realizadas por um cirurgião não proficiente nessa técnica. Vinte cadelas foram submetidas à laparoscopia para SPVA-OSH, com o auxílio de um endoscópio de 10mm, com canal de trabalho de 5mm, inserido por um trocarte, posicionado na região pré-púbica, e coagulação bipolar. O tempo cirúrgico médio foi de 22,95±5,17 minutos. Os cinco primeiros procedimentos consumiram mais tempo cirúrgico do que os demais. A abordagem aos pedículos ovarianos direito e esquerdo foram as etapas que apresentaram maior tempo de execução. Houve complicação leve ou moderada em seis (30%) das 20 cadelas operadas. As complicações foram: hemorragia leve ou moderada em um dos pedículos ovarianos em quatro (20%) cadelas e hemorragia grave, devido à punção do baço com agulha de Veress em dois (10%) animais. A SPVA-OSH foi realizada em cadelas por um cirurgião no início da curva de aprendizado, sem complicações maiores.

Biópsia hepática com agulha tru-cut guiada por videolaparoscopia em caprinos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Aspectos clínico e cirúrgicos do tumor mamário canino: clinical and surgical evolution

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Preliminary study on age- and sex-dependent alterations in the composition of skeletal muscle fibers of Brasileiro de Hipismo horses

The aim of this work was to characterize the distribution of myofibers in the gluteus medius muscle of inactive horses of the Brasileiro de Hipismo (BH) breed at different ages by means of histochemical analyses, according to sex and depth of the biopsy. A total of 78 inactive horses (9 castrated males, 35 stallions, and 34 females) of the BH breed, aged 1 to 4 years, were used. A percutaneous muscle biopsy was obtained with a 6.0-mm Bergstrom-type needle, which allowed the removal of muscle fragments at depths of 20 and 60 mm. Myofiber types were determined based on myofibrillar adenosine triphosphatase (mATPase) and nicotinamide dinucleotide tetrazolium reductase (NADH-TR) techniques. Morphometry of the fibers was determined based on cross-sectional area (CSA), mean frequency (F), and relative cross-sectional area (RCSA). The current study demonstrated that BH horses 3 and 4 years of age show a greater percentage of, and area occupied by, type IIA fibers and lower percentage of type IIX fibers in the gluteus medius muscle compared with horses 1 and 2 years of age. No difference was found between sexes in the frequency of and area occupied by the different fiber types at any of the depths and ages studied. In this study, females showed a greater CSA for all fibers in comparison with males, at 1 year of age. The results of the current study indicate that the gluteus medius muscle of inactive BH horses shows modifications in its structural and biochemical composition during the growth of the animals, leading to a better oxidative capacity.

Colheita de líquido cefalorraquidiano em cães: modificação de técnica prévia

Unlike the already described techniques, which are based on imaginary lines among extremities or bone projections, this research describes a collection technique modification of cerebrospinal fluid (CSF) in dogs, in the atlantooccipital space. The palpation of bone structures in this joint, plus the supported directioning of the needle, does make the collection easy, even by professionals which have no experience in this kind of procedure. The applied technique enabled the collection of adequate volumes of limpid and colorless CSF of 50 healthy dogs in the first attempt of collection. There was no contamination with blood during the procedure, what made possible the correct interpretation of laboratory parameters usually examined in CSF samples.