Development of a bacteriophage-based biopesticide for fire blight

Fire blight is an economically important disease of apples and pears that is caused by the bacterium Erwinia amylovora. Control of the disease depends on limiting primaly blosson1 infection in the spring, and rapidly removing infected tissue. The possibility of using phages to control E.amylovora populations has been suggested, but previous studies have. failed to show high treatment efficacies. This work describes the development of a phage-based biopesticide that controls E. amylovora populations under field conditions, and significantly reduces the incidence of fire blight. This work reports the first use ofPantoea agglomerans, a non-pathogenic relative ofE. amylovora, as a carrier for E. amylovora.phages. Its role is to support a replicating population of these phages on blossom surfaces during the period when the flowers are most susceptible to infection. Seven phages and one carrier isolate were selected for field trials from existing collections of 56 E. amylovora phages and 249 epiphytic orchard bacteria. Selection of the . /' phages and carrier was based on characteristics relevant to the production and field perfonnance of a biopesticide: host range, genetic diversity, growth under the conditions of large-scale production, and the ability to prevent E. amylovora from infecting pear blossoms. In planta assays showed that both the phages and the carrier make significant contributions to reducirig the development of fire blight symptoms in pear blossoms. Field-scale phage production and purification methods were developed based on the growth characteristics of the phages and bacteria in liquid culture, and on the survival of phages in various liquid media. Six of twelve phage-carrier biopesticide treatments caused statistically signiflcant reductions in disease incidence during orchard trials. Multiplex real-time PCR was used to simultaneously monitor the phage, carrier, and pathogen populations over the course of selected treatments. In all cases. the observed population dynamics of the biocontrol agents and the pathogen were consistent with the success or failure of each treatment to control disease incidence. In treatments exhibiting a significantly reduced incidel1ce of fire blight, the average blossom population ofE.amylovora had been reduced to pre-experiment epiphytic levels. In successful treatments the phages grew on the P. agglomerans carrier for 2 to 3 d after treatment application. The phages then grew preferentially on the pathogen, once it was introduced into this blossom ecosystem. The efficacy of the successful phage-based treatnlents was statistically similar to that of streptomycin, which is the most effective bactericide currently available for fire blight prevention. The in planta behaviour ofE. amylovora was compared to that ofErwinia pyrifoliae, a closely related species that causes fire blight-like synlptoms on pears in southeast Asia. Duplex real-time PCR was used to monitor the population dynamics of both species on single blossonls. E. amylovora exhibited a greater competitive fitness on Bartlett pear blossoms than E. pyrifoliae. The genome ofErwinia phage Ea21-4 was sequenced and annotated. Most of the 8-4.7 kB genome is substantially different from previously described sequences, though some regions are notably similar to Salmonella phage Felix 01 . Putative functions were assigned to approximately 30% of the predicted open reading frames based on amino acid sequence comparisons and N-terminal sequencing of structural proteins.

Erwinia amylovora bacteriophage resistance

It has been proposed that phages can be used commercially as a biopesticide for the control of fire blight caused by the phytopathogen Erwinia amylovora. The aim of these studies was to investigate two common bacterial resistance mechanisms, lysogeny and exopolysaccharide production and their influence on phage pathogenesis. A multiplex real-time PCR protocol was designed to monitor and quantify Podoviridae and Myoviridae phages. This protocol is compatible with known E. amylovora and Pantoea agglomerans rtPCR primers/probes which allowed simultaneous study of both phage and bacterial targets. Using in vitro positive phage selection, bacteriophage insensitive derivatives were isolated within sensitive populations of E. amylovora. Prophage screening with real-time PCR and mitomycin C induction determined that the insensitive derivatives harboured the temperate Podoviridae phage ΦEaTlOO. Lysogenic conversion resulted in resistance to secondary homologous phage infections. Prophage screening of environmental samples of E. amylovora and P. agglomerans collected from various locations in Canada, United States and Europe did not demonstrate lysogeny. Therefore, lysogeny is rare or absent while these bacterial species reside on the plant. Recombineering was used to construct exopolysaccharide deficient E. amylovora mutants. The EPS amylovoran mutants became resistant to Podoviridae and certain Siphoviridae phages. Increasing amylovoran production increased phage population growth, presumably by increasing the total number of bacterial cell surface receptors which promoted increased phage infections. In contrast, amylovoran did not playa role in Myoviridae infections, nor did production of the EPS levan for any phage pathogenesis.

Estudio de la ultraestructura seminal y de los parámetros seminológicos, en pacientes infértiles con PCR positivo para Ureaplasma urealyticum

Tesis (Maestría en Ciencias con Especialidad en Morfología) UANL

Implementación de la técnica de PCR para el diagnóstico de Puntamorada de la papa (Solanum tuberosum L.) y su ocurrencia en la región de San Rafael, municipio de Galeana, Nuevo León

Tesis (Maestría en Ciencias con Especialidad en Producción Agrícola) UANL

Variabilidad genética de subpoblaciones de Anopheles vestitipennis(Díptera: culicidae) mediante el uso de RAPD-PCR

Tesis (Maestría en Ciencias con Especialidad en Entomología Médica) UANL

Implementación del diagnóstico de mycoplasma gallisepticum y mycoplasma synoviae mediante PCR-RFLP en aves de producción

UANL

Cuantificación de la expresión del gen Hoxb13 en cáncer mamario usando PCR tiempo real.

Tesis (Maestría en Ciencias con Especialidad en Inmunobiología) UANL, 2010.

Detección por PCR multiplexde pseudomonas aeruginosa, proteus mirabilis y malassezia SPP. en caninos con otitis externa.

Tesis (Maestría en Ciencia Animal) UANL, 2011.

Estudio comparativo de las técnicas de PCR y ADA en derrame pleural de pacientes presuntivos de tuberculosis.

Tesis (Maestría en Ciencias con Acentuación en Microbiología) UANL, 2012.

Implementación de un método cuantitativo para la detección del virus Psorosis de cítricos mediante RT-PCR tiempo real y su evaluación en muestras de campo

Tesis (Doctora en Ciencias con Especialidad en Biotecnología) U.A.N.L. Facultad de Ciencias Biológicas, 2007.

Identificación molecular de especies del género candida y aspergillus mediante la aplicación de PCR

Tesis (Doctor en Ciencias con especialidad en Microbiología) UANL, 2014.

Caractérisation de DKK1 comme antigène tumoral et manipulation des lymphocytes T CD8 : utilisation de la voie de Wnt en immunothérapie du cancer

L’immunothérapie tumorale à médiation cellulaire est un traitement qui utilise le système immunitaire des patients afin d’induire une réponse des lymphocytes T CD8+ (T CD8+) contre la tumeur. Cette réponse est produite suite à la reconnaissance des antigènes par les T CD8+. Ces cibles sont appelées antigènes tumoraux (TAA) et définies comme des protéines exprimées par les cellules cancéreuses mais absentes des tissus normaux. Par une approche bio-informatique, notre laboratoire a identifié Dickkopf-1 (DKK1), une protéine inhibitrice de la voie de Wnt, comme un TAA potentiel. Une immunothérapie à médiation cellulaire efficace requiert l’identification de TAA candidats pertinents. Le traitement de patients par immunothérapie pourrait également être améliorées par l’augmentation de la puissance d’action anti-tumorale ainsi que la persistante des T CD8+ spécifiques aux TAA. Ce projet de doctorat se divise en deux parties : 1- La caractérisation de l’expression de DKK1 dans les cancers communs et la détermination de son immunogénicité afin de valider sa candidature comme TAA. 2- La reprogrammation des T CD8+, de patients atteints d’un cancer commun, vers un phénotype moins différentié afin d’augmenter leur potentiel anti-tumoral et leur persistance. Dans le premier objectif, nous avons caractérisé l’expression de DKK1 dans le cancer du sein et dans d’autres cancers communs. Le profil d’expression de DKK1 a été étudié par RT-PCR et par ELISA dans plusieurs lignées cellulaires de cancer et dans les tissus normaux. L’expression de DKK1 a aussi été étudiée dans des échantillons cliniques provenant de cancers du sein, du poumon et du rein. Trente pourcents (30%) des tumeurs provenant d’un cancer du sein exprimaient DKK1. La moitié des tumeurs DKK1(+) était triple négative, donc pas de récepteurs d’œstrogène et de progestérone et était Her-2/neu(-) (ces patientes ont des possibilités de traitements très restreintes). De plus, 50% des échantillons cliniques de tumeurs du poumon et 30% des tumeurs de rein exprimaient DKK1. Les observations effectuées dans le cancer du poumon ont été, par la suite, corroborées par d'autres groupes qui ont montré une corrélation entre l'expression de DKK1 et un mauvais pronostic. Après avoir confirmée l’expression de DKK1 dans les cancers communs, justifiant ainsi sa candidature comme TAA, nous avons évalué l’immunogénicité de DKK1. Pour ce faire, nous avons effectué des stimulations in vitro de cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) de patient(e)s atteint(e)s d’un cancer du sein ou du poumon avec des peptides dérivés de DKK1 pouvant être présentés par les complexes majeurs d’histocompatibilité (CMH) HLA-A*0201. Des clones de T CD8+ reconnaissant un peptide de DKK1 ont été identifiés et isolés. Par essai multiplex et cytométrie de flux intracellulaire, la polyfonctionnalité d’un ces clones T CD8+ spécifiques à DKK1 a été étudiée et a révélée un profil effecteur, renforçant ainsi la candidature de DKK1 comme TAA. Dans l’ensemble, les résultats obtenus dans cette première partie de thèse suggèrent une possible utilisation de DKK1 en immunothérapie contre les cancers communs, attribuable à son expression dans ces cancers et la possibilité de faire proliférer des T CD8+ effecteurs spécifiques à DKK1 à partir de sang de patients. Dans la seconde partie de cette thèse, je décrirai la manipulation in vitro des T CD8+ de patients atteints d’un cancer commun, afin d’augmenter la force et la durée de leurs fonctions anti-tumorales. Il a été démontré que des lymphocytes moins différentiés sont capables d’une réponse immunologique plus efficace et durable. Nous avons basé ce projet sur l’utilisation d’un inhibiteur pharmacologique de la GSK-3, pour activer de la voie de Wnt chez les T CD8+ et ainsi leur conférer un phénotype moins différentié, partageant des caractéristiques de la cellule naïve et de la cellule mémoire. Des cultures de T CD8+, spécifiques à des antigènes viraux, en présence de l’inhibiteur ont permis d’augmenter la sécrétion d’interféron (IFN)- et leur activité cytotoxique. Ces résultats indiquent un effet de l’activation de la voie de Wnt sur la fonction des T CD8+. Ces observations sont rapportées pour la première fois chez les T CD8+ humains et suggèrent une nouvelle stratégie, applicables à l’immunothérapie du cancer, afin de prolonger la persistance des cellules ainsi que leur activité anti-tumorale. En conclusion, ces travaux de recherche ont mené à la réalisation d’une étape très importante dans la validation de la candidature de DKK1 comme TAA pour les cancers communs, soit la démonstration de son expression dans ces cancers et son absence dans les tissus normaux dérivés d’organes importants. Ces travaux ont également mené à la démonstration de l’immunogénicité de DKK1, par l’identification d’un peptide de DKK1 reconnu par les T CD8+. De plus, l’étude de la polyfonctionnalité des T CD8+ spécifiques à DKK1 a révélée un profil effecteur favorable pour l’obtention d’une réponse anti-tumorale efficace. Ces découvertes pourraient servir à l’élaboration d’une stratégie d’immunothérapie à médiation cellulaire pour les cancers communs. Pour sa part, l’étude phénotypique et fonctionnelle de la modulation de la voie de Wnt dans les T CD8+ a donné lieu à l’observation d’un phénotype encore jamais rapporté chez l’humain, conférant aux T CD8+ un aspect moins différentié avec des caractéristiques propre à un phénotype mémoire. Ces résultats sont pertinents dans l’amélioration de l’immunothérapie du cancer, passant par l’augmentation de la persistance des lymphocytes. En résumé, les résultats présentés dans cette thèse de doctorat fournissent des évidences indéniables quant à la validation de DKK1 comme TAA pour une immunothérapie à médiation cellulaire des cancers communs. Ces résultats fournissent également des preuves quant à la pertinence de la reprogrammation des T CD8+ par l’activation de la voie de la voie de Wnt, afin de générer des lymphocytes médiateurs plus efficaces pour ce type de thérapie.

La leptospirose féline : sondage sérologique et de PCR urinaire chez des chats sains et des chats atteints de maladie rénale

La leptospirose est une zoonose à distribution mondiale dont la prévalence chez le chat varie géographiquement de 4.8% à 35%. Bien que l’exposition féline à Leptospira spp. soit rapportée dans des études sérologiques, les conséquences cliniques de cette maladie chez le chat sont peu connues. Le but principal de cette étude était de comparer le statut sérologique et de porteur (PCR urinaire) de Leptospira spp. entre des chats sains et des chats atteints de maladie rénale (insulte rénale aigue et maladie rénale chronique de stades IIb, III et IV). Une étude préliminaire pour valider la sensibilité et la spécificité analytiques de la PCR de Leptospira spp. réalisée par le Laboratoire de Diagnostic Moléculaire de la FMV sur l’urine de chat a été effectuée. La validation in vitro a démontré que la technique de PCR est efficace pour déterminer la présence de leptospires pathogènes dans l’urine du chat. Dans le cadre de l’étude principale, 251 chats ont été recrutés entre janvier 2010 et mars 2012,. De ceux-ci, 240 ont été inclus et divisés en 2 groupes (chats sains (C=125) et chats atteints de maladie rénale (MR=115) en se basant sur un examen physique ainsi que sur des résultats d’hématologie, de biochimie et d’analyse d’urine. Tous les chats recrutés ont également été examinés sérologiquement par test de micro-agglutination pour la présence d’anticorps contre Leptospira spp. (résultat considéré positif si ≥1 :100) et par PCR pour la présence de Leptospira spp. dans l’urine. Le pourcentage prédit de séropositivité pour Leptospira spp. était significativement plus élevé chez les chats atteints de maladie rénale (13,7%) que chez les chats sains (5%) (p=0,02). Les sérovars impliqués étaient Pomona (n=16), Bratislava (n=8) et Grippotyphosa (n=1). De plus, les chats séropositifs pour Pomona présentaient des titres significativement plus élevés que pour les autres sérovars (p=0,04). L’excrétion de Leptospira spp. a été confirmée par PCR dans l’urine de huit chats. Des 26 chats séropositifs, quatre (C=2, MR=2) se sont également révélés PCR positifs. La prévalence a été plus élevée chez les chats du groupe MR (5.3%; 6/113) lorsque comparée à celle du groupe C (1.6%; 2/125), mais cette différence ne s’est pas révélée statistiquement significative (C=0,9% , MR= 5,5% ; p = 0,09). L’âge, le sexe et le milieu de vie (urbain versus rural) n’ont pas influencé le statut sérologique ou d’excrétion pour Leptospira spp. Le pourcentage prédit de séropositivité était significativement plus élevée chez les chasseurs (p<0.01) et pendant les mois de juin à août (p=0.02). La présence d’un autre chat à la maison a également significativement augmenté ce pourcentage (p<0.01), mais la présence d’un chien ne l’a pas influencé. Lors de l’évaluation du PCR par le modèle GGE, seules les variables « contact avec raton laveur » et « contact avec mouffettes » sont ressorties statistiquement significatives (p≤0.03). Le rôle que joue Leptospira spp. comme agent étiologique de maladie rénale chez le chat demeure incertain. Toutefois, la différence significative de statut sérologique entre les chats sains et les chats atteints de maladie rénale suggère que la leptospirose pourrait être une cause sous-diagnostiquée de maladie rénale chez cette espèce. Dans cette étude, plusieurs porteurs asymptomatiques ont été identifiés, ce qui suggère que l’espèce féline puisse être un acteur sous-estimé dans la transmission de la bactérie aux humains.

Development of a multi-gene PCR assay for the prediction of the response to hormone therapy in breast cancer

Deux tiers des cancers du sein expriment des récepteurs hormonaux ostrogéniques (tumeur ER-positive) et la croissance de ces tumeurs est stimulée par l’estrogène. Des traitements adjuvant avec des anti-estrogènes, tel que le Tamoxifen et les Inhibiteurs de l’Aromatase peuvent améliorer la survie des patientes atteinte de cancer du sein. Toutefois la thérapie hormonale n’est pas efficace dans toutes les tumeurs mammaires ER-positives. Les tumeurs peuvent présenter avec une résistance intrinsèque ou acquise au Tamoxifen. Présentement, c’est impossible de prédire quelle patiente va bénéficier ou non du Tamoxifen. Des études préliminaires du laboratoire de Dr. Mader, ont identifié le niveau d’expression de 20 gènes, qui peuvent prédire la réponse thérapeutique au Tamoxifen (survie sans récidive). Ces marqueurs, identifié en utilisant une analyse bioinformatique de bases de données publiques de profils d’expression des gènes, sont capables de discriminer quelles patientes vont mieux répondre au Tamoxifen. Le but principal de cette étude est de développer un outil de PCR qui peut évaluer le niveau d’expression de ces 20 gènes prédictif et de tester cette signature de 20 gènes dans une étude rétrospective, en utilisant des tumeurs de cancer du sein en bloc de paraffine, de patients avec une histoire médicale connue. Cet outil aurait donc un impact direct dans la pratique clinique. Des traitements futiles pourraient être éviter et l’indentification de tumeurs ER+ avec peu de chance de répondre à un traitement anti-estrogène amélioré. En conséquence, de la recherche plus appropriée pour les tumeurs résistantes au Tamoxifen, pourront se faire.

Sélection de gènes de référence pour la normalisation des expériences de PCR quantitative dans un modèle de dysfonction diastolique de lapin

La dysfonction diastolique du ventricule gauche (DDVG) réfère à une rigidité ainsi qu’à des troubles de relaxation au niveau de ce ventricule pendant la phase de la diastole. Nos connaissances sur les mécanismes moléculaires sous-jacents de cette pathologie demeurent limités. Les analyses géniques sont indispensables afin de bien identifier les voies par lesquelles cette maladie progresse. Plusieurs techniques de quantification de l’expression génique sont disponibles, par contre la RT-qPCR demeure la méthode la plus populaire vu sa haute sensibilité et de ses coûts modérés. Puisque la normalisation occupe un aspect très important dans les expériences de RT-qPCR, nous avons décidé de sélectionner des gènes montrant une haute stabilité d’expression dans un modèle de DDVG de lapin. Nous avons alors exposé 18 lapins blancs soit à une diète normale (n=7) ou bien à une diète hypercholestérolémiante additionnée de vitamine D2 (n=11). La DDVG a été évaluée par des mesures échocardiographiques. L’expression de l’ARNm de dix gènes communément utilisés dans la littérature comme normalisateur (Gapdh, Hprt1, Ppia, Sdha, Rpl5, Actb, Eef1e1, Ywhaz, Pgk1, et G6pd) a été mesurée par RT-qPCR. L’évaluation de leur stabilité a été vérifiée par les algorithmes de geNorm et Normfinder. Sdha et Gapdh ont obtenu les meilleurs scores de stabilité (M<0.2) et ont été suggérés par le geNorm, comme meilleure combinaison. Par contre, l’utilisation de Normfinder mène à la sélection d’Hprt1 et Rpl5 comme meilleure combinaison de gènes de normalisation (0.042). En normalisant par ces deux combinaisons de gènes, l’expression de l’ARNm des peptides natriurétiques de type A et B (Anp et Bnp), de la protéine chimiotactique des monocytes-1 (Mcp-1) et de la sous unité Nox-2 de la NADPH oxydase ont montré des augmentations similaires chez le groupe hypercholestérolémique comparé au groupe contrôle (p<0.05). Cette augmentation d’expressions a été corrélée avec plusieurs paramètres échocardiographiques de DDVG. À notre connaissance, c’est la première étude par laquelle une sélection de gènes de référence a été réalisée dans un modèle de lapin développant une DDVG.