Whole-genome genotyping of grape using a panel of microsatellite

The use of microsatellite markers in large-scale genetic studies is limited by its low throughput and high cost and labor requirements. Here, we provide a panel of 45 multiplex PCRs for fast and cost-efficient genome-wide fluorescence-based microsatellite analysis in grapevine. The developed multiplex PCRs panel (with up to 15-plex) enables the scoring of 270 loci covering all the grapevine genome (9 to 20 loci/chromosome) using only 45 PCRs and sequencer runs. The 45 multiplex PCRs were validated using a diverse grapevine collection of 207 accessions, selected to represent most of the cultivated Vitis vinifera genetic diversity. Particular attention was paid to quality control throughout the whole process (assay replication, null allele detection, ease of scoring). Genetic diversity summary statistics and features of electrophoretic profiles for each studied marker are provided, as are the genotypes of 25 common cultivars that could be used as references in other studies.

Estudio acústico de la sala 8 de los cines Kinépolis de Ciudad de la Imagen

Este proyecto consistira en la realization de un estudio aciistico sobre la sala 8 de los cines Kinepolis de Ciudad de la Imagen, que dispone de 408 butacas. Los cines Kinepolis es uno de los mayores complejos multisala de Europa. Cuenta con mas de 9.200 butacas en total distribuidas en 25 salas a las que se accede mediante dos grandes pasillos conectados por el hall. En 1998, ano de su apertura, el complejo recibio el Record Guinness a la sala cinematografica mas grande del mundo, que dispone de 996 butacas. El objetivo de este proyecto es conseguir caracterizar acusticamente una sala de cine a traves de la medicion de parametros acusticos de la sala y de un modelo virtual de la misma. Para llevar a cabo el proyecto, primero se van a realizar tanto una medicion geometrica como acustica de la sala mediante el sistema de medida DIRAC. Los resultados de estas mediciones nos serviran para construir y validar un modelo virtual de la sala real con el software de simulacion EASE. La medicion acustica se va a realizar con el sistema de medicion DIRAC. Este sistema nos dara information sobre una amplia variedad de parametros acusticos. En este proyecto no se va a trabajar con todos ellos, solo con los mas significativos. Estos se describen a continuacion en la introduccion teorica. La medicion geometrica nos va a servir para construir un modelo virtual que tenga las mismas dimensiones que la sala original. Esta medicion la realizaremos mediante un medidor laser y una cinta metrica. Una vez construido el modelo virtual, se procedera a su validacion. Este proceso se realiza ajustando el tiempo de reverberacion del modelo mediante la introduccion de distintos materiales acusticos en las superficies del mismo, de manera que, variando la absorcion de la sala, el tiempo de reverberacion promedio del modelo se asemeje lo mas posible al medido en la sala real. Este proceso tiene como objetivo comprobar que el modelo virtual tiene un comportamiento acustico similar al de la sala real. Es necesario validar adecuadamente el modelo para que las comparaciones y conclusiones sean fiables. Por ultimo, tras la simulacion acustica del modelo, se compararan los resultados simulados con los medidos en la sala. En este proceso se contrastaran algunos de los parametros que guardan relation con el tiempo de reverberacion. De esta manera se verificara si el tiempo de reverberacion es o no un parametro acustico fiable para la validacion de un modelo virtual de una sala de cine. Anteriormente se han realizado proyectos iguales de otras salas de diferente tamano de Kinepolis. El objetivo de realizar el mismo estudio en distintas salas, es comprobar si el tamano de la sala influye en la validacion de los modelos virtuales mediante el tiempo de reverberacion. ABSTRACT. This Project consists on the development of an acoustic research of the movie theater 8 of the Kinepolis complex in Ciudad de la Imagen, Madrid. This room has 408 spots. Kinepolis is one of the biggest multiplex complexes in Europe. It has 9,200 locations disposed in 25 rooms. There are two large corridors which give access to all of theaters. In the middle of the structure, there is the main hall that connects these corridors. In 1998, at the time when the complex was open, it was awarded with the Record Guinness for the biggest theater in the world, which has 996 locations. The target of this project is to successfully characterize the acoustics of a movie theater through reverberation time and a virtual model. In order to reach this goal, in the first place, we are going to perform both, an acoustic and a geometric measurement of the room using DIRAC measurement system. The results of these measures will allow us to build and validate a virtual model of the room, using the simulation software EASE. We are going to use the DIRAC system in order to accomplish the acoustic measure. This operation gives us a huge variety of acoustic parameters. Not all of these are going to be used for this research, only the most significant ones. These are described in the theoretical introduction. The geometric measure is essential to help us to build the virtual model, because the model has to be exactly equal as the real room. This measurement will be performed with an electronic distance meter and a measuring tape. Once the virtual model is finished, it will be proved. This validation process will be realized by adjusting the reverberation time in the model. We will change the walls materials, therefore, the overall absorption of the room will change. We want the model reverberation time resemble to the real one. This practice is going to ensure that the model acoustic performance is close to the real one. In addition, it has to be successfully validate of we want the future comparisons to be reliable. Finally, after the model virtual simulation, we will compare the simulated results with the measure in the room. In this process, we will compare not only the reverberation time, but others parameters that keep relation with the reverberation time. We will verify this way, if the reverberation time is or is not an appropriate acoustic parameter to validate a virtual model of a movie theater. There have been done others similar acoustic researches in different theaters with different sizes. The aim of performing similar researches in different rooms is to determine if the size of the room infers in the validation process.

Red SFN de distribución local de TDT

Este proyecto consiste en el diseño completo, de una red de distribución de TDT, a nivel local, mediante difusión SFN, Single Frequency Network. Este tipo de difusión, tiene la capacidad de difundir los servicios de televisión en una única frecuencia, cubriendo un área, ya sea local o estatal, aprovechando en las zonas de interferencia los rebotes de la señal y así evitar el uso de una frecuencia distinta por cada centro de emisión, todos los que componen un área de cobertura. Para el diseño de la red, se ha optado por diseñar una red IP, mediante distribución multicast, ya que esta es la tecnología imperante a día de hoy, quedando obsoleta ya, la distribución analógica, ya que consume muchos más recursos y por consiguiente mucho más costosa de implementar. El documento se divide en cuatro capítulos. En el primer capítulo se realizará una introducción teórica a las redes de distribución SFN, centrándose en el cálculo de los retardos, punto fundamental en el diseño de este tipo de redes. Se continuará unas nociones básicas de redes IP y el protocolo multicast, en el que se basa el trasporte de la señal. El capítulo dos, se centra en el diseño de la red, desde los centros de producción, donde se generan los programas a emitir, hasta los diferentes centros de difusión que cubrirán todo el área de cobertura requerida, pasando por el centro de multiplexación, donde se sitúa la cabecera que compondrá el múltiplex a difundir. Se describirán los equipos y el diseño de los distintos centros que conforman la red, centros de producción, multiplexación y difusión. A demás se realizará el cálculo de retardo de la señal, necesario en este tipo de redes. Se continuará con el capítulo tres, donde se describirá la configuración de la red, tanto a nivel de equipamiento, como el diseño y asignación IP de toda la red, separando la red de servicio de la red de gestión para una mayor confiabilidad y eficiencia de la red. Se finalizará con la descripción de la gestión de la red, que mediante diferentes herramientas, proporcionan un monitoreado en tiempo real de todo el sistema, dando la posibilidad de adelantarsey previniendo posibles incidencias que, puedan causar alguna deficiencia en el servicio que se entrega al usuario final. ABSTRACT. This project involves the complete design of a network´s TDT distribution, locally, by broadcast SFN (Single Frequency Network). This type of broadcast, has the ability to broadcast television´s services on a single frequency, covering an area, whether local or state, drawing on the interference zones, signal´s rebounds, to avoid the use of a different frequency each broadcast center, all those who make a coverage area. For the design of the network, has been chosen to design an IP network using multicast distribution, since this is the prevailing technology today, as the analogue distribution, consumes more resources and therefore, much more costly to implement. The document is divided into four chapters. In the first chapter you can find a theoretical introduction to SFN distribution networks, focusing on the calculation of delays, fundamental point, in the design of these networks. A basic understanding of IP networks and the multicast protocol, in which the transport of the signal is based, will continue. Chapter two focuses on the design of the network, from production centers, where the programs are created to broadcast, to different distribution centers covering the entire area of coverage required, through the multiplexing center, where the head is located, which comprise the multiplex. Also, the equipment and design of the various centers in the network, production centers, multiplexing center and distribution centers, are described. Furthermore, the calculation of signal delay, necessary in such networks, is performed. We will continue with the chapter three, where the network configuration will be described, both in termsofequipment, such as design IP mapping of the entire network, separating the service network and management network, for increased the reliability and efficiency of the network. It will be completed with the description of the management of the network, using different tools provide real-time monitoring of the entire system, making it possible, to anticipate and prevent any incidents that might cause a deficiency in the service being delivered to final user.

Is Microarray Analysis Really Useful and Sufficient to Diagnose Nut Allergy in the Mediterranean Area?

Background: Component-based diagnosis on multiplex platforms is widely used in food allergy but its clinical performance has not been evaluated in nut allergy. Objective: To assess the diagnostic performance of a commercial protein microarray in the determination of specific IgE (sIgE) in peanut, hazelnut, and walnut allergy. Methods: sIgE was measured in 36 peanut-allergic, 36 hazelnut-allergic, and 44 walnut-allergic patients by ISAC 112, and subsequently, sIgE against available components was determined by ImmunoCAP in patients with negative ISAC results. ImmunoCAP was also used to measure sIgE to Ara h 9, Cor a 8, and Jug r 3 in a subgroup of lipid transfer protein (LTP)-sensitized nut-allergic patients (positive skin prick test to LTP-enriched extract). sIgE levels by ImmunoCAP were compared with ISAC ranges. Results: Most peanut-, hazelnut-, and walnut-allergic patients were sensitized to the corresponding nut LTP (Ara h 9, 66.7%; Cor a 8, 80.5%; Jug r 3, 84% respectively). However, ISAC did not detect sIgE in 33.3% of peanut-allergic patients, 13.9% of hazelnut-allergic patients, or 13.6% of walnut-allergic patients. sIgE determination by ImmunoCAP detected sensitization to Ara h 9, Cor a 8, and Jug r 3 in, respectively, 61.5% of peanut-allergic patients, 60% of hazelnut-allergic patients, and 88.3% of walnut-allergic patients with negative ISAC results. In the subgroup of peach LTP?sensitized patients, Ara h 9 sIgE was detected in more cases by ImmunoCAP than by ISAC (94.4% vs 72.2%, P<.05). Similar rates of Cor a 8 and Jug r 3 sensitization were detected by both techniques. Conclusions: The diagnostic performance of ISAC was adequate for hazelnut and walnut allergy but not for peanut allergy. sIgE sensitivity against Ara h 9 in ISAC needs to be improved.

Whole genome analysis: Experimental access to all genome sequenced segments through larger-scale efficient oligonucleotide synthesis and PCR

The recent ability to sequence whole genomes allows ready access to all genetic material. The approaches outlined here allow automated analysis of sequence for the synthesis of optimal primers in an automated multiplex oligonucleotide synthesizer (AMOS). The efficiency is such that all ORFs for an organism can be amplified by PCR. The resulting amplicons can be used directly in the construction of DNA arrays or can be cloned for a large variety of functional analyses. These tools allow a replacement of single-gene analysis with a highly efficient whole-genome analysis.

Genome scan of human systemic lupus erythematosus: Evidence for linkage on chromosome 1q in African-American pedigrees

Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disorder characterized by production of autoantibodies against intracellular antigens including DNA, ribosomal P, Ro (SS-A), La (SS-B), and the spliceosome. Etiology is suspected to involve genetic and environmental factors. Evidence of genetic involvement includes: associations with HLA-DR3, HLA-DR2, Fcγ receptors (FcγR) IIA and IIIA, and hereditary complement component deficiencies, as well as familial aggregation, monozygotic twin concordance >20%, λs > 10, purported linkage at 1q41–42, and inbred mouse strains that consistently develop lupus. We have completed a genome scan in 94 extended multiplex pedigrees by using model-based linkage analysis. Potential [log10 of the odds for linkage (lod) > 2.0] SLE loci have been identified at chromosomes 1q41, 1q23, and 11q14–23 in African-Americans; 14q11, 4p15, 11q25, 2q32, 19q13, 6q26–27, and 12p12–11 in European-Americans; and 1q23, 13q32, 20q13, and 1q31 in all pedigrees combined. An effect for the FcγRIIA candidate polymorphism) at 1q23 (lod = 3.37 in African-Americans) is syntenic with linkage in a murine model of lupus. Sib-pair and multipoint nonparametric analyses also support linkage (P < 0.05) at nine loci detected by using two-point lod score analysis (lod > 2.0). Our results are consistent with the presumed complexity of genetic susceptibility to SLE and illustrate racial origin is likely to influence the specific nature of these genetic effects.

A human model for multigenic inheritance: Phenotypic expression in Hirschsprung disease requires both the RET gene and a new 9q31 locus

Reduced penetrance in genetic disorders may be either dependent or independent of the genetic background of gene carriers. Hirschsprung disease (HSCR) demonstrates a complex pattern of inheritance with ≈50% of familial cases being heterozygous for mutations in the receptor tyrosine kinase RET. Even when identified, the penetrance of RET mutations is only 50–70%, gender-dependent, and varies with the extent of aganglionosis. We searched for additional susceptibility genes which, in conjunction with RET, lead to phenotypic expression by studying 12 multiplex HSCR families. Haplotype analysis and extensive mutation screening demonstrated three types of families: six families harboring severe RET mutations (group I); and the six remaining families, five of which are RET-linked families with no sequence alterations and one RET-unlinked family (group II). Although the presence of RET mutations in group I families is sufficient to explain HSCR inheritance, a genome scan reveals a new susceptibility locus on 9q31 exclusively in group II families. As such, the gene at 9q31 is a modifier of HSCR penetrance. These observations imply that identification of new susceptibility factors in a complex disease may depend on classification of families by mutational type at known susceptibility genes.

Immunoassays with rolling circle DNA amplification: A versatile platform for ultrasensitive antigen detection

We describe an adaptation of the rolling circle amplification (RCA) reporter system for the detection of protein Ags, termed “immunoRCA.” In immunoRCA, an oligonucleotide primer is covalently attached to an Ab; thus, in the presence of circular DNA, DNA polymerase, and nucleotides, amplification results in a long DNA molecule containing hundreds of copies of the circular DNA sequence that remain attached to the Ab and that can be detected in a variety of ways. Using immunoRCA, analytes were detected at sensitivities exceeding those of conventional enzyme immunoassays in ELISA and microparticle formats. The signal amplification afforded by immunoRCA also enabled immunoassays to be carried out in microspot and microarray formats with exquisite sensitivity. When Ags are present at concentrations down to fM levels, specifically bound Abs can be scored by counting discrete fluorescent signals arising from individual Ag–Ab complexes. Multiplex immunoRCA also was demonstrated by accurately quantifying Ags mixed in different ratios in a two-color, single-molecule-counting assay on a glass slide. ImmunoRCA thus combines high sensitivity and a very wide dynamic range with an unprecedented capability for single molecule detection. This Ag-detection method is of general applicability and is extendable to multiplexed immunoassays that employ a battery of different Abs, each labeled with a unique oligonucleotide primer, that can be discriminated by a color-coded visualization system. ImmunoRCA-profiling based on the simultaneous quantitation of multiple Ags should expand the power of immunoassays by exploiting the increased information content of ratio-based expression analysis.

STRBase: a short tandem repeat DNA database for the human identity testing community

The National Institute of Standards and Technology (NIST) has compiled and maintained a Short Tandem Repeat DNA Internet Database (http://www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/) since 1997 commonly referred to as STRBase. This database is an information resource for the forensic DNA typing community with details on commonly used short tandem repeat (STR) DNA markers. STRBase consolidates and organizes the abundant literature on this subject to facilitate on-going efforts in DNA typing. Observed alleles and annotated sequence for each STR locus are described along with a review of STR analysis technologies. Additionally, commercially available STR multiplex kits are described, published polymerase chain reaction (PCR) primer sequences are reported, and validation studies conducted by a number of forensic laboratories are listed. To supplement the technical information, addresses for scientists and hyperlinks to organizations working in this area are available, along with the comprehensive reference list of over 1300 publications on STRs used for DNA typing purposes.

Fluorescence energy transfer dye-labeled primers for DNA sequencing and analysis.

Fluorescent dye-labeled DNA primers have been developed that exploit fluorescence energy transfer (ET) to optimize the absorption and emission properties of the label. These primers carry a fluorescein derivative at the 5' end as a common donor and other fluorescein and rhodamine derivatives attached to a modified thymidine residue within the primer sequence as acceptors. Adjustment of the donor-acceptor spacing through the placement of the modified thymidine in the primer sequence allowed generation of four primers, all having strong absorption at a common excitation wavelength (488 nm) and fluorescence emission maxima of 525, 555, 580, and 605 nm. The ET efficiency of these primers ranges from 65% to 97%, and they exhibit similar electrophoretic mobilities by gel electrophoresis. With argon-ion laser excitation, the fluorescence of the ET primers and of the DNA sequencing fragments generated with ET primers is 2- to 6-fold greater than that of the corresponding primers or fragments labeled with single dyes. The higher fluorescence intensity of the ET primers allows DNA sequencing with one-fourth of the DNA template typically required when using T7 DNA polymerase. With single-stranded M13mp18 DNA as the template, a typical sequencing reaction with ET primers on a commercial sequencer provided DNA sequences with 99.8% accuracy in the first 500 bases. ET primers should be generally useful in the development of other multiplex DNA sequencing and analysis methods.

Innovative analytical strategies for the development of sensor devices and mass spectrometry methods

Il lavoro presentato in questa tesi di Dottorato è incentrato sullo sviluppo di strategie analitiche innovative basate sulla sensoristica e su tecniche di spettrometria di massa in ambito biologico e della sicurezza alimentare. Il primo capitolo tratta lo studio di aspetti metodologici ed applicativi di procedure sensoristiche per l’identificazione e la determinazione di biomarkers associati alla malattia celiaca. In tale ambito, sono stati sviluppati due immunosensori, uno a trasduzione piezoelettrica e uno a trasduzione amperometrica, per la rivelazione di anticorpi anti-transglutaminasi tissutale associati a questa malattia. L’innovazione di questi dispositivi riguarda l’immobilizzazione dell’enzima tTG nella conformazione aperta (Open-tTG), che è stato dimostrato essere quella principalmente coinvolta nella patogenesi. Sulla base dei risultati ottenuti, entrambi i sistemi sviluppati si sono dimostrati una valida alternativa ai test di screening attualmente in uso per la diagnosi della celiachia. Rimanendo sempre nel contesto della malattia celiaca, ulteriore ricerca oggetto di questa tesi di Dottorato, ha riguardato lo sviluppo di metodi affidabili per il controllo di prodotti “gluten-free”. Il secondo capitolo tratta lo sviluppo di un metodo di spettrometria di massa e di un immunosensore competitivo per la rivelazione di prolammine in alimenti “gluten-free”. E’ stato sviluppato un metodo LC-ESI-MS/MS basato su un’analisi target con modalità di acquisizione del segnale selected reaction monitoring per l’identificazione di glutine in diversi cereali potenzialmente tossici per i celiaci. Inoltre ci si è focalizzati su un immunosensore competitivo per la rivelazione di gliadina, come metodo di screening rapido di farine. Entrambi i sistemi sono stati ottimizzati impiegando miscele di farina di riso addizionata di gliadina, avenine, ordeine e secaline nel caso del sistema LC-MS/MS e con sola gliadina nel caso del sensore. Infine i sistemi analitici sono stati validati analizzando sia materie prime (farine) che alimenti (biscotti, pasta, pane, etc.). L’approccio sviluppato in spettrometria di massa apre la strada alla possibilità di sviluppare un test di screening multiplo per la valutazione della sicurezza di prodotti dichiarati “gluten-free”, mentre ulteriori studi dovranno essere svolti per ricercare condizioni di estrazione compatibili con l’immunosaggio competitivo, per ora applicabile solo all’analisi di farine estratte con etanolo. Terzo capitolo di questa tesi riguarda lo sviluppo di nuovi metodi per la rivelazione di HPV, Chlamydia e Gonorrhoeae in fluidi biologici. Si è scelto un substrato costituito da strips di carta in quanto possono costituire una valida piattaforma di rivelazione, offrendo vantaggi grazie al basso costo, alla possibilità di generare dispositivi portatili e di poter visualizzare il risultato visivamente senza la necessità di strumentazioni. La metodologia sviluppata è molto semplice, non prevede l’uso di strumentazione complessa e si basa sull’uso della isothermal rolling-circle amplification per l’amplificazione del target. Inoltre, di fondamentale importanza, è l’utilizzo di nanoparticelle colorate che, essendo state funzionalizzate con una sequenza di DNA complementare al target amplificato derivante dalla RCA, ne permettono la rivelazione a occhio nudo mediante l’uso di filtri di carta. Queste strips sono state testate su campioni reali permettendo una discriminazione tra campioni positivi e negativi in tempi rapidi (10-15 minuti), aprendo una nuova via verso nuovi test altamente competitivi con quelli attualmente sul mercato.

Avaliação dos efeitos do tratamento periodontal não cirúrgico sobre os sinais e sintomas da síndrome de Sjögren primária

A síndrome de Sjögren primária (SSp) é uma doença crônica autoimune sistêmica que pode levar à hipossalivação e afetar negativamente o ambiente oral. Os objetivos deste estudo foram detectar a influência da SSp nos níveis de biomarcadores inflamatórios na saliva e no fluido gengival nas amostras de pacientes com periodontite crônica, avaliar o efeito do tratamento periodontal não cirúrgico sobre os valores do índice clínico de avaliação da atividade sistêmica de pacientes com SSp e do índice reportado pelo paciente com SSp. Amostras de fluido gengival, saliva e os parâmetros clínicos periodontais que consistiram de medida da profundidade de sondagem (PS), nível clínico de inserção (NCI), sangramento à sondagem (SS) e índice de placa (IP) foram coletadas no início do estudo e 45 dias após a terapia periodontal não-cirúrgica de pacientes sistemicamente saudáveis com periodontite crônica (PC, n = 7) e pacientes com SSp e periodontite crônica (SP, n = 7). Pacientes periodontalmente saudáveis com SSp (SC, n = 7) e sistemicamente saudáveis (C, n = 7) também foram avaliados no início do estudo. Os grupos C, PC e SC foram pareados em gênero, idade e critério socioeconômico com o grupo SP. Os níveis de interleucina-8 (IL-8), IL-10 e IL-1ß foram avaliados por ensaio multiplex. Os níveis de atividade da doença foram medidos usando o Gold Standard da literatura chamado Índice Eular de atividade da síndrome de Sjögren (ESSDAI). Já para avaliação dos sintomas reportados pelo paciente com SSp foi utilizado o Índice Eular reportado pelo paciente com Sjögren (ESSPRI). Os parâmetros clínicos melhoraram após a terapia periodontal (p <0,05). No entanto, o NCI em pacientes com SSp não melhorou significativamente após a terapia (p> 0,05). Houve um aumento nos níveis de IL-1ß, IL-8 e diminuição dos níveis de IL-10 nas amostras de saliva de pacientes do grupo SC em comparação ao grupo C (p <0,05). Já em relação ao fluido gengival, pacientes do grupo SC tiveram maiores níveis de IL-1ß em comparação com o grupo C (p<0,05). Além disso, o tratamento periodontal não cirúrgico resultou num aumento dos níveis de IL-10 no fluido gengival no grupo SP e grupo PC em relação ao valor basal (p <0,05). O fluxo salivar foi significativamente aumentado após o tratamento periodontal apenas em pacientes do grupo SP (p = 0,039). Além disso, o tratamento periodontal não influenciou o índice ESSDAI (p = 0,35) e levou a uma diminuição significativa no índice ESSPRI (p = 0,03). Os presentes dados demonstraram que a SSp influencia os níveis salivares e de fluido gengival de biomarcadores inflamatórios em favor de um perfil próinflamatório, no entanto, este perfil parece não aumentar susceptibilidade dos indivíduos SSp à destruição periodontal. Além disso, os presentes dados demonstraram que o tratamento periodontal não-cirúrgico tem um impacto positivo sobre o fluxo salivar e sobre o índice ESSPRI de pacientes com SSp. Sugere-se assim que o tratamento periodontal pode melhorar a qualidade de vida de indivíduos com SSp.

Impacto no sistema imunológico da utilização prolongada de morfina para tratamento da dor

Introdução. Apesar das evidências dos efeitos imunomodulatórios da morfina, não há na literatura estudos que tenham comparado a interação entre citocinas, imunidade celular (linfócitos T, B e NK) e a administração prolongada de morfina administrada pelas vias oral ou intratecal em doentes com dor crônica neuropática não relacionada ao câncer. Foram avaliados de forma transversal e comparativa 50 doentes com diagnóstico de dor lombar crônica e com presença de radiculopatia (dor neuropática) previamente operados para tratar hérnia discal lombar (Síndrome Dolorosa Pós- Laminectomia), sendo 18 doentes tratados prolongadamente com infusão de morfina pela via intratecal com uso de sistema implantável no compartimento subaracnóideo (grupo intratecal); 17 doentes tratados prolongadamente com morfina pela via oral (n=17) e 15 doentes tratados com fármacos mas sem opióides (grupo sem opioide). Foram analisadas as concentração das citocinas IL-2, IL-4, IL-8, TNFalfa, IFNy, IL-5, GM-CSF, IL-6, IL-10 e IL-1beta no plasma e no líquido cefalorraquidiano; imunofenotipagem de linfócitos T, B e células NK e avaliados os Índice de Escalonamento de Opióide (em percentagem de opióide utilizada e em mg), dose cumulativa de morfina (mg), duração do tratamento em meses, dose final de morfina utilizada (em mg), e equivalente de morfina por via oral (em mg). Resultados. Não houve diferença estatisticamente significativa entre o número de linfócitos T, B e NK nos doentes com morfina administrada pelas vias IT, VO e os não usuários de morfina. Houve correlação positiva entre as concentrações de linfócitos T CD4 e o Índice de Escalonamento de Opióide (em % e mg) nos doentes tratados com morfina por via intratecal. Houve correlação negativa entre as concentrações de células NK (CD56+) e o Índice de Escalonamento de Opióide (em % e mg) nos doentes tratados com morfina por via intratecal. Houve correlação positiva entre o número de células NK (CD56+) e a dose cumulativa de morfina (em mg) administrada pelas vias intratecal e oral. Houve correlação positiva entre as concentrações de linfócitos T CD8 e a duração do tratamento em meses nos doentes tratados com morfina pela via oral. As concentrações de IL-8 e IL-1beta foram maiores no LCR do que no plasma em todos os doentes da amostra analisada. As concentrações de IFNy no LCR foram maiores nos doentes que utilizavam morfina pela via oral e nos não usuários de morfina do que nos que a utilizavam pela via intratecal. As concentrações de plasmáticas de IL-5 foram maiores nos doentes utilizavam morfina pela via oral ou intratecal do que nos que não a utilizavam. A concentração de IL-5 no LCR correlacionou-se negativamente com a magnitude da dor de acordo com a EVA nos doentes tratados com morfina pelas via oral ou intratecal. Nos doentes tratados com morfina pelas via oral ou intratecal, a concentração de IL-2 no LCR correlacionou-se positivamente com a magnitude da dor de acordo com a EVA e negativamente com o Índice de Escalonamento de Opióide (em % e mg) e a dose cumulativa de morfina (em mg). As concentrações plasmáticas de GMCSF foram maiores nos doentes utilizavam morfina pela via oral ou intratecal do que nos não a utilizavam. A concentração de TNFalfa no LCR nos doentes tratados com morfina pela via intratecal correlacionou-se negativamente com o Índice de Escalonamento de Opióide (em % e mg), a dose cumulativa de morfina (em mg) e dose equivalente por via oral (em mg) de morfina. A concentração plasmática das citocinas IL-6 e IL-10 correlacionou-se negativamente com a duração do tratamento (em meses) nos doentes tratados com morfina administrada pela via oral. O Índice de Escalonamento de Opióide (em mg e %) correlacionou-se negativamente com as concentrações no LCR de IL-2 e TNFalfa nos doentes tratados com morfina administrada pela via intratecal. O Índice de Escalonamento de Opióide (em mg e %) correlacionou-se negativamente com as concentrações no LCR de IL-2 e IL-5 nos doentes tratados com morfina administrada pela via oral. Houve correlação negativa entre a intensidade da dor de acordo com a EVA e as concentrações de IL-5 e IL-2 no LCR nos doentes tratados com morfina administrada pelas vias oral e intratecal. Houve correlação negativa entre a intensidade da dor de acordo com a EVA e as concentrações plasmáticas de IL-4 nos doentes tratados com morfina administrada pela via intratecal. Houve correlação negativa entre a intensidade da dor de acordo com a EVA e as concentrações plasmáticas de IL-1beta nos doentes tratados com morfina administrada pela via intratecal. Conclusões: Os resultados sugerem associações entre citocinas e imunidade celular (células T , B e NK) e o tratamento prolongado com morfina administrada pela via oral ou intratecal. Estes resultados podem contribuir para a compreensão da imunomodulação da morfina administrada por diferentes vias em doentes com dor neuropática crônica não oncológica . São necessários mais estudos sobre os efeitos da morfina sobre o sistema imunológico

Estudo da viabilidade para introduzir na rotina testes de diagnóstico para infecção respiratória aguda

Para avaliar os benefícios da comunicação rápida ao clínico do diagnóstico de vírus respiratórios, foi analisado a viabilidade econômica de 2 testes, com o tempo de entrega de resultado em 2 horas para teste rápido e 48 horas para Biologia Molecular. As amostras coletadas foram processadas utilizando técnicas convencionais e os testes disponíveis no mercado local. Foram escolhidos dois testes rápidos pelo método de imunocromatografia para quatro parâmetros analíticos: Influenza A, Influenza H1N1, Influenza B e Vírus Sincicial Respiratório (RSV) e em Biologia Molecular um teste de RT-PCR multiplex com 25 patógenos entre vírus e bactérias. O tipo de amostra utilizada foi swab e lavado de nasofaringe. A população escolhida para o estudo foi paciente adulto, em tratamento de câncer, que necessita de uma resposta rápida já que a maioria se encontra com comprometimento do sistema imune por doença ou por tratamento. O estudo foi transversal, realizado entre os anos de 2012 e 2013, para avaliar a viabilidade econômica da introdução de testes de diagnóstico da infecção respiratória aguda de etiologia viral a partir de amostras de nasofaringe em pacientes com câncer atendidos no Centro de Atendimento de Oncologia Intercorrência (CAIO ), do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP), hospital público que atende exclusivamente Sistema Único de Saúde (SUS) e Hospital A.C. Camargo, que atende tanto a pacientes do SUS como da rede privada. O estudo incluiu 152 pacientes em tratamento para qualquer tipo de câncer, predominantemente do sexo feminino (81 mulheres e 70 homens) com idades entre 18-86 anos. Para participar do estudo o paciente era consultado e o critério para escolha do paciente foi ser portador de câncer, com história de febre (ainda que referida) acompanhada de tosse ou dor de garganta, tosse e sintomas respiratórios agudos, atendidos por protocolo padronizado que inclui avaliação na admissão, seguimento e manejo antimicrobiano. Para a avaliação econômica os pacientes foram classificados de acordo com o estado geral de saúde, se apresentavam bom estado de estado de saúde poderiam receber alta e faziam uso da medicação em casa evitando 5 dias de internação se recebessem algum resultado para Influenza ou RSV, no entanto os pacientes que apresentavam outro vírus, resultado negativo ou o estado geral era ruim permaneciam internados por 7 dias em observação e cuidados com medicação adequada. Foram realizadas análises econômicas em dois âmbitos: o sistema de saúde publico e o privado considerando o fator diminuição de dias de internação. A analise de Custo-benefício foi eficiente no Sistema privado mas inadequada para o SUS assim como, qualquer outra medida monetária já que os valores de reembolso do SUS estão defasados do custo de qualquer internação. A análise de Custo-efetividade que olha para outros fatores além do monetário foi efetiva nos dois sistemas que enfrentam falta de leitos além da condição de saúde do paciente de evitar a ingestão desnecessária de antibióticos, evitar os gastos do acompanhante, perda de dias de trabalho e estudo. Não houve correspondência de resultados dos testes rápidos com o multiplex de Biologia Molecular

Detecção de Enterococcus resistentes a vancomicina em criações comerciais de ovinos e caprinos das regiões centro-leste e nordeste do Estado de São Paulo

As exigências das condições higiênico-sanitárias na produção de animais de interesse zootécnico vêm aumentando progressivamente dada à necessidade de aliar-se produtividade a produtos de alta qualidade para atender a mercados consumidores cada vez mais exigentes. Nesse sentido, a utilização de antimicrobianos, tanto na profilaxia como na terapêutica, permanece como estratégia de controle para vários microrganismos patogênicos, de importância não apenas para a produção animal como também para a saúde humana, ainda que restrições ao uso indiscriminado desses produtos têm se intensificado. Não obstante, o uso excessivo desses produtos está associado à seleção de microrganismos resistentes nas áreas de produção. Por outro lado, investigações sobre circulação de cepas resistentes em rebanhos animais, até então restritas a populações humanas, ainda permanecem limitadas no Brasil. Bactérias do gênero Enterococcus, integrantes usuais da microbiota gastrointestinal animal e humana, são indicadoras ambientais de contaminação fecal e tem-se tornado objeto de preocupação em saúde pública e veterinária dada a ocorrência de cepas resistentes à vancomicina (VRE). O presente trabalho teve como objetivo isolar, quantificar e caracterizar VRE presentes em amostras fecais de ovinos oriundos de pequenas propriedades das regiões centro-leste e nordeste do estado de São Paulo. Para tanto, 132 amostras fecais foram coletadas diretamente do reto dos animais ou do piso das instalações. As amostras foram semeadas em ágar m-Enterococcus e subcultivadas em Ágar Bile Esculina acrescido de 6 µg/mL de vancomicina (ABEV), para confirmação de Enterococcus spp e detecção de cepas resistentes. Procedeu-se igualmente a observação da morfologia, características tintoriais, bioquímicas e moleculares. O número máximo de Enterococcus spp. encontrado foi de 2,6 × 105 e 1,70 × 105 UFC/g de fezes do ambiente e dos animais, respectivamente. Na caracterização bioquímica espécies mais prevalentes foram: Enterococcus faecalis e Vagococcus fluvialis. No ABEV, houve crescimento de colônias VRE em 33 das 84 amostras de ovinos-caprinos e em 21 das 48 amostras ambientais, representando, respectivamente 46,7% e 29,3% das amostras analisadas. A análise por multiplex PCR das 54 cepas VRE obtidas indicaram que 23 (43%), 22 (41%), 2 (3,5%) e 2 (3,5%) foram positivas, respectivamente, para os genes vanC2/C3, vanC1, vanA e vanB, sendo que para 5,3% dos isolados nenhum produto foi amplificado, sugerindo a possível ocorrência de genes dos demais grupos van conhecidos entre os isolados. Os resultados obtidos indicam, de forma inédita no país, a circulação de VRE em propriedades produtoras de ovinos e caprinos, sem ocorrência de manifestações clínicas aparentes nos animais, porém com possíveis riscos à saúde dos produtores e profissionais envolvidos, bem como a eventuais consumidores.