Metodologia baseada em técnicas de mineração de dados para suporte à certificação de raças de ovinos

RESUMO O objetivo deste trabalho foi desenvolver uma metodologia baseada em técnicas de mineração de dados para selecionar os principais marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) para as raças de ovinos: Crioula, Morada Nova e Santa Inês. Os dados utilizados foram obtidos do Consórcio Internacional de Ovinos e são compostos por 72 animais das raças citadas, e cada animal possui 49.034 marcadores SNP. Considerando que o número de atributos (marcadores) é muito maior que o de observações (animais), foram aplicadas as técnicas de predição LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selection Operator), Random Forest e Boosting para a geração de modelos preditivos que incorporam métodos de seleção de atributos. Os resultados revelaram que os modelos preditivos selecionaram os principais marcadores SNP para identificação das raças estudadas. O modelo LASSO selecionou um total de 29 marcadores relevantes. A partir dos modelos Random Forest e Boosting, foram obtidos 27 e 20 marcadores importantes, respectivamente. Por meio da intersecção dos modelos gerados, identificou-se um subconjunto de 18 marcadores com maior potencial de identificação das raças.

Thinking Outside the Box: Enhancing Science Teaching by Combining (Instead of Contrasting) Laboratory and Simulation Activities

The focus of the present work was on 10- to 12-year-old elementary school students’ conceptual learning outcomes in science in two specific inquiry-learning environments, laboratory and simulation. The main aim was to examine if it would be more beneficial to combine than contrast simulation and laboratory activities in science teaching. It was argued that the status quo where laboratories and simulations are seen as alternative or competing methods in science teaching is hardly an optimal solution to promote students’ learning and understanding in various science domains. It was hypothesized that it would make more sense and be more productive to combine laboratories and simulations. Several explanations and examples were provided to back up the hypothesis. In order to test whether learning with the combination of laboratory and simulation activities can result in better conceptual understanding in science than learning with laboratory or simulation activities alone, two experiments were conducted in the domain of electricity. In these experiments students constructed and studied electrical circuits in three different learning environments: laboratory (real circuits), simulation (virtual circuits), and simulation-laboratory combination (real and virtual circuits were used simultaneously). In order to measure and compare how these environments affected students’ conceptual understanding of circuits, a subject knowledge assessment questionnaire was administered before and after the experimentation. The results of the experiments were presented in four empirical studies. Three of the studies focused on learning outcomes between the conditions and one on learning processes. Study I analyzed learning outcomes from experiment I. The aim of the study was to investigate if it would be more beneficial to combine simulation and laboratory activities than to use them separately in teaching the concepts of simple electricity. Matched-trios were created based on the pre-test results of 66 elementary school students and divided randomly into a laboratory (real circuits), simulation (virtual circuits) and simulation-laboratory combination (real and virtual circuits simultaneously) conditions. In each condition students had 90 minutes to construct and study various circuits. The results showed that studying electrical circuits in the simulation–laboratory combination environment improved students’ conceptual understanding more than studying circuits in simulation and laboratory environments alone. Although there were no statistical differences between simulation and laboratory environments, the learning effect was more pronounced in the simulation condition where the students made clear progress during the intervention, whereas in the laboratory condition students’ conceptual understanding remained at an elementary level after the intervention. Study II analyzed learning outcomes from experiment II. The aim of the study was to investigate if and how learning outcomes in simulation and simulation-laboratory combination environments are mediated by implicit (only procedural guidance) and explicit (more structure and guidance for the discovery process) instruction in the context of simple DC circuits. Matched-quartets were created based on the pre-test results of 50 elementary school students and divided randomly into a simulation implicit (SI), simulation explicit (SE), combination implicit (CI) and combination explicit (CE) conditions. The results showed that when the students were working with the simulation alone, they were able to gain significantly greater amount of subject knowledge when they received metacognitive support (explicit instruction; SE) for the discovery process than when they received only procedural guidance (implicit instruction: SI). However, this additional scaffolding was not enough to reach the level of the students in the combination environment (CI and CE). A surprising finding in Study II was that instructional support had a different effect in the combination environment than in the simulation environment. In the combination environment explicit instruction (CE) did not seem to elicit much additional gain for students’ understanding of electric circuits compared to implicit instruction (CI). Instead, explicit instruction slowed down the inquiry process substantially in the combination environment. Study III analyzed from video data learning processes of those 50 students that participated in experiment II (cf. Study II above). The focus was on three specific learning processes: cognitive conflicts, self-explanations, and analogical encodings. The aim of the study was to find out possible explanations for the success of the combination condition in Experiments I and II. The video data provided clear evidence about the benefits of studying with the real and virtual circuits simultaneously (the combination conditions). Mostly the representations complemented each other, that is, one representation helped students to interpret and understand the outcomes they received from the other representation. However, there were also instances in which analogical encoding took place, that is, situations in which the slightly discrepant results between the representations ‘forced’ students to focus on those features that could be generalised across the two representations. No statistical differences were found in the amount of experienced cognitive conflicts and self-explanations between simulation and combination conditions, though in self-explanations there was a nascent trend in favour of the combination. There was also a clear tendency suggesting that explicit guidance increased the amount of self-explanations. Overall, the amount of cognitive conflicts and self-explanations was very low. The aim of the Study IV was twofold: the main aim was to provide an aggregated overview of the learning outcomes of experiments I and II; the secondary aim was to explore the relationship between the learning environments and students’ prior domain knowledge (low and high) in the experiments. Aggregated results of experiments I & II showed that on average, 91% of the students in the combination environment scored above the average of the laboratory environment, and 76% of them scored also above the average of the simulation environment. Seventy percent of the students in the simulation environment scored above the average of the laboratory environment. The results further showed that overall students seemed to benefit from combining simulations and laboratories regardless of their level of prior knowledge, that is, students with either low or high prior knowledge who studied circuits in the combination environment outperformed their counterparts who studied in the laboratory or simulation environment alone. The effect seemed to be slightly bigger among the students with low prior knowledge. However, more detailed inspection of the results showed that there were considerable differences between the experiments regarding how students with low and high prior knowledge benefitted from the combination: in Experiment I, especially students with low prior knowledge benefitted from the combination as compared to those students that used only the simulation, whereas in Experiment II, only students with high prior knowledge seemed to benefit from the combination relative to the simulation group. Regarding the differences between simulation and laboratory groups, the benefits of using a simulation seemed to be slightly higher among students with high prior knowledge. The results of the four empirical studies support the hypothesis concerning the benefits of using simulation along with laboratory activities to promote students’ conceptual understanding of electricity. It can be concluded that when teaching students about electricity, the students can gain better understanding when they have an opportunity to use the simulation and the real circuits in parallel than if they have only the real circuits or only a computer simulation available, even when the use of the simulation is supported with the explicit instruction. The outcomes of the empirical studies can be considered as the first unambiguous evidence on the (additional) benefits of combining laboratory and simulation activities in science education as compared to learning with laboratories and simulations alone.

Metodologia para estudo do volume e densidade absoluta da placenta humana de termo

OBJETIVO: comparar duas metodologias para o cálculo do volume placentário em gestações normais de termo: a do princípio de Arquimedes e a do volume do cilindro, para estimar a densidade absoluta da placenta. Definir a metodologia mais adequada para o cálculo do volume e densidade placentários, que se relacione com o peso e classificação do recém-nascido. MÉTODOS: foram estudadas 50 placentas provenientes de gestações de termo sem complicações e calculados o volume e a densidade absoluta placentários: a) pelo princípio de Arquimedes e b) na suposição de que a placenta seria uma secção de cilindro com duas alturas diferentes do bolo placentário: com a altura média e com a altura da média aritmética do centro e extremidades. As densidades absolutas placentárias foram calculadas pelo quociente entre o peso ao ar da placenta e os diferentes volumes. RESULTADOS: a maioria das gestantes eram multíparas, idade média de 25,4 anos, volume placentário médio entre 547,8 e 610 cm³ e densidade média entre 0,94 e 1,14 g/cm³, dependendo da metodologia empregada. CONCLUSÕES: a metodologia mais adequada para estimar o volume placentário no termo foi a do princípio de Arquimedes, pela melhor correlação com o peso dos recém-nascidos, o índice placentário e a classificação do peso dos recém-nascidos em relação à idade gestacional.

Investigação de áreas de risco como metodologia complementar ao controle da leishmaniose visceral canina

Foram investigadas áreas de risco de leishmaniose visceral canina no município de Camaçari, Bahia. Um total de 278 cães distribuídos em 141 residências, pertencentes a 20 áreas de risco investigadas, foi examinado sorologicamente (ELISA). A soroprevalência geral foi 21,7% (56/258) depois da exclusão dos 20 cães usados no início do estudo para delimitar a área. Os resultados respectivos das análises univariada e multivariada dos fatores relacionados à infecção do cão por Leishmania chagasi, a captura e distribuição do vetor na área e a metodologia usada para localizar os focos caninos são discutidos.

Metodologia aplicada na avaliação de fetos suínos abortados e natimortos

Este artigo revisa dados relativos à realização de necropsia em fetos suínos abortados e natimortos. Aspectos descritos incluem coleta de material, procedimentos de necropsia, achados macroscópicos e histopatológicos alguns dos quais de pouco ou nenhum significado patológico são frequentemente observados numa rotina de diagnóstico e geralmente interpretados erroneamente como lesões reais ou de importância.

Lavado traqueobrônquico por via nasotraqueal como metodologia de colheita de células do trato respiratório de ovinos sadios e portadores de afecções pulmonares

Os estudos das secreções traqueobrônquicas são amplamente utilizados nas pesquisas de doenças pulmonares nas diversas espécies animais, inclusive no homem. Os objetivos desta pesquisa foram a viabilização da técnica de colheita de lavado traqueobrônquico na espécie ovina e o estudo da relação clínico-citológica do lavado de ovinos portadores de broncopneumonia e sadios. Foram utilizados 33 ovinos, 18 sadios e 15 portadores de enfermidade respiratória com sinais clínicos de envolvimento das vias aéreas, divididos nos respectivos grupos, GS e GD. Após o exame físico foi realizado o lavado traqueobrônquico por via nasotraqueal. A colheita do lavado foi feita com a inoculação e aspiração de solução fisiológica estéril. As amostras foram processadas citologicamente através de citocentrifugação e coradas pelos métodos Wright-Giemsa e Shorr. Tanto a contagem total de células epiteliais quanto o número de hemácias por mililitro foi maior no grupo de animais com broncopneumonia. Nos animais sadios notou-se predomínio de macrófagos, seguido por células epiteliais cilíndricas, neutrófilos e linfócitos. No grupo de animais doentes havia menor número de macrófagos, e predomínio da população de neutrófilos. Por ser de fácil realização, pouco dispendiosa e pela obtenção representativa de material, a técnica estudada mostrou-se eficaz na obtenção de fluidos traqueobrônquicos e, portanto um bom método de colheita de células para uso nas pesquisas de vias aéreas.

Qualidade de tubérculos de batatas-semente tratados com paraquat e o desenvolvimento de uma metodologia simplificada de detecção de resíduo do herbicida

O objetivo desse trabalho foi avaliar a qualidade de tubérculos de batatas-semente (Solanum tuberosum) tratados com paraquat e desenvolver uma metodologia simplificada de detecção de resíduos de herbicida. Dois ensaios foram realizados no Laboratório da Ciência das Plantas Daninhas do Centro Nacional de Pesquisa de hortaliças, Brasília, DF. No experimento, tubérculos das cultivares Achat e Baronesa foram submersos em soluções de 0 e 200 ppm de paraquat ou injetados com 0,5 ml de soluções de 0 e 200 ppm do herbicida. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado com 8 repetições e 12 tubérculos por parcela. Os tubérculos foram colocados em câmara fria, após a aplicação com paraquat, para quebra da dormência. Após a brotação dos tubérculos avaliou-se a qualidade interna dos mesmos, amostrando, posteriormente, 2 tubérculos de cada parcela para o plantio em vasos, sob condições de telado, para verificar possíveis danos no crescimento das plantas oriundas dos tubérculos tratados. Os tratamentos de imersão não provocaram, aparentemente, nenhum dano interno nos tubérculos, ou nem mesmo afetaram a nova geração, entretanto, os tubérculos injetados com paraquat foram severamente deteriorados e carbonizados, originando plantas bastante debilitadas. Esses resultados indicam que quando o paraquat for aplicado sob condições que favoreçam sua penetração ou translocação para o interior do tubérculo, atingindo os vasos e a polpa, pode danificá-lo severamente, prejudicar sua aparência, qualidade de produção e reduzir o desenvolvimento da nova geração de plantas oriundas dos tubérculos contaminados . No segundo experimento, desenvolveu-se uma metodologia simplificada para detectar resíduos de paraquat nos tubérculos através de colorimetria, visto que o paraquat é reduzido a um radical de cor azul na presença de ditionito de sódio (Na2S2O4) a 1% em meio básico, a qual se intensifica à medida que a concentração do produto aumenta. A metodologia simplificada desenvolvida permitiu detectar resíduos de paraquat ao nível de 0,06 ppm, indicando uma excelente aproximação, pois, o limite de tolerância do paraquat em tubérculos de batata é de 0,2 ppm, normalmente, determinado pelo método analítico completo, que apresenta limites de detecção em torno de 0,01 ppm e recuperação acima de 70%. Uma avaliação qualitativa da concentração residual de produto nas amostras foi possível através de leitura e comparações visuais entre os diferentes graus de cores desenvolvidas nas soluções visuais entre os diferentes graus de cores desenvolvidas nas soluções padrão e a cor desenvolvida na amostra, não necessitando, portanto, das leituras colorimétricas, podendo ser feita inclusive no campo. Observou-se que a maioria do paraquat permaneceu na região de casca até o período de 4 semanas após a aplicação do paraquat.

Metodologia para avaliação de impacto ambiental de macrófitas em mesocosmos

Este trabalho teve como objetivo analisar a metodologia para avaliação do impacto ambiental causado pelo uso de herbicidas no controle de macrófitas. O desenho e a construção dos mesocosmos são descritos em detalhes, como também a forma como foram inseridos lâminas para coleta e medida da comunidade perifítica e sedimento para avaliação da comunidade bentônica. O método utilizado foi o de fluxo contínuo, e vários parâmetros de qualidade de água foram medidos, além da determinação de resíduos na coluna d'água e no sedimento. A intenção de se utilizar um método de fluxo contínuo foi buscar uma situação mais próxima da realidade, a fim de que os resultados obtidos possam espelhar com maior exatidão os possíveis riscos provenientes do uso de substâncias químicas no controle das macrófitas. Alguns ajustes devem ser feitos nessa metodologia para melhor caracterização dos efluentes e calibração do sistema.

Molecular characterization of DDX26, a human DEAD-box RNA helicase, located on chromosome 7p12

DEAD-box proteins comprise a family of ATP-dependent RNA helicases involved in several aspects of RNA metabolism. Here we report the characterization of the human DEAD-box RNA helicase DDX26. The gene is composed of 14 exons distributed over an extension of 8,123 bp of genomic sequence and encodes a transcript of 1.8 kb that is expressed in all tissues evaluated. The predicted amino acid sequence shows a high similarity to a yeast DEAD-box RNA helicase (Dbp9b) involved in ribosome biogenesis. The new helicase maps to 7p12, a region of frequent chromosome amplifications in glioblastomas involving the epidermal growth factor receptor (EGFR) gene. Nevertheless, co-amplification of DDX26 with EGFR was not detected in nine tumors analyzed.

High mobility group box 1 as a mediator of endotoxin administration after hemorrhagic shock-primed lung injury

High mobility group box 1 (HMGB1) was discovered as a novel late-acting cytokine that contributes to acute lung injury (ALI). However, the contribution of HMGB1 to two-hit-induced ALI has not been investigated. To examine the participation of HMGB1 in the pathogenesis of ALI caused by the two-hit hypothesis, endotoxin was injected intratracheally in a hemorrhagic shock-primed ALI mouse model. Concentrations of HMGB1 in the lung of the shock group were markedly increased at 16 h (1.63 ± 0.05, compared to the control group: 1.02 ± 0.03; P < 0.05), with the highest concentration being observed at 24 h. In the sham/lipopolysaccharide group, lung HMGB1 concentrations were found to be markedly increased at 24 h (1.98 ± 0.08, compared to the control group: 1.07 ± 0.03; P < 0.05). Administration of lipopolysaccharide to the hemorrhagic shock group resulted in a notable HMGB1 increase by 4 h, with a further increase by 16 h. Intratracheal lipopolysaccharide injection after hemorrhagic shock resulted in the highest lung leak at 16 h (2.68 ± 0.08, compared to the control group: 1.05 ± 0.04; P < 0.05). Compared to the hemorrhagic shock/lipopolysaccharide mice, blockade of HMGB1 at the same time as lipopolysaccharide injection prevented significantly pulmonary tumor necrosis factor-alpha, interleukin-1beta and myeloperoxidase. Lung leak was also markedly reduced at 16 h; blockade of HMGB1 24 h after lipopolysaccharide injection failed to alter lung leak or myeloperoxidase at 48 h. Our observations suggest that HMGB1 plays a key role as a late mediator when lipopolysaccharide is injected after hemorrhagic shock-primed ALI and the kinetics of its release differs from that of one-hit ALI. The therapeutic window to suppress HMGB1 activity should not be delayed to 24 h after the disease onset.