SIGNALING MECHANISMS THAT CONTROL GAP JUNCTIONAL COUPLING BETWEEN RETINAL NEURONS

Gap junctions between neurons form the structural substrate for electrical synapses. Connexin 36 (Cx36, and its non-mammalian ortholog connexin 35) is the major neuronal gap junction protein in the central nervous system (CNS), and contributes to several important neuronal functions including neuronal synchronization, signal averaging, network oscillations, and motor learning. Connexin 36 is strongly expressed in the retina, where it is an obligatory component of the high-sensitivity rod photoreceptor pathway. A fundamental requirement of the retina is to adapt to broadly varying inputs in order to maintain a dynamic range of signaling output. Modulation of the strength of electrical coupling between networks of retinal neurons, including the Cx36-coupled AII amacrine cell in the primary rod circuit, is a hallmark of retinal luminance adaptation. However, very little is known about the mechanisms regulating dynamic modulation of Cx36-mediated coupling. The primary goal of this work was to understand how cellular signaling mechanisms regulate coupling through Cx36 gap junctions. We began by developing and characterizing phospho-specific antibodies against key regulatory phosphorylation sites on Cx36. Using these tools we showed that phosphorylation of Cx35 in fish models varies with light adaptation state, and is modulated by acute changes in background illumination. We next turned our focus to the well-studied and readily identifiable AII amacrine cell in mammalian retina. Using this model we showed that increased phosphorylation of Cx36 is directly related to increased coupling through these gap junctions, and that the dopamine-stimulated uncoupling of the AII network is mediated by dephosphorylation of Cx36 via protein kinase A-stimulated protein phosphatase 2A activity. We then showed that increased phosphorylation of Cx36 on the AII amacrine network is driven by depolarization of presynaptic ON-type bipolar cells as well as background light increments. This increase in phosphorylation is mediated by activation of extrasynaptic NMDA receptors associated with Cx36 gap junctions on AII amacrine cells and by Ca2+-calmodulin-dependent protein kinase II activation. Finally, these studies indicated that coupling is regulated locally at individual gap junction plaques. This work provides a framework for future study of regulation of Cx36-mediated coupling, in which increased phosphorylation of Cx36 indicates increased neuronal coupling.

Enterococcus faecalis rnjB is required for pilin gene expression and biofilm formation.

Pili in Gram-positive bacteria play a major role in the colonization of host tissue and in the development of biofilms. They are promising candidates for vaccines or drug targets since they are highly immunogenic and share common structural and functional features among various Gram-positive pathogens. Numerous publications have helped build a detailed understanding of pilus surface assembly, yet regulation of pilin gene expression has not been well defined. Utilizing a monoclonal antibody developed against the Enterococcus faecalis major pilus protein EbpC, we identified mutants from a transposon (Tn) insertion library which lack surface-exposed Ebp pili. In addition to insertions in the ebp regulon, an insertion in ef1184 (dapA) significantly reduced levels of EbpC. Analysis of in-frame dapA deletion mutants and mutants with the downstream gene rnjB deleted further demonstrated that rnjB was responsible for the deficiency of EbpC. Sequence analysis revealed that rnjB encodes a putative RNase J2. Subsequent quantitative real-time PCR (qRT-PCR) and Northern blotting demonstrated that the ebpABC mRNA transcript level was significantly decreased in the rnjB deletion mutant. In addition, using a reporter gene assay, we confirmed that rnjB affects the expression of the ebpABC operon. Functionally, the rnjB deletion mutant was attenuated in its ability to produce biofilm, similar to that of an ebpABC deletion mutant which lacks Ebp pili. Together, these results demonstrate the involvement of rnjB in E. faecalis pilin gene expression and provide insight into a novel mechanism of regulation of pilus production in Gram-positive pathogens.

Rezension zu: Irini Katsirea, Public Broadcasting and European Law

Public broadcasting has always been a regulatory field somewhat zealously guarded within the nation states' sphere and kept willingly untouched by regional or international rules. Values inherent to the role of public broadcasting, such as cultural and national identity, social cohesion, pluralism and a sustained public sphere, were thought too critical and too historically connected with the particular society to allow any "outside" influence. Different regulatory models have emerged to reflect these specificities within the national boundaries of European countries. Yet, as media evolved technologically and economically, the constraints of state borders were rendered obsolete and the inner tension between culture and commerce of the television medium became more pronounced. This tension was only intensified with the formulation of a European Community (EC) layer of regulation, which had as its primary objective the creation of a single market for audiovisual services (or as the EC Directive beautifully put it, a "Television without Frontiers"), while also including some provisions catering for cultural concerns, such as the infamous quota system for European and independent productions. Against this backdrop, public broadcasting makes a particularly intriguing subject for a study of regulatory dilemmas of national versus supranational, integration versus intergovernmentalism, culture versus commerce, intervention versus liberalisation, and all this in the dynamic setting of contemporary media. The present paper reviews Irini Katsirea's book PUBLIC BROADCASTING AND EUROPEAN LAW and seeks to identify whether all elements of the complex governance puzzle of European public service broadcasting rules are analytically well fitted together.

NMD3 regulates both mRNA and rRNA nuclear export in African trypanosomes via an XPOI-linked pathway

Trypanosomes mostly regulate gene expression through post-transcriptional mechanisms, particularly mRNA stability. However, much mRNA degradation is cytoplasmic such that mRNA nuclear export must represent an important level of regulation. Ribosomal RNAs must also be exported from the nucleus and the trypanosome orthologue of NMD3 has been confirmed to be involved in rRNA processing and export, matching its function in other organisms. Surprisingly, we found that TbNMD3 depletion also generates mRNA accumulation of procyclin-associated genes (PAGs), these being co-transcribed by RNA polymerase I with the procyclin surface antigen genes expressed on trypanosome insect forms. By whole transcriptome RNA-seq analysis of TbNMD3-depleted cells we confirm the regulation of the PAG transcripts by TbNMD3 and using reporter constructs reveal that PAG1 regulation is mediated by its 5'UTR. Dissection of the mechanism of regulation demonstrates that it is not dependent upon translational inhibition mediated by TbNMD3 depletion nor enhanced transcription. However, depletion of the nuclear export factors XPO1 or MEX67 recapitulates the effects of TbNMD3 depletion on PAG mRNAs and mRNAs accumulated in the nucleus of TbNMD3-depleted cells. These results invoke a novel RNA regulatory mechanism involving the NMD3-dependent nuclear export of mRNA cargos, suggesting a shared platform for mRNA and rRNA export.

H19 lncRNA alters DNA methylation genome wide by regulating S-adenosylhomocysteine hydrolase

DNA methylation is essential for mammalian development and physiology. Here we report that the developmentally regulated H19 lncRNA binds to and inhibits S-adenosylhomocysteine hydrolase (SAHH), the only mammalian enzyme capable of hydrolysing S-adenosylhomocysteine (SAH). SAH is a potent feedback inhibitor of S-adenosylmethionine (SAM)-dependent methyltransferases that methylate diverse cellular components, including DNA, RNA, proteins, lipids and neurotransmitters. We show that H19 knockdown activates SAHH, leading to increased DNMT3B-mediated methylation of an lncRNA-encoding gene Nctc1 within the Igf2-H19-Nctc1 locus. Genome-wide methylation profiling reveals methylation changes at numerous gene loci consistent with SAHH modulation by H19. Our results uncover an unanticipated regulatory circuit involving broad epigenetic alterations by a single abundantly expressed lncRNA that may underlie gene methylation dynamics of development and diseases and suggest that this mode of regulation may extend to other cellular components.

Integrin mediated growth and apoptosis in human gastric adenocarcinoma

Integrins are important as the primary cell adhesion molecule providing information about the extracellular microenvironment to the interior of the cell to influence cellular behavior such as differentiation, proliferation and apoptosis. Apoptotic death due to loss of adhesion is termed anoikis. In this study we have obtained a parental human gastric adenocarcinoma cell line that yielded two variant lines that had differing responses to lack of adhesion. The STAD.APO cell line undergoes apoptosis when denied adherence and the STAD.ARR cell line enters into cell cycle arrest under the identical suspended conditions. We have shown that cyclin A and cyclin D mRNA and protein are down regulated when cells are denied adherence for 24 hours in tissue culture wells previously coated with poly-HEMA. To test whether cyclin A was able to rescue cells from cell cycle arrest and/or anoikis by overriding the cell cycle machinery we transfected the full length cDNA in to each cell type. Surprisingly we found that anoikis and cell cycle arrest due to suspended conditions was not affected by overexpression of cyclin A protein, but that growth under adhered conditions was reduced compared to vector alone control transfectants. Further, we transfected other cell lines; ST7, gastric cancer, MDA-MB-4.35, breast cancer, and HPB T-cell leukemic and in no case were suspended culturing conditions overcome by cyclin A. This result indicates an additional level of regulation for the cell cycle machinery. Additionally, soluble collagen was shown to be able to save from anoikis and also from cell cycle arrest while the β1 specific mAb 33B6 was only able to save from anoikis. Immunofluorescent studies show that soluble collagen creates clusters of β1 with FAK and also β1 with actin in the STAD.ARR cells but does not in the STAD.APO cells. This result indicates that the phenotypes under suspended conditions between these cell lines may diverge at their requirements for integrin ligation. Additionally we characterized the nature of anoikis by showing cytochrome c release, caspase 3, p21 and p53 activation in STAD.APO cells. Thus, our results have implications in the understanding of integrin biology and neoplastic progression. ^

Beyond Racial Precedents: Loving v. Virginia as an Appropriate Legal Model and Strategy for Same-Sex Marriage Litigation

This thesis explores how LGBT marriage activists and lawyers have employed a racial interpretation of due process and equal protection in recent same-sex marriage litigation. Special attention is paid to the Supreme Court's opinion in Loving v. Virginia, the landmark case that declared anti-miscegenation laws unconstitutional. By exploring the use of racial precedent in same-sex marriage litigation and its treatment in state court cases, this thesis critiques the racial interpretation of due process and equal protection that became the basis for LGBT marriage briefs and litigation, and attempts to answer the question of whether a racial interpretation of due process and equal protection is an appropriate model for same-sex marriage litigation both constitutionally and strategically. The existing scholarly literature fails to explore how this issue has been treated in case briefs, which are very important elements in any legal proceeding. I will argue that through an analysis of recent state court briefs in Massachusetts and Connecticut, Loving acts as logical precedent for the legalization of same-sex marriage. I also find, more significantly, that although this racial interpretation of due process and equal protection represented by Loving can be seen as an appropriate model for same-sex marriage litigation constitutionally, questions remain about its strategic effectiveness, as LGBT lawyers have moved away from race in some arguments in these briefs. Indeed, a racial interpretation of Due Process and Equal Protection doctrine imposes certain limits on same-sex marriage litigation, of which we are warned by some Critical Race theorists, Latino Critical Legal theorists, and other scholars. In order to fully incorporate a discussion of race into the argument for legalizing same-sex marriage, the dangers posed by the black/white binary of race relations must first be overcome.

INTEGRATIVE BIOMARKER IDENTIFICATION AND CLASSIFICATION USING HIGH THROUGHPUT ASSAYS

It is well accepted that tumorigenesis is a multi-step procedure involving aberrant functioning of genes regulating cell proliferation, differentiation, apoptosis, genome stability, angiogenesis and motility. To obtain a full understanding of tumorigenesis, it is necessary to collect information on all aspects of cell activity. Recent advances in high throughput technologies allow biologists to generate massive amounts of data, more than might have been imagined decades ago. These advances have made it possible to launch comprehensive projects such as (TCGA) and (ICGC) which systematically characterize the molecular fingerprints of cancer cells using gene expression, methylation, copy number, microRNA and SNP microarrays as well as next generation sequencing assays interrogating somatic mutation, insertion, deletion, translocation and structural rearrangements. Given the massive amount of data, a major challenge is to integrate information from multiple sources and formulate testable hypotheses. This thesis focuses on developing methodologies for integrative analyses of genomic assays profiled on the same set of samples. We have developed several novel methods for integrative biomarker identification and cancer classification. We introduce a regression-based approach to identify biomarkers predictive to therapy response or survival by integrating multiple assays including gene expression, methylation and copy number data through penalized regression. To identify key cancer-specific genes accounting for multiple mechanisms of regulation, we have developed the integIRTy software that provides robust and reliable inferences about gene alteration by automatically adjusting for sample heterogeneity as well as technical artifacts using Item Response Theory. To cope with the increasing need for accurate cancer diagnosis and individualized therapy, we have developed a robust and powerful algorithm called SIBER to systematically identify bimodally expressed genes using next generation RNAseq data. We have shown that prediction models built from these bimodal genes have the same accuracy as models built from all genes. Further, prediction models with dichotomized gene expression measurements based on their bimodal shapes still perform well. The effectiveness of outcome prediction using discretized signals paves the road for more accurate and interpretable cancer classification by integrating signals from multiple sources.

Avances metodológicos del proceso de adopción de los Planes de Ordenamiento de segunda generación frente a los vacios jurídicos de la Legislación Colombiana en materia de Ordenamiento Territorial a la luz del P.O.T. Armenia 2007/2019 “Una Ciudad para la Vida"

Las nuevas realidades territoriales, bajo el innovador panorama constitucional colombiano, requieren de procesos de planificación coherentes, ajustados a las necesidades reales de desarrollo de nuestras sociedades en constante crecimiento. Se requieren acciones inmediatas y contundentes de fortalecimiento, asistencia técnica, desarrollo institucional e implementación de instrumentos de Gestión y financiación del suelo, para responder a la insuficiente capacidad de los entes territoriales para asumir con responsabilidad la formulación e implementación de los instrumentos de planificación y ordenamiento territorial planteados por la ley y la normatividad urbanística vigente. Dicha normatividad, dada su falta de reglamentación y regulación, hace compleja su aplicación en pequeñas y medianas ciudades, debido a la deficiente capacidad operativa y ejecutoria que tienen sus administraciones. El 24 de enero de 1999 el Concejo Municipal de Armenia aprobaba el primer plan de ordenamiento territorial para un municipio Colombiano bajo el marco de la Ley de Desarrollo Territorial 388 de 1997. Veinticuatro horas después se produce un sismo de 6.4 grados (Richter) con epicentro a 24 kilómetros de distancia, generando devastadoras consecuencias en toda la región del eje cafetero, tanto en lo físico como en lo social: “Cuando teníamos las respuestas… cambiaron las preguntas". Las nuevas determinantes territoriales generadas como efecto de la tragedia pondrían el proceso de implementación del plan en un escenario complejo y contradictorio. A pesar de que el concepto de gestión del riesgo había sido abordado por el P.O.T., las realidades del desastre superaban la expectativa planificadora, desbordando cualquier escala de ejecutabilidad de la norma recientemente aprobada. El equipo de formulación del nuevo plan, bajo la coordinación del D.A.P.M. y con apoyo de la academia identificó de manera inmediata la complejidad del proceso. Además, realizó aportes que permitieran a los demás municipios Colombianos evitar cometer los mismos errores, superar los obstáculos, agilizar procesos particulares de planificación territorial y dotar así a sus municipios de unos Planes de Ordenamiento mas aterrizados, realizables y sobretodo mas consecuentes con las necesidades particulares de sus municipios.

Regulación social del mercado de trabajo en contextos productivos flexibles : Una mirada desde la contribución de los trabajadores en la producción de cine publicitario argentino

En esta tesina presentamos los resultados de un proceso de investigación orientado a describir y analizar las influencias que tienen los mecanismos desarrollados por los trabajadores sobre la estructuración de algunas dimensiones claves del mercado de trabajo en el sector de producción de cine publicitario (PcP). La PCP se caracteriza por una modalidad de organización muy flexible y efímera, basada en proyectos individuales, que congrega a los trabajadores y recursos necesarios de forma temporaria. La transitoriedad de los proyectos plantea desafíos formidables con respeto a su coordinación y regulación en el tiempo. Sin embargo, los mismos funcionan sobre una organización permanente sustentada sobre una red de contactos sociales gestados entre los miembros. En este marco, surge nuestro interrogante acerca del papel que juegan las lógicas de los propios trabajadores en el incierto mercado de trabajo de la PCP. La perspectiva teórica adoptada en nuestro trabajo, parte de la consideración de que los mercados de trabajo son producto de construcciones sociales que se diferencian histórica y espacialmente y que por tanto, se hallan socialmente regulados por una diversidad de influencias. Por ello, hemos priorizado la investigación empírica del caso particular. Nuestro objetivo principal, ha supuesto la indagación de distintas dimensiones analíticas. Así, en primer lugar, presentamos las características socioproductivas y económicas más relevantes del sector para luego centrarnos en las cuestiones nodales de nuestro estudio que contemplaron un análisis detallado de los procesos de regulación de algunas dimensiones del mercado de trabajo, a saber: acceso, reclutamiento, calificación y movilidad. Así, esta tesina pretende ser un aporte al análisis de la dinámica de los mercados de trabajo en contextos productivos flexibles, así como una contribución al conocimiento de sectores escasamente abordados por los estudios del trabajo

Agrobusiness y fragmentación en el agro argentino : Desde la marginación hacia una propuesta alternativa

Desde 2008, la discusión pública sobre los derechos de exportación de los cereales y oleaginosas con mayor presencia en el proceso productivo agrario nacional ha puesto, insospechadamente, en el debate generalizado la cuestión del "campo" argentino. Este aporte, entonces, quiere ser una contribución a un mejor conocimiento de la dinámica de acumulación presente en el sector agrario nacional sin cuya apreciación global es imposible avanzar en la construcción de escenarios a futuro. El documento que presentamos tiene como objetivo esencial: a) discutir el heterogéneo perfil que asume contemporáneamente la estructura productiva y social del agro argentino, y b) proponer estrategias de política pública tendientes a colocar a los actores sociales, sin distinción alguna, en capacidad de decidir una organización para sus respectivos territorios. Finalmente, consideramos que el acceso a la propiedad de la tierra, la posibilidad de reconversión, la capitalización, la relación entre actores locales con incidencia directa e indirecta en la producción, las condiciones de relacionamiento con agentes comercializadores y el establecimiento o consolidación de organismos reguladores son elementos estratégicos para una política pública que persiga una transformación estructural de las situaciones de subordinación, las que no son ni serán modificables mediante una devaluación o un incremento de precios internacionales.

Ocupantes y propietarios durante la expansión de la frontera en la provincia de Buenos Aires, Argentina, 1780-1860

A partir de la fundación de la ciudad de Buenos Aires en el siglo XVI, la ocupación del espacio provincial se realizó a expensas de las tribus autóctonas que habitaban las regiones pampeana y patagónica. Desde fines del siglo XVIII, y durante todo el XIX, la población hispano-criolla realizó sucesivos avances para incorporar estas tierras a la estructura productiva que se vinculaba al mercado internacional. En este trabajo analizamos la cuestión de la ocupación sin títulos de la tierra como un problema persistente en esa frontera que se expandía. Para ello hemos focalizado nuestro estudio en dos momentos y lugares diferentes: Chascomús (1780-1838) y Bragado (1846-1860). Estos casos nos permiten demostrar la permanencia de los establecimientos productivos sin respaldo legal a medida que se fueron cerrando las posibilidades de acceder a la propiedad plena de la tierra, insistiendo en que la primitiva ocupación y la posterior legalización del dominio fueron dos procesos permanentes, complementarios y conflictivos hasta fines del siglo XIX

Regulación social del mercado de trabajo en contextos productivos flexibles : Una mirada desde la contribución de los trabajadores en la producción de cine publicitario argentino

En esta tesina presentamos los resultados de un proceso de investigación orientado a describir y analizar las influencias que tienen los mecanismos desarrollados por los trabajadores sobre la estructuración de algunas dimensiones claves del mercado de trabajo en el sector de producción de cine publicitario (PcP). La PCP se caracteriza por una modalidad de organización muy flexible y efímera, basada en proyectos individuales, que congrega a los trabajadores y recursos necesarios de forma temporaria. La transitoriedad de los proyectos plantea desafíos formidables con respeto a su coordinación y regulación en el tiempo. Sin embargo, los mismos funcionan sobre una organización permanente sustentada sobre una red de contactos sociales gestados entre los miembros. En este marco, surge nuestro interrogante acerca del papel que juegan las lógicas de los propios trabajadores en el incierto mercado de trabajo de la PCP. La perspectiva teórica adoptada en nuestro trabajo, parte de la consideración de que los mercados de trabajo son producto de construcciones sociales que se diferencian histórica y espacialmente y que por tanto, se hallan socialmente regulados por una diversidad de influencias. Por ello, hemos priorizado la investigación empírica del caso particular. Nuestro objetivo principal, ha supuesto la indagación de distintas dimensiones analíticas. Así, en primer lugar, presentamos las características socioproductivas y económicas más relevantes del sector para luego centrarnos en las cuestiones nodales de nuestro estudio que contemplaron un análisis detallado de los procesos de regulación de algunas dimensiones del mercado de trabajo, a saber: acceso, reclutamiento, calificación y movilidad. Así, esta tesina pretende ser un aporte al análisis de la dinámica de los mercados de trabajo en contextos productivos flexibles, así como una contribución al conocimiento de sectores escasamente abordados por los estudios del trabajo

Agrobusiness y fragmentación en el agro argentino : Desde la marginación hacia una propuesta alternativa

Desde 2008, la discusión pública sobre los derechos de exportación de los cereales y oleaginosas con mayor presencia en el proceso productivo agrario nacional ha puesto, insospechadamente, en el debate generalizado la cuestión del "campo" argentino. Este aporte, entonces, quiere ser una contribución a un mejor conocimiento de la dinámica de acumulación presente en el sector agrario nacional sin cuya apreciación global es imposible avanzar en la construcción de escenarios a futuro. El documento que presentamos tiene como objetivo esencial: a) discutir el heterogéneo perfil que asume contemporáneamente la estructura productiva y social del agro argentino, y b) proponer estrategias de política pública tendientes a colocar a los actores sociales, sin distinción alguna, en capacidad de decidir una organización para sus respectivos territorios. Finalmente, consideramos que el acceso a la propiedad de la tierra, la posibilidad de reconversión, la capitalización, la relación entre actores locales con incidencia directa e indirecta en la producción, las condiciones de relacionamiento con agentes comercializadores y el establecimiento o consolidación de organismos reguladores son elementos estratégicos para una política pública que persiga una transformación estructural de las situaciones de subordinación, las que no son ni serán modificables mediante una devaluación o un incremento de precios internacionales.

Ocupantes y propietarios durante la expansión de la frontera en la provincia de Buenos Aires, Argentina, 1780-1860

A partir de la fundación de la ciudad de Buenos Aires en el siglo XVI, la ocupación del espacio provincial se realizó a expensas de las tribus autóctonas que habitaban las regiones pampeana y patagónica. Desde fines del siglo XVIII, y durante todo el XIX, la población hispano-criolla realizó sucesivos avances para incorporar estas tierras a la estructura productiva que se vinculaba al mercado internacional. En este trabajo analizamos la cuestión de la ocupación sin títulos de la tierra como un problema persistente en esa frontera que se expandía. Para ello hemos focalizado nuestro estudio en dos momentos y lugares diferentes: Chascomús (1780-1838) y Bragado (1846-1860). Estos casos nos permiten demostrar la permanencia de los establecimientos productivos sin respaldo legal a medida que se fueron cerrando las posibilidades de acceder a la propiedad plena de la tierra, insistiendo en que la primitiva ocupación y la posterior legalización del dominio fueron dos procesos permanentes, complementarios y conflictivos hasta fines del siglo XIX