Nitrate metabolism in the dinoflagellate Lingulodinium polyedrum

Les dinoflagellés sont des eucaryotes unicellulaires retrouvés dans la plupart des écosystèmes aquatiques du globe. Ces organismes amènent une contribution substantielle à la production primaire des océans, soit en tant que membre du phytoplancton, soit en tant que symbiontes des anthozoaires formant les récifs coralliens. Malheureusement, ce rôle écologique majeur est souvent négligé face à la capacité de certaines espèces de dinoflagellés à former des fleurs d'eau, parfois d'étendue et de durée spectaculaires. Ces floraisons d'algues, communément appelées "marées rouges", peuvent avoir de graves conséquences sur les écosystèmes côtiers, sur les industries de la pêche et du tourisme, ainsi que sur la santé humaine. Un des facteurs souvent corrélé avec la formation des fleurs d'eau est une augmentation dans la concentration de nutriments, notamment l’azote et le phosphore. Le nitrate est un des composants principaux retrouvés dans les eaux de ruissellement agricoles, mais également la forme d'azote bioaccessible la plus abondante dans les écosystèmes marins. Ainsi, l'agriculture humaine a contribué à magnifier significativement les problèmes associés aux marées rouges au niveau mondial. Cependant, la pollution ne peut pas expliquer à elle seule la formation et la persistance des fleurs d'eau, qui impliquent plusieurs facteurs biotiques et abiotiques. Il est particulièrement difficile d'évaluer l'importance relative qu'ont les ajouts de nitrate par rapport à ces autres facteurs, parce que le métabolisme du nitrate chez les dinoflagellés est largement méconnu. Le but principal de cette thèse vise à remédier à cette lacune. J'ai choisi Lingulodinium polyedrum comme modèle pour l'étude du métabolisme du nitrate, parce que ce dinoflagellé est facilement cultivable en laboratoire et qu'une étude transcriptomique a récemment fourni une liste de gènes pratiquement complète pour cette espèce. Il est également intéressant que certaines composantes moléculaires de la voie du nitrate chez cet organisme soient sous contrôle circadien. Ainsi, dans ce projet, j'ai utilisé des analyses physiologiques, biochimiques, transcriptomiques et bioinformatiques pour enrichir nos connaissances sur le métabolisme du nitrate des dinoflagellés et nous permettre de mieux apprécier le rôle de l'horloge circadienne dans la régulation de cette importante voie métabolique primaire. Je me suis tout d'abord penché sur les cas particuliers où des floraisons de dinoflagellés sont observées dans des conditions de carence en azote. Cette idée peut sembler contreintuitive, parce que l'ajout de nitrate plutôt que son épuisement dans le milieu est généralement associé aux floraisons d'algues. Cependant, j’ai découvert que lorsque du nitrate était ajouté à des cultures initialement carencées ou enrichies en azote, celles qui s'étaient acclimatées au stress d'azote arrivaient à survivre près de deux mois à haute densité cellulaire, alors que les cellules qui n'étaient pas acclimatées mourraient après deux semaines. En condition de carence d'azote sévère, les cellules arrivaient à survivre un peu plus de deux semaines et ce, en arrêtant leur cycle cellulaire et en diminuant leur activité photosynthétique. L’incapacité pour ces cellules carencées à synthétiser de nouveaux acides aminés dans un contexte où la photosynthèse était toujours active a mené à l’accumulation de carbone réduit sous forme de granules d’amidon et corps lipidiques. Curieusement, ces deux réserves de carbone se trouvaient à des pôles opposés de la cellule, suggérant un rôle fonctionnel à cette polarisation. La deuxième contribution de ma thèse fut d’identifier et de caractériser les premiers transporteurs de nitrate chez les dinoflagellés. J'ai découvert que Lingulodinium ne possédait que très peu de transporteurs comparativement à ce qui est observé chez les plantes et j'ai suggéré que seuls les membres de la famille des transporteurs de nitrate de haute affinité 2 (NRT2) étaient réellement impliqués dans le transport du nitrate. Le principal transporteur chez Lingulodinium était exprimé constitutivement, suggérant que l’acquisition du nitrate chez ce dinoflagellé se fondait majoritairement sur un système constitutif plutôt qu’inductible. Enfin, j'ai démontré que l'acquisition du nitrate chez Lingulodinium était régulée par la lumière et non par l'horloge circadienne, tel qu'il avait été proposé dans une étude antérieure. Finalement, j’ai utilisé une approche RNA-seq pour vérifier si certains transcrits de composantes impliquées dans le métabolisme du nitrate de Lingulodinium étaient sous contrôle circadien. Non seulement ai-je découvert qu’il n’y avait aucune variation journalière dans les niveaux des transcrits impliqués dans le métabolisme du nitrate, j’ai aussi constaté qu’il n’y avait aucune variation journalière pour n’importe quel ARN du transcriptome de Lingulodinium. Cette découverte a démontré que l’horloge de ce dinoflagellé n'avait pas besoin de transcription rythmique pour générer des rythmes physiologiques comme observé chez les autres eukaryotes.

Diarrea crónica por Salmonella typhimurium en paciente inmunocompentente

La diarrea crónica de origen infeccioso en pacientes inmunocompetentes es un cuadro poco frecuente en países desarrollados, aunque ciertos patógenos, generalmente parásitos (Giardia lamblia, Isospora belli, Cryptosporidium, Cyclospora, Strongyloides, Ameba, Trichuris y Schistosoma) y algunas bacterias (Aeromonas, Plesiomonas, Campylobacter, Clostridium difficile, Salmonella o Mycobacterium tuberculosis) pueden ser causantes de diarrea persistente. Se presenta un caso de un paciente que presentó Salmonella typhimunium en el coprocultivo y se recuperó tras tratamiento con levofloxacino durante 7 días.

Multi-Etiological Nature of Tuberculosis-Like Lesions in Condemned Pigs at the Slaughterhouse.

Tuberculosis-like lesions (TBL) in pigs have been associated with microorganisms other than mycobacteria. In this work a histopathological and microbiological evaluation of TBL in pigs is shown. A total of 352 samples belonging to 171 pigs totally condemned at slaughterhouse due to generalized TBL were sampled and selected for analysis. Pyogranulomatous (56.2%) and granulomatous lesions (20.2%) were observed in all analysed organs. Most of the granulomas observed in both lymph nodes and lungs belonged to more advanced stages of development (stages III and IV) whereas in the liver and the spleen most of lesions belonged to intermediate stages (stages II and III). Different microorganisms were simultaneously detected from TBL in the 42.7% of the animals. Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) (38%), coryneform bacteria (40.3%) and streptococci (28.1%) were the main groups of microorganisms detected after bacteriological analysis, with Trueperella pyogenes and Streptococcus suis as the most frequently isolated species. Mycobacteria belonging to MTC were the most frequently detected pathogens in granulomatous and pyogranulomatous lesions in submandibular lymph nodes (32.7%) and coryneform bacteria were the microorganisms more frequently isolated from lungs (25.9%) and spleen samples (37.2%). These results may provide new insights into the pathogenesis and diagnosis of this pathology. The importance of coryneform bacteria and streptococci in such processes must be evaluated in future studies.

Assessment of genetic diversity of zoonotic Brucella spp. recovered from livestock in Egypt using multiple locus VNTR analysis

Brucellosis is endemic in most parts of Egypt, where it is caused mainly by Brucella melitensis biovar 3, and affects cattle and small ruminants in spite of ongoing efforts devoted to its control. Knowledge of the predominant Brucella species/strains circulating in a region is a prerequisite of a brucellosis control strategy. For this reason a study aiming at the evaluation of the phenotypic and genetic heterogeneity of a panel of 17 Brucella spp. isolates recovered from domestic ruminants (cattle, buffalo, sheep, and goat) from four governorates during a period of five years (2002-2007) was carried out using microbiological tests and molecular biology techniques (PCR, MLVA-15, and sequencing). Thirteen strains were identified as B. melitensis biovar 3 while all phenotypic and genetic techniques classified the remaining isolates as B. abortus (n = 2) and B. suis biovar 1 (n = 2). MLVA-15 yielded a high discriminatory power (h = 0.801), indicating a high genetic diversity among the B. melitensis strains circulating among domestic ruminants in Egypt. This is the first report of the isolation of B. suis from cattle in Egypt which, coupled with the finding of B. abortus, suggests a potential role of livestock as reservoirs of several zoonotic Brucella species in the region.

Guide d'acquisition de microscopes opératoires en ORL, chirurgie plastique et chirurgie reconstructive

Rapport de maitrise présenté en vue de l’obtention du grade M. Sc. A. en génie biomédical option Génie clinique

Harmonisation de l'inventaire et de l'Archivage des ECG au CIUSS du Nord de l'île de Montréal

Rapport de stage présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l’obtention du grade de maîtrise en génie biomédical Option Clinique

SatR is a repressor of fluoroquinolone efflux pump SatAB

Streptococcus suis is an emerging zoonotic agent responsible for high-mortality outbreaks among the human population in China. In this species, the ABC transporter SatAB mediates fluoroquinolone resistance when overexpressed. Here, we describe and characterize satR, an open reading frame (ORF) encoding a MarR superfamily regulator that acts as a repressor of satAB. satR is cotranscribed with satAB, and its interruption entails the overexpression of the pump, leading to a clinically relevant increase in resistance to fluoroquinolones.

Enea Silvio Piccolomini en España. Con la edición del "Tratado de la miseria de los cortesanos", (Sevilla, Cromberger, 1520)

As it is well known, the Renaissance in Spain cannot be understood without a deep knowledge of the Italian quattrocento: art and thinking have an important debt with a culture that shaped a new society that can be named Modern Era. So, there are many intellectuals that are the main reference to our writers: Leonardo Bruni, Giannozzo Manetti, Bartolomeo Facio, Antonio Beccadelli, Poggio Bracciolini, Francesco Filelfo, Flavio Biondo, Lorenzo Valla, Vespasiano da Bisticci, Pier Candido Decembrio, Guarino da Verona, Pico della Mirandola, Marsilio Ficino, and a big number that includes necessarily the name of Enea Silvio Piccolomini (1405-1464). In effect, the creator that became Pope as Pío II is one outstanding figure of that Humanism that early putted down roots in Spain, a country in construction that produced very important fruits in those years. Under these circumstances, this study has as main objective to analyse the large work of the humanist Pope par excellence, and to establish the relationship between his writings and genres, works and authors in the Iberian peninsula that wrote under his influence. Furthermore, in the following pages can be found a edition of the translation, by Diego López de Cortegana, of one of Picolomini’s works, the Tratado de la miseria de los cortesanos, a work that can be taken as an example of the attention payed to his works by authors like Juan de Lucena, Rodrigo Sánchez de Arévalo, Cristóbal de Castillejo or fray Antonio de Guevara. After a brief introduction that points that the attention to Enea Silvio Piccolomini is not diminishing, that, on the contrary, is clearly alive if we consider modern editions and translations to different languages, I concentrate on the biography of Pío II. With this purpose I take as base the text that this humanist wrote with the aim of building an adequate imago vitae that related the achievements in the religious sphere (with a failed promotion of a last crusade against the Turk) and also his creative labour. I refer to the Commentarii rerum memorabilium quae temporibus suis contingerunt, an extensive autobiography that did not spare the self-praise and conceals some controversial author’s facts, such as the “reconciling” thesis that undermined the Popes authority and power. In addition, in that chapter can be found a study of the writing process of the titles that includes Piccolomini’s bibliography, since we can think that the author’s commentary is extremely relevant to inform about the moment of writing and its purpose...

Guide d'acquisition de microscopes opératoires en ORL, chirurgie plastique et chirurgie reconstructive

Rapport de maitrise présenté en vue de l’obtention du grade M. Sc. A. en génie biomédical option Génie clinique

Harmonisation de l'inventaire et de l'Archivage des ECG au CIUSS du Nord de l'île de Montréal

Rapport de stage présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l’obtention du grade de maîtrise en génie biomédical Option Clinique