Identification of suitable internal control genes for expression studies in Coffea arabica under different experimental conditions

Background: Quantitative data from gene expression experiments are often normalized by transcription levels of reference or housekeeping genes. An inherent assumption for their use is that the expression of these genes is highly uniform in living organisms during various phases of development, in different cell types and under diverse environmental conditions. To date, the validation of reference genes in plants has received very little attention and suitable reference genes have not been defined for a great number of crop species including Coffea arabica. The aim of the research reported herein was to compare the relative expression of a set of potential reference genes across different types of tissue/organ samples of coffee. We also validated the expression profiles of the selected reference genes at various stages of development and under a specific biotic stress.Results: The expression levels of five frequently used housekeeping genes (reference genes), namely alcohol dehydrogenase (adh), 14-3-3, polyubiquitin (poly), beta-actin (actin) and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gapdh) was assessed by quantitative real-time RT-PCR over a set of five tissue/organ samples (root, stem, leaf, flower, and fruits) of Coffea arabica plants. In addition to these commonly used internal controls, three other genes encoding a cysteine proteinase (cys), a caffeine synthase (ccs) and the 60S ribosomal protein L7 (rpl7) were also tested. Their stability and suitability as reference genes were validated by geNorm, NormFinder and BestKeeper programs. The obtained results revealed significantly variable expression levels of all reference genes analyzed, with the exception of gapdh, which showed no significant changes in expression among the investigated experimental conditions.Conclusion: Our data suggests that the expression of housekeeping genes is not completely stable in coffee. Based on our results, gapdh, followed by 14-3-3 and rpl7 were found to be homogeneously expressed and are therefore adequate for normalization purposes, showing equivalent transcript levels in different tissue/ organ samples. Gapdh is therefore the recommended reference gene for measuring gene expression in Coffea arabica. Its use will enable more accurate and reliable normalization of tissue/organ-specific gene expression studies in this important cherry crop plant.

Inteins in pathogenic fungi: a phylogenetic tool and perspectives for therapeutic applications

Inteins or internal proteins are coding sequences that are transcribed and translated with flanking sequences (exteins). After translation, the inteins are excised by an autocatalytic process and the host protein assumes its normal conformation and develops its expected function. These parasitic genetic elements have been found in important, conserved proteins in all three domains of life. Most of the eukaryotic inteins are present in the fungi kingdom and the PRP8 intein is one of the most widespread inteins, occurring in important pathogens such as Cryptococcus neoformans (varieties grubii and neoformans), Cryptococcus gattii, Histoplasma capsulatum and Paracoccidioides brasiliensis. The knowledge of conserved and non-conserved domains in inteins have opened up new opportunities for the study of population variability in pathogenic fungi, including their phylogenetic relationships and recognition or diagnoses of species. Furthermore, inteins in pathogenic fungi should also be considered a promising therapeutic drug target, since once the autocatalytic splicing is inhibited, the host protein, which is typically vital, will not be able to perform its normal function and the fungal cell will not survive or reproduce.

Comparative anatomy of the male reproductive internal organs of 51 species of bees

A anatomia dos órgãos internos do aparelho reprodutor de machos (ARM) adultos e pupas foi comparada em 51 espécies de abelhas, incluindo representantes de seis famílias. Foram obtidos quatro tipos diferentes de ARM. O tipo I está presente em machos das famílias mais basais (Colletidae, Andrenidae e Halictidae) e é caracterizado por três túbulos seminíferos por testículo, o qual é quase totalmente envolvido pela membrana escrotal. O tipo II é um tipo intermediário entre os tipos I e III e está presente em Mellitidae e Megachilidae, como também em alguns Apidae estudados, sendo caracterizado por possuir dutos deferentes pós-vesiculares fora da membrana escrotal e possuir três ou quatro túbulos seminíferos por testículo, exceto Apis mellifera L., a qual possui secundariamente um número aumentado de túbulos. O tipo III foi achado somente nos Apidae estudados e é caracterizado por apresentar os testículos e dutos genitais (exceto o duto deferente pós-vesicular) encapsulados separadamente, as glândulas acessórias são bem desenvolvidas e o duto ejaculador é calibroso, apresentando fissuras em sua parede externa, as quais podem ocorrer também no tipo II. O tipo IV está presente exclusivamente na tribo Meliponini e é caracterizado pela ausência de glândulas acessórias.

The role of matrix effects on the quantification of abscisic acid and its metabolites in the leaves of Bauhinia variegata L. using liquid chromatography combined with tandem mass spectrometry

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Evaluation of Philips and Ziegler-Natta high-density polyethylene degradation during processing in an internal mixer using the chain scission and branching distribution function analysis

The oxidative and thermo-mechanical degradation of HDPE was studied during processing in an internal mixer under two conditions: totally and partially filled chambers, which provides lower and higher concentrations of oxygen, respectively. Two types of HDPEs, Phillips and Ziegler-Natta, having different levels of terminal vinyl unsaturations were analyzed. Materials were processed at 160, 200, and 240 degrees C. Standard rheograrns using a partially filled chamber showed that the torque is much more unstable in comparison to a totally filled chamber which provides an environment depleted of oxygen. Carbonyl and transvinylene group concentrations increased, whereas vinyl group concentration decreased with temperature and oxygen availability. Average number of chain scission and branching (n(s)) was calculated from MWD curves and its plotting versus functional groups' concentration showed that chain scission or branching takes place depending upon oxygen content and vinyl groups' consumption. Chain scission and branching distribution function (CSBDF) values showed that longer chains undergo chain scission easier than shorter ones due to their higher probability of entanglements. This yields macroradicals that react with the vinyl terminal unsaturations of other chains producing chain branching. Shorter chains are more mobile, not suffering scission but instead are used for grafting the macroradicals, increasing the molecular weight. Increase in the oxygen concentration, temperature, and vinyl end groups' content facilitates the thermo-mechanical degradation reducing the amount of both, longer chains via chain scission and shorter chains via chain branching, narrowing the polydispersity. Phillips HDPE produces a higher level of chain branching than the Ziegler-Natta's type at the same processing condition. (c) 2006 Elsevier Ltd. All rights reserved.

The effect of timing of thermal conditioning during incubation on embryo physiological parameters and its relationship to thermotolerance in adult broiler chickens

Previously, we reported that thermal conditioning at 39degreesC on days 13-17 of incubation of broiler eggs enabled thermotolerance during post-hatch growth (J. Therm. Biol. 28 (2003) 133). Tolerance to a temperature of 30degreesC was accompanied by changes in thyroid hormones and metabolic parameters. In the current study, we determined the mechanism of epigenetic heat adaptation during embryonic age by measuring blood physiological parameters that may be associated with the ultimate effects of thermal conditioning. Hatching eggs from Ross breeders were subjected to heat treatment of 39degreesC at days 13, 14, 15, 16 and 17 of incubation for 2 h per day. Control eggs were incubated at 37.6degreesC. Samples of eggs were withdrawn on each day of thermal conditioning and at internal pipping (IP) to obtain blood samples from embryos. The remaining eggs were weighed at day 18 and transferred to hatchers. The timing of IP, external pipping (EP) and hatching were monitored every 2 h. At hatch, chicks were weighed and hatchability was determined. Blood samples were obtained from samples of day-old chicks. T3, T4, corticosterone, pCO(2), pO(2) levels were determined in the blood. Blood pH was measured and T3/T4 ratios were calculated. Heat conditioning significantly increased corticosterone and pO(2) levels and blood pH but depressed pCO(2) at day 14. These were followed by a significant depression of T4 level on day 15. Remarkably, at day 16, all these parameters were back to normal as in the control embryos. Hatching was delayed by thermal conditioning probably as a result of the depressed corticosterone levels at IP. Hatchability was also lower in the heat-treated group but 1-day old chick weights were comparable to those of the controls. The result suggests that epigenetic thermal conditioning involves changes in these physiological parameters and probably serve as a method for epigenetic temperature adaptation since the same mechanisms are employed for coping with heat during post-embryonic growth. It also suggests that days 14-15 may be the optimal and most sensitive timing for evoking this mechanism during embryonic development. The adverse effects of heat treatment observed in this study may have been due to the continued exposure to heat until day 17. Fine-tuning thermal conditioning to days 14-15 only may improve these production parameters. (C) 2003 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Marginal fit of nickel-chromium copings before and after internal adjustments with duplicated stone dies and disclosing agent.

STATEMENT OF PROBLEM: Despite careful procedures, master stone dies may be damaged during laboratory procedures. The dentist routinely adjusts castings because the marginal fit of casting is not as accurate as on the dies. PURPOSE: This study evaluated the technique of internal adjustment of castings with use of duplicated stone dies and a disclosing agent to improve marginal fit discrepancy. MATERIAL AND METHODS: Thirty-two nickel-chromium copings were fabricated and simulated standard clinical and laboratory procedures with 2 variables: tooth preparation convergence angles of 6 and 18 degrees, with or without internal relief. Master stone dies and their duplicates were selected for coping construction and internal adjustment, respectively. A specimen positioning device was coupled with a Toolmakers microscope to allow reproducibility of measurements. Each coping was evaluated at 8 locations of its marginal perimeter, before and after internal adjustment. RESULTS: Marginal fit discrepancy of copings were significantly reduced with an internal adjustment technique (mean > 52%) for all experimental groups. Tooth preparations with greater convergence and internally relieved castings recorded a better marginal fit. CONCLUSION: The casting internal adjustment technique with use of duplicated stone dies and a disclosing agent substantially reduced marginal fit discrepancy.

ECLAC in its historical setting

Includes bibliography

Análise filogenética de linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros baseada na sequencia da região intergênica 16S-23S rDNA

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Biologia Celular e Molecular) - IBRC

Filogenia molecular de cianobactérias baseada em sequências do 16S-23S-ITS rDNA e PC-IGS: investigação de transferência lateral do PC

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Programa Saúde da Família: analisando a prática do enfermeiro

Pós-graduação em Enfermagem (mestrado profissional) - FMB

Análise de sequências da região intergência ITS-1 do rDNA em espécies de Drosophila do cluster buzzatti, (complexo Buzzatti, subgrupo Mullerri, grupo Repleta). -

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

(In)visíveis sequelas: a violência psicológica contra a mulher sob o enfoque gestáltico

A modalidade violência psicológica é mais conhecida pela sua “invisibilidade” no âmbito público em razão de, entre outros fatores, ocorrer mais frequentemente na esfera privada, bem como por não deixar marcas físicas. Atualmente, a Lei 11.340/2006, batizada de “Lei Maria da Penha”, depois de sancionada, traduz uma forma de amparo legal e institucionalizado para as mulheres. Empregamos a concepção de gênero segundo Scott (1991), como uma das ferramentas analíticas que permitem identificar nexos entre a construção socioeconômica da violência e as políticas do Estado. Neste panorama, apresentamos como objetivo geral desta pesquisa empírica desvelar algumas (in) visíveis sequelas psíquicas e sociais e de modo específico as repercussões na subjetividade da mulher que vivencia situações de violência psicológica ocorridas em âmbito doméstico e intrafamiliar. As análises foram realizadas na perspectiva Gestáltica, uma abordagem psicológica do contato consciente, cuja intervenção permite o fortalecimento do suporte interno e auto-regulação saudável, de modo a superar situações que obscurecem as funções e fronteiras de contato. Trata-se de uma pesquisa clínico-qualitativa de base fenomenológico-existencial-gestáltica e hermenêutica. Os procedimentos utilizados foram: submissão do projeto ao Comitê de Ética do CCS/UFPA; obtenção da autorização Institucional; identificação e convite a três mulheres para participarem da pesquisa, segundo o perfil de inclusão na amostra: disponibilidade para a pesquisa, faixa etária de 25 a 45 anos, que esteve ou está vivenciando situação de violência psicológica com seu marido/companheiro. Posteriormente, foi assinado o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido e realizado as entrevistas semi-dirigidas através de perguntas abertas (gravadas em áudio). As mesmas foram transcritas e analisadas. O local da pesquisa foi o Centro de Referência Maria do Pará. Utilizamos para a análise dos discursos coletados a compreensão de Ricouer (1975) e os conceitos Gestálticos de contato, funções e fronteiras de contato, mecanismos de defesa, self, ajustamento criativo e awareness. O resultado aponta para o desvelamento de vividos permeados de agressões verbais em forma de humilhações, xingamentos, ofensas, ciúmes, desqualificação de sua aparência física, falta de diálogo, isolamento social e emocional, medo, sofrimento, dor, angústia, culpa, vergonha, sentimentos de ódio, raiva, tristeza e impotência diante de tal violência. Concluímos que a “invisibilidade” de tais experiências de violência psicológica gera visíveis interrupções no contato consigo mesma, em suas relações familiares e sociais, bem como, imprime profundas e danosas desestruturações na personalidade e na maneira da mulher expressar sua subjetividade.

Com a palavra os pais: uma análise sobre o encaminhamento psicológico do filho

O presente trabalho consiste em uma pesquisa qualitativa que analisou a implicação nos pais quando do encaminhamento do filho à assistência psicológica O estudo foi realizado no Centro de Atenção Psicossocial à Saúde da Infância na cidade de Macapá/AP, se utilizou de um entendimento psicanalítico e se deu a partir de seis entrevistas semi-estruturadas com casais que tiveram seus filhos encaminhados por terceiros (escola, médicos, nutricionistas entre outros) para acompanhamento psicológico. As entrevistas foram posteriormente transcritas na íntegra e submetidas à Análise de Conteúdo segundo Bardin (1977). O critério para a participação na pesquisa foi que os pais tivessem filhos na faixa etária de 6 a 11 anos de idade e de que os casais possuíssem vínculo estável. Verificou-se que os casais utilizaram-se de comparações dos filhos com o desenvolvimento de outras crianças para melhor lidarem com a possibilidade de ausência de saúde psíquica do filho deflagrada pelo encaminhamento psicológico do mesmo. Além disso, demonstraram sentimentos ambivalentes em relação ao encaminhamento como alegria e choque, relatos de estranhamento e esvaziamento quanto à compreensão das motivações que levaram à formalização do encaminhamento. Apesar dos pais terem identificado uma necessidade de auxílio profissional precocemente, nenhum dos entrevistados buscou o serviço espontaneamente e mesmo após o encaminhamento os discursos sobre normalidade em relação ao filho permaneceram como forma de buscar uma confirmação de saúde ou doença. Observou-se que todos os casais lançaram mão de modos de enfrentamento para com o mal estar causado pelo encaminhamento psicológico do filho e, especialmente, para suportarem os conteúdos latentes que se tornaram mais próximos a partir do encaminhamento. Entre as formas de enfrentamento, destacou-se o pedido de ajuda, este ocorreu por parte de todos os casais que por vezes, durante as entrevistas, comportaram-se como rivais na solicitação de auxílio, manifestaram sensação de sobrecarga frente aos cuidados da criança que diziam respeito, sobretudo, a aspectos internos (psíquicos), assim como culpa pela atual situação do filho, desamparo profissional e emocional, bem como uma tentativa de negação e normalização dos aspectos relativos ao desenvolvimento da criança. Foi visível a forma desorganizada e imprecisa com que os discursos apresentaram-se, especialmente, quanto à nomeação dos sintomas dos filhos, e quanto aos seus sentimentos em relação à denúncia representada pelo encaminhamento psicológico. O encaminhamento psicológico, apesar de ter despertado sentimentos ambivalentes, foi fundamental para que os pais tenham buscado auxílio profissional e certamente, impulsionou os casais a uma compreensão mais ampla das condições de saúde psíquica e de desenvolvimento do filho e de si mesmos, um reconhecimento necessário, que sinaliza sua relevância no campo da saúde, em especial a saúde mental, no que se refere à prevenção e tratamento psicológico.

Larvae of proceratophrys melanopogon (amphibia: anura), with emphasis on internal oral morphology and comparisons with p. cururu and p. moratoi

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)