Propriedades termo-eletrônicas da molécula do DNA

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

Transporte eletrônico e propriedades termodinâmicas de nanobiomoléculas

We use a tight-binding formulation to investigate the transmissivity and the currentvoltage (I_V) characteristics of sequences of double-strand DNA molecules. In order to reveal the relevance of the underlying correlations in the nucleotides distribution, we compare theresults for the genomic DNA sequence with those of arti_cial sequences (the long-range correlated Fibonacci and RudinShapiro one) and a random sequence, which is a kind of prototype of a short-range correlated system. The random sequence is presented here with the same _rst neighbors pair correlations of the human DNA sequence. We found that the long-range character of the correlations is important to the transmissivity spectra, although the I_V curves seem to be mostly inuenced by the short-range correlations. We also analyze in this work the electronic and thermal properties along an _-helix sequence obtained from an _3 peptide which has the uni-dimensional sequence (Leu-Glu-Thr- Leu-Ala-Lys-Ala)3. An ab initio quantum chemical calculation procedure is used to obtain the highest occupied molecular orbital (HOMO) as well as their charge transfer integrals, when the _-helix sequence forms two di_erent variants with (the so-called 5Q variant) and without (the 7Q variant) _brous assemblies that can be observed by transmission electron microscopy. The di_erence between the two structures is that the 5Q (7Q) structure have Ala ! Gln substitution at the 5th (7th) position, respectively. We estimate theoretically the density of states as well as the electronic transmission spectra for the peptides using a tight-binding Hamiltonian model together with the Dyson's equation. Besides, we solve the time dependent Schrodinger equation to compute the spread of an initially localized wave-packet. We also compute the localization length in the _nite _-helix segment and the quantum especi_c heat. Keeping in mind that _brous protein can be associated with diseases, the important di_erences observed in the present vi electronic transport studies encourage us to suggest this method as a molecular diagnostic tool

Modelagem Matemática e Computacional de fenômenos eletrocinéticos em meios porosos carregados eletricamente

In this work we present a mathematical and computational modeling of electrokinetic phenomena in electrically charged porous medium. We consider the porous medium composed of three different scales (nanoscopic, microscopic and macroscopic). On the microscopic scale the domain is composed by a porous matrix and a solid phase. The pores are filled with an aqueous phase consisting of ionic solutes fully diluted, and the solid matrix consists of electrically charged particles. Initially we present the mathematical model that governs the electrical double layer in order to quantify the electric potential, electric charge density, ion adsorption and chemical adsorption in nanoscopic scale. Then, we derive the microscopic model, where the adsorption of ions due to the electric double layer and the reactions of protonation/ deprotanaç~ao and zeta potential obtained in modeling nanoscopic arise in microscopic scale through interface conditions in the problem of Stokes and Nerst-Planck equations respectively governing the movement of the aqueous solution and transport of ions. We developed the process of upscaling the problem nano/microscopic using the homogenization technique of periodic structures by deducing the macroscopic model with their respectives cell problems for effective parameters of the macroscopic equations. Considering a clayey porous medium consisting of kaolinite clay plates distributed parallel, we rewrite the macroscopic model in a one-dimensional version. Finally, using a sequential algorithm, we discretize the macroscopic model via the finite element method, along with the interactive method of Picard for the nonlinear terms. Numerical simulations on transient regime with variable pH in one-dimensional case are obtained, aiming computational modeling of the electroremediation process of clay soils contaminated

On rich modal logics

I thank to my advisor, João Marcos, for the intellectual support and patience that devoted me along graduate years. With his friendship, his ability to see problems of the better point of view and his love in to make Logic, he became a great inspiration for me. I thank to my committee members: Claudia Nalon, Elaine Pimentel and Benjamin Bedregal. These make a rigorous lecture of my work and give me valuable suggestions to make it better. I am grateful to the Post-Graduate Program in Systems and Computation that accepted me as student and provided to me the propitious environment to develop my research. I thank also to the CAPES for a 21 months fellowship. Thanks to my research group, LoLITA (Logic, Language, Information, Theory and Applications). In this group I have the opportunity to make some friends. Someone of them I knew in my early classes, they are: Sanderson, Haniel and Carol Blasio. Others I knew during the course, among them I’d like to cite: Patrick, Claudio, Flaulles and Ronildo. I thank to Severino Linhares and Maria Linhares who gently hosted me at your home in my first months in Natal. This couple jointly with my colleagues of student flat Fernado, Donátila and Aline are my nuclear family in Natal. I thank my fiancée Luclécia for her precious a ective support and to understand my absence at home during my master. I thank also my parents Manoel and Zenilda, my siblings Alexandre, Paulo and Paula.Without their confidence and encouragement I wouldn’t achieve success in this journey. If you want the hits, be prepared for the misses Carl Yastrzemski

Mecanismos de alojamento de magmas granitóides :exemplo do plúton de Japi(RN)

This dissertation describes the igneous suites of the Japi granitoid pluton, intrusive in the Paleoproterozoic gneiss-migmatite complex of the eastern domain of the Seridó Belt, northeastern Brazil. Field relations show that the pluton is affected by strong deformation associated to the Brasiliano orogeny (known as the D3 phase) , with a NW-trending extensionalleft-hand senestral shear zone (the Japi Shear Zone, JSZ) bordering the intrusive body to the west. Four plutonic suites are found in the main pluton and as satellyte intrusions, besides Iate pegmatite and pink leucogranites. An alkaline granitoid suite, dominated by syenogranites bearing sodic augite (and subordinate hornblende), define a main elliptical intrusion. In its northern part, this intrusion is made up by concentric sheets, contrasting with a smaller rounded stock to the south. These granites display a pervasive solid-state S>L fabric developed under high T conditions, characterized by plastic deformation of quartz and feldspar. It is especially, developed along the border of the pluton, with inward dips. A regular magmatic layering is present sometimes, parallel to the tectonic foliation. The syntectonic emplacement as regards to the Brasiliano (D3) event is indicated by the common occurrence of dykes and sheets along transtensional or extensional sites of the major structure. Field relations attest to the early emplacement of the alkaline granites as regards to the other suites. A basic-to-intermediate suite occurs as a western satellyte body and occupying the southern tail of the main alkaline pluton. It comprises a wide variety of compositional terms, including primitive gabbros and gabbro-norites, differentiated to monzonitic intermediate facies containing amphibole and biotite as their main mafic phases. These rocks display transitional high-K calc-alkaline to shoshonitic affinities. Porphyritic monzogranite suítes commonly occur as dykes and minor intrusives, isolated or associated with the basic-tointermediate rocks. In the latter case, magma mingling and mixing features attest that these are contemporaneous igneous suites. These granites show K-feldspar phenocrysts and a hornblende+biotite+titanite assemblage, displaying subalkaline/monzonitic geochemical affinities. Both suites exhibit SL magmatic fabrics overprinting or transitional to solid-state D3 deformation related to the JSI. Chemical data clearly show that they are related to different parental magmas. Finally, a microgranite suite occurs along a few topographic ridges paralell to the JSI. It comprises dominantly granodiorites with a mineralogy similar to the one of the porphyritic granitoids. However, discriminant diagrams show their distinct calc-alkaline affinity. The granodiorites display an essencially magmatic fabric, even though an incipient D3 solid-state structure may be developed along the JSI. Intrusion relationships with the previous suites, as well as regards to the D3 structures, point to their Iate emplacement. All these suites are intrusive in a Paleoproterozoic, high-grade gneiss-migmatite complex affected by two previous deformation phases (D1, D2). The fabrics associated with these earlier events are folded and overprinted by the younger D3 structures along the JSZ. The younger deformation is characterized by NE-dipping foliations and N/NE-plunging stretching lineations. In the JSZ northern termination the foliation acquires an ENE orientation, containing a stretching lineation plunging to the south. Symmetric kinematic cri teria developed at this site confirms the transpressional termination of the JSZ, as also shown by orthorrombic quartz c-axis patterns. E-W-trending d extra I shear zones developed in the central part of the JSZ are interpreted as antithetic structures associated to the transtensional deformation along the JSZ. This is consistent with its extensional-transcurrent kinematics and a flat-and-ramp geometry at depth, as shown by gravimetric data. The lateral displacement of the negative residual Bouguer anomalies, as regards to the main outcropping alkaline pluton, may be modelized by other deeper-seated granite bodies. Based on numerical modelling it was possible to infer two distinct intrusion styles for the alkaline pluton. The calculated model values are consistent with an emplacement by sheeting for the northern body, as already suggested by satellyte imagery and field mapping. On the other hand, the results point to a transition towards a diapir-related style associated to the smaller. southern stock. This difference in intrusion styles may relate to intensity variations and transtensional sites of the shear deformation along the JSZ. Trace element and Sr and Nd isotopes of the alkaline granites are compatible with their derivation trom a more basic crustal source, as compared to the presently outcropping highgrade gneisses, with participation (or alternatively dominated by) of an enriched lithospheric mantle component. Like other igneous suites in the Seridó Belt, the high LlL contents and fractionated REE patterns of the basic rocks also point to an enriched mantle as the source for this kind of magmatism. Geochemical and isotope data are compatible with a lower crustal origin for the porphyritic granites. On the basis of the strong control of the JSZ on the emplacement of lower crustal (porphyritic and alkaline granites) or lithospheric mantle (basic rocks, alkaline granites or a component of them) magmas, one may infer a deep root for this structure, bearing an important role in magma extraction, transport and emplacement in the Japi region, eastern domain of the Seridó Belt

Hepatoprotective effect of water soluble extract of Coleus barbatus on cholestasis on young rats

OBJETIVO: Testar os efeitos do extrato aquoso de Coleus barbatus (EAB) na cirrose biliar secundária por obstrução das vias biliares extra-hepáticas em ratos jovens. MÉTODOS: Quarenta ratos Wistar machos com 21 dias de vida (P21), foram distribuídos em quatro grupos de 10 animais, submetidos a operação simulada ou dupla ligadura e ressecção do ducto biliar (S ou L) combinados EAB e a Água (B ou A). No P48, foi medido o tempo de sono com o pentobarbital (TS). No P49, foram submetidos a eutanásia para a determinação das atividades séricas do aspartato aminotransferase (AST) e da alanina aminotransferases (ALT); após a eutanásia foram avaliados o peso fresco do fígado (PFF) e, em cortes histológicos do fígado, a freqüência de mitoses (FM), o número de áreas de necrose (NN), a intensidade da fibrose (IF) e da proliferação ductal (IPD). Os efeitos da colestase, os do EAB e suas interações foram testados pela ANOVA com dois fatores, e as comparações múltiplas pareadas foram realizadas pelo teste de S.N.K ou teste de Wilcoxon. Também foi determinada a correlação linear de Pearson entre as variáveis histológicas duas a duas separadamente para os grupos LA e LD. O nível de significância estatística para os vários testes foi de p do erro alfa <0,05. RESULTADOS: A colestase aumentou significativamente o TS, a ALT, a AST, o PFF, a MI, o NN, a IF e a IPD. O EAB diminuiu o TS e a IM nos animais sem colestase (operação simulada). O EAB diminuiu o TS, a ALT, a AST, o PFF, a MI, o NN e IF na colestase. No grupo LA houve correlação positiva entre a IPD e a IF, correlação negativa entre a IPD e a FM e correlação negativa entre a IF a FM. No grupo LD houve correlação negativa entre o NN e a IPD. CONCLUSÕES: Na ausência de colestase o EAB encurta o tempo de sono e diminui a freqüência de mitoses. O EAB apresenta efeito hepatoprotetor no modelo de cirrose biliar secundária a obstrução biliar extra-hepática.

A comparative study of the immunoantigenicity of eight Paracoccidioides brasiliensis isolates

Para se detectar diferenças imuno-antigênicas entre 8 amostras de P. brasiliensis isoladas de diferentes áreas endêmicas (Botucatu: Pb 1, 2 e 3; São Paulo: Pb: 18, 192 e 265; Venezuela: Pb 9 e 73), esutdaram-se: 1. A reatividade antigênica de cada amostra nas reações de imunofluorescência indireta (II) e de imunodifusão dupla em gel de agar (ID) contra painel de 20 soros controles positivos para paracoccidioidomicose; 2. A capacidade de induzir resposta imune humoral (medida por imunodifusão) e celular (medida pelo teste de coxim plantar) em camundongos imunizados com an-tígenos de cada amostra. Observamos: 1. As amostras Pb 265 e Pb 9 mostraram-se mais reativas na II; 2. Os antígenos das amostras Pb 192 e Pb 73 foram significativamente mais reativas na ID; 3. Estes dados demonstram diferenças de antigenicidade entre estas amostras; 4. A amostra Pb 18 mostrou baixo poder indutor de resposta imune celular e alta capacidade de indução de resposta imune humoral em camundongos imunizados, revelando dissociação de sua imunogenicidade. Estas diferenças podem indicar a existência de cepas distintas do fungo ou refletir modificações do parasita no hospedeiro ou du rante seu cultivo.

Experimental paracoccidioidomycosis in the mouse. III. Histopathological and immunological findings after intravenous infection in the presence or absence of previous immunization

Cinqüenta camundongos suíços, brancos, com quatro semanas de idade, foram inoculados com 5x10(5) formas leveduriformes, viáveis de Paracoccidiodes brasiliensis (cepa 18). Dez destes animais tinham sido previamente imunizados com antígeno particulado de P. brasiliensis, durante quatro semanas, por injeção intradérmica. Os controles consistiram de 10 animais que foram somente imunizados e 10 inoculados com solução salina estéril. Os animais foram sacrificados após 2, 4, 7, 11 e 16 semanas. Estudamos: 1) resposta de hipersensibilidade retardada medida pelo teste do coxim plantar, 24 horas antes do sacrifício; 2) anticorpo- gênese específica avaliada pelo teste de imunodifusão dupla em gel de ágar; 3) histopatologia dos pulmões, fígado, baço, supra-renal e rins. Observamos: 1) os animais imunizados desenvolveram resposta imunecelular mais intensa que os infectados; 2) a infecção deprimiu a resposta imunecelular dos animais imunizados; 3) a histopatologia da infecção endovenosa revelou inflamação granulomatosa sistêmica e progressiva. Os animais infectados após imunização prévia apresentaram inflamação pulmonar menos extensa, com granulomas menores e com reduzido número de fungos. O presente modelo murino de paracoccidioidomicose mimetiza alguns achados da forma humana subaguda da micose (doença sistêmica com depressão da imunidade celular). O esquema de imunização extrapulmonar utilizado foi capaz de induzir certo grau de proteção do pulmão contra um desafio infeccioso pelo P. brasiliensis.

Análise preditiva da densidade mineral óssea em adolescentes brasileiros eutróficos do sexo masculino

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Spermatic characteristics and sperm evolution on the subfamily Stevardiinae (Ostariophysi: Characiformes: Characidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Markiana nigripinnis (Perugia, 1891) as a putative member of the subfamily Stevardiinae (Characiformes: Characidae): spermatic evidence

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Ocorrência, morfologia e ultra-estrutura da glândula de Dufour de Scaptotrigona postica Latreille (Hymenoptera: Apidae)

A glândula de Dufour é uma glândula acessória do aparelho reprodutivo feminino das abelhas. Nas abelhas neotropicais sem ferrão, tem sido pouca estudada sob todos os aspectos: morfológico, ontogenético e bioquímico. Na tentativa de colaborar com o conhecimento dessa glândula em abelhas sem ferrão, foi realizado um estudo da sua ocorrência, morfologia e desenvolvimento em Scaptotrigona postica Latreille. Os resultados mostraram que ela se encontra ausente nas operárias, como ocorre em muitas outras espécies desse grupo. Nas rainhas, as células glandulares parecem mais ativas nas virgens, possuindo uma desenvolvida rede de retículo endoplasmático liso tubular, grânulos de secreção e polirribossomos dispersos no citoplasma, além de apresentarem núcleos maiores do que os das células glandulares das fisogástricas. Nas rainhas fisogástricas há dois tipos de células glandulares, ambas aparentemente inativas sinteticamente. As glândulas das rainhas fisogástricas são claramente capazes de captar substâncias da hemolinfa, provavelmente lipídios, que não penetram nas células, mas passam pelos espaços intercelulares e, através da cutícula, chegam diretamente à luz da glândula. A bem desenvolvida dupla camada de lâmina basal ao redor da glândula pode atuar no processo de captação de substâncias da hemolinfa. A secreção, e conseqüentemente sua função, pode ser diferente nas duas classes de rainhas.

Morfologia e anatomia da semente de Schinus terebinthifolius Raddi (Anacardiaceae) em desenvolvimento

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Detecção do Southern bean mosaic virus no Paraná, e separação do Bean rugose mosaic virus em feijoeiro

Em lavouras de feijoeiro (Phaseolus vulgaris) da cultivar Carioca Comum, no município de Londrina, Estado do Paraná, foram encontradas plantas com sintomas de necrose da haste, mosaico clorótico leve e porte reduzido, semelhantes aos sintomas causados por infecção viral. Exames de microscopia eletrônica revelaram a presença de partículas isométricas. em testes de imunodifusão dupla em gel de ágar os extratos foliares de plantas infetadas reagiram positivamente com anti-soro específico para o Southern bean mosaic virus (SBMV). O vírus foi purificado e a massa molecular de sua proteína capsidial foi estimada em 30 kDa, valor esperado para proteínas do capsídeo de vírus do gênero Sobemovirus. A gama de hospedeiras do SBMV isolado no Paraná foi restrita ao feijoeiro e a algumas cultivares de soja (Glycine max). A separação de dois vírus isométricos comuns em infecções mistas no feijoeiro foi possível através da reação de imunidade ao SBMV apresentada por Crotalaria sp, Chenopodium quinoa e Mucuna deeringiana, e da reação de susceptibilidade dessas mesmas hospedeiras ao Bean rugose mosaic virus (BRMV).

Propriedades moleculares de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus

Um isolado do Southern bean mosaic virus (SBMV), gênero Sobemovirus, encontrado em feijoeiro (Phaseolus vulgaris) no Estado de São Paulo, foi purificado e algumas de suas propriedades moleculares determinadas. As partículas virais apresentam diâmetro de 28-30 nm e proteína capsidial com massa molecular estimada em 30 kDa. Das partículas virais foi extraído RNA de vários tamanhos (4,2 Kb, 3,1 Kb, 2,65 Kb, 2,15 Kb, 1,64 Kb, 1,36 Kb e 1,0 Kb) sendo aquele de 4,2 Kb o RNA genômico e o de 1,0 Kb supostamente um subgenômico que codifica para a proteína capsidial. Ácidos ribonucleicos de mesmo tamanho foram também detectados in vivo, indicando estar associados à replicação viral. Na análise do RNA de fita dupla (dsRNA), somente duas espécies foram detectadas (4,2 Kpb e 1,0 Kpb) correspondendo às formas replicativas do RNA genômico e do subgenômico para proteína capsidial. Os resultados indicam que somente estes dois RNA são replicados por meio de formas replicativas (RFs), enquanto os demais devem ser formados talvez por iniciação interna da fita negativa do RNA genômico. O SBMV-B SP apresentou propriedades moleculares análogas àquelas do SBMV descrito na América do Norte.