Development of a cross-European virtual sample repository and HIV resistance database

BACKGROUND: Several European HIV observational data bases have, over the last decade, accumulated a substantial number of resistance test results and developed large sample repositories, There is a need to link these efforts together, We here describe the development of such a novel tool that allows to bind these data bases together in a distributed fashion for which the control and data remains with the cohorts rather than classic data mergers.METHODS: As proof-of-concept we entered two basic queries into the tool: available resistance tests and available samples. We asked for patients still alive after 1998-01-01, and between 180 and 195 cm of height, and how many samples or resistance tests there would be available for these patients, The queries were uploaded with the tool to a central web server from which each participating cohort downloaded the queries with the tool and ran them against their database, The numbers gathered were then submitted back to the server and we could accumulate the number of available samples and resistance tests.RESULTS: We obtained the following results from the cohorts on available samples/resistance test: EuResist: not availableI11,194; EuroSIDA: 20,71611,992; ICONA: 3,751/500; Rega: 302/302; SHCS: 53,78311,485, In total, 78,552 samples and 15,473 resistance tests were available amongst these five cohorts. Once these data items have been identified, it is trivial to generate lists of relevant samples that would be usefuI for ultra deep sequencing in addition to the already available resistance tests, Saon the tool will include small analysis packages that allow each cohort to pull a report on their cohort profile and also survey emerging resistance trends in their own cohort,CONCLUSIONS: We plan on providing this tool to all cohorts within the Collaborative HIV and Anti-HIV Drug Resistance Network (CHAIN) and will provide the tool free of charge to others for any non-commercial use, The potential of this tool is to ease collaborations, that is, in projects requiring data to speed up identification of novel resistance mutations by increasing the number of observations across multiple cohorts instead of awaiting single cohorts or studies to reach the critical number needed to address such issues.

Comparison of molecular signatures from multiple skin diseases identifies mechanisms of immunopathogenesis.

The ability to obtain gene expression profiles from human disease specimens provides an opportunity to identify relevant gene pathways, but is limited by the absence of data sets spanning a broad range of conditions. Here, we analyzed publicly available microarray data from 16 diverse skin conditions in order to gain insight into disease pathogenesis. Unsupervised hierarchical clustering separated samples by disease as well as common cellular and molecular pathways. Disease-specific signatures were leveraged to build a multi-disease classifier, which predicted the diagnosis of publicly and prospectively collected expression profiles with 93% accuracy. In one sample, the molecular classifier differed from the initial clinical diagnosis and correctly predicted the eventual diagnosis as the clinical presentation evolved. Finally, integration of IFN-regulated gene programs with the skin database revealed a significant inverse correlation between IFN-β and IFN-γ programs across all conditions. Our study provides an integrative approach to the study of gene signatures from multiple skin conditions, elucidating mechanisms of disease pathogenesis. In addition, these studies provide a framework for developing tools for personalized medicine toward the precise prediction, prevention, and treatment of disease on an individual level.

Processus intégratifs et gouvernance clinique dans la psychiatrie institutionnelle [Integration processes and clinical governance in the psychiatric network]

The Swiss Medical Insurance Act (LAMaL) requires the planning of psychiatric care. This necessitates a coordination between the Department of Public Health and the institutional governance. Given the difficulties to draw comparisons between a wide range of systems in a federal country, the Swiss Conference of the State Directors of Health (CDS) proposed as a first step that each canton present some of the key programs they had developed. In the canton Vaud, the implementation of mobile community treatment teams and of an early intervention program for psychosis was chosen. The main challenges faced were to go past traditional divides within the organisation of the Swiss Health system and to conciliate the requirements of public health with the needs of treating teams, in order to promote early intervention in mental health disorders.

Managing Subsidiary Integration During Corporate Expansion in Russia

Kansallisten rajojen yli laajentuvat yritykset kohtaavat kasvavia paineita yhtenäistää eri yksiköiden toimintatapoja, prosesseja ja järjestelmiä. Hyvin toteutettuna organisaation sisäinen integrointi voi johtaa tytäryritysten tuottavuuden parantumiseen ja strategisiin mittakaavaetuihin, kun taas huonosti toteutettuna integrointi voi johtaa lisääntyviin konflikteihin ja emoyhtiön kontrollin katoamiseen. Integroinnin kannalta Venäjälle perustettavat tytäryritykset asettavat suuria haasteita. Kasvava ja kehittyvä kansantalous on jatkuvassa muutoksessa kohti edistyneempiä ja tuottavampia toimintamalleja, mutta toisaalta yritystoiminnantaustalla vaikuttaa edelleenkin Neuvostoajan perinnöt, jotka muokkaavat yritysten johtamisrakenteita ja prosesseja. Nämä taustavaikuttajat vaikeuttavat kansainvälisen yrityksen yhtenäistämistä, mutta toisaalta tarjoavat suuria mahdollisuuksia yrityksille, jotka oppivat elämään Venäjän markkinoiden ehdoilla. Tämä tutkimus käyttää apunaan konstruktiivista tutkimustyötä ratkoakseenYIT:n Venäjälle perustettavien yritysten integrointiin liittyviä ongelmia ja mahdollisuuksia. Työn lopputuloksena syntyy oppimiseen pohjautuva integraatiostrategia ja tätä strategiaa tukeva integroinnin johtamisjärjestelmä.

The Role of Third-Party Service Provider in B2B Integration

Sähköisen kaupankäynnin kasvun myötä, itsenäisten yritysten tietojärjestelmien integraation tarve on moninkertaistunut viime vuosien aikana. Yritykset ovat huomanneet, että tilaus-toimitusketjun automatisointiin tähtäävällä kokonaisvaltaisella integraatio-ratkaisulla on mahdollista päästä kattaviin kustannussäästöihin sekä tulojen kasvuun. Pääsääntöisesti yritykset kuitenkin etenevät hitaammin, integroimalla aluksi pienempiä liiketoiminnan tietojärjestelmien toimintoja. Positiivisten kokemusten perusteella yritykset ovat valmiitalaajentamaan sähköisen kaupankäynnin automatisointia myös muissa toiminnoissa. Tässä työssä keskitytään tarkastelemaan eri lähestymistapojayritystenvälisen integraation toteuttamiseen, sekä analysoimaan eri keinojen liiketoiminnallisia ja teknisiä vaikutuksia. Työ on tehty yhteistyössä UPM-KymmeneWood Oy:n kanssa, jonka tavoitteena oli saada perusteelliset tiedot yrityksenvälisestä integraatiosta ja syventää tietoja sekä integraatio-palveluita tarjoavien kolmansien osapuolten toimintatavoista että heidän tarjoamista palveluista ja niiden käyttökelpoisuudesta puutuoteteollisuudessa toimivassa yrityksessä. Käytännön osuudessa on tarkemmin esitelty integraatio-palveluita tarjoavien operaattoreiden kanssa käytyjen palaverien sekä heidän toimittamien materiaalien perusteella tehdyn tutkimustyön tuloksia, sisältäen yksityiskohtaiset kuvaukset yritystenvälisen integraation mahdollistavista palveluista.

Ohjelmistotuotteen hallintatietokannan suunnittelu ja toteutus

Ohjelmistotuotteen hallinta (SCM)on tärkeä osa ohjelmistoprojekteja. Se koostuu ohjelmistotuotteen hallinnan suunnittelusta, muutoksen hallinnasta, version hallinnasta, kääntämisestä, paketoinnista, kokoonpanon tilanteen seurannasta ja sen tarkistuksesta. Ohjelmistotuotteen hallintatietokanta (SCM DB) on tarkoitettu SCM:n liittyvändatan tallettamiseen yhteen paikkaan, jossa data on kaikkien löydettävissä. SCMDB on relaatiotietokanta ja WWW-käyttöliittymä sille. Tietokantaan talletetaan SCM - infrastruktuuri, SCM -resurssit, SCM -työskentelypaikat, integrointisuunnitteludata, paketoinnin raportit ja ohjeistukset, muutoksenhallintadata ja työkalujen hallintadata. Tietokannalla on monta käyttäjää. SCM managerit tallettavat tietokantaa yleiset tiedot, Integrointimanagerit tallettavat kantaan integrointisuunnitelmaa varten julkaisua koskevat tiedot. Paketointivastuulliset tallettavat kantaan paketointiraportit. Ohj elmistosuunnittelijat tekevät muutosvaatimuksia tietokantaan, jotka muutoksenhallintaelin käsittelee. He näkevät kannan kautta myös virheraportit. Työkalujen koordinointi tapahtuu myös kantaan talletettujen tietojen avulla. Lukemiseen tietokantaa voivat käyttää kaikki testauksesta suunnittelijoihin aikataulujen osalta. Tietokannasta voidaan lukea myös paketointityökalujen tallettamia tietoja ohjelmalohkoista eri pakettiversioissa. Paketointityökalut tai paketointivastuulliset saavat kannasta myös suoraan lähdetiedon paketointityökaluille.

Integration in strategic alliances : a conceptual framework of IT use in marketing as NPD key factor

En una economia basada en el coneixement, la innovació del producte es considera un factor clau a l'hora de determinar la competitivitat, la productivitat i el creixement d'una companyia. No obstant això, l'experiència de les companyies demostra la necessitat d'un nou model de gestió de la innovació del producte: una gestió basada en el màrqueting, en què la cooperació i l'ús intensiu de les tecnologies de la informació i de la comunicació (TIC) són especialment importants. En els darrers anys, la bibliografia sobre màrqueting ha analitzat el paper de la cooperació en l'èxit del procés d'innovació. No obstant això, fins ara pocs treballs han estudiat el paper que té l'ús de les TIC en el màrqueting en l'èxit del desenvolupament de nous productes (NPD, New Product Development en anglès). És una omissió curiosa, tenint en compte que el nou entorn competitiu és definit per una economia i una societat basades principalment en l'ús intensiu de les TIC i del coneixement. L'objectiu d'aquest treball és investigar el paper que l'ús de les TIC en el màrqueting té en el procés de desenvolupament de nous productes, com a element que reforça la integració d'agents al projecte, afavorint l'establiment de relacions dirigides a la cooperació i l'adquisició d'intel·ligència de mercat útil en el procés de desenvolupament de nous productes. L'estudi d'una mostra de 2.038 companyies de tots els sectors de l'activitat econòmica a Catalunya ens permet contrastar hipòtesis inicials i establir un perfil de companyia innovadora basat en les importants relacions que hi ha entre la innovació, l'ús de TIC en el màrqueting i la integració. Sobresurten dues idees en la nostra anàlisi. En primer lloc, l'ús intensiu de les TIC en el màrqueting fa que la companyia sigui més innovadora, ja que percep que el seu ús ajuda a superar barreres a la innovació i accelera els processos, que es tornen més eficients. En segon lloc, incrementant l'ús de les TIC en el màrqueting es fa augmentar la predisposició de la companyia a integrar agents particulars en l'entorn de negoci en el desenvolupament del procés d'innovació i a col·laborar-hi, de manera que es millora el grau d'adaptació del nou producte a les demandes del mercat.

Absorptive capacity and the effect of social integration mechanisms in knowledge utilization

Tiedosta on tullut määräävä tekijä yrityksensuorituskyvylle. Yritykset hankkivat aktiivisesti uutta tietoa ulkoisesta ympäristöstään ja tallentavat sitä tietokantoihinsa. Uusi tieto on innovaatioiden ja uusien ideoiden peruselementti. Uudet ideat pitää myös kaupallistaa, jotta niiden avulla voidaan hankkia kilpailuetua. Absorptiivisen kapasiteetin malli yhdistää tiedon prosessointiin liittyvät kyvykkyydet, jotka vaikuttavat yrityksen kykyyn hyödyntää tietoa tehokkaasti. Ennen kuin tietoa voidaan käyttää uusien tuotteiden ja palveluiden luomiseen, täytyy sitä jakaa yrityksessä ja muuttaa se yrityksen toimintaa palvelevaksi. Aiemmissa tutkimuksissa innovaatiot ovat vahvasti liitetty yrityksen kykyyn uudistua. Tämä pro gradu -tutkielma tutkii sosiaalisten integraatiomekanismien vaikutusta potentiaalisen absorptiivisen kapasiteetin muuttamiseen toteutuneeksi absorptiiviseksi kapasiteetiksi. Yksilöiden ja osastojen välisen yhteistyön sekä luottamuksen vaikutus tiedon sisäistämiseen tutkittiin. Tutkielma pohjautuu monikansallisessa yrityksessä keväällä 2006 suoritettuun uudistumiskyky-tutkimukseen. Tutkielma keskittyy yrityksen kykyyn uudistua uuden tiedon ja innovaatioiden avulla. Tutkielma on kvantitatiivinen tapaustutkimus. Tutkielmassa tehtyjen havaintojen mukaan sosiaaliset integraatiomekanismit ovat tärkeitä uuden tiedon hyödyntämisessä. Tiedon eksplisiittyyden havaitaan vaikuttavan tiedon muuttamiseen yritykselle hyödylliseksi resurssiksi.

ENFIN--A European network for integrative systems biology.

Integration of biological data of various types and the development of adapted bioinformatics tools represent critical objectives to enable research at the systems level. The European Network of Excellence ENFIN is engaged in developing an adapted infrastructure to connect databases, and platforms to enable both the generation of new bioinformatics tools and the experimental validation of computational predictions. With the aim of bridging the gap existing between standard wet laboratories and bioinformatics, the ENFIN Network runs integrative research projects to bring the latest computational techniques to bear directly on questions dedicated to systems biology in the wet laboratory environment. The Network maintains internally close collaboration between experimental and computational research, enabling a permanent cycling of experimental validation and improvement of computational prediction methods. The computational work includes the development of a database infrastructure (EnCORE), bioinformatics analysis methods and a novel platform for protein function analysis FuncNet.