Estimation of sex and age of "virtual skeletons"--a feasibility study.

This article presents a feasibility study with the objective of investigating the potential of multi-detector computed tomography (MDCT) to estimate the bone age and sex of deceased persons. To obtain virtual skeletons, the bodies of 22 deceased persons with known age at death were scanned by MDCT using a special protocol that consisted of high-resolution imaging of the skull, shoulder girdle (including the upper half of the humeri), the symphysis pubis and the upper halves of the femora. Bone and soft-tissue reconstructions were performed in two and three dimensions. The resulting data were investigated by three anthropologists with different professional experience. Sex was determined by investigating three-dimensional models of the skull and pelvis. As a basic orientation for the age estimation, the complex method according to Nemeskéri and co-workers was applied. The final estimation was effected using additional parameters like the state of dentition, degeneration of the spine, etc., which where chosen individually by the three observers according to their experience. The results of the study show that the estimation of sex and age is possible by the use of MDCT. Virtual skeletons present an ideal collection for anthropological studies, because they are obtained in a non-invasive way and can be investigated ad infinitum.

Docking, virtual high throughput screening and in silico fragment-based drug design.

ABSTRACT The drug discovery process has been profoundly changed recently by the adoption of computational methods helping the design of new drug candidates more rapidly and at lower costs. In silico drug design consists of a collection of tools helping to make rational decisions at the different steps of the drug discovery process, such as the identification of a biomolecular target of therapeutical interest, the selection or the design of new lead compounds and their modification to obtain better affinities, as well as pharmacokinetic and pharmacodynamic properties. Among the different tools available, a particular emphasis is placed in this review on molecular docking, virtual high throughput screening and fragment-based ligand design.

Consolidació de la Plataforma COMalaWEB com a eina Web d'autoaprenentatge per a l'EEES

La plataforma d’e-learning: COMalaWEB és una eina multimedia de suport a l’estudi, l’experimentació i l’adquisició de tècniques d’autoaprenentatge. COMalaWEB s’ofereix com a punt de trobada entre estudiants, professors i altres professionals relacionats amb el mon de les telecomunicacions i/o de la docència universitària. Mitjançant el present projecte s’ha dut a terme la consolidació de la plataforma COMalaWEB com a eina WWW d'autoaprenentatge per a l'EEES (Estudis de Bachelor i de Màster): Dins de la plataforma s’hi ha integrat un Laboratori Virtual per a comunicacions analògiques i digitals (LaViCAD) que ofereix activitats experimentals amb un gran ventall de possibilitats que van des de les demostracions teòriques fins a l’emulació de sistemes de comunicacions quotidians com per exemple la televisió digital o el sistema Wifi dels sistemes WLAN. L’altre gran component de la plataforma es la base de dades de continguts empaquetada en unitats bàsiques anomenades objectes de coneixement, organitzada en cursos, integren tant continguts teòrics com un conjunt d’exercicis proposats per a aprofundir cadascun dels temes tractats. Amb l’actual projecte s’ha treballat en les següents línies d’actuació: - Integració dels simuladors del laboratori LAVICAD a la plataforma d’autoaprenentatge. - Creació de base de dades de recursos docents basats en paquets SCORM per a oferir materials docents de tipus teòric i col·leccions d’exercicis resolts en el marc de les diferents assignatures participants en el projecte. - Creació de base de dades de tipus qüestionari per a oferir exercicis a treballar en el marc de les diferents assignatures participants en el projecte. - Inserció de metodologies docents basades en els anteriors recursos en diferents assignatures d’estudis d’enginyeria i de màster.

Aprendre a Ensenyar a Resoldre Problemes

La finalitat general del projecte és la millora de la formació dels estudiants de magisteri i de professorat, pel que fa a la seva visió i els seus coneixements sobre l'ensenyament i aprenentatge de les matemàtiques, a partir d'una redefinició de les diferents assignatures de didàctica de les matemàtiques. Es pren l'aprenentatge de l'ensenyament de la resolució de problemes com a eix vertebrador de les assignatures, introduint la realitat de l'aula per mitjà de la interpretació de casos professionals gravats en videoclips. El projecte pretén elaborar materials docents així com dissenyar i experimentar noves metodologies, tant en l'àmbit presencial com virtual, i al mateix temps fomentar la coordinació del professorat que imparteix les assignatures de didàctica. Tot el material es recollirà en una base de dades en l'ADRE, que permetrà la consulta tant presencial com virtual dels materials docents i casos professionals recollits per parts de l'alumnat i professorat. Els objectius a assolits responen a la finalitat del projecte i estan relacionats amb moltes de les prioritats de la convocatòria, ja que impliquen, entre altres coses, la producció de material docent, l’experimentació de noves metodologies i la interrelació entre teoria i pràctica professional.

Implementació d'un Laboratori Virtual d'Equips Electrònics per múltiples aplicacions específiqies com a reforç docent en l'àrea de l'electrònica VERiLAB (Virtual ElectRonic LABoratory)

S’ha dissenyat un Laboratori Virtual d’Equips Electrònics per múltiples aplicacions específiques com a reforç docent en l’àrea de l’electrònica VERiLAB (Virtual ElectRonic LABoratory) i, a més, s’han dissenyat un conjunt de 9 pràctiques guiades per treure el màxim rendiment al laboratori virtual. El laboratori Virtual és una potent eina de treball per aplicacions docents com a programari d’iniciació a la utilització d’equips electrònics bàsics que podem trobar a qualsevol laboratori d’electrònica. Aquesta eina permet augmentar el nombre d’hores de treball pràctic fora del laboratori. La primera versió d’aquest programari es va dissenyar a l’any 2004 a la Universitat de Barcelona amb el software LabVIEW_7, el qual permet obtenir un fitxer executable amb el qual els alumnes poden treballar fora del laboratori. D’aquesta forma els alumnes únicament necessiten un ordinador per a poder fer les pràctiques. La primera versió del laboratori disposava d’un generador de funcions, un oscil·loscopi i un analitzador d’espectres com a equips electrònics, i a més a més incorporava un mòdul de filtres i un motor DC per treballar amb els equips. La versió 2 del Laboratori Virtual es va desenvolupar amb aquest projecte MQD i es va introduir una font d’alimentació, un multímetre de sobre taula i un portàtil com a equips electrònics. Es van crear també diferents mòduls de sistemes electrònics: filtres analògics, configuracions bàsiques basades en l’amplificador operacional, l’amplificador operacional no ideal i un circuit de rectificació d’ona completa. Aquests mòduls han premés ampliar el camp d’aplicació del Laboratori Virtual a diferents assignatures de l’àrea de l’electrònica.

Laboratori Virtual de Psicologia Bàsica

El Laboratori Virtual de Psicologia Bàsica (LVPB) és una eina que acompanya a l’estudiant en un recorregut a través d’experiments que s’han convertit en clàssics de la Psicologia Cognitiva. La plataforma reprodueix experiments provinents de l’estudi de l’atenció, l’emoció, el llenguatge, la memòria, la motivació, el pensament i la percepció. En cada experiment, el LVPB presenta un text introductori amb alguns articles de referència on es van proposar per primera vegada aquests experiments. El LVPB es basa en la plataforma d’e-learning Moodle, el que permet que cada estudiant tingui el seu propi espai en el qual guardar les dades, els resultats i les anàlisis que hagi realitzat. Tota la interacció amb el sistema queda enregistrada i pot ésser consultada tant per l’estudiant com pel seu professor en qualsevol moment. Això permet que el LVPB pugui ser utilitzat també com a eina d’avaluació per part del professor. La plataforma es troba disponible en la següent adreça: http://psicovirtual.uab.es/lvpb

Producció de material docent per a ciència de materials mitjançant microscòpia electrònica de rastreig i làser confocal

Aquest projecte s'ha realitzat al Servei de Microscòpia de la Universitat Autònoma de Barcelona, i ha tingut una durada de dos anys (2006-2008). La finalitat d’aquest projecte ha estat l’elaboració de material didàctic basat en la captació d’imatges i l’edició de recursos pedagògics de suport digital aplicats a la ciència de materials. Es pretén millorar així la qualitat docent de les pràctiques de diverses assignatures dels ensenyaments de Física i d’Enginyeria de Materials utilitzant tècniques d’anàlisi actuals com són la Microscòpia Electrònica de Rastreig (MER) i la Microscòpia Optica (MO). Amb aquest projecte es vol fomentar també el treball interdisciplinari en equip entre professionals (docents i tècnics superiors de recerca) i acostar la teoria de les assignatures a la realització pràctica, facilitant el suport digital necessari per aconseguir un màxim aprofitament a les aules. Les imatges de MER i MO ajudaran als alumnes a familiaritzar-se amb el món de la recerca i la indústria.

Creació de materials per a l'aprenentatge autònom i guiat de la interpretació de conferències a nivell inicial i intermedi

El desenvolupament del projecte ens ha permès de crear materials per a l´aprenentatge autònom de la interpretació de conferències així com d´un material d´acompanyament i suport del procés d´aprenentatge no presencial. Aquests materials s´integren en les assignatures d´interpretació del Grau en Traducció i Interpretació i serveixen perquè els estudiants continuïn fent un treball guiat fora de l´aula. Es pot considerar també un material de suport a les classes presencials. Els materials desenvolupats cobreixen les cinc llengües dels nostres estudis (català, castellà, anglès, alemany i francès) i estan organitzats en dos blocs diferenciats: itineraris d´aprenentatge i banc de discursos. Aquesta divisió permet a l´estudiant treballar seguint dues opcions diferenciades: a) a partir d´una seqüenciació guiada de tasques; b) abordant directament la interpretació d´un discurs oral. El projecte s'ha dut a terme entre les universitats Pompeu Fabra i Autònoma de Barcelona, durant el període 2007- 2009.

Projecte per a l'organització de pràctiques professionals en turisme en forrnació virtual

L'objectiu del projecte és possibilitar que els estudiants de la diplomatura de turisme de la UOC puguin realitzar una pràctica laboral rigorosa i realista i que permeti desenvolupar les competències bàsiques en treball en equip i transversals en sostenibilitat aplicada a les destinacions turístiques. La pràctica docent consisteix en una simulació, per a entorn virtual d'aprenentatge que emula les diferents fases del treball de consultoria turística i l’aplicació dels resultats del les tasques col·laboratives a un treball orientat a objecte. Concretament el projecte està orientat a simular un treball de camp i a dissenyar i executar un pla estratègic per a la millora d'una destinació de naturalesa. La metodologia didàctica parteix de l’organització d'un treball en equip, cosa per la qual s'espera que els estudiants puguin cooperar entre si durant les fases del projecte. Amb el projecte es pretén aconseguir dotar als estudiants de mètodes i habilitats en sostenibilitat aplicada al turisme. Així com posar en pràctica els coneixements previs obtinguts en aquesta matèria. La simulació consisteix en la implementació d’estratègies per a millorar l’ús dels recursos turístics en una destinació real espanyola (el parc Natural de la Serra d'Espadà, a la província de Castelló), així com a crear una memòria final basada en la creació d'un pla estratègic per a la implementació d'accions basades en el turisme sostenible en l’àrea d'estudi.

Entorn virtual d'agendes d'aprenentatge individualitzades

Les agendes d'aprenentatge han de servir als alumnes, com a eines de plani cació i seguiment de treball personal, en tant que hi poden trobar tota la informació necessària per al seguiment de totes les seves tasques. Així doncs, cal desenvolupar una nova eina, que faciliti aquesta tasca, donada la inexistència d'eines similars amb aquesta voluntat. S'ha desenvolupat una agenda d'aprenentatge mitjançant un calendari web on s'hi presenten totes les tasques d'una assignatura. Així l'alumne té consciència de tota la feina que ha de fer i li serveix com a guia educativa en un entorn de blended-learning.

Disseny d'un "museu virtual" per una sala d'exposicions mitjançant OpenGL

Aquest projecte tracta del disseny i implementació d’una aplicació gràfica que permeti visualitzar diferents exposicions de quadres que es realitzin a la sala d’exposicions de la Hemeroteca General de la UAB, gestionada pel col·lectiu “Cultura en Viu”. La utilitat ha sigut desenvolupada mitjançant la llibreria gràfica OpenGL i Microsoft Visual Studio. L’aplicació generada és també una eina de creació i manipulació d’exposicions al servei del usuari.

Estudi del procés de tall per a la millora dels esbocats en materials AHSS

En aquest projecte es presenta un estudi sobre punxonats i esbocats per a materials d’Alt límit elàstic (Acers AHSS; Advanced High Strength Steels), amb l’objectiu d’aconseguir saber quin és el millor procés de tall per aconseguir esbocats correctes. Utilitzant la premsa hidràulica de la Fundació Centre Tecnològic de Manresa (CTM) es realitza el punxonat i els esbocats a tots els materials per tal d’avaluar el seu comportament alhora de ser esbocats. A partir d’aquests resultats obtindrem les gràfiques de ràtio d’esbocat per a cadascun dels materials en els diferents sentits de esbocat. Com a mètode alternatiu del procés de tall, es realitzen unes mostres amb tall per aigua. S’observarà si els esbocats trenquen o no trenquen i en quines condicions ho fan. Una vegada realitzats aquests assajos, es procedirà a realitzar l’estudi de microdureses amb un indentador Vickers per tal de comprovar l’afectació de l’operació de tall en la microestructura del material. Es realitzarà també algun perfil de dureses utilitzant el Nanoindentador. Per finalitzar el projecte, s’inclourà un apartat de conclusions i un estudi mediambiental produït com a conseqüència de l’elaboració del projecte, així com un pressupost total d’aquest.

Materials per a una edició crítica i comentada del París e Viana català

Edició crítica del París e Viana català que té com a testimoni de base l'incunable de Girona de 1495, que es conserva a la Biblioteca Reial de Copenhaguen. El treball conté una anàlisi comparativa de les variants de l'edició de Girona i de les de l'edició de Barcelona. Es desmenteix la hipòtesi de Cátedra (1986: 37-38), segons la qual el Curial e Güelfa podria dependre del París e Viana i s'argumenta la inconveniència de classificar aquesta novel·la cavalleresca com a ficció sentimental. Les notes permeten resseguir els motius literaris comuns que constitueixen el relat

Scheduling in virtual infrastructure

For the execution of the scientific applications, different methods have been proposed to dynamically provide execution environments for such applications that hide the complexity of underlying distributed and heterogeneous infrastructures. Recently virtualization has emerged as a promising technology to provide such environments. Virtualization is a technology that abstracts away the details of physical hardware and provides virtualized resources for high-level scientific applications. Virtualization offers a cost-effective and flexible way to use and manage computing resources. Such an abstraction is appealing in Grid computing and Cloud computing for better matching jobs (applications) to computational resources. This work applies the virtualization concept to the Condor dynamic resource management system by using Condor Virtual Universe to harvest the existing virtual computing resources to their maximum utility. It allows existing computing resources to be dynamically provisioned at run-time by users based on application requirements instead of statically at design-time thereby lay the basis for efficient use of the available resources, thus providing way for the efficient use of the available resources.

THE USE OF SIMULATIONS IN EVOLUTIONARY POPULATION GENETICS: APPLICATIONS ON HUMANS, OWLS AND VIRTUAL ORGANISMS

Summary (in English) Computer simulations provide a practical way to address scientific questions that would be otherwise intractable. In evolutionary biology, and in population genetics in particular, the investigation of evolutionary processes frequently involves the implementation of complex models, making simulations a particularly valuable tool in the area. In this thesis work, I explored three questions involving the geographical range expansion of populations, taking advantage of spatially explicit simulations coupled with approximate Bayesian computation. First, the neutral evolutionary history of the human spread around the world was investigated, leading to a surprisingly simple model: A straightforward diffusion process of migrations from east Africa throughout a world map with homogeneous landmasses replicated to very large extent the complex patterns observed in real human populations, suggesting a more continuous (as opposed to structured) view of the distribution of modern human genetic diversity, which may play a better role as a base model for further studies. Second, the postglacial evolution of the European barn owl, with the formation of a remarkable coat-color cline, was inspected with two rounds of simulations: (i) determine the demographic background history and (ii) test the probability of a phenotypic cline, like the one observed in the natural populations, to appear without natural selection. We verified that the modern barn owl population originated from a single Iberian refugium and that they formed their color cline, not due to neutral evolution, but with the necessary participation of selection. The third and last part of this thesis refers to a simulation-only study inspired by the barn owl case above. In this chapter, we showed that selection is, indeed, effective during range expansions and that it leaves a distinguished signature, which can then be used to detect and measure natural selection in range-expanding populations. Résumé (en français) Les simulations fournissent un moyen pratique pour répondre à des questions scientifiques qui seraient inabordable autrement. En génétique des populations, l'étude des processus évolutifs implique souvent la mise en oeuvre de modèles complexes, et les simulations sont un outil particulièrement précieux dans ce domaine. Dans cette thèse, j'ai exploré trois questions en utilisant des simulations spatialement explicites dans un cadre de calculs Bayésiens approximés (approximate Bayesian computation : ABC). Tout d'abord, l'histoire de la colonisation humaine mondiale et de l'évolution de parties neutres du génome a été étudiée grâce à un modèle étonnement simple. Un processus de diffusion des migrants de l'Afrique orientale à travers un monde avec des masses terrestres homogènes a reproduit, dans une très large mesure, les signatures génétiques complexes observées dans les populations humaines réelles. Un tel modèle continu (opposé à un modèle structuré en populations) pourrait être très utile comme modèle de base dans l'étude de génétique humaine à l'avenir. Deuxièmement, l'évolution postglaciaire d'un gradient de couleur chez l'Effraie des clocher (Tyto alba) Européenne, a été examiné avec deux séries de simulations pour : (i) déterminer l'histoire démographique de base et (ii) tester la probabilité qu'un gradient phénotypique, tel qu'observé dans les populations naturelles puisse apparaître sans sélection naturelle. Nous avons montré que la population actuelle des chouettes est sortie d'un unique refuge ibérique et que le gradient de couleur ne peux pas s'être formé de manière neutre (sans l'action de la sélection naturelle). La troisième partie de cette thèse se réfère à une étude par simulations inspirée par l'étude de l'Effraie. Dans ce dernier chapitre, nous avons montré que la sélection est, en effet, aussi efficace dans les cas d'expansion d'aire de distribution et qu'elle laisse une signature unique, qui peut être utilisée pour la détecter et estimer sa force.