SIGIQ-UV : Sistema Inform??tic de Garantia Interna de Qualitat per als centres i titulacions de la Universitat de Val??ncia

Resumen basado en el de la publicaci??n

Towards closure between measured and modelled UV under clear skies at four diverse sites

The purpose of this work is determine the extent of closure between measurements and models of UV irradiances at diverse sites using state of the art instruments, models, and the best available data as inputs to the models. These include information about aerosol optical depth (unfortunately not extending down as far into the UVB region as desirable because such information is not generally available), ozone column amounts, as well as vertical profiles of temperature. We concentrate on clear-sky irradiances, and report the results in terms of UV Index (UVI)

Estabilitat conformacional de variants de la ribonucleasa A: pressió i temperatura com a inductors dels desplegament proteic

A fi d'analitzar la contribució de la regió C-terminal proposada com a iniciadora del plegament (CFIS 106-118) a l'estabilitat de l'RNasa A, els residus alifàtics d'aquesta regió es van substituir, mitjançant mutagènesi dirigida, per altres residus en els quals la cadena lateral alifàtica era rogressivament escurçada. La major part de les substitucions projectades suposaven delecions no disruptives de grups metil(è). A més, es va reemplaçar la Tyr115 per un Trp, de manera que, potencialment, s'introduïa una única sonda fluorescent, no desestabilitzant, per tal de seguir els canvis conformacionals que es poguessin generar en la regió durant el procés de legament/desplegament de la proteïna. Tant els paràmetres cinètics, com els espectres d'FTIR i CD, determinats per cadascuna de les ribonucleases variants, indiquen que els reemplaçaments aminoacídics efectuats presenten, en general, poc o cap efecte en l'estructura nativa i en l'activitat de l'enzim. Es va emprar l'espectroscòpia d'absorció a l'ultraviolat de quarta derivada, la fluorescència (per la variant amb Trp) i l'espectroscòpia d'infraroig per transformada de Fourier, per tal de seguir i caracteritzar, en condicions d'equilibri, les transicions conformacionals de cada variant en funció de la pressió i de la temperatura. Els resultats es van comparar amb els que es van obtenir per la proteïna salvatge. Per determinar més a fons les característiques del procés de desplegament de la variant Y115W, les transicions de desnaturalització induïdes per urea d'aquesta variant i de la proteïna salvatge, van ésser examinades per mitjà d'electroforesi en gradient d'urea i espectroscòpia de fluorescència. Curiosament, els canvis conformacionals que resulten de la desnaturalització per pressió són molt semblants als que s'obtenen per temperatura. Enfront d'un augment gradual tant de pressió com de temperatura, l'estructura terciària i els elements d'estructura secundària de les proteïnes estudiades es perden de manera conjunta i reversible. Aquestes variacions estructurals que es promouen descriuen un procés de desplegament molt cooperatiu i en dos estats. Atès que ambdues tècniques (UV i FTIR) utilitzen cadascuna un règim de concentració proteica molt diferent, els resultats indiquen que el procés de desplegament per pressió i per temperatura és intramolecular. Els resultats obtinguts suggereixen que la hidrofobicitat i el volum de les cadenes laterals del CFIS, juntament amb les interaccions de van der Waals entre elements d'estructura secundària intervenen de manera molt notable en l'estabilització de la proteïna. Entre els diferents aminoàcids alifàtics que pertanyen al CFIS C-terminal, la Val108 és el residu més important per tal de preservar la integritat estructural de l'estat natiu. Els reemplaçaments en aquesta posició causen petites alteracions conformacionals i una gran desestabilització de la proteïna (per exemple, el punt mig de la transició de desnaturalització per pressió i per temperatura de la variant V108G disminueix uns 592 MPa i 25ºC, respectivament, respecte a la proteïna salvatge). D'acord amb els resultats obtinguts, la variant Y115W ofereix una sonda útil per tal de seguir la cinètica de plegament/desplegament de l'RNasa A.

The use of pulse amplitude modulated fluorescence techniques for metal toxicity assessment in fluvial biofilms

Metal pollution in rivers is in great concern with human activities in the fluvial watershed. This thesis aims to investigate the potential use of chl-a fluorescence parameters as biomarkers of metal toxicity, and to find cause-effect relationships between metal exposures, other environmental factor (i.e. light), and functional and structural biofilm responses. This thesis demonstrates that the use of chl-a fluorescence parameters allows detect early effects on biofilms caused by zinc toxicity, both in the laboratory as in polluted rivers. In microcosm experiments, the use of chl-a fluorescence parameters allows evaluates structural changes on photosynthetic apparatus and in algal groups’ composition of biofilms long-term exposed to zinc. In order to evaluate the effects of chronic metal pollution in rivers, it is recommended the use of biofilm translocation experiments and the use of a multi-biomarker approach.

Analytical methodologies based on X-Ray Fluorescence Spectrometry (XRF) and Inductively Couple Plasma Spectroscopy (ICP) for the assessment of metal dispersal around mining environments

La investigació que es presenta en aquesta tesi es centra en l'aplicació i millora de metodologies analítiques existents i el desenvolupament de nous procediments que poden ser utilitzats per a l'estudi dels efectes ambientals de la dispersió dels metalls entorn a les zones mineres abandonades. En primer lloc, es van aplicar diferents procediments d'extracció simple i seqüencial per a estudiar la mobilitat, perillositat i bio-disponibilitat dels metalls continguts en residus miners de característiques diferents. Per altra banda, per a estudiar les fonts potencials de Pb en la vegetació de les zones mineres d'estudi, una metodologia basada en la utilització de les relacions isotòpiques de Pb determinades mitjançant ICP-MS va ser avaluada. Finalment, tenint en compte l'elevat nombre de mostres analitzades per a avaluar l'impacte de les activitats mineres, es va considerar apropiat el desenvolupament de mètodes analítics d'elevada productivitat. En aquest sentit la implementació d'estratègies quantitatives així com l'aplicació de les millores instrumentals en els equips de XRF han estat avaluades per a aconseguir resultats analítics fiables en l'anàlisi de plantes. A més, alguns paràmetres de qualitat com la precisió, l'exactitud i els límits de detecció han estat curosament determinats en les diverses configuracions de espectròmetres de XRF utilitzats en el decurs d'aquest treball (EDXRF, WDXRF i EDPXRF) per a establir la capacitat de la tècnica de XRF com a tècnica alternativa a les clàssiques comunament aplicades en la determinació d'elements en mostres vegetals.

UV index measurement and model agreement: uncertainties and limitations

En les últimes dècades, l'increment dels nivells de radiació solar ultraviolada (UVR) que arriba a la Terra (principalment degut a la disminució d'ozó estratosfèric) juntament amb l'augment detectat en malalties relacionades amb l'exposició a la UVR, ha portat a un gran volum d'investigacions sobre la radiació solar en aquesta banda i els seus efectes en els humans. L'índex ultraviolat (UVI), que ha estat adoptat internacionalment, va ser definit amb el propòsit d'informar al públic general sobre els riscos d'exposar el cos nu a la UVR i per tal d'enviar missatges preventius. L'UVI es va definir inicialment com el valor màxim diari. No obstant, el seu ús actual s'ha ampliat i té sentit referir-se a un valor instantani o a una evolució diària del valor d'UVI mesurat, modelitzat o predit. El valor concret d'UVI està afectat per la geometria Sol-Terra, els núvols, l'ozó, els aerosols, l'altitud i l'albedo superficial. Les mesures d'UVI d'alta qualitat són essencials com a referència i per estudiar tendències a llarg termini; es necessiten també tècniques acurades de modelització per tal d'entendre els factors que afecten la UVR, per predir l'UVI i com a control de qualitat de les mesures. És d'esperar que les mesures més acurades d'UVI s'obtinguin amb espectroradiòmetres. No obstant, com que els costs d'aquests dispositius són elevats, és més habitual trobar dades d'UVI de radiòmetres eritemàtics (de fet, la majoria de les xarxes d'UVI estan equipades amb aquest tipus de sensors). Els millors resultats en modelització s'obtenen amb models de transferència radiativa de dispersió múltiple quan es coneix bé la informació d'entrada. No obstant, habitualment no es coneix informació d'entrada, com per exemple les propietats òptiques dels aerosols, la qual cosa pot portar a importants incerteses en la modelització. Sovint, s'utilitzen models més simples per aplicacions com ara la predicció d'UVI o l'elaboració de mapes d'UVI, ja que aquests són més ràpids i requereixen menys paràmetres d'entrada. Tenint en compte aquest marc de treball, l'objectiu general d'aquest estudi és analitzar l'acord al qual es pot arribar entre la mesura i la modelització d'UVI per condicions de cel sense núvols. D'aquesta manera, en aquest estudi es presenten comparacions model-mesura per diferents tècniques de modelització, diferents opcions d'entrada i per mesures d'UVI tant de radiòmetres eritemàtics com d'espectroradiòmeters. Com a conclusió general, es pot afirmar que la comparació model-mesura és molt útil per detectar limitacions i estimar incerteses tant en les modelitzacions com en les mesures. Pel que fa a la modelització, les principals limitacions que s'han trobat és la falta de coneixement de la informació d'aerosols considerada com a entrada dels models. També, s'han trobat importants diferències entre l'ozó mesurat des de satèl·lit i des de la superfície terrestre, la qual cosa pot portar a diferències importants en l'UVI modelitzat. PTUV, una nova i simple parametrització pel càlcul ràpid d'UVI per condicions de cel serens, ha estat desenvolupada en base a càlculs de transferència radiativa. La parametrització mostra una bona execució tant respecte el model base com en comparació amb diverses mesures d'UVI. PTUV ha demostrat la seva utilitat per aplicacions particulars com ara l'estudi de l'evolució anual de l'UVI per un cert lloc (Girona) i la composició de mapes d'alta resolució de valors d'UVI típics per un territori concret (Catalunya). En relació a les mesures, es constata que és molt important saber la resposta espectral dels radiòmetres eritemàtics per tal d'evitar grans incerteses a la mesura d'UVI. Aquest instruments, si estan ben caracteritzats, mostren una bona comparació amb els espectroradiòmetres d'alta qualitat en la mesura d'UVI. Les qüestions més importants respecte les mesures són la calibració i estabilitat a llarg termini. També, s'ha observat un efecte de temperatura en el PTFE, un material utilitzat en els difusors en alguns instruments, cosa que potencialment podria tenir implicacions importants en el camp experimental. Finalment, i pel que fa a les comparacions model-mesura, el millor acord s'ha trobat quan es consideren mesures d'UVI d'espectroradiòmetres d'alta qualitat i s'usen models de transferència radiativa que consideren les millors dades disponibles pel que fa als paràmetres òptics d'ozó i aerosols i els seus canvis en el temps. D'aquesta manera, l'acord pot ser tan alt dins un 0.1º% en UVI, i típicament entre menys d'un 3%. Aquest acord es veu altament deteriorat si s'ignora la informació d'aerosols i depèn de manera important del valor d'albedo de dispersió simple dels aerosols. Altres dades d'entrada del model, com ara l'albedo superficial i els perfils d'ozó i temperatura introdueixen una incertesa menor en els resultats de modelització.

Interaction of flavonoids with bovine serum albumin: a fluorescence quenching study

The interaction between four flavonoids (catechin, epicatechin, rutin and quercetin) and bovine serum albumin (BSA) was investigated using tryptophan fluorescence quenching. Quenching constants were determined using the Stern-Volmer equation to provide a measure of the binding affinity between the flavonoids and BSA. The binding affinity was found to be strongest for quercetin, and ranked in the order quercetin>rutin>epicatechin=catechin. The pH in the range of 5 to 7.4 does not affect significantly (p<0.05) the association of rutin, epicatechin and catechin with BSA, but quercetin exhibited a stronger affinity at pH 7.4 than at lower pH (p<0.05). Quercetin has a total quenching effect on BSA tryptophan fluorescence at a molar ratio of 10:1 and rutin at approximately 25:1. However, epicatechin and catechin did not fully quench tryptophan fluorescence over the concentration range studied. Furthermore, the data suggested that the association between flavonoids and BSA did not change molecular conformation of BSA and that hydrogen bonding, ionic and hydrophobic interaction are equally important driving forces for protein-flavonoid association.

Introduction of 4-chloro-alpha-cyanocinnamic acid liquid matrices for high sensitivity UV-MALDI MS

Matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) is a key ionization technique in mass spectrometry (MS) for the analysis of labile macromolecules. An important area of study and improvements in relation to MALDI and its application in high-sensitivity MS is that of matrix design and sample preparation. Recently, 4-chloro-alpha-cyanocinnamic acid (ClCCA) has been introduced as a new rationally designed matrix and reported to provide an improved analytical performance as demonstrated by an increase in sequence coverage of protein digests obtained by peptide mass mapping (PMM) (Jaskolla, T. W.; et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 12200-12205). This new matrix shows the potential to be a superior alternative to the commonly used and highly successful alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid (CHCA). We have taken this design one step further by developing and optimizing an ionic liquid matrix (ILM) and liquid support matrix (LSM) using ClCCA as the principle chromophore and MALDI matrix compound. These new liquid matrices possess greater sample homogeneity and a simpler morphology. The data obtained from our studies show improved sequence coverage for BSA digests compared to the traditional CHCA crystalline matrix and for the ClCCA-containing ILM a similar performance to the ClCCA crystalline matrix down to 1 fmol of BSA digest prepared in a single MALDI sample droplet with current sensitivity levels in the attomole range. The LSMs show a high tolerance to contamination such as ammonium bicarbonate, a commonly used buffering agent.

Chlorophyll fluorescence technique as a rapid diagnostic test of the effects of the photosynthetic inhibitor chlorotoluron on two winter wheat cultivars

A modified chlorophyll fluorescence technique was evaluated as a rapid diagnostic test of the susceptibility of wheat cultivars to chlorotoluron. Two winter wheat cultivars (Maris Huntsman and Mercia) exhibited differential response to the herbicide. All of the parameters of chlorophyll fluorescence examined were strongly influenced by herbicide concentration. Additionally, the procedure adopted here for the examination of winter wheat cultivar sensitivity to herbicide indicated that the area above the fluorescence induction curve and the ratio F-V/F-M are appropriate chlorophyll fluorescence parameters for detection of differential herbicide response between wheat cultivars. The potential use of this technique as an alternative to traditional methods of screening new winter wheat cultivars for their response to photosynthetic inhibitor herbicide is demonstrated here.

Greenhouse whitefly (Homoptera : Aleyrodidae) dispersal under different UV-light environments

The greenhouse whitefly, Dialeurodes vaporariorum (Westwood) (Homoptera: Aleyrodidae), is known to respond to UV light (UV). Field studies were conducted to improve our understanding of the behavioral effects and practical implications of using UV-blocking plastic films for the control of whitefly. Adult whiteflies were released in outdoor-located choice-chamber experiments with compartments clad with a range of films that transmitted incident UV to different extents. In release-recapture experiments, a very small proportion of the whiteflies recovered had dispersed into compartments where the entire UV spectrum was blocked, whereas the major proportion preferred compartments with UV. Compartments clad with films that blocked LTV below 375 nm attracted significantly more whiteflies than films that blocked UV below 385 nm, whereas the absorption of LTV wavelengths above 385 nm did not show any further effect on whitefly numbers. A reduction in the side cladding of the compartments by > 20% significantly reduced the advantage of using LTV-blocking films. Adult whitefly did not discriminate between direct- and diffused-light environments, as long as the UV-absorbing properties of the films were equivalent. Whitefly dispersal was influenced by the time of the day when adult whitefly were released, with a higher proportion of whitelly avoiding compartments clad with LTV-blocking films, at times of the day when light intensities were higher. The future use of UV-blocking films as a potentially highly effective component of integrated pest management systems for the control of whitefly is discussed.

Effects of UV-blocking films on the dispersal behavior of Encarsia formosa (Hymenoptera : Aphelinidae)

The parasitoid Encarsia formosa Gahan (Hymenoptera: Aphelinidae) has been used successfully for the control of Trialeurodes vaporariorum (Westwood) (Homoptera: Aleyrodidae). The development of UV-blocking plastic films has added a new component to future integrated pest management systems by disrupting insect pest infestation when UV light is excluded. Because both T. vaporariorum and E. formosa are reported to have similar spectral efficiency, there was a need to identify the impact of UV-blocking films on the dispersal behavior of both the pest and the natural enemy. In field studies, using choice-chamber experiments, E. formosa showed some preference to disperse into compartments where less UV light was blocked. However, further studies indicated that the effect was primarily attributable to the different light diffusion properties of the films tested. Thus, unlike its whitefly host, when the UV-absorbing properties of the films were similar, but the light diffusion properties differed, E.formosa adults preferred to disperse into compartments clad with films that had high light diffusion properties. When the plastic films differed most in their UV-absorbing capacity and had no light-diffusion capability, the initial dispersal of E. formosa between treatments was similar, although a small preference toward the environment with UV light was observed over time. When parasitoid dispersal was measured 3 h after release, more parasitoids were found on plants, suggesting that the parasitoids would search plants for whitefly hosts, even in a UV-blocked light environment. The potential for the integration of UV-blocking films with E. formosa in an advanced whitefly management system is discussed.