Robust Control of Evolutionary Dynamics

The application of principles from evolutionary biology has long been used to gain new insights into the progression and clinical control of both infectious diseases and neoplasms. This iterative evolutionary process consists of expansion, diversification and selection within an adaptive landscape - species are subject to random genetic or epigenetic alterations that result in variations; genetic information is inherited through asexual reproduction and strong selective pressures such as therapeutic intervention can lead to the adaptation and expansion of resistant variants. These principles lie at the center of modern evolutionary synthesis and constitute the primary reasons for the development of resistance and therapeutic failure, but also provide a framework that allows for more effective control.

A model system for studying the evolution of resistance and control of therapeutic failure is the treatment of chronic HIV-1 infection by broadly neutralizing antibody (bNAb) therapy. A relatively recent discovery is that a minority of HIV-infected individuals can produce broadly neutralizing antibodies, that is, antibodies that inhibit infection by many strains of HIV. Passive transfer of human antibodies for the prevention and treatment of HIV-1 infection is increasingly being considered as an alternative to a conventional vaccine. However, recent evolution studies have uncovered that antibody treatment can exert selective pressure on virus that results in the rapid evolution of resistance. In certain cases, complete resistance to an antibody is conferred with a single amino acid substitution on the viral envelope of HIV.

The challenges in uncovering resistance mechanisms and designing effective combination strategies to control evolutionary processes and prevent therapeutic failure apply more broadly. We are motivated by two questions: Can we predict the evolution to resistance by characterizing genetic alterations that contribute to modified phenotypic fitness? Given an evolutionary landscape and a set of candidate therapies, can we computationally synthesize treatment strategies that control evolution to resistance?

To address the first question, we propose a mathematical framework to reason about evolutionary dynamics of HIV from computationally derived Gibbs energy fitness landscapes -- expanding the theoretical concept of an evolutionary landscape originally conceived by Sewall Wright to a computable, quantifiable, multidimensional, structurally defined fitness surface upon which to study complex HIV evolutionary outcomes.

To design combination treatment strategies that control evolution to resistance, we propose a methodology that solves for optimal combinations and concentrations of candidate therapies, and allows for the ability to quantifiably explore tradeoffs in treatment design, such as limiting the number of candidate therapies in the combination, dosage constraints and robustness to error. Our algorithm is based on the application of recent results in optimal control to an HIV evolutionary dynamics model and is constructed from experimentally derived antibody resistant phenotypes and their single antibody pharmacodynamics. This method represents a first step towards integrating principled engineering techniques with an experimentally based mathematical model in the rational design of combination treatment strategies and offers predictive understanding of the effects of combination therapies of evolutionary dynamics and resistance of HIV. Preliminary in vitro studies suggest that the combination antibody therapies predicted by our algorithm can neutralize heterogeneous viral populations despite containing resistant mutations.

Efeito da restrição protéica materna durante a lactação sobre a resposta de timócitos da prole jovem de ratos Wistar

Neste estudo investigamos as consequências da restrição protéica materna durante a lactação sobre a resposta de timócitos da prole jovem de ratos Wistar (grupo D), identificando o papel da leptina nas alterações encontradas. Observamos que, quando comparados ao grupo controle, os animais do grupo D apresentaram, aos 30 dias de vida, uma diminuição significativa tanto do peso corporal quanto do timo. Contudo, não observamos alterações no número de timócitos, no perfil de células CD4/CD8 ou na resposta proliferativa destas células. Sistemicamente, o grupo D não apresentou alterações nos níveis séricos de corticosterona ou no conteúdo nuclear do seu receptor (GR) em timócitos. Apesar dos animais D não apresentarem alterações nos níveis circulantes de leptina, a expressão do seu receptor, ObRb, estava aumentada nos timócitos. Esta alteração foi acompanhada pela amplificação da resposta de sinalização da leptina nestas células, observada por um aumento na ativação de JAK2 e STAT3 após a incubação com leptina. Os timócitos isolados do grupo D apresentaram uma diminuição significativa na taxa de apoptose espontânea quando comparados ao grupo controle. Corroborando estes resultados, demonstramos que os timócitos dos animais D apresentam um aumento na expressão da proteína antiapoptótica Bcl-2 e uma redução da expressão da proteína próapoptótica Bax, além de um maior conteúdo de Pró-caspase-3, entretanto, não encontramos alterações no conteúdo de Bad. Além disso, timócitos do grupo D apresentaram um maior conteúdo da subunidade p65 do NFĸB no núcleo, associado a uma menor expressão de IĸBα no citoplasma. Finalmente, observamos um aumento na expressão do RNAm para o gene ob (leptina) mas não para o gene db (receptor) no microambiente tímico dos animais D. Em conjunto, nossos dados mostram que a restrição protéica durante a lactação afeta a homeostase tímica, induzindo uma maior atividade de leptina, que protege os timócitos da apoptose na prole jovem, sugerindo que esses animais poderiam ser mais suscetíveis a alterações na resposta imune na vida aduta.

Prevalência de doença celíaca em pacientes dispépticos sem diarreia atendidos na Disciplina de Gastroenterologia e Endoscopia Digestiva do Hospital Universitário Pedro Ernesto da UERJ

A Doença Celíaca (DC) é uma doença autoimune que afeta o intestino delgado de indivíduos geneticamente susceptíveis após contato com o glúten. Diversos estudos têm relatado aumento da prevalência ao longo dos anos. Objetivo: Determinar a prevalência de DC em pacientes adultos sem diarreia encaminhados à Disciplina de Gastroenterologia do HUPE da UERJ para serem submetidos a Endoscopia Digestiva Alta (EDA).Comparar os resultados do histopatológico das biópsias duodenais com os resultados sorológicos, utilizando o anticorpo antitransglutaminase tecidual IgA (ATGt IgA). Métodos: Pacientes que foram encaminhados ao nosso serviço para serem submetidos a EDA entre Julho de 2008 e Julho de 2010, com idade entre 18 e 85 anos foram aceitos no estudo. Critérios de exclusão foram cirrose, neoplasias do trato gastrointestinal, HIV, uso de imunossupressores e anticoagulantes, diarreia, hemorragia digestiva e DC. Coleta de sangue para pesquisa do anticorpo ATGt IgA (utilizando KIT ORGENTEC - Alemanha), avaliação endoscópica e exame histopatológico das biópsias de segunda porção duodenal foram feitos para cada paciente. Biópsias foram avaliadas de acordo com o critério de Marsh modificado. Resultados: Trezentos e noventa e nove pacientes consecutivos (112 homens, 287 mulheres), média de idade 49,616,4 anos, variando de 18-85 anos, sem diarreia, foram prospectivamente aceitos. Os sintomas clínicos mais prevalentes foram dor abdominal em 99,5%, pirose em 41,1%, plenitude pós prandial em 30,6%, náuseas e vômitos em 21,3%. Os achados endoscópicos foram: normais em 41,6%, lesões pépticas (esofagite, gastrite, duodenite e úlceras) em 41,6%, hérnia hiatal em 5,5%, pólipos gástricos em 3%, neoplasias em 1,3% e miscelânea em 7%. DC foi endoscopicamente diagnosticada em 13 pacientes (3,3%) com mucosa duodenal exibindo serrilhamento das pregas em 8 (2%), diminuição do pregueado em 2 (0,5%) e mucosa exibindo padrão nodular e mosaico em 3 (0,75%). Os achados histopatológicos de duodeno foram normais em 96,7%, duodenites inespecíficas em 2,7% e 3 pacientes (0,75%) confirmaram DC pelos critérios de Marsh modificado (IIIa, IIIb e IIIc). O anticorpo ATGt IgA foi positivo (>10 U/ml) em 1,3% (5/399). Conclusão: Este estudo mostrou que a prevalência de DC em pacientes dispépticos sem diarreia atendidos na Disciplina de Gastroenterologia e Endoscopia do HUPE/UERJ foi de 0,75% (1:133). A acurácia diagnóstica do anticorpo ATGt IgA é boa para pacientes com Marsh III e achados endoscópicos sugestivos. Nenhum dos pacientes tinha alterações Marsh I ou II. A EDA se mostrou um excelente método de triagem para definir os pacientes com graus mais acentuados de atrofia e que se beneficiariam de biópsia e sorologia para confirmação diagnóstica. Os resultados obtidos neste trabalho não justificam uma triagem rotineira de DC.

Associação entre a periodontite crônica e o câncer de boca e/ou orofaringe

O objetivo desse trabalho foi determinar a prevalência, extensão e severidade da periodontite crônica em pacientes com câncer de boca e/ou orofaringe e verificar se essa forma de doença periodontal é indicadora de risco para essas neoplasias. Trinta e cinco pacientes com câncer de boca e/ou orofaringe, atendidos no Instituto Nacional de Câncer (INCA) e 40 pacientes e/ou acompanhantes do ambulatório do Instituto Nacional de Traumatologia e Ortopedia (INTO), não portadores de neoplasias de boca e/ou orofaringe, foram avaliados por meio de anamnese, exame periodontal e índice de dentes cariados perdidos e obturados (CPOD). A população estudada foi formada predominante por indivíduos do sexo masculino, da raça branca, casados, que cursaram até o ensino fundamental e possuíam renda familiar de até 6 salários mínimos. Não houve diferença estatística significante para esses parâmetros entre os grupos. No grupo caso havia significativamente mais pacientes fumantes e que ingeriam mais bebidas alcoólicas. Pacientes do grupo controle praticavam mais exercícios físicos e tinham o índice de massa corporal (IMC) significantemente mais elevado. O consumo de frutas, legumes e vegetais foi maior para o grupo controle (p>0,05), enquanto o consumo de carne vermelha foi maior no grupo caso (p>0,05). O histórico de casos de câncer na família era baixo em ambos os grupos. O grupo caso apresentou mais sítios com placa e sangramento a sondagem e menos sítios com sangramento gengival. Somente o índice de placa teve diferença estatisticamente significante. O número de dentes presentes era significantemente menor no grupo caso embora não houvesse diferença estatística significante entre os grupos para o índice CPOD. As médias de profundidade de bolsa a sondagem (PBS) e nível de inserção clínica (NIC) foram significantemente maiores para o grupo caso. A prevalência da periodontite crônica generalizada foi de 100% nos pacientes com câncer de boca e ou orofaringe. Oitenta e nove por cento dos pacientes do grupo caso apresentaram periodontite crônica severa. A extensão ou a severidade da periodontite crônica permaneceram indicadores de risco para o câncer de boca e/ou orofaringe independentes mesmo após os ajustes para fatores de confusão, álcool e fumo.

The MLH1 c.1852_1853delinsGC (p.K618A) Variant in Colorectal Cancer: Genetic Association Study in 18,723 Individuals

Colorectal cancer is one of the most frequent neoplasms and an important cause of mortality in the developed world. Mendelian syndromes account for about 5% of the total burden of CRC, being Lynch syndrome and familial adenomatous polyposis the most common forms. Lynch syndrome tumors develop mainly as a consequence of defective DNA mismatch repair associated with germline mutations in MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2. A significant proportion of variants identified by screening these genes correspond to missense or noncoding changes without a clear pathogenic consequence, and they are designated as "variants of uncertain significance'', being the c.1852_1853delinsGC (p.K618A) variant in the MLH1 gene a clear example. The implication of this variant as a low-penetrance risk variant for CRC was assessed in the present study by performing a case-control study within a large cohort from the COGENT consortium-COST Action BM1206 including 18,723 individuals (8,055 colorectal cancer cases and 10,668 controls) and a case-only genotype-phenotype correlation with several clinical and pathological characteristics restricted to the Epicolon cohort. Our results showed no involvement of this variant as a low-penetrance variant for colorectal cancer genetic susceptibility and no association with any clinical and pathological characteristics including family history for this neoplasm or Lynch syndrome.

Influência do refluxo duodenogástrico nas alterações histológicas da mucosa gástrica em ratos infectados por Helicobacter pylori: modelo experimental

O Helicobacter pylori, é tido como o principal fator de risco para o carcinoma gástrico. Diferentes estudos experimentais em animais procuram relacionar essa carcinogênese a outros fatores carcinógenos sem sucesso. Neste estudo, procurou-se avaliar-se em ratos, se há correlação entre o refluxo duodenogástrico, o Helicobacter pylori e o desenvolvimento do câncer gástrico ou de seus precursores. Para tal, realizou-se nos três grupos de ratos (n de dez por grupo) as técnicas de: piloroplastia precedida de infecção, gastrectomia subtotal precedida de infecção e um grupo no qual foi praticada apenas a infecção. Apois seis meses, analisou-se as alterações da mucosa, comparando-se os três grupos. As alterações da mucosa pesquisadas foram as seguintes: gastrites, metaplasias, displasias e neoplasias epiteliais. Ao término do estudo, foi encontrado, no grupo submetido a piloroplastia precedida de infecção um alto percentual de alterações epiteliais. Conclui-se que, no rato, a operação de piloroplastia, levou ao maior desenvolvimento da população do Helicobacter pylori, que se relaciona com as lesões pré- malignas e o adenocarcinoma gástrico.

Dipeptidyl-Peptidase IV Activity Is Correlated with Colorectal Cancer Prognosis

Background Dipeptidyl-peptidase IV (EC 3.4.14.5) (DPPIV) is a serine peptidase involved in cell differentiation, adhesion, immune modulation and apoptosis, functions that control neoplastic transformation. Previous studies have demonstrated altered expression and activity of tissue and circulating DPPIV in several cancers and proposed its potential usefulness for early diagnosis in colorectal cancer (CRC). Methods and principal findings The activity and mRNA and protein expression of DPPIV was prospectively analyzed in adenocarcinomas, adenomas, uninvolved colorectal mucosa and plasma from 116 CRC patients by fluorimetric, quantitative RT-PCR and immunohistochemical methods. Results were correlated with the most important classic pathological data related to aggressiveness and with 5-year survival rates. Results showed that: 1) mRNA levels and activity of DPPIV increased in colorectal neoplasms (Kruskal-Wallis test, p<0.01); 2) Both adenomas and CRCs displayed positive cytoplasmic immunostaining with luminal membrane reinforcement; 3) Plasmatic DPPIV activity was lower in CRC patients than in healthy subjects (Mann-U test, p<0.01); 4) Plasmatic DPPIV activity was associated with worse overall and disease-free survivals (log-rank p<0.01, Cox analysis p<0.01). Conclusion/significance 1) Up-regulation of DPPIV in colorectal tumors suggests a role for this enzyme in the neoplastic transformation of colorectal tissues. This finding opens the possibility for new therapeutic targets in these patients. 2) Plasmatic DPPIV is an independent prognostic factor in survival of CRC patients. The determination of DPPIV activity levels in the plasma may be a safe, minimally invasive and inexpensive way to define the aggressiveness of CRC in daily practice.

Fatores associados à não realização do Exame Papanicolau: estudo transversal de base populacional em duas capitais brasileiras

O câncer do colo do útero corresponde a cerca de 15% de todos os tipos de câncer em mulheres, no mundo. No Brasil, em 2002, o câncer de colo do útero foi responsável por 7,1% de todas as mortes por câncer em mulheres, ocupando a quarta posição entre os demais. Para o mesmo ano, a taxa de mortalidade por câncer do colo do útero ajustada por idade, pela população padrão mundial, foi de 5,03/100.000. Já as taxas de incidência ajustadas por idade variaram entre 14,3 por 100.000 mulheres em Salvador e 50,7 por 100.000 mulheres no Distrito Federal, para o período compreendido entre 1991 e 2001. O câncer do colo do útero inicia-se a partir de uma lesão pré-invasiva, curável em até 100% dos casos, que geralmente progride lentamente, por anos, antes de atingir o estágio invasor da doença, quando a cura se torna mais difícil, quando não impossível. A abordagem mais efetiva para o controle do câncer do colo do útero continua sendo o rastreamento por meio do exame preventivo de Papanicolaou. O objetivo deste estudo foi identificar fatores associados à não realização do exame de Papanicolaou em mulheres de 25 a 59 anos nos três anos anteriores à pesquisa, nos municípios de Fortaleza e Rio de Janeiro. Para cada localidade foi utilizado o delineamento transversal, de base populacional com amostragem por conglomerados com dois estágios de seleção e auto-ponderada. Os dados foram analisados por regressão de Poisson obedecendo a um modelo hierárquico previamente determinado. O percentual de mulheres não submetidas ao exame de Papanicolaou nos três anos anteriores à pesquisa, em Fortaleza e no Rio de Janeiro, foi de 19,1% (IC95%: 16,1-22,1) e 16,5% (IC95%: 14,1-18,9), respectivamente. Mulheres de baixa escolaridade, de menor renda per capita, de maior idade, não casadas, não submetidas a mamografia, ao exame clínico das mamas, aos exames de glicemia e colesterolemia foram as que apresentaram as maiores de razões de prevalências para a não realização do exame de Papanicolaou, em ambas as localidades. As fumantes foram menos submetidas ao exame em relação às demais mulheres, sendo essa diferença estatisticamente significativa somente no Rio de Janeiro. Finalmente, as informações aqui apresentadas apontam para a necessidade de intervenção em um grupo específico de mulheres. Deve-se priorizar atividades de educação para o diagnóstico precoce e rastreamento em mulheres sintomáticas e assintomáticas, respectivamente, além da garantia de acesso aos métodos de diagnóstico e tratamento adequados.

Avaliação por ressonância magnética funcional da necrose coagulativa por ablação de radiofrequência nas metástases hepáticas colorretais

A maioria dos pacientes que apresentam metástases hepáticas colorretais (MHCR) não são elegíveis para ressecção. Por isso, outras técnicas para se alcançar o controle locorregional da doença têm sido utilizadas. A Ablação por Radiofrequência (ARF) hepática tem sido empregada frequentemente para o tratamento desta condição devido às boas taxas de resposta, principalmente quando associada ao emprego de quimioterápicos modernos. Apesar da caracterização das MHCR no pré-operatório estar bem estabelecida, os parâmetros de ressonância magnética (RM) após ARF no período pós-cirúrgico requerem maior padronização objetiva. O coeficiente de difusão aparente de água (CDA) tem sido usado na RM como um parâmetro de isquemia e necrose. Entretanto, não está ainda bem definido seu papel e das imagens ponderadas de difusão (DWI) na avaliação da necrose coagulativa gerada pela ARF, especificamente em pacientes com MHCR. O objetivo deste estudo consiste em avaliar o espectro de mudança em RM funcional após a ARF de MHCR. Foi realizado estudo retrospectivo entre 2001 e 2006, avaliando 51 pacientes que foram submetidos à ARF por MHCR no Hospital Johns Hopkins (Baltimore, EUA) dos quais 16 preencheram os critérios de inclusão. Os critérios de inclusão foram: (1) apresentar MHCR tratada cirurgicamente com intenção curativa por ARF guiados por ultrassom per-operatório, e (2) ter uma RM anterior e imediatamente após a cirurgia (até 10 dias). As imagens de RMs antes e após a ablação hepática para MCHR foram identificadas e revistas. As imagens de RM de difusão e captação de contraste foram feitas numa unidade de 1.5 T. Imagens em T2 e T1 foram realizadas na presença e ausência de contraste venoso. Todos os exames tiveram a espessura de 4 a 6 mm e um intervalo de 2 mm, apresentando um angulo de rotação de 150. O índice de difusão foi determinado com um b-valor (intensidade do gradiente de difusão) de 500 seg/mm2. As análises de parâmetros para avaliar e comparar o pré e pós ARF através da RM funcional incluiram: (1) valores do mapa de CDA, (2) captação de contraste, (3) difusão e (4) mudança no tamanho da lesão. Em adição, a sobrevida mediana global e tempo para recorrência local foram calculados. As imagens foram avaliadas por um consenso de dois radiologistas/cirurgiões. Foram avaliados no total 65 lesões, com tamanho médio pré-ablação de 1,7 cm. Após ablação o tamanho médio da lesão aumentou para 3,5 cm (p<0,001). A captação de contraste nas fases arterial e venosa diminuíram significativamente após ARF (diminuição média 10% e 17,5%, respectivamente, p = 0,002 e <0,001). O valor médio do mapa de CDA da lesão foi de 2.79 x 10-3 mm2/seg pré-ARF, e após ARF diminui em média para 1.75 x 10-3 mm2/seg (p<0.001). A sobrevida mediana global foi de 34,7 meses. A ressonância magnética funcional através da captação de contraste e difusão pode prover uma estimativa subjetiva e objetiva da necrose coagulativa tissular e da desidratação celular na área ablada por radiofrequência. Quando combinada ao aumento no tamanho do tumor, podem atuar como um marcador adicional de resposta tumoral.

鄂尔多斯高原沙地草地的生态异质性

空间异质性的重要性在于其在自然生态系统中的普遍性和它所引起的生态学效应。空间异质性不仅在生态学理论中占有重要位置，而且也是生态系统管理和景观规划等实践中需要解决的基本问题。本文对鄂尔多斯高原(37038，～40052'N，106027'～111028'E)沙地草地的主要景观单元一沙地和风蚀沙化梁地植被与土壤的空间异质性格局与动态进行了定量的描述和实验研究。 在鄂尔多斯高原沙地景观中，通过对两条相互垂直的Skm样线上植被盖度、植物物种数的半方差分析和分形分析，揭示了植被的依赖于空间尺度的自相关特征和等级结构;沙地景观植被结构以小尺度空间变异占优势，植被斑块多集中在5-10 m的尺度上。对植被盖度低于20%的流沙斑点或斑块沿样线分布的空隙度分析表明流沙斑点或斑块呈适度聚集的格局。植被盖度和植物物种数与土壤有机碳和全氮含量的空间异质性之间的关系随空间尺度和生境类型的不同而有所不同。对植物群落内风蚀沙化斑块中的植物再生动态和克隆植物沙鞭的克隆生长观测实验表明，克隆植物的存在有利于风蚀沙化斑块的固定，跨越不同斑块边界的克隆植物的生长导致了斑块间的物质能量流动，从而影响了景观空间异质性的动态。 在风蚀沙化梁地中，梁坡处的土壤最为瘠薄，土壤颗粒组成以中细沙为主，这反映了风沙活动在梁坡处形成的沙粒堆积。相应地，梁坡处是以油蒿为优势种的沙生植物群落，与梁顶的典型草原植物（本氏针茅（Stipa bungeana)+百里香（Thymus serpyllum）+冷蒿（Artemisiafrigida））群落截然不同。从梁顶到梁底，植物群落受控于较大尺度上的与地形有关的环境梯度，因而其在较大尺度上的空间异质性占优势。

五助百里香植物愈伤组织培养及挥发油成份的生物合成研究

高等植物具有合成各种化合物的特殊功能。早在本世纪二十年代初期，许多有机化学家对这些复杂的天然次生代谢物提出了各种生源假说，阐述这些化合物的结构关系及其可能的生源途径。 目前，对于次生代谢产物生物合成研究主要有二个途径，整体方法和离体方法，其中离体方法包括非细胞系以及植物组织和细胞培养。 经过近一个世纪的努力，植物组织和细胞培养成了今天研究次生代谢产物生物合成的一个重要工具。目前这方面研究主要包括三个方面;﹤一﹥通过植物组织和细胞培养获得有价值的天然次生代谢产物;﹤二﹥研究次生代谢产物的生物合成途径;﹤三﹥生物合成新的有特殊价值的天然产物。 近二十年来，这一领域发展迅速，尤其是在寻找用植物细胞，像微生物那样，工业生产有价值的天然产物方面，为许多科学家所瞩目。 为了从植物组织和细胞培养中获得原植物特有的次生代谢产物，目前，主要包括四个方面的研究。﹤一﹥营养调节;﹤二﹥激素调节;﹤三﹥一级代谢对二级代谢的调节;﹤四﹥一些物理因子的调节。这些工作均在不同程度上取得一定的进展。 目前，在本领域中存在的主要问题是：﹤1﹥在植物组织培养中，许多植物特有的次生产物只能在在具有一定程度分化的细胞中才能产生;﹤2﹥在植物组织或细胞培养中，合成的次生产物含量较低;﹤3﹥许多植物组织或细胞培养不能合成原植物特有的次生代谢产物。 在我国，应用植物组织或细胞培养研究次生代谢产物合成的工作开展不多，尤其是有关精油的生物合成研究，目前才刚刚开始。 本实验应用两种化学型（芳樟醇型和香芹酚型）五肋百里香（Thymus guinguecostatus celak)植物的叶、茎、子房、花粉等诱导愈伤组织，以期探讨萜类及有关成份在愈伤组织中合成的规律;比较不同愈伤组织合成萜类及有关成份的差异;探讨不同化学型的遗传信息在愈伤组织中合成的作用。 在本实验中，我们的结果如下： 1.愈伤组织诱导 不同培养基对愈伤组织诱导不同，其中以添加6ppm 2,4-D和0.5ppm激动素的staba培养基的诱导率最高，接种17天后，诱导率达70%。老茎和老叶均不易产生愈伤组织。光照下培养也不易产生愈伤组织，诱导愈伤组织是在暗处进行的。 2.愈伤组织培养 愈伤组织在含有0.2ppm NAA和1ppm激动素的 staba 和 Ms 培养基中生长较好，五周后可长成约1克重。在光照下培养，茎的愈伤组织是绿色的，叶的愈伤组织为白色，无叶绿素，子房和花药愈伤组织含有少量叶绿素。光照下培养比暗处生长较快。在这两种培养基中添加200毫克/升亮氨酸时，茎的愈伤组织出现分化的不定芽，叶的愈伤组织不发生分化，但生长加快。 3.原植物精油成份 移栽于本所北京植物园的五肋百里香精油成份，经气-质联用鉴定,与原产地的精油成份相似。从山东烟台地区移栽的芳樟醇型，经气-质联用鉴定有13个化合物，除前已坚定的五个原产地精油成份，如芳樟醇，龙脑，莰烯，蒎烯和β-红波药烯外，本实验鉴定的成份。 从山东泰安地区移栽的为香芹酚型经气-质联用鉴定的精油成份有12个，除前已鉴定的香芹酚，百里香酚等9个成份外，本实验鉴定的成份有桧烯，α-侧柏烯和新异侧柏醇等。 4.愈伤组织中萜类和有关成份及其生源 芳樟醇型叶愈伤组织，经提取分离，气-质联合检出4个化合物：异戌酰胺，苯甲酸乙酯，橙花叔醇和香兰素。主要成份是异戌酰胺和苯甲酸乙酯。 在香芹酚型愈伤组织中，鉴定了一个化合物，异戌酰胺，它是该愈伤组织的主要成份。 在本实验中，没有检出单萜成份，但检出一个倍半萜，橙花叔醇。因此，我们认为单萜和倍半萜的生物合成部位可能是相互分离的。倍半萜可能是在细胞质中合成的。 在本实验中，我们认为主要成份异戌酰胺可能是由亮氨酸转化的;香兰素和苯甲酸乙酯可能是从肉桂酸途径衍生的。

The effect of Rosmarinus officinalis and Zataria multiflora extracts on the stability of poly unsaturated fatty acids in frozen silver carp minced

The purpose of this study, Evaluation the effect of Rosmarinus officinalis and Thymus vulgaris extracts on the stability of poly unsaturated fatty acids in frozen Silver carp minced. Treatments include: Treatment 1 - Control: frozen meat packaged in conventional Treatment 2: Frozen Silver carp minced+Thyme 300 mg/kg in normal packaging Treatment 3: Frozen Silver carp minced+Rosemary 200 mg/kg in normal packaging Treatment 4: Frozen Silver carp minced+Rosemary compound (100 mg/kg) and Thyme (100 mg/kg) in normal packaging After rapid freezing of samples in the spiral freezer by individual quick freezing method, to maintain the cold temperature (-18) °C were transferred. Sampling and measurements to determine the fatty acid profile of the zero phase beginning in the first month and then every ten days, and 15 days in the second month of the third month after the monthly test. Identifying, defining and measuring the fatty acid profile by gas chromatography was performed. In this study, levels of both saturated and unsaturated fatty acids in three experimental and one control were identified as follows: A: saturated fatty acids: Meristic C14: 0/Palmitic C16: 0/Hepta decaenoic C17: 0/Stearic C18: 0/Arashidic C20: 0/B:Mono unsaturated fatty acids: palmitoleic C16: 1-W7/Oleic C18: 1-W9/Gadoleic C20: 1-W9 C:Poly unsaturated fatty acids: Linoleic C18: 2-W6/α-Linolenic C18: 3-W3 D:High unsaturated fatty acids: Arachidonic C20: 4-W6 Eicosapentaenoic acid C20: 5-EPA/W3 Docosahexaenoic C22: 6-DHA/W3 Results of this study was to determine, Thyme and rosemary extracts containing silver carp minced stored in freezing conditions, Stability of different types of fatty acids, monounsaturated fatty acids, poly-unsaturated fatty acids, omega-3 and omega-6 fatty acids are. So that none of the fatty acids measured were not significant 100% increase or decrease, While changes in the fatty acid oxidation during storage time is minimized. The results obtained from the fatty acid profiles and indicators of their and statistical tests show that treatment with rosemary extract More stable during storage (-18) ° C In comparison with the control and other treatments are shown; And at relatively low compared to other treatments and control samples oleic acid and linoleic acid, palmitic more. According to studies,in Silver carp minced that containing rosemary extract, end of the storage period of six months. Were usable, so even rosemary extract the shelf-life examples to increase more than six months.

Ontogeny of IgM-producing cells in the mandarin fish Siniperca chuatsi identified by in situ hybridisation

The ontogeny of IgM-producing cells was studied in juvenile mandarin fish Simperca chuatsi, an important fish in China's aquaculture sector. The IgM-producing cells were localised through in situ hybridisation with a probe complementary to the Ig mu-chain in lymphoid-related tissues, including head kidney, spleen, thymus, intestine and gills. In head kidney, transcripts of Ig mu were first detected at 20 days post-hatching (dph) with a few positive signals. and the number of IgM-producing cells increased obviously from 39 dph onwards. At 136 dph, a large amount of positive cells were observed in the entire organ with clusters of these cells located around the blood vessels. In spleen, IgM-producing cells were found from 26 dph onwards, followed by an increase until 67 dph: clusters of positive cells were also detected around blood vessels at 102 dph. In thymus, IgM-producing cells were first observed at 39 dph; thereafter, no obvious increase was detected until 78 dph. The positive cells in thymus were distributed mainly in the outer zone of thymus. A few IgM-producing cells were still observed in thymus of 1-year-old mandarin fish. IgM-producing cells were not detected in the intestine until 87 dph, with several discrete positively stained cells distributed in the lamina propria. IgM-producing cells, scattered mainly in primary gill filaments around blood vessels, were detected in gills from 90 dph. As in other teleosts, these results indicated that the head kidney appears to be the primary organ for IgM production in mandarin fish, and IgM-producing cells exist in all organs examined in the present study, implying their lymphoid role in fish. In addition, it is suggested that vaccination after 20 dph may be much more effective in mandarin fish. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.

Expression regulation and functional characterization of a novel interferon inducible gene Gig2 and its promoter

Grass carp hemorrhagic virus (GCHV)-induced gene 2 (Gig2) is a novel gene previously identified from UV-inactivated GCHV-treated Carassius auratus blastulae embryonic (CAB) cells, suggesting that it should play a pivotal role in the interferon (IFN) antiviral response. In this study, a polyclonal anti-Gig2 antiserum was generated and used to study the inductive expression pattern by Western blot analysis, showing no basal expression in normal CAB cells but a significant up-regulation upon UV-inactivated GCHV, polyinosinic:polycytidylic acid (Poly I:Q and recombinant IFN (rIFN). However, constitutive expression of Gig2 is observed in all tested tissues from grass carp (Ctenopharyngodon idellus), and Poly I:C injection increases the relative amount of Gig2 protein in skin, spleen, trunk kidney, gill, hindgut and thymus. Moreover, the genomic sequence covering the whole Gig2 ORF and the upstream promoter region were amplified by genomic walking. Significantly, the Gig2 promoter contains three IFN-stimulated response elements (ISREs), nine GAAA/TfTC motifs and five gamma-IFN activating sites (GAS), which are the characteristics of genes responsive to both type I IFN and type 11 IFN. Subsequently, the complete Gig2 promoter sequence was cloned into pGL3-Basic vector, and its activity was measured by luciferase assays in the transfected CAB cells. The Gig2 promoter-driven construct is highly induced in CAB cells after treatment with Poly I:C or rIFN, and the functional capability is dependent on IFN regulatory factor 7 (IRF7), because its activity can be stimulated by IRF7. Collectively, the data provide strong evidence that Gig2 is indeed a novel IFN inducible gene and its expression is likely dependent on IRF7 upon Poly I:C or IFN. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Structure, organization and expression of common carp (Cyprinus carpio L.) NKEF-B gene

Natural killer (NK) cell enhancing factor (NKEF) belongs to the newly defined peroxiredoxin (Prx) family. Its functions are to enhance NK cell cytotoxicity and to protect DNA and proteins from oxidative damage. In this study, a partial cDNA sequence of carp NKEF-B was isolated from thymus cDNA library. Subsequently, the full-length cDNA of carp NKEF-B was obtained by means of 3' and 5' RACE, respectively. The full-length cDNA of carp NKEF-B was 1022 bp, consisting of a 73 bp 5'-terminal untranslated region (UTR), a 355 bp T-terminal UTR, and a 594 bp open reading frame coding for a protein of 197 amino acids. Carp NKEF-B contained two consensus Val-Cys-Pro (VCP) motifs and three consensus cysteine (Cys-51, Cys-70 and Cys-172) residues. Sequence comparison showed that the deduced amino acid sequence of carp NKEF-B had an overall similarity of 74-96% to that of other species homologues. Phylogenetic analysis revealed that carp NKEF-B forms a cluster with other known teleost NKEF-Bs. Then, by PCR we obtained a 5.1 -k long genomic DNA of carp NKEF-B containing six exons and five introns. Realtime RT-PCR results showed that carp NKEF-B gene was predominantly detected in kidney and head kidney under un-infected conditions. Whereas under SVCV-infection condition, the expression of NKEF-B gene was significantly increased in blood cells, gill, intestine and spleen, but maintained in liver, and decreased significantly in kidney and head kidney. Finally, the rNKEF-B was constructed and expressed in Escherichia coli. By using an antibody against carp rNKEF-B, immunohistochemical study further indicated that NKEF-B positive cells are mainly some RBCs and a few epithelial cells in gill and intestine, and that under SVCV-infection condition, these positive cells or positive products in their cytoplasm were mainly increased in gill and spleen sections of carp. The results obtained in the present study will help to understand the function of NKEF-B in teleost innate immunity. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.