Abordagem probabilística para caracterização do sistema de marcação de sequenciamento multiplex na plataforma ABI SOLID

Os sequenciadores de nova geração como as plataformas Illumina e SOLiD geram uma grande quantidade de dados, comumente, acima de 10 Gigabytes de arquivos-texto. Particularmente, a plataforma SOLiD permite o sequenciamento de múltiplas amostras em uma única corrida (denominada de corrida multiplex) por meio de um sistema de marcação chamado Barcode. Esta funcionalidade requer um processo computacional para separação dos dados por amostra, pois, o sequenciador fornece a mistura de todas amostras em uma única saída. Este processo deve ser seguro a fim de evitar eventuais embaralhamentos que possam prejudicar as análises posteriores. Neste contexto, o presente trabalho propõe desenvolvimento de um modelo probabilístico capaz de caracterizar sistema de marcação utilizado em sequenciamentos multiplex. Os resultados obtidos corroboraram a suficiência do modelo obtido, o qual permite, dentre outras coisas, identificar faltas em algum passo do processo de sequenciamento; adaptar e desenvolver de novos protocolos para preparação de amostras, além de atribuir um Grau de Confiança aos dados gerados e guiar um processo de filtragem que respeite as características de cada sequenciamento, não descartando sequências úteis de forma arbitrária.

Ativação microglial, lesão da substância branca e expressão de Nogo-A em ratos submetidos à isquemia estriatal

O objetivo desta investigação foi avaliar o padrão degenerativo de diversos tratos de substância branca após lesão isquêmica estriatal, correlacionando o processo degenerativo com os padrões de ativação microglial e expressão de Nogo-A. Para isso, foi induzida isquemia focal com injeção estereotáxica de endotelina no estriado de ratos adultos, e nos animais controle apenas injetou-se solução salina estéril. Os animais foram perfundidos 3, 7, 14 e 30 dias após isquemia. O cérebro removido, pós-fixado, crioprotegido, cortado em criostato e os cortes obtidos submetidos à investigação imunoistoquímica com os seguintes anticorpos: Anti-GFAP (1:2000,Dako), Anti-Tau-1 (1:500,Chemicon), Anti-MBP (1:100,Chemicon International), Anti-Nogo A (1:100,Invitrogen), Anti-Iba1 (1:1000, WAKO), Anti-ED1 (1:500, Serotec) e Anti-MHC-II (1:100 Abcam), além da visualização do padrão lesivo com violeta de cresila. As lâminas marcadas pelos diferentes métodos foram avaliadas qualitativamente e algumas também quantitativamente (Anti-Nogo A, Anti-ED1, Anti-MHC-II e Anti-Tau-1), com contagens realizadas no estriado e no corpo caloso. Os dados foram tabulados, submetidos à análise estatística pelo teste de Tukey (p<0,05) e capturadas micrografias dos achados mais representativos. As lâminas coradas com violeta de cresila revelaram um aumento da densidade celular pela infiltração de células inflamatórias à área isquêmica, com aumento expressivo ao 7º dia. Nas lâminas imunomarcadas para GFAP foi encontrado aumento progressivo da população de astrócitos, assim como um aumento do volume celular em 7 e 14 dias. Oligondendrócitos patológicos marcados com Tau-1 tiveram pico de marcação ao 3º dia no estriado e ao 7º dia no corpo caloso, e a perda de compactação de mielina identificada pelo MBP foi melhor observada ao 14º dia, nos diferentes tratos. A ativação microglial identificada pelas diferentes imunomarcações apresentou seu pico ao 7º dia, tanto em estriado como em corpo caloso, porém no corpo caloso com um número muito menor quando comparado com o estriado. A morfologia microglial sofreu variações, sendo encontrado o fenótipo ramificado nos animais controles, assim como nos tempos precoces e tardios pós isquemia e o padrão amebóide/fagocítico ao 7º dia, coincidente com o maior número de células ativadas. A contagem de células Nogo-A + teve seu pico observado ao 3º dia no estriado, não sendo observadas no corpo caloso diferenças de expressão de Nogo-A entre 3 a 14 dias, apenas uma diminuição quando comparado a 30 dias. Sendo assim, microinjeções de ET-1 no estriado induziram conspícua perda tecidual, concomitante com ativação microglial progressiva, astrocitose, perda da imunoreatividade para proteína básica de mielina e lesão de oligodendrócitos em diversos tempos de sobrevida após isquemia focal. Estes eventos acometem alguns tratos de SB, como o corpo caloso. O estabelecimento da evolução temporal destes eventos neuropatológico é a base para estudos futuros, nos quais se deverá manipular a resposta inflamatória com intuito de minimizar estas alterações teciduais.

A voz em performance: uma abordagem sincrônica de narrativas e versos da cultura oral pantaneira

Pós-graduação em Letras - FCLAS

Lugar e significado da gestão pombalina na economia colonial do Grão-Pará

A historiografia sobre o período colonial na Amazônia supõe uma realidade moldada pela oposição entre um projeto colonial agrícola e a ocorrência de situações concretas de economias extrativistas, a depender da disponbilidade de capital a ser aplicado no principal meio de produção, o escravo negro. De modo que um longo período de escassez de recursos teria conformado o ciclo da economia extrativista na Região dominado pelas "drogas do sertão", substituído por esforços da gestão pombalina por um ciclo agrícola. A gestão pombalina seria a inflexão para uma dinâmica estruturada pela agricultura que, alimentada adiante por conjunturas do mercado mundial, sobretudo as ligadas à guerra da independência americana, só encontraria limitação importante na emergência do novo ciclo extrativista centrado na borracha. Os resultados aqui discutidos não demonstram ser a período pombalino o momento em que, enfim, se estabeleceram os fundamentos da economia amazônica. Trata-se, na verdade, de fundamental e criativo momento de uma trajetória que, todavia, já iniciara quase ¾ de século antes, se impôs ao protagonismo reformador que marcou o período e dele recebeu condicionantes que marcaram indelevelmente a história da Região até os dias atuais.

A Casa dos Días: a vida no cárcere feminino

O presente trabalho aborda, no âmbito das ciências sociais, as percepções que as mulheres sentenciadas a regime fechado no Centro de Reeducação Feminino (CRF), presídio feminino localizado no estado do Pará, constroem sobre o sistema penal no qual estão inseridas, partindo do que as mesmas se referem/representam como sendo crime, justiça e liberdade ― categorias básicas para a pesquisa que, afinal, serviram, principalmente, para revelar um mundo maior de correlações dentro do espaço pesquisado. A discussão apresentada é proveniente do trabalho de campo realizado no ano de 2010 e no primeiro semestre de 2011, com um grupo de doze interlocutoras, duas agentes prisionais e dois policiais que foram entrevistados no intuito de evidenciar as diferentes relações instituídas a partir da vida no cárcere. Nesta perspectiva, os dados relativos à pesquisa aludem para o fato de que o presídio feminino não é simples espaço onde as interlocutoras estão pela obrigatoriedade do cumprimento da pena; ele é reelaborado e ressignificado cotidianamente, marcando as mudanças de valores, concepções e condutas das mulheres sentenciadas, transformando as certezas da vida anterior ao cárcere em dúvidas recorrentes e que também criam oportunidades de novos arranjos sociais.

Uma análise do espiritismo em Fortaleza-CE, com ênfase na expansão territorial do grupo espírita Paulo e Estevão (GEPE), na perspectiva de visibilidade do espaço religioso

Pós-graduação em Geografia - IGCE

De retirantes a aldeias urbanas: parentesco, poder e educação entre os Mundurukú das Praias do Índio e do Mangue em Itaituba - PA

Este trabalho é um estudo que trata de duas aldeias Mundurukú, Praia do Índio e Praia do Mangue, que estão situadas na área urbana de Itaituba – PA, Brasil. O contato entre a sociedade indígena e a sociedade nacional fez surgir muitos problemas que prejudicam a própria reprodução desse grupo social. Entretanto essas aldeias esforçam-se para resgatar sua identidade Mundurukú através do ensino de seu idioma nativo nas escolas indígenas de suas aldeias. Este estudo foi realizado durante o curso de mestrado em Antropologia, do Programa de Pós-Graduação em Ciências Sociais da Universidade Federal do Pará, de março de 2006 a março de 2008. A pesquisa foi dividida em duas partes. Uma delas foi através de pesquisas de textos específicos de antropologia em bibliotecas, livrarias e internet. A segunda parte foi no trabalho de campo em Itaituba, onde se situam as aldeias. Fui duas vezes ao campo no intervalo das aulas (“férias”) do Programa. Porém eu estive por quatro meses em campo, antes do inicio do curso de Mestrado. Ocasião onde foram entrevistados membros de doze famílias de um total de duzentas e cinqüenta e oito pessoas. O resultado da pesquisa mostrou que nestes grupos em situação urbana é possível perceber a adaptação das instituições tradicionais Mundurukú. E que a interação e contato com a sociedade nacional fez surgir uma nova ordem social. Essa nova ordem social formada, guarda tanto elementos da sociedade nacional quanto características tradicionais Mundurukú. E nesse contexto urbano verificamos que as instituições tradicionais Mundurukú, apesar de tudo, continuam marcando bem os espaços sobretudo de poder que ainda são regulados pelo parentesco, pelos clãs e pelo ‘cacicado’.

Influência da ovariectomia associada à dieta deficiente em cálcio na periodontite experimental

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Desafios diagnósticos na doença de Hirschsprung: aplicabilidade de novos métodos imunohistoquímicos e endoscópicos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Detecção de glicoconjugados de lecitinas em neoplasias mamárias caninas

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FCAV

Quantificação de células CD117+, CD45+ e subpopulações linfocitárias no sangue do cordão umbilical e periférico de suínos neonatos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Imunoexpressão e citogenética do tumor venéreo transmissível natural no cão

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudo da neuropatologia induzida pelo vírus Marabá em modelo murino

O vírus Marabá (Be AR 411459) é um Vesiculovírus (VSV), membro da família Rhabdoviridae, isolado em 1983, de um pool de flebotomíneos capturado em Marabá-PA pela Seção de Arbovírus do Instituto Evandro Chagas. Na literatura pouco se tem sobre neuropatologia experimental induzida pelo vírus Marabá, apesar dos 30 anos de isolamento. Um único estudo, porém, revelou que a infecção viral em camundongos recém-nascidos provoca necrose e picnose em neurônios em várias regiões do sistema nervoso central (SNC) O objetivo do presente trabalho foi investigar a distribuição do vírus Marabá no SNC, a ativação microglial e astrocitária, aspectos histopatológicos; e a expressão de citocinas e óxido nítrico (NO), na encefalite induzida pelo vírus Marabá em camundongo BALB/c adultos. Para tanto, foram realizados processamentos de amostras para análise histopatologica; immunohistoquímica para marcação de microglia, astrócitos e antígeno viral; testes de quantificação de citocinas e NO; e análises estatísticas. Os resultados demonstraram que os animais infectados (Ai) 3 dias após a inoculação (d.p.i.) apresentam discreta marcação do antígeno viral, bem como quanto a ativação de microglia e astrócitos no SNC. Por outro lado, nos Ai 6 d.p.i. a marcação do antígeno viral foi observada em quase todas regiões encefálicas, observando-se intensa ativação microglial nestes locais, embora a astrogliose tenha sido menor. Edema, necrose e apoptose de neurônios foram observados principalmente no bulbo olfatório, septo interventrícular e córtex frontal dos Ai 6 d.p.i. A quantificação dos níveis de IL-12p40, IL-10, IL-6, TNF- α, INF-ү, MCP-1 e de NO mostrou aumentos significativos nos Ai 6 d.p.i., quando comparados aos animais controles e Ai 3 d.p.i.. Por outro lado, os níveis de TGF-β, importante imunossupressor, não foi significativo em todos os grupos e tempos avaliados (3 e 6 d.p.i.). Estes resultados indicam que o vírus Marabá pode infectar diversas regiões do SNC de camundongo BALB/c adulto 6 d.p.i., produzindo alterações anátomo-patológicas e uma forte resposta imune inflamatória que pode ser letal para o animal.

Análise imunohistoquímica da ADAMTS-1 e proteoglicanos no ameloblastoma e no tumor odontogênico cístico calcificante

O ameloblastoma e o tumor odontogênico cístico calcificante (TOCC) são tumores odontogênicos que tem origem do epitélio odontogênico, porém ainda não é conhecido o estímulo ou gatilho que leva à transformação neoplásica desses tumores. O comportamento biológico das lesões é distinto, pois o ameloblastoma é um tumor mais agressivo e com taxa de recorrência significativa. Já o TOCC é um tumor menos agressivo e raramente há recorrência e por esse motivo foi utilizado como controle no estudo. Portanto, a elucidação completa dos mecanismos pelos quais esses tumores odontogênicos apresentam tais comportamentos biológicos continua sendo um desafio para os pesquisadores. As c (A Disintegrin and Metalloproteinase with ThromboSpondin) são metaloendopeptidases que são dependentes de zinco em seu domínio catalítico. Essas enzimas possuem ampla atividade catalítica contra uma variedade de substratos como os proteoglicanos (agrecan, brevican e versican), que são proteínas presente na matriz extracelular (MEC). As ADAMTS exibem características estruturais que lhes conferem um grande potencial para exibir múltiplas funções. Exibem função crucial em vários processos como proliferação, adesão, invasão e sinalização celular. As alterações nessas enzimas estão presentes em diversos tumores, o que sugere que estas proteínas podem estar envolvidas no processo carcinogênico em diferentes caminhos. Especificamente a ADAMTS-1 tem sido correlacionada com a tumorigênese de algumas neoplasias como no câncer de mama, pulmão e pâncreas. Assim como a ADAMTS, agrecan, brevican e versican são expressos em vários tumores e a regulação alterada desses proteoglicanos pode contribuir para o desenvolvimento da carcinogênese. Neste trabalho foram estudadas ADAMTS-1, agrecan, brevican e versican no ameloblastoma e TOCC. Foram incluídos 20 casos de ameloblastoma e 6 casos de TOCC, utilizados como controle. A expressão de ADAMTS-1, agrecan, brevican e versican foi avaliada por imunohistoquímica e as áreas de marcação foram mensuradas e analisadas. Para análise de correlação entre as proteínas estudadas utilizou-se o teste de Spearman. Todas as amostras de ameloblastoma expressaram ADAMTS-1, agrecan, brevican e versican. Todas as amostras de TOCC também expressaram as mesmas proteínas, porém numa quantidade significativamente menor que no ameloblastoma. A diferença de expressão de ADAMTS-1 e brevican no epitélio do ameloblastoma e do TOCC foi significante estatisticamente (p<0,0105). Assim como a expressão de agrecan e versican, no epitélio do ameloblastoma e do TOCC, também foi estatisticamente significante (p<0,0067) e (p<0,0148), respectivamente. Não houve correlação entre as proteínas estudadas.

A cidade poli(multi) nucleada: a reestruturação do espaço urbano em Salvador

Pós-graduação em Geografia - FCT