Fast left ventricle tracking in CMR images using localized anatomical affine optical flow

In daily cardiology practice, assessment of left ventricular (LV) global function using non-invasive imaging remains central for the diagnosis and follow-up of patients with cardiovascular diseases. Despite the different methodologies currently accessible for LV segmentation in cardiac magnetic resonance (CMR) images, a fast and complete LV delineation is still limitedly available for routine use. In this study, a localized anatomically constrained affine optical flow method is proposed for fast and automatic LV tracking throughout the full cardiac cycle in short-axis CMR images. Starting from an automatically delineated LV in the end-diastolic frame, the endocardial and epicardial boundaries are propagated by estimating the motion between adjacent cardiac phases using optical flow. In order to reduce the computational burden, the motion is only estimated in an anatomical region of interest around the tracked boundaries and subsequently integrated into a local affine motion model. Such localized estimation enables to capture complex motion patterns, while still being spatially consistent. The method was validated on 45 CMR datasets taken from the 2009 MICCAI LV segmentation challenge. The proposed approach proved to be robust and efficient, with an average distance error of 2.1 mm and a correlation with reference ejection fraction of 0.98 (1.9 ± 4.5%). Moreover, it showed to be fast, taking 5 seconds for the tracking of a full 4D dataset (30 ms per image). Overall, a novel fast, robust and accurate LV tracking methodology was proposed, enabling accurate assessment of relevant global function cardiac indices, such as volumes and ejection fraction.

Estudos de impacte ambiental em infraestruturas rodoviárias com recurso a tecnologia SIG e avaliação multicritério

O Estudo de Impacte Ambiental (EIA) é uma peça fundamental no processo de Avaliação Ambiental a que têm de ser submetidos alguns projetos de engenharia. Este é o resultado de atividades e avaliações metodológicas conducentes a identificar/avaliar possíveis impactes, apresentando medidas de minimização e o plano de monitorização. Se existirem múltiplas alternativas, o EIA deve indicar a “ambientalmente mais favorável”. O presente trabalho apresenta uma proposta metodológica para apoio dessas atividades/avaliações, tendo como estrutura integradora um SIG ligado a modelos externos específicos, constituindo -se assim como uma contribuição para o desenvolvimento de um SADE -MC, no domínio ambiental. Essa proposta engloba a conceção duma rotina interativa, em Visual Basic® para suportar os processos de Screening/Scoping, Avaliação da Significância e Seleção dos Indicadores Ambientais. As funcionalidades do SIG, associadas aos módulos externos, são usadas para prever/quantificar os impactes e os indicadores ambientais. Estes indicadores são então utilizados como critérios, no módulo de avaliação multicritério que utiliza, nesta aplicação, o método ELECTRE III. Isso permite apresentar uma preordenação final das alternativas, desde a “ambientalmente mais favorável” até à mais adversa. Como caso de estudo, essa proposta metodológica é aplicada a um EIA referente ao projeto de um troço de autoestrada no Centro de Portugal.

Evaluation of exposure index (IgM) in orthopaedic radiography

The exposure index (lgM) obtained from a radiographic image may be a useful feedback indicator to the radiographer about the appropriate exposure level in routine clinical practice. This study aims to evaluate lgM in orthopaedic radiography performed in the standard clinical environment. We analysed the lgM of 267 exposures performed with an AGFA CR system. The mean value of lgM in our sample is 2.14. A significant difference (P=0.000<0.05) from 1.96 lgM reference is shown. Data show that 72% of exposures are above the 1.96 lgM and 42% are above the limit of 2.26. Median values of lgM are above 1.96 and below 2.26 for Speed class (SC) 200 (2.16) and SC400 (2.13). The interquartile range is lower in SC400 than in SC200. Data seem to indicate that lgM values are above the manufacturer’s reference of 1.96. Departmental exposure charts should be optimised to reduce the dose given to patients.

Accessing Planktothrix species diversity and associated toxins using quantitative real-time PCR in natural waters

Tese de Doutoramento em Biologia apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, 2015.

The role of discriminant analysis in the refinement of customer satisfaction assessment

OBJECTIVE: To test discriminant analysis as a method of turning the information of a routine customer satisfaction survey (CSS) into a more accurate decision-making tool. METHODS: A 7-question, 10-multiple choice, self-applied questionnaire was used to study a sample of patients seen in two outpatient care units in Valparaíso, Chile, one of primary care (n=100) and the other of secondary care (n=249). Two cutting points were considered in the dependent variable (final satisfaction score): satisfied versus unsatisfied, and very satisfied versus all others. Results were compared with empirical measures (proportion of satisfied individuals, proportion of unsatisfied individuals and size of the median). RESULTS: The response rate was very high, over 97.0% in both units. A new variable, medical attention, was revealed, as explaining satisfaction at the primary care unit. The proportion of the total variability explained by the model was very high (over 99.4%) in both units, when comparing satisfied with unsatisfied customers. In the analysis of very satisfied versus all other customers, significant relationship was identified only in the case of the primary care unit, which explained a small proportion of the variability (41.9%). CONCLUSIONS: Discriminant analysis identified relationships not revealed by the previous analysis. It provided information about the proportion of the variability explained by the model. It identified non-significant relationships suggested by empirical analysis (e.g. the case of the relation very satisfied versus others in the secondary care unit). It measured the contribution of each independent variable to the explanation of the variation of the dependent one.

Epidemiology of bacterial meningitis among children in Brazil, 1997-1998

OBJECTIVE: To document the incidence and the descriptive epidemiology of bacterial meningitis among individuals under age 20 in a geographically defined region in Brazil during the two-year period immediately preceding the introduction of Haemophilus influenzae type b (Hib) vaccines into the national immunization program of Brazil. METHODS: Population-based epidemiological study of all cases of bacterial meningitis reported among residents of Campinas, Brazil, under age 20 (n=316,570) during the period of 1997-98, using comprehensive surveillance records compiled by the Campinas Health Department from cases reported among hospital inpatients, outpatients, emergency room visits, death certificates, and autopsy reports. RESULTS: The incidence of bacterial meningitis (n=274) was 334.9, 115 and 43.5 cases/10(5) person-years (pys) for residents of Campinas under age 1, 5 and 20, respectively. All cases were hospitalized, with an average length of stay of 12 days. Documented prior antibiotic use was 4.0%. The case-fatality rate of bacterial meningitis in individuals under age 20 was 9% (24/274) with 75% of deaths occurring in children under the age of five. The incidence of Hib meningitis (n=26) was 62.8 and 17 cases/10(5) pys in children age <1 and <5, respectively. CONCLUSIONS: The incidence of Hib meningitis in children under the age of 5 in Campinas during 1997-98 was similar to that reported in the US, Western Europe, and Israel prior to widespread Hib vaccine use in those regions. This study provides a baseline for later studies to evaluate changes in the etiology and incidence of bacterial meningitis in children after introduction of routine Hib vaccination in Brazil.

Programas de self-management em pacientes com DPOC: uma revisão sistemática

Introdução: Programas de self-management têm como objectivo habilitar os pacientes com estratégias necessárias para levar a cabo procedimentos específicos para a patologia. A última revisão sistemática sobre selfmanagament em DPOC foi realizada em 2007, concluindo-se que ainda não era possível fornecer dados claros e suficientes acerca de recomendações sobre a estrutura e conteúdo de programas de self-managament na DPOC. A presente revisão tem o intuito de complementar a análise da revisão anterior, numa tentativa de inferir a influência do ensino do self-management na DPOC. Objectivos: verificar a influência dos programas de self-management na DPOC, em diversos indicadores relacionados com o estado de saúde do paciente e na sua utilização dos serviços de saúde. Estratégia de busca: pesquisa efectuada nas bases de dados PubMed e Cochrane Collaboration (01/01/2007 – 31/08/2010). Palavras-chave: selfmanagement education, self-management program, COPD e pulmonary rehabilitation. Critérios de Selecção: estudos randomizados sobre programas de selfmanagement na DPOC. Extracção e Análise dos Dados: 2 investigadores realizaram, independentemente, a avaliação e extracção de dados de cada artigo. Resultados: foram considerados 4 estudos randomizados em selfmanagement na DPOC nos quais se verificaram benefícios destes programas em diversas variáveis: qualidade de vida a curto e médio prazo, utilização dos diferentes recursos de saúde, adesões a medicação de rotina, controle das exacerbações e diminuição da sintomatologia. Parece não ocorrer alteração na função pulmonar e no uso de medicação de emergência, sendo inconclusivo o seu efeito na capacidade de realização de exercício. Conclusões: programas de self-management aparentam ter impacto positivo na qualidade de vida, recurso a serviços de saúde, adesão à medicação, planos de acção e níveis de conhecimento da DPOC. Discrepâncias nos critérios de selecção das amostras utilizadas, períodos de seguimento desiguais, consistência das variáveis mensuradas, condicionam a informação disponibilizada sobre este assunto.

Determinação de autoanticorpos em doentes com suspeita de hepatite autoimune e cirrose biliar primária

O diagnóstico de doença hepática autoimune em doentes com patologia hepática implica a exclusão de outras causas de lesão hepática como vírica, alcoólica, tóxica, devido a alterações genéticas ou metabólicas, esteatose hepática não alcoólica e uma criteriosa avaliação de dados clínicos, bioquímicos, histológicos e colangiográficos especificas destas patologias (Invernizzi et al 2007) O diagnóstico e tratamento precoces destas patologias são fundamentais para a prevenção da alta morbilidade e mortalidade associada a estes doentes. O despiste de patologia hepática autoimune assenta na utilização de testes serológicos para a deteção de autoanticorpos associados a estas patologias. O conhecimento destes testes e a interpretação dos resultados obtidos revelam-se fundamentais para o diagnóstico ou exclusão destas doenças (Beuers 2005). Deste modo, foi objetivo deste trabalho a pesquisa e identificação de autoanticorpos em uso clínico: ANA, AMA, AML, ANCA, Anti-SLA/LP, anti-LKM, anti-LC1 e anti-actina F, em doentes com suspeita de HAI e CBP em que foi excluída causa vírica, alcoólica e tóxica. O trabalho incidiu particularmente na comparação dos resultados do perfil de autoanticorpos de pedidos feitos ao exterior com os resultados obtidos recorrendo à utilização de um novo kit de imunoblot, e assim determinar a relevância da introdução da pesquisa dos novos autoanticorpos e avaliar a relação custo/benefício da implementação do kit BlueDot liver da D-tek® na rotina laboratorial do serviço de Patologia Clínica do Hospital Pedro Hispano. Os resultados encontrados foram de 100% de concordância entre os métodos de imunofluorescência indireta e imunoblot, e Elisa e Imunoblot. Deste modo seria uma boa estratégia a implementação desta última técnica na rotina laboratorial uma vez que proporciona uma rápida disponibilização dos resultados para o clínico, antecipando desta forma o diagnóstico e o início rápido do tratamento em benefício do doente. Por outro lado, quando analisámos a relação custo/beneficio, seria vantajosa a implementação desta técnica uma vez que o laboratório dispõe de capacidade técnica, e o custo de aquisição do kit não excede o valor praticado atualmente correspondendo a uma poupança de 51%.

Microbiological quality of drinking water of urban and rural communities, Brazil

OBJECTIVE: To evaluate the microbiological quality of treated and untreated water samples came from urban and rural communities and to examine the relationship between coliforms occurrence and average water temperature, and a comparison of the rainfall levels. METHODS: A sample of 3,073 untreated and treated (chlorinated) water from taps (1,594), reservoir used to store treated water (1,033), spring water (96) and private well (350) collected for routine testing between 1996 and 1999 was analyzed by the multiple dilution tube methods used to detect the most probable number of total and fecal coliforms. These samples were obtained in the region of Maringá, state of Paraná, Brazil. RESULTS: The highest numbers water samples contaminated by TC (83%) and FC (48%) were found in the untreated water. TC and FC in samples taken from reservoirs used to store treated water was higher than that from taps midway along distribution lines. Among the treated water samples examined, coliform bacteria were found in 171 of the 1,033 sampling reservoirs. CONCLUSIONS: Insufficient treatment or regrowth is suggested by the observation that more than 17% of these treated potable water contained coliform. TC and FC positive samples appear to be similar and seasonally influenced in treated water. Two different periods must be considered for the occurrence of both TC and FC positive samples: (i) a warm-weather period (September-March) with high percentage of contaminated samples; and (ii) cold-weather period (April-August) were they are lower. Both TC and TF positive samples declined with the decreased of water temperature.

GreenFix®: avaliação da morfologia em tecido mamário

Na última década têm desenvolvido fixadores para substituição do formol que é tóxico para o homem. O principal objectivo foi avaliar microscopicamente a histomorfologia e as características tintoriais de tecido mamário fixado em GreenFix®, durante 24 e 72 horas, comparativamente ao fixado em formol, através da coloração de Hematoxilina-Eosina. Uma análise global da histomorfologia revelou existir uma diferença estatisticamente significativa entre a fixação pelo GreenFix® e pelo formol (p=0,050), tendo-se registado uma melhoria da coloração e detalhe nuclear nos tecidos fixados com GreenFix® durante 24 (p=0,007) ou 72 horas(p=0,024). O GreenFix® é um potencial substituto do formol na rotina histológica.

Control of Aedes aegypti with temephos in a Buenos Aires cemetery, Argentina

The efficacy of a larvicide, temephos, for controlling Ae. aegypti was evaluated in a cemetery in Buenos Aires, Argentina. Breeding sites decreased from 18.4% in the first study period (Nov 1998 to May 1999, without temephos) to 2.2% in the second period (Nov 1999 to May 2000, two applications), and to 0.05% in the third one (Nov 2000 to May 2001, five applications). Ovitraps with eggs decreased from 17% in the first period to 5.8% in the second period, and to 2.9% in the third one. Results suggest that, in Buenos Aires, Ae. aegypti populations are highly susceptible to temephos. It is recommended to limit the use of temephos to prevent potential epidemics rather than for routine control.

Exposure to dust in poultry: the importance of task differences for detailed exposure assessment

Dust is a complex mixture of particles of organic and inorganic origin and different gases absorbed in aerosol droplets. In a poultry unit include dried faecal matter and urine, skin flakes, ammonia, carbon dioxide, pollens, feed and litter particles, feathers, grain mites, fungi spores, bacteria, viruses and their constituents. Dust particles vary in size and differentiation between particle size fractions is important in health studies in order to quantify penetration within the respiratory system. A descriptive study was developed in order to assess exposure to particles in a poultry unit during different operations, namely routine examination and floor turn over. Direct-reading equipment was used (Lighthouse, model 3016 IAQ). Particle measurement was performed in 5 different sizes (PM0.5; PM1.0; PM2.5; PM5.0; PM10). The chemical composition of poultry litter was also determined by neutron activation analysis. Normally, the litter of poultry pavilions is turned over weekly and it was during this operation that the higher exposure of particles was observed. In all the tasks considered PM5.0 and PM10.0 were the sizes with higher concentrations values. PM10 is what turns out to have higher values and PM0.5 the lowest values. The chemical element with the highest concentration was Mg (5.7E6 mg.kg-1), followed by K (1.5E4 mg.kg-1), Ca (4.8E3 mg.kg-1), Na (1.7E3 mg.kg-1), Fe (2.1E2 mg.kg-1) and Zn (4.2E1 mg.kg-1). This high presence of particles in the respirable range (<5–7μm) means that poultry dust particles can penetrate into the gas exchange region of the lung. Larger particles (PM10) present a range of concentrations from 5.3E5 and 3.0E6 mg/m3.

Study of the influence of count’s number in myocardium in the determination of reproducible functional parameters in Gated-SPECT studies simulated with GATE

Myocardial Perfusion Gated Single Photon Emission Tomography (Gated-SPET) imaging is used for the combined evaluation of myocardial perfusion and left ventricular (LV) function. But standard protocols of the Gated-SPECT studies require long acquisition times for each study. It is therefore important to reduce as much as possible the total duration of image acquisition. However, it is known that this reduction leads to decrease on counts statistics per projection and raises doubts about the validity of the functional parameters determined by Gated-SPECT. Considering that, it’s difficult to carry out this analysis in real patients. For ethical, logistical and economical matters, simulated studies could be required for this analysis. Objective: Evaluate the influence of the total number of counts acquired from myocardium, in the calculation of myocardial functional parameters (LVEF – left ventricular ejection fraction, EDV – end-diastolic volume, ESV – end-sistolic volume) using routine software procedures.

Lesões da substância branca por ressonância magnética: uma avaliação entre as ponderações DWI e T2 FLAIR

RESUMO: Objetivos – Determinar a sensibilidade e especificidade das ponderações Difusão (DWI) e T2 Fluid-Attenuated Inversion Recovery (FLAIR) na avaliação de lesões da substância branca (SB) e verificar em que medida se complementam, por forma a criar um conjunto de boas práticas na RM cranioencefálica de rotina. Metodologia – Recorrendo-se a uma metodologia quantitativa, efetuou-se uma análise retrospetiva da qual foram selecionados 30 pacientes, 10 sem patologia e 20 com patologia (2 com EM, 7 com Leucoencefalopatia, 6 com doença microangiopática e 5 com patologia da substância branca indefinida). Obteve-se uma amostra de 60 imagens, nomeadamente: 30 imagens ponderadas em DWI e 30 em T2 FLAIR. Recorrendo ao programa Viewdex®, três observadores avaliaram um conjunto de imagens segundo sete critérios: visibilidade, deteção, homogeneidade, localização, margens e dimensões da lesão e capacidade de diagnóstico. Com os resultados obtidos recorreu-se ao cálculo de sensibilidade e especificidade pelas Curvas ROC, bem como à análise estatística, nomeadamente, Teste-T, Índice de Concordância Kappa e coeficiente de correlação de Pearson entre as variáveis em estudo. Resultados – Os resultados de sensibilidade e de especificidade obtidos para a ponderação T2 FLAIR foram superiores (0,915 e 0,038, respetivamente) aos da ponderação DWI (0,08 e 0,100, respetivamente). Não se verificaram variâncias populacionais significativas. Obteve-se uma elevada correlação linear entre as variáveis com um valor r situado entre 0,8 e 0,99. Verificou-se também uma variabilidade considerável entre os observadores. Conclusões – Dados os baixos valores de sensibilidade e especificidade obtidos para a DWI, sugere-se que esta deva ser incluída no protocolo de rotina de crânio como auxiliar no diagnóstico diferencial com outras patologias.

A mamografia: experiência psicológica, atitudes e comportamentos do técnico de radiologia facilitadores da colaboração da mulher

RESUMO: A mamografia é o método de diagnóstico mais eficaz para deteção precoce de carcinoma da mama. A realização periódica deste exame tem vindo a ser associada a melhores prognósticos como deteção da doença em fases mais precoces e redução de mortalidade. Contudo, a mamografia não é encarada como mais um exame complementar de diagnóstico e constitui, para a maioria das mulheres, uma situação de ameaça. Na verdade, muitas mulheres referem ter experienciado ansiedade, dor ou desconforto durante a realização deste procedimento. Por outro lado, uma percentagem elevada de mulheres falha na realização periódica de mamografias. Este artigo pretende abordar as reações psicológicas associadas ao exame de mamografia e enfatizar a forma como os técnicos de radiologia podem melhorar o atendimento das mulheres que realizam este exame. O papel do técnico de radiologia no fornecimento de informação antes do exame, na criação de uma atmosfera agradável e empática e na utilização de estratégias de confronto para redução de dor e desconforto e na promoção do controlo e autonomia da paciente são alguns dos aspetos abordados.