A survey of transposable element classification systems--a call for a fundamental update to meet the challenge of their diversity and complexity.

The increase of publicly available sequencing data has allowed for rapid progress in our understanding of genome composition. As new information becomes available we should constantly be updating and reanalyzing existing and newly acquired data. In this report we focus on transposable elements (TEs) which make up a significant portion of nearly all sequenced genomes. Our ability to accurately identify and classify these sequences is critical to understanding their impact on host genomes. At the same time, as we demonstrate in this report, problems with existing classification schemes have led to significant misunderstandings of the evolution of both TE sequences and their host genomes. In a pioneering publication Finnegan (1989) proposed classifying all TE sequences into two classes based on transposition mechanisms and structural features: the retrotransposons (class I) and the DNA transposons (class II). We have retraced how ideas regarding TE classification and annotation in both prokaryotic and eukaryotic scientific communities have changed over time. This has led us to observe that: (1) a number of TEs have convergent structural features and/or transposition mechanisms that have led to misleading conclusions regarding their classification, (2) the evolution of TEs is similar to that of viruses by having several unrelated origins, (3) there might be at least 8 classes and 12 orders of TEs including 10 novel orders. In an effort to address these classification issues we propose: (1) the outline of a universal TE classification, (2) a set of methods and classification rules that could be used by all scientific communities involved in the study of TEs, and (3) a 5-year schedule for the establishment of an International Committee for Taxonomy of Transposable Elements (ICTTE).

Water consumption and soil moisture distribution in melon crop with mulching and in a protected environment

Mulching has become an important technique for land cover, but there are some technical procedures which should be adjusted for these new modified conditions to establish optimum total water depth. It is also important to observe the soil-water relations as soil water distribution and wetted volume dimensions. The objective of the present study was to estimate melon evapotranspiration under mulching in a protected environment and to verify the water spatial distribution around the melon root system in two soil classes. Mulching provided 27 mm water saving by reducing water evaporation. In terms of volume each plant received, on average, the amount of 175.2 L of water in 84 days of cultivation without mulching, while when was used mulching the water requirement was 160.2 L per plant. The use of mulching reduced the soil moisture variability throughout the crop cycle and allowed a greater distribution of soil water that was more intense in the clay soil. The clayey soil provided on average 43 mm more water depth retention in 0.50 m soil deep relative to the sandy loam soil, and reduced 5.6 mm the crop cycle soil moisture variation compared to sandy loam soil.

Nymphicidal effect of vegetal extracts of Annona mucosa and Anonna crassiflora (Magnoliales, Annonaceae) against rice stalk stink bug, Tibraca limbativentris (Hemiptera, Pentatomidae)

This study aimed to verify the chloroform-methanol nymphicidal action of extracts of Annona mucosa leaves and seeds and of A. crassiflora seeds on second instar nymphs of rice stalk stink bug, Tibraca limbativentris. For each extract the concentrations of 0.5%, 1.0%, 2.0%, 4.0%, 8.0%, and two control treatments (water and Tween80®) were used. The results show that the seed extracts of A. mucosa and A. crassiflora have insecticidal activity against the T. limbativentris nymphs with statistical significance for all concentrations when compared with controls. The seed extract of A. mucosa showed the higher toxicity with greater than 75% mortality at a concentration of 1.0% in the first 24 h after application. The leaf extract of A. mucosa presented the lowest toxicity with no more than 40% mortality. The seed extract of A. crassiflora showed intermediate toxicity among all the tested extracts, and the nymph's mortality exceeded 80% for the highest concentration after 120 h of application. Considering these results, we were able to observe that the seeds extract of A. mucosa may be an alternative for the control of bed bug nymphs T. limbatriventris, especially for small producers.

Neuropathogenesis in glutaric aciduria type I and methylmalonic aciduria

Glutaric aciduria type-I (GA-I) and methylmalonic aciduria (MMA-uria) are two neurometabolic diseases manifesting in neonatal period and early childhood. They belong to the group of organic acidurias and are caused by defects in the catabolism of amino acids, leading to massive accumulation of toxic metabolites in the body and severe brain injury. Therapeutic strategies are mainly based on reversing catabolic state during metabolic crisis and dietary protein restriction that both aim to prevent extra production of toxic metabolites. Specific and neuroprotective treatments are missing because the mechanisms of brain damage in these diseases are only poorly understood. The principal objective of my work was to develop in vitro models for both diseases aiming at elucidation of toxic effects of the main metabolites accumulating in GA-I (glutaric acid (GA) and 3-hydroxy glutaric acid (3-OHGA)) and MMA-uria (methylmalonic acid (MMA), propionic acid (PA) and 2-methylcitric acid (2-MCA)) on developing brain cells, and to study the cellular pathways targeted by these deleterious effects in order to find new therapeutic potentials. We used re-aggregated embryonic rat brain cells in organotypic 3D cultures, which were exposed to toxic metabolites at different developing stages of the cultures. In parallel, we studied the cellular localization of the defected enzyme in GA-I, glutaryl-CoA dehydrogenase (GCDH), in the brain and peripheral tissues of rats in adulthood and during embryonic development. GCDH expression: GCDH showed a strong neuronal expression in embryonic central and peripheral nervous system. In the adult brain, GCDH expression was exclusively neuronal with the strongest signal in cerebral cortex and Purkinje cells. GCDH expression was homogenous in embryonic peripheral organs with high levels in intestinal mucosa at late stages. Strong GCDH expression was also observed in liver and intestinal mucosa and with lower intensity in muscles, convoluted renal tubules and renal collecting tubes in adult peripheral organs. GA-I and MMA-uria in vitro models: 3-OHGA (for GA-I) and 2-MCA (for MMA-uria) showed the most deleterious effects at early stages of the cultures with morphological and biochemical alterations and induction of cell death. 3-OHGA and 2-MCA caused astrocytic cell suffering reflected by astrocytic fiber loss and swelling and retardation in oligodendrocytic maturation and/or differentiation. High ammonium increase concomitant with glutamine decrease was observed in these cultures. Neurons were not substantially affected. Our studies revealed that brain-cell generated ammonia may play a role in the neuropathogenesis of these diseases. Thus, developing neuroprotective strategies that target ammonium toxicity in the brain of GA-I and MMA-uria patients might be important according to our findings. -- L'acidurie glutarique de type I (GA-I) et l'acidurie méthylmalonique (MMA-urie) sont deux maladies neurométaboliques se manifestant durant la période néonatale ou la petite enfance, et qui appartiennent aux aciduries organiques. Elles sont causées par des défauts dans le catabolisme des acides aminés, conduisant à une accumulation des métabolites toxiques dans le corps et aussi des lésions cérébrales sévères. Le traitement est limité à une prise en charge d'urgence pendant la crise métabolique et à une diète restreinte en protéines naturelles. Des traitements spécifiques, neuroprotecteurs manquent principalement parce que les mécanismes conduisant aux lésions cérébrales dans ces maladies sont peu connus. L'objectif principal de mon travail était d'élucider les effets toxiques des métabolites accumulés dans GA-I (l'acide glutarique (GA) et l'acide 3-hydroxyglutarique (3-OHGA)) et MMA-uria (l'acide méthylmalonique (MMA), l'acide propionique (PA) et l'acide 2-méthylcitrique(2-MCA) sur les cellules du cerveau ainsi que les voies cellulaires impliquées, dans le but de trouver de potentielles nouvelles stratégies thérapeutiques. Nous avons utilisé un modèle in vitro de cultures 3D de cellules de cerveau d'embryons de rat (en développement) en les exposant aux métabolites toxiques à différents stades de développement des cultures. En parallèle, nous avons étudié la localisation cellulaire de l'enzyme déficiente dans GA-I, la CoA-glutarly déshydrogénase (GCDH), dans le cerveau et les organes périphériques des rats adultes et pendant le développement embryonnaire. L'expression de GCDH: GCDH a montré une expression neuronale forte dans le système nerveux chez l'embryon et le cerveau adulte. L'expression était homogène dans les organes périphériques avec une forte expression dans l'intestin. Les modèles in vitro de GA-I et MMA-uria : 3-OHGA en modèle GA-I et 2-MCA en modèle MMA-uria ont montré les effets délétères les plus importants avec des altérations morphologiques des cellules et biochimiques dans le milieu de culture et l'induction de mort cellulaire non-apoptotique (3-OHGA) ou apoptotique (2-MCA). 3-OHGA et 2-MCA ont provoqué une souffrance astrocytaire avec perte des fibres et gonflement et un retard de maturation et/ou de différentiation des oligodendrocytes. Une augmentation importante d'ammonium avec une diminution concomitante de glutamine a été observée dans les cultures. Les neurones n'étaient pas vraiment affectés. Nos études ont révélé que l'ammonium généré par les cellules cérébrales pourrait jouer un rôle dans la neuropathogenèse de ces deux maladies. Par conséquent, développer des stratégies neuroprotectrices ciblant la toxicité de l'ammonium dans le cerveau des patients atteints de GA-I ou MMA-urie pourrait être très important selon nos résultats.

Relationship between sedimentation sign and morphological grade in symptomatic lumbar spinal stenosis

Introduction Le canal lombaire étroit symptomatique est de plus en plus fréquent. Le traitement dépend des signes cliniques et des résultats radiologiques. Mais actuellement il n'y a pas de consensus concernant la classification radiologique. Le but de notre article est d'étudier la relation entre deux paramètres morphologiques radiologiques récemment décrits sur des examens par IRM. Le premier est le « signe de sédimentation » (Sedimentation Sign) et le second est le grade morphologique de la sténose lombaire (Morphological Grade), tous deux décrit en 2010. Matériel et méthode Nous avons étudié des examens IRM de 137 patients suivit dans notre établissement. De ces 137, 110 étaient issus d'une base de donnée de patients avec une sténose lombaire dont la Symptomatologie était typique. Dans ce groupe, 73 patients avaient été traité chirurgicalement et 37 conservativement, dépendant de la sévérité des symptômes. Un troisième groupe, le groupe contrôle, était formé de 27 patients ne présentant que des douleurs lombaires basses sans sciatalgie. La sévérité de la sténose a été évaluée sur les examens IRM au niveau du disque en utilisant les 4 grades de la classification morphologique, de A à D. La présence d'un signe de sédimentation a été, quand à lui, notée au niveau du pédicule, au-dessus et au-dessous du niveau présentant la sténose maximale, comme décrit dans l'article original. Résultat La présence d'un signe de sédimentation positif a été observée chez 58% des patients présentant un grade morphologique B, 69% chez les patients avec un grade C et 76% des patients avec un grade D. Dans le groupe de patient traité chirurgicalement pour une sténose canalaire, 67% des patients présentaient un signe de sédimentation positif, 35% dans le groupe du traitement conservateur, et 8 % dans le groupe contrôle. En ce qui concerne la classification du grade morphologique, nous avons regroupé les grade C et D. Il y avait 97% de patients avec un grade C et D dans le groupe du traitement chirurgical, 35 % dans le groupe du traitement conservateur et 18% dans le groupe contrôle. Nous avons donc calculé que la présence d'un signe de sédimentation positif chez les patients avec une sténose lombaire symptomatique augmente le risque d'avoir besoin d'une intervention de l'ordre de 3.5 fois (OR=3.5). En utilisant la classification du grade morphologique, nous avons calculé un risque encore plus élevé. Un patient avec une sténose canalaire de grade C ou D a 65 fois plus de risque d'avoir besoin d'une intervention (OR=65). Conclusion : Les résultats montrent une corrélation entre ces deux paramètres morphologiques. Mais la prédiction du besoin d'une intervention n'est pas équivalente. Un tiers des patients dans le groupe du traitement chirurgical n'avaient pas de signe de sédimentation positif. Ce signe apparaît donc comme un moins bon prédicteur pour le choix du traitement comparé à la sévérité de la sténose jugée avec le grade morphologique (OR 3.5 vs 65).

Proportionality and Party Success in Europe

This thesis consists of four articles and an introductory section. The main research questions in all the articles are about proportionality and party success in Europe, at European, national or district levels. Proportionality in this thesis denotes the proximity of seat shares parties receive compared to their respective vote shares, after the electoral system’s allocation process. This proportionality can be measured through numerous indices that illustrate either the overall proportionality of an electoral system or a particular election. The correspondence of a single party’s seat shares to its vote shares can also be measured. The overall proportionality is essential in three of the articles (1, 2 and 4), where the system’s performance is studied by means of plots. In article 3, minority party success is measured by advantage-ratios that reveal single party’s winnings or losses in the votes to seat allocation process. The first article asks how proportional are the European parliamentary (EP) electoral systems, how do they compare with results gained from earlier studies and how do the EP electoral systems treat different sized parties. The reasons for different outcomes are looked for in explanations given by traditional electoral studies i.e. electoral system variables. The countries studied (EU15) apply electoral systems that vary in many important aspects, even though a certain amount of uniformity has been aspired to for decades. Since the electoral systems of the EP elections closely resemble the national elections, the same kinds of profiles emerge as in the national elections. The electoral systems indeed treat the parties differentially and six different profile types can be found. The counting method seems to somewhat determine the profile group, but the strongest variables determining the shape of a countries’ profile appears to be the average district magnitude and number of seats allocated to each country. The second article also focuses on overall proportionality performance of an electoral system, but here the focus is on the impact of electoral system changes. I have developed a new method of visualizing some previously used indices and some new indices for this purpose. The aim is to draw a comparable picture of these electoral systems’ changes and their effects. The cases, which illustrate this method, are four elections systems, where a change has occurred in one of the system variables, while the rest remained unchanged. The studied cases include the French, Greek and British European parliamentary systems and the Swedish national parliamentary system. The changed variables are electoral type (plurality changed to PR in the UK), magnitude (France splitting the nationwide district into eight smaller districts), legal threshold (Greece introducing a three percent threshold) and counting method (d’Hondt was changed to modified Sainte-Laguë in Sweden). The radar plots from elections after and before the changes are drawn for all country cases. When quantifying the change, the change in the plots area that is created has also been calculated. Using these radar plots we can observe that the change in electoral system type, magnitude, and also to some extent legal threshold had an effect on overall proportionality and accessibility for small parties, while the change between the two highest averages counting method had none. The third article studies the success minority parties have had in nine electoral systems in European heterogeneous countries. This article aims to add more motivation as to why we should care how different sized parties are treated by the electoral systems. Since many of the parties that aspire to represent minorities in European countries are small, the possibilities for small parties are highlighted. The theory of consociational (or power-sharing) democracy suggests that, in heterogeneous societies, a proportional electoral system will provide the fairest treatment of minority parties. The OSCE Lund Recommendations propose a number of electoral system features, which would improve minority representation. In this article some party variables, namely the unity of the minority parties and the geographical concentration of the minorities were included among possible explanations. The conclusions are that the central points affecting minority success were indeed these non-electoral system variables rather than the electoral system itself. Moreover, the size of the party was a major factor governing success in all the systems investigated; large parties benefited in all the studied electoral systems. In the fourth article the proportionality profiles are again applied, but this time to district level results in Finnish parliamentary elections. The level of proportionality distortion is also studied by way of indices. The average magnitudes during the studied periodrange from 7.5 to 26.2 in the Finnish electoral districts and this opens up unequal opportunities for parties in different districts and affects the shape of the profiles. The intra-country case allows the focus to be placed on the effect of district magnitude, since all other electoral systems are kept constant in an intra-country study. The time span in the study is from 1962 to 2007, i.e. the time that the districts have largely been the same geographically. The plots and indices tell the same story, district magnitude and electoral alliances matter. The district magnitude is connected to the overall proportionality of the electoral districts according to both indices, and the profiles are, as expected, also closer to perfect proportionality in large districts. Alliances have helped some small parties to gain a much higher seat share than their respective vote share and these successes affect some of the profiles. The profiles also show a consistent pattern of benefits for the small parties who ally with the larger parties.

Networks of noisy oscillators with correlated degree and frequency dispersion

We investigate how correlations between the diversity of the connectivity of networks and the dynamics at their nodes affect the macroscopic behavior. In particular, we study the synchronization transition of coupled stochastic phase oscillators that represent the node dynamics. Crucially in our work, the variability in the number of connections of the nodes is correlated with the width of the frequency distribution of the oscillators. By numerical simulations on Erdös-Rényi networks, where the frequencies of the oscillators are Gaussian distributed, we make the counterintuitive observation that an increase in the strength of the correlation is accompanied by an increase in the critical coupling strength for the onset of synchronization. We further observe that the critical coupling can solely depend on the average number of connections or even completely lose its dependence on the network connectivity. Only beyond this state, a weighted mean-field approximation breaks down. If noise is present, the correlations have to be stronger to yield similar observations.

Evaluation of molecular, cellular and behavioral consequences of serotonin 1A receptor deletion

In 1998, three different research groups simultaneously reported increased anxiety-related behavior in tests of conflict in their serotonin 1a (5-HT1a) receptor knockout (KO) line with male mice being more severely affected by 5-HT1a receptor deletion than female KO. Similarly, in the hippocampus, we observed increased dendritic complexity in the stratum radiatum of CA1 pyramidal neurons in male but not in female 5-HT1a receptor KO mice. These observations prompted us to investigate gender- dependent differences of 5-HT1a receptor deletion in hippocampal-related behavioral tasks. Testing our mice in anxiety-related paradigms, we reproduced the original studies showing increased anxiety- related behavior in male 5-HT1a receptor KO mice when compared to male WT mice, but no difference between female 5-HT1a receptor KO and WT mice. Similarly, male 5-HT1a receptor KO mice were impaired in association of aversive stimuli fear conditioning paradigms. We argue that increased dendritic complexity and increased synaptic strength of CA3-CA1 synapses in the stratum radiatum impaired proper signal propagation attributed to overactivation of CA1 pyramidal neurons leading to impaired fear memory of male 5-HT1a receptor KO mice. Similar mechanisms in the ventral hippocampus are likely to have contributed to gender-dependent differences in anxiety-related behavior in our and the original studies from 1998. In this study, we started to shed light on the 5-HT1a receptor downstream signaling pathways involved in dendritogenesis of pyramidal neurons during early postnatal development. We could show that NR2B-containing NMDA receptor during development acts downstream of 5-HT1a receptor and is responsible for increased amount of branching in male 5-HT1a receptor KO mice. Conversely, protein and NR2B mRNA expression was increased in 5-HT1a receptor KO mice at P15. Although the exact signaling cascade of 5-HT1a receptor regulating NR2B-containing NMDA receptor has not been determined, CaMKII is a potential downstream effector to influence transportation and removal of NR2B-containing NMDA receptors to and from the synapse. In contrast, Erk1/2 likely acts downstream of NR2B-containing NMDA receptors and was shown to be sufficient to regulate dendritic branching. Moreover, increased NR2B-containing NMDA receptor mediated cell death via excitotoxicity during development and is likely to be involved in reduced survival of adult born neurons in the hippocampus of 5-HT1a receptor KO male. The convergence of 5-HT1a receptor signaling onto NR2B-containing NMDA receptor signaling enables estrogen to interfere with its downstream pathway via G-protein coupled estrogen receptor 1 activation resulting in normalization of branching and behavior in female 5-HT1a receptor mice. In conclusion, our data strongly suggests a hormone- regulated mechanism that by converging on NR2B-containing NMDA receptor signaling is able to normalize morphology of pyramidal neurons and behavior of female 5-HT1a receptor KO mice. Our findings provide a possible explanation for gender-dependent differences in the occurrence of mental disorders with 5-HT1a receptor abnormalities as a strong predisposing factor. -- En 1998, trois équipes de recherche ont décrit un comportement de type anxieux dans des tests de conflit pour leur souris transgéniques avec une délétion du gène pour le récepteur 5-HT1a de la sérotonine. De plus, les trois groupes rapportent un phénotype plus sévère pour le comportement anxieux chez les souris transgéniques mâles que femelles. Dans l'hippocampe, la région avec la densité de récepteur 5-HT1a la plus élevée dans le télencéphale, nous avons observé dans le stratum radiatum une complexité accrue des arborisations dendritiques des neurones pyramidaux du secteur CA1 chez les souris transgénique mâles mais pas chez les femelles. Cette observation nous a encouragés à initier cette étude sur les différences en fonction du genre utilisant les tests comportementaux en rapport avec les fonctions de l'hippocampe chez les souris déficientes pour le récepteur 5-HT1a.Testant nos souris avec des paradigmes associés à l'anxiété, nous avons reproduit les données originales montrant que les souris transgéniques mâles ont un phénotype plus sévère que les souris mâles sauvages, mais qu'aucune différence n'est observée entre les femelles sauvages et transgéniques. De même, les souris mâles déficientes pour le récepteur 5-HT1a sont handicapées dans les tests de conditionnement au stress avec des stimuli aversifs. Nous faisons l'hypothèse que l'augmentation de la complexité de l'arborisation dendritique et l'augmentation de la force du signal synaptique entres les régions CA3 et CA1 de l'hippocampe dans le stratum radiatum perturbe la propagation du signal nerveux qui conduit à l'hyperactivation des neurones du secteur CA1. Ceci conduit à une mémoire de stress altérée chez les souris mâles déficientes pour le récepteur 5-HT1a. Un mécanisme similaire dans l'hippocampe ventral contribue probablement aux différences en fonction du genre dans les tests pour le comportement de type anxieux qui ont été rapportés dans les études originales de 1998. Les mesures de protéine et de mRNA ont mis en évidence une augmentation de l'expression du récepteur NMDA contenant la sous- unité NR2B dans les souris déficientes pour le récepteur 5-HT1a à P15. Dans les cultures organotypiques d'hippocampe, nous avons commencé à disséquer les messagers secondaires à l'activation du récepteur 5-HT1a qui sont impliqués dans la régulation de la croissance dendritique des neurones pyramidaux pendant la période postnatale précoce. Nous avons démontré que les récepteurs NR2B sont en aval de l'activation du récepteur 5-HT1a et qu'ils sont impliqués dans l'accroissement du nombre de dendrites chez la souris mâle déficiente pour le récepteur 5-HT1a. Bien que la cascade de signalisation du récepteur 5-HT1a pour réguler les récepteurs NMDA contenant le NR2B ne soit pas établie, CaMKII est identifié comme un effecteur potentiel pour altérer le transport du récepteur NMDA à la synapse. D'autre part, Erk1/2 est probablement un messager en aval du NR2B du récepteur NMDA, et a été documenté comme suffisant pour réguler l'arborisation dendritique. L'augmentation de NR2B à la synapse des souris déficientes pour le récepteur 5-HT1a peut conduire à une augmentation de l'excitotoxicité dans les cellules. Nous avons observé une augmentation chez la souris déficiente pour le récepteur 5-HT1a de la mort cellulaire dans des tranches d'hippocampe stimulées, ce qui peut être en relation avec la réduction de la survie des neurones générés dans l'hippocampe de la souris mâle transgénique adulte par rapport à la souris mâle sauvage. De plus, la convergence de la signalisation du récepteur 5-HT1a sur la signalisation de la sous-unité NR2B du récepteur NMDA permet à l'oestrogène d'interférer avec sa voie de signalisation du récepteur de l'oestrogène couplé à une protéine G (GPER-1), ceci permettant à l'oestrogène de réduire la taille de l'arborisation des neurones pyramidaux de CA1 chez la femelle de la souris déficiente pour le récepteur 5-HT1a. En conclusion, nos observations suggèrent fortement qu'un mécanisme hormonal convergeant sur la voie de signalisation de la sous-unité NR2B du récepteur NMDA permet la normalisation de l'exubérance des dendrites des neurones CA1 de l'hippocampe et du comportement des souris femelles déficientes pour le récepteur 5-HT1a. Ceci donne une explication possible pour la différence en fonction du genre dans l'apparition de troubles mentaux avec les variations du récepteur 5-HT1a comme facteur de prédisposition important.

Tabagisme et système digestif: une relation complexe. Partie 2: Microbiote intestinal et tabagisme [Smoking and digestive tract: a complex relationship. Part 2: Intestinal microblota and cigarette smoking].

Le système digestif est colonisé dès la naissance par une population bactérienne, le microbiote, qui influence le développement du système immunitaire. Des modifications dans sa composition sont associées à des pathologies comme l'obésité et les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin. Outre les antibiotiques, des facteurs environnementaux comme le tabagisme semblent aussi avoir une influence sur la composition de la flore intestinale, pouvant en partie expliquer la prise de poids à l'arrêt du tabac avec une modification de la composition du microbiote proche de celle observée chez des personnes obèses (profil microbiotique montrant des capacités accrues d'extraction calorique des aliments ingérés). Ces découvertes permettent d'imaginer de nouvelles approches diagnostiques et thérapeutiques via la régulation de ce microbiome. The digestive tract is colonized from birth by a bacterial population called the microbiota which influences the development of the immune system. Modifications in its composition are associated with problems such as obesity or inflammatory bowel diseases. Antibiotics are known to influence the intestinal microbiota but other environmental factors such as cigarette smoking also seem to have an impact on its composition. This influence might partly explain weight gain which is observed after smoking cessation. Indeed there is a modification of the gut microbiota which becomes similar to that of obese people with a microbiotical profile which is more efficient to extract calories from ingested food. These new findings open new fields of diagnostic and therapeutic approaches through the regulation of the microbiota.

Ownership, Incentives and Hospitals

This article analyzes hospital privatization by comparing costs and quality between different ownership forms. We put the attention on the distinction between public hospitals and private hospitals with public funding. Using information about Spanish hospitals, we have found that private hospitals provide services at a lower cost at expenses of lower quality. We observe that property rights theory is fulfilled at least for the Spanish hospital market. The way that Heath Authorities finance publicly funded hospitals may be responsible for the differences in incentives between public and private centers. We argue that the trade-off between costs and quality could be minimized by designing financing contracts with fixed and variable components.

Ultra-high Field (7 T) MRI and a Novel Robust Segmentation of Thalamic Nuclei on DWI for Gamma Knife Surgery Purposes: The Targeting of the Ventrointermediate Nucleus

Introduction: Gamma Knife surgery (GKS) is a noninvasive neurosurgical stereotactic procedure, increasingly used as an alternative to open functional procedures. This includes the targeting of the ventrointermediate nucleus of the thalamus (e.g., Vim) for tremor. Objective: To enhance anatomic imaging for Vim GKS using high-field (7 T) MRI and Diffusion Weighted Imaging (DWI). Methods: Five young healthy subjects and two patients were scanned both on 3 and 7 T MRI. The protocol was the same in all cases, and included: T1-weighted (T1w) and DWI at 3T; susceptibility weighted images (SWI) at 7T for the visualization of thalamic subparts. SWI was further integrated into the Gamma Plan Software® (LGP, Elekta Instruments, AB, Sweden) and co-registered with 3T images. A simulation of targeting of the Vim was done using the quadrilatere of Guyot. Furthermore, a correlation with the position of the found target on SWI and also on DWI (after clustering of the different thalamic nuclei) was performed. Results: For the 5 healthy subjects, there was a good correlation between the position of the Vim on SWI, DWI and the GKS targeting. For the patients, on the pretherapeutic acquisitions, SWI helped in positioning the target. For posttherapeutic sequences, SWI supposed position of the Vim matched the corresponding contrast enhancement seen at follow-up MRI. Additionally, on the patient's follow-up T1w images, we could observe a small area of contrast-enhancement corresponding to the target used in GKS (e.g., Vim), which belongs to the Ventral-Lateral-Ventral (VLV) nuclei group. Our clustering method resulted in seven thalamic groups. Conclusion: The use of SWI provided us with a superior resolution and an improved image contrast within the central gray matter, enabling us to directly visualize the Vim. We additionally propose a novel robust method for segmenting the thalamus in seven anatomical groups based on DWI. The localization of the GKS target on the follow-up T1w images, as well as the position of the Vim on 7 T, have been used as a gold standard for the validation of VLV cluster's emplacement. The contrast enhancement corresponding to the targeted area was always localized inside the expected cluster, providing strong evidence of the VLV segmentation accuracy. The anatomical correlation between the direct visualization on 7T and the current targeting methods on 3T (e.g., quadrilatere of Guyot, histological atlases, DWI) seems to show a very good anatomical matching.

Étude retrospective observationnelle sur l'usage des biomarqueurs du liquide céphalo-rachidien de la maladie d'Alzheimer [Prospective and observational study of use of cerebrospinal fluid biomarkers of Alzheimer's disease]

Objectifs: Le dosage des biomarqueurs du liquide céphalorachidien (LCR) ne fait pas partie des recommandations de la démarche diagnostique de la maladie d'Alzheimer (MA) en France. Nous voulions analyser l'apport de leur dosage en pratique clinique quotidienne. Matériel et méthode: Étude rétrospective observationnelle, portant sur l'ensemble des dosages de biomarqueurs du LCR de la MA effectués entre le 1er novembre 2010 et le 30 septembre 2012 dans l'hôpital de jour (HDJ) et le service de médecine interne gériatrique (SMIG) du centre mémoire de ressources et de recherche (CMRR) des hôpitaux universitaires de Strasbourg (Alsace, France). Résultats: Quatre-vingt-dix-sept patients (femmes : 60,8 % ; âge moyen : 80 ± 6,5 ans) ont été considérés. En HDJ (n = 50), les biomarqueurs étaient utilisés pour le diagnostic positif de MA (64,0 %) ou le diagnostic différentiel entre les démences (36,0 %). Au SMIG (n = 47), leur dosage était effectué afin de confirmer une MA (19,1 %), de rechercher une pathologie cognitive sous-jacente à un syndrome confusionnel (17,0 %) ou pour diagnostiquer une démence chez des patients atteints de pathologies psychiatriques (29,8 %). Si 49,5 % des patients ont eu un diagnostic de MA confirmée, les biomarqueurs ont contribué à infirmer cette étiologie dans 9,2 % des cas. Le doute entre une MA et une autre étiologie persistait cependant encore chez 10 patients. Les analyses comparatives des taux des différents biomarqueurs ont montré que la protéine tau est observée avec un taux significativement plus élevé dans la MA que dans la démence vasculaire (p = 0,003) et à la limite de la significativité pour la maladie de Parkinson (p = 0,06). Le profil observé avec la Ptau est similaire mais avec une significativité atteinte vis-à-vis de la démence de la maladie de Parkinson (p = 0,01). En ce qui concerne l'Aβ1-42, si les taux moyens étaient les plus élevés dans les démences vasculaire et à corps de Lewy, (p < 0,0001 et p < 0,01), ils étaient plus faibles en cas de démence de la maladie de Parkinson mais sans atteindre le seuil de signification (p = 0,12). Conclusion: Cette étude a analysé l'utilisation des biomarqueurs de la MA en pratique courante. Si leur intérêt se positionne actuellement dans le diagnostic de la MA à un stade léger, ces biomarqueurs montrent leur utilité dans les situations où le diagnostic clinique est rendu difficile par un trouble psychiatrique et/ou une confusion, une clinique atypique où lorsque les tests cognitifs sont irréalisables.

Pharmacogenetic and clinical study on adverse effects induced by psychotropic drugs

Second-generation antipsychotics (SGAs) have become the first-line antipsychotic treatment for psychotic disorders due to their better overall tolerance compared to classical antipsychotics. However, metabolic side effects such as weight gain are frequently described during treatment with SGAs and/or other psychotropic drugs including some antidepressants and mood stabilizers, which may also result in poor adherence to treatment. The aim of this work was to investigate different methods to predict common side effects, in particular weight gain during treatment with weight gain inducing psychotropic drugs. Firstly, clinical data were used to determine the potential predictive power of a one month weight gain on weight increase after three and 12 months of treatment (n=351 patients). A fast and strong weight gain of >5% after a period of one month (>5%WG) was found to be the best predictor for an important weight gain at three (>15%) and 12 months (>20%). Similar analyses in an independent cohort of psychiatric adolescents (n=42), showed that a comparable >4% weight gain at one month is the best predictor for an important weight gain at three months (>15%). Secondly, we aimed to determine whether an extensive analysis of genes could be used, in addition to clinical factors, to predict patients at risk for >5%WG or for type 2 diabetes (T2D). Adding genetic markers to clinical variables to predict >5%WG increased significantly the area under the curve (AUC) of the analysis (AUCfinai:0.92, AUCdmicai:0.75, pcO.OOOl, n=248). Conversely, genetic risk scores were found to be associated with T2D (OR: 2.5, p=0.03, n=285) but without a significant increase of AUC'when compared to the prediction based to clinical factors alone. Finally, therapeutic drug monitoring was used to predict extrapyramidal symptoms during risperidone treatment (n=150). Active moiety (sum of risperidone and of its active metabolite 9- hydroxyrisperidone plasma concentrations) of >40 ng/ml should be targeted only in case of insufficient response. These results highlight different approaches for personalizing psychotropic treatments in order to reduce related side effects. Further research is needed, in particular on the identification of genetic markers, to improve the implementation of these results into clinical practice. Résumé Les antipsychotiques atypiques (APA) sont devenus le traitement antipsychotique de première intention pour le traitement des psychoses, grâce à un profil d'effets secondaires plus favorables comparé aux antipsychotiques typiques. Néanmoins, d'autres effets indésirables d'ordre métabolique (ex. prise pondérale) sont observés sous APA, stabilisateurs de l'humeur et/ou certains antidépresseurs, pouvant aussi limiter l'adhérence au traitement. L'objectif de ce travail est d'explorer différentes méthodes permettant de prédire des effets secondaires courants, en particulier la prise de poids durant un traitement avec des psychotropes pouvant induire un tel effet. Dans une première partie, des données cliniques ont été évaluées pour leurs potentiels prédictifs d'une prise de poids à un mois sur une prise de poids à trois et 12 mois de traitement (n=351 patients). Une prise de poids rapide et forte >5% à un mois (PP>5%) s'est avérée être le meilleur prédicteur pour une prise pondérale importante à trois (>15%) et 12 (>20%) mois de traitement. Des analyses similaires dans une cohorte pédiatrique (n=42) ont indiqué une prise de poids >4% à un mois comme le meilleur prédicteur pour une prise pondérale importante (>15%) à trois mois de traitement. Dans une deuxième partie, des marqueurs génétiques, en complément aux données cliniques, ont été analysés pour leur contribution potentielle à la prédiction d'une PP>5% et au dépistage du diabète de type 2 (DT2). L'ajout de variants génétiques aux données cliniques afin de prédire une PP>5% a augmenté significativement l'aire sous la courbe (ASC) de l'analyse (ASCflnai:0.92, ASCC|inique:0.75, p<0.0001, n=248). Concernant le DT2, un score génétique est associé au DT2 (OR: 2.5, p=0.03, n=285), néanmoins aucune augmentation significative de l'ASC n'a été observée par rapport à l'analyse avec les données cliniques seules. Finalement, des mesures de concentrations plasmatiques de médicaments ont été utilisées pour prédire la survenue de symptômes extrapyramidaux sous rispéridone (n=150). Cette analyse nous a permis d'établir qu'une concentration plasmatique de rispéridone associée à son métabolite actif >40 ng/ml ne devrait être recherchée qu'en cas de réponse clinique insuffisante. Ces différents résultats soulignent différentes approches pour personnaliser la prescription de psychotropes afin de réduire la survenue d'effets secondaires. Des études supplémentaires sont néanmoins nécessaires, en particulier sur l'identification de marqueurs génétiques, afin d'améliorer l'implémentation de ces résultats en pratique clinique. Résumé large publique Les antipsychotiques atypiques et autres traitements psychotropes sont couramment utilisés pour traiter les symptômes liés à la schizophrénie et aux troubles de l'humeur. Comme pour tout médicament, des effets secondaires sont observés. L'objectif de ce travail est d'explorer différentes méthodes qui permettraient de prédire la survenue de certains effets indésirables, en particulier une prise de poids et la survenue d'un diabète. Dans une première partie, nous avons évalué l'effet d'une prise de poids précoce sur une prise de poids au long terme sous traitement psychotrope. Les analyses ont mis en évidence dans une population psychiatrique qu'une prise de poids à un mois >5% par rapport au poids initial permettait de prédire une prise pondérale importante après trois (>15%) et 12 (>20%) mois de traitement. Un résultat semblable a. été observé dans un autre groupe de patients exclusivement pédiatriques. Dans une deuxième partie, nous avons évalué la contribution potentielle de marqueurs génétiques à la prédiction d'une prise pondérale de >5% après un mois de traitement ainsi que dans la survenue d'un diabète de type 2. Pour la prise de poids, la combinaison des données génétiques aux données cliniques a permis d'augmenter de 17% la précision de la prédiction, en passant de 70% à 87%. Concernant la survenue d'un diabète, les données génétiques n'ont pas amélioré la prédiction. Finalement, nous avons analysé la relation possible entre les concentrations sanguines d'un antipsychotique atypique couramment utilisé, la rispéridone, et la survenue d'effets secondaires (ici les tremblements). Il est ressorti de cette étude qu'une concentration plasmatique du médicament supérieure à 40 ng/ml ne devrait être dépassée qu'en cas de réponse thérapeutique insuffisante, au risque de voir augmenter la survenue d'effets secondaires du type tremblements. Ces résultats démontrent la possibilité de prédire avec une bonne précision la survenue de certains effets secondaires. Cependant, en particulier dans le domaine de la génétique, d'autres études sont nécessaires afin de confirmer les résultats obtenus dans nos analyses. Une fois cette étape franchie, il serait possible d'utiliser ces outils dans la pratique clinique. A terme, cela pourrait permettre au prescripteur de sélectionner les traitements les mieux adaptés aux profils spécifiques de chaque patient.

Stabbing simulations and DNA transfer

Technical developments have made it possible to analyze very low amounts of DNA. This has many advantages, but the drawback of this technological progress is that interpretation of the results becomes increasingly complex: the number of mixed DNA profiles increased relatively to single source DNA profiles and stochastic effects in the DNA profile, such as drop-in and drop-out, are more frequently observed. Moreover, the relevance of low template DNA material regarding the activities alleged is not as straightforward as it was a few years ago, when for example large quantities of blood were recovered. The possibility of secondary and tertiary transfer is now becoming an issue. The purpose of this research is twofold: first, to study the transfer of DNA from the handler and secondly, to observe if handlers would transfer DNA from persons closely connected to them. We chose to mimic cases where the offender would attack a person with a knife. As a first approach, we envisaged that the defense would not give an alternative explanation for the origin of the DNA. In our transfer experiments (4 donors, 16 experiments each, 64 traces), 3% of the traces were single DNA profiles. Most of the time, the DNA profile of the person handling the knife was present as the major profile: in 83% of the traces the major contributor profile corresponded to the stabber's DNA profile (in single stains and mixtures). Mixture with no clear major/minor fraction (12%) were observed. 5% of the traces were considered of insufficient quality (more than 3 contributors, presence of a few minor peaks). In that case, we considered that the stabber's DNA was absent. In our experiments, no traces allowed excluding the stabber, however it must be noted that precautions were taken to minimize background DNA as knives were cleaned before the experiments. DNA profiles of the stabber's colleagues were not observed. We hope that this study will allow for a better understanding of the transfer mechanism and of how to assess and describe results given activity level propositions. In this preliminary research, we have focused on the transfer of DNA on the hand of the person. Besides, more research is needed to assign the probability of the results given an alternative activity proposed by the defense, for instance when the source of the DNA is not contested, but that the activities are.

Multigenerational effects of the anticancer drug tamoxifen and its metabolite 4-hydroxy-tamoxifen on Daphnia pulex.

Tamoxifen and its metabolite 4-hydroxy-tamoxifen (4OHTam) are two potent molecules that have anticancer properties on breast cancers. Their medical use is expected to increase with the increasing global cancer rate. After consumption, patients excrete tamoxifen and the 4OHTam metabolite into wastewaters, and tamoxifen has been already detected in wastewaters and natural waters. The concentrations of 4OHTam in waters have never been reported. A single study reported 4OHTam effects on the microcrustacean Daphnia pulex. The effects of tamoxifen and 4OHTam over more than two generations are unknown in aquatic invertebrates. The main goal of this study was to assess the long-term sensitivity of the microcrustacean D. pulex over four generations, based on size, reproduction, viability and the intrinsic rate of natural increase (r). Additional experiments were carried out to observe whether the effects of tamoxifen and 4OHTam were reversible in the next generation after descendants were withdrawn from chemical stress (i.e., recovery experiment), and whether the lowest test concentration of each chemical induced toxic effects when both concentrations were combined (i.e., mixture experiments). Our results showed that tamoxifen and 4OHTam induced the adverse effects at environmentally relevant concentrations. Tamoxifen and 4OHTam impaired size, viability, reproduction and the r in four generations of treated D. pulex, but these effects were not clearly magnified over generations. Tamoxifen was more potent than 4OHTam on D. pulex. When used in a mixture, the combination of tamoxifen and 4OHTam induced effects in offspring, whereas no effects were observed when these chemicals were tested individually. In the recovery experiment, the reproduction and size were reduced in offspring withdrawn from chemical exposures. Our results suggested that tamoxifen and its metabolite may be a relevant pharmaceutical to consider in risk assessment.