Dynamics and kinetics of natural killer cell cytotoxicity in human malaria as evaluated by a novel stepwise cytotoxicity assay

Malaria causes important functional alterations of the immune system, but several of them are poorly defined. To evaluate thoroughly the natural killer cell cytotoxicity in patients with malaria, we developed a technique capable to assess both the dynamics and the kinetics of the process. For the kinetics assay, human peripheral blood mononuclear cells were previously incubated with K562 cells and kept in agarose medium, while for the dynamics assay both cells were maintained in suspension. NK activity from patients with vivax malaria presented a kinetics profile faster than those with falciparum malaria. NK cytotoxicity positively correlated with parasitemia in falciparum malaria. The dynamics of NK cytotoxicity of healthy individuals was elevated at the beginning of the process and then significantly decreased. In contrast, malaria patients presented successive peaks of NK activity. Our results confirmed the occurrence of alteration in NK cell function during malaria, and added new data about the NK cytotoxicity process.

Estudo da evolução do edificado no Parque Natural da Arrábida utilizando sistemas de informação geográfica

A evolução do edificado é consequência do crescimento da população mundial, desenvolvendo-se este fenómeno por todo o mundo com especial incidência nos países em desenvolvimento, que, por outro lado, também são os que possuem maiores áreas naturais. As Nações Unidas e a União Europeia têm atuado no sentido do crescimento sustentável de modo a minimizar os efeitos adversos provocados no ambiente pela urbanização explosiva. As áreas protegidas, devido ao crescimento urbano, sofrem grandes pressões das atividades antropogénicas, e como consequência, perdem diversidade de espécies naturais, fragmentação de habitats e aumento da poluição. Em Portugal, o crescimento urbano ocorreu mais intensamente no litoral devido ao abandono do interior rural e às condições climáticas e orográficas desta região. O crescimento urbano levou à expansão da construção ao longo dos principais eixos rodoviários e ferroviários, aproximando-se de áreas protegidas. Verifica-se uma preocupação, já desde os anos 40, com a serra da Arrábida, pela sua relevância em termos de património natural e histórico, tendo sido classificada como parque natural em 1976. O ambiente natural da serra é atraente para turismo, lazer e atividades de recreio, tendo como consequência a procura de terrenos para segunda habitação. O estudo e monitorização com recurso a sistemas de informação geográfica permite integrar diversos tipos de informação (imagens de satélite, fotografias áreas e dados de diversas base de dados) a qual é relevante para melhor se compreender os efeitos das atividades antropogénicas sobre o meio natural. Esta tese tem como objetivo estudar a evolução do edificado na zona dos Picheleiros ao longo do período entre 1967 e 2010, com recurso ao sistema de informação geográfica ArcGIS 10.1 com uso de fotografias áreas e imagens de satélite. A edificação teve um crescimento contínuo na área de estudo, considerável, 522 % entre 1967 e 2010, com perda de área agrícola, florestal e matos para as ocupações do solo com origem na atividade antrópica. Conclui-se assim que os objetivos de preservação da área protegida com a criação do Parque Natural da Arrábida não foram alcançados na sua plenitude, pois o aumento da edificação manteve-se ao longo do tempo na área de estudo. Este facto poderá dar indicação de que na restante área do parque a tendência seja a mesma, apontando também que a legislação de planeamento e ordenamento do território, relativa ao parque, não tenha sido adequada ou não foi aplicada de forma eficaz. Com a implementação do Plano de Ordenamento do Parque Natural da Arrábida em 2005 espera-se que no futuro se consiga verificar resultados positivos no controlo do crescimento do edificado.

Diagnóstico molecular da taxa de infecção natural de flebotomíneos (Psychodidae, Lutzomyia) por Leishmania sp na Amazônia maranhense

A taxa de infecção natural de três diferentes espécies de flebotomíneos por Leishmania foi estudada usando a técnica de reação em cadeia da polimerase. Primers específicos para Leishmania foram designados para examinar se os pools de flebotomíneos estavam infectadas. Um total de 1.100 fêmeas separadas em pools de 10 indivíduos foram examinados, consistindo de 50 Lutzomyia whitmani, 43 Lutzomyia triacantha e 17 Lutzomyia choti. De todos os pools analisados, 4 de Lutzomyia whitmani estavam positivos, mas nenhum pool das duas espécies restantes estava infectado. Deste modo, uma taxa de infecção de 0,4% foi verificada neste estudo. Esta taxa de infecção associada a estudos anteriores sugere que Lutzomyia whitmani transmite Leishmania aos mamíferos em Buriticupu, Maranhão.

Spectroscopic characterization of natural dyes by their non-invasive identification on pre-Columbian codices: the Maya yellow

Mesoamerican cultures had a strong tradition of written and pictorial manuscripts, called the codices. In studies already performed it was found the use of Maya Blue, made from a mixture of indigo and a clay called palygorskite, forming an incredibly stable material where the dye is trapped inside the nanotubes of the clay, after heating. However, a bigger challenge lies in the study of the yellows used, for these civilizations might have used this clay-dye mixture to produce their yellow colorants. As a first step, it was possible to provide identification, by non-invasive methods, of two colorants (a flavonoid and a carotenoid). While the flavonoid absorbed between 368-379 nm, the carotenoid would absorb around 455 nm. A temperature study also conducted allowed to set 140ºC as the desirable temperature to heat the samples without degrading them. FT-IR, conventional Raman and SERS allowed us to understand the existence of a reaction between the dyes and the clays (palygorskite and kaolinite), however it is difficult to understand it in a molecular point of view. As a second step, five species of Mexican dyes were selected on the basis of historical sources. The Maya yellow samples were produced adapting the recipe proposed by Reyes-Valerio, supporting the yellow dyes extracted from the dried plants on the clays, with addition of water, and then heated at 140ºC. It was found that the addition of water in palygorskite would increase the pH, hence deprotonating the molecules having a clear negative effect in the color. A second recipe was developed, without the addition of water; however, it was found that the use of water based binders would still alter the color of the samples with palygorskite. In this case, kaolinite without heating yield better results as a Maya yellow hybrid. It was found that the Maya chemistry might not have been the same for all the colors. The Mesoamericans might have found that different dyes could work better to their desires if matched with different clays. It was noticeable that for a clear distinction between flavonoids and carotenoids the reflectance and emission studies suffice, but when clay is added, Raman techniques will perform better. For this reason, conventional Raman and SERS were employed in order to create a database for the Mesoamerican dyestuffs for a future identification.

História natural da hepatite crônica B

Estima-se que existam 350 milhões de portadores crônicos do VHB distribuídos ao redor do mundo. Três fases de infecção crônica pelo VHB são reconhecidas: fase de imunotolerância (HBsAg e HBeAg positivos, altos títulos de HBV-DNA, ALT normal e não evidência de doença hepática ativa); fase imunoativa ou de hepatite crônica B (HBsAg e HBeAg positivos, altos títulos de HBV-DNA, ALT elevada e evidência de doença hepática ativa); fase de portador inativo do VHB ou assintomático (HBsAg no soro sem o HBeAg , títulos do HBV-DNA < 10(5) cópias p/ml, ALT normal). Hepatite crônica B é dividida em duas formas maiores: doença HBeAg positiva (VHB tipo selvagem); doença HBeAg negativa (pré-core, core promoter VHB variante). As duas formas podem evoluir para cirrose hepática, descompensação hepática e câncer hepático. A proposta deste artigo foi o de rever os principais aspectos da história natural da hepatite crônica B.

Pesquisa de infecção natural de flebotomíneos por Leishmania, no Estado do Paraná

A leishmaniose tegumentar americana tem sido notificada em todos os estados do Brasil e no Paraná essa doença é endêmica. O objetivo deste trabalho foi detectar a infecção natural de flebotomíneos para verificar a competência vetorial destes insetos e a identificação da espécie parasitária. Os flebotomíneos foram coletados com armadilhas de Falcão e Shannon, nos municípios de Doutor Camargo, Fênix e Mandaguari, de novembro de 2005 a agosto de 2006. Coletaram-se 12.930 flebotomíneos, dos quais 2.487 fêmeas foram dissecadas e destes 1.230 fêmeas foram submetidas à reação em cadeia da polimerase. Pelo método da dissecação, foi detectada uma fêmea de Nyssomyia whitmani com infecção natural por flagelados e pela reação em cadeia da polimerase não se detectou a presença de DNA de Leishmania em nenhuma das fêmeas. Apesar de não ter sido detectada a infecção natural de Nyssomyia neivai nas localidades em apreço e ainda que os requisitos de incriminação vetorial não tenham sido atendidos, não se deve negligenciar o potencial vetorial desta espécie.

Isolation and encapsulation of a natural colourant using green technologies

The use of natural pigments instead of synthetic colourants is receiving growing interest in the food industry. In this field, cactus pears (Opuntia spp.) have been identified to be a promising betalainic crops covering a wide coloured spectrum. The aim of this work was to develop adequate clean and mild methodologies for the isolation and encapsulation of betacyanins, from cactus pear fruits (Opuntia spp.). Firstly, two different emerging technologies, namely PLE (Pressurized Liquid Extraction) and HPCDAE (High Pressure Carbon Dioxide-Assisted Extraction), were exploited to isolation of betacyanins form cactus pear fruits. Different process conditions were tested for the maximum recovery of betacyanins. Results showed that highest extraction yields were achieved for HPCDAE and mass ratio of pressurized carbon dioxide vs. acidified water was the parameter that most affected the betacyanins extraction. At optimum conditions of HPCDAE, Opuntia spp. extract presented a total betacyanin content of 211 ± 10 mg/100 g whereas extracts obtained using conventional extraction, PLE in static and in dynamic mode presented a total betacyanin content of 85 ± 3, 191 ± 2 and 153 ± 5 mg/100 g, respectively. HPCDAE has proven to be a successful technology to extract betacyanins from Opuntia spp. fruits. Afterward, Supercritical Fluid Technology was exploited to develop lipidic particles of betalain-rich extract. A betacyanin-rich conventional extract was encapsulated by PGSS® (Particles from Gas Saturated Solutions) technique. Different process conditions were tested in order to model the encapsulation of betacyanins. The pressure had a negative effect on betacyanin encapsulation. Lower pressures leads to an increase in the betacyanin encapsulation. This effect was more pronounced at higher temperatures and lower equilibrium time. At these conditions, Opuntia spp. particles presented 64.4 ± 4.5 mg/100 g and high antioxidant capacity. When compared with the Opuntia spp. dried extract, lipidic particles contributed to a better homogenization of the pink colour after incorporation in ice cream.

Levantamento da fauna de Triatominae (Hemiptera: Reduviidae) em ambiente domiciliar e infecção natural por Trypanosomatidae no Estado de Mato Grosso do Sul

Entre 2000 a 2004, foi realizado levantamento da fauna de Triatominae (Hemiptera: Reduviidae) e exame de infecção natural por Trypanosomatidae, no Estado de Mato Grosso do Sul. Um total de 13.671 espécimes foram capturados. Na análise faunística das espécies capturadas, Triatoma sordida foi caracterizada como muito abundante, muito freqüente, constante e dominante. Os índices de infecção natural para Trypanosoma cruzi apresentaram os valores de 3,2% para Panstrongylus geniculatus, 0,6% para Rhodnius neglectus e 0,1% para Triatoma sordida, apesar do Estado de Mato Grosso do Sul apresentar-se livre da transmissão vetorial endêmica.

Relato de infecção natural de morcegos por flagelados tripanosomatideos em diferentes municípios do Estado do Rio de Janeiro

Este trabalho objetivou avaliar a infecção natural de morcegos por tripanosomatídeos. Foram examinados, por hemocultura, 86 exemplares de diferentes gêneros, sendo 22 (25,58%) amostras isoladas de Desmodus rotundus e Lonchorhina aurita. Os resultados obtidos contribuem para o conhecimento da ocorrência de tripanosomatídeos em morcegos no Estado do Rio de Janeiro.

Caracterização de múltiplos polimorfismos de Pneumocystis Jirovecii por multiplex-PCR/Single base extension

Pneumocystis jirovecii é conhecido por causar infecções específicas no aparelho respiratório de seus hospedeiros, principalmente em doentes imunocomprometidos, manifestando-se por uma pneumonia grave e por vezes fatal, normalmente designada por pneumonia por Pneumocystis. A caracterização da diversidade genética de P. jirovecii tem demonstrado que determinados polimorfismos de base única poderão ser reconhecidos como marcadores moleculares de eleição para o estudo da distribuição geográfica, vias de transmissão, resistência/susceptibilidade a fármacos, factores de virulência e genética populacional de subtipos genéticos. Este estudo teve como objectivo a caracterização de polimorfismos de P. jirovecii, através da metodologia PCR multiplex/Extensão de base única (do inglês single base extension), com a principal finalidade de constatar eventuais associações entre polimorfismos de base única, genótipos multilocus, e dados clínicos e demográficos da infecção. Sessenta e seis espécimes pulmonares, previamente considerados positivos para P. jirovecii, obtidos entre 2001 e 2012, a partir de doentes portugueses imunocomprometidos, foram seleccionados de forma aleatória para este estudo multilocus. PCR multiplex foi utilizada para a amplificação simultânea de três regiões genómicas: subunidade grande do rRNA mitocondrial, superóxido dismutase e dihidropteroato sintetase. Cinco polimorfismos de base única, previamente correlacionados com parâmetros da doença, foram genotipados por extensão de base única: mt85, SOD110, SOD215, DHPS165 e DHPS171. Um total de 330 polimorfismos de base única e 29 genótipos multilocus putativos de P. jirovecii foram identificados e caracterizados nos espécimes pulmonares analisados. Os padrões de distribuição dos polimorfismos foram analisados, sendo considerada a variação temporal e/ou geográfica das suas formas alélicas. Constatou-se grande diversidade genotípica entre os isolados de P. jirovecii que poderá ter influência a nível epidemiológico. Foram observadas associações estatísticas entre mt85/genótipos multilocus e parâmetros demográficos e clínicos. A correlação mais importante verificou-se entre mt85C e cargas parasitárias baixas a moderadas, enquanto mt85T foi associado com cargas parasitárias altas; MLG5, MLG9 e MLG13 foram associados com cargas parasitárias baixas, moderadas e altas, respectivamente. Tais associações demonstram que potenciais marcadores moleculares da infecção por P. jirovecii poderão existir e que polimorfismos/genótipos específicos poderão determinar perfis epidemiológicos da pneumonia por Pneumocystis. A análise genética cruzada permitiu verificar associações entre polimorfismos de base única. Os polimorfismos SOD110T e SOD215C, SOD110C e SOD215T, DHPS165A e DHPS171C, DHPS165G e DHPS171T foram associados estatisticamente. Os genótipos multilocus mais prevalentes foram considerados para o teste recombinatório d1. Dois genótipos multilocus (MLG7 e MLG9) foram observados com elevada frequência, e a análise genética indicou que estes se encontravam sobre-representados na população de P. jirovecii estudada. Estas evidências indicam que o fenómeno de desequilíbrio de ligação e a propagação clonal de subtipos genéticos é frequente, considerando que a espécie P. jirovecii poderá ser representada por uma população com estrutura epidémica. O presente trabalho confirmou a importância do estudo de polimorfismos em P. jirovecii, sugerindo que a caracterização multilocus poderá fornecer informação relevante para a compreensão dos padrões, causas e controlo da infecção, melhorando assim a investigação deste importante patogéneo.

Avaliação do potencial de atenuação natural do passivo ambiental das bacias de lamas oleosas da RESIM - Águas de St. André - Caso de estudo

As bacias de lamas oleosas do Ecoparque RESIM de Santo André constituem um passivo ambiental devido à contaminação dos seus solos. O presente trabalho consistiu no estudo de amostras de solo provenientes das bacias de lamas oleosas com o objectivo de avaliar o potencial de atenuação natural nas mesmas. As amostras foram caracterizadas para vários parâmetros físico-químicos como pH, potencial redox, condutividade eléctrica, aniões (através do método de cromatografia iónica), textura, teor de humidade e densidade e foram ainda determinados os compostos orgânicos voláteis e semi-voláteis das amostras de forma a conhecer a natureza da contaminação. A determinação dos compostos orgânicos voláteis foi realizada com os métodos Headspace - Cromatografia Gasosa - Espectrometria de massa. Os compostos semi-voláteis foram extraídos através do método Soxhlet Warm e determinados através de Cromatografia Gasosa - Espectrometria de Massa. Tanto a caracterização físico-química como a determinação dos compostos foram realizadas antes e após um ensaio de respirometria. Os ensaios de respirometria foram realizados em frascos OxiTop e conduzidos em ambiente controlado a uma temperatura média de 23,5 ºC durante alguns dias. Os contaminantes detetados foram essencialmente hidrocarbonetos aromáticos policíclicos (PAH), mais concretamente o naftaleno, compostos BTEX e uma vasta gama de hidrocarbonetos do petróleo. As amostras em estudo apresentaram variações nas abundâncias e natureza dos compostos presentes após os ensaios de respirometria. O método de respirometria utilizado não se mostrou apropriado para amostras com elevadas abundâncias de compostos orgânicos voláteis.

A SDK improvement towards gesture support

Human-Computer Interaction have been one of the main focus of the technological community, specially the Natural User Interfaces (NUI) field of research as, since the launch of the Kinect Sensor, the goal to achieve fully natural interfaces just got a lot closer to reality. Taking advantage of this conditions the following research work proposes to compute the hand skeleton in order to recognize Sign Language Shapes. The proposed solution uses the Kinect Sensor to achieve a good segmentation and image analysis algorithms to extend the skeleton from the extraction of high-level features. In order to recognize complex hand shapes the current research work proposes the redefinition of the hand contour making it immutable to translation, rotation and scaling operations, and a set of tools to achieve a good recognition. The validation of the proposed solution extended the Kinects Software Development Kit to allow the developer to access the new set of inferred points and created a template-matching based platform that uses the contour to define the hand shape, this prototype was tested in a set of predefined conditions and showed to have a good success ration and has proven to be eligible for real-time scenarios.

Gestão sustentável dos ecossistemas costeiros de Torres Vedras, como estratégia de desenvolvimento local. Bases para a criação de uma reserva natural marinha

O litoral, espaço geográfico de interface entre o meio marinho e terrestre, reúne múltiplos recursos que têm vindo a ser explorados ao longo dos tempos de uma forma cada vez mais intensa. As zonas costeiras são os locais mais acessíveis do ambiente marinho, oferecendo inúmeras oportunidades para a descoberta de uma grande variedade de espécies. A exploração descontrolada dos recursos naturais aliada a fatores de origem natural, aumentam a dificuldade na gestão, levando a uma degradação progressiva. O litoral analisado, do Município de Torres Vedras, tem aproximadamente 20 quilómetros de costa e carateriza-se como uma zona complexa, com elevados valores naturais. Dada a qualidade paisagística e diversidade ecológica é considerado como uma zona bastante atrativa, o que permite o desenvolvimento de atividades de cariz económico, social e ambiental. O procedimento adotado foi sobretudo as visitas ao terreno e a revisão bibliográfica, elementos fundamentais para uma avaliação do território eficaz e ajustada à realidade atual com base nas tendências evolutivas. A dissertação foi desenvolvida em estreita colaboração com o Município de Torres Vedras e pretende contribuir para a elaboração de uma estratégia de utilização sustentável dos recursos costeiros e marinhos. Pretende igualmente equacionar a possibilidade de criação de uma área marinha protegida de âmbito local. Foi assim que se definiu o objetivo, criar uma estratégia assente em dois pilares fundamentais, a conservação e valorização dos recursos naturais. Só desta forma foi possível conciliar as políticas que interferem na gestão da zona costeira e apresentar um projeto fundamental para a região de Torres Vedras. Este trabalho foi desenvolvido tendo em conta as principais necessidades, não só do território como também das populações, com a realização de uma sessão de participação pública e um inquérito. Os resultados obtidos foram bastante interessantes, pois existe uma preocupação efetiva na proteção dos recursos naturais por parte da população local (das “Ações para valorizar o litoral” perguntadas aos inquiridos, a maior percentagem obtida foi de 19% na opção “Conservação dos Recursos Naturais”), fator fundamental para a definição de uma estratégia de valorização do território. Mostrando desta forma a boa relação da comunidade local à conservação do património natural, e vontade de fortalecer a identidade local. A criação de uma Reserva Natural Marinha foi a opção encontrada tendo em conta a estratégia definida e o território analisado. A implementação desta proposta depende de um processo burocrático e de participação pública, que pode ser um pouco moroso até à sua concretização.

Real-time collaborative editing of OutSystems DSL models

Real-time collaborative editing systems are common nowadays, and their advantages are widely recognized. Examples of such systems include Google Docs, ShareLaTeX, among others. This thesis aims to adopt this paradigm in a software development environment. The OutSystems visual language lends itself very appropriate to this kind of collaboration, since the visual code enables a natural flow of knowledge between developers regarding the developed code. Furthermore, communication and coordination are simplified. This proposal explores the field of collaboration on a very structured and rigid model, where collaboration is made through the copy-modify-merge paradigm, in which a developer gets its own private copy from the shared repository, modifies it in isolation and later uploads his changes to be merged with modifications concurrently produced by other developers. To this end, we designed and implemented an extension to the OutSystems Platform, in order to enable real-time collaborative editing. The solution guarantees consistency among the artefacts distributed across several developers working on the same project. We believe that it is possible to achieve a much more intense collaboration over the same models with a low negative impact on the individual productivity of each developer.