Novel 12S mtDNA findings in sloths (Pilosa, Folivora) and anteaters (Pilosa, Vermilingua) suggest a true case of long branch attraction

We sequenced 12S RNA mtDNA for the majority of the extant species of sloths and anteaters and compared our results with previous data obtained by our group using 16S RNA mtDNA in the same specimens and to GenBank sequences of the extinct giant sloth Mylodon. Our results suggest that pigmy-anteaters may be a case of the long-branch attraction phenomenon and also show the large genetic difference between the Amazonian and Atlantic forest three-toed sloths, contrasting with the small differences observed between the two non-Atlantic forest forms of sloths. These results have important implications for the taxonomy of sloths and anteaters and strongly suggest the placement of pigmy anteaters in their own family (Cyclopidae) and raising the taxonomic status of Bradypus torquatus to a genus.

Can Lutjanus purpureus (South red snapper) be "legally" considered a red snapper (Lutjanus campechanus)?

Red snappers (Lutjanus purpureus in Brazil and Lutjanus campechanus in USA and Gulf of Mexico) are both under clear effect of overfishing. Because of their high morphological similarity it has already been suggested that they could possibly be considered as a single species. To investigate the degree of similarity and the genetic structure of red snapper populations we constructed a common dataset of partial D-loop mtDNA sequences of L. purpureus from Brazil (Amapá, Pará and Maranhão) and L. campechanus from the Atlantic coast of the USA (Florida, Louisiana and Mississippi). Phylogenetic and population genetic analyses surprisingly depicted high similarity between L. campechanus and L. purpureus, compatible with the hypothesis of a single species of red snapper for the Western Atlantic Ocean. These preliminary but very curious findings open an important discussion regarding the legislation involved on the capture of this overexploited fish resources as well as regarding their taxonomy.

Low levels of genetic diversity depicted from mitochondrial DNA sequences in a heavily exploited marine fish (Cynoscion acoupa, Sciaenidae) from the Northern coast of Brazil

The acoupa weakfish (Cynoscion acoupa - Sciaenidae) is a marine species of croaker with estuarine-dependent behavior, found in the western Atlantic from Panama to Argentina. It is one of the most exploited food fish on the northern coast of Brazil. In this study, DNA sequences were determined from the entire control region (D-loop) of the mitochondrial genome of 297 individuals collected during seven different months between December 2003 and August 2005 on the northern coast of Brazil (Amapá and Pará). Genetic variability expressed by haplotype (h = 0,892) and nucleotide (p = 0,003) diversities were low compared to other heavily exploited marine fish species from the western Atlantic and eastern Asia. AMOVA depicted a lack of genetic structuring among the samples from different years, indicating the presence of a single stock of C. acoupa within the sample area. The possible reasons for the low levels of genetic diversity are discussed. These results demonstrate a need for the monitoring of C. acoupa harvesting and the preservation of the estuaries within its geographic range, considering that this large fish depends on estuarine ecosystems during part of its life cycle.

Molecular discrimination of pouched four-eyed opossums from the Mamirauá Reserve in the Brazilian Amazon

Previous cytochrome B (CytB) mtDNA studies have suggested four species for the opossum genus Philander (four-eyed opossums), three (P. mcilhennyi, P. andersoni and P. opossum) from the Amazon and one (P. frenata) from the Brazilian Atlantic forest. During a faunal survey nine specimens of Philander sp. and four of Didelphis marsupialis were collected in the Mamirauá Sustainable Reserve, Amazonas State, Brazil. Preliminary analyses based on morphology and geographical distributions were not conclusive, suggesting that Philander specimens could belong to either P. andersoni or P. opossum. In order to elucidate the relationship of this taxon to the remaining Amazonian taxa, seven Philander and two Didelphis specimens animals were sequenced for the cytB mtDNA gene and compared to other previously studied taxa. The maximum likelihood (ML), neighbor-Joining (NJ) and maximum parsimony (MP) consensus bootstrap trees depicted six groups: Didelphis., P. frenata, P andersoni, P. mcilhennyi, P.o. opossum and Philander sp. and Philander canus in a common assemblage supported by significant bootstrap values, suggesting that the Philander sp. from Mamiraua in fact belongs to the species Philander canus.

Tocantins river as an effective barrier to gene flow in Saguinus niger populations

The Saguinus represent the basal genus of the Callitrichinae subfamily. Traditionally this genus is divided into three groups: Hairy, Mottled and Bare-face, however, molecular data failed to validate these groups as monophyletic units, as well as raised some subspecies to the species status. This is the case of the former subspecies Saguinus midas midas and S. midas niger, which are now considered as different species. In the present study, we sequenced a portion of the D-loop mtDNA region in populations from the East bank of the Xingu and from both banks of the Tocantins river, in order to test the effectiveness of large rivers as barriers to the gene flow in Saguinus. According to our results, the populations from the East and West banks of the Tocantins river are more divergent than true species like S. mystax and S. imperator. The Tocantins river may be acting as a barrier to gene flow, and consequently these very divergent populations may represent distinct taxonomic entities (species?).

Phylogenetic analysis of 16S mitochondrial DNA data in sloths and anteaters

We sequenced part of the 16S rRNA mitochondrial gene in 17 extant taxa of Pilosa (sloths and anteaters) and used these sequences along with GenBank sequences of both extant and extinct sloths to perform phylogenetic analysis based on parsimony, maximum-likelihood and Bayesian methods. By increasing the taxa density for anteaters and sloths we were able to clarify some points of the Pilosa phylogenetic tree. Our mitochondrial 16S results show Bradypodidae as a monophyletic and robustly supported clade in all the analysis. However, the Pleistocene fossil Mylodon darwinii does not group significantly to either Bradypodidae or Megalonychidae which indicates that trichotomy best represents the relationship between the families Mylodontidae, Bradypodidae and Megalonychidae. Divergence times also allowed us to discuss the taxonomic status of Cyclopes and the three species of three-toed sloths, Bradypus tridactylus, Bradypus variegatus and Bradypus torquatus. In the Bradypodidae the split between Bradypus torquatus and the proto-Bradypus tridactylus / B. variegatus was estimated as about 7.7 million years ago (MYA), while in the Myrmecophagidae the first offshoot was Cyclopes at about 31.8 MYA followed by the split between Myrmecophaga and Tamandua at 12.9 MYA. We estimate the split between sloths and anteaters to have occurred at about 37 MYA.

The current status of the new world monkey phylogeny

Four DNA datasets were combined in tandem (6700 bp) and Maximum parsimony and Neighbor-Joining analyses were performed. The results suggest three groups emerging almost at the same time: Atelidae, Pitheciidae and Cebidae. The total analysis strongly supports the monophyly of the Cebidae family, grouping Aotus, Cebus and Saimiri with the small callitrichines. In the callitrichines, the data link Cebuela to Callithrix, place Callimico as a sister group of Callithrix/Cebuella, and show Saguinus to be the earliest offshoot of the callitrichines. In the family Pithecidae, Callicebus is the basal genus. Finally, combined molecular data showed congruent branching in the atelid clade, setting up Alouatta as the basal lineage and Brachyteles-Lagothrix as a sister group and the most derived branch. Two major points remain to be clarified in the platyrrhine phylogeny: (i) what is the exact branching pattern of Aotus, Cebus, Saimiri and the small callitrichines, and (ii), which two of these three lineages, pitheciines, atelines or cebids, are more closely related?

Cytogenetic studies in fishes of the genera Hassar, Platydoras and Opsodoras (Doradidae, Siluriformes) from Jarí and Xingú Rivers, Brazil

We studied the karyotypes of Hassar cf. orestis and an undescribed Hassar species from the Jarí River and Opsodoras ternetzi, H. orestis and Platydoras cf. costatus from the Xingú River, all with 2n = 58. Constitutive heterochromatin is located in the centromere in most metacentric pairs; in some chromosomes this banding is not present, or it is located on the whole chromosome arm or in the distal regions. The NOR is located on a single biarmed pair at a distal region of the short arm in H. cf. orestis, H. orestis and P. cf. costatus at a distal region of the long arm in O. ternetzi and at a proximal region of the long arm in the Hassar species. In all species (except for Hassar sp.) the CMA3 analysis revealed a rich G-C region coincident with the NOR. Probably inversions occurred in the NOR chromosome during the chromosomal differentiation of the Doradidae species here described.

Comparative cytogenetic analysis in the species Uroderma magnirostrum and U. bilobatum (cytotype 2n = 42) (Phyllostomidae, Stenodermatinae) in the Brazilian Amazon

The genus Uroderma includes two species: U. magnirostrum and U. bilobatum. These species are characterized by their high degree of karyotypic evolution, diverging from most other species of the subfamily Stenodermatinae, which have a lower degree of chromosomic evolution. The present study reports the first banding patterns of U. magnirostrum (G-, C-banding and Ag-NOR) and U. bilobatum (C-banding and Ag-NOR). The chromosomic data in conventional staining of U. magnirostrum (2n = 36, NF = 62) and U. bilobatum (cytotype 2n = 42, NF = 50) are equivalent to that described in the literature. When compared, chromosomal homeologies are found in both karyotypes, as well as differences, confirming that karyotypic evolution in the Uroderma genus is intense. Fission, fusion, inversion or translocation events are required to explain the karyotypic evolution of this genus. The comparison of karyotype, described here, to one of the species of the genus Artibeus (2n = 30/31), suggests that some chromosomic forms are apomorphic and shared between the two species of Uroderma. This confirms the monophyly of the enus, and that U. magnirostrum presents a more primitive karyotype when compared to U. bilobatum

Chromosome comparison between two species of Phyllostomus (Chiroptera - Phyllostomidae) from Eastern Amazonia, with some phylogenetic insights

Os cariótipos de Phyllostomus discolor e P. hastatus da Amazônia oriental são estudados por bandeamentos G, C, G/C sequencial e coloração Ag-NOR. Ambas as espécies apresentaram 2n = 32, sendo o complemento autossômico composto por 15 pares bi-armed em P. discolor e 14 bi-armed mais 1 par acrocêntrico em P. hastatus. O cromossomo X é um submetacêntrico médio e o Y é um pequeno acrocêntrico em ambas as espécies. O presente estudo encontrou apenas uma diferença entre os cariótipos de P. discolor e P. hastatus: o menor autossomo (par 15) é metacêntrico em discolor e acrocêntrico em hastatus. Este resultado é melhor explicado por uma inversão pericêntrica. O bandeamento C revelou heterocromatina constitutiva na região centromérica de todos os cromossomos, e os sítios NOR foram localizados na região distal do par 15, em ambas as espécies. O táxon P. discolor é considerado primitivo para o gênero Phyllostomus e supõe-se que a forma metacêntrica do par 15 seja a condição primitiva, que foi rearranjada por uma inversão pericêntrica, originando a forma acrocêntrica encontrada em P. hastatus.

Epidemiologia do Cowpea aphid borne mosaic virus (CABMV) em maracujazeiros na região produtora da Alta Paulista, SP

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análise cladística e descrição de um grupo novo de espécies de Edessa (Heteroptera, Pentatomidae, Edessinae)

A subordem Heteroptera, é o maior táxon dentre os hemimetábolos, composta por sete infraordens, 23 superfamílias e 80 famílias. Dentre estas, Pentatomidae é a quarta família mais numerosa e diversa entre os heterópteros, possuindo 4.100 espécies distribuídas em 760 gêneros e em sete subfamílias. Edessinae possui atualmente cerca de 290 espécies distribuídas em seis gêneros: Edessa, Brachystethus, Peromatus, Olbia, Pantochlora e Doesburgedessa. De todos estes gêneros, Edessa é o que possui o maior número de espécies e o que concentra quase a totalidade dos problemas taxonômicos e nomenclaturas da subfamília. Devido ao seu tamanho, a revisão está sendo feita em partes, a partir do estudo de grupos de espécies unidos por possíveis sinapomorfias. Assim o objetivo geral do trabalho é propor e descrever um novo grupo de espécies com base em uma análise cladística. Para o estudo foram examinados 114 exemplares pertencentes a instituições nacionais e internacionais e a coleções particulares. As descrições seguem um modelo tradicional também usado para Edessinae. São apresentadas medidas e fotografias das espécies, desenhos do processo metasternal e genitália de ambos os sexos, chave dicotômica e mapa de distribuição. Para a analise cladística, foram levantados 22 caracteres morfológicos polarizados através do método do grupo externo, composto pelas espécies: Tibilis sp., Neotibilis fulvicornis, Brachystethus cribrus, Pantochlora vivida, Olbia elegans, Peromatus sp., Doesburgedessa elongatispina, Edessa cervus e Edessa affinis. Através do programa NONA foi obtida uma única árvore mais parcimoniosa, com 30 passos, índice de Consistência de 0,93 e índice de Retenção de 0,97. Com base nessa análise, o monofiletismo do grupo de espécie é confirmado. Assim, o grupo stolida aqui proposto é formado por quatro espécies já descritas Edessa stolida (Linnaeus, 1758), Edessa heymonsi Breddin, 1904, Edessa verhoeffi Breddin, 1904 e Edessa paravinula Barber, 1935 e por cinco espécies novas. O grupo stolida de Edessa é reconhecido pela presença de uma expansão que se projeta da margem lateral da face posterior do segmento X; região mediana do parâmero com uma projeção de formato triangular; ausência de uma faixa ou de tufo de pelos na face posterior do segmento X e gonapófise 8 esclerotizada. As espécies do grupo stolida são muito parecidas externamente e sua identificação só pode ser feita através da análise da genitália externa de ambos os sexos. A análise cladística apóia a idéia tradicional e o grupo stolida deve ser considerado parte do subgênero Hypoxys de Edessa. A topologia do cladograma resultante é (Tibilis sp. + Neotibilis fulvicornis (Brachystethus cribus (Pantochlora vivida ((Doesbuergedessa elongatispina + Edessa cervus (Peromatus sp. + Olbia elegans)) (Edessa affinis ((Edessa sp. nov 3 + Edessa sp. nov 3a) ((Edessa sp. nov 2 (Edessa verhoeffi + Edessa heymonsi)) (Edessa stolida (Edessa sp. nov 4 (Edessa paravinula + Edessa sp. nov 5))))))))). A fêmea de Edessa stolida e o macho de Edessa verhoeffi são descritos pela primeira vez neste trabalho. Os registros de distribuição das espécies são ampliados.

A comunidade de Curculionidae (Coleoptera) de inflorescências da palmeira Euterpe longebracteata Barb. Rodr. em uma área de transição Amazônia-Cerrado, Mato Grosso, Brasil

Foi realizado o estudo da comunidade de Curculionidae de inflorescências da palmeira Euterpe longebracteata em Áreas de Preservação Permanente, degradadas e preservadas, na Fazenda Tanguro, Mato Grosso, Brasil, com o objetivo de fornecer subsídios às políticas de manejo e recuperação das áreas. Os curculionídeos representaram o componente mais importante da fauna associada às inflorescências de Euterpe longebracteata, com riqueza de 23 espécies, frequência de 97% nas amostras e abundância de 10.000 exemplares (ou 90% da abundância total). As espécies Phyllotrox sp. 18, Phyllotrox sp. 19, Erirhininae gen.n.Asp.1 , Erirhininae gen.n.Esp.1 e Bondariella sp.n.3 representaram mais de 98% da abundância, foram consideradas dominantes nas inflorescências de E. longebracteata e, portanto, especificamente associadas à palmeira, podendo atuar como as espécies polinizadoras efetivas de E. longebracteata na área. Apesar das diferenças entre APPs preservadas e degradadas, as populações de E. longebracteata e a composição de espécies de Curculionidae não apresentaram correlação com o nível de degradação das APPs. A riqueza de Curculionidae também não apresentou correlação com a cobertura do dossel, distância da amostra à borda, tamanho das inflorescências e o número de flores por inflorescências de E. longebracteata. A influência do período de coleta sobre a abundância da maioria das espécies dominantes foi considerada indício de flutuação populacional e sucessão ecológica. Enquanto que Phyllotrox sp. 19, parece apresentar padrão de distribuição agregada. As espécies Phyllotrox sp.18 e Erirhininae gen.n.Asp.1 foram consideradas com tendo abundância mais sensível a degradação das APPs. A palmeira Euterpe longebracteata apresenta potencial de uso na recuperação das áreas degradadas da Fazenda Tanguro, pois suas populações e suas espécies de prováveis Curculionidae polinizadores apresentaram tolerância à degradação observada.

Revisão taxonômica do complexo Gonatodes concinnatus (Reptilia: Sphaerodactylidae)

O complexo Gonatodes concinnatus, conforme estabelecido aqui, consiste nas espécies caracterizadas por uma mancha suprahumeral branca com margens pretas; vermiculações no dorso; e escamas alargadas sob a cauda, apresentando a seqüência 1’1’1” e, em alguns casos, 1’1’2” (na porção anterior). Duas espécies são atualmente reconhecidas neste grupo amazônico, G. concinnatus e G. tapajonicus. Novos materiais encontrados no leste da Amazônia (nos estados do Pará e Amapá, Brasil) fizeram necessária a revisão dessas espécies. Analisamos diversas populações dentro deste complexo, provenientes do Peru, Equador, Colômbia e Brasil (mas não da Venezuela), incluindo os novos registros. Os espécimes foram separados em grupos definidos com base no padrão de coloração. Análises discriminantes, utilizando o método por passos (stepwise), foram realizadas para comparar a morfologia externa (representada por medições e contagens de escama, separadamente) nestes grupos. Os resultados apóiam o reconhecimento de quatro táxons, correspondendo a G. concinnatus, da Amazônia Ocidental, no nordeste do Equador e do Peru; G. tapajonicus, da bacia do Rio Tapajós, no Pará, Brasil; e duas novas espécies, uma do leste da Amazônia, nos estados do Pará e Amapá, Brasil, e outra da região cisandina central da Colômbia. As diagnoses e descrições de todas as espécies são apresentadas.

Análise higiênico-sanitária da carne do caranguejo-uçá (Ucides cordatus) beneficiada em dois municípios litorâneos do Estado do Pará

Entre os produtos de origem animal o caranguejo é tido como um dos alimentos mais susceptíveis ao processo de deterioração devido à sua composição química específica, atividades de enzimas autolíticas e ao pH próximo da neutralidade. Além destes fatores intrínsecos relacionados ao crustáceo, o processo de extração de suas carnes é realizado, na grande maioria das vezes, em condição higiênico-sanitária insatisfatória, ocasionando, assim um alto teor de contaminação destas. Com objetivo de analisar a qualidade microbiológica, microscópica e parasitológica da carne de caranguejo comercializada em dois municípios do Estado do Pará (São Caetano de Odivelas e Bragança), foram pesquisadas 30 amostras da carne adquiridas dos catadores, nos seus pontos de catação. Na análise microbiológica, observou-se presença, em níveis elevados, de coliformes fecais e Staphylococcus aureus, em ambos os municípios, entretanto a Salmonella sp (S. panama: sorogrupo D) foi detectada somente em Bragança/Vila de Caratateua. Ressalta-se que grande parte dos pontos de catação apresentou suas amostras fora dos padrões legais vigentes na atual legislação brasileira, seja em relação aos coliformes fecais, Staphylococcus aureus e/ou Salmonella sp. A análise microscópica revelou constante presença de sujidades (lasca de madeira, fibra e semente de origem vegetal, pêlo humano, larva e excremento de inseto). Contudo, a análise parasitológica foi negativa para a detecção de cistos de protozoários (E. histolytica/E. díspar e G. lamblia). Os resultados revelam a precariedade das condições higiênico-sanitárias das amostras pesquisadas, indicando desta forma a necessidade de ser criado, por parte das autoridades competentes, um registro do Ministério da Agricultura e Secretaria da Agricultura do estado, para que o beneficiamento e a comercialização deste produto sejam feitos de acordo com as normas sanitárias vigentes.