Lipid anchoring of Arabidopsis phototropin 1 to assess the functional significance of receptor internalization: should I stay or should I go?

The phototropin 1 (phot1) blue light receptor mediates a number of adaptive responses, including phototropism, that generally serve to optimize photosynthetic capacity. Phot1 is a plasma membrane-associated protein, but upon irradiation, a fraction is internalized into the cytoplasm. Although this phenomenon has been reported for more than a decade, its biological significance remains elusive. Here, we use a genetic approach to revisit the prevalent hypotheses regarding the functional importance of receptor internalization. Transgenic plants expressing lipidated versions of phot1 that are permanently anchored to the plasma membrane were used to analyse the effect of internalization on receptor turnover, phototropism and other phot1-mediated responses. Myristoylation and farnesylation effectively prevented phot1 internalization. Both modified photoreceptors were found to be fully functional in Arabidopsis, rescuing phototropism and all other phot1-mediated responses tested. Light-mediated phot1 turnover occurred as in the native receptor. Furthermore, our work does not provide any evidence of a role of phot1 internalization in the attenuation of receptor signalling during phototropism. Our results demonstrate that phot1 signalling is initiated at the plasma membrane. They furthermore indicate that release of phot1 into the cytosol is not linked to receptor turnover or desensitization.

Dialectalismes i diccionaris: entre la tradició i la variació

Els autors reflexionen sobre la representativitat dels dialectalismes inclosos en algunes obres lexicogràfiques catalanes, atenent als problemes que es deriven de la selecció lèxica pròpiament dita i de l'abast semàntic d'aquestes unitats. S'hi afegeixen, alhora, aspectes inherents al component lèxic, com ara la variació interna o externa a què està sotmès. Els exemples adduïts provenen en gran part de la recerca duta a terme per a l'elaboració del Diccionari de la pronúncia del català nord-occidental (lleidatà).

Adaptations of Natural Killer Cells to Self-MHC Class I.

Natural Killer (NK) cells use germ line encoded receptors to detect diseased host cells. Despite the invariant recognition structures, NK cells have a significant ability to adapt to their surroundings, such as the presence or absence of MHC class I molecules. It has been assumed that this adaptation occurs during NK cell development, but recent findings show that mature NK cells can also adapt to the presence or absence of MHC class I molecules. Here, we summarize how NK cells adjust to changes in the expression of MHC class I molecules. We propose an extension of existing models, in which MHC class I recognition during NK cell development sequentially instructs and maintains NK cell function. The elucidation of the molecular basis of the two effects may identify ways to improve the fitness of NK cells and to prevent the loss of NK cell function due to persistent alterations in their environment.

Lymphocytic Choriomeningitis Virus Differentially Affects the Virus-Induced Type I Interferon Response and Mitochondrial Apoptosis Mediated by RIG-I/MAVS.

Arenaviruses are important emerging human pathogens maintained by noncytolytic persistent infection in their rodent reservoir hosts. Despite high levels of viral replication, persistently infected carrier hosts show only mildly elevated levels of type I interferon (IFN-I). Accordingly, the arenavirus nucleoprotein (NP) has been identified as a potent IFN-I antagonist capable of blocking activation of interferon regulatory factor 3 (IRF3) via the retinoic acid inducible gene (RIG)-I/mitochondrial antiviral signaling (MAVS) pathway. Another important mechanism of host innate antiviral defense is represented by virus-induced mitochondrial apoptosis via RIG-I/MAVS and IRF3. In the present study, we investigated the ability of the prototypic Old World arenavirus lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) to interfere with RIG-I/MAVS-dependent apoptosis. We found that LCMV does not induce apoptosis at any time during infection. While LCMV efficiently blocked induction of IFN-I via RIG-I/MAVS in response to superinfection with cytopathic RNA viruses, virus-induced mitochondrial apoptosis remained fully active in LCMV-infected cells. Notably, in LCMV-infected cells, RIG-I was dispensable for virus-induced apoptosis via MAVS. Our study reveals that LCMV infection efficiently suppresses induction of IFN-I but does not interfere with the cell's ability to undergo virus-induced mitochondrial apoptosis as a strategy of innate antiviral defense. The RIG-I independence of mitochondrial apoptosis in LCMV-infected cells provides the first evidence that arenaviruses can reshape apoptotic signaling according to their needs. IMPORTANCE: Arenaviruses are important emerging human pathogens that are maintained in their rodent hosts by persistent infection. Persistent virus is able to subvert the cellular interferon response, a powerful branch of the innate antiviral defense. Here, we investigated the ability of the prototypic arenavirus lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) to interfere with the induction of programmed cell death, or apoptosis, in response to superinfection with cytopathic RNA viruses. Upon viral challenge, persistent LCMV efficiently blocked induction of interferons, whereas virus-induced apoptosis remained fully active in LCMV-infected cells. Our studies reveal that the persistent virus is able to reshape innate apoptotic signaling in order to prevent interferon production while maintaining programmed cell death as a strategy for innate defense. The differential effect of persistent virus on the interferon response versus its effect on apoptosis appears as a subtle strategy to guarantee sufficiently high viral loads for efficient transmission while maintaining apoptosis as a mechanism of defense.

Mapping Bias Overestimates Reference Allele Frequencies at the HLA Genes in the 1000 Genomes Project Phase I Data.

Next-generation sequencing (NGS) technologies have become the standard for data generation in studies of population genomics, as the 1000 Genomes Project (1000G). However, these techniques are known to be problematic when applied to highly polymorphic genomic regions, such as the human leukocyte antigen (HLA) genes. Because accurate genotype calls and allele frequency estimations are crucial to population genomics analyses, it is important to assess the reliability of NGS data. Here, we evaluate the reliability of genotype calls and allele frequency estimates of the single-nucleotide polymorphisms (SNPs) reported by 1000G (phase I) at five HLA genes (HLA-A, -B, -C, -DRB1, and -DQB1). We take advantage of the availability of HLA Sanger sequencing of 930 of the 1092 1000G samples and use this as a gold standard to benchmark the 1000G data. We document that 18.6% of SNP genotype calls in HLA genes are incorrect and that allele frequencies are estimated with an error greater than ±0.1 at approximately 25% of the SNPs in HLA genes. We found a bias toward overestimation of reference allele frequency for the 1000G data, indicating mapping bias is an important cause of error in frequency estimation in this dataset. We provide a list of sites that have poor allele frequency estimates and discuss the outcomes of including those sites in different kinds of analyses. Because the HLA region is the most polymorphic in the human genome, our results provide insights into the challenges of using of NGS data at other genomic regions of high diversity.

La ciutat de les dames i Terra d’elles: dues utopies feministes en català

Elizabeth Russell sosté que les utopies escrites per dones són més transgressores «perquè desconstrueixen el concepte de perfecció» (2007: 21). En aquesta línia de crítica social i necessitat de reformes, quant al gènere femení, neixen, amb cinc segles de diferència, les dues obres estudiades aquí, Le livre de la cité des dames (1405), de Christine de Pisan, i Herland (1915), de Charlotte Perkins Gilman. Amb notables excepcions com La mística de la feminitat (1965), de Betty Friedan, i El segon sexe (1968), de Simone de Beauvoir, a casa nostra els discursos androcèntrics es ben cuidaren de negar l’entrada d’aires subversius que, per raons òbvies, poguessin esverar aquell àngel de la llar amansit i silenciat, per dir-ho a la manera woolfiana. Charlotte Perkins Gilman arribà per primera vegada a Catalunya i a la península ibèrica el 1982 amb la traducció al català de Montserrat Abelló per a l’editorial La Sal d’El paper de paret groc. En els mateixos anys vuitanta i per a la mateixa editorial Helena Valentí traduí al castellà El país de ellas (1987), obra que el 2002 traslladà al català Jordi Vidal Tubau en una edició a cura d’Eulàlia Lledó que porta per títol Terra d’elles. Poc després, el 1990, La ciutat de les dames, de Christine de Pisan, es pogué llegir en llengua catalana amb una edició i traducció de Mercè Otero per a la col·lecció «Espai de Dones» d’Edicions de l’Eixample. Aquest article presenta la recepció a Catalunya de dos clàssics del gènere de les utopies feministes, La ciutat de les dames (1990), de Christine de Pisan, i Terra d’elles (2002), de Charlotte Perkins Gilman, amb notes sobre la seva difusió al castellà i al gallec.

Estudi de la producció i de la qualitat farratgera de les pastures de la finca dels Cingles de l'Avenc (Tavertet). 2011

A Catalunya, la protecció i gestió de zones d’especial interès natural ha estat majoritàriament realitzada pel conjunt de les administracions públiques. Tot i així, en els últims anys han sorgit un conjunt d’iniciatives privades que a través d’acords de custòdia han passat a tenir un paper actiu en la protecció i gestió d’algunes finques amb un alt valor natural. És el cas de la finca els Cingles de l’Avenc, on s’ha dut a terme aquest treball, en la qual es pretén desenvolupar una activitat ramadera compatible amb la conservació dels valors naturals de la finca. L’objectiu principal d’aquest treball és conèixer la producció i qualitat farratgera dels diferents tipus de pastures que hi ha a la finca, i establir la càrrega ramadera que poden admetre. Aquest estudi ha tingut una durada de 3 anys i en aquest treball es presenten els resultats del 2011 i es fa l’anàlisi dels resultats dels 3 anys (2009, 2010, i 2011). L’estudi s’ha portat a terme en els 4 tipus principals de pastures que hi ha a la finca: joncedes, pastures mesòfiles, prats de dall i pastures sembrades. S’han utilitzat 11 parcel·les permanents excloses de la pastura, establertes l’any 2009, que inclouen la diversitat de tipus i zones de pastura. S’ha realitzat un mostreig de la biomassa mensual, d’abril a novembre, que ha consistit en dallar 4 quadrats de 50 x 50 cm, i s’ha calculat la producció anual. S’ha determinat la qualitat farratgera de l’herba de 4 moments de l’any: maig, juny, juliol i octubre. Després dels tres anys d’estudi hem obtingut que les pastures sembrades i els prats de dall són els més productius (1.067 g/m2.any i 1.005 g/m2.any, respectivament). La producció de les pastures mesòfiles i de les joncedes són més baixes (554 g/m2.any i 291 g/m2.any, respectivament). La qualitat farratgera de les pastures és bona a totes les comunitats, amb valors mitjans de proteïna digerible de 6,63%, de fibra bruta de 29,13%, de lignina de 7,29% i de 0,69 (ENL/1,700) unitats farratgeres. La producció anual global obtinguda a la finca durant aquests tres anys permet suportar una càrrega ramadera admissible d’unes 208 UBG (Unitats de Bestiar Gros. 1 U.B.G equival a 1 vaca a partir de 2 anys).

Genetic variation in the European hake, Merluccius merluccius. Description of protein loci and genetic divergence between Atlantic and Mediterranean populations = Anàlisi de la variabilitat genètica en el lluç europeu, Merluccius merluccius. Descripció dels loci electroforètics i divergència genètica entre les poblacions atlàntica i mediterrània

We examined the genetic population structure of the european hake (Merluccius merluccius) using electrophoretically detectable population markers in 35 protein loci. Samples were collected from 7 locations in the Atlantic Ocean and Mediterranean Sea. Six loci were polymorphic using the 0.05 criterion of polymorphism. Sample heterozigosities ranged from 0.052 to 0.072 and averaged 0.0625. In this study, significant allele frequency differences were detected between Atlantic and Mediterranean populations in three polymorphic loci: GAPDH-1*, GPI-2* and SOD-1*. Two major genetic groups were considered: a North-Atlantic stock and the Mediterranean stock. The Nei genetic distance, D, (based on 33 loci) between samples from these two groups ranged from 0.002 to 0.006. Genetic differenciation between these areas appears to reflect the barrier effect of Strait of Gibraltar. On average over loci, 96.92 % of the total gene diversity was contained within samples, 0.23 % expressed differences among locations within areas, and 2.64 % differences between regions. A review of morphological variation together with the genetic data presented here suggest that the populations of hake from these areas are subdivided into two different stocks: the North-Atlantic stock and the Mediterranean stock. The most conservative approach to the management of these stocks is to consider the Atlantic and Mediterranean stocks independently from oneanother

Development of a systematic computer vision-based method to analyse and compare images of false identity documents for forensic intelligence purposes-Part I: acquisition, calibration and validation issues

Following their detection and seizure by police and border guard authorities, false identity and travel documents are usually scanned, producing digital images. This research investigates the potential of these images to classify false identity documents, highlight links between documents produced by a same modus operandi or same source, and thus support forensic intelligence efforts. Inspired by previous research work about digital images of Ecstasy tablets, a systematic and complete method has been developed to acquire, collect, process and compare images of false identity documents. This first part of the article highlights the critical steps of the method and the development of a prototype that processes regions of interest extracted from images. Acquisition conditions have been fine-tuned in order to optimise reproducibility and comparability of images. Different filters and comparison metrics have been evaluated and the performance of the method has been assessed using two calibration and validation sets of documents, made up of 101 Italian driving licenses and 96 Portuguese passports seized in Switzerland, among which some were known to come from common sources. Results indicate that the use of Hue and Edge filters or their combination to extract profiles from images, and then the comparison of profiles with a Canberra distance-based metric provides the most accurate classification of documents. The method appears also to be quick, efficient and inexpensive. It can be easily operated from remote locations and shared amongst different organisations, which makes it very convenient for future operational applications. The method could serve as a first fast triage method that may help target more resource-intensive profiling methods (based on a visual, physical or chemical examination of documents for instance). Its contribution to forensic intelligence and its application to several sets of false identity documents seized by police and border guards will be developed in a forthcoming article (part II).

Anàlisi de l'experiència dels infants, entre 3 i 6 anys, de l'escola Verntallat, amb les TIC

Vivim immersos en l’era digital i els infants, des del moment que neixen i formen part d’aquest món, entren en contacte amb les Tecnologies de la Informació i la Comunicació. Aquesta recerca pretén descriure i analitzar l’experiència que tenen, els infants entre tres i sis anys, d’una escola que aglutina poblacions de diferents nuclis, amb les Tecnologies de la Informació i la Comunicació, tant en l’àmbit familiar com en l’escolar. Els resultats, fruït d’un estudi de cas, ajuden a entendre quins usos informals i formals fan els infants amb les TIC, quina actitud mostren vers aquestes i altres aspectes relacionats. L’estudi serveix de punt de partida per als mestres que es dediquen a l’Educació Infantil i desitgen incorporar les TIC a les escoles.

Direct Interrogation of Viral Peptides Presented by the Class I HLA of HIV-Infected T Cells

Identification of CD8+ cytotoxic T lymphocyte (CTL) epitopes has traditionally relied upon testing of overlapping peptide libraries for their reactivity with T cells in vitro. Here, we pursued deep ligand sequencing (DLS) as an alternative method of directly identifying those ligands that are epitopes presented to CTLs by the class I human leukocyte antigens (HLA) of infected cells. Soluble class I HLA-A*11:01 (sHLA) was gathered from HIV-1 NL4-3-infected human CD4+ SUP-T1 cells. HLA-A*11:01 harvested from infected cells was immunoaffinity purified and acid boiled to release heavy and light chains from peptide ligands that were then recovered by size-exclusion filtration. The ligands were first fractionated by high-pH high-pressure liquid chromatography and then subjected to separation by nano-liquid chromatography (nano-LC)–mass spectrometry (MS) at low pH. Approximately 10 million ions were selected for sequencing by tandem mass spectrometry (MS/MS). HLA-A*11:01 ligand sequences were determined with PEAKS software and confirmed by comparison to spectra generated from synthetic peptides. DLS identified 42 viral ligands presented by HLA-A*11:01, and 37 of these were previously undetected. These data demonstrate that (i) HIV-1 Gag and Nef are extensively sampled, (ii) ligand length variants are prevalent, particularly within Gag and Nef hot spots where ligand sequences overlap, (iii) noncanonical ligands are T cell reactive, and (iv) HIV-1 ligands are derived from de novo synthesis rather than endocytic sampling. Next-generation immunotherapies must factor these nascent HIV-1 ligand length variants and the finding that CTL-reactive epitopes may be absent during infection of CD4+ T cells into strategies designed to enhance T cell immunity.

Hints for a fast precessing relativistic radio jet in LS I + 61° 303

Here we discuss two consecutive MERLIN observations of the X-ray binary LS I +61° 303 . The first observation shows a double-sided jet extending up to about 200 AU on both sides of a central source. The jet shows a bent S-shaped structure similar to the one displayed by the well-known precessing jet of SS 433 . The precession suggested in the first MERLIN image becomes evident in the second one, showing a one-sided bent jet significantly rotated with respect to the jet of the day before. We conclude that the derived precession of the relativistic (beta=0.6) jet explains puzzling previous VLBI results. Moreover, the fact that the precession is fast could be the explanation of the never understood short term (days) variability of the associated gamma-ray source 2CG 135+01 / 3EG J0241+6103

Entre la discapacitat i la diversitat funcional: El professional davant dels canvis de paradigmes i no només de paraules

En qualsevol disciplina els canvis en el vocabulari són importants pel fet que hi ha una evolució en la disciplina mateixa. Pel que fa a la discapacitat i la diversitat funcional no només hi ha un canvi de paraules sinó un canvi conceptual que genera substitucions de vocabulari però no com a sinònims. Els canvis de paradigma als quals fem referència en la darrera dècada comencen a prendre rellevància a molts nivells, com l’acadèmic, el social i el polític, com si fossin un engranatge en què, quan hi ha canvis en una peça, convé també plantejar-los en les altres. Des d’aquest punt de vista alteracions de la concepció de discapacitat i diversitat funcional generen canvis significatius en la manera de generar serveis si calgués. Però a més adquireixen molta importància les novetats a nivell actitudinal i de relació que estableixen els professionals de l’educació social o del treball social sobre les persones amb diversitat funcional.

Guillem Masó, mercader de Sant Joan de les Abadesses: bestiar, draps i crèdit en una vila monàstica al darrer quart del segle XIV

El present treball es fonamenta amb el contingut del llibre particular o extraordinari del mercader Guillem Masó, de Sant Joan de les Abadesses, actiu durant la segona meitat del segle XIV. La majoria d’assentaments que conté el volum fan referència a tractes de bestiar, amb la inclusió de diverses tipologies o variants en els contractes, des de la simple compravenda fins a comandes-parceria. L’activitat del mercader Masó, tanmateix, no se centra exclusivament en aquests negocis. S’intueix una diversificació de les seves activitats que es vinculen, fonamentalment, amb la producció i comercialització de draps de llana i de lli. El context social i econòmic de la vila de Sant Joan durant aquest període afavoreix la presència d’aquests empresaris tèxtils que, per a aconseguir els seus objectius, s’introdueixen en els ressorts del poder civil de la vila i en els dels gremis i confraries que regulen i controlen els processos de fabricació dels productes

Control de la temperatura i el llum mitjançant dispositius sense fils

El concepte Internet de les Coses va néixer fa molt poc, cap a l’any 2010, i es refereix a la connexió d’objectes a Internet, de manera que puguin interactuar en xarxa entre ells o amb les persones per transmetre o rebre informació, i realitzar, així, les accions programades en funció de les dades disponibles. Des de llavors la gran majoria d’institucions, tant públiques com privades, s’han interessat en aquest concepte, ja que pot suposar un augment molt important de la qualitat de vida de les persones, un estalvi de recursos i beneficis econòmics. D’aquí neix aquest Treball Final de Grau, ja que des de la Fundació Eduard Soler de Ripoll tenen el desig d’introduir-se en aquest camp. L’objectiu principal d’aquest Treball Final de Grau és crear una xarxa sense fils que pugui controlar la temperatura i la il·luminació de l’edifici C de la Fundació Eduard Soler i que, a més, es pugui connectar a Internet. Una de les conclusions a què he arribat gràcies a aquest treball és que la utilització d’eines de baix cost (Arduino, Xbee, MySQL, PHP...) permet introduir-se en l’apassionant món de l’Internet de les Coses i, a més, aconseguir molt bons resultats.