Analysis and functional annotation of an expressed sequence tag collection for tropical crop sugarcane

To contribute to our understanding of the genome complexity of sugarcane, we undertook a large-scale expressed sequence tag (EST),program. More than 260,000 cDNA clones were partially sequenced from 26 standard cDNA libraries generated from different sugarcane tissues. After the processing of the sequences, 237,954 high-quality ESTs were identified. These ESTs were assembled into 43,141 putative transcripts. of the assembled sequences, 35.6% presented no matches with existing sequences in public databases. A global analysis of the whole SUCEST data set indicated that 14,409 assembled sequences (33% of the total) contained at least one cDNA clone with a full-length insert. Annotation of the 43,141 assembled sequences associated almost 50% of the putative identified sugarcane genes with protein metabolism, cellular communication/signal transduction, bioenergetics, and stress responses. Inspection of the translated assembled sequences for conserved protein domains revealed 40,821 amino acid sequences with 1415 Pfam domains. Reassembling the consensus sequences of the 43,141 transcripts revealed a 22% redundancy in the first assembling. This indicated that possibly 33,620 unique genes had been identified and indicated that >90% of the sugarcane expressed genes were tagged.

Determination of the optimal quantity of crop residues for energy in sugarcane crop management using linear programming in variety selection and planting strategy

The aim of this work was to present organizational models for optimizing the reduction of crop residue generated by the sugarcane culture. The first model consisted of the selection of varieties of sugarcane to be planted meeting the mill requirements and, at the same time, to minimize the quantity of residue produced. The second model discussed the use of residue to produce energy. This is related to the selection of variety and quantity to be planted, in order to meet the requirements of the mill, to reduce the quantity of residue, and to maximize as much as possible the energy production. The use of linear programming was proposed. The two models presented similar results in this study, and both may be used to define the varieties and areas to be cultivated. (C) 2001 Published by Elsevier B.V. Ltd.

Game theory in sugarcane crop residue and available energy optimization

This work proposes a mathematical model to aid variety selection and planting quantity of sugarcane in order to reduce crop residues, maximize energy generated by this residue, and satisfy all the supply of the mill. We propose Linear Programming with two objective. The conflict between these objectives allows the use of the Nonzero-sum Game Theory. (C) 2003 Elsevier B.V. Ltd. All rights reserved.

Identification and expression analysis of microRNAs and targets in the biofuel crop sugarcane

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Chromosomal diversification in populations of Characidium cf. gomesi (Teleostei, Crenuchidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Gene and species trees of a Neotropical group of treefrogs: Genetic diversification in the Brazilian Atlantic Forest and the origin of a polyploid species

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Karyotypic diversification and its contribution to the taxonomy of Eleocharis (Cyperaceae) from Brazil

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Green lacewings (Neuroptera: Chrysopidae) associated with Melon Crop in Mossoró, Rio Grande do Norte State, Brazil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Efeito da solarização e do brometo de metila sobre a comunidade de fungos do solo

A microbiota do solo é de grande importância no desenvolvimento de culturas. Os métodos de controle, químico (brometo de metila) e físico (solarização), alteram essa microbiota. O presente trabalho objetivou estudar o comportamento da comunidade de fungos em solo solarizado e fumigado (brometo de metila). O delineamento experimental foi de blocos ao acaso, com três tratamentos (solarização, brometo de metila e testemunha) e sete repetições. A comunidade de fungos do solo foi avaliada de forma quantitativa e qualitativa, em três momentos (antes, durante e após a solarização) com amostras coletadas de três profundidades (0-5; 10-15 e 20-25 cm). Durante a solarização ocorreu uma redução na comunidade de fungos do solo, em termos quantitativos, em todas as camadas amostradas. No entanto, essa diminuição foi mais significativa na camada superficial (0-5cm). em termos qualitativos, a solarização reduziu também o número de diferentes espécies de fungos do solo, mas na camada de 20-25 cm, essa diminuição foi a zero aos 56 dias de avaliação. A recolonização da microbiota do solo, em termos quantitativos, foi maior no tratamento com brometo de metila do que nos demais. Entretanto, esse aumento não foi o mesmo em termos qualitativos. Nos tratamentos solarizado e testemunha, o aumento na comunidade de fungos do solo foi acompanhado pela diversificação de espécies fúngicas.

Upland rice yield as affected by previous summer crop rotation (soybean or upland rice) and glyphosate management on cover crops

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

WATER NEEDS FOR WINTER BEAN CROP

Um estudo sobre o uso de água do feijoeiro de inverno (Phaseolus vulgaris L. cv. Carioca) foi realizado num solo Latossol Vermelho Amarelo de textura argilosa. Um sistema de sulcos de infiltração foi usado para proceder a irrigação com o intuito de manter o solo em potenciais de água superiores a -40,0 KPa. Duas doses de aplicação de N em cobertura (0 a 30 Kg N/ha) foram colocados 25 dias após o plantio. Os principais objetivos do estudo foram: avaliar a interação entre as duas doses de N com a evapotranspiração e medir os coeficientes de cultura (Kc). A evapotranspiração média máxima (ETm) foi 1,71 mm/dia, ou 157,16 mm nos 92 dias de observações; os valores de ETm para as fases vegetativa (1), florescimento (2) e formação de vagens (3) foram 1,48; 2,35 e 1,50 mm/dia, respectivamente, para a dose de 30 Kg/ha e 1,48, 1,88 e 1,45 mm/dia para o tratamento sem aplicação de N em cobertura. Os coeficientes de cultura (Kc = ETm/ETo) foram 0,62 e 0,78 para a fase 1, 0,80 e 1,10 para a 2, 0,45 e 0,55 para a 3 e 0,61 e 0,80 para o ciclo todo, respectivamente, baseados no método de FAO-Penman e do Tanque Classe A. Este mostrou melhores resultados para estimar o máximo uso de água pelo feijoeiro de inverno. Os tratamentos de N não afetaram a evapotranspiração significativamente. Entretanto, a evapotranspiração, medida pelo método do balanço de água, foi 59,78 e 27,12% maior no estágio do florescimento que no estádio vegetativo, respectivamente, nas doses de 30 e 0 Kg N/ha.

Comparison between climatological and field water balances for a coffee crop

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Marigold (Tagetes erecta L.) as an attractive crop to natural enemies in onion fields

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Resistance of wild and near isogenic bean lines with arcelin variants to Zabrotes subfasciatus (Boheman): I - Winter crop

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Genotypic evaluation of Dent composite (Zea mays L) half-sib progenies in late harvest crop conditions

The present work was conducted at FCAV-UNESP, Campus de Jaboticabal, in late harvest crop time of 1991. One hundred interpopulational hybrids obtained from a top-cross between Dent Composite and Flint Composite populations were evaluated. The analyzed characteristics were: Spodoptera frugiperda damages, lodging, damaged ears percentage, and productivity. Estimates of heritability, variance between progenies and genetical gain for each character of available population were determined. Estimates of the progenies variance, like those from heritability for the different analysed characters, indicate that there is an adequate genetical variance for the utilization of that material on subsequent genetic breeding programs, though allowing genetical gains, on the following selection cycles for the characteristics: grain weight, lodging and damages caused by armyworm larvae, whereas for the other characteristics the obtained results were not satisfactory.