MyHits: a new interactive resource for protein annotation and domain identification.

The MyHits web server (http://myhits.isb-sib.ch) is a new integrated service dedicated to the annotation of protein sequences and to the analysis of their domains and signatures. Guest users can use the system anonymously, with full access to (i) standard bioinformatics programs (e.g. PSI-BLAST, ClustalW, T-Coffee, Jalview); (ii) a large number of protein sequence databases, including standard (Swiss-Prot, TrEMBL) and locally developed databases (splice variants); (iii) databases of protein motifs (Prosite, Interpro); (iv) a precomputed list of matches ('hits') between the sequence and motif databases. All databases are updated on a weekly basis and the hit list is kept up to date incrementally. The MyHits server also includes a new collection of tools to generate graphical representations of pairwise and multiple sequence alignments including their annotated features. Free registration enables users to upload their own sequences and motifs to private databases. These are then made available through the same web interface and the same set of analytical tools. Registered users can manage their own sequences and annotations using only web tools and freeze their data in their private database for publication purposes.

Gene expression databases and data mining.

The DNA microarray technology has arguably caught the attention of the worldwide life science community and is now systematically supporting major discoveries in many fields of study. The majority of the initial technical challenges of conducting experiments are being resolved, only to be replaced with new informatics hurdles, including statistical analysis, data visualization, interpretation, and storage. Two systems of databases, one containing expression data and one containing annotation data are quickly becoming essential knowledge repositories of the research community. This present paper surveys several databases, which are considered "pillars" of research and important nodes in the network. This paper focuses on a generalized workflow scheme typical for microarray experiments using two examples related to cancer research. The workflow is used to reference appropriate databases and tools for each step in the process of array experimentation. Additionally, benefits and drawbacks of current array databases are addressed, and suggestions are made for their improvement.

Design of Novel Frequency Generation Circuit with Application to Ultra-Wideband Distributed Oscillators

Given the urgence of a new paradigm in wireless digital trasmission which should allow for higher bit rate, lower latency and tigher delay constaints, it has been proposed to investigate the fundamental building blocks that at the circuital/device level, will boost the change towards a more efficient network architecture, with high capacity, higher bandwidth and a more satisfactory end user experience. At the core of each transciever, there are inherently analog devices capable of providing the carrier signal, the oscillators. It is strongly believed that many limitations in today's communication protocols, could be relieved by permitting high carrier frequency radio transmission, and having some degree of reconfigurability. This led us to studying distributed oscillator architectures which work in the microwave range and possess wideband tuning capability. As microvave oscillators are essentially nonlinear devices, a full nonlinear analyis, synthesis, and optimization had to be considered for their implementation. Consequently, all the most used nonlinear numerical techniques in commercial EDA software had been reviewed. An application of all the aforementioned techniques has been shown, considering a systems of three coupled oscillator ("triple push" oscillator) in which the stability of the various oscillating modes has been studied. Provided that a certain phase distribution is maintained among the oscillating elements, this topology permits a rise in the output power of the third harmonic; nevertheless due to circuit simmetry, "unwanted" oscillating modes coexist with the intenteded one. Starting with the necessary background on distributed amplification and distributed oscillator theory, the design of a four stage reverse mode distributed voltage controlled oscillator (DVCO) using lumped elments has been presented. All the design steps have been reported and for the first time a method for an optimized design with reduced variations in the output power has been presented. Ongoing work is devoted to model a wideband DVCO and to implement a frequency divider.

Characterization of new Schistosoma mansoni microsatellite loci in sequences obtained from public DNA databases and microsatellite enriched genomic libraries

In the last decade microsatellites have become one of the most useful genetic markers used in a large number of organisms due to their abundance and high level of polymorphism. Microsatellites have been used for individual identification, paternity tests, forensic studies and population genetics. Data on microsatellite abundance comes preferentially from microsatellite enriched libraries and DNA sequence databases. We have conducted a search in GenBank of more than 16,000 Schistosoma mansoni ESTs and 42,000 BAC sequences. In addition, we obtained 300 sequences from CA and AT microsatellite enriched genomic libraries. The sequences were searched for simple repeats using the RepeatMasker software. Of 16,022 ESTs, we detected 481 (3%) sequences that contained 622 microsatellites (434 perfect, 164 imperfect and 24 compounds). Of the 481 ESTs, 194 were grouped in 63 clusters containing 2 to 15 ESTs per cluster. Polymorphisms were observed in 16 clusters. The 287 remaining ESTs were orphan sequences. Of the 42,017 BAC end sequences, 1,598 (3.8%) contained microsatellites (2,335 perfect, 287 imperfect and 79 compounds). The 1,598 BAC end sequences 80 were grouped into 17 clusters containing 3 to 17 BAC end sequences per cluster. Microsatellites were present in 67 out of 300 sequences from microsatellite enriched libraries (55 perfect, 38 imperfect and 15 compounds). From all of the observed loci 55 were selected for having the longest perfect repeats and flanking regions that allowed the design of primers for PCR amplification. Additionally we describe two new polymorphic microsatellite loci.

Text2Emotion: un gestor d'experiències SOA : extracció d'emocions per al suport a la gestió de relació amb clients

Customer Experience Management (CEM) se ha convertido en un factor clave para el éxito de las empresas. CEM gestiona todas las experiencias que un cliente tiene con un proveedor de servicios o productos. Es muy importante saber como se siente un cliente en cada contacto y entonces poder sugerir automáticamente la próxima tarea a realizar, simplificando tareas realizadas por personas. En este proyecto se desarrolla una solución para evaluar experiencias. Primero se crean servicios web que clasifican experiencias en estados emocionales dependiendo del nivel de satisfacción, interés, … Esto es realizado a través de minería de textos. Se procesa y clasifica información no estructurada (documentos de texto) que representan o describen las experiencias. Se utilizan métodos de aprendizaje supervisado. Esta parte es desarrollada con una arquitectura orientada a servicios (SOA) para asegurar el uso de estándares y que los servicios sean accesibles por cualquier aplicación. Estos servicios son desplegados en un servidor de aplicaciones. En la segunda parte se desarrolla dos aplicaciones basadas en casos reales. En esta fase Cloud computing es clave. Se utiliza una plataforma de desarrollo en línea para crear toda la aplicación incluyendo tablas, objetos, lógica de negocio e interfaces de usuario. Finalmente los servicios de clasificación son integrados a la plataforma asegurando que las experiencias son evaluadas y que las tareas de seguimiento son automáticamente creadas.

TFC de base de dades relacionals

El projecte consisteix en crear un disseny de base de dades segons els requeriments del client, en aquest cas la comunitat Europea, que emmagatzemi les dades de la futura aplicació que gestionarà les votacions ciutadanes. A més del disseny de la base de dades, el projecte haurà d'incorporar una sèrie de processos que consultin dades que podran ser demanades pel programari que faci la interacció amb els usuaris. Programari que no està inclòs en aquesta fase del pla de la Comunitat Europea.

Disseny i implementació d'una base de dades relacional per al manteniment d'aparells d'una empresa

Aquest projecte neix de la necessitat de la nostra empresa client de controlar la gestió del manteniment de tots els equips que té instal·lats en 32 centres i del qual s'encarreguen diverses empreses de serveis especialitzades. Així, per una banda, es tracta de fer l'anàlisi i disseny de la base de dades operacional, els scripts de creació necessaris per a crear la base de dades e implementar els procediments mitjançant els quals es gestionarà i accedirà a la informació de la base de dades. I per una altra banda, es tracta de fer l'anàlisi, disseny e implementació d'un magatzem de dades, per tal de poder explotar la informació per a la presa de decisions.

Disseny i implementació d'un marc de treball de presentació amb XML per a aplicacions J2EE a partir del Framework Struts

L'objectiu principal d'aquest projecte és la separació total dels rols de programador i de dissenyador de vistes en el disseny d'aplicacions distribuïdes fetes mitjançant tecnologia J2EE, i també el suport d'una sola aplicació a diferents tipus de client i idiomes alhora, sense la necessitat de codi extra o específic per a aconseguir-ho.

Del Dreambox 7000S al Nokia 770 Internet Tablet : Port de VideoLan Client a Maeno per a la reproducció d'un flux mpeg2 per mitjà d'una xarxa sense fils

L'objectiu d'aquest projecte és connectar el sintonitzador de televisió per satèl·lit Dreambox 7000S amb el Nokia 770 Internet Tablet. El propòsit d'aquesta aplicació és utilitzar el Dreambox 7000S com una font de streaming mpeg2 i el Nokia 770 com a reproductor portàtil.

Disseny i implementació d'un sistema de control d'un consultori mèdic.

L'objectiu del projecte és la creació de les estructures de dades necessàries, així com els mètodes d'accés a aquestes dades. No contempla el disseny de la interfície d'usuari, ni el programari d'instal·lació del servidor ni client.

J2EE : proveïdor de seguretat en un entorn distribuit

Aquest TFC-J2EE, està basat en l'anàlisi, disseny i implementació d'un proveïdor de seguretat en un entorn distribuït. Ha consistit en dues aplicacions independents, una consumidora i l'altre servidora que es comunicaven usant el patró Façana (una façana amigable amaga el negoci i la complexitat de l'aplicació a la que es vol accedir).

The Eukaryotic Promoter Database EPD: the impact of in silico primer extension.

The Eukaryotic Promoter Database (EPD) is an annotated non-redundant collection of eukaryotic POL II promoters, experimentally defined by a transcription start site (TSS). There may be multiple promoter entries for a single gene. The underlying experimental evidence comes from journal articles and, starting from release 73, from 5' ESTs of full-length cDNA clones used for so-called in silico primer extension. Access to promoter sequences is provided by pointers to TSS positions in nucleotide sequence entries. The annotation part of an EPD entry includes a description of the type and source of the initiation site mapping data, links to other biological databases and bibliographic references. EPD is structured in a way that facilitates dynamic extraction of biologically meaningful promoter subsets for comparative sequence analysis. Web-based interfaces have been developed that enable the user to view EPD entries in different formats, to select and extract promoter sequences according to a variety of criteria and to navigate to related databases exploiting different cross-references. Tools for analysing sequence motifs around TSSs defined in EPD are provided by the signal search analysis server. EPD can be accessed at http://www.epd. isb-sib.ch.

Gestió de projectes informàtics

Aquesta aplicació es l¿evolució d¿un programa existent, realitzat amb una base de dades d¿escriptori amb capacitats de programació i creació d¿interfícies d¿usuari, que per executar-la cal una llicencia i que ha de funcionar sobre un sistema operatiu privatiu (també amb llicencia). Evoluciona cap a un entorn realitzat sobre programari lliure, que funciona sobre qualsevol sistema operatiu i no es necessari pagar cap llicencia per a fer-lo servir, ni en la part servidora ni en la part client.

Anàlisi de la tecnologia XML a partir del desenvolupament d'una aplicació client-servidor.

L'objectiu d'aquest projecte és analitzar la tecnologia XML, amb la finalitat d'esbrinar per a quins casos és realment útil i en quins casos és discutible.