Purification of post-translationally modified proteins from bacteria: homologous expression and purification of histidine-tagged pilin from Neisseria meningitidis

Until recently, glycosylation of proteins in prokaryotes was regarded as uncommon and thought to be limited to special cases such as S-layer proteins and some archeal outer membrane proteins. Now, there are an increasing number of reports of bacterial proteins that are glycosylated. Pilin of pathogenic Neisseria is one of the best characterised post-translation ally modified bacterial proteins, with four different types of modifications reported, including a novel glycosylation. Pilin monomers assemble to form pilus fibres, which are long protein filaments that protrude from the surface of bacterial cells and are key virulence factors. To aid in the investigation of these modifications, pure pilin is required. A number of pilin purification methods have been published, but none are appropriate for the routine purification of pilin from many different isolates. This study describes a novel, rapid, and simple method of pilin purification from Neisseria meningitidis C311#3, which facilitates the production of consistent quantities of pure, native pilin. A 6 x histidine tag was fused to the C-terminus of the pilin subunit structural gene, pilE, via homologous recombination placing the 6 x histidine-tagged allele in the chromosome of N. meningitidis C311#3. Pilin was purified under non-denaturing conditions via a two-step process using immobilised metal affinity chromatography (IMAC), followed by dye affinity chromatography. Analysis of the purified pilin confirmed that it retained both of the post-translational modifications examined. This novel approach may prove to be a generally applicable method for purification and analysis of post-translationally modified proteins in bacteria. (C) 2003 Elsevier Science (USA). All rights reserved.

Recombinant expression of Munc18c in a baculovirus system and interaction with syntaxin4

Two protein families that are critical for vesicle transport are the Syntaxin and Munc18/Sec1. families of proteins. These two molecules form a high affinity complex and play an essential role in vesicle docking and fusion. Munc18c was expressed as an N-terminally His-tagged fusion protein from recombinant baculovirus in Sf9 insect cells. His-tagged Munc18c was purified to homogeneity using both cobalt-chelating affinity chromatography and gel filtration chromatography. With this simple two-step protocol, 3.5 mg of purified Munc18c was obtained from a 1 L culture. Further, the N-terminal His-tag could be removed by thrombin cleavage while the tagged protein was bound to metal affinity resin. Recombinant Munc18c produced in this way is functional, in that it forms a stable complex with the SNARE interacting partner, syntaxin4. Thus we have developed a method for producing and purifying large amounts of functional Munc18c-both tagged and detagged-from a baculovirus expression system. We have also developed a method to purify the Munc18c:syntaxin4 complex. These methods will be employed for future functional and structural studies. Crown copyright (C) 2003 Published by Elsevier Inc. All rights reserved.

Efeito da jabuticaba (Myrciaria caulifora), do fruto da palmeira juçara (Euterpe edulis Martius) e do jambolão (Syzugium cumini) sobre o perfil lipídico, a glicemia e a endotoxemia em camundongos submetidos à dieta de cafeteria

O excesso de gordura corporal induz a um quadro inflamatório associado à endotoxemia metabólica e aumento da resistência à insulina, bem como altera o perfil lipídico que resulta em prejuízos a função hepática e renal. Estudos sugerem que a ingestão de alimentos antioxidantes, como os polifenóis, proporcionam efeitos benéficos sobre os metabolismos glicídico e lipídico. O objetivo deste estudo foi investigar o efeito da casca de jabuticaba (Myrciaria cauliflora), da polpa do açaí juçara (Euterpe edulis Martius) e do jambolão (Syzygium cumini) sobre o perfil lipídico, a glicemia e a endotoxemia em camundongos Swiss submetidos à dieta de cafeteria. Inicialmente, os frutos foram liofilizados e submetidos à avaliação da composição centesimal. O ensaio biológico contou com 50 camundongos machos adultos da raça Swiss distribuídos em 5 grupos (n=10/grupo), a saber: grupo tratado com dieta comercial padrão (controle negativo), grupo tratado com dieta de cafeteria (controle positivo) e grupos teste que receberam por 14 semanas a dieta de cafeteria suplementada com 2% de casca de jabuticaba, ou polpa do jambolão ou polpa do açaí juçara liofilizados. Na 13ª e 14ª semana foram determinadas a tolerância à insulina e à glicose dos animais. Ao final do período experimental, avaliaram-se o ganho de peso, os parâmetros bioquímicos sanguíneos, histopatológicos e endotoxemia. Os parâmetros bioquímicos avaliados foram: colesterol total (CT) e as frações HDL-c, LDL-c, triacilgliceróis (TAG), bem como proteína C reativa (PCR), aspartato aminotransferase (AST) e alanina aminotransferase (ALT). Na histopatologia foram avaliados os efeitos da dieta hipercalórica sobre a área dos adipócitos, esteatose hepática e função renal a partir do número e área dos glomérulos. A endotoxemia foi avaliada pela concentração de lipopolissacarídeos (LPS) no soro dos animais. Aplicou-se o teste t para comparação dos resultados entre os grupos controle e ANOVA, complementada com teste de Tukey (α=5%), para comparação dos grupos suplementados com os frutos e o controle positivo. A suplementação com 2% de jambolão à dieta de cafeteria resultou em redução significativa (p<0,05) do conteúdo de CT, LDL-c, TAG, da razão CT/HDL, bem como diminuição da área dos adipócitos dos animais tratados com os frutos. A suplementação com açaí juçara também foi capaz de reduzir o conteúdo de CT, TAG e a área dos adipócitos, além de elevar a tolerância à glicose. Por outro lado, a jabuticaba não foi eficaz na melhoria dos parâmetros relacionados ao metabolismo lipídico, ao metabolismo da glicose e dos aspectos histopatológicos. A suplementação com 2% dos frutos liofilizados não promoveu efeitos positivos na redução do ganho de peso, resistência à insulina e endotoxemia provocada pela ingestão da dieta de cafeteria. Além disso, os frutos também não foram eficientes na preservação da histologia renal e infiltração lipídica no fígado. Conclui-se que a inclusão do jambolão e do açaí juçara na dieta pode apresentar efeitos positivos sobre danos causados por dietas hiperlipídicas, especialmente no que se refere à dislipidemia, à tolerância à glicose e à hipertrofia dos adipócitos.

Sistema de gestão e disponibilização de conteúdos através de NFC

A introdução de capacidades RFID (Radio Frequency IDentification) em dispositivos móveis não é recente. No entanto, a indústria nunca se mostrou muito interessada nesta vertente, porque não existia uma entidade que regulasse a normalização dos diversos aspectos relacionados, nomeadamente a forma como os dados são transferidos entre os dispositivos e de que forma são guardados esses dados nas tags RFID (dispositivos compostos por circuito integrado e antena, que podem armazenar dados e transferi-los por rádio frequência). A inexistência de normas que pudessem ser adoptadas pelos fabricantes levaria a que cada um tivesse que definir o seu próprio conjunto de formas de transferência e armazenamento, o que conduziria inevitavelmente à fragmentação do mercado. Estes problemas foram resolvidos com a criação da associação industrial sem fins lucrativos NFC Forum, que é composta por diversos fabricantes com interesse na área. Desde a sua criação, esta associação tem vindo a desenvolver protocolos com o objectivo de unificar dispositivos e soluções de vários fabricantes. O termo NFC, ou Near Field Communication, foi criado para identificar esta nova geração de dispositivos móveis, que combinam as capacidades de processamento e interacção com o utilizador de um dispositivo móvel, com a comodidade associada à utilização de cartões sem contacto. Apesar de ser o elemento central nesta nova tecnologia, os dispositivos móveis não são os únicos que compõem esta nova família de tecnologias. Dela fazem também parte tags NFC, baseadas nos mesmos princípios das tags RFID, com a diferença que, nas primeiras, a forma como são organizados os dados é especificada pelas normas do NFC Forum. Uma das áreas de aplicação da tecnologia NFC é a disponibilização de conteúdos presentes em tags ou em outros dispositivos NFC, e exibição desses conteúdos no dispositivo móvel. No presente trabalho, são analisadas as normas publicadas pelo NFC Forum de forma a identificar a forma de estender a estrutura de mensagens proposta. A fase de análise incluiu também a identificação das características dos diversos dispositivos envolvidos nesta nova tecnologia (telemóveis, leitores desktop e tags). São apresentados os resultados do estudo de alguns projectos que utilizam tecnologia NFC, de forma a verificar até que ponto é interessante generalizar a plataforma a desenvolver neste projecto, bem como quais as funcionalidades mínimas desejáveis. Com base nesta análise, são definidos alguns conceitos base para a solução que envolvem tópicos como os protocolos de transporte, assim como o formato dos dados utilizado para transportar o conteúdo entre os vários componentes da solução. O resultado é uma solução híbrida que admite um vasto leque de aplicações. Verificou-se que as soluções actuais poderiam ser implementadas com recurso à solução aqui apresentada e, nos casos em que tal não acontece directamente, a solução actual pode ser estendida para o tornar possível.

Transtorno de ansiedade generalizada em idosos com oitenta anos ou mais

OBJETIVOS: Descrever a prevalência de transtorno de ansiedade generalizada (TAG) em uma população de idosos residentes em uma comunidade e com idade acima de 80 anos e comparar os padrões de sono, a função cognitiva e a taxa de prevalência de outros diagnósticos psiquiátricos entre controles normais e sujeitos com TAG. MÉTODOS: Para o diagnóstico de TAG, foram utilizados os critérios do "Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders" (DSM-IV). Selecionou-se uma amostra randômica e representativa de 77 sujeitos (35%), residentes em uma comunidade, entre todos os idosos com idade acima de 80 anos do município Veranópolis, RS. Os padrões de sono foram aferidos pelo índice de qualidade de sono de Pittsburgh e pelo diário sobre sono/vigília a ser preenchido ao longo de duas semanas. Cinco testes neuropsicológicos foram usados na avaliação cognitiva: teste das lembranças seletivas de Buschke-Fuld; lista de palavras da bateria CERAD (Consortium to Establish a Registry for Alzheimer's Disease); teste de fluência verbal e dois subtestes da escala de memória Wechsler. RESULTADOS: A prevalência estimada de TAG foi de 10,6%, cuja presença estava associada a uma maior ocorrência de depressão clinicamente diagnosticável, com um significativo maior número de sintomas depressivos, quando medidos pela escala de depressão geriátrica, e com uma maior ocorrência de depressão menor. Os padrões de sono e o funcionamento cognitivo, entre sujeitos com TAG, não estavam afetados. A gravidade das doenças físicas não variava entre sujeitos com TAG e os controles normais. A presença de TAG estava associada a um significativo pior padrão de qualidade de vida relativa à saúde. CONCLUSÃO: Em comparação com os estudos prévios, a prevalência de TAG é alta entre a população de idosos mais velhos. Esse transtorno ocorre em freqüente associação com a sintomatologia depressiva e também está associado a um pior padrão de qualidade de vida relativa à saúde.

Long-term price range forecast applied to risk management using regression models

Long-term contractual decisions are the basis of an efficient risk management. However those types of decisions have to be supported with a robust price forecast methodology. This paper reports a different approach for long-term price forecast which tries to give answers to that need. Making use of regression models, the proposed methodology has as main objective to find the maximum and a minimum Market Clearing Price (MCP) for a specific programming period, and with a desired confidence level α. Due to the problem complexity, the meta-heuristic Particle Swarm Optimization (PSO) was used to find the best regression parameters and the results compared with the obtained by using a Genetic Algorithm (GA). To validate these models, results from realistic data are presented and discussed in detail.

Adaptive tool for automatic data collection of real electricity markets

The study of electricity markets operation has been gaining an increasing importance in last years, as result of the new challenges that the electricity markets restructuring produced. This restructuring increased the competitiveness of the market, but with it its complexity. The growing complexity and unpredictability of the market’s evolution consequently increases the decision making difficulty. Therefore, the intervenient entities are forced to rethink their behaviour and market strategies. Currently, lots of information concerning electricity markets is available. These data, concerning innumerous regards of electricity markets operation, is accessible free of charge, and it is essential for understanding and suitably modelling electricity markets. This paper proposes a tool which is able to handle, store and dynamically update data. The development of the proposed tool is expected to be of great importance to improve the comprehension of electricity markets and the interactions among the involved entities.

Virtual power producers simulation - negotiating renewable distributed generation in competitive electricity markets

Sustainable development concerns made renewable energy sources to be increasingly used for electricity distributed generation. However, this is mainly due to incentives or mandatory targets determined by energy policies as in European Union. Assuring a sustainable future requires distributed generation to be able to participate in competitive electricity markets. To get more negotiation power in the market and to get advantages of scale economy, distributed generators can be aggregated giving place to a new concept: the Virtual Power Producer (VPP). VPPs are multi-technology and multisite heterogeneous entities that should adopt organization and management methodologies so that they can make distributed generation a really profitable activity, able to participate in the market. This paper presents ViProd, a simulation tool that allows simulating VPPs operation, in the context of MASCEM, a multi-agent based eletricity market simulator.

Power systems reliability calculation based on fuzzy data mining

This paper presents a methodology supported on the data base knowledge discovery process (KDD), in order to find out the failure probability of electrical equipments’, which belong to a real electrical high voltage network. Data Mining (DM) techniques are used to discover a set of outcome failure probability and, therefore, to extract knowledge concerning to the unavailability of the electrical equipments such us power transformers and high-voltages power lines. The framework includes several steps, following the analysis of the real data base, the pre-processing data, the application of DM algorithms, and finally, the interpretation of the discovered knowledge. To validate the proposed methodology, a case study which includes real databases is used. This data have a heavy uncertainty due to climate conditions for this reason it was used fuzzy logic to determine the set of the electrical components failure probabilities in order to reestablish the service. The results reflect an interesting potential of this approach and encourage further research on the topic.

MV producers and consumers agents characterization with DSM techniques

This paper consist in the establishment of a Virtual Producer/Consumer Agent (VPCA) in order to optimize the integrated management of distributed energy resources and to improve and control Demand Side Management DSM) and its aggregated loads. The paper presents the VPCA architecture and the proposed function-based organization to be used in order to coordinate the several generation technologies, the different load types and storage systems. This VPCA organization uses a frame work based on data mining techniques to characterize the costumers. The paper includes results of several experimental tests cases, using real data and taking into account electricity generation resources as well as consumption data.

Dgenco market balancing - cost repartition under light regulation markets

In this paper we present a new methodology, based in game theory, to obtain the market balancing between Distribution Generation Companies (DGENCO), in liberalized electricity markets. The new contribution of this methodology is the verification of the participation rate of each agent based in Nucléolo Balancing and in Shapley Value. To validate the results we use the Zaragoza Distribution Network with 42 Bus and 5 DGENCO.

Intelligent SCADA for load control

A supervisory control and data acquisition (SCADA) system is an integrated platform that incorporates several components and it has been applied in the field of power systems and several engineering applications to monitor, operate and control a lot of processes. In the future electrical networks, SCADA systems are essential for an intelligent management of resources like distributed generation and demand response, implemented in the smart grid context. This paper presents a SCADA system for a typical residential house. The application is implemented on MOVICON™11 software. The main objective is to manage the residential consumption, reducing or curtailing loads to keep the power consumption in or below a specified setpoint, imposed by the costumer and the generation availability.

Emergency energy resource management in SmartGrids

Energy resources management can play a very relevant role in future power systems in a SmartGrid context, with intensive penetration of distributed generation and storage systems. This paper deals with the importance of resource management in incident situations. The paper presents DemSi, an energy resources management simulator that has been developed by the authors to simulate electrical distribution networks with high distributed generation penetration, storage in network points and customers with demand response contracts. DemSi is used to undertake simulations for an incident scenario, evidencing the advantages of adequately using flexible contracts, storage, and reserve in order to limit incident consequences.

Dynamic power- and failure-aware cloud resources allocation for Sets of independent tasks

Cloud computing is increasingly being adopted in different scenarios, like social networking, business applications, scientific experiments, etc. Relying in virtualization technology, the construction of these computing environments targets improvements in the infrastructure, such as power-efficiency and fulfillment of users’ SLA specifications. The methodology usually applied is packing all the virtual machines on the proper physical servers. However, failure occurrences in these networked computing systems can induce substantial negative impact on system performance, deviating the system from ours initial objectives. In this work, we propose adapted algorithms to dynamically map virtual machines to physical hosts, in order to improve cloud infrastructure power-efficiency, with low impact on users’ required performance. Our decision making algorithms leverage proactive fault-tolerance techniques to deal with systems failures, allied with virtual machine technology to share nodes resources in an accurately and controlled manner. The results indicate that our algorithms perform better targeting power-efficiency and SLA fulfillment, in face of cloud infrastructure failures.

Modelo de representação de texto mais adequado à classificação

Mestrado em Engenharia Informática