Facteurs de risque de ventilation mécanique prolongée aux soins intensifs pédiatriques : étude épidémiologique descriptive

Rationnelle. La ventilation mécanique invasive (VI) s’accompagne lorsqu’elle se prolonge, d’une augmentation de la morbimortalité. Jusqu’à 64% des enfants hospitalisés aux soins intensifs sont ventilés et peu de données épidémiologiques existent afin d’estimer précocement la durée du support ventilatoire. Objectifs. Déterminer l’incidence et les facteurs de risque précoces de ventilation mécanique invasive prolongée aux soins intensifs pédiatriques. Méthode. Nous avons conduit une étude descriptive rétroélective sur un an. Tous les épisodes de VI aux soins intensifs du Centre hospitalier universitaire Sainte Justine de Montréal ont été inclus. Les facteurs de risque de VI prolongée (≥ 96 heures) ont été déterminés par régression logistique. Résultats. Parmi les 360 épisodes de VI, 36% ont duré ≥ 96 heures. Les facteurs de risques de ventilation prolongée en analyse multivariée sont : âge <12 mois, score de PRISM ≥ 15 à l’admission, pression moyenne dans les voies aériennes ≥13 cm H2O au jour 1 de ventilation, utilisation de la sédation intraveineuse continue au jour 1 de ventilation et ventilation non invasive avant intubation. Conclusion. La VI prolongée survient chez environ un tiers des patients ventilés. Les patients de moins de 12 mois semblent être plus à risque que les enfants plus âgés et devraient bénéficier de stratégies différentes pour diminuer leur durée de ventilation mécanique. La sévérité de la maladie, l’agressivité du support ventilatoire, l’utilisation d’une sédation continue au premier jour de ventilation sont également des facteurs à considérer dans les études visant à diminuer la durée de support ventilatoire.

A mechanism for co-transcriptional recruitment of mRNA localization factor on nascent mRNAs in budding yeast

Le transport et la localisation des ARN messagers permettent de réguler l’expression spatiale et temporelle de facteurs spécifiques impliqués dans la détermination du destin cellulaire, la plasticité synaptique, la polarité cellulaire et la division asymétrique des cellules. Chez S.cerevisiæ, plus de trente transcrits sont transportés activement vers le bourgeon cellulaire. Parmi ces transcrits, l’ARNm ASH1 (asymetric synthesis of HO) est localisé à l’extrémité du bourgeon pendant l’anaphase. Ce processus va entrainer une localisation asymétrique de la protéine Ash1p, qui sera importée uniquement dans le noyau de la cellule fille, où elle entraine le changement de type sexuel. La localisation asymétrique de l’ARNm ASH1, et donc de Ash1p, implique la présence de différents facteurs de localisation. Parmi ces facteurs, les protéines She (She1p/Myo4p, She2p et She3p) et les répresseurs traductionnels (Puf6p, Loc1p et Khd1p) participent à ce mécanisme. La protéine navette She2p est capable de lier l’ARNm ASH1 et va entrainer le ciblage de cet ARNm vers l’extrémité du bourgeon en recrutant le complexe She3p-Myo4p. Des répresseurs traductionnels régulent la traduction de cet ARNm et évitent l’expression ectopique de la protéine Ash1p pendant son transport. Alors que la fonction cytoplasmique de She2p sur la localisation des ARNm est connue, sa fonction nucléaire est encore inconnue. Nous avons montré que She2p contient une séquence de localisation nucléaire non classique qui est essentielle à son import nucléaire médié par l’importine α (Srp1p). L’exclusion de She2p du noyau par mutation de son NLS empêche la liaison de Loc1p et Puf6p sur l’ARNm ASH1, entrainant un défaut de localisation de l’ARNm et de la protéine. Pour étudier plus en détail l’assemblage de la machinerie de localisation des ARNm dans le noyau, nous avons utilisé des techniques d’immunoprécipitation de chromatine afin de suivre le recrutement des facteurs de localisation et des répresseurs traductionnels sur les ARNm naissants. Nous avons montré que She2p est recruté sur le gène ASH1 pendant sa transcription, via son interaction avec l’ARNm ASH1 naissant. Puf6p est également recruté sur ASH1, mais d’une manière dépendante de la présence de She2p. De façon intéressante, nous avons détecté une interaction entre She2p et la plus grande sous-unité de l’ARN polymérase II (Rpb1p). Cette interaction est détectée avec la forme active en élongation de l’ARN polymérase II. Nous avons également démontré que She2p interagit avec le complexe d’élongation de la transcription Spt4p/Spt5p. Une délétion de SPT4 ou une mutation dans SPT5 (Ts spt5) à température restrictive empêche l’interaction entre She2p et Rpb1p, et diminue le recrutement de She2p au gène ASH1, entrainant un défaut de localisation de l’ARNm et un défaut de localisation asymétrique de la protéine Ash1p. De manière globale, nos résultats montrent que les facteurs impliqués dans la localisation cytoplasmique des ARNm et dans leur contrôle traductionnel sont recrutés de façon co-transcriptionnelle sur les ARNm naissants via leur interaction avec la machinerie de transcription, suggèrant un rôle important de la machinerie transcriptionelle dans la localisation des ARNm.

Du non-lieu au lieu : pratique spatiale et construction identitaire dans Texaco, de Patrick Chamoiseau

Le présent ouvrage propose une lecture spatiale du roman Texaco, de l’auteur martiniquais Patrick Chamoiseau. Texaco retrace l’histoire de la Martinique, principalement celle de sa population noire créolophone, depuis le XIXe siècle – époque de la traite et de l’esclavage – jusqu’à la fin du XXe siècle. Considérant que l’identité d’un individu (ou d’une communauté) est étroitement corrélée au rapport qu’entretient celui-ci avec son espace de vie, notre travail vise à mettre au jour les particularités identitaires des personnages du roman au travers d’une analyse des espaces qu’ils occupent et façonnent dans le récit. En nous appuyant sur des concepts spatiaux empruntés à Henri Lefebvre (l’espace tripartite), à Michel de Certeau (le lieu, l’espace et la pratique spatiale) et à Marc Augé (le lieu et le non-lieu), nous souhaitons montrer de quelle manière et dans quelle mesure ces différentes entités spatiales expriment, consolident ou oblitèrent l’identité singulière des personnages chamoisiens, c’est-à-dire leur « créolité ».

L'intégration et la mise en oeuvre de la pratique de différenciation pédagogique chez les enseignants québécois du premier cycle du secondaire

La présente recherche de type qualitatif veut décrire, analyser et comprendre la pratique de différenciation pédagogique chez des enseignants québécois du premier cycle du secondaire. Cette pratique s’insère au cœur des programmes de formation dont la principale visée est la réussite pour tous. Cependant, elle est constituée d’un flou théorique qui la rend parfois difficile à définir et à mettre en application, particulièrement chez les enseignants du secondaire. Ce travail dresse donc le portrait de trois enseignantes du premier cycle du secondaire qui choisissent tout de même de la comprendre et de la mettre en œuvre. À ce titre, l’étude des pratiques sous l’angle du travail tel que décrit par Tardif et Lessard (1999) permet de cerner la nature complexe et composite de leur travail et de tenir compte des facteurs personnels, internes et externes qui régissent leur travail d’adaptation des programmes, appelé travail curriculaire. Ainsi, une grille d’analyse inédite, construite au regard de ces facteurs et à partir des concepts inhérents à la différenciation pédagogique, permet d’étudier trois cas de manière complète et approfondie. De manière générale, l’analyse des facteurs personnels, internes et externes à la pratique de différenciation pédagogique des enseignantes donnent des informations pertinentes sur leurs façons de différencier, sur leur motivation à différencier et sur l’influence de leur milieu de travail dans l’exercice de cette pratique. Ces résultats permettent non seulement de mieux comprendre cette pratique effectuée par des enseignants du secondaire, mais permet aussi l’élaboration des principaux facteurs pouvant faciliter sa mise en œuvre ou au contraire la limiter. Au final, les propos recueillis chez les enseignantes interrogées signalent qu’au-delà de la réussite éducative, d’autres éléments entrent en jeu dans l’exercice de cette pratique. En fait, malgré plusieurs contraintes liées aux ressources matérielles, organisationnelles et humaines, la pratique de différenciation pédagogique génère entre autres une grande source de motivation scolaire pour les élèves et contribue à augmenter la satisfaction professionnelle de ces enseignantes dans leur travail au quotidien.

Développement d’outils pour l’analyse de données de ChIP-seq et l’identification des facteurs de transcription

La méthode ChIP-seq est une technologie combinant la technique de chromatine immunoprecipitation avec le séquençage haut-débit et permettant l’analyse in vivo des facteurs de transcription à grande échelle. Le traitement des grandes quantités de données ainsi générées nécessite des moyens informatiques performants et de nombreux outils ont vu le jour récemment. Reste cependant que cette multiplication des logiciels réalisant chacun une étape de l’analyse engendre des problèmes de compatibilité et complique les analyses. Il existe ainsi un besoin important pour une suite de logiciels performante et flexible permettant l’identification des motifs. Nous proposons ici un ensemble complet d’analyse de données ChIP-seq disponible librement dans R et composé de trois modules PICS, rGADEM et MotIV. A travers l’analyse de quatre jeux de données des facteurs de transcription CTCF, STAT1, FOXA1 et ER nous avons démontré l’efficacité de notre ensemble d’analyse et mis en avant les fonctionnalités novatrices de celui-ci, notamment concernant le traitement des résultats par MotIV conduisant à la découverte de motifs non détectés par les autres algorithmes.

TIC et formation des enseignants du fondamental en Haïti : barrières et facteurs facilitants

La réalisation des objectifs d’Éducation pour tous en Haïti requiert impérativement, entre autres, une campagne massive et accélérée de formation d’enseignants - formation à la fois initiale et en cours d’emploi. Malheureusement, les structures actuelles sont loin d’être en mesure de répondre à cette demande. Il faudra donc recourir à d’autres modalités de formation, particulièrement celles utilisant les TIC (technologies de l’information et de la communication). Cependant, dans ce domaine, il est fort tentant de continuer à copier ce qui se fait en France, au Canada ou aux États-Unis, et d’allonger ainsi la liste d’échecs dus à une adaptation déficiente ou inexistante. Dans un souci de maximiser les chances de succès, il est important d’examiner l’adéquation des stratégies adoptées au contexte et à l’apprenant haïtiens. Cette recherche étudie les caractéristiques des enseignants haïtiens des deux premiers cycles de l’enseignement fondamental (primaire) en tant qu’apprenants, caractéristiques susceptibles de constituer des barrières ou des facteurs facilitants internes à une intégration efficace des TIC dans leur formation. Dans une première phase quantitative, une enquête a été administrée en 2009-2010 à 176 enseignants. L’analyse des données recueillies a permis de faire ressortir trois tendances fortes : une attitude positive par rapport aux innovations et aux TIC, des sources intrinsèques de motivation et une forte distance hiérarchique ; il faut aussi signaler deux autres résultats importants : le peu de familiarité avec l’ordinateur et l’adoption massive du cellulaire ; les réponses étaient plus partagées au niveau de la conception de l’enseignement et de l’apprentissage et de la dimension individualisme-collectivisme. Une analyse factorielle a fait émerger quatre facteurs : la capacité d’utiliser les TIC, le désir de changement, la conception du rôle du formateur et la distance hiérarchique. Suite à cette enquête, une phase qualitative comportant sept entrevues individuelles avec des spécialistes de la formation des enseignants en Haïti et trois groupes de discussion avec des enseignants du fondamental a été effectuée à la fin de 2010. Cette phase avait pour but d’enrichir, de compléter, d’expliquer, de confirmer et d’illustrer les résultats quantitatifs. Malgré leur regard plus sévère, les spécialistes en formation des enseignants ont largement contribué à l’interprétation des résultats, particulièrement ceux concernant l’attitude par rapport aux innovations et aux TIC, la dimension individualisme-collectivisme et la conception de l’enseignement et de l’apprentissage. Quant aux participants aux groupes de discussion, ils ont globalement appuyé les résultats de la phase quantitative, mais en expliquant et en nuançant certains aspects. Ils ont particulièrement renforcé l’importance de deux facteurs qui ne figuraient pas dans la liste initiale et qui ont émergé de l’analyse factorielle : le désir de changement et la conception du rôle du formateur. Ils ont également apporté des éclaircissements fort pertinents sur la distance hiérarchique. .

Modélisation de l'utilisation de l'habitat du béluga du Saint-Laurent en fonction de ses proies à l'embouchure de la rivière Saguenay et à la baie Sainte-Marguerite

Le béluga du Saint-Laurent est une espèce menacée au Canada et protégée par la Loi sur les espèces en péril du Canada. La détermination des fonctions biologiques de ses habitats essentiels est nécessaire afin d’assurer le rétablissement de la population. Parcs Canada a entamé en 2009 un suivi des proies du béluga dans deux de ses aires de fréquentation intensive situées dans le Parc marin du Saguenay–Saint-Laurent : l’embouchure de la rivière Saguenay et la baie Sainte-Marguerite. L’étude de l’abondance et de la distribution des proies est réalisée par sondage hydroacoustique le long de transects à l’aide d’un échosondeur multifréquences. Un protocole d’observations systématiques du béluga est mené simultanément aux sondages hydroacoustiques à partir de sites terrestres. Le premier objectif de cette étude est de développer la méthodologie concernant le traitement, la classification et la cartographie des données hydroacoustiques échantillonnées. L’objectif principal consiste à déterminer si l’abondance et la distribution des proies pélagiques ont une influence sur l’utilisation de ces deux habitats par le béluga. La cartographie de la biomasse relative de poissons a été réalisée pour la couche de surface, la couche en profondeur et pour l’ensemble de la colonne d’eau par krigeage ordinaire pour les deux habitats pour les 29 transects. À la baie Sainte-Marguerite, le nombre de bélugas observés augmente avec la biomasse relative des proies en surface et en profondeur. À l’embouchure de la rivière Saguenay, les résultats n’ont pas été concluants. Les résultats suggèrent que l’alimentation pourrait être l’une des fonctions biologiques de la baie Sainte-Marguerite.

Développement d’une approche de régulation des essais cliniques dans un contexte de pays en développement : le cas du Mali

Le Mali est devenu un milieu attractif pour les essais cliniques. Cependant, le cadre de réglementation pour leur surveillance y est très limité. Le pays manque de l’expertise, de l’infrastructure et des ressources nécessaires pour mettre en œuvre pleinement la régulation. Ceci représente un risque pour la sécurité des sujets de recherche et l’intégrité des résultats scientifiques. Il ne permet pas non plus de s’aligner sur les normes internationales en vigueur, telles que la déclaration d’Helsinki, les directives éthiques internationales du Conseil des organisations internationales des sciences médicales (CIOMS) ou les réglementations de pays industrialisés comme les États-Unis, le Canada ou l’Union Européenne. Pour améliorer la situation, la présente étude vise à comprendre les enjeux de la régulation des essais cliniques au Mali afin de suggérer des pistes de solutions et des recommandations. L’étude a été réalisée à l’aide de méthodes qualitatives, soit l’examen de documents officiels et des entrevues semi-dirigées avec les principaux acteurs impliqués dans les essais cliniques. La théorie néo-institutionnelle a servi de toile de fond à l’analyse des données. L’approche néo-institutionnelle consiste à expliquer l’influence de l’environnement sur les organisations. Selon cette approche, l’environnement s’assimile à des champs organisationnels incluant les connexions locales ou non, les liens horizontaux et verticaux, les influences culturelles et politiques ainsi que les échanges techniques. Les résultats présentés dans un premier article montrent l’existence de nombreux enjeux reflétant la carence du système de régulation au Mali. La coexistence de quatre scénarios d’approbation des essais cliniques illustre bien l’inconsistance des mécanismes. Tout comme l’absence d’inspection, l’inconsistance des mécanismes traduit également l’intervention limitée des pouvoirs publics dans la surveillance réglementaire. Ces enjeux résultent d’une double influence subie par les autorités réglementaires et les comités d’éthique. Ceux-ci sont, d’une part, influencés par l’environnement institutionnel sous pressions réglementaires, cognitives et normatives. D’autre part, les pouvoirs publics subissent l’influence des chercheurs qui opèrent comme des entrepreneurs institutionnels en occupant un rôle central dans le champ de la régulation. Dans un second article, l’étude propose une analyse détaillée des facteurs influençant la régulation des essais cliniques. Ces facteurs sont synthétisés en cinq groupes répartis entre deux sphères d’influence. L’analyse montre combien ces facteurs influencent négativement la régulation, notamment : 1) la structuration inachevée du champ de régulation due à un faible degré d’interactions, une absence de structure de coordination, d’informations mutuelles et de conscience dans la constitution des interdépendances; et 2) les positions relatives des acteurs impliqués dans la construction du champ de régulation se manifestant par une faible autorité des pouvoirs publics et l’ascendance des groupes de recherche. Enfin, dans un troisième article nous proposons quelques mécanismes qui, s’ils sont mis en œuvre, pourraient améliorer la régulation des essais cliniques au Mali. Ces mécanismes sont présentés, en référence au cadre théorique, sous trois types de vecteurs d’influence, notamment réglementaires, normatifs et cognitifs-culturels. En guise de conclusion, l’étude envoie un signal fort pour la nécessité d’une régulation appropriée des essais cliniques au Mali. Elle montre que la plupart des problèmes de fond en matière de régulation relèvent d’un besoin de restructuration du champ organisationnel et de renforcement de la position des pouvoirs publics.

La distribution des connaissances dans la gestion du risque : analyse des interactions dans le cadre du Comité de la protection civile de la Mairie de Tecoluca - Salvador

Le sujet de la gestion du risque m’a toujours interpelée, surtout après que j’ai vécu deux ouragans et un tremblement de terre dévastateurs au Salvador. Bien qu’on ait assez écrit sur le sujet en le reliant souvent aux changements climatiques, on ne sait pas comment les organisations gouvernementales et civiles vivent cette gestion du risque au quotidien. À partir d’une étude ethnographique de la Commission de la protection civile de la Mairie de Tecoluca au Salvador, j’observais les processus qui se mettent en place dans la recherche et l’analyse des facteurs structuraux causant les situations de vulnérabilité. Pour ce faire, j’adoptais une approche basée sur l’étude des interactions, mobilisant les théories de la cognition distribuée et de l’acteur réseau. Comme je le montre, la gestion du risque, vue comme un processus participatif, se caractérise, d’une part, par la coopération et la coordination entre les personnes et, d’autre part, par la contribution d’outils, de technologies, de documents et de méthodes contribuant à la détection de risques. Ceci exige la mobilisation de connaissances qui doivent être produites, partagées et distribuées entre les membres d’un groupe à travers les divers artéfacts, outils, méthodes et technologies qu’ils mobilisent et qui les mobilisent. À ce sujet, la théorie de la cognition distribuée permet d’explorer des interactions qui se produisent au sein d’un groupe de travail en se focalisant sur ce qui contribue à l’acte de connaitre, conçu comme une activité non pas seulement individuelle, mais surtout collective et distribuée. Par ailleurs, la théorie de l’acteur-réseau me permet, quant à elle, de montrer comment dans l’exécution de cette tâche (la gestion du risque), la contribution active d’acteurs non humains, tant en soi qu’en relations avec les acteurs humains, participe de l’activité de détection et de prévention du risque.

Détermination de la peine en matière de pédophilie : aspects médico-légaux

Are sentences given for sexual interference appropriate ? It is the central question of this essay. To find the answer, we analyzed the medical and the legal discourses on pedophilia and child molestation. This review has enabled us to determined how the medical discourse affects the legal discourse in this matter. This essay presents an analysis of the factors used in sentencing for sexual interference against a person of less than 16 years old and of the sentences given to those who committed those type of offenses, from the perspective of both criminal law and medicine. It shows that, in the current legal framework, the sentences, although imperfect, can be, to a certain extent, appropriate in order to create some sort of follow-up of the individual. However, since those sentences do not alter the sexual deviance, the delinquants will remain at risk for recidivism in the long term. Criminal law would benefict from further incorporating the medical discourse in order to take into consideration the specificities of those delinquents and to give them more appropriate sentences to reduce their recidivism risk and to better protect society.

Évaluation économique des services écosystémiques dans la région de Montréal : analyse spatiale et préférences exprimées

Les services écosystémiques (SE) réfèrent aux bénéfices que produisent et soutiennent la biodiversité et les écosystèmes et qui profitent à l’être humain. Dans beaucoup de cas, ils ne sont pas pris en compte dans le système économique. Cette externalisation des SE engendre des décisions sur l’utilisation du territoire et des ressources naturelles qui ignorent leur contribution à la qualité de vie des communautés. Afin notamment de sensibiliser l’opinion publique à l’importance des SE et de mieux les intégrer dans les processus décisionnels, ont été développées des démarches d’évaluation économique des SE. Dans cette thèse, nous avons cherché à comprendre à la fois comment l’utilisation passée et actuelle des sols dans la région de Montréal affecte la valeur des SE et comment ces aménités naturelles sont perçues et valorisées par la population, dans une perspective d’aménagement futur du territoire. Pour ce faire, nous avons utilisé deux approches : l’analyse spatiale recourant aux systèmes d’information géographique et l’analyse des préférences exprimées par des techniques d’enquête. Pour l’analyse spatiale, nous avons combiné des analyses cartographiques à des valeurs monétaires associées aux SE publiées dans la littérature. Nous avons alors estimé la valeur des écosystèmes d’un territoire par le transfert de bénéfices, de prix de marchés directs et de coûts évités. Cette démarche nous a permis de comprendre la relation entre l’utilisation actuelle du territoire du Grand Montréal écologique et la valeur des services fournis par les écosystèmes, que nous avons estimée à 2,2 milliards de dollars par année. Elle nous a permis aussi de mesurer les effets sur la valeur des SE du changement d’utilisation des sols entre les années 1960 et 2010. Nous avons montré que malgré différentes politiques de contrôle et d’encadrement de l’étalement urbain au cours de cette période, les pertes économiques non marchandes liées aux SE s’élèvent à 236 millions de dollars par année. Pour l’analyse des préférences exprimées, nous avons utlilisé deux méthodes, l’évaluation contingente et le choix multi-attributs, avec l’objectif de mesurer le consentement à payer de répondants pour des variations dans l’aménagement du territoire. Nous avons montré d’une part que les répondants valorisent significativement l’incidence des pratiques agro-environnementales sur la qualité de l’environnement et des paysages en consentant à payer entre 159 et 333 dollars par ménage par année pour une amélioration de la diversité du paysage agricole. D’autre part, leur volonté à payer pour l’amélioration de l’état des milieux humides du Québec est estimée entre 389 et 455 dollars par ménage par année. L’utilisation conjointe des deux méthodes nous a permis d’en comparer les résultats. Nous avons en outre démontré que le choix du format de question de valorisation de l’évaluation contingente affecte la convergence des résultats. Enfin, nous avons proposé des pistes de recherches futures portant sur l’intégration des démarches d’analyse biophysique, économique et politique dans des outils de prise de décision mieux adaptés à la dynamique des écosystèmes, de la biodiversité et des communautés humaines.

Facteurs de persévérance scolaire et d’insertion professionnelle d’adultes ayant présenté des troubles de comportements extériorisés durant leurs études secondaires

La démocratisation scolaire va de pair avec l’enjeu contemporain de l’adaptation scolaire. Une catégorie d’élèves handicapés en difficulté d’apprentissage ou d’adaptation (EHDAA) classifiés par le MELS demeure plus problématique que les autres. Il s’agit des élèves présentant des troubles de comportements extériorisés. Ces élèves sont plus susceptibles que les autres de ne pas suivre le cheminement régulier, de décrocher et de connaître des difficultés d’intégration professionnelle. Comment expliquer alors qu’une minorité d’entre eux, contre toute probabilité statistique, parvient à graduer et à s’insérer dans une carrière stimulante ? Comment peuvent s’atténuer les troubles de comportement à l’âge adulte? Ce mémoire a pour ambition d’apporter un éclairage sur ces questionnements et propose une analyse sociologique des facteurs de persévérance scolaire et d’insertion professionnelle d’adultes ayant présenté des troubles de comportements extériorisés durant leurs études secondaires. Il repose sur l’analyse d’entretiens biographiques de deux individus répondant à ces critères. L’analyse de leur trajectoire démontre que leur insertion sociale s’est formée grâce à l’ « interconnaissance » et l’ « interreconnaissance » de différents types de capital tel qu’entendu par Pierre Bourdieu. En se basant également sur la méthode d’analyse des récits d’insertion proposée par Demazière et Dubar, quatre tendances furent dégagées quant à la manière dont les ressources des enquêtés furent mobilisées. Bien que le matériau soit modeste, ce mémoire jette un regard inédit sur plusieurs facettes du phénomène qui espérons-le, retiendra l’attention d’autres chercheurs qui approfondiront les pistes mises au jour dans ce mémoire.

La voie de régulation de la traduction de l’ARNm ASH1 : une concertation entre Khd1, Puf6 et Loc1

La localisation des ARNm par transport dirigé joue un rôle dans le développement, la motilité cellulaire, la plasticité synaptique et la division cellulaire asymétrique. Chez la levure Saccharomyces cerevisiæ, la localisation d’ARNm est un phénomène dont les mécanismes de régulation sont conservés auprès de nombreux autres organismes. Lors de la division de la levure, plus d’une trentaine de transcrits sont localisés par transport actif à l’extrémité du bourgeon de la cellule-fille. Parmi ceux-ci, l’ARNm ASH1 est le mieux caractérisé et constitue le modèle utilisé dans cette étude. Pour exercer sa fonction, la protéine Ash1 doit être produite uniquement après la localisation de l’ARNm ASH1. Pour ce faire, les mécanismes de régulation de la traduction de l’ARNm ASH1 empêchent son expression durant le transport. Ce projet de recherche vise à étudier les mécanismes de régulation de la traduction de l’ARNm ASH1 par les répresseurs traductionnels connus, soit Khd1, Puf6 et Loc1. Les études antérieures se sont penchées sur ces facteurs de manière individuelle. Cependant, dans cette étude, nous avons exploré la présence d’une collaboration entre ceux-ci. Ainsi, nous avons voulu déterminer si les répresseurs traductionnels peuvent être intégrés en une seule voie de régulation de la traduction de l’ARNm ASH1. De plus, nous avons cherché à identifier le mécanisme de recrutement des répresseurs traductionnels sur l’ARNm ASH1, qui correspond au point initial des voies de régulations de l’ARNm ASH1. Nos résultats montrent que les répresseurs traductionnels de l’ARNm ASH1, soit Khd1 et Puf6, font partie d’une même voie de régulation de la traduction. Le rôle du facteur nucléaire Loc1 dans la voie de régulation de la traduction, quant à elle, a été examinée à partir d’expériences permettant l’étude du mécanisme de recrutement des répresseurs traductionnels dans le noyau. Ainsi, nos travaux montrent que Puf6 et Loc1 sont associés de manière ARN-dépendant avec la machinerie de transcription, notamment au facteur d’élongation de la transcription Spt4-Spt5/DSIF. Par ailleurs, notre laboratoire a précédemment montré que la localisation nucléaire de la protéine de liaison à l’ARN She2 est essentielle au recrutement des facteurs Loc1 et Puf6 sur l’ARNm ASH1. Des expériences d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) supportent l’hypothèse que le recrutement de Loc1 est essentiel à celui de Puf6, qui s’effectue ultérieurement. Ainsi, à partir des résultats de cette étude et des résultats publiés précédemment dans notre laboratoire, nous avons élaboré un modèle de recrutement coordonné des facteurs She2, Loc1 et Puf6 sur l’ARNm ASH1 naissant. De manière générale, cette étude a permis d’établir la présence d’une seule voie de régulation de la traduction de l’ARNm ASH1 et une meilleure connaissance du recrutement des facteurs de répression traductionnelle sur celui-ci.

La contrefaçon de médicaments dans le monde, étude exploratoire

TRAVAIL DIRIGÉ PRÉSENTÉ À LA FACULTÉ DES ARTS ET SCIENCES EN VUE DE L’OBTENTION DU GRADE DE MAÎTRE ÈS SCIENCES (M.SC.) EN CRIMINOLOGIE OPTION CRIMINALISTIQUE ET INFORMATION

New insights into small molecules inhibitors and protein-protein interactions of VirB8 : a critical conserved component of the type IV secretion system.

Les systèmes bactériens de sécrétion de type IV (T4SS) sont constitués d’un ensemble de 8 à 12 protéines conservées. Ces dernières sont utilisées lors de la translocation de protéines, la translocation de complexes ADN-protéines mais aussi pour le transport de ces derniers au travers de la membrane cellulaire. Les T4SS, en tant que facteurs de virulence pour beaucoup de pathogènes comme Brucella suis, sont donc d’excellents modèles cibles pour le développement de médicaments d’antivirulence. Ces médicaments, en privant le pathogène de son facteur essentiel de virulence : le T4SS, constituent une alternative ou encore une amélioration des traitements antibiotiques utilisés actuellement. VirB8, un facteur d’assemblage conservé dans le T4SS, forme des dimères qui sont importants pour la fonction des T4SS dans ces pathogènes. De par ses interactions multiples, VirB8 est un excellent modèle pour l’analyse des facteurs d’assemblage mais aussi en tant que cible de médicaments qui empêcheraient son interaction avec d’autres protéines et qui, in fine, désarmeraient les bactéries en les privant de leur fonctions essentielles de virulence. À ce jour, nous savons qu’il existe un équilibre monomère-dimère et un processus d’homodimerization de VirB8 dont l’importance est vitale pour la fonctionnement biologique des T4SSs. En se basant sur des essais quantitatifs d’interaction, nous avons identifié (i) des sites potentiels d’interaction avec d’autres protéines VirB du T4SS mais aussi (ii) isolé des petites molécules inhibitrices afin de tester la fonction protéique de VirB8. Afin de déterminer les acides aminés importants pour l’hétérodimérization de VirB8 avec VirB10, nous avons effectué des expériences de mutagenèse aléatoire, de phage display et d’arrimage moléculaire in silico. Ces expériences ont démontré l’importance de trois acides aminés localisés sur le feuillet β : R160, S162, T164 et I165. Ces derniers seraient importants pour l’association de VirB8 avec VirB10 étant donné que leur mutagenèse entraine une diminution de la formation du complexe VirB8-VirB10. L’objectif actuel de notre projet de recherche est de pouvoir mieux comprendre mais aussi d’évaluer le rôle de VirB8 dans l’assemblage du T4SS. Grace à un méthode de criblage adaptée à partir de la structure de VirB8, nous avons pu identifié une petite molécule inhibitrice BAR-068, qui aurait un rôle prometteur dans l’inhibition du T4SS. Nous avons utilisé la spectroscopie par fluorescence, l’essai à deux hybrides, le cross-linking et la cristallographie afin de déterminer le mécanisme d'interaction existant entre VirB8 et BAR-068. Ces travaux pourraient permettre de nombreuses avancées, notamment en termes de compréhension des mécanismes d’inhibition du T4SS. Notre objectif ultime est de pouvoir caractériser la séquence d’évènements essentiels à l’assemblage et au fonctionnement du T4SS. De manière globale, notre projet de recherche permettrait de révéler les grands principes d’assemblage des protéines membranaires, les processus de sécrétion de protéines chez les bactéries mais aussi de proposer une nouvelle stratégie lors du développement de drogues antimicrobiennes.