Uso de ontologias e XMI como instrumento de modelagem para zoneamento urbano.

O uso de sistemas computacionais para armazenamento, tratamento de dados e produção de informação, disseminou-se de maneira crescente nos últimos anos, e neste cenário estão incluídos os Sistemas de Informações Geográficas, os SIGs. A utilização de informação geográfica com acesso por computador é hoje a realidade de ambientes corporativos, entidades governamentais, escolas e residências. Esta dissertação apresenta uma proposta de modelagem de elementos de zoneamento urbano, baseada em uma ontologia de domínio. Ontologias são representadas como classes e atributos de um dado domínio. Na proposta apresentada, estas classes são exportadas para o formato XMI, resguardando as definições de classes, atributos e relacionamentos do domínio analisado e compondo um repositório de classes, permitindo, teoricamente, sua reutilização. Como exemplo da proposta, foi construída uma ontologia do Zoneamento Urbano do município de Macaé-RJ, seguindo a proposta do Plano Diretor Municipal, usando o editor Protégé. A ontologia construída foi exportada para o formato XMI, sendo a seguir criado um diagrama de classes, obtido através da importação das classes pelo software para modelagem de sistemas baseados no paradigma da OO, ArgoUML. Tal importação permite que a ontologia construída fique disponível na forma de um pacote de classes, que pode ser utilizado por aplicações que se baseiem no paradigma da OO para o desenvolvimento de sistemas de informação. Como forma de mostrar a utilização destas classes foi desenvolvido um protótipo utilizando o software ALOV Map, que oferece a visualização destas classes, na Web, como mapas temáticos.

James Clerk Maxwell e a unidade do mundo: modelos e metáforas na construção de teorias científicas

Esta é uma pesquisa sobre o uso de metáforas na construção de modelos por parte do físico escocês James Clerk Maxwell. O objetivo da pesquisa foi buscar compreender de que maneira o uso de metáforas e modelos é legítimo na ciência e em que medida contribui para seu sucesso. Além disso, busca compreender em que medida o uso de artifícios como modelos e analogias entre ramos distintos da ciência são impulsionadores de sucesso explicativo e preditivo da teoria do físico estudado. Explora as crenças teológicas e filosóficas do autor, que vê o mundo como unidade, permitindo a analogia entre ramos distintos da física. Seus desenvolvimentos em torno de teorias como calor, cores, óptica, magnetismo e eletricidade permitem evidenciar essa visão em todo o seu trabalho. Maxwell é considerado inaugurador de nova metodologia com o uso de modelos e metáforas. Explora o desenvolvimento da teoria das cores, da descrição matemática da estabilidade dos anéis de Saturno e o desenvolvimento da teoria dos gases como preâmbulo à discussão da teoria do eletromagnetismo. Descreve o desenvolvimento teórico do eletromagnetismo em seus diversos momentos. A construção da teoria do eletromagnetismo evidencia paulatino abandono do mecanicismo, uso intenso de modelos e metáforas temporários e ênfase na quantificação e no uso de experimentos. Discute o relacionamento de Maxwell com as discussões filosóficas, sociais e teológicas de sua época, seu engajamento em atividades práticas nesse sentido e suas influências científicas e filosóficas. Descreve e discute os textos filosóficos do cientista, em que se evidenciam sua ontologia, suas crenças teológicas e sua concepção de analogias. Discute a questão do uso de analogias em ciência e compara diversos autores que abordam o tema. A metodologia utilizada foi a de levantamento bibliográfico com análise crítica da literatura do autor e de seus comentadores, além de comentário crítico sobre os textos primários e secundários. Conclui que o sucesso científico de Maxwell deve-se à sua aposta numa unidade do mundo garantida por Deus, bem como na unidade entre o mundo e a mente humana, posturas que mostraram ser bem-sucedidas quando aplicadas à metodologia científica. Conclui também pela legitimidade e necessidade do uso de metáforas e modelos no empreendimento científico.

A vontade das coisas

A vontade das coisas em tempos de biopolítica pesquisa modos de resistência ao poder biopolítico através de uma filosofia orientada para as coisas na dança contemporânea em articulação com o estudo de caso Modo Operativo_and de João Fiadeiro e Fernanda Eugénio. Entender de que forma o campo das artes do corpo, nomeadamente o coreográfico em relação com a filosofia orientada para as coisas se pode revelar mecanismo de reflexão estético-afetivo e se tornam, na sua interdependência, um campo de força potencial no pensamento de resistência às formas de governabilidade neoliberalismo. Assim através de uma reflexão histórica acerca do corpo no campo da biopolítica chega-se à emergência do corpo vibrátil de Suely Rolnik enquanto forma outra de ativação ético-social de todos os coletivos que constituem, compõem mundo. Aborda-se a virada afetiva em relação com a teoria não humana para chegar a uma idéia de ontologia plana entre humanos e não humanos assumindo a importância das redes criadas por ambos os atantes na construção dum plano social baseado no afeto, a idéia de afetar e ser afetado enquanto manifestação de ativismo sensível contemporâneo. Finalmente concluo com a importância do fazer artístico, suas implicações éticas e estéticas, enquanto ferramenta de resistência ao neoliberalismo em articulação com o caso de estudo modo operativo and do coreógrafo João Fiadeiro e da antropóloga Fernanda Eugénio, método este que atua num modo conetivo ao redor de idéias colaborativas e estéticas relacionais, essencial no perspectivar modos de se fazer e se pensar sociedade

Aspectos de segurança, persistência e nomeação em agentes de recursos para Internet das coisas

A realização da Internet das Coisas (Internet of Things, IoT) requer a integração e interação de dispositivos e serviços com protocolos de comunicação heterogêneos. Os dados gerados pelos dispositivos precisam ser analisados e interpretados em concordância com um modelo de dados em comum, o que pode ser solucionado com o uso de tecnologias de modelagem semântica, processamento, raciocínio e persistência de dados. A computação ciente de contexto possui soluções para estes desafios com mecanismos que associam os dados de contexto com dados coletados pelos dispositivos. Entretanto, a IoT precisa ir além da computação ciente de contexto, sendo simultaneamente necessário soluções para aspectos de segurança, privacidade e escalabilidade. Para integração destas tecnologias é necessário o suporte de uma infraestrutura, que pode ser implementada como um middleware. No entanto, uma solução centralizada de integração de dispositivos heterogêneos pode afetar escalabilidade. Assim esta integração é delegada para agentes de software, que são responsáveis por integrar os dispositivos e serviços, encapsulando as especificidades das suas interfaces e protocolos de comunicação. Neste trabalho são explorados os aspectos de segurança, persistência e nomeação para agentes de recursos. Para este fim foi desenvolvido o ContQuest, um framework, que facilita a integração de novos recursos e o desenvolvimento de aplicações cientes de contexto para a IoT, através de uma arquitetura de serviços e um modelo de dados. O ContQuest inclui soluções consistentes para os aspectos de persistência, segurança e controle de acesso tanto para os serviços de middleware, como para os Agentes de Recursos, que encapsulam dispositivos e serviços, e aplicações-clientes. O ContQuest utiliza OWL para a modelagem dos recursos e inclui um mecanismo de geração de identificadores únicos universais nas ontologias. Um protótipo do ContQuest foi desenvolvido e validado com a integração de três Agentes de Recurso para dispositivos reais: um dispositivo Arduino, um leitor de RFID e uma rede de sensores. Foi também realizado um experimento para avaliação de desempenho dos componentes do sistema, em que se observou o impacto do mecanismo de segurança proposto no desempenho do protótipo. Os resultados da validação e do desempenho são satisfatórios

Mesons: ontologia

Este trabalho se intitula Mesons e propõe descrever e fundamentar uma nova teoria: a mesologia. Trata-se de uma teoria geral dos meios [mesons] e das mediações, uma ontologia dos meios, poderíamos dizer, cujo intuito é fornecer parâmetros conceituais para a compreensão de fenômenos bastante heterogêneos, sejam eles de ordem cultural ou natural, física ou metafísica. Essa abrangência é possível porque a mesologia se apoia em princípios cosmológicos e ontológicos para se fundamentar. Nesse sentido, um dos princípios fundamentais em torno dos quais a teoria dos mesons se articula é o binômio finito-infinito, entendido a partir da ontologia e da cosmologia. Por isso, esta tese leva o subtítulo de Ontologia, pois pretende delinear as premissas metateóricas elementares dessa teoria. Portanto, este é um trabalho eminentemente metaempírico, cujos objetos material e formal coincidem em um mesmo objeto conceitual: a demarcação epistemológica do conceito de mesons, bem como a exploração de diversos fenômenos que possam ser descritos e agenciados pela mesologia. A partir deste núcleo primário que é a definição da ontologia dos mesons, uma série de outros conceitos se dissemina, centrais para a compreensão da mesologia como um todo: mesons, meios, ser, vida, sapiens, ontologia, cosmologia, infinito, finito, heterarquia, heterogênese, antropia, antropofanias, antropogemas, transumano, holografia, holograma, mereografia, mereograma, pluriontologias, transferência, animismo, imaginal, tempestade, entre outros. Obviamente não pude analisar e estabilizar todos esses conceitos neste trabalho. E se não o fiz é também porque imagino este trabalho dedicado a delinear o ser dos mesons, ou seja, a ontologia dos meios, como o primeiro volume de um projeto maior, em diversos volumes, intitulado Mesons, e que abordará outros conceitos e outras noções, tais como cosmo, vida, forma, morte, sexualidade, em suas determinações e especificidades propriamente mesológicas.

Gene function prediction from synthetic lethality networks via ranking on demand.

MOTIVATION: Synthetic lethal interactions represent pairs of genes whose individual mutations are not lethal, while the double mutation of both genes does incur lethality. Several studies have shown a correlation between functional similarity of genes and their distances in networks based on synthetic lethal interactions. However, there is a lack of algorithms for predicting gene function from synthetic lethality interaction networks. RESULTS: In this article, we present a novel technique called kernelROD for gene function prediction from synthetic lethal interaction networks based on kernel machines. We apply our novel algorithm to Gene Ontology functional annotation prediction in yeast. Our experiments show that our method leads to improved gene function prediction compared with state-of-the-art competitors and that combining genetic and congruence networks leads to a further improvement in prediction accuracy.

Contrast features of CpG islands in the promoter and other regions in the dog genome

The recent release of the domestic dog genome provides us with an ideal opportunity to investigate dog-specific genomic features. In this study, we performed a systematic analysis of CpG islands (CGIs), which are often considered gene markers, in the dog

Identification of Differentially Expressed Genes Between Cloned and Zygote-Developing Zebrafish (Danio rerio) Embryos at the Dome Stage Using Suppression Subtractive Hybridization

Comparative analyses of differentially expressed genes between somatic cell nuclear transfer (SCNT) embryos and zygote-developing (ZD) embryos are important for understanding the molecular mechanism underlying the reprogramming processes. Herein, we used the suppression subtractive hybridization approach and from more than 2900 clones identified 96 differentially expressed genes between the SCNT and ZD embryos at the dome stage in zebrafish. We report the first database of differentially expressed genes in zebrafish SCNT embryos. Collectively, our findings demonstrate that zebrafish SCNT embryos undergo significant reprogramming processes during the dome stage. However, most differentially expressed genes are down-regulated in SCNT embryos, indicating failure of reprogramming. Based on Ensembl description and Gene Ontology Consortium annotation, the problems of reprogramming at the dome stage may occur during nuclear remodeling, translation initiation, and regulation of the cell cycle. The importance of regulation from recipient oocytes in cloning should not be underestimated in zebrafish.

dynamic evolutions based on ontologies

With the continuous changes in application requirements of the enterprises, Web resources must be updated, so do the underlying ontologies that are associated with the Web resources. In the situation, it is very challenging for ontological engineers to specify the changes of ontologies, keep their consistencies and achieve semantic query of Web resources based on the evolving ontologies. We propose a construct called Prioritized Knowledge Base (PKB) based on SHOQ(D) description logic, and discuss some properties of PKB.PKB can be used for describing the evolutions and updates of ontologies with conflicting information. Furthermore, we develop some algorithms for checking conflict rules and performing semantic query based on PKB.

基于领域本体的政府信息检索系统的设计与实现

政府信息检索系统作为政府信息公开平台的重要组成部分，对于用户从大量信息中准确查找所需信息起到关键作用，然而现有政府信息检索系统存在两个主要问题：一是系统采用的基于关键词匹配的检索技术忽视了对于用户检索条件的语义的理解，缺乏对于文档实质内涵的准确描述；二是由于对政府信息领域知识的缺乏，用户不能很好地提出符合自己检索需求的检索条件。这两个问题导致检索结果远远不能满足用户的要求。 本体是“概念模型的明确的规范说明”，它提供明确定义的词汇表，描述概念和概念之间的关系，被当作某个领域内不同主体之间进行交流的一种语义基础。它被广泛的应用于信息检索，特别是基于知识的检索中，能显著提高检索系统的查全率和查准率。 本文提出了构建政府信息领域本体并将其应用于政府信息检索系统的方案。首先，研究了现有的领域本体构建方法；在分析了政府信息领域的特点，考察了该领域可用资源的基础上，提出了基于政务主题词表的政府信息领域本体的构建方法。该方法充分利用了《综合电子政务主题词表》中已有的主题词和关系，保证了本体概念添加的完备性和科学性，减少了对领域专家的依赖，提高了构建效率。 设计和实现了基于领域本体的政府信息检索系统。该系统以领域本体为核心，对检索条件进行了扩展，既解决了检索词同政府信息中的公文用词存在差异的问题，又进一步明确了用户的检索需求；对政府信息文档进行了语义标注，提高了检索匹配时的准确度。同时，系统将与检索条件相关的领域概念反馈给用户，便于用户了解领域知识，进一步优化检索条件，获得更全更准的检索结果。

语义Web规则标记语言OWLRule+的设计与实现

语义Web是对未来Web体系结构的一个伟大设想 ,其研究分层次进行 目前足够成熟的最高层是以OWL语言为代表的ontology层 但它的语义仅限于描述逻辑 ,该逻辑主要表示对象和类的层次结构 ,而规则的表达能力弱 因此在其之上需要一种表达力更丰富的逻辑语言 设计了一种新的语义Web规则标记语言OWLRule+:其语法扩展了OWL ;语义基于CARIN ,一种结合描述逻辑和Horn规则的表示语言 ;实现基于Jess规则推理机 实例学习展示了它对目前的Webontology语言在规则表示和推理能力上的扩展

基于本体的发布/订阅系统的数据模型和匹配算法

现有的发布／订阅系统不能根据事件的语义来进行事件与订阅的匹配，且不能支持具有复杂结构（如图状结构）的事件．将语义Web技术引入发布／订阅系统中，提出一种基于本体的发布／订阅系统．该系统采用本体来表示事件的概念模型，采用RDF图来表示事件，采用图模式来表示订阅条件．它能较好地解决现有的发布／订阅系统的上述问题．实验结果表明，该系统具有较高的订阅匹配效率．

本体辅助的自动化模式匹配技术

在基于映射的数据交换系统框架下,提出了一种本体辅助的模式匹配方法.它利用WordNet词汇本体和决策树学习相结合的方法进行属性名称匹配,构建数据类型本体计算属性数据类型的语义距离,依赖领域本体发现一对多的语义匹配关系,这3个过程逐步提高了匹配质量.建立在实际应用数据上的实验结果表明,该方法具有较高的精确度和召回率.

基于本体的异构信息集成查询划分及转换

使用本体赋予信息语义能够帮助用户准确查询所需要的信息.基于本体的异构信息集成中的关键问题是如何实现全局本体概念实例查询到局域信息数据查询的变换.提出了一种本体概念实例查询的操作表示,并基于这一查询操作表示给出了将全局查询划分为局域查询的方法,局域查询结果经过集成和转换后以统一的形式返回给用户.使用该方法来查询所集成的数据来源,可以获取用户所需要的正确查询结果.